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    選擇性反應(yīng)監(jiān)測(cè)技術(shù)在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的進(jìn)展及應(yīng)用

    2014-05-08 11:14:38單亦初張麗華張玉奎
    色譜 2014年4期
    關(guān)鍵詞:多肽通量定量

    單亦初, 張麗華, 張玉奎

    (中國科學(xué)院大連化學(xué)物理研究所,中國科學(xué)院分離分析化學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,國家色譜研究分析中心,遼寧大連116023)

    定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究受到越來越多的關(guān)注。其中,鳥槍法技術(shù)和SRM技術(shù)是定量蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域中應(yīng)用最為廣泛的兩種技術(shù)。鳥槍法具有很高的分析通量,一次運(yùn)行即可定量數(shù)千個(gè)蛋白質(zhì);但其缺點(diǎn)是無法對(duì)蛋白質(zhì)的多肽信號(hào)進(jìn)行連續(xù)性和選擇性的檢測(cè),因此目標(biāo)蛋白質(zhì)信號(hào)容易受到噪音和其他非目標(biāo)組分的干擾,檢測(cè)靈敏度低,并且難以實(shí)現(xiàn)對(duì)低豐度肽段和蛋白質(zhì)的準(zhǔn)確定量。通常情況下,人們感興趣的不同樣品中的差異蛋白質(zhì)以及疾病標(biāo)志物的含量較低。選擇性反應(yīng)監(jiān)測(cè)(SRM)技術(shù)盡管分析通量較低,但是該技術(shù)通過選擇性檢測(cè)特定母離子和子離子來排除非目標(biāo)組分的干擾,增強(qiáng)了檢測(cè)靈敏度和定量準(zhǔn)確度,特別適合于低豐度蛋白質(zhì)的準(zhǔn)確定量。因此,近年來基于該技術(shù)研究疾病標(biāo)志物及驗(yàn)證差異蛋白質(zhì)等已成為定量蛋白質(zhì)組學(xué)的重要策略之一。SRM技術(shù)通常使用三重四極桿質(zhì)譜來實(shí)現(xiàn),具體原理如圖1所示[1]。本文對(duì)該技術(shù)的進(jìn)展及其應(yīng)用進(jìn)行了綜述,并對(duì)未來可能的發(fā)展方向進(jìn)行了展望。

    圖1 選擇性反應(yīng)監(jiān)測(cè)(SR M)的技術(shù)原理[1]Fig.1 Principle of selective reaction monitoring(SR M)technology[1]

    1 SR M技術(shù)進(jìn)展

    SRM技術(shù)與傳統(tǒng)的基于鳥槍法技術(shù)的蛋白質(zhì)組定量方法相比,由于有效提高了對(duì)離子的選擇性,在一定程度上提高了對(duì)中、低豐度蛋白質(zhì)的檢測(cè)能力。然而由于蛋白質(zhì)組樣品復(fù)雜度高、動(dòng)態(tài)范圍寬,進(jìn)一步提高檢測(cè)靈敏度仍然是一個(gè)重要的研究目標(biāo)。由于SRM技術(shù)需要對(duì)肽段進(jìn)行連續(xù)掃描,因而對(duì)復(fù)雜樣品分析所需的時(shí)間較長(zhǎng),為此近年來研究者也致力于提高SRM技術(shù)的分析通量。此外,通過發(fā)展新方法提高蛋白質(zhì)定量的準(zhǔn)確度也是該領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)之一。最后,隨著SRM技術(shù)逐漸應(yīng)用于大規(guī)模的蛋白質(zhì)組定量研究,相關(guān)數(shù)據(jù)的處理也變得越來越重要。為此人們也在不斷發(fā)展相關(guān)的軟件和數(shù)據(jù)庫。本文從分析通量、檢測(cè)靈敏度、定量方法以及相關(guān)軟件資源4個(gè)方面,對(duì)近期SRM技術(shù)的研究進(jìn)展進(jìn)行了綜述。

    1.1 分析通量

    基于質(zhì)譜的SRM技術(shù)與傳統(tǒng)的定向蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)(如Western blot)相比,分析通量有所提高,并且不受抗體的制約。然而為縮短生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)周期,需要改進(jìn)數(shù)據(jù)采集或者處理方法,進(jìn)一步提高SRM技術(shù)的分析通量。

