四種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA全序列測(cè)定及分析

中圖分類號(hào)：S917.4 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A 文章編號(hào)：1000-4440（2025）06-1197-10

Abstract：In this study，samples were collected and mitochondrial DNA sequences were measured from Acrossocheilus jishouensis，A. parallens，A. spiniferand A iridescens.The complete mtDNA sequencesof four species were obtained through DNAstar Lasergene 7.Oand MEGA7.O softwares. The protein-coding genes were located

by MITOSWebServer online software，and the transfer RNA （tRNA）genes were identified and analyzed by tRNAscan-SE 2.0.The ribosomal RNA（rRNA）genesand control regions were identifiedby BLASThomologyanalysis.Incorporating otherAcrossocheliusspeciesandselectedrepresentativesof thesubfamilyBarbinaeavailablein GenBank，phylogenetictrees were constructed toanalyze the phylogenetic relationshipsof the four Acrossochelius species.The nucleotide componentsof mtDNAof thefour species were similar.Thesequences were16585-16 595bp inlength，including 37coding genes and one non-coding region（control region）.Eight tRNA genes（ tRNA^Gln ，tRNA ^Ala ， tRNA^Asn ！ tRNA^Cys ， tRNA^′′′ ，tRNA ， （2 tRNA^Glu ， tRNA^Pro ）and NDθ were located on the light strand（L strand），and the remaining genes were located on the heavy strand（H strand）：Among the 13 protein-coding genes，the ND2 gene of A .spinifer used ATC as the start codon， which was different from the other three species.The start codons of ND3 genes of A .parallens and A . spinifer were GTG， whiletheother twospecies usedATGas the startcodon，and the start codonsof theremaining genes were ATGor GTG. There were four types of stop codons （TAA，TAG，TA and T）.All22 tRNA genes encoded tRNAs that possessd the typical cloverleaf secondary structure，except for the tRNA encoded by the tRNA^ser gene，which lacked the DHU arm. The variationof controlregion was obvious，butthecorrsponding terminationsequenceregion，centralconservedregionandconserved sequenceregionwere identified incontrolregion.PhylogeneticanalysisshowedthattheAcrosocheilusspeciescould be divided into two clades.A. parallens was most closely related to A .jishouensis and most distantly related to A .iridescens. Bysystematicallyanalyzing thecomplete mitochondrialDNA（mtDNA）sequences offourAcrosochelius species，this study elucidates their genome structure，characteristics，and taxonomic status.Thesefindings provideatheoretical foundation for the phylogenetic analysis of the genus Acrossochelius and the conservation of its germplasm resources.

Key words：Acrosscheilus jishouensis；Acrossocheilus parallens；Acrossocheilus spinifer；Acrossocheilus iridescens; mitogenome；phylogenetic analysis

