美國《Emerging Infectious Diseases》2019年第25卷第3期有關(guān)人獸共患病論文摘譯

P465 2015-2016年在印度尼西亞傳播的禽流感A(H5N1)病毒重新分類//Desniwaty Karo-karo, Rogier Bodewes, Hendra Wibawa, 等

高致病性的禽流感(HPAI)A(H5N1)病毒從2003年開始在印度尼西亞(印尼)傳播，主要危害家禽的健康，造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失以及導(dǎo)致168例實驗室確診的人類病例死亡。2015-2016年H5N1病毒在西爪哇省家禽間暴發(fā)，我們對在此期間收集到的39株H5N1病毒樣本的全基因組進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析，并與印尼近期公布的H5N1病毒序列進(jìn)行比較。系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示所有樣本的血凝素基因都在2.3.2.1c支系的2個基因簇中。我們同時研究了這些基因簇中的神經(jīng)氨酸酶、核蛋白、聚合酶以及堿性聚合酶1基因。一些高致病性禽流感病毒的基質(zhì)、非結(jié)構(gòu)蛋白和堿性聚合酶2基因，與2.1.3支系的親緣關(guān)系更近而不是2.3.2.1c支系。并且有1例高致病性禽流感病毒的堿性聚合酶2基因與歐洲低致病性禽流感的親緣關(guān)系非常近。我們在印度尼西亞流行的高致病性禽流感病毒中一共發(fā)現(xiàn)了13種重組類型，大部分發(fā)生在Indramayu市庭院飼養(yǎng)的雞當(dāng)中(圖1)。

圖1 2015-2016年印度尼西亞禽流感A(H5N1)病毒間重組情況，有些是通過最大似然比分析2.3.2.1c支系中的親本毒株、2005-11(2.1.2.2a支系)和亞洲低致病性禽流感病毒進(jìn)行確認(rèn)。虛線以上的是親本毒株，虛線以下的重組毒株。HA：血凝素；LPAI：低致病性禽流感；MP：基質(zhì)蛋白；NA：神經(jīng)氨酸苷酶；NP：核蛋白；NS：非結(jié)構(gòu)蛋白；PA：聚合酶；PB1：堿性聚合酶1；PB2：堿性聚合酶2。綠色條桿代表2.1.3.1a支系；藍(lán)色： 2.1.3.2c支系的A亞群；紅色： 2.1.3.2c支系的B亞群；紫羅蘭色：亞洲低致病性禽流感。

P482 基于單核苷酸多態(tài)性鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群亞種及其相關(guān)譜系//Samuel Lipworth, Rana Jajou, Albert de Neeling, 等

結(jié)核病屬于人獸共患病，我們對其臨床表型及其造成的全球疾病負(fù)擔(dān)認(rèn)識不足并低估。這個問題在一定程度上是由于現(xiàn)有的實驗室能力有限，無法利用計算機(jī)工具來準(zhǔn)確鑒定結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群(MTBC)的所有亞種。我們利用單核苷酸來識別結(jié)核病(SNP-IT)，這是一種基于單核苷酸多態(tài)性來鑒定包括動物支系在內(nèi)的所有結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群成員。應(yīng)用SNP-IT分析英國參比實驗室收集的一系列臨床基因組，我們檢測到超出預(yù)期的大量的羚羊分枝桿菌分離株。羚羊分枝桿菌分離株的檢出率與牛分枝桿菌分離株相似，然而在這之前羚羊分枝桿菌分離株在英國卻從未被提及過。從國際視角來看，可能是因為羚羊分枝桿菌是種被低估的人獸共患病。準(zhǔn)確的菌種鑒定能夠使我們對結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群所有亞種的臨床表型、宿主范圍以及傳播機(jī)制進(jìn)行更加細(xì)致的研究。

P489 應(yīng)用基因組學(xué)研究新西蘭歷史輸入性的產(chǎn)志賀毒素大腸埃希氏菌O26和非產(chǎn)毒變種//A.Springer Browne, Patrick J. Biggs, David A. Wilkinson, 等

產(chǎn)志賀毒素大腸埃希氏菌O26是一種重要的公共衛(wèi)生病原體。一個國家的系統(tǒng)進(jìn)化的細(xì)菌譜系與其進(jìn)口活牛這個主要傳染源的時間和數(shù)量有關(guān)。我們對新西蘭的152株大腸埃希氏菌O26進(jìn)行測序，并與來自其他14個國家的252株大腸埃希氏菌O26基因組進(jìn)行比較。人類、動物源和食物源的菌株間基因變異與原產(chǎn)國及產(chǎn)志賀毒素密切相關(guān)，而與菌株分離源無關(guān)。對起源時間的估計表明從20世紀(jì)20年代到80年代，O26的21型菌株至少有3次輸入到新西蘭，而無毒力的O26的29型菌株在21世紀(jì)早期輸入到新西蘭。新西蘭產(chǎn)志賀毒素大腸埃希氏菌O26的輸入明顯少于其他國家(如日本)，這可能與活牛貿(mào)易模式有關(guān)。

P507 應(yīng)用簡化模型在無系統(tǒng)性分子流行病學(xué)項目的國家中開展結(jié)核病傳播監(jiān)測//Juan Domínguez,Fermín Acosta, Laura Pérez-Lago, 等

