表位
- 漢灘病毒糖蛋白Gn的T細胞表位預測及其跨種屬驗證
。然而，在現(xiàn)有的表位研究中，篩選鑒定的限制性表位不全面，針對表位的研究比較單一，不能全面揭示表位特性。同時，尋找人類的表位較困難，難以開展相關的實驗，而前期研究發(fā)現(xiàn)，采用計算機預測的方法具有全面準確、經濟效益高的優(yōu)勢[6-8]。因此，本研究對Gn 進行了系統(tǒng)分析，以探索主要組織相容性復合體(MHC)-Ⅰ、Ⅱ類表位免疫反應性的相關規(guī)律，指導新型HFRS 表位疫苗的研發(fā)，預防漢坦病毒的跨物種傳播風險。1 材料與方法1.1 Gn 蛋白序列獲取 從UniProt
解放軍醫(yī)學雜志 2023年9期2023-10-18
- 免疫信息學方法預測針對中東呼吸綜合征冠狀病毒的T/B 細胞抗原表位
RS-CoV 的表位預測，大部分針對S蛋白，但缺少對候選表位致敏性或毒性評估[4-5]。為了更深入地對MERS-CoV 致病的S 蛋白進行分析，本研究采用多種生物信息學方法來篩選T/B 細胞抗原表位，以期對設計安全有效的多肽疫苗提供參考。1 材料與方法1.1 蛋白序列下載及系統(tǒng)發(fā)育樹分析從美國國家生物技術信息中心以FASTA 序列格式下載首例輸入中國的MERS 患者分離株S 蛋白（AKL59401.1）氨基酸序列[6]，并使用從不同國家鑒定的各種MERS-
中國醫(yī)藥導報 2023年18期2023-07-30
- H3N2流感病毒HA保守Th表位對CD4+T細胞活化及分化的影響
,分布多種B細胞表位和T細胞表位。B細胞表位是病毒中和抗體的靶標[2]。T細胞表位可刺激T細胞,促進輔助性T細胞(Helper T cell,Th)分化。不同亞型流感病毒HA上存在數(shù)量不等的保守表位。由保守Th表位誘導產生的CD4+記憶T細胞受其他亞型流感病毒刺激后能迅速被激活,輔助B細胞或記憶B細胞產生抗體,在不同亞型流感病毒感染中提供保護[3]。H3N2流感病毒自1968年以來長期流行,每年冬春季節(jié)引起流行,以H3N2為主的流感季節(jié)有更多的住院病人和死
遵義醫(yī)科大學學報 2023年4期2023-05-05
- 利用生物信息學設計基于抗原表位的非洲豬瘟疫苗的總效果
以尋找最佳靶抗原表位非常有幫助。為開發(fā)難以分離和培養(yǎng)的病原體的疫苗，反向疫苗學是基于對病原體基因組和/或蛋白質組數(shù)據(jù)的計算分析，以確定對假設的疫苗最感興趣的蛋白質。使用計算機模擬方法(in-silico approach)還可以考慮病毒的變異性，特別是確定不變區(qū)域，有助于設計出具有廣泛保護性疫苗(pan-protecting vaccines)。同樣，它可以避免誘導保護性免疫反應所不需要的序列或可能會導致疾病惡化的序列。令人鼓舞的是，已經有一種利用反向疫苗
國外畜牧學(豬與禽) 2022年6期2023-01-11
- 漢灘病毒糖蛋白免疫反應性表位研究進展
型HTNV疫苗。表位是存在于抗原表面的、決定抗原特異性的特殊性結構的化學基團，又稱為抗原決定簇?？乖ㄟ^抗原表位與相應淋巴細胞表面抗原受體結合，從而激活淋巴細胞，引起免疫應答。因此，表位是被免疫細胞識別的靶結構，也是免疫反應特異性的基礎，其數(shù)量、性質和空間構型決定著抗原的特異性。近年來，國內外學者發(fā)現(xiàn)了HTNV GP上表位的重要性，對其展開了充分且有意義的研究。在此，本文對近年來國內外關于HTNV GP表位的研究進展進行簡要總結。2 HTNV GP優(yōu)勢表位
傳染病信息 2022年4期2022-09-17
- 基于免疫信息學的SARS-CoV-2表位篩選及疫苗分子設計分析①
表征、候選抗原和表位的鑒定、動物模型的建立、免疫應答的表征以及疫苗設計研究取得了實質性進展［1-2］。截至2020年11月，至少已有5種SARS-CoV-2疫苗進入Ⅲ期臨床試驗。但SARS-CoV-2 的抗原特性、抗原變異對宿主的保護性免疫反應的影響有待進一步驗證［2］。利用免疫信息學篩選、分析鑒定具有免疫保護性的表位，可有效提高保護性抗體親和力和細胞免疫平衡。病毒抗原，包括Spike 蛋白及RBD 區(qū)域存在多種表位。其中部分表位具有免疫保護作用，能夠誘導
中國免疫學雜志 2022年7期2022-07-21
- 多房棘球蚴葡萄糖轉運蛋白抗原表位生物信息學預測a
10016)研制表位疫苗的關鍵是要找到優(yōu)勢抗原表位，但如何尋找優(yōu)勢抗原表位是一個難題。生物信息學工具的應用使篩選潛在優(yōu)勢抗原表位成為可能，并且不必承擔培育相關病原體的風險。本課題擬通過多房棘球蚴葡萄糖轉運蛋白(glucose transporters，GLUT)抗原表位生物信息學預測優(yōu)勢抗原表位。GLUT的編碼基因是SLC2，屬于膜轉運蛋白中的易化載體超家族(the major facilitator superfamily，MFS)。已有明確的證據(jù)表明，
中國高原醫(yī)學與生物學雜志 2022年3期2022-06-22
- 豬丹毒絲菌GAPDH線性B細胞表位預測與鑒定
