在現(xiàn)代醫(yī)學(xué)中,器官移植是拯救終末期器官衰竭患者生命的唯一希望。然而,全球范圍內(nèi)巨大的器官捐獻(xiàn)缺口,如同一道難以逾越的鴻溝,讓無數(shù)患者在漫長的等待中耗盡生命。為了打破這一困境,生物制造技術(shù),特別是3D生物打印,被寄予厚望,它描繪了一幅“按需定制”人體器官的未來藍(lán)圖。但理想豐滿,現(xiàn)實(shí)骨感。制造一個(gè)有血有肉、功能完備的器官,遠(yuǎn)比想象中復(fù)雜,其中最大的瓶頸之一,便是如何構(gòu)建一個(gè)精密的、能為數(shù)萬億細(xì)胞輸送養(yǎng)分的血管網(wǎng)絡(luò)。
《科學(xué)》上的研究為這一世界性難題帶來了革命性的解決方案。研究人員開發(fā)了一個(gè)由模型驅(qū)動的強(qiáng)大設(shè)計(jì)平臺,它能以前所未有的速度和精度,為任意復(fù)雜形狀的組織“繪制”出仿生、高效的血管網(wǎng)絡(luò),并成功通過3D打印技術(shù)驗(yàn)證了其維持細(xì)胞存活的能力。這不僅是一項(xiàng)技術(shù)上的飛躍,更可能是開啟規(guī)模化器官制造時(shí)代的一把關(guān)鍵鑰匙。
人體內(nèi),絕大多數(shù)細(xì)胞都生活在距離最近的毛細(xì)血管不到100微米的地方。在那些新陳代謝旺盛的組織,比如心臟和大腦,這個(gè)距離甚至要縮短到20微米以內(nèi)。這背后,是一套層級分明、如同大樹般盤根錯節(jié)的血管系統(tǒng),它以最高效的方式,將氧氣和營養(yǎng)物質(zhì)輸送到每一個(gè)角落,同時(shí)帶走代謝廢物。因此,任何一個(gè)想要在體外存活并發(fā)揮功能的“人造器官”,都必須復(fù)刻這種樹狀的血管組織。
在過去,生物打印領(lǐng)域的嘗試大多采用簡單的幾何結(jié)構(gòu),如格子狀或直線排列的管道,來模擬血管。這些“網(wǎng)格”設(shè)計(jì)雖然簡單易行,但在模擬真實(shí)生物功能時(shí)卻顯得力不從心。為了直觀地展示其間的優(yōu)劣,研究人員進(jìn)行了一場精彩的“灌注效率對決”。他們利用計(jì)算流體動力學(xué)模型,在一個(gè)立方體和一個(gè)人體心臟雙心室模型中,分別生成了傳統(tǒng)的網(wǎng)格狀血管和他們新開發(fā)的合成樹狀血管網(wǎng)絡(luò),并對兩者在總血管體積固定的前提下進(jìn)行了全方位性能比較。
首先是水力阻力的較量。阻力越大,意味著需要更大的壓力才能驅(qū)動等量的液體(血液或培養(yǎng)液)流動,這直接關(guān)系到能量消耗和對組織的機(jī)械損傷。仿真結(jié)果顯示,無論是簡單的立方體還是復(fù)雜的雙心室模型,網(wǎng)格狀血管網(wǎng)絡(luò)的整體水力阻力顯著高于樹狀網(wǎng)絡(luò)。這意味著,在同等流量下,驅(qū)動液體流過網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò)需要付出更高的“代價(jià)”。
接下來是更關(guān)鍵的流量分配均勻性。一個(gè)理想的血管網(wǎng)絡(luò),應(yīng)該像一個(gè)公平的分配系統(tǒng),確保每個(gè)末端分支都能獲得充足的流量。然而,仿真數(shù)據(jù)揭示了驚人的差異。在網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò)中,流量的分配極不均勻,其最低四分位數(shù)的血管流量,通常比樹狀網(wǎng)絡(luò)中表現(xiàn)最差的血管還要低上兩到三個(gè)數(shù)量級!這意味著網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò)中存在大量流量極低的“死胡同”,這些區(qū)域的細(xì)胞將面臨嚴(yán)重的“饑餓”狀態(tài)。
