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    Lager酵母中CRISPR-Cas9基因敲除系統(tǒng)的構(gòu)建

    2020-05-14 13:18:02李夢(mèng)琦張可心鄭飛云鈕成拓劉春鳳王金晶
    關(guān)鍵詞:啤酒酵母酵母基因組

    李夢(mèng)琦,張可心,鄭飛云,鈕成拓,劉春鳳,李 崎,王金晶*

    (1.江南大學(xué)生物工程學(xué)院,工業(yè)生物技術(shù)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,江蘇 無(wú)錫 214122;2.江南大學(xué)釀酒科學(xué)與工程研究室,江蘇 無(wú)錫 214122)

    基因功能研究常用策略為基因編輯技術(shù),即基因敲除、敲減或過(guò)表達(dá)、敲入?;蛩窖芯勘硇褪腔蚬δ苎芯砍S梅椒?,成簇規(guī)律間隔性短回文序列(Cluster regularly interspaced short palindrome repeats,CRISPR)技術(shù)因操作簡(jiǎn)便、快速、高效,無(wú)種屬限制,成為基因功能研究熱點(diǎn)和常用工具。

    CRISPR-Cas 系統(tǒng)是細(xì)菌和古細(xì)菌在長(zhǎng)期演化過(guò)程中獲得的適應(yīng)性免疫系統(tǒng)[1]。主要有Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三種類型,Ⅰ和Ⅲ型需多種Cas蛋白共同協(xié)助,而CRISPR-CasⅡ(CRISPR-Cas9)僅需單一Cas9 蛋白,在真核生物和原核生物中直接作RNA 引導(dǎo)基因組編輯系統(tǒng)[2-3],CRISPR-Cas9 系統(tǒng)應(yīng)用更廣泛。CRISPR-Cas 技術(shù)已應(yīng)用于植物[4-5]、哺乳動(dòng)物[6-7]。在微生物中,傳統(tǒng)方法難以遺傳操作細(xì)菌染色體中,CRISPR-Cas技術(shù)被成功應(yīng)用[8-9],在酵母中該技術(shù)實(shí)現(xiàn)高效率基因編輯[10-11]。目前在真核細(xì)胞中應(yīng)用CRISPR-Cas 系統(tǒng)主要由兩部分構(gòu)成,向?qū)NA(Single-guide RNA, sgRNA)和Cas 蛋白。sgRNA 代替CRISPR 間隔序列轉(zhuǎn)錄形成tracrRNA:crRNA復(fù)合物,由Cas蛋白引導(dǎo)并結(jié)合到目標(biāo)基因靶點(diǎn)前間隔子相鄰基序列(Protospacer adjacent motif,PAM)區(qū)域,將靶位點(diǎn)DNA鏈切割導(dǎo)致DNA雙鏈斷裂(Double strains break,DSB)。形成DSB 通常通過(guò)非同源末端連接(Non-homologous end joining,NHEJ)和同源重組(Homology-directed repair,HDR)方式修復(fù),將目的基因敲除。

