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    無油樟與葡萄、擬南芥、水稻基因組的多倍化及共線性分析

    2018-05-18 01:25:24王振怡潘玉欣
    江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2018年8期
    關(guān)鍵詞:油樟共線性共線

    張 嵐,袁 敏,王振怡,潘玉欣

    (華北理工大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院/華北理工大學(xué)基因組學(xué)與計(jì)算生物學(xué)研究中心,河北唐山063210)

    全基因組加倍,又稱伴隨基因丟失的多倍化,長期以來已經(jīng)成為動(dòng)物、真菌和其他生物,尤其是植物基因組進(jìn)化的一個(gè)重要驅(qū)動(dòng)力[1]。隨著全基因組加倍的進(jìn)行,基因組結(jié)構(gòu)常常會(huì)發(fā)生明顯改變,如染色體重組、基因倒位、基因丟失等,而多倍化產(chǎn)生的大量重復(fù)基因成為遺傳創(chuàng)新的重要材料來源[2]。被子植物是迄今為止陸地植物的最大族群,有超過300 000種生物,大多數(shù)開花植物的進(jìn)化過程均受到多倍化影響[3]。研究表明,在被子植物的早期進(jìn)化過程中甚至存在古多倍化事件。無油樟是縱觀被子植物歷史的一個(gè)重要的參照,是已測(cè)序的開花植物中最古老的物種之一,基因組結(jié)構(gòu)和種系基因組學(xué)分析表明,被子植物的祖先是多倍體,祖先基因在被子植物生物學(xué)中起著關(guān)鍵作用[4-6]。雙子葉植物的共同祖先有7條染色體,在13 000萬年前經(jīng)歷了雙子葉植物共有的三倍乘(γ)事件后,又經(jīng)歷染色體的融合等過程,葡萄基因組形成現(xiàn)有的19條染色體[7-8]。作為首先被測(cè)序完成的開花植物,擬南芥在和葡萄一樣經(jīng)歷了雙子葉植物共同祖先的三倍乘(γ)事件后,又發(fā)生了最近的 2次二倍乘(α,β)事件[9-12]。水稻是單子葉禾本科植物中重要的模式植物,基因組拼接較為完整,其結(jié)構(gòu)也最接近禾本科植物基因組。水稻基因組在約1億年前經(jīng)歷了禾本科植物共有的全基因組加倍事件,而后又先后發(fā)生了2次自己獨(dú)立的全基因組二倍乘事件[13-14]。這些多倍化產(chǎn)生的重復(fù)基因?yàn)榇蠓秶治龌蜻M(jìn)化和功能提供了有價(jià)值的參考。

    本研究對(duì)無油樟、葡萄、擬南芥、水稻基因組進(jìn)行比較基因組學(xué)分析,通過4個(gè)物種基因組內(nèi)和基因組間的同源共線性分析,明確多倍化過程對(duì)重復(fù)基因造成的影響,解析基因組在進(jìn)化過程中發(fā)生的變化,對(duì)于探尋單、雙子葉植物的共同起源以及研究被子植物的進(jìn)化過程具有重要的意義。

    1 材料與方法

    1.1 全基因組序列數(shù)據(jù)

    葡萄(Vitis vinifera,簡(jiǎn)稱 Vv)的全基因組序列來自Phytozome(https://phytozome.jgi.doe.gov),無油樟(Amborella trichopoda,簡(jiǎn)稱 Ar)、擬南芥(Arabidopsis thaliana,簡(jiǎn)稱 At)和水稻(Oryza sativa,簡(jiǎn)稱 Os)的全基因組數(shù)據(jù)來自 PGDD(http://chibba.agtec.uga.edu/duplication)。其中,無油樟基因組涉及1 210個(gè)scaffolds,26 846個(gè)基因;葡萄有19條染色體,26 346個(gè)基因;擬南芥有5條染色體,27 416個(gè)基因;水稻有12條染色體,39 049個(gè)基因。