    Kiyonami等[2]率先提出了一種新的數(shù)據(jù)采集方法——智能選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)(intelligent selected reaction monitoring,iSRM)。該方法通過設(shè)定主要和次要母子離子對(duì),在預(yù)先設(shè)定的洗脫時(shí)間窗口內(nèi)對(duì)主要母子離子對(duì)進(jìn)行連續(xù)監(jiān)測(cè)以準(zhǔn)確定量每個(gè)多肽;此外,同時(shí)采用數(shù)據(jù)依賴模式監(jiān)測(cè)6~8個(gè)次要離子對(duì)。當(dāng)主要母子離子對(duì)信號(hào)強(qiáng)度達(dá)到一定閾值時(shí),觸發(fā)次要母子離子對(duì)的采集,實(shí)現(xiàn)對(duì)肽段的定性確認(rèn)。以酵母的胰蛋白酶酶解產(chǎn)物的分析為例,其檢測(cè)限低至10 amol水平,通量達(dá)到每分鐘100母子離子對(duì)。該方法在保證SRM的選擇性和準(zhǔn)確性的前提下,可以在固定的采集時(shí)間內(nèi)分析更多的肽段,從而提高了目標(biāo)蛋白質(zhì)組分析的選擇性、準(zhǔn)確度和通量。在此基礎(chǔ)上,毛心麗等[3]建立了依賴色譜保留時(shí)間的iSRM方法,并對(duì)不同復(fù)雜程度的蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行了分析。該方法與不依賴色譜保留時(shí)間的iSRM方法相比,可以顯著提高肽段及蛋白質(zhì)的鑒定數(shù)目,目標(biāo)肽段和蛋白質(zhì)的鑒定數(shù)目分別從312和217提高到449和280。

    近期AB Sciex公司推出了SWATH(sequential window acquisition of all theoretical fragment-ion spectra)技術(shù)。該技術(shù)采取非數(shù)據(jù)依賴采集方法,連續(xù)運(yùn)行32個(gè)25 Da寬的母離子分離窗口,并對(duì)每個(gè)窗口內(nèi)的母離子進(jìn)行全碎裂。利用碎片離子譜圖庫來挖掘共碎裂多肽二級(jí)譜中特定多肽的特征碎片離子,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)了對(duì)多肽的同時(shí)鑒定和定量。Gillet等[4]通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)該方法的定量動(dòng)態(tài)范圍可達(dá)到4個(gè)數(shù)量級(jí)。與SRM技術(shù)相比,兩者在定量準(zhǔn)確性及一致性方面相近,但SWATH技術(shù)可在一次運(yùn)行中同時(shí)實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)樣品的全譜鑒定和定量,具有更高的分析通量。

    1.2 檢測(cè)靈敏度

    由于采取兩次質(zhì)量選擇過濾,SRM技術(shù)有較高的靈敏度。與傳統(tǒng)的基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)相比,SRM技術(shù)在分析復(fù)雜生物樣本時(shí)為靶向式獲取目標(biāo)離子,減少了其他離子的干擾,因此與經(jīng)典技術(shù)相比其靈敏度可提高一個(gè)數(shù)量級(jí)[1]。然而由于蛋白質(zhì)組樣品具有很寬的動(dòng)態(tài)范圍,對(duì)低豐度蛋白質(zhì)的檢測(cè)仍然存在挑戰(zhàn)。為此,人們通過發(fā)展樣品分級(jí)技術(shù),如親和富集、高豐度蛋白質(zhì)去除以及高靈敏度的質(zhì)譜接口等,進(jìn)一步提高了SRM技術(shù)的靈敏度。

    Whiteaker等[5]提出了 SISCAPA(stable isotope standards and capture by antipeptide antibodies)方法。采取多重免疫策略,使用一個(gè)蛋白質(zhì)的至多5條肽段對(duì)動(dòng)物進(jìn)行免疫,從而產(chǎn)生相應(yīng)的多肽抗體;然后利用抗體對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)多肽進(jìn)行富集,并結(jié)合穩(wěn)定同位素稀釋的方法,使用SRM技術(shù)進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)和定量。利用該方法可以檢測(cè)到血漿中質(zhì)量濃度低于100 ng/mL的蛋白質(zhì)。