    啤酒酵母根據(jù)其酵母種類分為拉格(Lager)型和艾爾(Ale)型兩大類,工業(yè)啤酒生產(chǎn)菌株多為lager型啤酒酵母[12]。利用這類酵母發(fā)酵啤酒口感清爽、純凈,其中典型菌株如Pilsner 菌株是皮爾森型啤酒生產(chǎn)菌種。Lager 型啤酒酵母(S.pasteurianus)全基因組測(cè)序結(jié)果表明該酵母為異源多倍體雜交種,其中一個(gè)親本為釀酒酵母(S. cerevisiae),另一個(gè)親本為真貝酵母(S. eubayanus)[13-14]。在S. cerevisiae基因編輯研究中,CRISPR-Cas 編輯系統(tǒng)較成熟且應(yīng)用廣泛[15],另有同源重組基因編輯系統(tǒng)和Cre-loxP基因編輯系統(tǒng)等。S. eubayanus基因注釋不完善,研究多用傳統(tǒng)育種手段,S.eubayanus基因編輯系統(tǒng)研究較少。Lager 酵母雜倍性,傳統(tǒng)釀酒酵母單倍體菌株多采用基因工程手段在啤酒酵母中適用性低,采用傳統(tǒng)同源重組方法難以完全將目的基因敲除,前期基因功能研究基于部分基因調(diào)控[16],或以S.cerevisiae為模式菌株開(kāi)展研究。因此,這些方法不能對(duì)某些功能基因在啤酒酵母中作用開(kāi)展深入研究。Lager酵母經(jīng)長(zhǎng)期復(fù)雜雜交過(guò)程,基因組中發(fā)生多次基因水平改變。對(duì)Lager酵母全基因組測(cè)序發(fā)現(xiàn)不同Lager 酵母間存在基因變異[17],本研究針對(duì)典型Lager 型啤酒酵母Pilsner 中靶基因作CRISPRCas9 系統(tǒng)sgRNA 設(shè)計(jì)構(gòu)建。將CRISPR-Cas9 系統(tǒng)應(yīng)用于Lager 酵母,降低Lager 酵母基因編輯難度,為其基因功能研究提供便利。與其他基因編輯方法相比,CRISPR-Cas9系統(tǒng)存在于原核生物體內(nèi)免疫防御系統(tǒng),識(shí)別精準(zhǔn)度高于蛋白質(zhì)對(duì)于核酸序列識(shí)別,敲除過(guò)程中只要有一個(gè)堿基無(wú)法正確配對(duì)即無(wú)法切割靶序列。該系統(tǒng)可一次性敲除多個(gè)等位基因,提高敲除成功率。本研究在啤酒酵母S.pasteurianus中建立CRISPR-Cas9 基因編輯系統(tǒng),以TRP1 基因?yàn)榘邢蚧颍@得TRP1 缺陷菌株。該方法可一次性敲除多個(gè)等位基因,實(shí)現(xiàn)啤酒酵母雜倍體菌株中基因編輯。

    1 材料與方法

    1.1 材料

    1.1.1 菌株和培養(yǎng)基

    啤酒酵母Pilsner,由江南大學(xué)釀酒科學(xué)與工程研究室保藏;大腸桿菌宿主菌E.coli JM109 購(gòu)自TaKaRa公司;質(zhì)粒pMY 、YEp352-PAK 由本研究室保藏;質(zhì)粒pRCC- K 購(gòu)自addgene(由北京中原合聚經(jīng)貿(mào)有限公司代理)。質(zhì)粒YEp352-PAK 由質(zhì)粒YEp352 改造得到,在原始質(zhì)?;A(chǔ)上,替換來(lái)源于S.cerevisiae基因組PGK1 啟動(dòng)子和ADH1 終止子[18]。質(zhì)粒pMY由質(zhì)粒pMD19-T 與產(chǎn)甘油假絲酵母(Candida glycerinogenes)基因組中一段1.2 kb 長(zhǎng)度5.8 SrDNA 基因片段、GAP 啟動(dòng)子、AOX 終止子和基因URA5整合而成[19]。

    LB 培養(yǎng)基:蛋白胨10 g·L-1,酵母抽提物5 g·L-1,NaCl 10 g·L-1,固體培養(yǎng)基添加20 g·L-1瓊脂粉,121 ℃滅菌20 min。若為篩選培養(yǎng)基則需另添加氨芐青霉素至終濃度100 μg·mL-1或另添加卡那霉素至終濃度50 μg·mL-1。

    YPD 培養(yǎng)基:酵母抽提物10 g·L-1,蛋白胨20 g·L-1,葡萄糖20 g·L-1,115 ℃滅菌15 min。固體培養(yǎng)基添加20 g·L-1瓊脂粉,115 ℃滅菌15 min。篩選培養(yǎng)基則需添加G418 至終濃度200 μg·mL-1。

    1.1.2 主要試劑

    大腸桿菌感受態(tài)制備試劑盒、質(zhì)粒提取試劑盒、限制性內(nèi)切酶、T4DNA 連接酶、DNA Maker、PrimeSTAR Max DNA Polymerase, rTaq 聚合酶購(gòu)自TaKaRa公司;Phanta Master Mix購(gòu)自南京諾唯贊生物科技有限公司;Cycle Pure Kit PCR 純化試劑盒購(gòu)自美國(guó)Omega Bio-Tek 公司;HieffCloneTM Plus One Step Cloning Kit Cat No.10911 試劑盒購(gòu)自上海翊圣生物科技有限公司;引物合成,基因測(cè)序由金唯智生物科技有限公司完成。