    1.2 全基因組同源結(jié)構(gòu)分析

    為了更準(zhǔn)確地尋找各物種基因組內(nèi)以及基因組間的同源結(jié)構(gòu)片段,本研究對(duì)獲取的原始基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行了數(shù)據(jù)預(yù)處理。對(duì)于無油樟,選取前100個(gè)長度2 Mb以上的scaffolds,其他物種均去除沒有錨定到染色體上的基因。利用基本局部序列比對(duì)工具 BLASTP(E≤10-5)[15],對(duì)單一物種基因組內(nèi)以及2個(gè)物種基因組間作雙序列比對(duì),獲取基因組內(nèi)以及基因組間的同源基因?qū)Α?/p>

    結(jié)合基因組內(nèi)及基因組間雙序列比對(duì)結(jié)果與各個(gè)物種染色體的長度信息、染色體上各個(gè)基因的位置信息,編寫Perl程序繪制同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖,并且標(biāo)記出基因?qū)﹂g匹配最好、次好以及其余的3個(gè)基因?qū)?。根?jù)同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖上基因?qū)M成的成線性的片段,驗(yàn)證各個(gè)物種在進(jìn)化歷程中發(fā)生的全基因組加倍事件,同時(shí)為共線性數(shù)據(jù)分析提供圖示化依據(jù)。

    1.3 全基因組共線性分析

    利用共線性分析工具 MCScan[16]和 Colinearscan(P<0.05)[14],獲取基因組內(nèi)以及基因組間同源共線區(qū)域。為了描述同源共線片段的相似性,在基因組內(nèi)和基因組間,考慮到大的基因家族(重復(fù)基因?qū)?shù)≤30個(gè))[17]以及串聯(lián)重復(fù)基因(基因?qū)﹂g相對(duì)位置 <2×106bp)[18]的影響,按照同源共線區(qū)域內(nèi)包含的基因?qū)?shù)量,統(tǒng)計(jì)在不同長度范圍的同源共線區(qū)域的數(shù)量和區(qū)域內(nèi)包含的同源共線基因?qū)?shù)量、無油樟與其他物種基因組間共線性基因的保留情況,以及無油樟與擬南芥、葡萄、水稻基因組間共有的無油樟基因占共線性基因的百分比。

    1.4 多物種基因組聯(lián)合比對(duì)圖譜的構(gòu)建

    本研究以葡萄基因組三倍乘事件的共線性基因作為參考列,結(jié)合基因組內(nèi)和基因組間同源共線性分析結(jié)果,建立多物種基因組聯(lián)合比對(duì)列表,并編寫python程序,利用Matplotlib繪制多物種基因組聯(lián)合比對(duì)圖譜,以圈圖的形式反映基因組間的相似性。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 基因組內(nèi)及基因組間同源結(jié)構(gòu)分析

    以1個(gè)已知的較為古老的物種或者全基因組發(fā)生加倍次數(shù)較多的物種基因組內(nèi)的同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖為依據(jù),結(jié)合2個(gè)物種基因組間的同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖,可以基本推斷后一物種在進(jìn)化過程中在全基因組層面發(fā)生的主要加倍事件,而且能夠統(tǒng)計(jì)出在不同加倍事件中參與的基因數(shù)量。

    在同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖中,紅色的點(diǎn)表示在物種基因組間進(jìn)行的蛋白質(zhì)序列比對(duì)中,處于最佳匹配的同源基因?qū)?,表示物種間的直系同源片段;藍(lán)色的點(diǎn)表示的是次好匹配的同源基因?qū)?,而灰色的點(diǎn)表示的是其余的同源基因?qū)Γ硎痉N間旁系同源片斷。

    無油樟是被子植物中已測(cè)序的最古老的物種,其基因組沒有被錨定到某一條染色體上,從無油樟基因組內(nèi)的同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖中,看到的是一些非常短小的線段,很難分析出其自身的加倍過程。而在無油樟和葡萄2個(gè)物種基因組間的同源結(jié)構(gòu)分析中,發(fā)現(xiàn)無油樟的9號(hào)scaffold與葡萄的2、5、16號(hào)染色體之間存在1∶3同源共線關(guān)系,無油樟的29號(hào)scaffold與葡萄的6、8、13號(hào)染色體之間存在的1∶3同源共線關(guān)系。在無油樟的第12、40號(hào)scaffold與葡萄的6、8、13號(hào)染色體之間,以及第49號(hào)scaffold與葡萄的第1、14、17號(hào)染色體間也存在明顯的1∶3的同源共線關(guān)系。同樣,在其他scaffold與葡萄染色體之間也存在類似情況(圖1)。這與 Amborella Genome Project報(bào)道的結(jié)果[4]相符。

