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    MS2噬菌體衣殼蛋白與包裝位點(diǎn)結(jié)合特異性及其生物學(xué)應(yīng)用進(jìn)展

    2014-04-09 07:03:48孫士鵬劉貴建
    生物技術(shù)通訊 2014年2期
    關(guān)鍵詞:衣殼噬菌體外源

    孫士鵬,劉貴建

    中國中醫(yī)科學(xué)院 廣安門醫(yī)院檢驗(yàn)科,北京 100053

    噬菌體是感染細(xì)菌、真菌、放線菌或螺旋體等微生物的病毒的總稱,因部分能引起宿主菌的裂解,故稱為噬菌體。MS2噬菌體為正義單鏈RNA噬菌體,屬于輕小噬菌體科、輕小噬菌體目、輕小噬菌體屬,由外裹蛋白衣殼的核酸組成,是性菌毛RNA大腸桿菌噬菌體的4個血清型中第1血清群的典型代表。MS2噬菌體基因組含有3569個核苷酸,同時作為mRNA編碼4種蛋白質(zhì)分子,即成熟酶蛋白(也稱A蛋白)、衣殼蛋白、復(fù)制酶蛋白和裂解蛋白[1-2]。MS2噬菌體能夠通過吸附性菌毛(F-pili)感染雄性大腸桿菌,感染后每個細(xì)胞能產(chǎn)生103~104個噬菌體[2]。電子顯微鏡下MS2噬菌體直徑約27 nm[3],衣殼蛋白是噬菌體外殼的主要蛋白,由180個化學(xué)結(jié)構(gòu)一致的亞基組成,每個亞基含有129個氨基酸殘基,形成二十面體對稱結(jié)構(gòu)[4]。A蛋白的功能是使噬菌體識別宿主并使其RNA基因組進(jìn)入宿主菌,每個噬菌體一般只存在1分子的A蛋白。噬菌體對宿主寄生具有高度特異性,只能侵染一種細(xì)菌中的某一菌株。MS2噬菌體的宿主是大腸桿菌,在人和動物的排泄物或污染的井水、河水中廣泛存在,因其物理結(jié)構(gòu)、組成和形態(tài)學(xué)、環(huán)境生存力與人腸道病毒極其相似,且易于培養(yǎng),可作為人腸道病毒的替代病毒,用于水和污水的研究等[5-8]。

    1 MS2噬菌體衣殼蛋白與包裝位點(diǎn)結(jié)合特異性的生物學(xué)應(yīng)用

    MS2噬菌體復(fù)制酶編碼基因5'端存在一個由19個堿基組成的莖環(huán)結(jié)構(gòu)(包裝位點(diǎn),ACAUGAGGA UUACCCAUGU),是衣殼蛋白二聚體與RNA相互作用的部位,這種相互作用形成的復(fù)合物是噬菌體自我包裝的信號,在復(fù)合物的基礎(chǔ)上,成熟酶蛋白與其他包膜蛋白分子結(jié)合,并在自由能的驅(qū)動下形成相應(yīng)的空間構(gòu)像,完成MS2噬菌體的組裝[2]。包裝位點(diǎn)同時還是一個翻譯調(diào)節(jié)元件,當(dāng)衣殼蛋白表達(dá)量超過組裝需求量后,衣殼蛋白二聚體與包裝位點(diǎn)的結(jié)合能阻止核糖體結(jié)合到復(fù)制酶的起始位點(diǎn)上,從而抑制復(fù)制酶的翻譯,完成其對翻譯的調(diào)節(jié)[9-10]。

    1.1 用于RNA病毒核酸檢測的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)、校準(zhǔn)品和質(zhì)控品