）分子線性B細胞表位，首先通過多序列比分析已經全基因組測序的10株菌株的GAPDH一級結構保守性;然后使用在線軟件Bepipred-2.0預測豬丹毒絲菌GAPDH線性B細胞表位，接下來通過人工化學合方式合成GAPDH表位對應的多肽;最后使用間接ELISA法檢測這些多肽與豬丹毒絲菌GAPDH高免血清之間的反應。研究發(fā)現(xiàn)已經完成全基因組測序的10株菌株的GAPDH一級結構高度保守。通過軟件預測，找到了豬丹毒絲菌GAPDH的3個潛在的表位。ELISA檢測結果表明
江蘇農業(yè)科學 2021年22期2021-12-08
- 巴氏桿菌GAPDH線性B細胞表位預測與鑒定
應[11]。抗原表位是抗原引發(fā)免疫保護的物質基礎[12-13]，部分抗原表位既是抗體發(fā)揮作用的位點，也是病原菌對宿主發(fā)揮作用的關鍵位點（即致病性表位）[14]。因而通過鑒定巴氏桿菌GAPDH 的B 細胞表位有助于進一步理解GAPDH 免疫保護效應的本質，并為進一步研究GAPDH 的致病作用提供條件。伴隨生物信息學的發(fā)展，不斷有學者試圖開發(fā)能夠預測抗原表位的軟件，近年來在線軟件Bepipred-2.0 對于線性B 細胞表位已經有了比較好的預測效果[15]。本
養(yǎng)殖與飼料 2021年11期2021-11-15
- 口蹄疫病毒O 型泛亞株VP1 蛋白的二級結構及抗原表位預測
）存在2 個線性表位，是FMDV 最重要的抗原位點，也是FMDV 變異的關鍵所在[5]。因此，VP1 蛋白是決定FMDV 抗原性誘導中和抗體和激發(fā)保護性免疫應答的主要抗原蛋白[6]。近年來我國FMD 發(fā)病情況整體呈下降趨勢，其發(fā)生主要與動物及其產品違規(guī)或跨境調運，導致新毒株輸入有關，其中威脅最大的是來自東南亞、南亞和西亞-中東等地區(qū)的O、A 和Asia1 型[7]。例如：源自于南亞次大陸的O 型印度 2001 毒株（O/Ind-2001），2017 年由境
中國動物檢疫 2021年11期2021-11-11
- 生物信息學方法預測病原體抗原蛋白序列中多肽疫苗候選表位
疫系統(tǒng)效應功能的表位而設計的多肽疫苗是新型疫苗研發(fā)的熱點。多肽疫苗一般是指利用化學合成技術,按照病原體抗原基因中具有免疫原性的一段或多段氨基酸序列構成而制備的疫苗[1]。其因成分簡單、特異性強、安全性高、易于保藏等優(yōu)點被廣泛應用于傳染病和腫瘤的預防和治療中,例如:預防人乳頭瘤狀病毒的疫苗[2]、預防乙型肝炎病毒的HBsAg/preS疫苗[3]、新型艾滋病疫苗RV144[4]及個性化腫瘤新抗原疫苗[5]等。近年來,得益于生物信息學技術的迅猛發(fā)展,反向疫苗學在
生命科學研究 2021年4期2021-09-08
- 布魯氏菌Omp2b優(yōu)勢T-B聯(lián)合抗原表位的免疫應答特點研究
胞和B細胞的優(yōu)勢表位得到了T-B聯(lián)合抗原表位：196-216區(qū)段，并人工合成肽段，利用合成肽段與布魯氏菌病患者和健康人群的血清進行免疫反應，通過分析其誘導的體液及細胞免疫應答的效果，研究結果可為進一步研究布魯氏菌疫苗奠定基礎[8]。1 材料與方法1.1 研究對象 羊種布魯氏菌Omp2b(GenBank：AMM72579.1)蛋白氨基酸序列：GenBank中的長度為362 bp的羊種布魯氏菌Omp2b來源于NCBI網(wǎng)站。收集2017年9月至2019年5月就診
中國人獸共患病學報 2021年8期2021-08-31
- 人巨細胞病毒gH和PP65蛋白的B、T細胞優(yōu)勢抗原表位預測
、T細胞優(yōu)勢抗原表位進行預測，為HCMV亞單位疫苗的研發(fā)提供有價值的理論依據(jù)。1 材料與方法1.1 gH和PP65蛋白的二級結構預測首先從NCBI蛋白質數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/)中獲得gH和PP65蛋白的氨基酸序列。利用在線分析軟件SOMPA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)[20]對gH
精準醫(yī)學雜志 2021年2期2021-05-19
- 間日瘧原蟲傳播阻斷疫苗新型候選抗原Pvs48 T.B 細胞表位的預測與分析
究具有重大意義。表位疫苗是現(xiàn)階段疫苗研究的焦點[5-7]，通過基因工程手段，體外表達并人工合成病原體相關抗原表位（包括T 細胞表位和B 細胞表位），并作為一種疫苗使用即表位疫苗，它可以得到更加高效的提呈，并且能克服傳統(tǒng)疫苗毒力回復與擴散的缺點，然而，研制表位疫苗的基礎是尋找變應原的T 細胞表位和B 細胞表位，傳統(tǒng)的確定T.B 細胞表位的方法是重疊肽法，而這種方法耗時、耗力，若我們先利用生物信息學技術對其與MHC 分子結合的可能性進行預測從而篩選出最有可能的
智慧健康 2021年2期2021-03-15
- 特發(fā)性膜性腎病靶抗原PLA2R抗原表位的研究進展①
