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    沸石咪唑框架納米復(fù)合顆粒對菌膜的清除研究

    2023-06-30 05:23:43侯嘉欣彭龍漩楊得民呂敏
    關(guān)鍵詞:菌膜銅綠假單胞菌

    侯嘉欣 彭龍漩 楊得民 呂敏

    摘要:近年來,新型納米抗菌材料因其特殊的理化性質(zhì)和作用機制,在抗菌膜方面展示了不容忽視的潛力.但是,如何提高這些抗菌劑穿透菌膜胞外聚合物基質(zhì)(EPS )的能力,以達(dá)到低劑量、高療效的目的,仍是一個挑戰(zhàn).為了解決這個難題,通過一鍋法成功合成了一種帶正電、靶向菌膜中胞外脫氧核糖核酸(eDNA )的沸石咪唑框架納米復(fù)合顆粒(ZIF-8@D).研究發(fā)現(xiàn), ZIF-8@D 能夠迅速穿透菌膜,并在菌膜內(nèi)部釋放脫氧核糖核酸酶 I ( DNase I ),DNase I 能水解菌膜中的 eDNA,以達(dá)到分散菌膜的目的.這項研究不僅為設(shè)計高穿透性的抗菌膜材料提供了新思路,而且拓展了沸石咪唑框架結(jié)構(gòu)在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用.

    關(guān)鍵詞:細(xì)菌耐藥性;沸石咪唑框架;銅綠假單胞菌;菌膜

    中圖分類號:Q 939? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A?? 文章編號:1000-5137(2023)01-0053-07

    Study on zeolitic imidazolate framework nanocomposites for biofilm eradication

    HOU Jiaxin,PENG? Longxuan,YANG? Demin,LYU? Min*

    (College of Chemistry and Materials Science,Shanghai Normal University,Shanghai 200234,China)

    Abstract:In recent years,novel antibacterial nanomaterials show a non-negligible potential in anti-biofilm due to their specific physiochemical properties and mechanism of action. However,it is still a challenge to improve the ability of these antibacterial agents to penetrate the extracellular polymeric matrix( EPS ) of the biofilm to achieve the goal of high efficacy at low dose . To solve this problem,we adopted the one-pot method to successfully synthesize a zeolitic imidazolate framework nanocomposite with positive charge and targeting extracellular deoxyribonucleic acid( eDNA ) in the biofilm(ZIF-8@D). The results showed that ZIF-8@D nanoparticles could quickly penetrate the biofilm and release deoxyribonuclease( DNase I ) inside the biofilm,which hydrolyzed the eDNA to disperse the biofilm. This work not only provides a new insight into designing anti-biofilm materials with high penetrability,and also expands the application of zeolite imidazole frameworks in biomedicine .

    Key words:antimicrobial resistance;zeolitic imidazolate framework;Pseudomonas aeruginosa;biofilm

    0 前言

    專家預(yù)測到2050年,全球每年將有1000萬人死于細(xì)菌耐藥性.除了抗生素濫用導(dǎo)致細(xì)菌產(chǎn)生耐藥基因外,細(xì)菌自身形成群體結(jié)構(gòu)菌膜(biofilm)也是誘發(fā)細(xì)菌耐藥性的重要因素[1-2].研究表明,60%~70%的細(xì)菌感染與菌膜的形成有關(guān),而菌膜誘發(fā)的細(xì)菌耐藥性與其自身結(jié)構(gòu)密切相關(guān)[3-4].菌膜是一種有別于浮游細(xì)菌的生存方式,它是細(xì)菌為適應(yīng)生存環(huán)境而吸附于材料表面,形成由細(xì)菌及其自身分泌的胞外聚合物基質(zhì)(EPS )組成的群體結(jié)構(gòu)[5].EPS 是由胞外脫氧核糖核酸(eDNA )、結(jié)構(gòu)蛋白、胞外多糖和脂質(zhì)等生物大分子通過纏結(jié)、靜電吸附等方式形成的類水凝膠結(jié)構(gòu)[6].eDNA 在細(xì)菌的黏附和菌膜的形成中起關(guān)鍵作用,成為當(dāng)前菌膜清除的重要靶點[7].大量報道證實,菌膜結(jié)構(gòu)可以有效阻礙環(huán)境不利因素(例如抗生素、機械力和滲透壓等)對其內(nèi)部細(xì)菌的直接傷害.臨床處理菌膜細(xì)菌所需的抗生素劑量是處理浮游細(xì)菌的10~1000倍[8-10].因此,如何提高抗菌劑穿透菌膜 EPS 結(jié)構(gòu)的能力,精準(zhǔn)靶向菌膜結(jié)構(gòu)組分,實現(xiàn)高效解決細(xì)菌菌膜感染,成為生物醫(yī)學(xué)和材料學(xué)交叉研究領(lǐng)域的前沿?zé)狳c.