光唇魚(yú)屬（Acrossocheilus）隸屬于鯉形目（Cypri-niformes）鯉科（Cyprinidae）鮑亞科（Barbinae）。到目前為止，光唇魚(yú)屬共鑒定了26個(gè)種或亞種，主要分布于中國(guó)南部（上海、江蘇、安徽、浙江、福建、臺(tái)灣等地）、越南和老撾，其體色鮮艷，營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高，是一類名優(yōu)的經(jīng)濟(jì)魚(yú)類[1-3]。對(duì)光唇魚(yú)屬魚(yú)類的分類鑒定，傳統(tǒng)方法主要依據(jù)口唇結(jié)構(gòu)形態(tài)、體色和背鰭等的差異進(jìn)行[4]?！吨袊?guó)動(dòng)物志·硬骨魚(yú)綱·鯉形目（下卷）》記錄了分布于中國(guó)南部地區(qū)的光唇魚(yú)屬的19個(gè)種和亞種[1]。而Kottelat等[5]通過(guò)對(duì)光唇魚(yú)屬魚(yú)類成體體側(cè)條紋的觀察，將光唇魚(yú)屬魚(yú)類分為兩大類：無(wú)垂直條紋類群和有垂直條紋類群。袁樂(lè)洋4通過(guò)對(duì)光唇魚(yú)屬魚(yú)類形態(tài)特征的比較及統(tǒng)計(jì)分析，基本認(rèn)同Kottelat的觀點(diǎn)，并認(rèn)為體側(cè)無(wú)垂直條紋類型可能不屬于光唇魚(yú)屬魚(yú)類。伍律[6]所記錄的厚唇光唇魚(yú)（A.labiatus）應(yīng)為吉首光唇魚(yú)（A.jishouensis）。形態(tài)分類可能會(huì)受到雌雄差異、幼魚(yú)與成魚(yú)差異等因素的影響，因此需要借助分子手段，進(jìn)一步厘清種群間、物種間的關(guān)系。線粒體DNA（mtDNA）是一種細(xì)胞質(zhì)遺傳的環(huán)狀雙鏈分子，其堿基序列組成和結(jié)構(gòu)較為保守，長(zhǎng)度一般為16＼～20kb ，包含了13個(gè)蛋白質(zhì)的編碼基因、2個(gè)核糖體RNA（rRNA）基因和22個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)RNA（tRNA）基因以及1個(gè)非編碼控制區(qū)[7]。線粒體DNA具有相對(duì)分子量小、編碼效率高、拷貝數(shù)多、進(jìn)化速度快等特征，在群體遺傳學(xué)、種群分化等研究中被廣泛應(yīng)用[]線粒體DNA作為分子標(biāo)記在魚(yú)類群體遺傳變異研究中被大量運(yùn)用。以線粒體細(xì)胞色素氧化酶I（COI）基因作為分子標(biāo)記，分析了分布于中國(guó)臺(tái)灣的臺(tái)灣光唇魚(yú)（A.paradoxus）和分布于福建閩江的武夷光唇魚(yú)（A.wuyiensis）2個(gè)物種，結(jié)果表明這2種光唇魚(yú)為同一物種[8;薛艷潔等通過(guò)線粒體細(xì)胞色素氧化酶II（COI）基因和D-loop 控制區(qū)序列2種分子標(biāo)記的系統(tǒng)發(fā)育分析，可以較準(zhǔn)確地判定在江西贛州采集的光唇魚(yú)屬于半刺光唇魚(yú)（A.hemispinus）;基于線粒體細(xì)胞色素b基因?qū)π掳步饔驕刂莨獯紧~(yú)（A.wenchowensis）群體遺傳特征進(jìn)行分析，結(jié)果表明溫州光唇魚(yú)的不同地理群體遺傳分化較明顯，而且遺傳多樣性水平較低[10]。因此，了解清楚光唇魚(yú)屬魚(yú)類的線粒體DNA特征，對(duì)研究光唇魚(yú)的分類和種群特征分析具有重大意義。近年來(lái)對(duì)光唇魚(yú)屬魚(yú)類的研究主要集中在人工繁殖[11-13]形態(tài)特征[14-15]、性腺胚胎發(fā)育[16-17]基因克隆與表達(dá)[18-19]線粒體分子標(biāo)記[20-22]等方面。而專門(mén)針對(duì)吉首光唇魚(yú)（A.jishouensis）、厚刺光唇魚(yú)（A.spinifer）側(cè)條光唇魚(yú)（A.parallens）和虹彩光唇魚(yú)（A.iridescens）線粒體基因組系統(tǒng)分析的研究較少。針對(duì)此現(xiàn)狀，本研究擬對(duì)4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類mtDNA進(jìn)行特征分析和系統(tǒng)發(fā)育分析，從而進(jìn)一步研究光唇魚(yú)屬魚(yú)類與其他亞科魚(yú)類的親緣關(guān)系及其分類，為光唇魚(yú)屬魚(yú)類的系統(tǒng)進(jìn)化分析及其種質(zhì)資源保護(hù)與管理提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

本研究的吉首光唇魚(yú)樣品采集于湖南省吉首市L ^′N：28^°15^′44^′′ ;E： 109^°42^′30\" ），厚刺光唇魚(yú)樣品采集于廣東省潮州市（ N：23^°27^′22^′′ ！ ），虹彩光唇魚(yú)樣品采集于廣西壯族自治區(qū)河池市（N：

24^°29^′50^′′ ： E：108^°38^′23^′′; ，側(cè)條光唇魚(yú)樣品采集于廣東省韶關(guān)市 N_：25^°19^′30^′′;E_：113^°55^′13^′′） 。每個(gè)群體隨機(jī)選取10尾體長(zhǎng) 10cm 的樣本，共計(jì)40尾。標(biāo)本采用 95% 乙醇進(jìn)行固定與保存，標(biāo)本見(jiàn)圖1。

1.2 DNA的提取和擴(kuò)增

采用動(dòng)物基因組提取試劑盒「天根生化科技（北京）有限公司產(chǎn)品]分別提取4種光唇魚(yú)的總DNA。采用 Primer5.0 軟件設(shè)計(jì)并獲得4種光唇屬魚(yú)類線粒體DNA序列的26對(duì)擴(kuò)增引物（表1），分段擴(kuò)增其線粒體DNA序列。電泳檢驗(yàn)合格的PCR產(chǎn)物委托生工生物工程（上海）股份有限公司進(jìn)行純化并測(cè)序。

