生物信息學(xué)分析
- 馬鈴薯GA2ox家族基因響應(yīng)赤霉素（GA）和低溫脅迫表達(dá)分析
成員。生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示，StGA2ox家族基因分為C19和C20 2個(gè)家族，其中C19又分為2個(gè)亞族，13個(gè)StGA2ox基因不均勻得分布于8條染色體上，其中有5對(duì)共線性基因?qū)Γ?號(hào)染色體上有3個(gè)基因形成1個(gè)串聯(lián)重復(fù)基因簇。此外，StGA2ox啟動(dòng)子區(qū)域存在響應(yīng)低溫脅迫、植物激素等多種順式作用元件。利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法分析外源GA3和低溫脅迫處理?xiàng)l件下StGA2ox表達(dá)模式，所有StGA2ox基因均能夠被外源GA3誘導(dǎo)表達(dá)，其中StGA2ox2
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2023年5期2023-09-19
- 艾草等10種精油植物單萜合成酶生物信息學(xué)分析
成酶；生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào) Q 946文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 A文章編號(hào) 0517-6611（2023）15-0088-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2023.15.021Bioinformatics Analysis of Monoterpene Synthase in Ten Essential Oil Plants Including Artemisia argyiJING Bing-nian，WEI Lei，XIE Xiao
安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年15期2023-08-26
- 灰氈毛忍冬與忍冬HQT2基因的克隆及表達(dá)分析
列進(jìn)行生物信息學(xué)分析；利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)（qRT-PCR）分別測(cè)定灰氈毛忍冬與忍冬莖、葉及不同花期花中相關(guān)基因的相對(duì)表達(dá)量；采用HPLC 測(cè)定綠原酸含量并結(jié)合表達(dá)量做相關(guān)性分析。結(jié)果 克隆得到LmHQT2（MH196564）和LjHQT2（MK294639），其開放閱讀框長(zhǎng)度均為1 296 bp，編碼431個(gè)氨基酸，生物信息學(xué)分析預(yù)測(cè)為親水性蛋白，可能定位于細(xì)胞質(zhì)中，屬于氯霉素乙酰轉(zhuǎn)移酶樣結(jié)構(gòu)域超家族；qRT-PCR結(jié)果顯示，HQT2基因具有組織特
湖南中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào) 2023年7期2023-08-14
- 芋淀粉分支酶（SBE）基因的鑒定、生物信息學(xué)及表達(dá)分析
支酶；生物信息學(xué)分析；表達(dá)分析中圖分類號(hào)：S632.3 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A淀粉是高等植物主要的儲(chǔ)存多糖，由直鏈淀粉和支鏈淀粉構(gòu)成，是人們?nèi)粘ｏ嬍持刑妓衔锏闹饕獊碓碵1-2]。淀粉通常存在于谷類作物和塊莖類作物中， 如水稻（ Oryza sativa ） 、小麥（Triticum aestivum）、玉米（Zea mays）、馬鈴薯（Solanum tuberosum）、木薯（Manihot esculenta）和芋（Colocasia esculenta）
熱帶作物學(xué)報(bào) 2023年7期2023-08-14
- 鼠源Desmin基因克隆表達(dá)及其生物信息學(xué)分析
白進(jìn)行生物信息學(xué)分析?！窘Y(jié)果】鼠源Desmin基因長(zhǎng)1410 bp，選用pGEX-4T-1載體和pcDNA3.0載體分別成功構(gòu)建了原核表達(dá)載體pGEX-4T-1-Desmin-Flag和真核表達(dá)載體pcDNA3.0-Desmin-Flag。原核表達(dá)載體pGEX-4T-1-Desmin-Flag轉(zhuǎn)化大腸桿菌后經(jīng)IPTG誘導(dǎo)，成功表達(dá)出70 kD的融合蛋白Desmin-Flag；真核表達(dá)載體pcDNA3.0-Desmin-Flag轉(zhuǎn)染BHK-21細(xì)胞，通過We
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2023年2期2023-07-22
- 早發(fā)型子癇前期及晚發(fā)型子癇前期關(guān)鍵基因鑒定及功能聚類
通過生物信息學(xué)分析出與子癇前期可能相關(guān)的重要基因，可以進(jìn)一步對(duì)這些基因在子癇前期的功能進(jìn)行驗(yàn)證。關(guān)鍵詞：早發(fā)型子癇前期，晚發(fā)型子癇前期，生物信息學(xué)分析子癇前期（PE）是孕產(chǎn)婦及圍產(chǎn)期發(fā)病及致死的主要病癥之一。據(jù)統(tǒng)計(jì)，全球大約每年有50000～60000起子癇前期相關(guān)的死亡案例[1]。在子癇前期病例中，胎兒和母親都面臨較差的預(yù)后及未來長(zhǎng)期高危的心血管疾病和代謝疾病[2～3]。目前研究將子癇前期主要分為早發(fā)型子癇前期（EOPE）和晚發(fā)型子癇前期（LOPE）。
健康之家 2023年10期2023-06-30
- 基于高通量測(cè)序的建蘭轉(zhuǎn)錄組信息分析
錄組；生物信息學(xué)分析；功能注釋中圖分類號(hào)：S 682.31? ?文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A? ?文章編號(hào)：0253-2301（2023）03-0001-08DOI： 10.13651/j.cnki.fjnykj.2023.03.001Abstract： In order to obtain the transcriptome group information of Cymbidium ensifolium， the transcriptome sequencing，
福建農(nóng)業(yè)科技 2023年3期2023-06-15
- 猴樟CbMYB308轉(zhuǎn)錄因子基因克隆及生物信息學(xué)分析
，進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，克隆得到的序列具有1個(gè)942 bp完整的ORF框，編碼313個(gè)氨基酸，與沉水樟中收錄的RWR91885.1基因序列一致性達(dá)97.29%，系統(tǒng)進(jìn)化樹的結(jié)果表明，猴樟CbMYB308蛋白具有較高的保守性；猴樟CbMYB308蛋白生物信息學(xué)分析結(jié)果表明，CbMYB308蛋白具有PLN03091家族結(jié)構(gòu)域，為R2R3-MYB型轉(zhuǎn)錄因子，CbMYB308蛋白化學(xué)分子式為C1496H2356N432O489S11，相對(duì)分子量34.57