    利用衣殼蛋白二聚體與包裝位點(diǎn)結(jié)合的特異性,通過基因克隆技術(shù),把包裝位點(diǎn)編碼RNA融合至外源RNA序列上,即可將外源RNA包裝到衣殼蛋白內(nèi)組裝成MS2噬菌體樣顆粒(或稱病毒樣顆粒,VLP)。Peabody[11]等構(gòu)建了一個雙質(zhì)粒表達(dá)系統(tǒng),其中一個表達(dá)質(zhì)粒用來表達(dá)MS2衣殼蛋白,另一個表達(dá)質(zhì)粒中克隆了MS2 RNA包裝位點(diǎn)的cDNA序列和lacZ基因,lacZ基因在包裝位點(diǎn)的cDNA序列的下游。由于這2個表達(dá)質(zhì)粒含不同的復(fù)制起點(diǎn)和抗生素抗性基因,因此可共存于同一個宿主菌中。然后,把這2個重組表達(dá)質(zhì)粒同時轉(zhuǎn)化大腸桿菌,經(jīng)過夜培養(yǎng)和誘導(dǎo)表達(dá)后,形成了大量包裝外源RNA的MS2 VLP。在此基礎(chǔ)上,其他研究人員發(fā)展了帶盔甲的RNA(armored RNA)技術(shù),顧名思義,MS2衣殼蛋白像盔甲一樣能夠有效保護(hù)RNA不被RNA酶降解,具有耐RNA酶、類似病毒顆粒和無生物傳染危險性的特性,被廣泛用于RNA病毒核酸檢測的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)、校準(zhǔn)品和質(zhì)控品[12-15]。Rowsell等將MS2野生型19堿基莖環(huán)結(jié)構(gòu)的-5位尿嘧啶替換為胞嘧啶(命名為C-variant),使C-variant適配體與衣殼蛋白的親和力與野生型相比提高了10~50倍[16]。衛(wèi)生部臨床檢驗(yàn)中心的李金明研究員等通過對C-variant的數(shù)量和位置改變,使得MS2 VLP能夠包裝2000 nt以上的外源RNA。研究者采用雙質(zhì)粒共表達(dá)系統(tǒng)在大腸桿菌內(nèi)表達(dá)了含6個基因片段[SARS-CoV1、SARS-CoV2、SARS-CoV3、禽流感基質(zhì)蛋白基因(M300)和H5N1型禽流感(HA300)基因片段]共2248 nt的VLP[17]。采用單質(zhì)粒雙表達(dá)系統(tǒng)在大腸桿菌內(nèi)能夠?qū)㈤L度達(dá)到3024 nt的外源病毒RNA成功包裝到MS2 VLP內(nèi)[14],此長度的外源RNA已很接近野生型MS2基因組RNA(3569 nt)。雖然目前不能確定3569 nt是否是MS2 VLP包裝外源RNA的長度極限,但筆者研究發(fā)現(xiàn),隨著包裝外源RNA長度的增加,相應(yīng)的包裝效率會下降。

    1.2 用于實(shí)時動態(tài)監(jiān)測活細(xì)胞內(nèi)RNA的運(yùn)動

    衣殼蛋白和包裝位點(diǎn)特異性結(jié)合的特性還被廣泛用于實(shí)時動態(tài)監(jiān)測活細(xì)胞內(nèi)RNA的運(yùn)動,如小鼠白血病病毒的RNA轉(zhuǎn)運(yùn)和HIV-1 RNA動態(tài)轉(zhuǎn)錄、包裝過程等[18-23]。RNA實(shí)時動態(tài)監(jiān)測系統(tǒng)是使用基因克隆技術(shù),將MS2噬菌體衣殼蛋白與綠色熒光蛋白(GFP)融合表達(dá),被監(jiān)測的RNA分子上融合有多個串聯(lián)重復(fù)的MS2噬菌體衣殼蛋白的結(jié)合位點(diǎn)(包裝位點(diǎn)序列),當(dāng)MS2-GFP融合蛋白與靶RNA共表達(dá)時,大量帶有GFP標(biāo)簽的衣殼蛋白會與每個RNA分子上的包裝位點(diǎn)序列結(jié)合,在顯微鏡下形成明亮的熒光顆粒,進(jìn)而能夠指示RNA的運(yùn)動。

