姜山,孫陽,崔兆磊,吳巧鈴,夏紅梅
(1.福建中醫(yī)藥大學(xué)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)院,福建 福州 350122;2.福建醫(yī)科大學(xué)腫瘤臨床醫(yī)學(xué)院/福建省腫瘤醫(yī)院婦科,福建 福州 350014;3.福建醫(yī)科大學(xué)腫瘤臨床醫(yī)學(xué)院/福建省腫瘤醫(yī)院檢驗科,福建 福州 350014)
宮頸癌(cervical cancer)是全球女性生殖系統(tǒng)常見的惡性腫瘤之一,全世界每年有超過50 萬女性被診斷為宮頸癌,死亡人數(shù)超過30 萬,患有轉(zhuǎn)移性或復(fù)發(fā)性疾病的宮頸癌患者總體預(yù)后較差[1]。人乳頭瘤病毒(human papilloma virus,HPV)感染是宮頸癌的主要危險因素。目前治療宮頸癌的主要方法是手術(shù)、放療、化療,但發(fā)生局部或遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移后,患者的5 年生存率將低于50%,總體預(yù)后仍然較差[2]。因此,對宮頸癌發(fā)生發(fā)展機(jī)制的分子生物學(xué)研究可能為晚期宮頸癌患者提供更好的治療策略與改善患者預(yù)后提供潛在的新方向。Serpin 家族B 成員4(SERPINB4)是一種蛋白質(zhì)編碼基因。該基因編碼的蛋白質(zhì)是絲氨酸蛋白酶抑制劑家族的成員[3,4]。大多數(shù)SERPINS 是細(xì)胞外(血漿)分子,調(diào)節(jié)參與血液凝固、炎癥、組織重塑和免疫反應(yīng)的蛋白酶。這些SERPINS 通常屬于SERPINB,作用于細(xì)胞質(zhì)間中,因此參與機(jī)體生理功能[5]。腫瘤細(xì)胞內(nèi)絲氨酸蛋白酶抑制劑的表達(dá)可以幫助腫瘤細(xì)胞逃離顆粒酶介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡途徑,并降低細(xì)胞免疫治療的療效[6]。在正常條件下,細(xì)胞毒性淋巴細(xì)胞釋放含有絲氨酸蛋白酶(顆粒酶)誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡以減少病毒感染和腫瘤細(xì)胞[7,8]。SERPINB 在多種惡性腫瘤中也有異常表達(dá),促進(jìn)腫瘤細(xì)胞增殖及侵襲[9],但在宮頸癌中未見相關(guān)研究報道。因此,本研究擬探索SERPINB4 在宮頸癌中的診斷和預(yù)后價值。
1.1 資料來源 從腫瘤基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表達(dá)量關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫(https://gtexportal.org/home,GTEx)下載306 例宮頸癌和13 例鄰近宮頸組織SERPINB4 mRNA 數(shù)據(jù),并下載了的相關(guān)臨床數(shù)據(jù)文件,包括腫瘤浸潤深度、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移、淋巴結(jié)分期、生存時間和生存狀態(tài)。