1.3 數(shù)據(jù)處理與分析

所測(cè)序列采用DNAstarLasergene7.0（SeqMan）程序包[23]進(jìn)行拼接，通過(guò)MEGA7.0軟件[24]比對(duì)近源物種線粒體基因組序列，并輔以人工校正，最終獲得4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類完整mtDNA序列。mtDNA序列中編碼基因通過(guò)MITOSWebServer（http：//mitos2.bioinf.uni-leipzig.de/index.py）在線軟件定位分析[25]。采用tRNAscan-SE2.0軟件對(duì)4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的tRNA基因進(jìn)行定位和二級(jí)結(jié)構(gòu)分析[26]利用BLAST同源性分析確定rRNA基因和控制區(qū)。然后通過(guò)MEGA7.0軟件對(duì)4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA序列結(jié)構(gòu)特點(diǎn)進(jìn)行分析，計(jì)算序列的堿基組成。

從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)下載得到23種亞科魚(yú)類線粒體DNA全序列，基于線粒體DNA的13種蛋白質(zhì)的編碼基因序列以鄰接法（Neighbor-joiningMeth-od，NJ）構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)[27]，用于探究4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。

2 結(jié)果與分析

2.14種光唇魚(yú)線粒體DNA的組成

4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA全序列長(zhǎng)度為16585～16595bp（ （吉首光唇魚(yú) 16585bp 、側(cè)條光唇魚(yú) 16591bp 、厚刺光唇魚(yú)16594bp、虹彩光唇魚(yú)16595bp ），均包含13個(gè)編碼蛋白質(zhì)基因、2個(gè)編碼rRNA基因、22個(gè)編碼tRNA基因和1個(gè)非編碼控制區(qū)等。4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA序列堿基排列順序、長(zhǎng)度、密碼子使用情況都比較相似。整個(gè)基因排列緊湊，各片段間存在11＼～12處間隔，其長(zhǎng)度為 1～33bp ;其中 tRNA^cys 與 tRNA^Asn 之間存在最大間隔區(qū)，可構(gòu)成莖環(huán)二級(jí)結(jié)構(gòu)，輕鏈由此處開(kāi)始復(fù)制，最大間隔區(qū)被稱為輕鏈復(fù)制起始區(qū)（ 0_L） 。除8個(gè)tRNA 基因（ tRNA^Gln 、 tRNA^Ala 、 tRNA^Asn 、tRNA^Cys 、 tRNA^Tyr 、 tRNA^Ser ！ tRNA^Glu ！ tRNA^Pro ）和 ND6分布于輕鏈（L鏈）外，其余各基因均位于重鏈（H鏈）上（圖1表2）。

4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA的位點(diǎn)變異分析結(jié)果顯示，全序列共有2712個(gè)變異位點(diǎn)，其中簡(jiǎn)約變異位點(diǎn)有594個(gè)，占總數(shù)的 21.90% ，非簡(jiǎn)約變異位點(diǎn)有2115個(gè)，占總數(shù)的 77.99% 。

2.24種光唇魚(yú)線粒體中編碼蛋白質(zhì)的基因

4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體中編碼蛋白質(zhì)的基因均包含了3802個(gè)密碼子，編碼20 種氨基酸（表3）。其中編碼亮氨酸（Leu）的密碼子使用頻率最高（ 12.14% ），包括UUA、UUG、CUU、CUC、CUA和CUG6種密碼子，而色氨酸（ Trp ）的密碼子使用頻率最低 （1.05%） ，僅包括UGG這一種密碼子（圖2、表3）。表3中粗體字顯示同義密碼子中編碼同種氨基酸的偏好密碼子，其同義密碼子相對(duì)使用度（RSCU）均大于或等于1，表明所有編碼蛋白質(zhì)的基因密碼子的使用都存在著偏好性。并且，第三位為A的密碼子的RSCU幾乎都大于1.00，表明這種密碼子的使用頻率較高。

對(duì)4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體中編碼蛋白質(zhì)的基因進(jìn)行比較分析，結(jié)果表明，4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的COI基因均以GTG為起始密碼子，厚刺光唇魚(yú)的ND2基因以ATC為起始密碼子，側(cè)條光唇魚(yú)和厚刺光唇魚(yú)的ND3基因以GTG為起始密碼子，其余基因均以ATG為起始密碼子。4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體中編碼蛋白質(zhì)的基因終止密碼子一致，其中7種編碼蛋白質(zhì)的基因終止密碼子為不完整的終止密碼子（終止密碼子為T(mén)的基因：ND2、COI、ND3、ND4、Cytb；終止密碼子為T(mén)A的基因：ATPase6、COII），另外6種為完整終止密碼子（ATPase8的終止密碼子為T(mén)AG，其余終止密碼子為T(mén)AA）。

