• <tr id="yyy80"></tr>
  • <sup id="yyy80"></sup>
  • <tfoot id="yyy80"><noscript id="yyy80"></noscript></tfoot>
  • 99热精品在线国产_美女午夜性视频免费_国产精品国产高清国产av_av欧美777_自拍偷自拍亚洲精品老妇_亚洲熟女精品中文字幕_www日本黄色视频网_国产精品野战在线观看 ?

    蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中模體和模塊的探測

    2014-11-19 09:26:08胡尊勝林錦賢呂暾
    關(guān)鍵詞:肽鏈派系模體

    胡尊勝,林錦賢,呂暾

    (1.福州大學(xué) 數(shù)學(xué)與計算機(jī)科學(xué)學(xué)院,福建 福州350108;2.福州大學(xué) 生物科學(xué)與工程學(xué)院,福建 福州350108)

    自從Duncan等[1]和Barabási等[2]提出了小世界網(wǎng)絡(luò)模型和無標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)模型等概念以來,復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)已經(jīng)有了很大的發(fā)展.Albert等[3]研究了復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的統(tǒng)計動力學(xué),Ernesto[4]研究了蛋白質(zhì)殘基網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)涮卣?Andrea[5]分析了信息網(wǎng)絡(luò)、科技網(wǎng)絡(luò)、社會網(wǎng)絡(luò)和生物網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)同一類網(wǎng)絡(luò)具有相似的結(jié)構(gòu)特征.由Milo等[6]首次提出的網(wǎng)絡(luò)模體是一種重要的結(jié)構(gòu)性質(zhì),Shen-Orr等[7]研究了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)一些網(wǎng)絡(luò)模體是基本的信息處理模塊.模塊是網(wǎng)絡(luò)中的社團(tuán)結(jié)構(gòu),模塊內(nèi)部聯(lián)系緊密,模塊間聯(lián)系稀疏,不同的網(wǎng)絡(luò)有不同的模塊特征[8].模體和模塊的研究是分析網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和性質(zhì)之間關(guān)系的重要方法.為了對不同網(wǎng)絡(luò)中的模體和模塊加以分析,根據(jù)Milo提出的網(wǎng)絡(luò)模體的定義,Kashtan等[9]提出了ESA子圖抽樣算法,Wernicke等[10]提出了ESU算法來發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)中的模體;對于加權(quán)網(wǎng)絡(luò),Sarvenaz等[11]提出了一種考慮邊權(quán)的模體挖掘方法.對于模塊,主要有圖形分割方法和分級聚類算法,如Kernighan-Lin算法和派系過濾算法等[12-13].在生物網(wǎng)絡(luò)中,模體和模塊被用來理解一些功能機(jī)制.Billur等[14]提出了一種基于蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)界面模體的策略來幫助識別藥物靶標(biāo);Zhang等[15]分析蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中的功能模塊,促進(jìn)對脊柱炎發(fā)病機(jī)理的理解.在蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中也存在這樣的模體和模塊,但是這些模體和模塊的功能以及與網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湫再|(zhì)的關(guān)系還不清楚.因此,本文在構(gòu)建蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)上,研究蛋白質(zhì)界面殘基網(wǎng)絡(luò)中的模體和模塊.

    1 材料和方法

    1.1 數(shù)據(jù)集

    蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)取自PDB數(shù)據(jù)庫中非同源的蛋白質(zhì)復(fù)合物,每個復(fù)合物中至少有一條鏈的氨基酸序列長度大于85個.數(shù)據(jù)集中選取了11個蛋白質(zhì)復(fù)合物的20條肽鏈,分別是1buw_A,1buw_B,1agr_A,1agr_E,1e96_B,1cgi_E,1avw_A,1avw_B,1ycs_A,1ycs_B,1a4y_B,1cse_I,1d09_B,1stf_E,1stf_I,1a4y_A,1cse_E,1d09_A,1e96_B,1fss_A.這些肽鏈分α,β,α+β,α/β共4種結(jié)構(gòu)類型,每種類型包括5條肽鏈.

    1.2 構(gòu)建蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)

    對數(shù)據(jù)集中的20條肽鏈構(gòu)建無向網(wǎng)絡(luò)模型.將蛋白質(zhì)肽鏈中每個殘基的CA 原子定義為一個節(jié)點(diǎn),節(jié)點(diǎn)集合為V,且|V|=N.計算各個CA原子之間的歐氏距離,定義一個截斷距離R,當(dāng)原子之間的距離小于R時則這兩個原子間有邊連接;否則,沒有邊連接.另定義邊的集合為E,且|E|=M,得到一個鄰接矩陣A.

    1.3 構(gòu)建蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)

    蛋白質(zhì)復(fù)合物中肽鏈之間的相互作用,使蛋白質(zhì)表現(xiàn)出不同的結(jié)構(gòu)和功能,因此研究肽鏈之間相互作用的界面特征尤為重要.對于數(shù)據(jù)集中蛋白質(zhì),首先確定兩條相互作用的肽鏈,然后定義一個截斷距離S,當(dāng)分別來自兩條肽鏈間的殘基的CA原子之間的距離小于S時,定義這個兩個殘基之間有邊相連,稱為界面殘基,并對每條肽鏈的界面殘基構(gòu)建網(wǎng)絡(luò).這里定義S為0.7nm時得到的界面殘基較合理.以1buw_A鏈為例,使用RasMol軟件顯示的界面殘基如圖1所示.藍(lán)色絲帶鏈為A鏈,藍(lán)色骨架模式的鏈為B鏈.A鏈中紅色球體包括30,31,34和35號殘基(右),黃色球體包括106,107,110,111,112和114號殘基(中),綠色球體包括119,120,122和123號殘基(左).