安徽農(nóng)學(xué)通報(bào) 2023年3期2023-05-30
- 陸地棉膜結(jié)合脂肪酸去飽和酶基因家族的全基因組鑒定及表達(dá)分析
鑒定；生物信息學(xué)分析；基因表達(dá)；干旱和鹽脅迫；褪黑素脂肪酸去飽和酶（fatty acid desaturase，F(xiàn)AD）能夠在脂肪酸鏈的特定位置引入雙鍵，是產(chǎn)生不飽和脂肪酸的關(guān)鍵酶。植物中的不飽和脂肪酸主要包括油酸、亞油酸、亞麻酸和花生四烯酸等，不僅是儲(chǔ)藏油脂的重要組分，還是植物細(xì)胞膜脂的主要成分。FAD包括FAD2、FAD3、FAD4、FAD5、FAD6、FAD7禾口FAD8，其中FAD2和FAD6為-6（也稱A12）去飽和酶，能夠在油酸脂肪酸鏈的A12
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年4期2023-05-27
- 心房顫動(dòng)患者人成纖維細(xì)胞的單細(xì)胞RNA序列的生物信息學(xué)分析
?利用生物信息學(xué)分析，鑒定出FN1、TIMP1、LAMB1、FBN1、C3、VCAN在內(nèi)的基因及黏著斑、細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白酶信號(hào)通路和轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-β信號(hào)通路可能是AF誘導(dǎo)的人心房成纖維細(xì)胞促纖維化重塑的重要分子機(jī)制。[關(guān)鍵詞]?心房顫動(dòng)；單細(xì)胞RNA序列；人心房成纖維細(xì)胞；生物信息學(xué)分析[中圖分類號(hào)]?R541.7??????[文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼]?A??????[DOI]?10.3969/j.issn.1673-9701.2023
中國(guó)現(xiàn)代醫(yī)生 2023年9期2023-05-26
- 猴樟CbP5CR基因克隆及生物信息學(xué)分析
，進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，克隆得到的序列具有一個(gè)810 bp完整的ORF框，編碼269個(gè)氨基酸，與沉水樟中收錄的RWR74447.1基因序列一致性達(dá)98.88%，系統(tǒng)進(jìn)化樹的結(jié)果表明，猴樟CbP5CR蛋白具有較高的保守性；猴樟CbP5CR蛋白生物信息學(xué)分析結(jié)果表明，CbP5CR蛋白具有PLN02688家族結(jié)構(gòu)域，CbP5CR蛋白化學(xué)分子式為C1242H2015N345O375S7，相對(duì)分子量28.01 kD，理論等電點(diǎn)7.03，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，不存在氨基酸
安徽農(nóng)學(xué)通報(bào) 2023年4期2023-05-18
- 基于轉(zhuǎn)錄組的番荔枝ARF基因家族鑒定及其在花發(fā)育中的表達(dá)分析
因子；生物信息學(xué)分析；花發(fā)育；表達(dá)分析中圖分類號(hào)：S667.9 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A番荔枝（Annona squamosa L.），也稱為釋迦果，屬番荔枝科植物，是熱帶、亞熱帶地區(qū)的著名水果，分布于福建、廣西、廣東、海南、云南等地[1]。由于番荔枝的葉柄抱嵌著葉芽，所以葉片不脫落，葉芽則無法萌發(fā)[2-3]。番荔枝的花具有雌雄異熟且雌蕊先熟的特點(diǎn)，常常出現(xiàn)花發(fā)育異常和畸形花現(xiàn)象，導(dǎo)致“花而不實(shí)”、結(jié)果率低等問題，從而限制了番荔枝產(chǎn)業(yè)的發(fā)展[4-6]。生長(zhǎng)素響應(yīng)因子
熱帶作物學(xué)報(bào) 2023年4期2023-05-16
- 亞麻FAD基因家族的生物信息學(xué)鑒定分析
家族；生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)：S565.9? ? ? ? ? ? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A? ? ? ? ? ? ? ? 文章編號(hào)：2097-2172（2023）03-0246-08doi：10.3969/j.issn.2097-2172.2023.03.011Abstract： Unsaturated fatty acids provide the human body with the energy necessary for basic metabo
甘肅農(nóng)業(yè)科技 2023年3期2023-04-20
- 白菜bZIP轉(zhuǎn)錄因子基因家族應(yīng)答春化反應(yīng)關(guān)鍵基因表達(dá)分析
，通過生物信息學(xué)分析技術(shù)，鑒定全基因組的 BrbZIP 基因家族成員，并對(duì)其染色體分布、進(jìn)化關(guān)系、表達(dá)模式及其應(yīng)答春化反應(yīng)等進(jìn)行了分析。白菜bZIP轉(zhuǎn)錄因子基因家族共有118個(gè)成員，在染色體上不均等分布。白菜組織轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果顯示，大部分 BrbZIP 基因在根、莖、葉、花及莢中均有較高的表達(dá)豐度，且具有組織表達(dá)特異性;春化反應(yīng)轉(zhuǎn)錄組、熒光定量PCR及相關(guān)基因互作網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果表明，白菜 bZIP 基因家族中應(yīng)答春化反應(yīng)相關(guān)基因上調(diào)與下調(diào)表達(dá)基因數(shù)量差異不大
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年3期2022-07-16
- 陸川豬CSRP3基因克隆及其組織表達(dá)差異分析
克隆;生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)： S828.89? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號(hào)：2095-1191（2022）04-0977-08Cloning and differential expression analysis of CSRP3 genein Luchuan pigCHEN Yun1， PAN Peng-cheng2， CHEN Zhao2， JIANG Chang-jin1， GUAN Zhi-hui2，CHE
南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年4期2022-07-14
- 小麥肉桂醇脫氫酶基因（TaCAD1）全長(zhǎng)cDNA序列及生物信息學(xué)分析