1.2 SERPINB4 基因表達(dá)和臨床特征的關(guān)系 采用R4.1.3 軟件“Limma”包將宮頸癌組織與正常樣本組織進(jìn)行對比,分析SERPINB4 基因在兩樣本表達(dá)的差異。通過TIMER 數(shù)據(jù)庫(http://timer.cistrome.org/)分析SERPINB4 在泛癌中轉(zhuǎn)錄組水平表達(dá)。運(yùn)用“survival”包分析腫瘤浸潤深度、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移、淋巴結(jié)分期、生存時間和生存狀態(tài)與SERPINB4 的相關(guān)性并繪制生存曲線和ROC 曲線,再通過Kaplan-Meier plotter 數(shù)據(jù)庫(https://kmplot.com/)予以驗證。從HPA 數(shù)據(jù)庫中(http://www.proteinatlas.org/)獲取SERPINB4 免疫組化數(shù)據(jù),SERPINB4 的蛋白陽性表達(dá)標(biāo)本來源于一位70 歲患有宮頸鱗狀細(xì)胞癌的患者,陰性表達(dá)的標(biāo)本來源于一位37 歲女性的正常宮頸組織。
1.3 SERPINB4 共表達(dá)基因富集分析 運(yùn)用R4.1.3軟件對SERPINB4 基因進(jìn)行共表達(dá)分析,得到顯著相關(guān)的基因。為了確定SERPINB4 的生物學(xué)功能和潛在信號通路,使用R 軟件中的“clusterProfiler”包和“org.Hs.eg.db”包,將篩選的相關(guān)基因進(jìn)行GO 的生物過程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)及細(xì)胞成分(cellular component,CC)富集分析和KEGG 通路富集分析,按照P<0.005進(jìn)行篩選,探索其生物學(xué)功能和信號通路。
1.4 SERPINB4 表達(dá)與免疫浸潤及治療的關(guān)系 通過“ESTIMATE”包比較SERPINB4 高低表達(dá)組間免疫浸潤評分、基質(zhì)細(xì)胞浸潤評分和綜合評分差異,綜合評分即是基質(zhì)細(xì)胞評分和免疫細(xì)胞評分的綜合。使用R 軟件中的“CIBERSORT”包獲取每個宮頸癌樣本中免疫細(xì)胞的含量,對免疫細(xì)胞進(jìn)行差異分析,得到免疫細(xì)胞在SERPINB4 基因高、低表達(dá)組之間的差異,將免疫檢查點(diǎn)相關(guān)性與差異性的結(jié)果進(jìn)行可視化。采用“pRRophetic”包計算SERPINB4 高低表達(dá)組間的藥敏差異。
1.5 統(tǒng)計學(xué)方法 使用R 軟件(版本4.1.3)進(jìn)行統(tǒng)計分析,通過Kaplan-Meier 分析高低風(fēng)險組之間的總生存期(OS)與對數(shù)等級,采用Mann-Whitney 比較不同組之間免疫細(xì)胞的ssGSEA 評分。雙尾P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。
2.1 SERPINB4 在泛癌中的表達(dá) SERPINB4 在乳腺癌、宮頸癌、結(jié)腸癌、食道癌、腎透明細(xì)胞癌、腎乳頭狀細(xì)胞癌、肝細(xì)胞癌、肺腺癌、肺鱗狀細(xì)胞癌、直腸癌、皮膚黑色素癌、胃癌、甲狀腺癌和子宮內(nèi)膜癌均有表達(dá),且與癌旁組織比較,差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05),其中在乳腺癌、結(jié)腸癌、腎透明細(xì)胞癌、腎乳頭狀細(xì)胞癌、肝癌、肺鱗狀細(xì)胞癌和皮膚黑色素癌中高表達(dá)(P<0.001),見圖1。
圖1 SERPINB4 在泛癌中的表達(dá)
2.2 SERPINB4 的表達(dá)與宮頸癌臨床特征的關(guān)系 與正常組織比較,SERPINB4 在宮頸癌組織中的表達(dá)升高(P<0.001),且與腫瘤轉(zhuǎn)移(P=0.0092)呈負(fù)相關(guān),SERPINB4 表達(dá)與腫瘤浸潤深度及淋巴結(jié)分期無關(guān);SERPINB4 在宮頸癌鱗狀細(xì)胞的細(xì)胞核內(nèi)與細(xì)胞質(zhì)中表達(dá),呈現(xiàn)棕黃色染色顆粒。在宮頸癌組織中,陽性細(xì)胞分布均勻,染色深淺不一,SERPINB4表達(dá)高達(dá)75%以上;在正常宮頸組織中抗體染色未檢出SERPINB4,見圖2。
