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    人凝血因子7a核酸適配體的篩選與鑒定

    2019-08-05 07:51:13羅鈺王騰飛李文靜王金娥裴仁軍
    分析化學(xué) 2019年7期
    關(guān)鍵詞:寡核苷酸凝血因子緩沖液

    羅鈺 王騰飛 李文靜 王金娥 裴仁軍

    摘?要?人凝血因子7a (FVIIa)是外源性凝血途徑的核心因子,檢測參與凝血過程的FVIIa及針對FVIIa開發(fā)安全有效和經(jīng)濟(jì)的凝血?jiǎng)┖涂鼓獎(jiǎng)┦蔷哂兄匾囊饬x。本研究基于指數(shù)富集配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù) (Systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX),采用酸纖維素膜法,通過11輪篩選成功分離出FVIIa的DNA適配體,并模擬了其二級結(jié)構(gòu)。此適配體與FVIIa蛋白結(jié)合的表觀解離常數(shù)為102 nmol/L。同時(shí),基于所獲得的高親和力適配體,建立了基于適配體的熒光檢測方法。本方法簡單高效,對FVIIa蛋白的定量檢測范圍達(dá)到30~80 nmol/L,為人凝血因子7a的檢測提供了一條新途徑。非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳和適配體的熒光檢測方法結(jié)果表明, 此適配體具有良好的選擇性。

    關(guān)鍵詞?凝血因子7a; 適配體; 指數(shù)富集配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù); 篩選; 熒光檢測

    1?引 言

    經(jīng)典凝血假說認(rèn)為,在高等生命體中的凝血機(jī)制存在兩個(gè)啟動(dòng)過程,分別是內(nèi)源性凝血和外源性凝血 [1]。在正常的凝血過程及各種血栓性疾病中,凝血過程通過激活外源性途徑觸發(fā)。外源性凝血由凝血因子7a(Factor VIIa,F(xiàn)VIIa)與組織因子(Tissue factor,TF)形成的復(fù)合物引發(fā)[2,3]。FVIIa是一種胰蛋白酶樣絲氨酸蛋白酶,在缺乏組織因子的情況下,對大分子底物的活性較低[4]。TF-FVIIa復(fù)合物的形成為大分子底物提供了一個(gè)合適的結(jié)合面,并通過改變FVIIa的活性位點(diǎn)提高其催化性能[5,6]。經(jīng)過一系列反應(yīng),TF-FVIIa復(fù)合物通過外源性凝血途徑最終促成纖維蛋白凝塊的形成,參與凝血[7]。盡管此凝血途徑的作用機(jī)制已被闡明,但現(xiàn)有技術(shù)對診斷和治療由各凝血因子障礙而引起的血液疾病仍存在明顯不足。因此,檢測參與凝血過程的各因子,并針對特定疾病開發(fā)安全有效和低成本的凝血?jiǎng)┖涂鼓獎(jiǎng)匀皇且粋€(gè)亟待解決的問題。

    適配體是通過指數(shù)富集配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù) (Systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX) 在體外篩選獲得的一種單鏈核糖核苷酸或脫氧核糖核苷酸,對其相應(yīng)的靶標(biāo)具有高親和力和高選擇性[8~11]。作為一種功能化核酸,適配體可用于對靶標(biāo)分子的識別[12]。目前,很多適配體序列已被成功分離,相應(yīng)的靶標(biāo)包含小分子[13]、蛋白質(zhì)[14]、細(xì)胞系[15]、病毒[16]等。有多種方法被用于篩選蛋白靶標(biāo),如親和色譜柱法 [17]、磁珠法[18]、硝酸纖維素膜法[19]等。由于適配體具有高靈敏度、高特異性的特點(diǎn),基于適配體的傳感器近年也得到了迅猛發(fā)展[20,21]。目前,已發(fā)展出可用于小分子檢測[13,22]、蛋白分子檢測[23]、細(xì)胞成像[15,24]?等的適配體傳感器。