    近年來,金屬有機框架材料(MOF )因其可控的粒徑、高比表面積、可調(diào)的孔徑和良好的生物相容性,在藥物遞送、生物成像和疾病治療等方面表現(xiàn)出極大的應(yīng)用前景[11-14].沸石咪唑框架(ZIF-8)因具有多孔、高負(fù)載、低毒性,以及對 pH 敏感等特點,常作為藥物和生物大分子(蛋白質(zhì)、DNA 和酶等)的載體[15],用于腫瘤和細(xì)菌感染等疾病的治療.例如,BAGCHI 等[16]利用藥物方酸(SQ)修飾的金屬有機框架 ZIF-8,增強光動力(PDT )對耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA )和菌膜的療效;SU 等[17]開發(fā)了一種內(nèi)置伏立康唑的沸石咪唑框架(V-ZIF ),鋅離子(Zn2+)與伏立康唑的配位結(jié)合可減少伏立康唑的意外泄漏,實現(xiàn)了伏立康唑的零級釋放動力學(xué),有助于穿透白色念珠菌菌膜,并殺死念珠菌.目前,ZIF-8在抗菌膜方面的應(yīng)用主要聚焦于運載抗生素進(jìn)入菌膜,通過殺死細(xì)菌破壞菌膜.然而,精準(zhǔn)靶向菌膜結(jié)構(gòu)組分,通過物理或化學(xué)方法破壞生物大分子間的相互作用以實現(xiàn)菌膜清除的報道還較為少見.

    因此,本研究選擇革蘭氏陰性菌銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PAO1)為模式生物構(gòu)建菌膜,以菌膜中的 eDNA為靶點構(gòu)建新型抗菌膜策略.銅綠假單胞菌是一種常見的條件致病菌,可感染人體的任何組織和部位,引起手術(shù)切口和燒傷組織感染、中耳炎[18]、角膜炎[19]、尿道炎[20]、肺炎[21]和心內(nèi)膜炎[22-23]等疾病,常被用于實驗室研究菌膜行為的模式生物.本研究設(shè)計了一種新型抗菌膜材料,即用 ZIF-8納米顆粒吸附脫氧核糖核酸酶 I( DNase I )形成沸石咪唑框架納米復(fù)合顆粒 ZIF-8@D.該材料與菌膜間存在靜電作用,能夠增強材料在菌膜中的穿透性,菌膜內(nèi)部酸性環(huán)境可以刺激 ZIF-8降解,釋放 DNase I 和 Zn2+. DNase I 能水解 eDNA 以破壞菌膜結(jié)構(gòu)和實現(xiàn) Zn2+抗菌,實現(xiàn)高效清除菌膜的目的.本研究為深入了解菌膜與抗菌劑之間的相互作用提供了理論指導(dǎo),也為治療臨床中的菌膜感染提供了新策略.