    2.2 同源共線片段推斷

    本研究使用共線性分析工具推測(cè)無油樟與葡萄、擬南芥、水稻基因組內(nèi)和基因組間的同源共線片段。結(jié)果表明,同源性往往依賴于長的同源共線性片段,而不同基因組間的高相似性對(duì)解析基因組結(jié)構(gòu)、功能與基因家族的分析提供了幫助[18]。

    在無油樟基因組內(nèi),存在102個(gè)長度≥4個(gè)基因?qū)Φ耐垂簿€區(qū)域,包含473個(gè)基因?qū)Γ@說明其同源共線性較差。同樣,在同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖中也看不到大段的連續(xù)區(qū)域。當(dāng)同源共線區(qū)域≥20個(gè)基因?qū)﹂L度時(shí),葡萄基因組內(nèi)部包含21個(gè)同源共線區(qū)域,595個(gè)同源共線基因?qū)Γ铋L的片段位于葡萄的5號(hào)和7號(hào)染色體之間,包含52個(gè)基因?qū)Γ粩M南芥基因組內(nèi)部包含52個(gè)同源共線區(qū)域,有2 472個(gè)同源共線基因?qū)?,最長的片段位于擬南芥的3號(hào)和2號(hào)染色體之間,包含181個(gè)基因?qū)?;水稻基因組內(nèi)包含34個(gè)同源共線區(qū)域,共2 774個(gè)同源共線基因?qū)Γ铋L的片段位于水稻的1號(hào)和5號(hào)染色體之間,包含250個(gè)基因?qū)?。而在水稻基因組內(nèi),在不同的基因?qū)﹂L度范圍,得到的同源共線性區(qū)域以及同源共線性基因?qū)Φ臄?shù)量相對(duì)較多,超過200個(gè)基因?qū)﹂L度的區(qū)域有2個(gè),包含499個(gè)同源基因?qū)Α4罅康拈L片段存在于水稻和擬南芥基因組內(nèi)(表1),這與同源結(jié)構(gòu)點(diǎn)陣圖得到的結(jié)論相符。研究表明,無油樟與其他幾個(gè)物種相比,擁有最短的共線性同源區(qū)域,它是最古老的物種,在漫長的歷史進(jìn)程中,基因組的結(jié)構(gòu)遭受了嚴(yán)重的破壞,而其他幾種模式植物則相對(duì)保存了較好的同源共線性。

    在無油樟基因組與其他物種的共線性分析中,發(fā)現(xiàn)在不同長度同源共線區(qū)域限定時(shí),無油樟與葡萄的基因組間保存相對(duì)較好的同源共線區(qū)域及同源共線基因?qū)?shù)量。當(dāng)同源共線區(qū)域≥10個(gè)基因?qū)﹂L度時(shí),在無油樟與葡萄基因組間有139個(gè)同源共線區(qū)塊,包含2 311個(gè)基因?qū)?;無油樟與擬南芥基因組間包含14個(gè)同源共線區(qū)塊,包含164個(gè)基因?qū)Γ辉跓o油樟與水稻基因組間包含49個(gè)同源共線區(qū)塊,包含622個(gè)基因?qū)?。?dāng)同源共線區(qū)域≥20個(gè)基因?qū)﹂L度時(shí),在無油樟與葡萄基因組間有33個(gè)共線性區(qū)塊,包含928個(gè)基因?qū)?,最長的片段位于無油樟的第2號(hào)scaffold和葡萄的第5號(hào)染色體之間,包含52個(gè)基因?qū)?;在無油樟和水稻基因組間包含2個(gè)共線性區(qū)塊,包含42個(gè)基因?qū)?,最長的片段位于無油樟的第25號(hào)scaffold和水稻的第2號(hào)染色體之間,包含22個(gè)基因?qū)?;無油樟和擬南芥基因組間沒有發(fā)現(xiàn)超過20個(gè)同源共線基因?qū)Φ耐垂簿€區(qū)域。在無油樟與葡萄間甚至存在2個(gè)超過50個(gè)基因?qū)﹂L度的區(qū)域,共有102個(gè)同源共線基因?qū)Γū?)。研究發(fā)現(xiàn),以只經(jīng)歷了古老的被子植物全基因組加倍事件的無油樟基因組為參考,水稻和擬南芥基因組在進(jìn)化歷程中經(jīng)歷的加倍事件相對(duì)葡萄基因組復(fù)雜,二者所保留的同源共線區(qū)域和同源共線基因?qū)?shù)比葡萄基因組少。