    本研究以外源性凝血途徑的核心因子FVIIa為靶蛋白,基于硝酸纖維素膜分離的篩選方法,成功分離出FVIIa的DNA適配體,此適配體與FVIIa蛋白結(jié)合的表觀解離常數(shù)為102 nmol/L,并具有較好的選擇性?;谒@得的高親和力適配體,建立了一種簡單的熒光傳感方法,用于檢測FVIIa蛋白。

    2?實(shí)驗(yàn)部分

    2.1?儀器與試劑

    Eppendorf Mastercycler Nexus PCR儀(德國Eppendorf公司); VICTOR×4酶標(biāo)儀(美國PerkinElmer公司); 電泳儀(美國BioRad公司); LAS 4000 mini凝膠成像系統(tǒng)(日本Fujifilm公司)。

    人凝血因子 7a蛋白由諾和諾德中國研發(fā)中心周蓉博士提供; ?DNA序列均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成(表1); 0.45-μm硝酸纖維素膜(通用電氣醫(yī)療系統(tǒng)貿(mào)易發(fā)展(上海)有限公司); 25-mm 可拆卸濾器(默克密理博實(shí)驗(yàn)室設(shè)備(上海)有限公司); 鏈霉親和素瓊脂糖微珠、SYBR Green Ι(賽默飛世爾科技(中國)有限公司); 10×PCR緩沖液、脫氧核苷三磷酸(dNTPs)、rTaq 聚合酶、20 bp DNA Marker、6×DNA上樣緩沖液、PMD18-T載體克隆試劑盒(寶日醫(yī)生物技術(shù)(北京)有限公司); 工程化大腸桿菌 BL21 (美國模式培養(yǎng)物集存庫); 10×PBS緩沖液、5×TBE緩沖液、鮭魚精DNA、LB液體培養(yǎng)基(干粉)、LB固體培養(yǎng)基(干粉)、30% 丙烯酰胺、10% 過硫酸銨、四甲基乙二胺(北京索萊寶科技有限公司); 瓊脂糖、NaOH、三羥甲基氨基甲烷(Tris)、MgCl2、牛血清白蛋白、十二烷基硫酸鈉、乙二胺四乙酸、Na2CO3、NaHCO3(西格瑪奧德里奇(上海)貿(mào)易有限公司)。所用試劑均為分析純, 實(shí)驗(yàn)用水為超純水。

    2.2?實(shí)驗(yàn)方法

    2.2.1?溶液配制?結(jié)合緩沖液為1×PBS, 5 mmol/L MgCl2, 0.1 mg/mL牛血清白蛋白, 25 μg/mL鮭魚精DNA。儲(chǔ)備溶液為2×結(jié)合緩沖液。各溶液配制后于20℃保存。

    洗脫緩沖液含7 mol/L 尿素、7 mmol/L 十二烷基硫酸鈉和1 mmol/L 乙二胺四乙酸。儲(chǔ)備溶液為1×洗脫緩沖液。配制后于4℃保存。

    純化液為鮭魚精DNA、乙酸鈉和無水乙醇的混合液: 準(zhǔn)確稱取20 mg 鮭魚精DNA、12.30 g NaAC溶于50 mL水中,并用乙酸調(diào)節(jié)至pH 5.2,以無水乙醇定容至500 mL,混勻,于20℃保存。