2.34種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體中編碼RNA的基因

4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體中有22個(gè)編碼tRNA的基因，長(zhǎng)度為 67～77bp ；除厚刺光唇魚(yú)的 tRNA^Leu 基因長(zhǎng)度（UUA）與其他3種光唇魚(yú)不同，4種光唇魚(yú)的其余tRNA基因序列和長(zhǎng)度基本一致，相似度較高。通過(guò)tRNAsacn-SE2.0軟件預(yù)測(cè)4種光唇魚(yú)編碼的tRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)，除 tRNA^ser （AGC）基因編碼的tRNA的DHU臂丟失外，其余的tRNA均具有典型三葉草結(jié)構(gòu)[28]。4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類 I2SrRNA 基因長(zhǎng)度為 954～961bp ，其中吉首光唇魚(yú)和側(cè)條光唇魚(yú)的 基因長(zhǎng)度均為 956bp ，16S rRNA 基因長(zhǎng)度為 1673～1679bp ，厚刺光唇魚(yú)和虹彩光唇魚(yú)的 I6SrRNA 基因長(zhǎng)度均為 1679bp 。

2.44種光唇魚(yú)線粒體DNA中控制區(qū)序列

吉首光唇魚(yú)和側(cè)條光唇魚(yú)線粒體DNA控制區(qū)長(zhǎng)度均為 940bp ，虹彩光唇魚(yú)線粒體DNA控制區(qū)長(zhǎng)度為 934bp ，厚刺光唇魚(yú)線粒體DNA控制區(qū)長(zhǎng)度為927bp 。分析4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA控制區(qū)的堿基組成，發(fā)現(xiàn)其呈現(xiàn)出較高的 A+T 含量（ 66.8% ）。對(duì)比4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA控制區(qū)序列結(jié)構(gòu)，該區(qū)域均包括終止序列區(qū)（ETAS）、中央保守區(qū)（CSB-F、CSB-E、CSB-D）、保守序列區(qū)（CSB-1、CSB-2、CSB-3）；保守序列區(qū)還包含了2個(gè)TATA框（TATATATATATATATATATATATA和TTT-TTTTATTTT）。

12SrRNA：12S核糖體RNA;16SrRNA：16S核糖體RNA;tRNA;轉(zhuǎn)運(yùn)RNA;Phe：苯丙氨酸;Val;氨酸;Leu：亮氨酸;Ie：異亮氨酸;Gln：谷氨酰胺； Met ：甲硫氨酸； Trp ：色氨酸；Ala：丙氨酸；Asn：天冬酰胺；Cys：半胱氨酸；Tyr：酪氨酸；Ser：絲氨酸； Asp ：天冬氨酸；Lys：賴氨酸;ND1＼～ND6：還原型煙酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脫氫酶亞基1～NADH脫氫酶亞基 ：細(xì)胞色素b;COI：細(xì)胞色素c氧化酶亞基I；COⅡ：細(xì)胞色素c氧化酶亞基I;COII：細(xì)胞色素c氧化酶亞基ⅢI;ATPase6、ATPase 8：ATP 合成酶亞基6、ATP合成酶亞基8。圖中的刻度表示線粒體DNA的堿基對(duì)位置。A：吉首光唇魚(yú);B：側(cè)條光唇魚(yú);C：厚刺光唇魚(yú);D：虹彩光唇魚(yú)。

Ala：丙氨酸；Arg：精氨酸； Asn ：天冬酰胺；Asp：天冬氨酸；Cys：半胱氨酸；Glu：谷氨酸； Gln ：谷氨酰胺；Gly：甘氨酸；His：組氨酸；Ile：異亮氨酸； Leu ：亮氨酸；Lys：賴氨酸； Met ：甲硫氨酸;Phe：苯丙氨酸； Pro ：脯氨酸； Ser ：絲氨酸； Thr ：蘇氨酸； Trp ：色氨酸； Tyr ：酪氨酸； ΔVal ：氨酸。