    1.1.3 引物列表

    結(jié)果見(jiàn)表1。

    表1 引物列表Table 1 Primer list

    1.2 方法

    1.2.1 質(zhì)粒pMY-PGK1構(gòu)建

    以質(zhì)粒YEp352-PAK為模板,利用表1中引物cut-PGK1-F 和cut-PGK1-R 擴(kuò)增啟動(dòng)子PGK1。以質(zhì)粒pMY 為模板,利用表1 中引物cut-GAP-F 和cut-GAP-R,PCR 擴(kuò)增質(zhì)粒pMY 部分片段作為載體。片段純化后,使用One Step Cloning 試劑盒連接載體和片段??寺∵^(guò)程如圖1所示。重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)入JM109 感受態(tài)細(xì)胞,挑取單克隆于篩選培養(yǎng)基中培養(yǎng)過(guò)夜,使用質(zhì)粒提取試劑盒提取重組質(zhì)粒pMY-PGK1,利用引物cut-gRNA-F 和cut-gRNAR作PCR擴(kuò)增并測(cè)序驗(yàn)證。

    1.2.2 sgRNA 寡核苷酸雙鏈序列設(shè)計(jì)

    分別對(duì)S. cerevisiae基因組中TRP1 基因(NC_001136.10)和S. eubayanus基因組中TRP1基因(NC_030979.1)作sgRNA 靶點(diǎn)選擇及序列設(shè)計(jì)(https://chopchop.cbu.uib.no/),基因序列參考NCBI 中S.cerevisiaeS288C 和S.eubayanus基因組中TRP1 基因序列。由此得到TRP1-SC-sgRNA 和TRP1-SEsgRNA兩種寡核苷酸雙鏈,具體序列見(jiàn)表2。

    圖1 質(zhì)粒pMY-PGK1構(gòu)建過(guò)程Fig.1 Plasmid pMY-PGK1 construction

    表2 S.cerevisiae 和S.eubayanusTRP1基因sgRNATable 2 sgRNA for TRP1 gene of S.cerevisiae and S.eubayanus

    1.2.3 質(zhì)粒pMY-TRP1-SC,pMY-TRP1-SE,pMYPGK1-TRP1-SC和pMY-PGK1-TRP1-SE構(gòu)建

    設(shè)計(jì)引物SC1-20D-F 和SC1-20D-R,SE1-20D-F 和SE1-20D-R(見(jiàn)表1),引物中包含TRP1基因sgRNA,以質(zhì)粒pMY 和pMY-PGK1 為模板PCR 擴(kuò)增該質(zhì)粒中部分片段,分別在E.coli JM109中表達(dá),分別挑取單克隆,提取已修改sgRNA 序列(分別為TRP1-SC-sgRNA 和TRP1-SE-sgRNA)質(zhì)粒pMY 和pMY-PGK1 并驗(yàn)證。由于質(zhì)粒pMY 和pMY-PGK1 中錘頭狀核酶(Hammerhead ribozyme,HH)結(jié)構(gòu)5'端前6 個(gè)核苷酸序列與sgRNA 中5'端前6個(gè)核苷酸序列呈回文結(jié)構(gòu),因此同樣方法修改質(zhì)粒pMY和pMY-PGK1中HH核酶結(jié)構(gòu)中5'端前6個(gè)核苷酸序列,引物均為SC1-6D-F 和SC1-20D-R,SE1-6D-F 和SE1-6D-R 見(jiàn)表1。由此構(gòu)建質(zhì)粒pMY- TRP1-SC,pMY- TRP1-SE,pMY-PGK1-TRP1-SC和pMY-PGK1-TRP1-SE。

    1.2.4 質(zhì) 粒pMY- Cas9- TRP1- SC, pMY- Cas9-TRP1-SE,pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC 和pMYPGK1-Cas9-TRP1-SE構(gòu)建