    1.3 用于細(xì)胞內(nèi)mRNA相關(guān)microRNA的鑒定

    microRNA(miRNA)是一類長約19~24 nt的非編碼單鏈小RNA分子,人類miRNA在RNA聚合酶Ⅱ或Ⅲ的作用下轉(zhuǎn)錄成初級miRNA(pri-miRNA),在細(xì)胞核內(nèi)被切割成約70 nt的miRNA前體(premiRNA),隨后pre-miRNA通過RanGTP/Exportin 5的轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制被運(yùn)送至細(xì)胞質(zhì),進(jìn)一步被切割加工為成熟的miRNA。在動物中,miRNA可通過與靶基因3′UTR區(qū)互補(bǔ)結(jié)合,抑制靶基因翻譯成蛋白質(zhì),進(jìn)而在細(xì)胞、組織或個體水平上影響生物體的生長發(fā)育,并參與免疫反應(yīng)[24]和多種疾病過程[25-26]。長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一群長度為200~100 000 nt的RNA分子,具有mRNA樣結(jié)構(gòu),起初被認(rèn)為是基因組轉(zhuǎn)錄的“噪音”,是RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄的副產(chǎn)物,不具有生物學(xué)功能。然而,近年發(fā)現(xiàn)lncRNA參與X染色體沉默、基因組印記及染色質(zhì)修飾、轉(zhuǎn)錄激活、轉(zhuǎn)錄干擾、核內(nèi)運(yùn)輸?shù)榷喾N重要的調(diào)控過程[27-30]。目前對lncRNA功能的研究才剛剛開始。Yoon等利用MS2衣殼蛋白和包裝位點(diǎn)結(jié)合的特異性,以lincRNA-p21為例,創(chuàng)造了一種被稱為MS2-TRAP(MS2-標(biāo)簽RNA親和純化)的鑒定細(xì)胞內(nèi)與RNA結(jié)合的miRNA方法[31],鑒定了多種與lincRNA-p21結(jié)合的miRNA。他們構(gòu)建了幾種質(zhì)粒,包括表達(dá)含24個包裝位點(diǎn)的pMS2質(zhì)粒、融合表達(dá)谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶(GST)和MS2 RNA結(jié)合蛋白及核定位信號(NLS)的pMS2-GST質(zhì)粒、表達(dá)含24個包裝位點(diǎn)作為標(biāo)簽的目的RNA的質(zhì)粒pMS2-lin?cRNA-p21。pMS2和pMS2-GST共轉(zhuǎn)染小鼠胚胎成纖維細(xì)胞作為陰性對照,pMS2-lincRNA-p21和pMS2-GST共轉(zhuǎn)染小鼠胚胎成纖維細(xì)胞作為實(shí)驗(yàn)組。轉(zhuǎn)染后,在細(xì)胞內(nèi)形成RNP復(fù)合物MS2 RNA/MS2-GST和lincRNA-p21-MS2 RNA/MS2-GST。裂解細(xì)胞后用含有還原型谷胱甘肽的瓊脂糖珠子純化2種復(fù)合物,提取其中的RNA,用反轉(zhuǎn)錄實(shí)時熒光定量PCR擴(kuò)增鑒定相關(guān)miRNA。

    1.4 用于RNA遞送載體的研究

    RNA可分為編碼RNA和非編碼RNA。編碼RNA即mRNA,是能夠編碼蛋白質(zhì)的RNA;非編碼RNA是不編碼蛋白質(zhì)的RNA,包括rRNA、tRNA、sn?RNA、snoRNA、lncRNA和miRNA等。MS2噬菌體為正義單鏈RNA噬菌體,因其衣殼蛋白二聚體能夠識別并包裝含有包裝位點(diǎn)的外源性RNA,進(jìn)而形成MS2 VLP,因而可用于包裝編碼RNA,如抗原編碼mRNA、調(diào)節(jié)因子編碼mRNA、具特定生物活性蛋白編碼mRNA,還能包裝非編碼RNA,如反義RNA和miRNA等,可作為RNA疫苗和RNA遞送載體[32-34]。

    MS2是正義單鏈RNA噬菌體,宿主細(xì)胞是大腸桿菌。天然MS2的基因組RNA為原核RNA。Leg?endre等在釀酒酵母細(xì)胞YPH499內(nèi)表達(dá)了帶有MS2包裝位點(diǎn)的外源mRNA的MS2 VLP,并證實(shí)這些mRNA可在哺乳動物細(xì)胞內(nèi)行使功能[10]。筆者利用單質(zhì)粒表達(dá)系統(tǒng),在釀酒酵母YPH499細(xì)胞內(nèi)用MS2衣殼蛋白包裝了HIV-1 gag mRNA,形成了MS2 VLP,此VLP具有很好的耐DNase和RNase的特性[33]。提取RNA轉(zhuǎn)染哺乳動物細(xì)胞(293T細(xì)胞、CHO細(xì)胞)后可檢測到目的蛋白的表達(dá)。我們還進(jìn)一步證實(shí)了純化的pMS-GAG VLP免疫BALB/c(H-2d)小鼠后可以誘導(dǎo)抗原特異性體液免疫應(yīng)答[33]。以上研究說明,不僅原核表達(dá)的MS2 VLP能包裝外源性原核RNA,通過真核表達(dá)系統(tǒng)獲得的MS2 VLP還可用于真核mRNA的遞送。