    1 材料與方法

    1.1 實驗材料

    DNase I (脫氧核糖核酸酶 I 來源于牛胰腺)、結(jié)晶紫(CV )購于 Sigma-Aldrich 公司;2-甲基咪唑、硝酸鋅六水合物(Zn ( NO3)2·6H2 O )購于上海國藥集團化學(xué)試劑有限公司;熒光染料 Alexa flour 647,SYTO 9購于 Invitrogen 公司;LB肉湯培養(yǎng)基、Agar 瓊脂粉購于生工生物工程(上海)股份有限公司;銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)購于中國普通微生物菌種保藏管理中心;超純水用Aquapro系統(tǒng)(電阻率為18 MΩ·cm)制備.

    1.2 實驗儀器

    場發(fā)射掃描電子顯微鏡(FE-SEM,Hitachi S-4800);動態(tài)光散射(DLS)分析儀(Malvern Nano-ZS90);紫外分光光度儀(Shimadzu UV-1800);熒光分光光度儀(Hitachi F-7000);酶標(biāo)儀(ThermoMultiskan MK3);激光共聚焦顯微鏡(Leica TCS SP8);pH計(MSC-100);離心機(Eppendorf Centrifuge 5424 R);超聲機(XM300UHP);生化培養(yǎng)箱(LRH-70F);X 射線衍射儀(XRD,BRUKER/AXS,D8 ADVANCE);恒溫振蕩器(THZ-C-L ).

    1.3 實驗方法

    1.3.1 ZIF-8@D 的合成

    2-甲基咪唑(0.28 g)充分溶解于1 mL 水中,Zn ( NO3)2·6H2O (0.015 g)充分溶解于100μL 水中;兩者充分混勻后,室溫(25℃)靜置2 h;再向上述混合溶液中加入100μL DNase I 溶液(1.2 mg ·mL-1),充分混勻后室溫(25℃)靜置2 h;10000 r ·min-1離心10 min 得到 ZIF-8@D.

    1.3.2 ZIF-8@D 的表征

    FE-SEM 表征 ZIF-8和 ZIF-8@D 的形貌和粒徑大小.DLS 表征 ZIF-8和 ZIF-8@D 的 Zeta 電位;在8 d 內(nèi)測定 ZIF-8@D 水合粒徑,確定材料的穩(wěn)定性.XRD 表征 ZIF-8和 ZIF-8@D 的晶體結(jié)構(gòu).

    1.4 細(xì)菌培養(yǎng)

    從4℃保存的細(xì)菌平板挑取單菌落接種于3 mL LB 液體培養(yǎng)基中,37℃搖床(220 r ·min-1)振蕩培養(yǎng)過夜.收集菌懸液,10000 r ·min-1離心菌液1min,去除上清液,并用生理鹽水(NaCl,質(zhì)量分?jǐn)?shù)為0.9%)重懸沉淀,用紫外分光光度計測定菌液在600 nm 處的光密度值(OD600),稀釋菌液濃度至109 CFU ·mL-1備用.

    1.5? ZIF-8@D 抗菌膜性能測定

    1.5.1 菌膜生長

    24孔板中加入濃度為107 CFU ·mL-1細(xì)菌懸液,37℃靜態(tài)生長24h.培養(yǎng)結(jié)束后,輕輕吸去上部菌液,并用1 mL 磷酸鹽緩沖液(PBS )輕輕清洗孔板底部的菌膜.然后,每孔加入200μL 的不同材料(DNase I, ZIF-8和 ZIF-8@D),37℃共同孵育2 h.

    1.5.2 CV 染色

    菌膜與 ZIF-8@D 共孵育2h 后,吸去上清液,用1 mL PBS 輕輕沖洗菌膜1次并風(fēng)干.然后加入300μL 質(zhì)量分?jǐn)?shù)為0.1%的CV 染色,染色15 min,吸去上清,PBS 輕輕洗滌3次.用數(shù)碼相機對菌膜進(jìn)行拍照.最后,每孔加入1 mL 95%(質(zhì)量分?jǐn)?shù))乙醇洗脫15 min,酶標(biāo)儀測量細(xì)菌在595 nm 處的光密度值(OD595).