列進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明：TaCAD1基因cDNA序列全長(zhǎng)1311bp，包含1個(gè)長(zhǎng)度為1083bp的開放閱讀框（ORF），編碼360個(gè)氨基酸。TaCAD1蛋白等電點(diǎn)（pI）為5.74，分子量為38625.45 Da，其不穩(wěn)定系數(shù)為23.91，屬于穩(wěn)定蛋白質(zhì)。推導(dǎo)的TaCAD1蛋白為疏水性蛋白，不存在跨膜區(qū)，可能位于細(xì)胞質(zhì)內(nèi)，該蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)元件主要為無規(guī)卷曲。TaCAD1蛋白在進(jìn)化過程中較為保守，與節(jié)節(jié)麥、大麥、高羊茅、黑麥草、短花藥野生稻CAD蛋白
安徽農(nóng)學(xué)通報(bào) 2022年11期2022-07-13
- 馬尾松R2R3-MYB基因特征及進(jìn)化和表達(dá)分析
B， 生物信息學(xué)分析， 非生物脅迫， 基因表達(dá)中圖分類號(hào)：? Q943文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：? A文章編號(hào)：? 1000-3142（2022）04-0580-15Characteristics， evolutionary and expression analysis?of R2R3-MYB genes in Pinus massonianaSUN Shuang HU Ying LU Jingyu YANG Zhangqi CHEN Hu（ 1.? Engineer
廣西植物 2022年4期2022-05-13
- 玉米ZmMYB2基因的克隆及表達(dá)分析
并進(jìn)行生物信息學(xué)分析，探究該基因在脅迫條件下的表達(dá)。該基因開放閱讀框長(zhǎng)1233bp，編碼410個(gè)氨基酸，具有多個(gè)MYB轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，為MYB轉(zhuǎn)錄因子。經(jīng)生物信息學(xué)分析推測(cè)ZmMYB2蛋白分子量為46.08kDa，等電點(diǎn)為6.38，屬于親水性酸性非分泌蛋白，具有2個(gè)MYB保守結(jié)構(gòu)域，定位在細(xì)胞核內(nèi)，與高粱、南荻的親緣關(guān)系較近。qRT-PCR結(jié)果表明，該基因在玉米葉片中的表達(dá)量最高，具有組織特異性，且能響應(yīng)干旱和鹽等非生物脅迫。初步判斷該基因?qū)τ衩椎姆巧?/div>
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年3期2022-04-27
- 綿羊KCNH1基因的生物信息學(xué)分析
其進(jìn)行生物信息學(xué)分析，以初步了解其結(jié)構(gòu)和生物學(xué)功能。結(jié)果表明，綿羊KCNH1基因所含最大長(zhǎng)度序列為2 961 bp，且編碼986個(gè)氨基酸殘基。KCNH1基因編碼的蛋白質(zhì)分子式為C4972H7816N1342O1447S40，其蛋白分子質(zhì)量為110 827.28 KDa，理論等電點(diǎn)（pI）為7.52。亞細(xì)胞定位結(jié)果表明其編碼產(chǎn)物主要可能定位于質(zhì)膜（43.5%），其次為內(nèi)質(zhì)網(wǎng) （34.8%），屬于非分泌蛋白。KCNH1蛋白質(zhì)中不存在信號(hào)肽序列，但存在5段跨膜結(jié)甘肅農(nóng)業(yè)科技 2022年3期2022-04-18
- 綿羊HMGA1基因的生物信息學(xué)分析
進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示，綿羊HMGA1基因編碼152個(gè)氨基酸殘基，其編碼的蛋白質(zhì)分子式為C443H759N151O151S1，分子質(zhì)量為10.648 35 kDa，等電點(diǎn)pI為10.31。綿羊HMGA1蛋白為不穩(wěn)定蛋白、親水性蛋白、非分泌蛋白且無信號(hào)肽序列和跨膜結(jié)構(gòu);亞細(xì)胞定位主要存在于細(xì)胞核（95.7%）。綿羊與牛的HMGA1蛋白相似度為100%。其二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)主要以無規(guī)卷曲組成。關(guān)鍵詞：綿羊;HMGA1基因;生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)：S8甘肅農(nóng)業(yè)科技 2022年2期2022-03-23
- 香石竹DcSKP1基因克隆及表達(dá)分析
裂， 生物信息學(xué)分析， 基因表達(dá)分析中圖分類號(hào)：? Q943文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：? A文章編號(hào)：? 1000-3142（2022）02-0286-08Clone and expression analysis of DcSKP1 in Dianthus caryophyllusZHOU Xuhong1，2， ZHAO Xueyan3， YANG Xiaomi2， WU Xuewei3， QU Suping1*（ 1. Flower Research Institu廣西植物 2022年2期2022-03-16
- ７個(gè)桑樹ＡＰ２／ＥＲＦ轉(zhuǎn)錄因子的生物信息學(xué)及表達(dá)分析
F7。生物信息學(xué)分析結(jié)果表明，這7個(gè)AP2/ERF蛋白都屬于不穩(wěn)定蛋白，且均屬于親水性蛋白，二級(jí)結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲為主，亞細(xì)胞定位顯示主要位于細(xì)胞核中。氨基酸序列比對(duì)及進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn)，這7個(gè)AP2/ERF轉(zhuǎn)錄因子均含有1個(gè)保守AP2結(jié)構(gòu)域，其中MnAP2/ERF1～MnAP2/ERF4屬于ERF亞家族，MnAP2/ERF5～MnAP2/ERF7屬于DREB亞家族。熒光定量分析顯示，NaCl、PEG6000、水淹脅迫可誘導(dǎo)7個(gè)桑樹AP2/ERF基因上調(diào)表達(dá)，其山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年1期2022-03-01
- 黃獨(dú)赤霉素受體基因DbGID1s克隆及生物信息學(xué)分析
克隆;生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)： S567.239 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號(hào)：2095-1191（2021）08-2053-08Cloning and bioinformatics analysis of gibberellin insensitive dwarf1 gene DbGID1s in ?Dioscorea bulbiferasTANG Wen-fang， XU Sheng-sheng， LO南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年8期2021-12-15