    圖1 RasMol軟件顯示的1buw_A的界面殘基Fig.1 Interface residues of 1buw_A in RasMol

    1.4 網(wǎng)絡(luò)的模體和模塊的定義

    按照Milo提出的精確網(wǎng)絡(luò)模體的定義來識別模體[6],Palla等的模塊定義是基于模塊內(nèi)部節(jié)點(diǎn)連接很多,但又不必與模塊內(nèi)部其他所有節(jié)點(diǎn)都連接的思想.稱一個完全子圖為一個k-派系,k是子圖的節(jié)點(diǎn)數(shù),如果一個k-派系可以通過一系列相鄰的k-派系到達(dá)另一個k-派系,則它們是連通的,定義k-派系-模塊為一系列連通的k-派系的集合.

    采用Wernicke提出的ESU和Rand-ESU算法來搜索蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的模體.這個算法首先產(chǎn)生一組與真實(shí)蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)具有相同度序列的隨機(jī)網(wǎng)絡(luò),再用ESU和Rand-ESU算法搜索子圖;然后基于這些子圖計算模體的統(tǒng)計意義,可以使用FANMOD軟件搜索蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)的模體[16].文中產(chǎn)生1 000個與真實(shí)網(wǎng)絡(luò)有相同度序列的隨機(jī)網(wǎng)絡(luò),令U=5,|Z-score|>2,P=0.05.

    采用Palla提出的派系過濾(CPM)算法分析蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的模塊.在CPM算法中,采用由大到小、迭代回歸的算法來尋找網(wǎng)絡(luò)中的派系,文中使用Cfinder軟件搜索蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的派系-模塊[17].

    2 討論

    2.1 蛋白質(zhì)肽鏈網(wǎng)絡(luò)與其界面網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湫再|(zhì)

    首先計算蛋白質(zhì)肽鏈網(wǎng)絡(luò)及其界面網(wǎng)絡(luò)的度K、聚類系數(shù)C、特征路徑長度L、介數(shù)中心度Bet和接近中心度Clo等拓?fù)鋮?shù)[18].當(dāng)截斷距離R=0.7nm時,數(shù)據(jù)集中蛋白質(zhì)肽鏈網(wǎng)絡(luò)及界面網(wǎng)絡(luò)的統(tǒng)計性質(zhì),如表1所示.表1中:差異比r表示兩類網(wǎng)絡(luò)的參數(shù)值之差與肽鏈網(wǎng)絡(luò)參數(shù)值的比.

    從表1可知:界面網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的平均度要小于肽鏈網(wǎng)絡(luò)的平均度,而界面網(wǎng)絡(luò)的平均聚類系數(shù)要比肽鏈網(wǎng)絡(luò)的大,且網(wǎng)絡(luò)的特征路徑長度差別最明顯.這是因?yàn)殡逆溇W(wǎng)絡(luò)中殘基要遠(yuǎn)遠(yuǎn)多于界面網(wǎng)絡(luò)中的殘基,而邊數(shù)也要遠(yuǎn)多于界面網(wǎng)絡(luò)中的邊數(shù),但界面網(wǎng)絡(luò)中的平均邊密度為0.32,要遠(yuǎn)大于整個肽鏈網(wǎng)絡(luò)中的平均邊密度0.05.此外,肽鏈網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的介數(shù)中心度都較小,而界面網(wǎng)絡(luò)中除其中4個外,其他界面網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點(diǎn)的介數(shù)中心度都小于相應(yīng)的肽鏈網(wǎng)絡(luò).這是因?yàn)榻缑婢W(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)大部分都在蛋白質(zhì)界面上.蛋白質(zhì)肽鏈網(wǎng)絡(luò)與其界面網(wǎng)絡(luò)的接近度中心性差別較小,可知?dú)埢欠裨诮缑嫔蠈ζ溆绊懖淮?

    表1 蛋白質(zhì)肽鏈網(wǎng)絡(luò)及界面殘基網(wǎng)絡(luò)的統(tǒng)計性質(zhì)Tab.1 Statistical properties of protein peptide networks and protein interface networks

    2.2 蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)的模體

    對于蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò),數(shù)據(jù)集中蛋白質(zhì)界面殘基數(shù)范圍為4~18,可見界面殘基數(shù)目較少,故模體的階數(shù)取3,4,5,6階(階數(shù)即模體中的節(jié)點(diǎn)數(shù)).當(dāng)不同截斷距離R的界面網(wǎng)絡(luò)中的模體分布,如圖2所示.圖2中:nM,nN分別為模體和網(wǎng)絡(luò)數(shù).圖3為使用FANMOD軟件顯示的模體圖,其中“?”表示無向邊.

    圖2 不同截斷距離的界面網(wǎng)絡(luò)模體分布Fig.2 Distributions of motifs in interface networks

    圖3 使用FANMOD軟件顯示的模體圖Fig.3 Motifs shown by FANMOD

    當(dāng)R=0.5nm時,只有1buw_B,1avw_A,1cse_I,1cse_E,1d09_A界面網(wǎng)絡(luò)中可以探測到模體.其中:1buw_B,1avw_A,1cse_I,1d09_A界面網(wǎng)絡(luò)的模體均為3階模體,如圖3(a);而1cse_E界面網(wǎng)絡(luò)的模體是6階的,如圖3(b)所示.