    包被液為0.05 mol/L碳酸鹽緩沖液(pH=9.6),封閉液為3%(w/V))牛血清白蛋白溶液。

    2.2.2?篩選過程?(1)負(fù)篩選過程?取100 μmol/L 隨機(jī)寡核苷酸庫20 μL 溶于50 μL水中,95℃水浴加熱5 min,取出冷卻至室溫,加入50 μL 2×結(jié)合緩沖液,輕微振蕩搖勻。室溫下與純凈的硝酸纖維素膜共孵育1 h,棄膜,收集上清液,用于后續(xù)正篩選。(2)正篩選過程?將上述處理過的隨機(jī)寡核苷酸庫與200 μL人凝血因子7a 蛋白溶液于室溫下共孵育1 h。將硝酸纖維素膜固定在可拆卸濾器中,使用1×結(jié)合緩沖液潤濕濾器中的硝酸纖維素膜,使共孵育液緩慢的通過硝酸纖維素膜,此過程重復(fù)5次。使用800 μL 1×結(jié)合緩沖液緩慢洗去游離在膜表面的寡核苷酸序列,此過程重復(fù)3次。(3)變性?將硝酸纖維素膜取出并將其剪碎,轉(zhuǎn)移至1.5 mL 離心管中。加入200 μL 洗脫緩沖液,充分振蕩。95℃水浴加熱10 min,使蛋白變性,與寡核苷酸分離。此過程重復(fù)2次,合并兩次洗脫液。(4)純化?加入1 mL純化液,80℃ 靜置2 h。4℃ 下14000 r/min 離心25 min。棄上清液,加入1 mL 70%(V/V)預(yù)冷乙醇,重復(fù)離心1次,棄上清液,65℃ 烘箱中烘干。(5)擴(kuò)增?將干燥的寡核苷酸粉末用150 μL水溶解。每個(gè)PCR反應(yīng)體系為50 μL,每個(gè)反應(yīng)體系含有400 μmol/L dNTPs、1 μmol/L 正向引物、1 μmol/L 反向引物、25 U/mL rTaq聚合酶、5 μL 10×PCR緩沖液、2 μL DNA模板,總反應(yīng)體系6 mL; 將PCR程序設(shè)置為: 95℃ 5 min; 94℃ 30 s,58℃ 30 s,72℃ 20 s(將此步設(shè)為10~20個(gè)循環(huán)); 72℃ 5 min; 10℃ 保持至結(jié)束。將PCR產(chǎn)物進(jìn)行凝膠電泳以檢驗(yàn)產(chǎn)物純度,取 8 μL PCR 產(chǎn)物與 2 μL 6×DNA電泳緩沖液(每 mL 含有 SYBR GReen I 10 μL)混勻后上樣,凝膠為3%非變性瓊脂糖凝膠,電泳緩沖溶液為1×TBE緩沖液,電壓為140 V。電泳結(jié)束后利用凝膠成像系統(tǒng)對其拍照并分析。(6)制備單鏈?將PCR產(chǎn)物與鏈霉親和素修飾的瓊脂糖親和柱孵育,由于PCR使用生物素標(biāo)記的反向引物,利用生物素和親和素的相互作用將PCR產(chǎn)物固定在親和柱上。用800 μL 1×結(jié)合緩沖液洗3次后,用0.1 mol/L NaOH溶液洗脫ssDNA,并用適量HCl中和NaOH。加入1 mL 預(yù)冷無水乙醇,80℃靜置2 h。4℃下14000 r/min 離心25 min。棄上清液,加入1 mL 70%(V/V)預(yù)冷乙醇; 重復(fù)離心1次,棄上清液,65℃烘干。將干燥的寡核苷酸粉末用20 μL水溶解,取1 μL稀釋至50 μL,測定260 nm處的吸光度,計(jì)算其中寡核苷酸含量。重復(fù)步驟(1)~(6)。自第二輪篩選開始寡核苷酸隨機(jī)文庫的用量降至300 pmol。

    2.2.3?測序與序列分析?擴(kuò)增經(jīng)過數(shù)次篩選的富集庫,轉(zhuǎn)入工程化大腸桿菌BL21中, 37℃ 培養(yǎng)過夜; 挑取隨機(jī)菌落并送至蘇州金唯智生物科技有限公司測序。

    利用序列比對程序?qū)λ眯蛄羞M(jìn)行分析,如 ClustalX 1.83 比對序列,分析適配體序列的一級結(jié)構(gòu)及其同源性,將各序列分組,并用 NUPACK 模擬其二級結(jié)構(gòu),選擇結(jié)構(gòu)具有代表性的序列進(jìn)行合成,以進(jìn)行后續(xù)分析。