    2.3 同源共線性基因的保留情況分析

    本研究涉及的4個(gè)物種在經(jīng)歷了各自的加倍事件后,其基因組不可避免地發(fā)生了分離、融合現(xiàn)象,從而導(dǎo)致各物種的基因存在不同程度的丟失,其中葡萄基因組丟失得最少(49.1%),水稻的次之(62.1%),擬南芥丟失得最為嚴(yán)重(652%)。這可能是由于葡萄有19條染色體,其基因組保留了大量的祖先基因,基因組比較穩(wěn)定。在葡萄、擬南芥、水稻3個(gè)物種之間,擬南芥和葡萄間保留的同源共線性基因比例達(dá)到了40.8%,而水稻和葡萄、水稻和擬南芥之間保留的同源共線性基因則相對(duì)較少,顯然這與被子植物單、雙子葉間的親緣關(guān)系相關(guān),親緣關(guān)系越近,同源共線性基因丟失得越少(表2)。

    表1 無油樟(Sca1~Sca100)與其他物種基因組內(nèi)與基因組間同源共線性區(qū)域以及基因?qū)?shù)量統(tǒng)計(jì)結(jié)果

    表2 無油樟、葡萄、擬南芥和水稻基因組間同源共線性基因保留情況統(tǒng)計(jì)結(jié)果

    本研究統(tǒng)計(jì)了無油樟和擬南芥與無油樟和水稻、無油樟和擬南芥與無油樟和葡萄、無油樟和葡萄與無油樟和水稻保留的無油樟的基因數(shù)。發(fā)現(xiàn)無油樟和葡萄與無油樟和水稻間保留的無油樟基因數(shù)最多(30.6%),無油樟和擬南芥與無油樟和水稻間保留的無油樟的基因數(shù)最少(26.7%),詳見表3,這說明被子植物的祖先基因在進(jìn)化過程中發(fā)生了大規(guī)模丟失,可能是由于物種各自的加倍事件造成的。

    2.4 多物種基因組聯(lián)合比對(duì)圖譜的構(gòu)建

    作為雙子葉植物中重要的模式植物,葡萄基因組保存了雙子葉植物最完整的γ事件,在13 000萬年前經(jīng)歷了雙子葉植物共同祖先的全基因組三倍乘(γ)事件,而后并未發(fā)生單獨(dú)的多倍化事件,因此以葡萄為參考,基于物種基因組內(nèi)和基因組間的同源共線性分析結(jié)果,構(gòu)建多物種基因組聯(lián)合比對(duì)圖譜。