圖2 SERPINB4 的表達(dá)與宮頸癌臨床特征的關(guān)系
2.3 SERPINB4 表達(dá)與宮頸癌預(yù)后的關(guān)系 SERPINB4 高表達(dá)組生存時間較差(P=0.035),通過Kaplan-Meier plotter 網(wǎng)站的GEO 數(shù)據(jù)進(jìn)行驗證,其總生存期(OS 曲線)結(jié)果與來源TCGA 數(shù)據(jù)相符(P<0.05),見圖3。
圖3 SERPINB4 表達(dá)與宮頸癌預(yù)后的關(guān)系
2.4 SERPINB4 及共表達(dá)基因的功能富集 首先獲取SERPINB4 的共表達(dá)基因;GO 分析顯示,SERPINB4及共表達(dá)基因的生物過程主要集中在角化細(xì)胞形成中,細(xì)胞成分集中在細(xì)胞質(zhì)中,分子功能集中作為蛋白酶抑制劑調(diào)節(jié)宿主對腫瘤細(xì)胞的免疫反應(yīng)。KEGG 通路富集分析顯示,SERPINB4 及共表達(dá)基因參與了細(xì)胞的神經(jīng)活性配體-受體的相互作用、鈣信號通路和cAMP 信號通路等生物學(xué)功能正向調(diào)控,見圖4。
圖4 GO 和KEGG 富集分析
2.5 SERPINB4 表達(dá)與免疫浸潤的關(guān)系 6 個TICs(激活CD4 記憶T 細(xì)胞、γδT 細(xì)胞、M1 巨噬細(xì)胞、靜息樹突狀細(xì)胞、激活樹突狀細(xì)胞和中性粒細(xì)胞)與SERPINB4 表達(dá)呈正相關(guān),3 個TICs(幼稚B 細(xì)胞、漿細(xì)胞和調(diào)節(jié)T 細(xì)胞)與SERPINB4 表達(dá)呈負(fù)相關(guān);SERPINB4 高表達(dá)組的免疫細(xì)胞評分和綜合評分高于低表達(dá)組(P<0.05);SERPINB4 表達(dá)與常見免疫檢查點(diǎn),如血管內(nèi)皮細(xì)胞生長抑制劑(TNFSF15)、腫瘤壞死因子受體超家族成員18(TNFRSF18)、腺苷A2a 受體(ADORA2A)、程序性死亡配體1(CD274)和T 細(xì)胞免疫球蛋白粘蛋白受體3(HAVCR2)均有關(guān),見圖5。
圖5 SERPINB4 表達(dá)與免疫浸潤的相關(guān)性
2.6 SERPINB4 表達(dá)對宮頸癌患者靶向藥物治療敏感性的影響 SERPINB4 高表達(dá)組紫杉醇、塞卡替尼、拉帕替尼、厄洛替尼、環(huán)巴胺、伊斯平斯、HIF-PH抑制劑的IC50中位值高于低表達(dá)組(P<0.01),見圖6。
圖6 SERPINB4 表達(dá)對宮頸癌患者靶向藥物治療敏感性的影響
宮頸癌是一種常見的婦科惡性腫瘤,雖然現(xiàn)有的治療策略改善了患者的臨床結(jié)局,但晚期患者預(yù)后仍然較差[10]。因此,尋找與宮頸癌預(yù)后相關(guān)的生物學(xué)因素,針對致癌機(jī)制開辟一種新的治療策略是很有必要的。
SERPINB4 在許多類型的惡性腫瘤均有表達(dá)并可能影響腫瘤的發(fā)生發(fā)展。SERPIN 家族最初被發(fā)現(xiàn)作為腫瘤特異性抗原,并用作各種鱗狀細(xì)胞癌的腫瘤標(biāo)志。SERPINB4 已被發(fā)現(xiàn)可影響多種癌癥的發(fā)生和發(fā)展[11-14]。研究證明[15],致癌Ras 通過ETS 家族轉(zhuǎn)錄因子PEA3 誘導(dǎo)宮頸癌組織中SERPINB3/4激活。宮頸癌組織中SERPINB4 的高表達(dá)的患者總體生存率較差,是患者預(yù)后不良的危險因素,在腫瘤T4和N2病理階段表達(dá)更高??傊?,SERPINB4 可能是具有潛在臨床價值的宮頸癌預(yù)后因素,其高表達(dá)預(yù)示較差的生存及預(yù)后。