    2.2.4?熒光測量?將96 孔ELISA酶標(biāo)板用200 μL 1×結(jié)合緩沖液預(yù)先潤洗1次,孔中包被100 pmol靶蛋白溶液(1 μmol/L, 100 μL,使用包被液稀釋),或等量對照蛋白(牛血清白蛋白和鏈霉親和素),4℃ 下濕盒中過夜,棄去蛋白溶液。在包被蛋白的孔中加入封閉液,37℃孵育2 h; 將50 μL FITC修飾的隨機(jī)文庫或適配體序列在95℃水浴中加熱5 min,取出冷卻至室溫,加入50 μL 2×結(jié)合緩沖液,混勻后加入處理過的酶標(biāo)板中,37℃下孵育2 h; 用1×PBS洗去游離的DNA,使用酶標(biāo)儀讀?。ǖ鬃x)實(shí)驗(yàn)孔在485 nm處熒光強(qiáng)度。

    2.2.5?非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳?將100 pmol 靶蛋白(20 μmol/L, 5 μL) 與 200 pmol (200 μmol/L, 1 μL) 已預(yù)先退火的熒光標(biāo)記的適配體鏈混勻,加入4 μL 2×結(jié)合緩沖液,室溫下孵育1 h, 同時(shí)設(shè)置空白對照及牛血清白蛋白和鏈霉親和素作為陰性對照。孵育后加入2 μL 6×DNA上樣緩沖液,混勻后上樣。凝膠為8% 非變性聚丙烯酰胺凝膠,電泳電壓80 V。電泳結(jié)束后利用凝膠成像系統(tǒng)對其拍照并分析。

    2.2.6?統(tǒng)計(jì)學(xué)分析?采用Origin Pro 8.5 軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,兩組間差異分析采用t檢驗(yàn), 組間多樣本均數(shù)比較采用單因素方差分析。

    3?結(jié)果與討論

    3.1?篩選方法

    本研究選擇硝酸纖維素膜分離方法用于篩選靶蛋白FVIIa的DNA核酸適配體。在篩選過程中,先使蛋白與核酸文庫在緩沖溶液中孵育,再依靠膜對蛋白的吸附作用分離有作用的DNA序列。這種先孵育再分離的方法使得蛋白與適配體的結(jié)合在液相均相中進(jìn)行。

    硝酸纖維素膜對蛋白的吸附作用使得適配體-蛋白復(fù)合物保留在膜表面,再用緩沖液洗去游離在膜表面的未結(jié)合的序列,留存在膜上的DNA經(jīng)過提取純化后,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,進(jìn)入到下一輪篩選中。

    采用熒光法監(jiān)測篩選過程中庫的富集效果。FITC標(biāo)記的核酸庫由FITC標(biāo)記的正向引物通過PCR反應(yīng)制得。如圖1所示,隨著篩選輪數(shù)的增加,保留在蛋白表面的序列增多,熒光強(qiáng)度增強(qiáng)。經(jīng)過11輪富集,熒光強(qiáng)度不再發(fā)生明顯增長,因此對第11輪文庫進(jìn)行測序。

    3.2?測序結(jié)果

    經(jīng)第11輪篩選的文庫被轉(zhuǎn)入工程化大腸桿菌BL21中,培養(yǎng)過夜后,挑取隨機(jī)單克隆菌落進(jìn)行測序。對測序結(jié)果進(jìn)行同源性分析,結(jié)果如圖2所示。將所獲得序列通過M-fold (http://unafold.rna.albany.edu/) 做二級結(jié)構(gòu)模擬,合成有一定同源性且二級結(jié)構(gòu)相對穩(wěn)定的序列,并做進(jìn)一步分析。如圖3所示, 選擇FVIIa-7和FVIIa-16, 并在5'端標(biāo)記FITC, 以進(jìn)一步考察親和力和特異性等,F(xiàn)VIIa-7和FVIIa-16的二級結(jié)構(gòu)如圖3所示。相關(guān)寡核苷酸序列見表1。