2.5 鮑亞科魚(yú)類系統(tǒng)發(fā)育分析

基于23種亞科魚(yú)類線粒體DNA的13種編碼蛋白質(zhì)的基因序列，采用NJ法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，圖3顯示，所有物種可以大致劃分為2個(gè)支系，其中支系I又可以劃分為包含光唇魚(yú)屬魚(yú)類的A、C亞支系和包含白甲魚(yú)屬魚(yú)類的B亞支系。支系Ⅱ包括其他屬的魚(yú)類。本研究4種光唇魚(yú)均分布于A亞支系，其中側(cè)條光唇魚(yú)先與半刺光唇魚(yú)聚成一支，再與吉首光唇魚(yú)聚為一個(gè)小分支；厚刺光唇魚(yú)先與窄條光唇魚(yú)聚成一支，再依次與北江光唇魚(yú)、武夷光唇魚(yú)聚為一個(gè)小分支；虹彩光唇魚(yú)則先與長(zhǎng)鰭光唇魚(yú)聚為一支，再與臺(tái)灣光唇魚(yú)聚為一個(gè)分支，所有支持率均為 100% 。結(jié)果表明，側(cè)條光唇魚(yú)與半刺光唇魚(yú)、吉首光唇魚(yú)的親緣關(guān)系較近，厚刺光唇魚(yú)與窄條光唇魚(yú)的親緣關(guān)系較近，虹彩光唇魚(yú)則與長(zhǎng)鰭光唇魚(yú)的親緣關(guān)系較近。本研究4種光唇魚(yú)中，與側(cè)條光唇魚(yú)的親緣關(guān)系由近到遠(yuǎn)依次為吉首光唇魚(yú)、 厚刺光唇魚(yú)和虹彩光唇魚(yú)。

3討論

本研究測(cè)定了4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA全序列，從其組成特征、編碼蛋白質(zhì)基因、堿基偏好性、變異位點(diǎn)及系統(tǒng)發(fā)育情況等方面進(jìn)行全面對(duì)比分析。

結(jié)果顯示，4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體DNA全序列的基因組成和結(jié)構(gòu)高度保守，包含13個(gè)編碼蛋白質(zhì)基因、22個(gè)編碼tRNA基因、1個(gè)編碼12SrRNA基因、1個(gè)編碼16SrRNA基因，并且這些基因的排序都相同，與其他硬骨魚(yú)的研究結(jié)果[29]一致。4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的線粒體DNA全序列之間存在 1～10bp 的差異，與其他光唇魚(yú)屬魚(yú)類序列長(zhǎng)度非常接近[29-31]。堿基排列順序一致，大多數(shù)編碼基因的序列長(zhǎng)度基本相等，長(zhǎng)度差異最大的片段為控制區(qū)。這是由于在魚(yú)類中，控制區(qū)受到的選擇壓力較大，進(jìn)化速度較快，使其成為線粒體DNA中長(zhǎng)度變化最大的區(qū)域[32]。魚(yú)類線粒體基因組排列緊密，僅存在少量的重疊區(qū)和間隔區(qū)。在編碼蛋白質(zhì)的基因序列中，ATPase8和ATPase6基因之間以及ND4L和ND4基因之間都存在 7bp 的重疊，ND5和ND6基因之間存在 4bp 的重疊，這是脊椎動(dòng)物的普遍特征，只是在重疊堿基的數(shù)量上有所區(qū)別。并且在溫州光唇魚(yú)、克氏光唇魚(yú)和墨脫新光唇魚(yú)上也有同樣的重疊區(qū)特征[29-31]，基本確定光唇魚(yú)屬魚(yú)類的線粒體DNA在編碼蛋白質(zhì)的基因序列上的重疊區(qū)特征，因此這部分序列信息可用于物種鑒定和進(jìn)化趨勢(shì)分析[33]

在線粒體DNA編碼蛋白質(zhì)的基因起始密碼子和終止密碼子方面，相較于大多數(shù)硬骨魚(yú)類有較為恒定的起始密碼子ATG，這4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類中存在起始密碼子發(fā)生同義替換的演化現(xiàn)象，ND2基因有ATC和ATG2種起始密碼子，ND3基因有GTG和ATG2種起始密碼子，這是在硬骨魚(yú)中很少見(jiàn)的情況。在呂氏小鯢（Mertensiellaluschani）中發(fā)現(xiàn)了ND3 起始密碼子為GTG 的情況[34]。此外，COI基因的起始密碼子為GTC，這是魚(yú)類中COI基因的基本特征[35]。而4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的各個(gè)編碼蛋白質(zhì)的基因終止密碼子完全一致，包括了完整終止密碼子TAA/TAG和不完整終止密碼子T/TA2類，與其他魚(yú)類線粒體DNA[32]基本一致。ND2、ND3、ND4，Cytb，ATPase6，COII 和COⅡ這7個(gè)基因的終正密碼子為不完整終止密碼子，可在轉(zhuǎn)錄后期通過(guò)聚腺昔酸化作用形成完整的密碼子TAA，從而終止轉(zhuǎn)錄[36]