    1.5.3 激光共聚焦掃描顯微鏡(CLSM )成像

    紅色熒光染料 Alexa Fluor 647(10μmol·mL-1)與 ZIF-8@D 在300 r ·min-1振蕩結(jié)合2 h,ZIF-8@D 被標(biāo)記為紅色.

    培養(yǎng)24 h 的菌膜,吸去上清液后,用1 mL PBS 輕輕清洗1次,每孔加入300μL SYTO 9(20μmol·mL-1,綠色熒光,標(biāo)記細(xì)菌)染色15 min.吸去上清,用 PBS 輕輕洗去殘留的 SYTO 9,再將200μL Alexa Fluor 647標(biāo)記過的 ZIF-8@D 加到每孔中,共孵育2h,吸去上清液,用1 mL PBS 輕輕沖洗菌膜1次.隨后用 CLSM 成像觀察.SYTO 9和 Alexa Fluor 647的激發(fā)光/發(fā)射光波長分別為480 nm/500 nm 和650 nm/666 nm.通過沿 Z 軸以0.1μm 間隔掃描菌膜獲取3D 圖像.

    2 結(jié)果與討論

    2.1? ZIF-8@D 的合成及表征

    首先,采用水相合成的方法制備 ZIF-8[24],然后利用 ZIF-8的多孔和吸附能力,簡單混合,將 DNase I 吸附到框架表面合成 ZIF-8@D,如圖1所示.

    用 FE-SEM 觀察 ZIF-8和 ZIF-8@D 的形貌,如圖2(a)~2(d)所示,合成的 ZIF-8和 ZIF-8@D 為多面體結(jié)構(gòu).粒徑統(tǒng)計分析結(jié)果如圖2(e)~2(f)所示,ZIF-8的尺寸約為(59.1±11.7) nm,ZIF-8@D 尺寸約為(64.6±10.0) nm. DNase I 的分子質(zhì)量為32 ku,ZIF-8@D 直徑的增大歸因于 ZIF-8和 DNase I 的復(fù)合.

    用 Zeta 電位分析測量 ZIF-8和 ZIF-8@D 的電勢,2種樣品電位分別為(37.4±0.7) mV和(36.2±4.2) mV,均帶正電荷,有利于材料與帶負(fù)電的菌膜相互作用.DNase I 的等電點為4.7,在中性溶液中帶負(fù)電,其吸附于 ZIF-8表面時,并不會導(dǎo)致顯著的電荷變化.用 XRD 分析 ZIF-8和 ZIF-8@D 的晶體結(jié)構(gòu),如圖3所示,晶向指數(shù)符合文獻(xiàn)報道的 ZIF-8晶型,說明在合成過程中材料的結(jié)晶度未受損[25].此外,如圖4所示,該材料在8 d 時間內(nèi)的水合粒徑幾乎沒有變化,證明 ZIF-8@D 具有良好的水分散性和穩(wěn)定性.

    2.2? ZIF-8@D 對菌膜結(jié)構(gòu)的清除效果

    本研究致力于構(gòu)建一種具有良好穿透力和高效清除菌膜的抗菌膜材料.根據(jù)銅綠假單胞菌 PAO1菌膜生長動力學(xué),選取培養(yǎng)24 h 后的成熟菌膜作為研究對象.預(yù)實驗結(jié)果顯示共孵育2 h 的效果較為合適,且此后延長時間均無顯著性差異,故將 ZIF-8@D 與成熟菌膜共孵育2 h,然后進(jìn)行 CV 染色,分析菌膜生物量.如圖5(a)所示,DNase I,ZIF-8和 ZIF-8@D 都能夠破壞菌膜,破壞率分別為63.9%,69.3%和87.8%. DNase I 可以降解菌膜 eDNA,然后破壞菌膜的穩(wěn)定性[26].ZIF-8對菌膜造成破壞可能緣于其釋放的 Zn2+可以抗菌,細(xì)菌死亡導(dǎo)致菌膜結(jié)構(gòu)分解[27].與 DNase I 和 ZIF-8相比,ZIF-8@D 對成熟菌膜的高破壞率表明,DNase I 和 ZIF-8復(fù)合后產(chǎn)生了協(xié)同抗菌膜效應(yīng).