流量分配的不均,直接導(dǎo)致了細(xì)胞養(yǎng)分供給的巨大差異。研究人員模擬了營養(yǎng)物質(zhì)在血管內(nèi)外的輸運(yùn)和消耗過程。他們發(fā)現(xiàn),由于網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò)中存在大量低流速區(qū)域,營養(yǎng)物質(zhì)在其中停留時(shí)間過長,導(dǎo)致血管內(nèi)濃度大幅下降。當(dāng)這些營養(yǎng)物質(zhì)滲透到周圍組織時(shí),能夠供給細(xì)胞的量就更少了。在可視化結(jié)果中,網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò)支撐的組織塊呈現(xiàn)出大片顏色暗淡的“營養(yǎng)耗竭區(qū)”,而樹狀網(wǎng)絡(luò)則能維持組織內(nèi)相對均勻、明亮的“營養(yǎng)充足區(qū)”。特別是在雙心室這種具有薄壁(如室間隔)和不規(guī)則曲面的復(fù)雜幾何體中,網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò)的性能缺陷被進(jìn)一步放大,其低效的灌注表現(xiàn)暴露無遺,而樹狀網(wǎng)絡(luò)則依然能高效地覆蓋整個(gè)組織。
這場對決的結(jié)果不言而喻:仿生的樹狀結(jié)構(gòu)在模擬生命系統(tǒng)的物質(zhì)運(yùn)輸功能上,完勝了僵硬的幾何網(wǎng)格。它不僅能量耗更低,更重要的是,它能實(shí)現(xiàn)更均勻、更高效的灌注,為組織內(nèi)細(xì)胞的生存提供了堅(jiān)實(shí)保障。這證明,要想制造出真正“活”的器官,我們必須師法自然,構(gòu)建出如“生命之樹”般精巧的血管網(wǎng)絡(luò)。然而,要為動輒數(shù)千億細(xì)胞的器官設(shè)計(jì)出包含數(shù)百萬分支的血管樹,其計(jì)算量之大曾是不可逾越的障礙。這正是該研究團(tuán)隊(duì)下一步要解決的核心問題。
設(shè)計(jì)一個(gè)能完美貼合器官形狀并保證處處通暢的復(fù)雜血管樹,傳統(tǒng)算法,如約束性構(gòu)造優(yōu)化,雖然原理上可行,但計(jì)算過程極其緩慢。在過去,生成一個(gè)包含數(shù)百個(gè)血管分支的模型,往往需要耗費(fèi)數(shù)小時(shí)甚至數(shù)天的時(shí)間,這使得為整個(gè)器官規(guī)模的組織進(jìn)行血管設(shè)計(jì)成為一種奢望。為了讓夢想照進(jìn)現(xiàn)實(shí),研究人員巧妙地開發(fā)了一系列算法加速技術(shù),將血管網(wǎng)絡(luò)的生成時(shí)間縮短了驚人的230倍。
在血管樹的生成過程中,算法需要不斷地添加新的分支,并優(yōu)化其位置和角度,以最小化整體的能量耗散。每一次優(yōu)化,理論上都需要從樹的根部(Inlet)到所有末梢重新計(jì)算一次水力阻力,這個(gè)過程的數(shù)據(jù)遍歷是主要的計(jì)算瓶頸。對于一個(gè)有N個(gè)血管的樹,傳統(tǒng)方法的計(jì)算復(fù)雜度高達(dá)O(N2),即計(jì)算量隨血管數(shù)量的平方增長。
研究人員引入了一種名為“部分綁定”的巧妙閉包技術(shù)。它的核心思想是:當(dāng)優(yōu)化樹的某個(gè)新分支時(shí),樹上那些未受影響的“舊”分支的水力學(xué)特性是不變的。因此,算法可以將這些不變部分的計(jì)算結(jié)果緩存起來,在后續(xù)計(jì)算中直接調(diào)用,而無須重復(fù)遍歷。這種“智能緩存”機(jī)制,避免了大量的冗余計(jì)算。其效果立竿見影:算法的計(jì)算復(fù)雜度從O(N2)驟降至最壞情況下的O[log(N)]。這意味著,即使血管數(shù)量增加成千上萬倍,計(jì)算時(shí)間的增長也極為緩慢。在一個(gè)包含8000個(gè)末端分支的平衡樹中,這種新方法與傳統(tǒng)的暴力有限差分法相比,其計(jì)算結(jié)果的中位對齊精度在所有分叉深度上都超過了60%,在深層分叉處更是高達(dá)95%以上,實(shí)現(xiàn)了速度與精度的完美平衡。
真實(shí)的器官組織往往形狀不規(guī)則,甚至包含空腔(如心室)和薄壁(如隔膜),這種非凸幾何體對血管生成算法構(gòu)成了巨大挑戰(zhàn)。傳統(tǒng)方法需要先將器官的三維模型網(wǎng)格化(Mesh),然后通過判斷點(diǎn)是否在網(wǎng)格內(nèi)來約束血管的生長。這個(gè)過程不僅耗時(shí),而且對于復(fù)雜的幾何體,網(wǎng)格的質(zhì)量直接影響計(jì)算的穩(wěn)定性和準(zhǔn)確性。