免疫區(qū)域，即抗原表位，又名抗原決定簇，各種免疫細胞通過結合和識別抗原表位以發(fā)揮免疫效應、激發(fā)免疫應答，自身抗體與抗原表位結合可誘發(fā)自身免疫性疾病[11]。對IMN的主要靶抗原PLA2R的抗原表位進行深入認識，有助于理解IMN的免疫發(fā)病機制及病理生理，同時也有助于開發(fā)新型IMN的治療干預措施，如表位特異性治療。1 PLA2RPLA2R為甘露糖受體家族的一員，其相對分子量為180 kD，包含胞外段、跨膜段及胞內段3部分。其中胞外段從N端到C端又可依次分為1個胱
中國免疫學雜志 2020年20期2020-12-25
- 日本沼蝦原肌球蛋白線性表位預測研究
蝦原肌球蛋白抗原表位的分析研究?？乖?span id="j5i0abt0b" class="hl">表位是致敏蛋白中決定抗原特異性的特殊化學基團,是過敏原與抗體結合的物質基礎。表位可根據(jù)結構分為線性表位和構象表位;也可根據(jù)其結合受體細胞分為T細胞表位與B細胞表位[6]。B細胞表位可以是線性表位或構象表位,而T細胞表位一般為線性表位。在加工過程中蛋白質的結構變化,會導致抗原表位被破壞或者被掩蓋,從而致敏性降低。一些加工方法例如酶解、超高壓等會使部分食物致敏性降低甚至消失[7]。因此,針對過敏原表位的研究對于過敏原消減技術
食品工業(yè)科技 2020年17期2020-09-23
- EB病毒gp350/220抗原T-B聯(lián)合表位生物信息學預測
該抗原具有T細胞表位，既能產生體液免疫又能產生細胞免疫，這樣對EBV的控制起重要作用，這進一步說明此抗原靶抗原在誘導特異性體液免疫保護的同時，還能通過細胞免疫途徑控制EBV在體內的反復增殖。目前,EBV的預防性疫苗主要是針對gp350/220的，代表性的葛蘭素史克公司研發(fā)的gp350/AS04疫苗已完成Ⅱ期臨床試驗,結果顯示，該疫苗對預防由EBV引起的傳染性單核細胞增多癥的發(fā)生有顯著的抑制作用，但仍未取得預期的理想效果。因而對EBV gp350/220氨基
中南醫(yī)學科學雜志 2020年3期2020-05-25
- 豬鏈球菌SsGalNagA：一種新型的特異靶向宿主αGal 表位聚糖的糖苷水解酶
功能。αGal 表位聚糖是一種特殊的糖基，具有Gal（α 1,3）Gal（β1,4）GlcNAc-R 末端αGal 表位結構，廣泛存在于非靈長類哺乳動物的器官和組織。豬鏈球菌是豬鏈球菌病的主要病原，其自然定殖部位是豬的上呼吸道，可引起豬的急性敗血癥、腦膜炎和關節(jié)炎，但是其在定殖和感染過程中如何獲取糖類營養(yǎng)，目前還不清楚。近期，《The Journal of Biological Chemistry》發(fā)表了題為“A unique combination of
中國預防獸醫(yī)學報 2020年8期2020-01-15
- HIV/HBV合并感染者HBV核心區(qū)與多聚合酶區(qū)特異性細胞毒性T細胞表位變異分析
過識別HBV抗原表位，在清除細胞內感染病毒發(fā)揮關鍵作用。HBV的核心(core,C)區(qū)和多聚合酶(polymerase,P)區(qū)基因變異導致編碼的氨基酸突變，CTL抗原表位的序列或構象發(fā)生改變進而引起表位的免疫原性改變，導致宿主抗HBV的免疫應答發(fā)生改變。若反應強度不足，病毒難以清除，感染慢性化從而進展為肝硬化、肝癌[1-2]。研究報道，合并人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染造成的免疫缺陷明顯加速HBV所致
轉化醫(yī)學雜志 2019年5期2019-10-22
- 大腸桿菌免疫蛋白OmpA生物信息學分析及表位多肽疫苗設計
苗的研制方向——表位疫苗角度，采用表位疫苗設計方法獲得重組優(yōu)勢表位多肽，進一步提高大腸桿菌OmpA免疫效果，為大腸桿菌OmpA表位疫苗開發(fā)奠定基礎。1 材料和方法1.1 材料選取由NCBI數(shù)據(jù)庫公布的大腸桿菌外膜蛋白OmpA序列(登錄號NP_415477.1)，共含346個氨基酸，序列如下：MKKTAIAIAVALAGFATVAQAAPKDNTWYTGAKLGWSQYHDTGFINNNGPTHENQLGAGAFGGYQVNPYVGFEMGYDWLGRMPY
河南農業(yè)科學 2019年6期2019-06-28
- 克氏原螯蝦過敏原的研究進展
質以及變應原抗原表位等研究進展，為進一步研究小龍蝦的過敏原提供一定的參考。關鍵詞：克氏原螯蝦；過敏原；表位；進展中圖分類號：S-3 文獻標識碼：ADOI：10.19754/j.nyyjs.20190430003基金項目：淮安市重點研發(fā)計劃項目“盱眙龍蝦變應原鑒定及加工脫敏關鍵技術與應用”（項目編號：HAS201603）；江蘇省大學生創(chuàng)新訓練省級指導項目“食品熱加工方法對盱眙龍蝦過敏原性的影響研究與應用”（項目編號：Z205C18281）；淮陰工學院大學生創(chuàng)
農業(yè)與技術 2019年8期2019-05-28
- 乙型肝炎病毒B和C基因型S蛋白特異性CTL表位保守性分析