4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的22個(gè)tRNA基因中，除了tRNA^Gln 、 tRNA^Ala 、tRNAAsn、 tRNA^Cys ！ tRNA^Tr ！ tRNA^ser 、tRNA^Glu 和 tRNA^Pro 位于L鏈外，其余14個(gè)tRNA基因均位于H鏈上，這與硬骨魚(yú)類線粒體DNA分析結(jié)果[37]一致。此外，這些tRNA基因中，存在一定量的G-U堿基錯(cuò)配，這種現(xiàn)象在多數(shù)物種中都有存在，可通過(guò)RNA編輯被修復(fù)，并不影響氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)，因此這樣的堿基錯(cuò)配情況也可能是線粒體DNA中tRNA基因的獨(dú)特堿基配對(duì)情況[31]。4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的rRNA基因在線粒體DNA上的起始位置一致，但存在長(zhǎng)度差異。吉首光唇魚(yú)和側(cè)條光唇魚(yú)的I2SrRNA 基因長(zhǎng)度相等，與厚刺光唇魚(yú)和虹彩光唇魚(yú)分別相差 2bp 和 5bp ;厚刺光唇魚(yú)和虹彩光唇魚(yú)的 I6SrRNA 基因長(zhǎng)度相等，與吉首光唇魚(yú)和側(cè)條光唇魚(yú)分別相差 6bp 和 3bp 。這可能是4種光唇魚(yú)自身進(jìn)化演變形成的特性，其位置和長(zhǎng)度與溫州光唇魚(yú)、克氏光唇魚(yú)、墨脫新光唇魚(yú)基本一致，體現(xiàn)出rRNA基因的保守性[29-31]

控制區(qū)受進(jìn)化選擇壓力較大，其進(jìn)化速率明顯大于線粒體DNA其他組分，在不同魚(yú)類中的差異程度較大，因此被廣泛用于探討種內(nèi)及種間的物種進(jìn)化分析[38]。4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類的線粒體控制區(qū)位于 tRNA^Phe 基因和 tRNA^Pro 基因之間，是線粒體DNA中差異最大的區(qū)域，其堿基組成表現(xiàn)出明顯的A、T傾向性，有利于控制區(qū)基因變異和進(jìn)化。并且，4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類均識(shí)別出符合劉煥章提出的ETAS序列通式，還識(shí)別出中央保守區(qū)和保守序列區(qū)。中央保守區(qū)包括3段序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D），其中CSB-D序列最保守，在4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類中基本一致。在保守序列區(qū)中，除CSB-2序列在4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類中保持一致之外，CSB-1序列和CSB-3序列在4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類之間均存在一定的差異?？刂茀^(qū)序列的差異，可以體現(xiàn)出種群的演化情況，因此適合于群體進(jìn)化趨勢(shì)研究[40]

基于線粒體DNA13種編碼蛋白質(zhì)基因構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，光唇魚(yú)屬不是一個(gè)單系類群，其中體側(cè)具有垂直條紋的光唇魚(yú)聚成一個(gè)分支（亞支系A(chǔ)），體側(cè)無(wú)垂直條紋的寬口光唇魚(yú)和云南光唇魚(yú)聚成另一分支（亞支系C），兩個(gè)小分支與白甲魚(yú)屬的亞支B共同聚成支系Ⅰ，這與薛艷潔等利用線粒體

COⅡ基因和D-loop區(qū)堿基序列所獲得的結(jié)果基本一致，符合Kottelat[5]提出的狹義光唇魚(yú)分類的觀點(diǎn)。本研究的4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類中，側(cè)條光唇魚(yú)與吉首光唇魚(yú)的親緣關(guān)系最近，虹彩光唇魚(yú)與其他3種光唇魚(yú)親緣關(guān)系最遠(yuǎn)，這與楊楊等[30的研究結(jié)果基本一致。厚刺光唇魚(yú)曾被鑒定為溫州光唇魚(yú)，本研究中，厚刺光唇魚(yú)與溫州光唇魚(yú)處于不同的分支，表明2種光唇魚(yú)不是同一物種，符合袁樂(lè)洋[4]將厚刺光唇魚(yú)作為一個(gè)新種的觀點(diǎn)。

4結(jié)論

本研究測(cè)定了4種光唇魚(yú)屬魚(yú)類線粒體基因組，其線粒體DNA序列全長(zhǎng)16585＼～16595bp，包含13個(gè)編碼蛋白質(zhì)基因、2個(gè)編碼rRNA基因、22個(gè)編碼tRNA基因和1個(gè)非編碼控制區(qū)。8個(gè)tRNA基因和ND6基因位于輕鏈，其余基因位于重鏈；在13種編碼蛋白質(zhì)基因中，厚刺光唇魚(yú)的ND2基因的起始密碼子為ATC，側(cè)條光唇魚(yú)和厚刺光唇魚(yú)的ND3基因的起始密碼子為GTG，4種光唇魚(yú)的其余基因起始密碼子均為ATG，而終止密碼子共有4種類型（TAA、TAG、TA和T）;22種tRNA基因中， tRNA^Ser 缺少DHU臂，其余具有典型三葉草結(jié)構(gòu)?？刂茀^(qū)變異較大，可識(shí)別出終止序列區(qū)、中央保守區(qū)和保守序列區(qū)。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析結(jié)果顯示，光唇魚(yú)屬魚(yú)類分為2個(gè)分支；側(cè)條光唇魚(yú)與吉首光唇魚(yú)親緣關(guān)系最近，與虹彩光唇魚(yú)親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。