    Hossain等[6]發(fā)展了一種多毛細(xì)管入口/雙電動(dòng)離子通道接口(multi-capillary inlet/dual electrodynamic ion funnel interface),并結(jié)合SRM 技術(shù)實(shí)現(xiàn)了蛋白質(zhì)的定量分析。與傳統(tǒng)的SRM接口相比,采用該接口可以通過提高離子傳輸效率,顯著提高檢測(cè)靈敏度。對(duì)于血漿蛋白質(zhì)樣品,不僅峰強(qiáng)度平均提高了70倍,檢測(cè)限降低了10倍,而且還提高了分析的重現(xiàn)性,無須免疫去除高豐度蛋白質(zhì)即可實(shí)現(xiàn)血漿中40~80 ng/mL蛋白質(zhì)的檢測(cè)。此外,Rafalko等[7]利用芯片等電聚焦對(duì)目標(biāo)多肽進(jìn)行選擇性富集后,采用SRM技術(shù)對(duì)血漿中的前列腺特異性抗原進(jìn)行了檢測(cè),其定量限可低至1~2.5 ng/mL。

    1.3 SR M相關(guān)定量方法

    SRM的定量分析從方法上講一般分為相對(duì)定量分析和絕對(duì)定量分析,其中相對(duì)定量方法包括無標(biāo)記和標(biāo)記定量方法。最初通常使用無標(biāo)記定量方法[8]進(jìn)行SRM定量。為了消除液相色譜分離和質(zhì)譜檢測(cè)重復(fù)性不夠高引起的定量誤差,進(jìn)一步提高定量的準(zhǔn)確度和精密度,人們發(fā)展了多種同位素標(biāo)記定量方法,包括代謝同位素標(biāo)記方法(如[15N]硫酸銨標(biāo)記)[9],化學(xué)同位素標(biāo)記方法(如同位素編碼的親和標(biāo)簽標(biāo)記(ICAT))[10]以及酶解輔助穩(wěn)定同位素標(biāo)記方法(如[18O]水標(biāo)記)[11]。

    Zhang等[12]比較了穩(wěn)定同位素稀釋法、標(biāo)記參照多肽法及無標(biāo)方法在蛋白質(zhì)組定量方面的性能。結(jié)果表明,與其他兩種方法相比穩(wěn)定同位素稀釋法具有較高的精密度;在識(shí)別蛋白質(zhì)表達(dá)的顯著性差異方面,3種方法具有相似的性能;與穩(wěn)定同位素稀釋法相比,標(biāo)記參照多肽法及無標(biāo)方法實(shí)驗(yàn)成本較低,具有較高的性價(jià)比。

    在使用SRM技術(shù)進(jìn)行絕對(duì)定量時(shí),通常采用同位素標(biāo)記的肽段作為內(nèi)標(biāo),定量結(jié)果可能會(huì)受到樣品處理過程的影響。為此,Huillet等[13]發(fā)展了標(biāo)記蛋白質(zhì)和SRM技術(shù)相結(jié)合的方法。在對(duì)心血管疾病生物標(biāo)志蛋白質(zhì)進(jìn)行定量時(shí),使用同位素標(biāo)記的蛋白質(zhì)作為內(nèi)標(biāo),有效避免了上游樣品處理或者不完全酶解引入的實(shí)驗(yàn)誤差,提高了定量的準(zhǔn)確度和精密度。

    1.4 SR M相關(guān)軟件和數(shù)據(jù)庫

    采用SRM技術(shù)時(shí)需要對(duì)目標(biāo)肽段的母子離子對(duì)和儀器設(shè)置進(jìn)行選擇,以提高蛋白質(zhì)定量的準(zhǔn)確度和靈敏度。為此,人們發(fā)展了多種軟件和數(shù)據(jù)庫。