- 基于BSR-Seq對(duì)甘蔗脫葉性的研究和生物信息學(xué)分析
脫葉;生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)：S566.1? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：ABioinformatic Analysis and Identification of Genes Contributing to Sugarcane Defoliation via BSR-SeqYUE Qu1， SHANG Heyang1， ZHANG Pin2， CHEN Baoshan1，3*， HUANG Youzong1，3*1. College of Agricultur熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年10期2021-12-08
- 3個(gè)澳洲堅(jiān)果MYB蛋白靶基因的克隆與生物信息學(xué)分析
并利用生物信息學(xué)分析這些基因編碼蛋白質(zhì)的同源性、系統(tǒng)進(jìn)化、理化性質(zhì)、亞細(xì)胞定位、跨膜域和信號(hào)肽?！窘Y(jié)果】獲得了3個(gè)新的澳洲堅(jiān)果MYB蛋白靶基因MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3，GenBank登錄號(hào)分別為MT319120、MT319121和MT319122。MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3都包含典型結(jié)構(gòu)域VHS-ENTH-ANTH，與其它植物來源的TOM蛋白具有極高的序列相似度，與荷花TOM蛋白（XP_010260421.1、XP_01024農(nóng)業(yè)研究與應(yīng)用 2021年4期2021-11-12
- 中華獼猴桃WOX轉(zhuǎn)錄因子的生物信息學(xué)分析
詳細(xì)的生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明：（1）中華獼猴WOX轉(zhuǎn)錄因子的所有蛋白成員的氨基酸數(shù)目在138～371之間，分子量為16.222～42.185 kD，均定位于細(xì)胞核的不穩(wěn)定親水蛋白。（2）中華獼猴桃的16個(gè)WOX蛋白成員均屬于Homodomain超家族，僅Achn362451是分泌蛋白，且僅Achn362451和Achn141001具有跨膜區(qū)。（3）大部分WOX蛋白成員的潛在磷酸化位點(diǎn)都位于絲氨酸處。（4）其二級(jí)結(jié)構(gòu)主要以無規(guī)則卷曲為主，其次為α-螺旋。（廣西植物 2021年9期2021-10-16
- 番茄?擬南芥 PREs 及水稻 ILIs 基因生物信息學(xué)分析
Es;生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào) Q 812? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 A文章編號(hào) 0517-6611（2021）18-0099-06doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.18.025開放科學(xué)（資源服務(wù)）標(biāo)識(shí)碼（OSID）：Bioinformatics Analysis of Tomato，Arabidopsis PREs and Rice ILIs GenesGUO Peng-yu，YANG Zhi-jie （Bioengineering安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年18期2021-09-27
- 香蕉TGA轉(zhuǎn)錄因子家族的鑒定及枯萎病菌脅迫下的表達(dá)分析
員進(jìn)行生物信息學(xué)分析。共鑒定得到9個(gè)香蕉TGA家族成員，分別命名為MaTGA1～MaTGA9;香蕉TGA家族蛋白富含酸性氨基酸，大部分蛋白以α螺旋為主;亞細(xì)胞定位主要在細(xì)胞核內(nèi)。進(jìn)化樹分析表明，香蕉MaTGA轉(zhuǎn)錄因子家族的9個(gè)成員可分為Class Ⅰ和Class Ⅱ兩類，基因結(jié)構(gòu)及功能結(jié)構(gòu)域的分布情況也呈現(xiàn)出高度一致。進(jìn)一步通過RT-qPCR分析發(fā)現(xiàn)，MaTGA2、MaTGA3和MaTGA8在香蕉枯萎病菌侵染后的‘威廉斯（易感病）及‘南天黃（抗?。┲芯@著熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年8期2021-09-14
- 小麥NPR1基因家族鑒定及其表達(dá)分析
鑒定;生物信息學(xué)分析;表達(dá)分析中圖分類號(hào)： S512.103.53? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號(hào)：2095-1191（2021）09-2339-11Genome-wide identification and expression analysis ofwheat NPR1 gene familyLI Ya-qian1，2， WANG Lin1，2， SONG Jing-han1，2， NIU Hong-li南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年9期2021-09-13
- 一株具有滑行能力的革蘭氏陰性細(xì)菌的遺傳操作體系構(gòu)建
成酶;生物信息學(xué)分析;接合轉(zhuǎn)移 微生物來源的天然藥物及其衍生物在對(duì)抗微生物感染中占據(jù)著很大的比例1。微生物在長(zhǎng)期進(jìn)化中保留下來的抗生素具有很強(qiáng)的靶位點(diǎn)特異性和很高的生物活性2。近年來，抗生素的普遍使用在全球范圍內(nèi)導(dǎo)致一些具有抗生素抗藥性的人類致病菌的產(chǎn)生，給臨床治療帶來了新的挑戰(zhàn)3。而新批準(zhǔn)的抗生素大部分具有與原有抗生素相似的骨架結(jié)構(gòu)，極易造成靶向致病菌再次培育完善的抗藥機(jī)制以及抗生素的二次失效。較有名的實(shí)例包括ceftobiprole、daptomy客聯(lián) 2021年5期2021-09-10
- 羅氏沼蝦淀粉酶基因克隆及其表達(dá)規(guī)律分析
件進(jìn)行生物信息學(xué)分析，應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)AMY基因在羅氏沼蝦不同組織（腹神經(jīng)節(jié)、胃、心臟、鰓組織、性腺、肝胰腺、肌肉和腸道）中的表達(dá)情況，并明確其在生長(zhǎng)快速家系（FG）和生長(zhǎng)慢速家系（SG）個(gè)體肌肉中的表達(dá)模式。【結(jié)果】羅氏沼蝦AMY基因CDS序列全長(zhǎng)2121 bp，共編碼706個(gè)氨基酸殘基;其編碼蛋白分子量為76.87 kD，理論等電點(diǎn)（pI）為4.63，屬于不穩(wěn)定的親水性蛋白，包含2個(gè)典型的淀粉酶結(jié)構(gòu)域;在羅氏沼蝦AMY蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)中，α-螺旋南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年5期2021-09-08