很多國家無法利用系統(tǒng)性分子或基因流行病學(xué)研究開展結(jié)核病監(jiān)測。我們選擇巴拿馬作為簡化模型替代策略的研究點。分枝桿菌分散重復(fù)單元-可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列(MIRU-VNTR)分析顯示，在巴拿馬和科隆2個省有50%的結(jié)核分枝桿菌分離株包含在6個群簇(A-F)中。A群相當(dāng)于北京基因亞型。全基因組測序(WGS)將由于近期活躍傳播形成的低單核苷酸多態(tài)性的群簇(C群)與長期流行菌株形成的高多態(tài)性群簇(A、B群)區(qū)分開。在巴拿馬有良好應(yīng)用前景的3個特制的菌株特異性PCR，是以通過全基因組數(shù)據(jù)鑒定的單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記物為靶點，分析結(jié)果表明31.4%的病例與A-C群有關(guān)，北京基因型出現(xiàn)的概率較高且大部分集中在科隆省。合理的整合分散重復(fù)單元-可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析、全基因組測序和特制的菌株特異性PCR可以成為無系統(tǒng)性分子流行病學(xué)項目的國家監(jiān)測結(jié)核病的新模型。

P515 2017年歐洲人類阪崎腸桿菌感染情況的多中心研究//Sarah Lepuschitz, Werner Ruppitsch, Shiva Pekard-Amenitsch, 等

阪崎腸桿菌已經(jīng)被記載為一種主要發(fā)生在新生兒當(dāng)中且能夠威脅生命的傳染病病因。我們通過多中心研究(Multicenter Study)評估歐洲阪崎腸桿菌感染情況及暴發(fā)波及范圍。要求歐洲24個國家代表的國家協(xié)調(diào)員將2017年收集的所有感染人類的阪崎腸桿菌菌株提交給澳大利亞的一所研究中心。在該中心開展的實驗包括基質(zhì)輔助激光解吸/電離飛行時間質(zhì)譜法菌種鑒定、基于全基因組測序(WGS)分型，以及檢測抗菌劑耐藥性。11個國家共提交77株分離株，包括2017年收集的36株以及以往的41株。59株分離株通過WGS確認(rèn)為阪崎腸桿菌，凸顯出正確鑒別克羅諾桿菌屬所面臨的挑戰(zhàn)?；谌蚪M測序分型揭示了菌株高多樣性，表明在2017年未發(fā)生跨國疫情暴發(fā)，但同時也確認(rèn)了4起之前未公布過的歷史性暴發(fā)。因此全基因組測序被推薦作為準(zhǔn)確菌種鑒定、分型以及病原體檢測的方法。

P523 2007-2017年美國德克薩斯州休斯頓市密切接觸結(jié)核病的兒童窗口期預(yù)防//Andrea T. Cruz, Jeffrey R. Starke

在本次回顧性研究中，我們評估了2007-2017年密切接觸成人結(jié)核病患者的5歲以下兒童窗口期預(yù)防的安全性和結(jié)核菌素試驗(TST)陽轉(zhuǎn)情況。本次研究納入的兒童，其體格檢查以及胸部X線檢查均無明顯異常，且結(jié)核感染檢測結(jié)果均為陰性。共752位兒童(其中有41%兒童與傳染源共同居住)在窗口期接受預(yù)防性治療，通常采用直接面視下服用異煙肼預(yù)防治療。所有兒童均未發(fā)生肝毒性不良反應(yīng)以及結(jié)核病進(jìn)展。37位兒童(4.9%)的TST轉(zhuǎn)陽，這與傳染源是否為兒童的父母有關(guān)(危險度OR值為 3.2, 95% 置信區(qū)間為1.2～8.2)。TST陽轉(zhuǎn)情況與痰涂片結(jié)果、痰培養(yǎng)陽性以及是否與傳染源同住無關(guān)?？紤]到藥物的安全性以及危險分層的困難，接受結(jié)核病窗口期預(yù)防的兒童密切接觸者的納入標(biāo)準(zhǔn)可以適當(dāng)降低。

P547 2012-2016年突尼斯耐藥結(jié)核分枝桿菌全基因組測序//Imen Bouzouita, Andrea Maurizio Cabibbe, Alberto Trovato, 等

為研究突尼斯耐藥結(jié)核分枝桿菌傳播情況，我們對2012-2016年期間收集的46株耐多藥結(jié)核病分枝桿菌進(jìn)行全基因組測序。核基因組多位點序列分型將30株(65.2%)菌株分成3個簇，表明存在廣泛的近期傳播且哈勒姆(Haarlem)基因型為優(yōu)勢基因型。全基因組測序有助于公共衛(wèi)生署實施適當(dāng)?shù)目刂拼胧┨峁┮罁?jù)。

P589 全基因組測序在2017-2018年法國結(jié)核病暴發(fā)調(diào)查中的應(yīng)用//Charlotte Genestet, Caroline Tatai, Jean-Luc Berland,等

2017年6月-2018年4月期間，在法國 4個偏遠(yuǎn)城市的14位居民被確診為感染北京基因型SIT1活動性結(jié)核病患者。全基因組測序顯示這些患者屬于同一傳播鏈?；谌蚪M測序的實驗室調(diào)查能夠即刻追蹤相關(guān)病例來提高結(jié)核病控制水平。