    Reiter等[14]發(fā)展了 SRM 數(shù)據(jù)分析工具mProphet;通過準(zhǔn)確計(jì)算目標(biāo)多肽鑒定的錯(cuò)誤率,以及將數(shù)據(jù)的相關(guān)特征引入統(tǒng)計(jì)模型來提高SRM技術(shù)的選擇性和靈敏度,實(shí)現(xiàn)了對(duì)大規(guī)模SRM實(shí)驗(yàn)的自動(dòng)化處理和統(tǒng)計(jì)學(xué)驗(yàn)證。Brusniak等[15]開發(fā)了開源軟件ATAQS(Automated and Targeted Analysis with Quantitative SRM),可支持目標(biāo)蛋白質(zhì)組學(xué)研究流程中的所有步驟,并且提供了應(yīng)用程序接口,允許在SRM流程的每一步驟加入新的算法。Cham等[16]基于從發(fā)表的文章中收集到的SRM 母子離子對(duì)開發(fā)了MRMaid在線數(shù)據(jù)庫,從而節(jié)省了尋找母子離子對(duì)所需的時(shí)間。該數(shù)據(jù)庫包含了重現(xiàn)母子離子對(duì)所需的一切信息,并通過簡(jiǎn)單的基于網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)表格提交母子離子對(duì),使得研究者可以很容易地獲取相關(guān)信息。Huttenhain等[17]建立了一個(gè)含有5 568個(gè)N-糖基化位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫,應(yīng)用于對(duì)臨床相關(guān)N-糖基化蛋白質(zhì)作為候選生物標(biāo)志物的可行性進(jìn)行多重評(píng)估,使用該數(shù)據(jù)庫選擇合適的SRM方法,對(duì)120個(gè)人血漿樣品進(jìn)行了癌癥相關(guān)的N-糖基化蛋白質(zhì)分析。結(jié)果表明,濃度范圍跨度超過5個(gè)數(shù)量級(jí)的糖蛋白質(zhì)可被定量,使用該數(shù)據(jù)庫可以對(duì)候選生物標(biāo)志物進(jìn)行并行的、有效的、一致的和靈敏的評(píng)估。

    2 SR M技術(shù)的應(yīng)用

    由于SRM技術(shù)具有高選擇性、高靈敏度及高通量等優(yōu)勢(shì),因此在生物標(biāo)志物的驗(yàn)證、蛋白質(zhì)翻譯后修飾及生物工程等方面得到了廣泛的應(yīng)用。

    2.1 在疾病生物標(biāo)志物驗(yàn)證中的應(yīng)用

    發(fā)現(xiàn)并驗(yàn)證疾病特異性的生物標(biāo)志物是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的一個(gè)重要領(lǐng)域?;邙B槍法的蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn);SRM技術(shù)對(duì)于進(jìn)一步驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)的候選生物標(biāo)志物發(fā)揮著重要作用。

    Lehnert等[18]使用 iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)方法對(duì)帕金森病人及正常人的腦脊液進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)了16種表達(dá)存在差異的蛋白質(zhì)。通過SRM進(jìn)行驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)了其中兩種蛋白質(zhì)在病人和正常人間存在顯著性差異,有望作為帕金森病的生物標(biāo)志物。Wang等[19]使用SRM技術(shù)定量分析了癌癥細(xì)胞株中變異與正常Ras蛋白質(zhì)的差異,并進(jìn)一步應(yīng)用于腫瘤組織中變異蛋白質(zhì)的鑒定和定量,該方法有望應(yīng)用于癌癥的臨床診斷。Hüttenhain等[20]利用SRM 技術(shù)對(duì)血漿和尿液中的癌癥相關(guān)蛋白質(zhì)進(jìn)行了定量:在血漿中檢測(cè)了182個(gè)蛋白質(zhì),其濃度動(dòng)態(tài)范圍達(dá)到5個(gè)數(shù)量級(jí),最低質(zhì)量濃度低于10 ng/mL;在尿液中檢測(cè)到了408個(gè)蛋白質(zhì),其質(zhì)量濃度范圍與血漿類似。通過對(duì)34個(gè)生物標(biāo)志物的監(jiān)測(cè)表明SRM技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)重現(xiàn)性定量;這些數(shù)據(jù)為研究者對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)的分析提供了參考數(shù)據(jù)。Percy等[21]發(fā)展了一種對(duì)未處理血漿中的 142種高、中豐度(44~31 ng/mL)蛋白質(zhì)同時(shí)進(jìn)行選擇性反應(yīng)檢測(cè)的方法,這些蛋白質(zhì)與多種非傳染性疾病如心血管疾病和糖尿病等相關(guān)。Tang等[22]發(fā)展了一種候選血清生物標(biāo)志物的快速驗(yàn)證方法,使用聚丙烯酰胺凝膠電泳對(duì)血漿樣品進(jìn)行分級(jí),并對(duì)每個(gè)組分進(jìn)行液相色譜分離和SRM監(jiān)測(cè)。該方法無須使用穩(wěn)定同位素標(biāo)記多肽,定量檢測(cè)限可以達(dá)到200 pg/mL。他們[23]還使用異種移植的小鼠模型識(shí)別了人卵巢癌的血漿生物標(biāo)志物,并利用SRM方法對(duì)候選的生物標(biāo)志物進(jìn)行了定量。結(jié)果表明,氯離子胞內(nèi)通道1以及過氧化物還原酶6在卵巢癌病人血漿中的表達(dá)顯著上調(diào)。