研究人員擴(kuò)展了最新的表面重建技術(shù),提出了一種“部分隱式體積”方法。它不再需要一個(gè)完整的、全局性的網(wǎng)格,而是將復(fù)雜的器官表面分解成一系列局部的小塊,并為每個(gè)小塊定義一個(gè)隱式函數(shù)。在血管生成時(shí),算法只需查詢一個(gè)點(diǎn)是否在這些局部的隱式函數(shù)定義的體積內(nèi),就能快速判斷其是否越界。這種方法巧妙地繞開了全局網(wǎng)格化帶來的O(D3N3)高昂開銷和潛在的病態(tài)條件問題。其查詢速度遠(yuǎn)快于基于網(wǎng)格的方法,特別是在處理擁有大量數(shù)據(jù)點(diǎn)的復(fù)雜模型時(shí),優(yōu)勢極為明顯。借助這項(xiàng)技術(shù),研究人員成功地在超過200個(gè)解剖學(xué)大腦區(qū)域和10種工程幾何體(如環(huán)形、心形等)中快速生成了血管網(wǎng)絡(luò)。一個(gè)驚人的例子是:在一個(gè)大腦皮層回的復(fù)雜幾何體內(nèi)生成一個(gè)包含8000個(gè)末端出口的血管樹,使用該技術(shù)中位時(shí)間僅需15分鐘,而文獻(xiàn)報(bào)道的先前方法則需要59.96小時(shí)。這種效率的提升是革命性的。
他們發(fā)現(xiàn),由于網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò)中存在大量低流速區(qū)域,營養(yǎng)物質(zhì)在其中停留時(shí)間過長,導(dǎo)致血管內(nèi)濃度大幅下降。
在血管樹“生長”的過程中,必須確保新生成的血管分支不會與已經(jīng)存在的其他分支或組織邊界發(fā)生“碰撞”。逐一進(jìn)行精確的碰撞檢測,計(jì)算成本極高。為此,研究人員設(shè)計(jì)了一套兩步走的“分級過濾”策略。第一步,進(jìn)行快速而粗略的篩選。算法使用一種廉價(jià)的、非定向的球形包圍體來大致框定每個(gè)血管段,并利用高效的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)快速檢測是否存在潛在的碰撞風(fēng)險(xiǎn)。這一步能過濾掉絕大多數(shù)“安全”情況。第二步,僅對那些通過了第一步篩選、存在潛在碰撞風(fēng)險(xiǎn)的“嫌疑對象”,才啟動精確但計(jì)算昂貴的定向包圍盒檢測。這種“先粗后精”的策略,如同一個(gè)高效的安檢系統(tǒng),極大地減少了需要進(jìn)行“精密檢查”的次數(shù)。數(shù)據(jù)顯示,即使血管樹的復(fù)雜性不斷增加,絕大多數(shù)潛在的碰撞都能通過最少的OBB檢測來解決,從而保證了整個(gè)血管生成過程的高效與流暢。
一個(gè)功能性的灌注系統(tǒng)不僅需要動脈將富含營養(yǎng)的血液送達(dá)組織,還需要靜脈將代謝廢物帶走。研究人員通過多目標(biāo)優(yōu)化方法,巧妙地使用三次貝塞爾曲線將動脈樹的末梢和靜脈樹的末梢連接起來,形成一個(gè)完整的閉環(huán)網(wǎng)絡(luò)。這種連接方式能夠在血管彎曲度、避免碰撞、貼合邊界和維持血量之間取得平衡,即使在環(huán)形或雙心室這樣的非凸幾何體中也能輕松實(shí)現(xiàn)。
通過這四大算法加速器的協(xié)同作用,研究人員將一個(gè)原本遙不可及的計(jì)算任務(wù),變成了一個(gè)在普通計(jì)算機(jī)上數(shù)分鐘到數(shù)小時(shí)內(nèi)即可完成的常規(guī)操作。這為設(shè)計(jì)器官級別的、包含數(shù)百萬血管的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)鋪平了道路,是實(shí)現(xiàn)生物制造從“實(shí)驗(yàn)室概念”走向“工業(yè)化生產(chǎn)”的關(guān)鍵一步。
一個(gè)優(yōu)秀的血管網(wǎng)絡(luò)設(shè)計(jì),不僅要“畫得快”“畫得好”,更要能被真實(shí)地制造出來,并在物理世界中發(fā)揮預(yù)期的功能。為此,研究人員構(gòu)建了一套從數(shù)字模型到物理實(shí)體的完整工作流,實(shí)現(xiàn)了“所見即所得”的精準(zhǔn)驗(yàn)證。