    分別以質(zhì)粒pMY-TRP1-SC,pMY-TRP1-SE,pMY-PGK1-TRP1-SC 和pMY-PGK1-TRP1-SE 為模板,均以G-PGK1-pMY-F 和G-PGK1-pMY-R 為引物,擴(kuò)增pMY-TRP1-SC,pMYTRP1-SE,pMY-PGK1-TRP1-SC 和pMY-PGK1-TRP1-SE 部分片段。以質(zhì)粒pRCC-K 為模板,GCas9-F和G-Cas9-R為引物,擴(kuò)增pRCC-K部分片段為載體。片段純化后,使用One Step Cloning 試劑盒分別連接。pMY-Cas9-TRP1-SC 和pMYCas9-TRP1-SE 構(gòu)建過(guò)程如圖2A 所示,pMYPGK1-Cas9-TRP1-SC 和pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE 構(gòu)建過(guò)程如圖2B 所示。重組質(zhì)粒分別轉(zhuǎn)入E.coli JM109 感受態(tài)細(xì)胞,挑取轉(zhuǎn)化子,提取質(zhì)粒并對(duì)重組質(zhì)粒作測(cè)序驗(yàn)證。

    圖2 質(zhì)粒pMY-Cas9-TRP1-SC,pMY-Cas9-TRP1-SE,pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC和pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE構(gòu)建過(guò)程Fig.2 Construction process of plasmids pMY-Cas9-TRP1-SC,pMY-Cas9-TRP1-SE,pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC and pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE

    1.2.5 TRP1敲除菌株構(gòu)建

    以表1中引物TRP1-SC-TONG-F和TRP1-SCTONG-R,TRP1-SE-TONG-F 和TRP1-SE-TONGR 互為模板,PCR 擴(kuò)增長(zhǎng)度為100 bp TRP1 修復(fù)DNA TRP1-SC 和TRP1-SE,將質(zhì)粒pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC、pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE、修復(fù)DNA TRP1-SC 和TRP1-SE 電轉(zhuǎn)化入啤酒酵母Pilsner 感受態(tài)細(xì)胞。再以同樣方法,將質(zhì)粒pMYCas9-TRP1-SC、pMY-Cas9-TRP1-SE、修復(fù)DNA TRP1-SC 和TRP1-SE 電轉(zhuǎn)化入啤酒酵母Pilsner 感受態(tài)細(xì)胞。斷裂DNA 雙鏈作同源重組修復(fù)。28 ℃培養(yǎng)2 d,分別挑取轉(zhuǎn)化子,均以TRP1-SC-F 和TRP1-SC-R、TRP1-SE-F 和TRP1-SE-R 為引物,作菌落PCR驗(yàn)證基因TRP1敲除。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 質(zhì)粒pMY-Cas9-TRP1-SC,pMY-Cas9-TRP1-SE,pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC和pMYPGK1-Cas9-TRP1-SE構(gòu)建

    pMY 和YEp352-PAK 質(zhì) 粒,PCR 擴(kuò)增 相 應(yīng)片段后利用無(wú)縫克隆技術(shù)連接,重組質(zhì)粒命名為pMY-PGK1。PCR 擴(kuò)增質(zhì)粒pMY-PGK1 中g(shù)RNA 和PGK1啟動(dòng)子片段并測(cè)序驗(yàn)證。

    質(zhì)粒pMY 和pMY-PGK1 均兩次PCR 擴(kuò)增,點(diǎn)突變修改質(zhì)粒中sgRNA序列和質(zhì)粒中HH核酶結(jié)構(gòu)5'端前6 個(gè)核苷酸與sgRNA 回文序列。測(cè)序驗(yàn)證,結(jié)果表明質(zhì)粒pMY-TRP1-SC、pMY-TRP1-SE、pMY-PGK1-TRP1-SC 和pMY-PGK1-TRP1-SE 構(gòu)建成功。

    擴(kuò)增質(zhì)粒pRCC-K 相應(yīng)片段,質(zhì)粒pMYTRP1-SC、pMY-TRP1-SE、pMY-PGK1-TRP1-SC和pMY-PGK1-TRP1-SE PCR擴(kuò)增相應(yīng)片段,利用無(wú)縫克隆技術(shù)連接成質(zhì)粒pMY-Cas9-TRP1-SC,pMY-Cas9-TRP1-SE,pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC和pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE。

    2.2 pMY-Cas9-TRP1-SC和pMY-Cas9-TRP1-SE未能成功敲除基因TRP1

    將構(gòu)建成功質(zhì)粒pMY-Cas9-TRP1-SC、pMYCas9-TRP1-SE 和目的基因TRP1 修復(fù)DNA TRP1-SC、DNA TRP1-SE 電轉(zhuǎn)化入啤酒酵母Pilsner 感受態(tài)細(xì)胞,電轉(zhuǎn)化入啤酒酵母Pilsner 感受態(tài)細(xì)胞,分別挑取單克隆作PCR驗(yàn)證。