- 櫻桃查爾酮合成酶獵pCHS2基因的克隆及序列分析
克隆;生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)：S662.5文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：1008-0457（2021）03-0001-06國(guó)際DOI編碼：10.15958/j.cnki.sdnyswxb.2021.03.001Cloning and Sequence Analysis of CpCHS2 Gene in Cerasus PseudocerasusLI Xiaorong，QIAO Guang*，JIANG Yuwen（College of Life Scienc山地農(nóng)業(yè)生物學(xué)報(bào) 2021年3期2021-09-05
- 三七PnAAE41基因的克隆、表達(dá)分析及原核表達(dá)
成酶;生物信息學(xué)分析;時(shí)空表達(dá);原核表達(dá)中圖分類號(hào)：S567.23+6????? 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：AClone and Prokaryotic Expression Analysis of Acyl-activating Enzyme Gene from Panax notoginsengYAN Jing1，2，3， XIANG Guisheng1，2， FENG Lei1，2，3， YANG Mei3， GUO Min3， ZHANG Guanghui1，2熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年7期2021-08-26
- 菠蘿NAC轉(zhuǎn)錄因子基因AcoNAC1生物信息學(xué)及表達(dá)分析
分析。生物信息學(xué)分析表明，該基因cDNA序列全長(zhǎng)1723 bp，ORF為1062 bp，編碼353個(gè)氨基酸，相對(duì)分子量為38.34 kDa，理論等電點(diǎn)為8.88;其編碼蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)由20.40%的α-螺旋（H）和15.30%的β-折疊（E）以及59.21%的無規(guī)則卷曲（C）組成，具有NAC典型結(jié)構(gòu)保守域?；虮磉_(dá)分析表明，AcoNAC1基因的表達(dá)受低溫和干旱脅迫誘導(dǎo)，低溫脅迫24 h和干旱脅迫12 h時(shí)的表達(dá)量最高;在不同成熟期品種中表現(xiàn)出持續(xù)的誘導(dǎo)表達(dá)熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年2期2021-08-06
- 隆林山羊CIDEc基因的克隆及組織表達(dá)分析
件進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)CIDEc基因在隆林山羊和努比亞山羊不同組織器官中的表達(dá)情況?！窘Y(jié)果】隆林山羊CIDEc基因CDS序列全長(zhǎng)為741 bp，共編碼244個(gè)氨基酸殘基，其編碼蛋白分子量26.09 kD，不穩(wěn)定系數(shù)48.44，脂肪指數(shù)100.7，理論等電點(diǎn)（pI）5.28，屬于酸性蛋白，不存在跨膜結(jié)構(gòu)，親水性較強(qiáng)。隆林山羊CIDEc基因CDS序列與NCBI已公布的山羊CIDEc基因（XM_018038446.1）CDS序列相對(duì)比南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年4期2021-08-03
- 番茄匍柄霉SlCmr1基因克隆及其敲除載體的構(gòu)建
白進(jìn)行生物信息學(xué)分析。利用SlCmr1基因上、下游1100 bp左右的序列設(shè)計(jì)引物，分別PCR擴(kuò)增SlCmr1基因的上、下游片段，通過酶切連接的方法將SlCmr1基因的上、下游序列分別插入載體pCX62，構(gòu)建SlCmr1基因敲除載體?！窘Y(jié)果】SlCmr1基因的DNA全長(zhǎng)為3275 bp，CDS長(zhǎng)度為3018 bp，有3個(gè)內(nèi)含子，編碼蛋白序列全長(zhǎng)1005 aa，分子式為C4882H7642N1404O1499S61，分子量為111.94 kD，理論等電點(diǎn)為（南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年4期2021-08-03
- 茶樹CsMAPKK3基因克隆及表達(dá)分析
其進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測(cè)其在不同組織及逆境脅迫下的表達(dá)情況?！窘Y(jié)果】克隆獲得的CsMAPKK3基因（GenBank登錄號(hào)：AUD40506.1）cDNA序列全長(zhǎng)1941 bp，包含完整開放閱讀框（ORF），長(zhǎng)度為1557 bp，編碼518個(gè)氨基酸殘基，蛋白相對(duì)分子量為57.52 kD，理論等電點(diǎn)（pI）為5.39，為無跨膜螺旋結(jié)構(gòu)和信號(hào)肽的不穩(wěn)定蛋白，含有多個(gè)磷酸化位點(diǎn)，定位于細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中，屬于PKc類型的M南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年3期2021-08-02
- 茶樹CsMAPKK3基因克隆及表達(dá)分析
其進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測(cè)其在不同組織及逆境脅迫下的表達(dá)情況?！窘Y(jié)果】克隆獲得的CsMAPKK3基因（GenBank登錄號(hào)：AUD40506.1）cDNA序列全長(zhǎng)1941 bp，包含完整開放閱讀框（ORF），長(zhǎng)度為1557 bp，編碼518個(gè)氨基酸殘基，蛋白相對(duì)分子量為57.52 kD，理論等電點(diǎn)（pI）為5.39，為無跨膜螺旋結(jié)構(gòu)和信號(hào)肽的不穩(wěn)定蛋白，含有多個(gè)磷酸化位點(diǎn)，定位于細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中，屬于PKc類型的M南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年3期2021-08-02
- 甘蔗丙二烯氧化物環(huán)化酶基因（ScAOC）的克隆與表達(dá)分析