研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)的平臺不僅僅是一個(gè)幾何圖形生成器,它還能自動將離散的血管樹數(shù)據(jù),轉(zhuǎn)化為可用于高級流體仿真的水密三維模型。這一過程整合了開源軟件SimVascular的強(qiáng)大功能,實(shí)現(xiàn)了從分割、網(wǎng)格生成、邊界條件設(shè)定到有限元模擬的全流程自動化。
更巧妙的是,他們引入了多保真度模擬的概念。對于龐大而復(fù)雜的血管網(wǎng)絡(luò),進(jìn)行全尺寸的三維CFD模擬既耗時(shí)又沒必要,因?yàn)槠渲薪^大多數(shù)微小血管的血流處于低雷諾數(shù)狀態(tài),其行為可以用更簡單的模型精確描述。因此,平臺可以自動提取血管的中心線和截面信息,構(gòu)建出一維(1D)和零維(0D)的降階模型。通過這種多保真度策略,研究人員可以根據(jù)不同的分析需求,靈活選擇最合適的仿真工具,對設(shè)計(jì)的血管網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行全方位的“性能預(yù)演”。這個(gè)“數(shù)字孿生”系統(tǒng),成為連接設(shè)計(jì)藍(lán)圖與物理現(xiàn)實(shí)的橋梁。
為了展示其平臺的強(qiáng)大擴(kuò)展性,研究人員進(jìn)行了一項(xiàng)令人震撼的大規(guī)模生成與打印演示。他們在復(fù)雜的雙心室和環(huán)形幾何體內(nèi),生成了分別包含104、105乃至106(一百萬)個(gè)末端血管的超大規(guī)模網(wǎng)絡(luò)。其中,百萬級血管樹的生成耗時(shí)約5小時(shí),其內(nèi)部血管的直徑范圍從最大的1.2毫米一直延伸到最末梢的5微米。這一尺度范圍與新生兒冠狀動脈的形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)高度吻合,充分證明了該平臺設(shè)計(jì)器官級血管網(wǎng)絡(luò)的能力。更重要的是,通過計(jì)算,這些網(wǎng)絡(luò)能確保組織內(nèi)任意一點(diǎn)到最近血管的平均距離維持在180~190微米左右,這已經(jīng)非常接近維持細(xì)胞存活的生理極限。
打印出來只是第一步,血管網(wǎng)絡(luò)必須是水密的(不漏水)并且可灌注的(通暢的)。研究人員采用一種名為FRESH的先進(jìn)打印技術(shù),在一個(gè)平面上打印了一個(gè)包含4個(gè)血管分支的網(wǎng)絡(luò)。通過光學(xué)相干斷層掃描技術(shù),他們發(fā)現(xiàn)打印出的物理模型與原始數(shù)字設(shè)計(jì)之間的偏差極小,平均約為100微米。通過染料灌注,證明了血管的完整性和密封性。最后,利用粒子圖像測速技術(shù)直接測量了血管內(nèi)流速,實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,3個(gè)主要分支的實(shí)際流量比率與CFD模擬的預(yù)測結(jié)果驚人地一致,有力地證明了其“數(shù)字孿生”模型的準(zhǔn)確性和預(yù)測能力。
從快速生成百萬血管的宏偉藍(lán)圖,到毫米級結(jié)構(gòu)上流體流動的精確測量,這一系列環(huán)環(huán)相扣的演示與驗(yàn)證,充分展示了該模型驅(qū)動平臺從設(shè)計(jì)、模擬、制造到驗(yàn)證的全鏈條能力,為最終的生物學(xué)應(yīng)用奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
所有前面的技術(shù)鋪墊,最終都指向一個(gè)終極目標(biāo):這個(gè)精心設(shè)計(jì)和打印的血管網(wǎng)絡(luò),能否在真實(shí)的生物環(huán)境中,維持高密度細(xì)胞的存活?這才是衡量其價(jià)值的“金標(biāo)準(zhǔn)”。為此,研究人員設(shè)計(jì)并執(zhí)行了一項(xiàng)巧妙而嚴(yán)謹(jǐn)?shù)募?xì)胞存活實(shí)驗(yàn)。