    表3 無油樟與葡萄、擬南芥、水稻基因組間保留的Amborella同源共線基因保留情況統(tǒng)計(jì)結(jié)果

    由于葡萄和擬南芥共同經(jīng)歷了雙子葉植物共同祖先的三倍乘事件,而擬南芥又先后發(fā)生了自己的2次二倍乘事件,因此,圖2中的3圈葡萄分別對(duì)應(yīng)3組擬南芥,而每組擬南芥又分別對(duì)應(yīng)自己的2次二倍乘事件。由圖2還可以看出,由內(nèi)往外圈顏色分布越來越淡,這說明物種間的直系同源關(guān)系在進(jìn)化過程中保持了相對(duì)完整,而物種內(nèi)的旁系同源基因?qū)t發(fā)生了大規(guī)模的丟失。由于無油樟與葡萄間存在1∶3的共線性關(guān)系,因此對(duì)應(yīng)有1圈無油樟,可以看出圖2在此圈有大量空白,說明存在大量基因片段的缺失。在多物種基因組聯(lián)合比對(duì)圖譜中,可以根據(jù)不同顏色來判定同源基因在物種間的分布情況,還可以用于分析各物種染色體的重組現(xiàn)象,其中每條染色體上不同的顏色區(qū)域都預(yù)示可能的染色體重組現(xiàn)象。圖譜直觀地闡釋了各個(gè)物種基因組在進(jìn)化過程中發(fā)生的基因丟失情況,同時(shí)也反映各物種染色體的結(jié)構(gòu)變化。物種基因組的加倍規(guī)模和次數(shù)對(duì)基因組的影響在圖譜中清晰可見,重復(fù)基因越多,可能造成基因組的不穩(wěn)定以及基因丟失的增多。

    3 討論與結(jié)論

    多倍化是被子植物進(jìn)化史上的重要特征,全基因組加倍對(duì)基因組結(jié)構(gòu)及基因家族的進(jìn)化有重要的影響[19]。本研究對(duì)無油樟、葡萄、擬南芥和水稻基因組進(jìn)行了比較基因組學(xué)分析,在同源基因點(diǎn)陣圖中發(fā)現(xiàn)無油樟基因組內(nèi)的同源性較差,而在無油樟與其他幾個(gè)物種的點(diǎn)陣圖中也得到類似結(jié)果。而由無油樟與葡萄的點(diǎn)陣圖得到與已有報(bào)道相同的結(jié)果,結(jié)構(gòu)分析表明,無油樟和葡萄基因組之間存在很明顯的1∶3的關(guān)系,這與古多倍體的γ事件相契合,表明無油樟發(fā)生的全基因組加倍不是特殊的譜系事件,可能是發(fā)生在2個(gè)物種的共同祖先中的,由此推斷無油樟的分化要早于古γ事件。這可能是受無油樟基因組測(cè)序質(zhì)量的影響,并與無油樟是已測(cè)序的最古老的開花植物有關(guān)[4]。

    本研究在推測(cè)同源共線片段時(shí),采用了嚴(yán)格的閾值限制,包括合適的E值、P值、刪除可能的大的重復(fù)基因家族和串聯(lián)重復(fù)基因,同時(shí)區(qū)分同源共線片段的大小,從而保證了研究結(jié)果的可靠性[17-18,20]。本研究結(jié)果表明,在與無油樟的比較分析中,擬南芥和水稻同源共線性區(qū)域以及基因?qū)?shù)都比葡萄少,葡萄基因組所擁有的大片段數(shù)也是最多的,這說明物種基因組的加倍次數(shù)越多,加倍情況越復(fù)雜,所擁有的同源共線區(qū)域以及基因?qū)?shù)就越少,擁有的祖先基因也就越少。同時(shí),在2個(gè)物種基因組間雙向BLASTp得到的最佳匹配基因在共線基因的保留情況統(tǒng)計(jì)結(jié)果中[19],發(fā)現(xiàn)葡萄基因組所保留的基因數(shù)最多(50.9%),無油樟與擬南芥、水稻間丟失的無油樟的基因數(shù)最多(73.3%),無油樟與葡萄、水稻間丟失的無油樟的基因數(shù)最少(69.4%),整體來說,保留的無油樟基因數(shù)在1/3左右。本研究結(jié)果表明,在經(jīng)歷了物種基因組各自共有和單獨(dú)加倍事件后,基因組的穩(wěn)定性明顯降低,并伴隨著基因的丟失,而丟失仍將繼續(xù),該過程大多存在隨機(jī)性。實(shí)際上,從多倍化的推斷、非正常重組的分析、基因家族的進(jìn)化分析等,在很大程度上都依賴于共線性分析,可以說,物種基因組內(nèi)和基因組間共線性分析是比較基因組研究最重要的內(nèi)容之一,是解析基因組結(jié)構(gòu)和功能、研究基因、基因家族,以及調(diào)控路徑等進(jìn)化規(guī)律的重要契機(jī),對(duì)基因組學(xué)許多研究工作都發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。

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