    反義RNA是與特異靶RNA(主要是mRNA)互補(bǔ)的RNA分子,可通過配對堿基間氫鍵作用與靶RNA的特定互補(bǔ)區(qū)域結(jié)合形成雙鏈復(fù)合物,抑制靶RNA的功能,從而調(diào)控基因的正常表達(dá)[35-36]。反義RNA不編碼蛋白質(zhì),因而其結(jié)構(gòu)與真核mRNA不同,僅需要其序列與靶RNA序列互補(bǔ)即可,因此無論原核還是真核表達(dá)系統(tǒng)獲得的包裝有MS2噬菌體樣顆粒均可用于抑制相應(yīng)靶mRNA的表達(dá)。魏葆珺等采用雙質(zhì)粒表達(dá)系統(tǒng),其中用pET28(b)載體表達(dá)MS2成熟酶蛋白和衣殼蛋白,通過RT-PCR獲得人HCV 1~389 bp cDNA序列,反向插入pACYCDuet-1表達(dá)載體,轉(zhuǎn)錄后可產(chǎn)生針對HCV 5'UTR和IRES區(qū)的反義RNA。2種重組質(zhì)粒共同轉(zhuǎn)入感受態(tài)大腸桿菌BL21(DE3)后用IPTG誘導(dǎo)表達(dá),形成了內(nèi)含反義RNA的MS2 VLP。源于HIV-1的Tat轉(zhuǎn)導(dǎo)肽具有多種靶細(xì)胞,可直接與細(xì)胞膜相互作用將外源性分子轉(zhuǎn)入細(xì)胞內(nèi)。Tat轉(zhuǎn)導(dǎo)肽發(fā)揮轉(zhuǎn)運(yùn)作用的最短有效序列為47YGRKKRRQRRR57。將內(nèi)含反義RNA的MS2 VLP與HIV-1 Tat47-57轉(zhuǎn)導(dǎo)肽通過化學(xué)交聯(lián)劑Sulfo-SMPB交聯(lián),在Tat47-57轉(zhuǎn)導(dǎo)肽的作用下將VLP轉(zhuǎn)入含HCV-螢火蟲螢光素酶報告基因的Huh-7細(xì)胞發(fā)揮功能,展示出其用于病毒感染治療的潛力[32]。

    新近研究發(fā)現(xiàn),通過原核表達(dá)系統(tǒng)獲得的裝載有功能性pre-miR-146a序列的MS2噬菌體樣顆粒與Tat轉(zhuǎn)導(dǎo)肽交聯(lián)后可將其作為miRNA的新型遞送載體,能夠被HeLa、HepG2、Huh-7及外周血單核細(xì)胞攝取,pre-miR-146a能在細(xì)胞內(nèi)被加工為成熟的miR-146a,使細(xì)胞內(nèi)miR-146a濃度增加5倍以上,進(jìn)而有效抑制下游靶基因的表達(dá)[34]。小鼠尾靜脈注射100 μg與Tat交聯(lián)的MS2 VLP后,可在小鼠外周血淋巴細(xì)胞、脾、肺、腎中檢測到高表達(dá)的miR-146a,致使自身抗體和總IgG水平下調(diào)[37]。以上研究證實(shí)了MS2 VLP還能夠作為miRNA體內(nèi)遞送載體,有效地將miRNA遞送至靶細(xì)胞并發(fā)揮功能。

    2 結(jié)語

    綜上所述,MS2噬菌體衣殼蛋白與包裝位點(diǎn)結(jié)合特異性強(qiáng),MS2噬菌體樣顆粒能夠有效保護(hù)包裝RNA不被RNA酶降解,被廣泛應(yīng)用于RNA病毒核酸檢測的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)、校準(zhǔn)品和質(zhì)控品的研究。二者間結(jié)合的特異型可作為細(xì)胞分子生物學(xué)研究的工具,如對活細(xì)胞內(nèi)功能性RNA實(shí)時動態(tài)監(jiān)測和細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄RNA相關(guān)miRNA的鑒定。通過真核細(xì)胞表達(dá)系統(tǒng)化獲得包裝外源功能性蛋白質(zhì)編碼mRNA,如抗原編碼mRNA、調(diào)節(jié)因子編碼mRNA、具特定生物活性蛋白編碼mRNA,在疫苗和基因轉(zhuǎn)運(yùn)等研究方面亦具有重要的應(yīng)用價值。此外,如通過分子克隆技術(shù)對MS2衣殼蛋白進(jìn)行改造,將諸如精氨酸-甘氨酸-天冬氨酸(RGD)序列(整合素αⅤβ3特異識別的配體結(jié)構(gòu))的腫瘤細(xì)胞靶向序列展示在MS2 VLP衣殼表面,獲得包裝有抑癌miRNA和/或抑癌lin?cRNA的MS2 VLP,不僅會實(shí)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞的靶向性,還能通過多個靶點(diǎn)抑制腫瘤細(xì)胞生長或殺死腫瘤細(xì)胞,有可能給腫瘤的基因治療帶來新的突破,并為miRNA藥物治療相關(guān)載體的構(gòu)建、病毒感染、遺傳病等的治療研究帶來新的思路。

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