    如圖3 所示,利用質(zhì)粒pMY-Cas9-TRP1-SC、pMY-Cas9-TRP1-SE未能成功敲除基因TRP1,轉(zhuǎn)化子Pilsner-trp1和原始菌株P(guān)ilsner中擴(kuò)增S.cerevisiae和S.eubayanus基因組中TRP1均為792和782 bp。

    圖3 基因TRP1未敲除驗(yàn)證電泳Fig.3 Electrophoresis of gene TRP1 not knockout verification

    2.3 質(zhì)粒pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC 和pMYPGK1-Cas9-TRP1-SE成功敲除基因TRP1

    將構(gòu)建成功質(zhì)粒pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC、pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE 和TRP1 修 復(fù)DNA TRP1-SC、DNA TRP1-SE 電轉(zhuǎn)化入啤酒酵母Pilsner感受態(tài)細(xì)胞,電轉(zhuǎn)化入啤酒酵母Pilsner感受態(tài)細(xì)胞,分別挑取單克隆作PCR驗(yàn)證。

    如圖4 所示,利用質(zhì)粒pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC、pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE 成功敲除基因TRP1,重組菌命名為Δtrp1。利用Δtrp1 擴(kuò)增S.cerevisiae和S.eubayanus基因組中基因TRP1長(zhǎng)度分別為117和107 bp,而原始菌株P(guān)ilsner 中擴(kuò)增S.cerevisiae和S.eubayanus基因組中TRP1長(zhǎng)度分別792和782 bp。因此,質(zhì)粒pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC、pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE 可敲除Lager 酵母Pilsner中基因。

    圖4 基因TRP1敲除驗(yàn)證電泳Fig.4 Electrophoresis of gene TRP1 knockout verification

    3 討論與結(jié)論

    CRISPR-Cas9 系統(tǒng)是定向基因編輯的關(guān)鍵技術(shù),可提高基因編輯效率,成本低廉、操作過(guò)程簡(jiǎn)單便捷。CRISPR-Cas9 系統(tǒng)在真菌中應(yīng)用廣泛,2013 年Dicarlo 等將CRISPR-Cas9 技術(shù)應(yīng)用于S.cerevisiae[20],單鏈和雙鏈靶基因斷裂效率大幅提升,Bao等將CRISPR-Cas9系統(tǒng)成功應(yīng)用于S.cerevisiae中多基因敲除[21]。在啤酒工業(yè)中,Ale型啤酒酵母(S. cerevisiae)和Lager 型啤酒酵母(S. pastorianus)為典型菌株,而CRISPR-Cas9 系統(tǒng)在S.cerevisiae中應(yīng)用成熟,但在Lager 型啤酒酵母中鮮有研究。Lager 型啤酒酵母由S.cerevisiae與S.eubayanus雜交,來(lái)源于S.eubayanus基因賦予啤酒酵母優(yōu)良耐低溫性能[22]。由于其染色體為雜倍體,一個(gè)基因常有多個(gè)等位基因,因此成為CRISPR-Cas9 系統(tǒng)在Lager型啤酒酵母中應(yīng)用難點(diǎn)之一。在Lager型啤酒酵母基因功能研究中,使用經(jīng)典同源重組技術(shù)無(wú)法將基因全部拷貝完全敲除,而利用CRISPRCas9 作目的基因敲除可將菌株中單個(gè)基因多個(gè)拷貝完全敲除,提高敲除效率。

    本研究構(gòu)建針對(duì)S.pastorianusCRISPR-Cas9 系統(tǒng),通過(guò)帶有特異性靶序列g(shù)RNA 引導(dǎo)Cas9 蛋白,對(duì)靶序列精準(zhǔn)切割,產(chǎn)生DNA 雙鏈斷裂(Double strains break, DSB),再由修復(fù)DNA 與產(chǎn)生DSB 部位同源重組,實(shí)現(xiàn)基因定向改造。本試驗(yàn)采用TRP1 報(bào)告基因在S. pastorianus菌株P(guān)ilsner 中有兩種不同序列,分別為TRP1-SC 和TRP1-SE,同源性為67.5%。因此在設(shè)計(jì)sgRNA時(shí),無(wú)法在同源區(qū)找到合適sgRNA,需分別設(shè)計(jì)定位到基因TRP1 兩種序列sgRNA和兩種TRP1序列修復(fù)DNA。