Da。生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示，ScAOC蛋白屬于不穩(wěn)定堿性親水蛋白，含有1個(gè)Allene_ox_cyc Superfamily的PLN02343 domain的保守結(jié)構(gòu)域;構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，結(jié)果顯示ScAOC蛋白與高粱的蛋白具有較高的同源性。熒光定量PCR結(jié)果顯示，ScAOC基因在甘蔗的根、莖、葉中均有表達(dá)，表達(dá)量從高到低依次是葉、根、莖。在PEG、NaCl及外源MeJA脅迫下，ScAOC基因相對(duì)表達(dá)量都是先上升后下降，而ABA對(duì)ScAOC的表達(dá)有一定的抑制熱帶作物學(xué)報(bào) 2021年5期2021-07-20
- 羅布麻CesA基因家族的生物信息學(xué)分析
文通過生物信息學(xué)分析方法，從基因家族鑒定、結(jié)構(gòu)分析、蛋白理化性質(zhì)與多級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、亞細(xì)胞定位、信號(hào)肽、進(jìn)化關(guān)系和順式作用元件等方面，對(duì)羅布麻CesA基因家族進(jìn)行系統(tǒng)鑒定和分子特征分析。結(jié)果表明：基于全基因組測(cè)序，羅布麻CesA基因家族鑒定含有15個(gè)成員，分布在羅布麻11條染色體中的8條上，其編碼蛋白的氨基酸數(shù)量為730～1 158，相對(duì)分子質(zhì)量81 280.81～130 123.18 kDa，理論等電點(diǎn)6.18～8.83。除了AvCesA3、AvCesA5、廣西植物 2021年4期2021-06-29
- 太子參谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶基因家族生物信息學(xué)及表達(dá)分析
族， 生物信息學(xué)分析， 表達(dá)分析中圖分類號(hào)：?Q941文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：?A文章編號(hào)：?1000-3142（2021）04-0535-11Abstract：?GSTs （glutathione-S-transferases） is a multi-functional protease commonly existing in plants and encoded by multi-gene family. In order to study the poten廣西植物 2021年4期2021-06-29
- SMARCAD1對(duì)胃癌患者的預(yù)后價(jià)值及其功能的生物信息學(xué)分析
：利用生物信息學(xué)分析SMARCAD1與胃癌患者預(yù)后之間的關(guān)系，并預(yù)測(cè)其是否參與胃癌的發(fā)生發(fā)展及其所涉及的功能。方法：從GEO數(shù)據(jù)庫中下載表達(dá)譜基因芯片數(shù)據(jù)GSE84437（包含433例胃癌樣本），利用R編程軟件分析繪制患者的生存曲線并篩選出SMARCAD1差異表達(dá)的樣本，獲得其中差異表達(dá)基因且繪制出聚類分析熱圖和火山圖;利用METASCAPE進(jìn)行GO功能富集;利用STRING構(gòu)建目的基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果：通過R編程軟件分析高表達(dá)SMARCAD1的患者總體中國(guó)典型病例大全 2021年3期2021-04-23
- 苦蕎FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及組織表達(dá)分析
列進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測(cè)CAD基因在不同果殼厚度類型（厚果殼苦蕎和薄果殼苦蕎）不同組織的表達(dá)情況。【結(jié)果】從薄果殼苦蕎和厚果殼苦蕎中均克隆獲得2條苦蕎CAD基因，且這2條基因序列在薄果殼苦蕎與厚果殼苦蕎中均完全一致，命名為FtCAD-1和FtCAD-2。FtCAD-1基因的開放閱讀框（ORF）長(zhǎng)度為876 bp，編碼291個(gè)氨基酸殘基，為疏水性的穩(wěn)定酸性蛋白，定位于細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì);FtCAD-2基因的ORF長(zhǎng)度為南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年12期2021-04-15
- 卵形鯧JunB基因克隆及其胚胎組織表達(dá)分析
件進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并采用熒光定量PCR檢測(cè)ToJunB基因在卵形鯧鲹17個(gè)胚胎發(fā)育時(shí)期（受精卵、2-細(xì)胞期、8-細(xì)胞期、16-細(xì)胞期、32-細(xì)胞期、64-細(xì)胞期、多細(xì)胞期、高囊胚期、原腸早期、原腸中期、原腸末期、胚胎形成期、眼囊期、耳囊期、心臟跳動(dòng)期、晶體出現(xiàn)期和初孵仔期）的表達(dá)情況?！窘Y(jié)果】克隆獲得的ToJunB基因（1777 bp）包含344 bp的5'端非編碼區(qū)（5'-UTR）、954 bp的開放閱讀框（ORF）及479 bp的3'端非編碼區(qū)（3南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年11期2021-03-05
- 小白菜AMT1;2基因克隆、組織表達(dá)特性檢測(cè)及功能驗(yàn)證
白進(jìn)行生物信息學(xué)分析，采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)BcAMT1;2基因組織表達(dá)模式，并在擬南芥中超表達(dá)該基因以驗(yàn)證其功能?！窘Y(jié)果】克隆的BcAMT1;2基因cDNA序列全長(zhǎng)為1539 bp，編碼512個(gè)氨基酸殘基，蛋白分子量為54.90 kD，理論等電點(diǎn)（pI）為8.03，無信號(hào)肽，有9個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域，定位于細(xì)胞膜上，為穩(wěn)定的兩性蛋白。BcAMT1;2蛋白歸屬于AMT1亞家族，具有AMT1的特征結(jié)構(gòu)域（DFAGSGVVHMVGGIAGLWGALIEGPR），與南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年11期2021-03-05
- 谷子MRP蛋白家族序列特征、分子進(jìn)化及表達(dá)模式分析
員進(jìn)行生物信息學(xué)分析；基于谷子谷穗有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，分析谷子MRP家族成員表達(dá)模式。結(jié)果顯示，谷子MRP蛋白家族成員共21個(gè)，在7號(hào)染色體分布最多，有8個(gè)基因；17個(gè)谷子MRP蛋白偏堿性和4個(gè)偏酸性，根據(jù)疏水值判斷其均為親水性蛋白；成員SiMRP7、SiMRP12基因的表達(dá)量與谷子組織中的總?cè)~酸含量表現(xiàn)出協(xié)同降低的趨勢(shì)，推測(cè)這兩個(gè)蛋白可能對(duì)谷子葉酸的積累起到調(diào)控作用。本研究有助于進(jìn)一步鑒定葉酸轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)蛋白，為后續(xù)研究葉酸代謝途徑及谷子基因挖掘提供了理論基農(nóng)學(xué)學(xué)報(bào) 2021年5期2021-02-03