參考文獻(xiàn)：

[1] 中國(guó)科學(xué)院中國(guó)動(dòng)物志委員會(huì)，樂(lè)佩琦.中國(guó)動(dòng)物志：鯉形目（下卷）[M].北京：科學(xué)出版社，2000.

[2] FROESER，PAULYD.FishBase.WorldWideWebelectronicpublication[EB/OL].（2010-11-03）[2024-09-25].http：//www.fishbase.org.

[3]李強(qiáng)，黃文煒，彭蘇漢，等.基于線粒體COI基因的DNA條形碼在光唇魚(yú)屬魚(yú)類系統(tǒng)分類中的應(yīng)用[J].安徽農(nóng)學(xué)通報(bào)，2023，29（16）：51-55.

[4] 袁樂(lè)洋.中國(guó)光唇魚(yú)屬魚(yú)類的分類整理[D].南昌：南昌大學(xué)，2005.

[5] KOTTELAT M.Freshwater fishes of northern Vietnam[M].Washing-ton：WorldBank，2001.

[6] 伍律.貴州魚(yú)類志[M].貴陽(yáng)：貴州人民出版社，1989.

[7] 郭新紅，劉少軍，劉巧，等.魚(yú)類線粒體DNA研究新進(jìn)展[J].遺傳學(xué)報(bào)，2004，31（9）：983-1000.

[8] 王榮達(dá)，張琰，郝信鵬，等.基于DNA條形碼的武夷光唇魚(yú)物種有效性[J].上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào)，2022，31（4）：858-864.

[9]薛艷潔，潘娜，李明云.基于線粒體COI基因和D-loop區(qū)序列對(duì)江西安南光唇魚(yú)（Acrossocheilus）物種鑒定及系統(tǒng)發(fā)育位置分析[J].生物學(xué)雜志，2019，36（1）：25-28.

[10]周華興，胡玉婷，段國(guó)慶，等.基于線粒體細(xì)胞色素 b 基因序列的新安江流域溫州光唇魚(yú)群體遺傳研究［J].漁業(yè)科學(xué)進(jìn)展，2019，40（2）：43-50.

[11］凌俊，江河，段國(guó)慶，等.黃山回溪河養(yǎng)殖光唇魚(yú)全人工繁殖技術(shù)研究[J].安徽農(nóng)業(yè)科學(xué)，2017，45（30）：105-107.

[12]華澤祥，陳俊，石永倫，等.云南光唇魚(yú)的人工繁殖和胚胎發(fā)育觀察[J].水產(chǎn)科技情報(bào)，2017，44（2）：69-72.

[13］黃雅貞，葉贛明，劉德亭，等.光唇魚(yú)仿生態(tài)繁育與健康養(yǎng)殖技術(shù)[J].中國(guó)水產(chǎn)，2022（3）：86-89.

[14］楊春英，劉良國(guó)，楊品紅，等.吉首光唇魚(yú)形態(tài)特征和染色體核型分析[J].淡水漁業(yè)，2014，44（2）：9-13.

[15］李紅敬，李曉風(fēng)，呂萃，等.側(cè)條光唇魚(yú)的年輪特征[J].信陽(yáng)師范學(xué)院學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），2016，29（1）：57-61.

[16］頡志剛，魯紀(jì)剛.光周期和紅光對(duì)光唇魚(yú)卵巢發(fā)育和機(jī)體氧化應(yīng)激狀態(tài)的影響[J].漁業(yè)研究，2018，40（2）：111-119.

[17]WEIWB，HEJM，YAQOOBMA，etal.IntegratedmRNAandmiRNA expression profile analysis of female and male gonads inAcrossocheilus fasciatus[J].Biology，2022，11（9）：1296.

[18]LIUGD，SHENGZ，HOUCC，et al.Molecular cloning，charac-terization and expression analysis of metallothionein in the liver oftheteleost Acrossocheilus fasciatus exposed to cadmium chloride[J].Environmental Toxicology and Pharmacology，2O17，53：1-9.

[19］何景鴻.低氧脅迫對(duì)光唇魚(yú)幼魚(yú)生理生化以及相關(guān)基因表達(dá)的影響[D].舟山：浙江海洋大學(xué)，2022.