行基因型的CTL表位進行對比分析，將有助于了解HBV免疫逃逸特點，從而找到穩(wěn)定特異性CTL靶點，為HBV感染后的治療奠定基礎。本研究主要對HBV在國內流行的B和C基因型S區(qū)基因編碼蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位進行了生物信息學篩選，CTL表位長度選擇為9個氨基酸，結合已鑒定和報道的表位及GenBank中已有的B和C基因型進行比較，尋找穩(wěn)定的B和C基因型S區(qū)基因編碼蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位，探索可以用于HBV細胞免疫治療的表位。1
溫州醫(yī)科大學學報 2019年4期2019-04-28
- H9亞型禽流感病毒HA蛋白B細胞抗原表位的預測
反應[1]?？乖?span id="j5i0abt0b" class="hl">表位即抗原決定簇，抗原決定簇能夠刺激機體引發(fā)體液或細胞免疫，篩選預測AIV HA蛋白抗原表位對AIV 表位疫苗的設計具有重要的意義。本研究以H9-AIV HA蛋白為基礎，采用生物信息學工具分析和預測HA蛋白的B細胞表位，為研究H9-AIV的表位疫苗提供參考。1 材料與方法從GenBank 上獲得1994-2016年公布的321條H9-AIV HA氨基酸序列（均為國內毒株），運用Clustalx 1.8 進行多序列比對，采用EMBOSS 中的
養(yǎng)殖與飼料 2019年12期2019-02-25
- 羊種布魯氏菌OMP16蛋白結構的生物信息學分析
T細胞的優(yōu)勢抗原表位，為布魯氏菌診斷和疫苗研究的提供基礎。1 材料與方法1.1 材 料1.1.1氨基酸序列 從NCBI網(wǎng)站中的protein(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/)中獲取B.melitensis的OMP16蛋白的氨基酸序列(GenBank: AAD33089.2)，序列如下：Mgyfpswrltsnavvlpderlpaaaavpmgiqhllamsgstivapllmgfdpnvavffsgig-tl
中國人獸共患病學報 2019年1期2019-02-19
- 從專利分析角度看口蹄疫表位疫苗
型疫苗中，以抗原表位為基礎制備的表位疫苗由于其針對性強、特異性高、廣譜性強，安全可靠等優(yōu)點而脫穎而出。近年來，F(xiàn)MD表位疫苗的專利技術取得了很大進步，同時專利信息是獲取該領域最新成果、產業(yè)現(xiàn)狀的重要來源。因此，本文從專利分析角度對FMD表位疫苗的技術研究進行總結，為安全有效的FMD疫苗的研制以及其他疾病的表位疫苗研究提供參考。2 FMDV相關表位早在1981年，Kupper等、Boothroyd等、Kleid等先后報道了具有免疫活性的FMDV VP1基因[
山東化工 2019年18期2019-02-16
- 細粒棘球絳蟲蛋白egG1y162-1、egG1y162-2的抗原表位比較
蛋白中獲得確切的表位信息，進行表位疫苗的構建，或者反復將該表位構建到高分子載體上，能夠提高疫苗的保護能力，對未來包蟲病感染的預防有著重要的意義[4]。Zhang等[5]在此基礎上對egG1y162蛋白的抗原表位進行分析，將軟件預測的結果進行多重比較，并對預測的T細胞和B細胞聯(lián)合表位通過分子生物學的方法進行克隆、誘導和表達，純化出相應的重組蛋白。又根據(jù)預測的3個T-B 聯(lián)合表位所在的區(qū)域結果將抗原截短為2段，其中一段含有1個T-B聯(lián)合表位，即1～51位氨基酸
新疆醫(yī)科大學學報 2019年1期2019-01-22
- 精子相關抗原9 B細胞及T細胞表位富集區(qū)預測
靶點[9]?？乖?span id="j5i0abt0b" class="hl">表位，即抗原分子中決定抗原特異性的特殊結構或數(shù)個氨基酸殘基。但是對于SPAG-9尚未有相關研究。本研究利用生物信息軟件系統(tǒng)等預測分析了SPAG-9的B細胞優(yōu)勢表位以及人主要組織相容性復合體（major histocompatibility complex，MHC）限制的細胞毒性T淋巴細胞（cytotoxic T lymphocyte，CTL）表位，首次得到了SPAG-9的表位富集區(qū)，為SPAG-9表位疫苗的設計和研究提供理論依據(jù)。1 材料和
溫州醫(yī)科大學學報 2018年1期2018-02-07
- 線性B細胞表位預測方法研究進展①
81)線性B細胞表位預測方法研究進展①程 華 成 彬②③羊紅光③(河北省科學院生物研究所，石家莊050081)在抗原抗體的結合反應中，抗體參與結合的部位稱抗體的對位(Paratope)，抗原參與結合的部位稱抗原的表位(Epitope)[1]。表位就是抗原中能被免疫細胞特異性識別的線性片段或空間構象性結構，是引起免疫應答和免疫反應的基本單位。表位是蛋白質抗原性的基礎，在蛋白的特異性抗體制備、疫苗的計算機輔助設計，特別是近期具有很大潛力的腫瘤免疫療法中都具有非
中國免疫學雜志 2017年9期2017-09-21
- 阿爾茨海默病淀粉樣蛋白抗原表位`的生物信息學預測*