    當(dāng)R=0.7nm時,有14個蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中存在模體,其中3階模體均是3-派系,如圖3(c)所示.4階模體中出現(xiàn)了3種類型(圖3(d)),它們出現(xiàn)的頻數(shù)依次為2,10,4,可見第二種類型的4階模體出現(xiàn)最多,在界面網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)中較重要.9個界面網(wǎng)絡(luò)中存在5階模體,且它們有一個共同模體(圖3(e)),表明這種模體在幾個界面網(wǎng)絡(luò)中較普遍.8個界面網(wǎng)絡(luò)中存在6階模體,但它們沒有共同模體.

    當(dāng)R=1.2nm時,有15個蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中存在模體,且每個界面網(wǎng)絡(luò)中都包含一個4-派系模體(圖3(f)),表明4-派系模體普遍存在于界面網(wǎng)絡(luò)中.此時,界面網(wǎng)絡(luò)中3階模體均是3-派系,1cgi_E,1avw_A,1stf_E,1stf_I,1cse_E,1d09_A,1buw_A和1fss_A界面網(wǎng)絡(luò)中都有3個4階模體且前6個網(wǎng)絡(luò)的4階模體相同,最后兩個的4階模體相同;而1buw_B,1agr_A和1agr_E界面網(wǎng)絡(luò)中都有4個4階模體且3個界面網(wǎng)絡(luò)的4階模體相同.有13個界面網(wǎng)絡(luò)中存在5階模體,且它們有2個共同的模體(圖3(g));有14個界面網(wǎng)絡(luò)中存在6階模體,且模體個數(shù)相對較多,但它們沒有共同模體.

    當(dāng)R=2.4nm時,1agr_E,1e96_B,1avw_A,1avw_B,1cse_I,1d09_B,1e96_A鏈界面網(wǎng)絡(luò)的各階模體數(shù)均為1,且各階模體為各階的k-派系(圖3(h));而1d09_A的界面網(wǎng)絡(luò)中只有一個6階模體且為6-派系.這是因?yàn)檫@些界面網(wǎng)絡(luò)中邊密度很大,傾向于形成規(guī)則網(wǎng)絡(luò),只有1buw_B的界面網(wǎng)絡(luò)中模體較多,其他蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)均無模體.

    從上面分析可知,蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的模體受截斷距離R影響較大,R值不同,則網(wǎng)絡(luò)中的模體類型和數(shù)量都有較大差別.

    2.3 蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)的模塊

    為了給蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)合理的模塊劃分,要找出合理的截斷距離R,并用Cfinder探測蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)里的模塊.當(dāng)R=0.5nm時,只有1stf_I和1cse_E的界面網(wǎng)絡(luò)中各存在一個3-派系-模塊.對比發(fā)現(xiàn)這不符合其真實(shí)界面,而其他蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中都沒有模塊,顯然不符合實(shí)際.當(dāng)R=0.7nm時,除1a4y_B外,其他蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中都可以發(fā)現(xiàn)3-派系-模塊.

    以1buw_A界面網(wǎng)絡(luò)為例,使用CFinder軟件測得其3-派系-模塊如圖4所示.圖4中:1,2,3,4號節(jié)點(diǎn)模塊對應(yīng)圖1中的紅色球體即30,31,34和35號殘基;5,6,7,8,9,10號節(jié)點(diǎn)模塊對應(yīng)圖1中的黃色球體即106,107,110,111,112和114號殘基;11,12,13,14號節(jié)點(diǎn)模塊對應(yīng)圖1中的綠色球體即119,120,122和123號殘基.顯然,從圖4可知此模塊劃分與實(shí)際界面網(wǎng)絡(luò)中的模塊一致.

    圖4 1buw_A界面網(wǎng)絡(luò)中的模塊劃分Fig.4 Modules partition in the interface network of 1buw_A

    圖5 20個蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)的3-派系-模塊分布Fig.5 Distribution of 3-clique-modules in 20protein interface networks

    此時,20個蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)的3-派系-模塊分布,如圖5所示.從圖5可知:除1a4y_B的界面網(wǎng)絡(luò)無模塊外,其他蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中均有3-派系-模塊.與蛋白質(zhì)界面對比發(fā)現(xiàn)這個劃分較合理.

    當(dāng)R=1.2nm時,除1a4y_B的界面網(wǎng)絡(luò)無模塊及1buw_B界面網(wǎng)絡(luò)有2個3-派系-模塊外,其他蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中只有1個3-派系-模塊.這是因?yàn)榇藭r的R較大,界面網(wǎng)絡(luò)中的邊密度較大,3-派系均是連通的,故只有1個模塊.當(dāng)R=2.4nm時,所有蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中都只有一個3-派系-模塊,這是因?yàn)镽較大,網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)傾向于形成規(guī)則網(wǎng)絡(luò).

    由上面的分析可知,當(dāng)R=0.7nm時的蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)模塊劃分比較符合實(shí)際.

    2.4 界面網(wǎng)絡(luò)模塊與其拓?fù)湫再|(zhì)的關(guān)系

    當(dāng)R=0.7nm時,分析此時界面網(wǎng)絡(luò)中的模塊與其拓?fù)湫再|(zhì)的關(guān)系.蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的殘基數(shù)與3-派系-模塊數(shù)的關(guān)系,如圖6所示.由圖6可知:二者呈線性關(guān)系,擬合直線為y=0.2x-0.15,其中,x為殘基數(shù)量,y為模塊數(shù).顯然,界面網(wǎng)絡(luò)中殘基越多,模塊越多.