- 高粱鉀離子通道Shaker蛋白家族的鑒定及生物信息學(xué)分析
其進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，高粱中共鑒定到9個(gè)Shaker家族成員，共可分為5個(gè)亞族，且處于同一個(gè)亞族的基因結(jié)構(gòu)以及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相似;亞細(xì)胞定位顯示，這些成員均定位于細(xì)胞質(zhì)膜上;共線性分析結(jié)果表明，高粱Shaker蛋白家族在禾本科的進(jìn)化歷程中相對(duì)保守;組織特異性及模擬干旱表達(dá)結(jié)果顯示，Shaker成員具有明顯的組織特異性與干旱應(yīng)答差異。本研究有望為進(jìn)一步研究高粱Shaker蛋白家族的生物學(xué)功能提供理論基礎(chǔ)。關(guān)鍵詞：高粱;Shaker家族;生物信息學(xué)分析中山地農(nóng)業(yè)生物學(xué)報(bào) 2021年5期2021-01-13
- 里氏木霉與黏綠木霉中非核糖體肽合成酶的生物信息學(xué)分析
性質(zhì);生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)：S435.1文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：1000-4440（2020）05-1119-07Abstract：In order to better analyze the differences of the key genes of secondary metabolites between Trichoderma reesei and Trichoderma virens， the secondary metabolite g江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年5期2020-12-09
- 綿羊GP5基因的生物信息學(xué)分析
因進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，綿羊GP5基因序列中包含1個(gè)最大長(zhǎng)度為1 620 bp的開放閱讀框，推測(cè)其編碼539個(gè)氨基酸，其中亮氨酸含量最多，為22.6%。GP5基因所編碼的蛋白其相對(duì)分子質(zhì)量約為59 305.38 KDa，理論等電點(diǎn)為9.40;亞細(xì)胞定位結(jié)果表明其主要位于內(nèi)質(zhì)網(wǎng)（44.4%）。GP5蛋白含有信號(hào)肽和跨膜螺旋結(jié)構(gòu)，在二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中，該蛋白以無規(guī)卷曲為主，為70.14%。GP5蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)主要由無規(guī)卷曲折疊纏繞形成，與二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)一致甘肅農(nóng)業(yè)科技 2020年10期2020-11-30
- 綿羊HTR4基因的生物信息學(xué)分析
）進(jìn)行生物信息學(xué)分析，以初步了解其結(jié)構(gòu)并進(jìn)行功能預(yù)測(cè)。結(jié)果表明，綿羊HTR4基因所含最大長(zhǎng)度的開放閱讀框?yàn)? 317 bp，編碼438個(gè)氨基酸殘基。HTR4基因編碼的蛋白分子質(zhì)量為49 437.09 KDa，理論等電點(diǎn)（pI）為8.32。亞細(xì)胞定位結(jié)果表明其編碼產(chǎn)物主要定位于質(zhì)膜（60.9%），且不屬于分泌蛋白。HTR4蛋白不存在信號(hào)肽序列，存在7段跨膜結(jié)構(gòu)且無低復(fù)雜性段區(qū)域，該蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)以α螺旋為主，且三級(jí)結(jié)構(gòu)主要由α折疊纏繞形成。關(guān)鍵詞：綿羊;HT甘肅農(nóng)業(yè)科技 2020年10期2020-11-30
- 貴州青錢柳膜結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子CpMTF9的基因克隆及功能鑒定
克隆;生物信息學(xué)分析中圖分類號(hào)：[Q37]?????????????? 文獻(xiàn)識(shí)別碼：A?????????????? 文章編號(hào)：2096-1073（2020）11-0054-55[Abstract] NAC transcription factors， as one of the largest transcription factor families in plants， amplify the regulatory signals step by st現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究 2020年11期2020-11-16
- 鐵皮石斛鯊烯單加氧酶基因的克隆與表達(dá)分析
其進(jìn)行生物信息學(xué)分析和不同營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)期莖和葉中的表達(dá)模式分析。[方法]根據(jù)鐵皮石斛轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得帶5末端的SQE基因片段，設(shè)計(jì)DoSQEI與DoSQE2基因的3RACE引物，克隆全長(zhǎng)eDNA，利用生物信息學(xué)分析軟件對(duì)DoSQEl與DoSQE2基因及其編碼蛋白序列進(jìn)行分析。運(yùn)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)DoSQEl與DoSQE2基因在鐵皮石斛營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)期的8月、10月、12月莖和葉中的表達(dá)模式。[結(jié)果]DoSQEl基因cDNA序列全長(zhǎng)1796bp（GenBank登錄福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年5期2020-11-09
- 豬丹毒絲菌強(qiáng)毒株與弱毒疫苗株SpaA基因生物信息學(xué)分析