病淀粉樣蛋白抗原表位`的生物信息學預測*劉軍莉1，2，3，4，湯峰1，3，4，劉川川1，3，崔森2，3#，李占全2，3&(1.青海大學高原醫(yī)學研究中心；2.青海大學附屬醫(yī)院；3.高原醫(yī)學應用基礎重點實驗室； 4.青海-猶他高原醫(yī)學聯(lián)合重點實驗室，青海 西寧 810000)目的 利用生物信息學預測阿爾茨海默病中淀粉樣前體蛋白的二級結構及優(yōu)勢抗原表位，擬為今后基于Aβ蛋白表位疫苗的設計奠定基礎。方法 用Genbank獲取APP及氨基酸殘基片段Aβ1～42蛋白的
中國高原醫(yī)學與生物學雜志 2017年2期2017-08-07
- 豬重要感染病毒蛋白的二級結構、抗原表位分析及三聯(lián)表位多肽疫苗的重組預測
的二級結構、抗原表位分析及三聯(lián)表位多肽疫苗的重組預測劉 祥， 陳 琛， 陳春琳， 吳三橋(陜西理工大學 中德天然產物研究所 陜西省天麻山茱萸工程技術研究中心， 漢中 723001)為設計豬重要感染病毒的蛋白表位多肽疫苗，選取豬感染病毒的候選疫苗蛋白：豬繁殖與呼吸綜合征病毒的GP5蛋白，豬圓環(huán)病毒2型的CAP蛋白，豬瘟病毒的E2蛋白。綜合ABCpred和BepiPred方案，預測候選蛋白的B細胞表位；利用神經網(wǎng)絡與量化矩陣法預測蛋白的CTL表位；采用MHC-
生物學雜志 2017年3期2017-07-18
- 大豆中主要抗原蛋白表位的研究進展
豆中主要抗原蛋白表位的研究進展娜仁高娃，趙 元*，強嘉楠，孫趙洋，潘 麗，袁志杰（動物生產及產品質量安全教育部重點實驗室，動物營養(yǎng)與飼料科學吉林省重點實驗室，吉林農業(yè)大學動物科學技術學院，吉林長春130118）本文簡要介紹了大豆中主要的抗原蛋白如大豆球蛋白、β-伴大豆球蛋白、Gly m Bd 30K、Gly m Bd 28K等具有強烈的致敏原性的抗原蛋白其抗原表位的研究進展，將從大豆抗原蛋白抗原表位的鑒定方法和研究進展兩方面做一綜述。大豆；抗原蛋白；表位；
中國畜牧雜志 2017年4期2017-04-17
- 結核分枝桿菌Rv2181T、B細胞表位預測及分析
181T、B細胞表位預測及分析占衛(wèi)紅，吳啟航，趙隆麒，王心倩，孫 妍，余曉麗(武漢輕工大學 生物與制藥工程學院，湖北 武漢 430023)預測和分析結核分枝桿菌Rv2181抗原的T細胞表位和B淋巴抗原表位的分布狀況。首先從NCBI中得到蛋白的氨基酸序列，接著通過BLAST將人類蛋白和得到的序列進行同源性分析，使用SYFPEITHI對MTB中Rv2181蛋白的T淋巴細胞抗原表位，取得分在前2%的多肽作為優(yōu)勢抗原，然后用NETCTL、NetMHC和BIMAS等
武漢輕工大學學報 2017年1期2017-04-11
- 多表位疫苗構建研究進展及其獸醫(yī)臨床應用
266000）多表位疫苗構建研究進展及其獸醫(yī)臨床應用孫香豐 代燦燦 （青島市動物園 山東 青島 266000）多表位疫苗(multiepitope vaccine)也稱雞尾酒式疫苗，是一種基于目標抗原表位氨基酸序列設計的新型亞單位疫苗。根據(jù)設計方法不同，可分為線性串聯(lián)多表位疫苗、多價抗原肽表位疫苗、病毒顆粒樣疫苗等形式。根據(jù)抗原表位類型不同可分為B細胞表位疫苗、T細胞表位疫苗、混合型表位疫苗等。本文就近年來多表位疫苗構建研究狀況和其在獸醫(yī)臨床應用作一綜述。
山東畜牧獸醫(yī) 2017年6期2017-04-04
- 聯(lián)合T、B細胞表位設計多肽疫苗的研究進展①
·聯(lián)合T、B細胞表位設計多肽疫苗的研究進展①李少華②唐 康 張春梅 金伯泉 馬 櫻(第四軍醫(yī)大學基礎部免疫學教研室，西安710032)從Adam等[1]發(fā)現(xiàn)針對口蹄疫病毒的多肽疫苗，到Lerner[2]建立多肽疫苗合成的方法，再到聯(lián)合T、B細胞表位多肽疫苗設計的出現(xiàn)，新型疫苗的研制快速發(fā)展。聯(lián)合T、B細胞多肽表位是指將已證實或預測得到具有免疫原性的T、B細胞多肽表位通過生物、化學方法連接，或同時串聯(lián)通用CD4+T細胞表位以增強T、B細胞表位的免疫原性，從而
中國免疫學雜志 2017年1期2017-01-17
- 奶牛乳房炎重要候選疫苗蛋白的抗原表位分析及三聯(lián)重組表位疫苗的氨基酸序列設計
選疫苗蛋白的抗原表位分析及三聯(lián)重組表位疫苗的氨基酸序列設計劉 祥1，孔智翔1，殷書平2，毆莎莎1，劉成艷1，同韓虎1，吳三橋1，陳 琛1，陳春琳1（1.陜西理工大學中德天然產物研究與開發(fā)利用聯(lián)合研究所，陜西 漢中723001；2.陜西醫(yī)藥控股集團生物制品有限公司，陜西 漢中723000）為設計奶牛乳房炎三聯(lián)重組表位多肽疫苗，選取奶牛乳房炎3種主要感染菌的候選疫苗蛋白：金黃色葡萄球菌的Ebps與ClfA，大腸埃希菌的OmpA與OmpC，鏈球菌的SIP與PGK
浙江農業(yè)學報 2016年9期2016-11-21
- 乙型肝炎病毒特異性CTL表位變異分析