    Thingholm 等[24]結(jié)合 iTRAQ 和 SRM 技術(shù)對(duì)Ⅱ型糖尿病及正常人肌細(xì)胞中的蛋白質(zhì)進(jìn)行了鑒定和定量,對(duì)其中差異表達(dá)的蛋白質(zhì)進(jìn)行了識(shí)別和驗(yàn)證,結(jié)果發(fā)現(xiàn)腺苷脫氨酶的豐度在糖尿病人肌細(xì)胞中顯著下調(diào)。IJsselstijn等[25]使用SRM 技術(shù)對(duì)阿爾茨海默病癥狀出現(xiàn)前及正常人血漿中的載脂蛋白質(zhì)含量進(jìn)行了定量比較,結(jié)果表明兩者之間無顯著性差異。說明該蛋白質(zhì)不是阿爾茨海默病早期診斷生物標(biāo)志物,與文獻(xiàn)[26]報(bào)道結(jié)果相反。Pannee等[27]使用SRM方法對(duì)人腦脊液中的β淀粉樣肽42以及β淀粉樣肽40和β淀粉樣肽38進(jìn)行了定量檢測(cè)。使用同位素標(biāo)記的肽段作為內(nèi)標(biāo),通過對(duì)正常人和病人樣品進(jìn)行分析評(píng)估該方法對(duì)疾病的診斷能力。結(jié)果表明對(duì)β淀粉樣肽42的定量限低至62.5 pg/mL,RSD小于10%。β淀粉樣肽42含量的降低與疾病相關(guān),這與酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)方法得到的結(jié)果相似;使用β淀粉樣肽42與β淀粉樣肽40的比值可以更好地對(duì)病人進(jìn)行區(qū)分,該方法有望應(yīng)用于臨床診斷。Elschenbroich等[28]結(jié)合鳥槍法,基于生物信息學(xué)的分類篩選以及SRM技術(shù)對(duì)惡性及良性上皮性卵巢腫瘤病人腹水中的蛋白質(zhì)進(jìn)行了鑒定,并對(duì)篩選出的部分差異蛋白質(zhì)進(jìn)行了選擇性反應(yīng)監(jiān)測(cè)定量。Addona等[29]將準(zhǔn)確包含質(zhì)量掃描(accurate inclusion mass screening,AIMS)與SRM相結(jié)合,發(fā)展了一種蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證的流程,并將其應(yīng)用于心血管疾病候選標(biāo)志物的尋找。