    圖6 R為0.7nm的蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)殘基數(shù)(節(jié)點(diǎn)數(shù))與3-派系-模塊數(shù)的關(guān)系圖Fig.6 Relationship between the number of residues(nodes)and 3-clique-modules(R=0.7nm)

    2.5 結(jié)果比較分析

    基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論研究了20條蛋白質(zhì)肽鏈相互作用界面網(wǎng)絡(luò)與蛋白質(zhì)肽鏈網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湫再|(zhì)的差異,發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)的平均路徑長度和介數(shù)中心度差別明顯,而二者的介數(shù)中心度則差別較小.當(dāng)截斷距離R為0.7,1.2nm時,存在模體的界面網(wǎng)絡(luò)較多,且多個網(wǎng)絡(luò)中包含共同的模體.這與韓華等[19]使用FANMOD軟件對8個不同規(guī)模網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行模體檢測分析所得結(jié)論,即驗(yàn)證了網(wǎng)絡(luò)中模體的存在性相一致.文獻(xiàn)[19]重點(diǎn)分析了Karate網(wǎng)絡(luò)和Dophin網(wǎng)絡(luò),得到編號為78和238的3階模體和編號為13278,8598,4958,31710的模體,而這些模體與本文蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中部分模體相同,分別為圖3的(a),(c),(d)和(f),這證明了本文方法的有效性以及蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中模體的存在性.

    以往的研究多側(cè)重于對蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計研究,一些算法并未應(yīng)用到蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)這一層次.梅娟等[20]采用基于模塊度優(yōu)化的圖聚類算法,從具有2 617個節(jié)點(diǎn),11 855個相互作用的酵母蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中探測出68個模塊,但其并未從更深層次分析其作用特征.本文對蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)模塊的分析恰好是更深層次的細(xì)化,同時,對拓?fù)湫再|(zhì)與模塊關(guān)系的分析也有利于進(jìn)一步研究蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)的形成機(jī)制等問題.

    3 結(jié)束語

    文中基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)研究了蛋白質(zhì)復(fù)合物中肽鏈相互作用界面網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湫再|(zhì),討論了其與蛋白質(zhì)肽鏈網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湫再|(zhì)的差異.對蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的模體和模塊特征研究發(fā)現(xiàn),蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的模體類型和數(shù)量受截斷距離R影響較大.這些特征分析有利于進(jìn)一步理解界面網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)特征,有助于研究蛋白質(zhì)分子相互結(jié)合的機(jī)制,促進(jìn)蛋白質(zhì)結(jié)合界面預(yù)測理論的發(fā)展.

    然而,如何將蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的模體和模塊特征應(yīng)用到蛋白質(zhì)單體的結(jié)合界面殘基預(yù)測中,即把蛋白質(zhì)界面網(wǎng)絡(luò)中的模體和模塊特征與打分函數(shù)相結(jié)合,從而提高預(yù)測的準(zhǔn)確率,將是今后研究的一個重要課題.

    [1]DUNCAN J W,STEVEN H S.Collective dynamics of“small-world”networks[J].Nature,1998,393(6684):440-442.

    [2]BARABáSI A L,ALBERT R.Emergence of scaling in random networks[J].Science,1999,286(5439):509-512.

    [3]ALBERT R,BARABáSI A L.Statistical mechanics of complex networks[J].Review of Modern Physics,2002,74(1):47-97.

    [4]ESTRADA E.Universality in protein residue networks[J].Biophysical Journal,2010,98(5):890-900.

    [5]LANCICHINETTI A,KIVELA M,SARAM?KI J,et al.Charaterizing the community structure of complex networks[J].PLOS ONE,2010,5(8):e11976.

    [6]MILO R,SHEN-ORR S S,ITZKOVITZ S.Network motifs:Simple building blocks of complex networks[J].Science,2002,298(5594):824-827.

    [7]SHEN-ORR S S,MILO R,MANGAN S,et al.Network motifs in the transcriptional regulation network ofEscherichiancoli[J].Nature Genetics,2002,31(1):64-68.

    [8]KELLER I,VIENNET E.A characterization of the modular structure of complex networks based on consensual communities[C]∥Eighth International Conference on Signal Image Technology and Internet Based Systems.Naples:IEEE Press,2012:717-724.

    [9]KASHTAN N,ITZKOVITZ S,MILO R,et al.Efficient sampling algorithm for estimating subgraph concentrations and detecting network motifs[J].Bioinformatics,2004,20(11):1746-1758.

    [10]WERNICKE S.A faster algorithm for detecting network motifs[C]∥Proceedings of the 5th Workshop on Algorithms in Bioinformatics.Spain:Springer Verlag,2005:165-177.

    [11]CHOOBDAR S,RIBEIRO P,SILVA F.Motif mining in weighted networks[C]∥IEEE 12th International Conference on Data Mining Workshops.Brussels:IEEE Press,2012:210-217.

    [12]KERNIGHAN B W,LIN S.A efficient heuristic procedure for partitioning graphs[J].Bell System Technical Journal,1970,49(2):292-307.

    [13]PALLA G,DERéNYI I,F(xiàn)ARKAS I,et al.Uncovering the overlapping community structure of complex networks in nature and society[J].Nature,2005,435(7043):814-818.

    [14]ENGIN H B,KESKIN O,NUSSINOV R,et al.A strategy based on protein-protein interface motifs may help in identifying drug off-targets[J].Journal of Chemical Information and Modeling,2012,52(8):2273-2286.

    [15]ZHANG C,SHEN L.Functional modules analysis based on protein-protein network analysis in ankylosing spondylitis[J].European Review for Medical and Pharmacological Sciences,2012,16(13):1821-1827.

    [16]WERNICKE S,RASCHE F.FANMOD:A tool for fast network motif detection[J].Bioinformatics,2006,22(9):1152-1153.

    [17]ADAMCSEK B,PALLA G,F(xiàn)ARKAS I,et al.CFinder:Locating cliques and overlapping modules in biological networks[J].Bioinformatics,2006,22(8):1021-1023.