病毒特異性CTL表位變異分析鄒淑慧，肖九長，張麗琴，唐金鳳，劉奕紅（贛州市人民醫(yī)院檢驗科，江西贛州341000）目的初步調查乙型肝炎病毒（HBV）特異性CTL表位的序列特點，同時探討乙型肝炎重癥化和慢性化的可能機理。方法本研究采用PCR擴增法獲取HBV全基因并測序，參考國外文獻報道的17個熱點HBV特異性CTL表位氨基酸序列，分析其與本文獲得的CTL表位氨基酸序列的差別。對患者各個表位變異的差異進行卡方檢驗。結果獲得46份HBV全基因組序列，急性乙型肝炎（
實驗與檢驗醫(yī)學 2016年5期2016-11-15
- 結核分枝桿菌 Rv2986c T、B細胞表位分析
6c T、B細胞表位分析孫妍，王心倩，占衛(wèi)紅，雷航，陳高瞻，余曉麗(武漢輕工大學 生物與制藥工程學院，湖北 武漢 430023)預測并分析結核分枝桿菌Rv2986c的 CD4+T 、CD8+T 和B細胞表位分布情況。方法在NCBI數(shù)據(jù)庫上查詢并獲得Rv2986c的氨基酸序列，用 BLAST分析其與結核分枝桿菌復合群及人類蛋白的同源性。利用NetMHC數(shù)據(jù)庫預測并分析目的蛋白的CD4+T細胞表位的分布情況；利用SYFPEITHI、NetMHC、BIMAS和I
武漢輕工大學學報 2016年3期2016-10-27
- 雞蛋過敏原表位研究進展
7)?雞蛋過敏原表位研究進展肖娜1,劉育穎1,劉熙文1,佟平3，周煌1,馮彥娟1,金元寶1,高金燕2,*(1.吉安職業(yè)技術學院現(xiàn)代農林工程學院，江西吉安 343000;2.南昌大學食品學院，江西南昌 330047;3.南昌大學食品科學與技術國家重點實驗室，江西南昌 330047)雞蛋過敏是一種常見的食物過敏反應,是人體對雞蛋中蛋白質成分產生的一種變態(tài)反應。食物過敏反應的物質基礎是抗原表位與抗體對位,解決食物過敏反應問題的關鍵一點即需要深入研究出過敏原的表位
食品工業(yè)科技 2016年3期2016-09-13
- 多房棘球蚴抗原蛋白TSP3抗原表位的生物信息學預測#
蛋白TSP3抗原表位的生物信息學預測#龐明泉1，3，湯 鋒2，3，4，周 虎1，3，萬陳飛1，3，陽丹才讓1，3，4*，樊海寧1，3，4**(1.青海大學附屬醫(yī)院肝膽胰外科，青海 西寧 810001；2.青海大學醫(yī)學院高原醫(yī)學研究中心，青海 西寧 810001；3.青海大學高原人畜共患病研究所，青海 西寧 810001；4.青海省包蟲病研究重點實驗室，青海 西寧 810001)目的 預測多房棘球絳蟲抗原蛋白TSP3的二級結構和優(yōu)勢抗原表位(T細胞和B細胞表
中國高原醫(yī)學與生物學雜志 2016年1期2016-04-12
- 豬繁殖與呼吸綜合征病毒抗原表位研究進展
吸綜合征病毒抗原表位研究進展陳如敬，周倫江*，吳學敏，車勇良，嚴 山，王晨燕，王隆柏，劉玉濤，魏 宏(福建省農業(yè)科學院畜牧獸醫(yī)研究所 福建省畜禽疫病防治工程技術研究中心，福建福州 350013)根據(jù)病毒表位與受體細胞結合部位的差異可分為B細胞抗原表位和T細胞抗原表位。對豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)的抗原表位的研究已有大量報道，論文根據(jù)PRRSV的基因組結構蛋白和非結構蛋白基因編碼區(qū)特點，對鑒定的PRRSV相關抗原表位進行簡要綜述，為進一步開發(fā)PRR
動物醫(yī)學進展 2016年11期2016-03-10
- COMP特異性單抗15A11的表位特征研究①
抗體15A11的表位特征。方法：選用隨機十二肽噬菌體庫對mAb 15A11進行三輪篩選，隨機挑取40個單噬菌斑，提取DNA，測序；ELISA檢測每個噬菌體克隆與mAb 15A11結合的特異性；通過ClustalW2對特異性結合的噬菌體展示的十二肽和COMP進行氨基酸序列比對，PyMOL分析一致氨基酸所在肽鏈的二級結構及表位氨基酸之間的距離，初步確定mAb 15A11的表位；變性和非變性Western blot、EDTA螯合Ca2+后ELISA分析以及合成多
中國免疫學雜志 2015年11期2016-01-08
- 加權貝葉斯線性B細胞表位特征提取方法
116)0 引言表位是蛋白質抗原性的基礎，深入研究蛋白質表位對多肽和新型疫苗分子的設計及診斷試劑的開發(fā)具有重要意義［1］．線性B細胞表位是抗原序列上能與抗體結合的一段連續(xù)的區(qū)域［2］．早期的表位預測工作主要通過生物實驗進行鑒別，但這種方法耗時耗力而且得到的數(shù)據(jù)較少，針對標準的數(shù)據(jù)集開發(fā)自動評價工具將是未來的發(fā)展方向［3］．線性B細胞表位預測問題可以看作一個二分類問題:給定若干肽鏈序列，指出哪些肽鏈序列屬于表位，哪些屬于非表位．表位和非表位在某些生物特性、序
福州大學學報（自然科學版） 2015年1期2015-12-29
- 丙型肝炎病毒CTL-Th表位嵌合DNA疫苗的構建