    2.2 其他應(yīng)用

    除了在疾病生物標(biāo)志物驗(yàn)證這一主要應(yīng)用領(lǐng)域,SRM技術(shù)也逐漸被應(yīng)用到磷酸化、糖基化、乙酰化等翻譯后修飾的研究。Eissler等[30]將無標(biāo)記的SRM質(zhì)譜技術(shù)應(yīng)用于磷酸酶和激酶的反應(yīng)動(dòng)力學(xué)研究,對(duì)酶活性進(jìn)行測(cè)量的動(dòng)態(tài)范圍達(dá)到4個(gè)數(shù)量級(jí),RSD小于4%。還可以對(duì)多種底物或者同一個(gè)蛋白質(zhì)上的不同位點(diǎn)進(jìn)行同時(shí)分析;與傳統(tǒng)方法相比,具有更高的通量。Zhao等[31]使用Endo F3酶對(duì)糖基化多肽進(jìn)行部分去糖基化,進(jìn)而對(duì)其進(jìn)行質(zhì)譜碎裂和鑒定,然后使用SRM技術(shù)對(duì)核心巖藻糖化的多肽進(jìn)行位點(diǎn)的特異性定量。Zhang等[32]利用SRM技術(shù)在阿爾茨海默病中定量特異的組蛋白乙?;?,并使用Western blot進(jìn)行了驗(yàn)證。

    此外,SRM技術(shù)也被應(yīng)用于生物工程方面的研究。Redding-Johanson等[33]利用 SRM 技術(shù)測(cè)量了工程化大腸桿菌中蛋白質(zhì)的表達(dá)水平,發(fā)現(xiàn)兩個(gè)甲羥戊酸途徑蛋白可能會(huì)影響倍半萜烯產(chǎn)量;通過對(duì)相關(guān)基因進(jìn)行優(yōu)化顯著提高了蛋白質(zhì)的表達(dá)水平,并且將倍半萜烯的產(chǎn)量提高了3倍。Pandhal等[34]結(jié)合基于概率的貝葉斯模型和SRM技術(shù),對(duì)工程化大腸桿菌中代謝網(wǎng)絡(luò)相關(guān)蛋白質(zhì)進(jìn)行定量分析,并通過增加異檸檬酸裂合酶的表達(dá)提高了乙醛酸循環(huán)的通量,將糖基化蛋白質(zhì)的產(chǎn)率提高了300%。

    最近,SRM技術(shù)也被應(yīng)用于對(duì)細(xì)胞信號(hào)通路的定量分析。Zhao等[35]以固有免疫應(yīng)答為信號(hào)通路模型,使用SRM技術(shù)對(duì)低豐度信號(hào)通路蛋白質(zhì)進(jìn)行定量,以干擾素調(diào)節(jié)因子3轉(zhuǎn)錄因子為例闡述了對(duì)高響應(yīng)肽段的鑒定,方法優(yōu)化以及評(píng)估過程如圖2所示。在此基礎(chǔ)上他們[36]使用定量10重穩(wěn)定同位素稀釋-SRM方法研究了細(xì)胞內(nèi)雙鏈RNA刺激引起的固有免疫應(yīng)答的激活模式,觀察到NF-kappa B和IRF3信號(hào)通路的迅速激活,其中IRF3的激活屬于瞬態(tài)響應(yīng),而NF-kappa B的激活屬于延遲的二級(jí)放大效應(yīng),該結(jié)果有助于進(jìn)一步深入揭示固有免疫應(yīng)答的機(jī)理。

    3 結(jié)論與展望

    圖2 SR M技術(shù)的實(shí)驗(yàn)流程[35]Fig.2 Experimental workflow of SR M technology[35]

    由于SRM技術(shù)具有較高的準(zhǔn)確度和靈敏度,因此在低豐度肽段和蛋白質(zhì)的鑒定和定量方面受到了越來越多的關(guān)注。然而目前該技術(shù)在分析通量和動(dòng)態(tài)范圍等方面仍有待進(jìn)一步提高。例如,SRM技術(shù)尚不能對(duì)具有寬動(dòng)態(tài)范圍的血樣品中的蛋白質(zhì)進(jìn)行大規(guī)模定量。解決這一問題有賴于發(fā)展更先進(jìn)的樣品預(yù)處理方法,降低樣品的復(fù)雜程度。同時(shí),SRM技術(shù)在靈敏度及特異性方面的改進(jìn)也將有利于實(shí)現(xiàn)復(fù)雜樣品中超低含量蛋白質(zhì)的定量分析。此外,iSRM技術(shù)的發(fā)展和完善必將有助于進(jìn)一步提高SRM技術(shù)的分析通量。該技術(shù)有望在生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證、疾病臨床診斷、個(gè)性化用藥指導(dǎo)等領(lǐng)域發(fā)揮重要作用。

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