腫瘤微環(huán)境免疫細(xì)胞與基質(zhì)細(xì)胞構(gòu)成腫瘤組織的關(guān)鍵因素,研究表明其在預(yù)測腫瘤患者的生存狀態(tài)和治療效果方面具有重要意義[16,17]。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞是腫瘤微環(huán)境的重要組成部分,可調(diào)節(jié)腫瘤進(jìn)展。為了揭示SERPINB4 的ICI 治療效果相關(guān)的潛在機(jī)制,本研究分析了SERPINB4 與腫瘤免疫浸潤之間的關(guān)系,包括CD8+T 細(xì)胞、CD4+T 細(xì)胞、B 細(xì)胞、中性粒細(xì)胞、巨噬細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞等。SERPINB4 與免疫浸潤顯著相關(guān),在SERPINB4 的高表達(dá)組中CD4 記憶T 細(xì)胞、M1 巨噬細(xì)胞與中性粒細(xì)胞等在腫瘤免疫微環(huán)境中發(fā)揮著重要作用[18]。這表明具有SERPINB4 高表達(dá)宮頸癌患者可歸類為主動免疫亞型。同時,SERPINB4 高表達(dá)組免疫檢查點(diǎn)基因的表達(dá)升高,包括FSF15、TNFRSF18、ADORA2A、CD274 和HAVCR2。這為SERPINB4 作為ICI 治療預(yù)測生物標(biāo)志物提供了重要證據(jù)。其中,在SERPINB4 高表達(dá)組中CD4 記憶T 細(xì)胞、M1 巨噬細(xì)胞與中性粒細(xì)胞等在腫瘤免疫微環(huán)境中發(fā)揮著重要作用。
本研究顯示,SERPINB4 及其共表達(dá)基因的分子功能集在作為蛋白酶抑制劑調(diào)節(jié)宿主對機(jī)體的免疫機(jī)制,KEGG 通路富集發(fā)現(xiàn)SERPINB4 可能調(diào)控了cAMP 信號通路。cAMP 分子是細(xì)胞信號傳導(dǎo)中的主要次級信使,它通過腺苷酸環(huán)化酶從三磷酸腺苷衍生而來,并調(diào)節(jié)許多生物過程[19]。在之前許多研究中報道cAMP 信號可能具有腫瘤促進(jìn)作用。cAMP可以調(diào)節(jié)多種靶基因的轉(zhuǎn)錄,主要通過蛋白激酶A及其下游效應(yīng)子如cAMP 反應(yīng)元件結(jié)合蛋白[20]。因此,SERPINB4 可能通過影響cAMP 信號通路傳導(dǎo),從而逃避免疫監(jiān)視促進(jìn)腫瘤的發(fā)生發(fā)展。此外,本研究發(fā)現(xiàn)SERPINB4 高表達(dá)組較低表達(dá)組對化療藥物的敏感性低,說明SERPINB4 高表達(dá)患者可能對常規(guī)化療藥物耐藥,如紫杉醇、厄洛替尼、拉帕替尼等。這表明患者可以通過靶向療法從免疫治療和化療聯(lián)合治療中獲益,可能有助于宮頸癌患者的精準(zhǔn)、個體化治療。
綜上所述,SERPINB4 可以作為免疫微環(huán)境狀態(tài)重塑的指標(biāo),也可以作為一個具有前景的臨床結(jié)果預(yù)測因子,如宮頸癌的生存率、遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移和對免疫治療反應(yīng)。然而,通過這種生物信息學(xué)分析僅揭示了SERPINB4 與宮頸癌的預(yù)后和免疫浸潤相關(guān)性。后期將在體內(nèi)和體外進(jìn)行實(shí)驗,從分子、細(xì)胞、組織及動物水平進(jìn)一步探索SERPINB4 對宮頸癌的影響機(jī)制。