病毒CTL-Th表位嵌合DNA疫苗的構建李德周1，段志良2，郭江龍2，王思娜2，劉慧芳2，王志斌2，鐘曉芝2，陳永平3，文金生2（1.寧波市第二醫(yī)院 肝病科，浙江 寧波 315000；2.溫州醫(yī)科大學 蟲媒病毒研究所，浙江 溫州325035；3.溫州醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院 感染科，浙江 溫州 325015）目的：構建丙型肝炎病毒（HCV）CTL-Th表位嵌合DNA疫苗并探討其體內免疫學效應。方法：基于我們前期從HCV中鑒定的4條HLA-A*0201限制性CT
溫州醫(yī)科大學學報 2015年2期2015-12-27
- D型產氣莢膜梭菌ε毒素蛋白結構及抗原表位分析
的蛋白結構、抗原表位進行預測與分析。綜合ε毒素蛋白親水性、表面可能性、抗原指數(shù)、二級結構預測結果顯示，肽鏈13-19、44-47、59-63、79-82、94-97、151-153、200-204、211-221、245-250、257-260位可能存在B細胞抗原表位，三級結構預測的94、151結合位點位于94-97、151-153抗原表位區(qū)內。關鍵詞：D型產氣莢膜梭菌；ε毒素；表位；蛋白結構中圖分類號：S852.61 文獻標識碼：A 文章編號：0439-
湖北農業(yè)科學 2014年16期2014-10-20
- 羊傳染性膿皰病毒湖北分離株CBP二級結構及其細胞表位的預測
肽、優(yōu)勢的B細胞表位和T細胞表位，了解ORFV CBP基因的分子特性以及其編碼蛋白的功能，以及其在宿主機內如何發(fā)揮調節(jié)作用。1 材料與方法1.1 毒株和試劑 ORFV-HB病毒株分離自湖北省某羊場發(fā)病山羊，由本實驗室分離、保存。LA Taq DNA聚合酶、DNA分子質量標準、DNA提取試劑盒和凝膠回收試劑盒購自大連寶生物工程有限公司。1.2 羊口瘡病毒DNA的提取 從增殖ORFV 的小牛腎（madin-darby bovine kideny, MDBK）細
中國動物傳染病學報 2014年3期2014-06-08
- 腺病毒55型抗原表位分析及評價
重要的中和性抗原表位，也是疫苗研究的重要靶點[11]。纖突有血清特異性，且含有體外血細胞凝集的種屬特異性抗原決定位點。有研究顯示，纖突抗體的產生略早于六鄰體[12]，因此，纖突抗原在早期診斷中具有重要地位。由于Ad55發(fā)現(xiàn)較晚，有關其抗原表位分析尚未見報道。我們用生物信息學技術預測了Ad55六鄰體和纖突抗原表位，為研制包括Ad55在內的腺病毒血清學檢測和疫苗提供免疫學基礎。1 材料和方法1.1 材料47份疑似腺病毒呼吸道感染臨床樣本血清由本室保存；48份正
生物技術通訊 2014年2期2014-05-04
- 原發(fā)性肝癌高表達抗原GPC-3的HLA-A2限制性細胞毒性T淋巴細胞表位預測
靶點［1-2］。表位是引起免疫應答和免疫反應的基本單位，確定特異性細胞毒性T淋巴細胞(cytotoxic T lymphocyte，CTL)的表位對于研究細胞免疫機制、過程以及研制多肽疫苗和基因疫苗等具有重要意義。在所有HLA基因型中，HLA-A2是在人群中最普遍表達的等位基因，因此由HLA-A2分子遞呈的腫瘤抗原肽表位誘導的CTL在腫瘤細胞免疫治療中具有重要意義［3］。表位預測的過程是根據(jù)不同環(huán)節(jié)聯(lián)合應用多種表位預測方法如BIMAS、SYFPEITHI等
解放軍醫(yī)藥雜志 2013年8期2013-09-14
- 幽門螺旋桿菌尿素酶A亞基抗原表位肽與霍亂毒素B亞基融合蛋白的生物信息學設計及表達優(yōu)化研究
尿素酶A亞基抗原表位肽與霍亂毒素B亞基融合蛋白的生物信息學設計及表達優(yōu)化研究郭 樂1，2*， 劉昆梅1，2， 李小康2， 湯 鋒2， 奚 濤21.寧夏醫(yī)科大學檢驗學院，銀川750021；2.中國藥科大學生命科學與技術學院，南京210009幽門螺旋桿菌（Hp）是慢性胃炎、消化性潰瘍和胃癌的重要致病因子。研發(fā)基于Hp尿素酶的表位疫苗是一種很有前景的防治Hp感染的策略。本研究主要通過生物信息學軟件對Hp尿素酶表位肽U21和霍亂毒素B亞基（CTB）的連接順序和間隔
生物技術進展 2013年1期2013-06-07
- 表位疫苗研究進展＊
質，而僅僅是針對表位，通常是一段多肽。表位疫苗是近年來發(fā)展起來的一種新型疫苗，它是利用基因工程手段，體外表達或人工合成病原微生物的抗原表位，將其作為一種疫苗使用［1］。表位又稱抗原決定簇，是抗原分子中決定抗原特異性的化學基團，它是能夠與T細胞抗原受體TCR或B細胞抗原受體BCR特異性結合的基本單位，最終激起機體的免疫反應，形成對病原微生物的免疫能力。因此，表位疫苗符合未來疫苗發(fā)展的方向。1 表位篩選要研制表位疫苗，首先要篩選出需要的表位。表位是一個免疫學概
動物醫(yī)學進展 2012年1期2012-03-30
- 細粒棘球絳蟲Eg95抗原表位的生物信息學預測＊
絳蟲Eg95抗原表位的生物信息學預測＊李玉嬌1，王 晶2，趙 慧1，賈海英3，李 博2，馬秀敏4，溫 浩1，丁劍冰1，4目的 應用軟件和在線網(wǎng)絡分析Eg95的蛋白二級結構，預測B細胞表位和T細胞表位，為確定和篩選優(yōu)勢表位，研制安全、高效的表位疫苗奠定基礎。方法 采用DNAStar軟件和在線網(wǎng)站IEDB、SYFPEITHI等對Eg95的B細胞表位和 T細胞表位進行預測。結果 Eg95存在潛在的抗原表位，B細胞表位區(qū)域：16－38，41－48，50－67，68