    質(zhì)粒pRCC-K 通用于S.cerevisiaeCRISPR-Cas9系統(tǒng)質(zhì)粒[23],但不適用S. pastorianus目的基因敲除,該質(zhì)粒導(dǎo)入目的菌株無(wú)法敲除目的基因(數(shù)據(jù)未顯示)。推測(cè)是由于pRCC-K中SNR52為RNA聚合酶Ⅲ啟動(dòng)子,使RNA 聚合酶Ⅲ表達(dá)水平較低,不足以使Cas9蛋白切割靶向位點(diǎn)形成DSB[24]。因此為確保質(zhì)粒中Cas9 基因高效表達(dá),本試驗(yàn)將質(zhì)粒pMY- Cas9- TRP1- SC、 pMY- Cas9- TRP1- SE、pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC 和pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE 中g(shù)RNA 啟動(dòng)子替換為RNA 聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子。RNA 聚合酶Ⅱ啟動(dòng)子直接轉(zhuǎn)錄sgRNA 會(huì)在5'和3'端形成多余結(jié)構(gòu),降低其活性,需在5'和3'端添加錘頭狀核酶和肝炎三角洲病毒核酶(Hepatitis delta virus ribozyme,HDV)識(shí)別位點(diǎn)序列。HH核酶和HDV 核酶用于介導(dǎo)特異性分子內(nèi)裂解,確保質(zhì)粒中啟動(dòng)子活性。HH 核酶結(jié)構(gòu)5'端前6 個(gè)核苷酸與sgRNA 5'端前6個(gè)核苷酸互補(bǔ)形成莖環(huán),作為HH核酶自切割位點(diǎn)。因此,在HH核酶和HDV核酶轉(zhuǎn)錄和自切割后,質(zhì)粒中可產(chǎn)生活性sgRNA。

    GAP是畢赤酵母(Pichia pastoris)表達(dá)外源蛋白質(zhì)常用組成型啟動(dòng)子。Waterham 等首次成功分離GAP啟動(dòng)子,利用該啟動(dòng)子構(gòu)建多種外源蛋白表達(dá)體系,表達(dá)周期短,表達(dá)效率高[25]。但GAP啟動(dòng)子表達(dá)系統(tǒng)多應(yīng)用于P.pastoris,較少應(yīng)用于S.cerevisiae或S. pastorianus。本研究使用GAP 啟動(dòng)子質(zhì)粒pMY-Cas9-TRP1-SC 和pMY-Cas9-TRP1-SE,未能成功將S.pastorianus中靶基因TRP1 敲除。而位于S.cerevisiae 染色體Ⅲ上PGK1 是S.cerevisiae基因編輯中常用強(qiáng)啟動(dòng)子,因此選擇PGK1啟動(dòng)子替換原有GAP 啟動(dòng)子。使用PGK1 啟動(dòng)子質(zhì)粒pMYPGK1-Cas9-TRP1-SC 和pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SE 成功將S. pastorianus中靶基因TRP1 敲除。可知,較GAP啟動(dòng)子,來(lái)源于S. cerevisiae PGK1啟動(dòng)子更適合在S.pastorianus中啟動(dòng)基因表達(dá)。

    Lager 酵母染色體雜倍特性使其基因編輯技術(shù)更新緩慢,不利Lager 酵母中非釀酒酵母基因功能研究。Lager 酵母中CRISPR-Cas9 技術(shù)成熟應(yīng)用,促進(jìn)Lager 酵母中不同來(lái)源基因功能研究。本研究建立適用于Lager 酵母基因編輯CRISPR-Cas9 系統(tǒng),通過(guò)質(zhì)粒pMY-PGK1-Cas9-TRP1-SC、pMYPGK1-Cas9-TRP1-SE 和修復(fù)DNA 可敲除目的基因,但該系統(tǒng)基因敲除成功率提高與其在不同Lager酵母菌株中應(yīng)用有待深入研究。

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    生物量高的富鋅酵母的開(kāi)發(fā)應(yīng)用
    干拌料方式添加液態(tài)酵益的菌群活性變化
    基因組DNA甲基化及組蛋白甲基化
    遺傳(2014年3期)2014-02-28 20:58:49
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