[20]XIEYG，CHENDX，NIUYD，etal.Characterization the mito-chondrial genomeof Acrossocheilus labiatus（Cypriniformes，Across-ocheilus）and itsphylogeny[J].Mitochondrial DNAPartB，Re-sources，2019，4（2） ：2396-2397.

[21］胡玉婷，江河，段國(guó)慶，等.基于線粒體Cytb基因的皖南山區(qū)溫州光唇魚(yú)種群遺傳結(jié)構(gòu)[J].中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào)，2017，33（32） ：121-126.

[22］張翠萍，林健烽，賴星星，等.北江流域側(cè)條光唇魚(yú)（Acrossochei-lus parallens）的遺傳多樣性及核型分析[J].廣州大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），2023，22（1）：78-85.

[23]BURLAND T G. DNASTAR’s Lasergene sequence analysis soft-ware[J]. Methods in Molecular Biology，2000，132：71-91.

[24]KUMAR S， STECHER G， TAMURA K. MEGA7： molecular evo-lutionary genetics analysis version 7.O for bigger datasets[J].Mo-lecular Biology and Evolution，2016，33（7） ：1870-1874.

[25]DONATHA，JUHLING F，AL-ARAB M，et al. Improved annota-tionofprotein-coding genesboundaries in metazoan mitochondrialgenomes[J].NucleicAcidsResearch，2019，47（20）：10543-10552.

[26]CHAN P P，LOWE T M. tRNAscan-SE searching for tRNA genesin genomic sequences[J].Methodsin Molecular Biology，2019，1962：1-14.

[27］樊龍江.生物信息學(xué)[M].2版.北京：科學(xué)出版社，2021：124-147.

[28]PAK D，ROOT-BERNSTEIN R，BURTON Z F. tRNA structureand evolution and standardization to the three nucleotide geneticcode[J]. Transcription，2017，8（4） ：205-219.

[29］楊培燦，韓學(xué)凱，張馳.墨脫新光唇魚(yú)線粒體全基因組測(cè)序與系統(tǒng)發(fā)育分析［J/OL].基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2024.（2024-12-24）.https：//kns.cnki.net/kcms/detail/45.1369.Q.20241223.1351.002.html.

[30］楊楊，宋小晶，唐文喬，等.克氏光唇魚(yú)線粒體基因組測(cè)定及光唇魚(yú)屬的系統(tǒng)發(fā)育分析[J].動(dòng)物學(xué)雜志，2018，53（2）：207-219.

[31］賈永義，蔣文枰，顧志敏.溫州光唇魚(yú)線粒體基因組結(jié)構(gòu)及系統(tǒng)發(fā)育分析[J].上海海洋大學(xué)學(xué)報(bào)，2014，23（1）：22-30.

[32］劉紅艷，余來(lái)寧，張繁榮.魚(yú)類線粒體DNA控制區(qū)的分子結(jié)構(gòu)及應(yīng)用進(jìn)展[J].水利漁業(yè)，2008，28（2）：4-8.

[33］陳濤.麥穗魚(yú)（Pseudorasbora parua）線粒體基因組序列測(cè)定及分析[D].西安：陜西師范大學(xué)，2010.

[34] ZARDOYA R， MALAGA-TRILLO E， VEITH M，et al. Completenucleotide sequence of the mitochondrial genome of a salamander，Mertensiella luschani[J].Gene，2003，317：17-27.

[35]SATOH T P，MIYA M，MABUCHI K，et al. Structure and varia-tionof the mitochondrial genome of fishes[J].BMC Genomics，2016，17（1） ：719.

[36]ANDERSONS，BANKIERAT，BARRELLBG，etal. Sequenceand organization of the human mitochondrial genome[J].Nature，1981，290（5806） ：457-465.

[37］陳四海，區(qū)又君，李加兒.魚(yú)類線粒體DNA及其研究進(jìn)展[J].生物技術(shù)通報(bào)，2011，27（3）：13-20.

［38］喬慧瑩.基于線粒體基因序列分析裂腹魚(yú)亞科的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系及中國(guó)沿海銀鯧群體的遺傳結(jié)構(gòu)［D].上海：上海海洋大學(xué)，2014.

[39］劉煥章.魚(yú)類線粒體DNA控制區(qū)的結(jié)構(gòu)和進(jìn)化：以螃魚(yú)類為例[J].自然科學(xué)進(jìn)展，2002，12（3）：266-270.

[40]ROSEL P E，HAYGOOGD M G，PERRIN W F. Phylogenetic re-lationships among the true porpoises（Cetacea：Phocoenidae）[J].Molecular Phylogenetics and Evolution，1995，4（4）：463-474.

（責(zé)任編輯：陳海霞）