中國人獸共患病學報 2011年10期2011-08-21
- 禽流感表位疫苗的研究進展
獨特性抗體疫苗、表位疫苗等。表位疫苗是近幾年發(fā)展起來的一種獨特疫苗，它是以抗原表位為基礎制備的疫苗。免疫細胞通常難以借助其表面受體識別整個抗原分子，而是識別抗原大分子上的一些特定的免疫活性基團并與其進行反應。抗原分子中這些負責和免疫細胞的抗原受體或抗體分子相結合，決定該抗原特異性的特殊化學基團稱為表位?？乖?span id="j5i0abt0b" class="hl">表位是T細胞抗原受體和B細胞抗原受體及抗體特異結合的基本單位，在免疫應答中，根據(jù)T、B細胞抗原受體所識別的抗原表位的不同，分別稱為T細胞表位和B細胞表位
中國獸藥雜志 2011年8期2011-08-15
- 2-型豬鏈球菌保護性抗原RfeA的B細胞表位預測
S2感染的疫苗。表位疫苗(Epitope vaccine)是用抗原表位制備的疫苗,包括合成肽疫苗、重組表位疫苗和表位核酸疫苗,是目前有關傳染性疾病和惡性腫瘤疫苗的研制方向[3]。通常僅由一種抗原肽制備的疫苗,誘導的免疫保護作用較弱,含有多種B細胞或T細胞表位的多表位疫苗,可誘導更好的保護力。發(fā)展多表位疫苗有利于提供更完全更有針對性的免疫保護。另外,對抗原表位的研究,將深層次地揭示蛋白抗原誘導免疫應答的分子機制。筆者在前期研究工作中,證實了RTX家族胞外蛋白
成都醫(yī)學院學報 2011年2期2011-08-06
- 淋球菌孔蛋白基因與脂寡糖表位融合基因原核表達載體的構建及表達
球菌LOS的保守表位,因可以被Mab2C7識別,又稱為2C7表位[8]。2C7表位是由Hep1、Hep2及與其相連的半乳糖鏈構成的,Mab2C7可以識別不同淋球菌菌株的LOS。Ngampasutadol等通過大腸埃希菌隨機肽庫篩選了7個能與Mab2C7結合的短肽并證明其中之一PEP1能夠產生由正常人血清介導的補體殺傷作用[9]。本課題組通過人工合成技術合成上述7個短肽,經抗體效價及殺菌活性檢測篩選出保護性較好的3個短肽(表位),分別命名為PEP1PEP2P
動物醫(yī)學進展 2011年5期2011-03-07
- 異源抗體對接方法預測流感病毒血凝素B細胞構象表位
置就代表著抗原的表位，因此表位被定義為處于抗原表面維持這些特殊構象及位置的與抗體上抗原結合位點相互作用的氨基酸殘基[1]。表位根據(jù)與抗原受體結合的不同可分為B細胞表位和T細胞表位。B細胞表位是抗原中可被B細胞受體或抗體特異性識別并結合的線性片段或空間構象性結構。從空間結構分析，B細胞表位可分為連續(xù)性的線性表位和不連續(xù)性的空間構象性表位。線性表位，是由肽鏈上順序連續(xù)的氨基酸組成；構象性表位，是由那些在空間結構上接近，但順序上不連續(xù)的氨基酸組成，具有高度的空間
中國預防獸醫(yī)學報 2010年1期2010-08-06
- 弓形蟲抗原表位研究進展*
付寶權弓形蟲抗原表位研究進展*王艷華,殷 宏,張德林,付寶權弓形蟲是一種呈全球分布的專性細胞內寄生原蟲,廣泛寄生于人和動物的有核細胞內,能引起嚴重的人獸共患寄生蟲病。因此,對弓形蟲及弓形蟲病的研究日趨得到學者們的重視。由于弓形蟲生活史較復雜,抗原成分多,每種抗原在體內誘導的免疫效應不同,實驗證明,單價亞單位疫苗免疫效果和單一抗原診斷試劑檢測效果均不理想,研制多表位疫苗和診斷試劑必然是一個新的發(fā)展趨勢。因此,正確而詳細地了解蛋白質表位對疾病的診斷以及設計疫苗
中國人獸共患病學報 2010年1期2010-02-12
- 口蹄疫病毒T細胞表位研究概況
部分，該部位稱為表位或抗原決定簇［1］。T、B細胞分別通過 T細胞抗原受體(T cell receptor，TCR)和B細胞抗原受體 (B cell receptor，BCR)識別抗原，介導細胞免疫和體液免疫，是適應性免疫應答的主要參與者。與B細胞對抗原的識別不同，T細胞不能識別完整的天然抗原分子，需要抗原提呈細胞 (APC)的協(xié)助，并且由組織相融性抗原復合物 (MHC)分子將表位肽段遞送至細胞表面才能識別。該過程包括抗原的加工和提呈、免疫突觸的形成，T細
浙江農業(yè)科學 2010年5期2010-02-12
- H1N1亞型流感病毒血凝素Th和B細胞表位預測及抗原性分析①
凝素Th和B細胞表位預測及抗原性分析①王開艷 李太元 魯會軍②譚 磊②③南文龍②③田明堯②③張金雙②③劉 昊④金寧一②⑤（延邊大學農學院,龍井 133400）目的:應用生物信息學方法預測H1N1亞型流感病毒血凝素Th和B細胞相關抗原表位,并初步分析其抗原性,為研制H1N1亞型流感病毒的表位疫苗奠定基礎。方法:依據(jù)近年流感病毒流行趨勢,從GenBank下載具有代表性的H 1N1亞型流感病毒HA蛋白氨基酸序列。進行生物信息學綜合分析預測,獲得Th和B細胞相關抗
中國免疫學雜志 2010年1期2010-02-06