白進(jìn)行生物信息學(xué)分析，并對(duì)比了豬丹毒絲菌弱毒菌株和野生強(qiáng)毒菌株間的差異。結(jié)果顯示，由于豬丹毒絲菌GC42的SpaA蛋白缺少一段含有80個(gè)氨基酸的序列，使得該菌株的蛋白質(zhì)相對(duì)分子質(zhì)量、氨基酸組成、二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)與強(qiáng)毒株的SpaA蛋白質(zhì)相比均有所差異，導(dǎo)致這2株菌株引發(fā)機(jī)體產(chǎn)生的免疫原性和抗原性強(qiáng)弱有所不同，推測(cè)這2株菌株中，SG7菌株的免疫原性相對(duì)GC42較強(qiáng);GC42菌株的抗原性相對(duì)SG7菌株的抗原性來說較弱，而豬丹毒絲菌GC42菌株的毒力相對(duì)豬丹毒絲菌S江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年17期2020-10-26
- 水曲柳FmPHV基因克隆及在形成層愈傷組織中的表達(dá)分析
HV。生物信息學(xué)分析表明，水曲柳FmPHV基因編碼區(qū)全長(zhǎng)為2?112?bp，包含有一個(gè)完整的開放閱讀框，其編碼了一個(gè)由703個(gè)氨基酸組成的蛋白。亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)其主要存在于葉綠體中，為穩(wěn)定親水蛋白。保守域及同源分析表明，F(xiàn)mPHV與油橄欖、芝麻和煙草等物種的同源蛋白保守結(jié)構(gòu)域同源性高達(dá)99%。在低溫4??℃條件下，使用50?mg·L-1吲哚丁酸（IBA）溶液對(duì)水曲柳樹皮進(jìn)行處理，獲得了水曲柳形成層細(xì)胞，并進(jìn)一步誘導(dǎo)獲得形成層愈傷組織。對(duì)FmPHV基因的時(shí)空表廣西植物 2020年7期2020-08-26
- 鵝掌楸AOX家族基因克隆與組織表達(dá)分析
克隆，生物信息學(xué)分析，組織表達(dá)中圖分類號(hào)：Q943文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A文章編號(hào)：1000-3142（2020）07-0988-10Abstract：Alternative?oxidase?（AOX），a?terminal?oxidase?located?in?respiration?electron-transport?pathway，which?is?widely?existed?in?higher?plants?and?closely?related?to?廣西植物 2020年7期2020-08-26
- 芒果MiCOL6基因的克隆及其生物信息學(xué)和表達(dá)分析
L6。生物信息學(xué)分析顯示，該基因編碼226個(gè)氨基酸，分子量為26.88 kDa，等電點(diǎn)為4.85，屬于親水性的非分泌蛋白。保守結(jié)構(gòu)域和進(jìn)化樹分析顯示，該基因僅含1個(gè)CCT結(jié)構(gòu)域，屬于CO基因家族的第4組;二級(jí)結(jié)構(gòu)分析表明，該蛋白主要以無規(guī)卷曲和α-螺旋為主;亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)顯示該蛋白定位在細(xì)胞質(zhì)膜上的概率最大;不同花發(fā)育時(shí)期表達(dá)模式分析表明，MiCOL6基因在杧果的花芽分化期表達(dá)量最高。本研究結(jié)果為進(jìn)一步研究芒果MiCOL6基因在芒果中的功能提供理論基礎(chǔ)。關(guān)熱帶作物學(xué)報(bào) 2020年4期2020-08-06
- 煙草TIR-NBS基因家族的生物信息學(xué)分析
究通過生物信息學(xué)分析方法，從基因鑒定、染色體分布、基因結(jié)構(gòu)、蛋白性質(zhì)和結(jié)構(gòu)、信號(hào)肽、亞細(xì)胞定位和順式作用元件等方面，對(duì)煙草TIR-NBS基因家族進(jìn)行了鑒定和分子特性分析。結(jié)果表明：煙草TIR-NBS基因家族含有30條成員，分布在21條染色體上，含有3～8個(gè)保守基序;編碼蛋白均為不穩(wěn)定蛋白，無信號(hào)肽，主要分布于細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)和葉綠體中，二級(jí)結(jié)構(gòu)以α-螺旋和無規(guī)則卷曲為主要構(gòu)成元件;進(jìn)化時(shí)主要受純化選擇作用，與番茄的TIR-NBS基因親緣關(guān)系最近;順式作用元件廣西植物 2020年6期2020-07-30
- 大白菜GID1家族基因鑒定及表達(dá)模式分析
究采用生物信息學(xué)分析方法對(duì)大白菜基因組中GID1家族基因進(jìn)行鑒定，并對(duì)該基因結(jié)構(gòu)、染色體分布、系統(tǒng)進(jìn)化以及表達(dá)模式等進(jìn)行分析。結(jié)果表明，大白菜基因組中含有5個(gè)GID1家族成員，分別位于4、5、6、7、9號(hào)染色體上，各家族成員都只含有1個(gè)內(nèi)含子。系統(tǒng)進(jìn)化結(jié)果顯示，單子葉和雙子葉植物的GID1蛋白明顯處于兩個(gè)不同分支，大白菜GID1家族成員與擬南芥GID1具有更近的親緣關(guān)系。通過表達(dá)模式以及啟動(dòng)子順式響應(yīng)元件分析發(fā)現(xiàn)，大白菜GID1基因不僅參與生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控還可山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年3期2020-07-04
- 帕金森病關(guān)鍵基因及通路的篩選及其生物信息學(xué)分析
分析;生物信息學(xué)分析[中圖分類號(hào)] R742.5 ? ? ? ? ?[文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼] A ? ? ? ? ?[文章編號(hào)] 1673-9701（2020）12-0001-04[Abstract] Objective To find out the differential genes and their key pathways by analyzing the gene microarray data of Parkinson's patients and中國(guó)現(xiàn)代醫(yī)生 2020年12期2020-07-04
- 8周有氧運(yùn)動(dòng)對(duì)小鼠骨骼肌microRNA表達(dá)的影響及其生物信息學(xué)分析
A進(jìn)行生物信息學(xué)分析以發(fā)現(xiàn)其可能作用途徑，為后續(xù)深入研究運(yùn)動(dòng)對(duì)骨骼肌產(chǎn)生影響的機(jī)制提供方向。研究方法：20只8周齡C57BL/6J小鼠隨機(jī)分為安靜組（C）和運(yùn)動(dòng)組（E）。運(yùn)動(dòng)組預(yù)適應(yīng)訓(xùn)練一周后，采用坡度0°、12 m/min、60 min/天、5天/周、持續(xù)8周的有氧訓(xùn)練方案進(jìn)行跑臺(tái)訓(xùn)練。于訓(xùn)練48小時(shí)后采集小鼠腿部骨骼肌，并提取總RNA，采用miScript miRNA PCR Arrays檢測(cè)骨骼肌miRNA的表達(dá);采用DIANA-microT-CDS山東體育學(xué)院學(xué)報(bào) 2020年2期2020-06-27
- 綿羊KCNH1基因的生物信息學(xué)分析