    [18]de NOOY W,MRVAR A,BATAGELJ V.Exploratory social network analysis with Pajek[M].Cambridge:Cambridge University Press,2005:1-362.

    [19]韓華,劉婉璐,吳翎燕.基于模體的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)測度量研究[J].物理學(xué)報,2013,62(16):168904(1-9).

    [20]梅娟,紀(jì)志成.基于模塊度優(yōu)化的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)集團(tuán)探測與分析[J].計算機(jī)與應(yīng)用化學(xué),2012,29(5):591-596.

    猜你喜歡
    肽鏈派系模體
    基于Matrix Profile的時間序列變長模體挖掘
    鄉(xiāng)籍、派系與黨政:抗戰(zhàn)時期吉安縣商會選舉之爭
    例談基因表達(dá)過程中多種肽鏈的合成
    植入(l, d)模體發(fā)現(xiàn)若干算法的實(shí)現(xiàn)與比較
    基于網(wǎng)絡(luò)模體特征攻擊的網(wǎng)絡(luò)抗毀性研究
    “派系撕裂校園”:暨南大學(xué)驅(qū)長風(fēng)潮研究(1933—1934)
    派系政治與農(nóng)民上訪的邏輯
    學(xué)院派系
    基于模體演化的時序鏈路預(yù)測方法
    烷基鏈長及肽鏈電荷分布對脂肽雙親分子自組裝及水凝膠化的影響
    我要搜黄色片| 老司机午夜福利在线观看视频| 中文字幕人妻熟人妻熟丝袜美| 成人精品一区二区免费| 国内少妇人妻偷人精品xxx网站| 久久精品国产亚洲av香蕉五月| 黄色视频,在线免费观看| 一本一本综合久久| 成人综合一区亚洲| 熟女电影av网| 日韩三级伦理在线观看| 欧美成人一区二区免费高清观看| 国产精品久久电影中文字幕| 国产毛片a区久久久久| 97碰自拍视频| 淫秽高清视频在线观看| 级片在线观看| 99热这里只有精品一区| 亚洲人成网站高清观看| 国产伦在线观看视频一区| 变态另类成人亚洲欧美熟女| 最好的美女福利视频网| 日本 av在线| 露出奶头的视频| 亚洲aⅴ乱码一区二区在线播放| 一本久久中文字幕| 国产真实乱freesex| 99热这里只有是精品在线观看| 在线免费观看不下载黄p国产| 亚洲国产精品成人久久小说 | 亚洲五月天丁香| 亚洲aⅴ乱码一区二区在线播放| h日本视频在线播放| 亚洲国产日韩欧美精品在线观看| 亚洲av中文字字幕乱码综合| 国产伦在线观看视频一区| 精品一区二区三区人妻视频| 国产乱人视频| 欧美日本亚洲视频在线播放| 亚洲熟妇中文字幕五十中出| 国产精品女同一区二区软件| 少妇猛男粗大的猛烈进出视频 | 亚洲精品一区av在线观看| 午夜福利在线观看免费完整高清在 | 久久精品夜色国产| 国产中年淑女户外野战色| 国产v大片淫在线免费观看| 最近的中文字幕免费完整| 国产黄色视频一区二区在线观看 | 日本a在线网址| 国产成人aa在线观看| 午夜免费激情av| 日韩亚洲欧美综合| 内地一区二区视频在线| 精品人妻一区二区三区麻豆 | 一进一出抽搐gif免费好疼| 人妻久久中文字幕网| 久久久a久久爽久久v久久| 日韩国内少妇激情av| 国产精品99久久久久久久久| 亚洲国产精品合色在线| 国产视频一区二区在线看| 成年女人毛片免费观看观看9| 丰满人妻一区二区三区视频av| 国产精品美女特级片免费视频播放器| 免费看日本二区| 亚洲美女搞黄在线观看 | 午夜日韩欧美国产| 黄色一级大片看看| 国产视频一区二区在线看| 午夜福利高清视频| 欧美日韩精品成人综合77777| 国产精品久久久久久精品电影| 亚洲综合色惰| av视频在线观看入口| 午夜福利视频1000在线观看| 97超级碰碰碰精品色视频在线观看| 午夜久久久久精精品| av在线老鸭窝| 久久鲁丝午夜福利片| 国产爱豆传媒在线观看| 美女大奶头视频| 欧美bdsm另类| 精品国产三级普通话版| 免费高清视频大片| 岛国在线免费视频观看| 夜夜爽天天搞| 99热这里只有精品一区| 一个人看视频在线观看www免费| 亚洲精品一卡2卡三卡4卡5卡| 欧美日韩综合久久久久久| 全区人妻精品视频| 最好的美女福利视频网| 国产精品久久久久久精品电影| 精品久久久久久久久av| 久久中文看片网| 国产私拍福利视频在线观看| 国产精品一及| 一级毛片电影观看 | 一卡2卡三卡四卡精品乱码亚洲| 国产精品永久免费网站| 少妇的逼水好多| 国产精品亚洲美女久久久| 国产视频一区二区在线看| 日日啪夜夜撸| 美女黄网站色视频| 日日摸夜夜添夜夜爱| 