    圖5(b)為用激光共聚焦顯微技術(shù)分析的ZIF-8@D 材料在菌膜中的穿透和分布情況(紅色熒光為 ZIF-8@D,綠色熒光為菌膜).ZIF-8@D 穿透菌膜過程中,隨機選取一個區(qū)域,進(jìn)行正交剖面觀察,攜帶紅色熒光的 ZIF-8@D 嵌入綠色菌膜中,表明 ZIF-8@D 能夠順利穿透菌膜.從如圖5(c)所示的菌膜3D 圖中觀察到黃色熒光,這說明 ZIF-8@D(紅色熒光)和菌膜細(xì)菌(綠色熒光)相互作用,證明 ZIF-8@D 穿透了表面 EPS 結(jié)構(gòu)自主進(jìn)入菌膜內(nèi)部.其中的菌膜內(nèi)部黑色部分表示 ZIF-8@D 對菌膜進(jìn)行了一定程度的破壞.對3D 熒光圖進(jìn)行量化后,紅綠熒光的趨勢隨菌膜縱深保持一致,表明在菌膜不同深度的 ZIF-8@D 與菌膜嵌入結(jié)合的情況良好,如圖5(d)所示.

    綜上,與其他復(fù)合材料所需的6 h 相比[28],ZIF-8@D 能夠在更短的時間內(nèi)迅速穿透菌膜,并進(jìn)入菌膜內(nèi)部,而其吸附的 DNase I 能夠水解菌膜 eDNA,達(dá)到分散菌膜的目的.

    2.3? ZIF-8@D 對菌膜的作用機制

    結(jié)合 ZIF-8@D 的理化性質(zhì)和對菌膜的作用效果,推測 ZIF-8@D 破壞成熟菌膜的機制包括以下幾個階段,如圖6所示:首先,帶負(fù)電的菌膜通過靜電相互作用將帶正電的 ZIF-8@D 運輸穿透 EPS[29];同時, ZIF-8@D 的粒徑小于菌膜類凝膠的形成孔徑(500 nm),因此可以快速進(jìn)入菌膜內(nèi)部[30];接著,當(dāng)ZIF-8@D 材料進(jìn)入菌膜后,響應(yīng)菌膜內(nèi)部的酸性環(huán)境裂解框架,釋放出 DNase I 和 Zn2+[27];最后,DNase I 特異性識別底物,即菌膜中的 eDNA,并進(jìn)行水解 eDNA,進(jìn)而瓦解 EPS 結(jié)構(gòu),達(dá)到分散菌膜的目的[26,31].

    3 結(jié)論

    抗菌劑難穿透細(xì)菌菌膜是阻礙其發(fā)揮高療效的重要原因.本研究通過簡單的一步合成法制備了穩(wěn)定性和分散性良好的新型納米復(fù)合顆粒 ZIF-8@D. ZIF-8@D 既保持了 DNase I 的催化活性,而且能夠攜帶酶快速穿透菌膜.進(jìn)入菌膜后,ZIF-8@D 可響應(yīng)菌膜酸性環(huán)境,釋放 DNase I,水解 eDNA,分散菌膜,最終達(dá)到抗菌膜的功效.盡管 ZIF-8@D 可以在2 h 內(nèi)穿透并清除大約90%菌膜,但是剩余10%的菌膜依然具有生長為體積更大菌膜的潛在風(fēng)險和危害.因此,進(jìn)一步提高 ZIF-8@D 分散能力和增強其殺死細(xì)菌能力是未來需要解決的問題.本研究不僅為清除菌膜提供了一種新型納米材料,也為解決細(xì)菌耐藥性問題提供了新思路.

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    (責(zé)任編輯:郁慧,顧浩然)

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