    3.3?親和力測定

    通過熒光法測定適配體的親和力(解離常數(shù))。先將靶蛋白固定在酶標(biāo)板上,再使之與熒光標(biāo)記的適配體作用。除去游離在表面的適配體,可檢測的熒光信號全部來自與蛋白作用的適配體,熒光信號越強(qiáng),說明與蛋白作用的適配體越多。本方法操作簡單,所需試劑種類及數(shù)量較少,是一種簡單經(jīng)濟(jì)的表征方法。如圖4所示,配制終濃度為0、10、25、50、75、100、125、150、200、300、400和500 nmol/L的適配體(每孔100 μL)與靶蛋白作用,按公式(1)擬合,解離常數(shù)(Kd)計(jì)算結(jié)果由Graphpad Prism 5給出:

    其中, F為加入適配體后的熒光信號,F(xiàn)0為背景信號, c為所加入適配體的濃度, Fmax為擬合曲線Y軸上最高點(diǎn), Kd為所求的解離常數(shù)。

    FVIIa-7的解離常數(shù)為296.3 nmol/L(圖4A),而FVIIa-16具有更高的親和力,解離常數(shù)為102.0 nmol/L(圖4B)。

    3.4?FVIIa的定量檢測

    采用競爭結(jié)合法確定FVIIa-16對靶蛋白的檢測濃度范圍。

    實(shí)驗(yàn)原理如圖5所示,在溶液相中加入不同量的蛋白,與適量的適配體孵育,再將含有蛋白-適配體復(fù)合物、游離蛋白、游離適配體的混合溶液加入到包被了FVIIa蛋白的酶標(biāo)板中,通過測定與酶標(biāo)板上固定蛋白結(jié)合的適配體發(fā)出的熒光信號,間接反映待測溶液中FVIIa蛋白的濃度。

    首先在酶標(biāo)板中包被100 pmol靶蛋白,將終濃度為0、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、120、150、200和300 nmol/L 的靶蛋白與200 pmol已變性處理的適配體在結(jié)合緩沖液中 (總體積100 μL)于 37℃孵育1 h,將溶液依次轉(zhuǎn)移至包被有蛋白的酶標(biāo)板中,37℃下孵育2 h; 洗去游離的DNA,測定各孔在485 nm 的熒光強(qiáng)度。如圖6所示,適配體對FVIIa-16定量檢測范圍為30~80 nmol/L,線性回歸方程為 ΔF485 nm=-6.18C (nmol/L) + 602.27(R2=0.978)。

    3.5?方法的特異性

    通過聚丙烯酰胺凝膠電泳考察適配體的特異性 [18],如圖7所示,熒光標(biāo)記的適配體與FVIIa結(jié)合后,相比于對照組蛋白條帶滯后。利用熒光法檢驗(yàn)了熒光標(biāo)記的適配體與FVIIa及對照組蛋白間的作用,酶標(biāo)板中每孔包被100 pmol蛋白,與300 pmol 已變性處理的適配體孵育,記錄其熒光強(qiáng)度; 基于t檢驗(yàn)計(jì)算同種蛋白組間顯著性差異,結(jié)果如圖8所示,空白對照組為不加適配體的蛋白本底熒光值,樣品組為加入熒光標(biāo)記適配體的響應(yīng)值,結(jié)果表明,F(xiàn)VIIa-16能顯著區(qū)分靶蛋白的空白對照與樣品組,而不與其它對照蛋白作用,具有良好的特異性。

    4?結(jié) 論

    采用硝酸纖維素膜法,經(jīng)過11輪篩選,成功篩選分離了人凝血因子FVIIa的DNA適配體。此適配體的表觀解離常數(shù)為102.0 nmol/L,對FVIIa定量檢測范圍為30~80 nmol/L,具有良好的選擇性。FVIIa蛋白的RNA適配體已被成功分離,此適配體可通過阻止TF-FVIIa復(fù)合物的形成影響FVIIa,并延長凝血時(shí)間[25]。但RNA成本高,并需要嚴(yán)格的使用環(huán)境。DNA適配體成本較RNA適配體低,合成簡單,并具有更好的穩(wěn)定性。本研究篩選的DNA適配體與FVIIa有較高的親和性,可用于FVIIa的高靈敏、高選擇性的檢測,并有望基于此適配體開發(fā)經(jīng)濟(jì)有效的凝血?jiǎng)┗蚩鼓齽?/p>

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