日韩亚洲欧美综合| 亚洲精华国产精华液的使用体验 | 深爱激情五月婷婷| 国产91av在线免费观看| 永久网站在线| 国产精品精品国产色婷婷| 中出人妻视频一区二区| 国产极品精品免费视频能看的| 国产私拍福利视频在线观看| 亚洲欧美中文字幕日韩二区| 国产精品一区二区三区四区免费观看 | 成人av在线播放网站| 亚洲中文日韩欧美视频| 亚洲美女视频黄频| 能在线免费观看的黄片| 色综合色国产| 变态另类丝袜制服| 成人鲁丝片一二三区免费| 白带黄色成豆腐渣| 精品久久久久久久久av| 精品久久久久久成人av| 免费在线观看影片大全网站| 欧美zozozo另类| 久久久久久久久久久丰满| 亚洲中文字幕日韩| 亚洲av一区综合| 国产精品久久久久久久久免| 国产视频一区二区在线看| 有码 亚洲区| 久久久久性生活片| 黄色一级大片看看| 黑人高潮一二区| 少妇人妻精品综合一区二区 | 在线观看免费视频日本深夜| 麻豆国产97在线/欧美| 99热这里只有是精品在线观看| 欧美激情久久久久久爽电影| 亚洲av美国av| 久久久国产成人精品二区| 老熟妇乱子伦视频在线观看| 亚洲国产欧美人成| 男人狂女人下面高潮的视频| 亚洲中文字幕一区二区三区有码在线看| 精品久久国产蜜桃| 久久久久久久久久久丰满| 国产免费一级a男人的天堂| 综合色av麻豆| 尤物成人国产欧美一区二区三区| 波多野结衣高清无吗| 日本免费a在线| 九九爱精品视频在线观看| 精品不卡国产一区二区三区| 日韩欧美免费精品| 老女人水多毛片| 日韩欧美 国产精品| 亚洲精品一卡2卡三卡4卡5卡| 搡女人真爽免费视频火全软件 | 精品福利观看| 波多野结衣高清作品| 久久人人爽人人片av| 伦理电影大哥的女人| 精品乱码久久久久久99久播| 少妇熟女欧美另类| 九九在线视频观看精品| 欧美一区二区亚洲| 大又大粗又爽又黄少妇毛片口| 日本与韩国留学比较| 国产精品久久久久久av不卡| 在线播放无遮挡| 最新中文字幕久久久久| 99在线视频只有这里精品首页| 真人做人爱边吃奶动态| 看非洲黑人一级黄片| 男人和女人高潮做爰伦理| 国产欧美日韩精品一区二区| 国产精品综合久久久久久久免费| 少妇人妻一区二区三区视频| 国产在视频线在精品| 91在线观看av| 色哟哟哟哟哟哟| 99热只有精品国产| 一级毛片电影观看 | 人人妻人人看人人澡| 人人妻,人人澡人人爽秒播| 淫秽高清视频在线观看| 男人的好看免费观看在线视频| 国产69精品久久久久777片| 日本一本二区三区精品| 国产伦一二天堂av在线观看| 婷婷精品国产亚洲av在线| 色吧在线观看| 天天躁日日操中文字幕| 亚洲精品456在线播放app| 国产亚洲精品久久久久久毛片| 噜噜噜噜噜久久久久久91| 亚洲精品乱码久久久v下载方式| 亚洲成人久久性| 岛国在线免费视频观看| 午夜视频国产福利| 色综合亚洲欧美另类图片| 麻豆乱淫一区二区| 色哟哟哟哟哟哟| 国产高清有码在线观看视频| 波多野结衣巨乳人妻| 久久精品久久久久久噜噜老黄 | 亚洲va在线va天堂va国产| 欧美日本视频| 精品午夜福利在线看| 亚洲一区高清亚洲精品| 12—13女人毛片做爰片一| 成人午夜高清在线视频| 人妻丰满熟妇av一区二区三区| 精品人妻视频免费看| 一本久久中文字幕| 一个人看的www免费观看视频| 色综合站精品国产| 真实男女啪啪啪动态图| avwww免费| 最近的中文字幕免费完整| 变态另类成人亚洲欧美熟女| av视频在线观看入口| 日韩一区二区视频免费看| www日本黄色视频网| 久久久国产成人免费| 亚洲色图av天堂| 91久久精品国产一区二区三区| 蜜桃久久精品国产亚洲av| 此物有八面人人有两片| 麻豆成人午夜福利视频| 亚洲国产高清在线一区二区三| 免费大片18禁| 精品久久久久久久人妻蜜臀av| 久久这里只有精品中国| 久久久国产成人精品二区| 我的老师免费观看完整版| 一个人观看的视频www高清免费观看| 可以在线观看毛片的网站| 久久亚洲精品不卡| 中出人妻视频一区二区| 国产三级在线视频| 最近2019中文字幕mv第一页| 精品熟女少妇av免费看| 天天躁日日操中文字幕| 亚洲国产精品合色在线| 黄色视频,在线免费观看| 久久久久久久亚洲中文字幕| 热99在线观看视频| a级毛色黄片| 不卡一级毛片| 一级毛片我不卡| 国产精品不卡视频一区二区| 久久久久久久午夜电影| 亚洲欧美日韩高清在线视频| 免费av毛片视频| 美女 人体艺术 gogo| 亚洲成人av在线免费| 中国国产av一级| 国产高清三级在线| 久久久久久久久大av| 干丝袜人妻中文字幕| 91久久精品电影网| 久久国内精品自在自线图片| 黄色日韩在线| 69av精品久久久久久| 人人妻人人看人人澡| 日韩三级伦理在线观看| 一本精品99久久精品77| 搡女人真爽免费视频火全软件 | 免费在线观看影片大全网站| 给我免费播放毛片高清在线观看| 免费av不卡在线播放| 偷拍熟女少妇极品色| av专区在线播放| 美女黄网站色视频| 午夜久久久久精精品| 久久精品国产自在天天线| 99热全是精品| 男女啪啪激烈高潮av片| 国产精品一区www在线观看| 国产黄片美女视频| 亚洲欧美日韩卡通动漫| 看免费成人av毛片| 亚洲精品国产成人久久av| 十八禁国产超污无遮挡网站| av免费在线看不卡| 国内久久婷婷六月综合欲色啪| 久久人人精品亚洲av| 熟女人妻精品中文字幕| 久久久久久九九精品二区国产| 亚洲精品国产av成人精品 | 久久国内精品自在自线图片| 夜夜看夜夜爽夜夜摸| 毛片一级片免费看久久久久| 成年版毛片免费区| 99九九线精品视频在线观看视频| 亚洲欧美成人精品一区二区| 色哟哟·www| 国产在线精品亚洲第一网站| 丰满人妻一区二区三区视频av| 免费黄网站久久成人精品| 欧美日本亚洲视频在线播放| 夜夜夜夜夜久久久久| 国产爱豆传媒在线观看| 亚洲成人久久爱视频| 不卡一级毛片| 最近在线观看免费完整版| 国产精品亚洲一级av第二区| videossex国产| 大香蕉久久网| 夜夜爽天天搞| 国产精品1区2区在线观看.| 狠狠狠狠99中文字幕| 免费在线观看影片大全网站| 一级毛片我不卡| 精品福利观看| 久久天躁狠狠躁夜夜2o2o| 国内精品一区二区在线观看| 男女之事视频高清在线观看| 日韩,欧美,国产一区二区三区 | 深夜精品福利| 国产色婷婷99| 亚洲熟妇中文字幕五十中出| 青春草视频在线免费观看| 精品乱码久久久久久99久播| 99热这里只有是精品50| 免费不卡的大黄色大毛片视频在线观看 | 精品人妻偷拍中文字幕| 成人性生交大片免费视频hd| 成年女人看的毛片在线观看| 亚洲va在线va天堂va国产| 在线观看66精品国产| 女人十人毛片免费观看3o分钟| 欧美绝顶高潮抽搐喷水| 欧美日韩乱码在线| 两性午夜刺激爽爽歪歪视频在线观看| 九色成人免费人妻av| av在线老鸭窝| 国产男人的电影天堂91| 国内精品久久久久精免费| 国产一区亚洲一区在线观看| 成人综合一区亚洲| 国产精品三级大全| 日韩欧美在线乱码| 激情 狠狠 欧美| 日韩欧美在线乱码| 噜噜噜噜噜久久久久久91| 中文字幕av在线有码专区| 久久精品综合一区二区三区| 赤兔流量卡办理| 色哟哟·www| 美女被艹到高潮喷水动态| 国产男人的电影天堂91| 可以在线观看毛片的网站| 99在线人妻在线中文字幕| 成人综合一区亚洲| 色综合站精品国产| 久久久久免费精品人妻一区二区| 免费看美女性在线毛片视频| 内射极品少妇av片p| 日本免费a在线| 国产免费男女视频| 亚洲av第一区精品v没综合| 国产伦一二天堂av在线观看| 岛国在线免费视频观看| 波野结衣二区三区在线| 在线观看午夜福利视频| 国产熟女欧美一区二区| 麻豆国产av国片精品| 国产高清视频在线播放一区| 国产成人aa在线观看| 久久精品人妻少妇| 国产69精品久久久久777片| 色在线成人网| 一级av片app| 日本色播在线视频| 欧美另类亚洲清纯唯美| 成人国产麻豆网| 成年av动漫网址| 日韩精品有码人妻一区| 亚洲天堂国产精品一区在线| 免费高清视频大片| 久久久久久久久中文| 乱人视频在线观看| 人妻制服诱惑在线中文字幕| 午夜福利在线观看吧| 成人亚洲欧美一区二区av| 日韩欧美精品免费久久| 国产一级毛片七仙女欲春2| av女优亚洲男人天堂| 国产高清视频在线播放一区| 国产日本99.免费观看| 午夜福利18| 女的被弄到高潮叫床怎么办| 一进一出好大好爽视频| 亚洲在线观看片| АⅤ资源中文在线天堂| 在线播放无遮挡| 亚洲av一区综合| 成人高潮视频无遮挡免费网站| 亚洲aⅴ乱码一区二区在线播放| 国语自产精品视频在线第100页| 欧美成人a在线观看| 国产视频一区二区在线看| 午夜精品在线福利| 国产精品久久久久久亚洲av鲁大| 亚洲一区高清亚洲精品| 搡女人真爽免费视频火全软件 | 97人妻精品一区二区三区麻豆| 成熟少妇高潮喷水视频| 国产精品久久久久久精品电影| av在线老鸭窝| a级毛片免费高清观看在线播放| 日韩欧美在线乱码| 国产高清有码在线观看视频| 国产老妇女一区| 日本一二三区视频观看| 亚洲激情五月婷婷啪啪| 一级av片app| 久久这里只有精品中国| 亚洲在线观看片| 色综合站精品国产| 天天一区二区日本电影三级| 一级毛片我不卡| 我的老师免费观看完整版| 狂野欧美白嫩少妇大欣赏| 久久人人精品亚洲av| 成人亚洲精品av一区二区| 免费av毛片视频| 成人综合一区亚洲| 99九九线精品视频在线观看视频| 老熟妇乱子伦视频在线观看| 久久九九热精品免费| 大型黄色视频在线免费观看| 国产精品久久久久久久久免| 香蕉av资源在线| 啦啦啦观看免费观看视频高清| a级毛片a级免费在线| 久久精品国产亚洲av涩爱 | 国产久久久一区二区三区| 在线免费观看的www视频| 青春草视频在线免费观看| 狂野欧美激情性xxxx在线观看| 两性午夜刺激爽爽歪歪视频在线观看| 久久久久国内视频| 久久精品人妻少妇| 欧美人与善性xxx| 国产高清有码在线观看视频| 亚洲人成网站在线播放欧美日韩| 国产精品美女特级片免费视频播放器| 少妇人妻一区二区三区视频| 乱码一卡2卡4卡精品| 久久人人爽人人爽人人片va| 18+在线观看网站| 岛国在线免费视频观看| 久久精品91蜜桃| 精品人妻熟女av久视频| 18禁黄网站禁片免费观看直播| 别揉我奶头 嗯啊视频| 99热只有精品国产| 欧美日本视频| 午夜福利在线观看吧| 国产女主播在线喷水免费视频网站 | 成人亚洲欧美一区二区av| 久久久国产成人免费| 国产精品福利在线免费观看| 九九爱精品视频在线观看| 天堂动漫精品| 中国美白少妇内射xxxbb| 毛片一级片免费看久久久久| 国产高清视频在线播放一区| 国产精品久久久久久久久免| 97超视频在线观看视频| 看黄色毛片网站| а√天堂www在线а√下载| 大香蕉久久网| 亚洲国产色片| 亚洲国产精品sss在线观看| 精品人妻一区二区三区麻豆 | 亚洲人成网站高清观看| 国产精品精品国产色婷婷| 亚洲经典国产精华液单| 亚洲成人久久爱视频| av国产免费在线观看| 真实男女啪啪啪动态图| 成人漫画全彩无遮挡| 波野结衣二区三区在线| 狂野欧美白嫩少妇大欣赏| eeuss影院久久| 久久久久久久亚洲中文字幕| 欧美一区二区亚洲| 国产熟女欧美一区二区| 欧美色欧美亚洲另类二区| 国产伦精品一区二区三区视频9| 99热精品在线国产| 日日干狠狠操夜夜爽| 永久网站在线| 又爽又黄无遮挡网站| 丰满人妻一区二区三区视频av| 18+在线观看网站| 国产成人a∨麻豆精品| 国产高清视频在线播放一区| 人妻久久中文字幕网| 波多野结衣高清作品| 亚洲,欧美,日韩| 俺也久久电影网| 蜜臀久久99精品久久宅男| 内地一区二区视频在线| 国国产精品蜜臀av免费| 日本五十路高清| 免费黄网站久久成人精品| 变态另类丝袜制服| 99久久九九国产精品国产免费| 最近在线观看免费完整版| 91av网一区二区| 观看免费一级毛片| 亚洲av一区综合| 日本黄色视频三级网站网址| 啦啦啦啦在线视频资源| 亚洲精品色激情综合| 搞女人的毛片| 久久九九热精品免费| 亚洲国产精品sss在线观看| 亚洲av成人精品一区久久| 欧美性猛交╳xxx乱大交人| av天堂中文字幕网| 日本撒尿小便嘘嘘汇集6| 亚洲欧美成人综合另类久久久 | 老师上课跳d突然被开到最大视频| 久久久精品94久久精品| 变态另类成人亚洲欧美熟女| 久久久久性生活片| 在线免费观看的www视频| 国产伦在线观看视频一区| 国产精华一区二区三区| 美女大奶头视频| 国产色婷婷99| 91久久精品国产一区二区成人| 国内少妇人妻偷人精品xxx网站| 亚洲久久久久久中文字幕| 色综合站精品国产| 国产高清不卡午夜福利| 别揉我奶头~嗯~啊~动态视频| 男人舔女人下体高潮全视频| 可以在线观看毛片的网站| 99久久无色码亚洲精品果冻| 在线观看av片永久免费下载| 久久久久久久久久久丰满| 嫩草影院精品99| 亚洲国产高清在线一区二区三| 成人二区视频| 变态另类丝袜制服| 波野结衣二区三区在线| 99热这里只有是精品在线观看| 精品乱码久久久久久99久播| 两性午夜刺激爽爽歪歪视频在线观看| 精品一区二区三区视频在线| 日本 av在线| 午夜视频国产福利| 一级毛片我不卡| 国产精品无大码| 久久久a久久爽久久v久久| 亚洲国产欧美人成| 国产精品亚洲美女久久久| 亚洲国产欧洲综合997久久,| 亚洲国产精品成人久久小说 | 欧美日韩国产亚洲二区| 97在线视频观看| 久久鲁丝午夜福利片| 毛片女人毛片| 欧美+亚洲+日韩+国产| 成熟少妇高潮喷水视频| 一进一出好大好爽视频| 中文字幕久久专区| 淫秽高清视频在线观看| 精品少妇黑人巨大在线播放 | 欧美一区二区精品小视频在线| 久99久视频精品免费| av中文乱码字幕在线| 午夜精品国产一区二区电影 | 国产伦在线观看视频一区| 日韩av在线大香蕉| 日本成人三级电影网站| 午夜精品在线福利| 婷婷精品国产亚洲av在线| 色av中文字幕| 日韩三级伦理在线观看| 免费av观看视频| 亚洲欧美日韩卡通动漫| 成人特级黄色片久久久久久久| 最近的中文字幕免费完整| 亚洲精品成人久久久久久| 老师上课跳d突然被开到最大视频| 国产精品三级大全| 日韩,欧美,国产一区二区三区 | 搡女人真爽免费视频火全软件 | 嫩草影视91久久| 国产 一区 欧美 日韩| 亚洲av一区综合| 久久热精品热| 国产色爽女视频免费观看| 99国产精品一区二区蜜桃av| 亚洲精品亚洲一区二区| 国产 一区 欧美 日韩| 亚洲aⅴ乱码一区二区在线播放| 蜜臀久久99精品久久宅男| 久久精品国产鲁丝片午夜精品| 床上黄色一级片| 国产成人一区二区在线|