研究人員選擇了一個(gè)環(huán)形組織模型,利用“嵌套嵌入式3D生物打印”技術(shù)分兩步進(jìn)行制造:首先打印混合了高密度人胚胎腎細(xì)胞的生物墨水環(huán);隨后,在環(huán)內(nèi)部精確打印入一個(gè)由25個(gè)血管段組成的灌注網(wǎng)絡(luò)。打印完成后進(jìn)行固化和通道疏通,并分為3組進(jìn)行為期7天的培養(yǎng):灌注組(通過血管網(wǎng)絡(luò)提供營養(yǎng))、培養(yǎng)基對照組(無血管,直接浸泡在營養(yǎng)液中)、PBS對照組(無血管,浸泡在無營養(yǎng)的緩沖液中)。
7天后,細(xì)胞活性染色結(jié)果令人振奮。在顯微鏡下,灌注組的核心區(qū)域呈現(xiàn)出大片代表活細(xì)胞的綠色熒光。而培養(yǎng)基對照組則顯示出明顯的“洋蔥式”分層,廣闊的核心區(qū)域幾乎完全是代表死細(xì)胞的紅色熒光,形成了一個(gè)巨大的“死亡核心”。
數(shù)據(jù)是最好的證明。研究人員對組織核心區(qū)域的活細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)。結(jié)果顯示,與培養(yǎng)基對照組相比,灌注組核心區(qū)的活細(xì)胞總數(shù)高出了驚人的417倍!在細(xì)胞存活率方面,灌注組核心區(qū)的平均存活率為37.8%,而培養(yǎng)基對照組的核心區(qū)存活率僅為0.4%。這一數(shù)據(jù)證明了,對于厚實(shí)的、高細(xì)胞密度的組織,僅靠外部浸泡式的營養(yǎng)供給是遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠的,內(nèi)部的血管化灌注是維持其生存的必要條件。
進(jìn)一步的分析發(fā)現(xiàn),在灌注組中,絕大多數(shù)活細(xì)胞都聚集在距離灌注通道邊界約1000微米的范圍內(nèi)。這清晰地揭示了營養(yǎng)供給與細(xì)胞存活之間的直接因果關(guān)系。這項(xiàng)終極考驗(yàn)的成功,是整個(gè)研究的點(diǎn)睛之筆。它不再是計(jì)算機(jī)里的模擬或冷冰冰的模型,而是第一次有力地證明了:通過模型引導(dǎo)設(shè)計(jì)并3D打印出的合成血管網(wǎng)絡(luò),確實(shí)能夠?yàn)楣こ袒幕铙w組織“注入生命”,支持其在高細(xì)胞密度下長期存活。這是從“制造”組織向“養(yǎng)活”組織邁出的關(guān)鍵一步。
這項(xiàng)發(fā)表于《科學(xué)》雜志的研究,為生物制造領(lǐng)域,特別是器官工程,提供了一個(gè)全面而強(qiáng)大的解決方案。它不僅僅是某一項(xiàng)技術(shù)的單點(diǎn)突破,而是整合了快速算法設(shè)計(jì)、多保真度物理仿真、先進(jìn)3D打印技術(shù)和生物學(xué)功能驗(yàn)證于一體的綜合性平臺。它讓我們離“按需制造器官”的夢想又近了一大步。
研究人員通過巧妙的算法創(chuàng)新,將設(shè)計(jì)器官級血管網(wǎng)絡(luò)的時(shí)間從幾天縮短到幾分鐘,讓這一過程從理論上的可能變?yōu)楝F(xiàn)實(shí)中的可行。他們創(chuàng)建的“數(shù)字孿生”系統(tǒng),使得在投入昂貴的細(xì)胞和材料進(jìn)行打印之前,就能對血管網(wǎng)絡(luò)的性能進(jìn)行精確的預(yù)測和優(yōu)化,這與現(xiàn)代工程領(lǐng)域在建造飛機(jī)、大橋前必須進(jìn)行仿真驗(yàn)證的理念不謀而合。而最終的細(xì)胞實(shí)驗(yàn),則以無可辯駁的數(shù)據(jù),證明了這種由模型驅(qū)動生成的血管網(wǎng)絡(luò),是維持大體積、高密度人造組織存活的關(guān)鍵。
當(dāng)然,通往終極目標(biāo)的道路依然漫長。研究中也提到,目前的技術(shù)在打印更小直徑(微米級)的血管時(shí),速度仍然較慢,且打印精度帶來的微小瑕疵可能會導(dǎo)致血流不暢或堵塞。此外,如何誘導(dǎo)打印出的血管網(wǎng)絡(luò)與宿主自身的血管系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)無縫連接,以及如何整合淋巴管、神經(jīng)等其他系統(tǒng),都是未來需要攻克的難關(guān)。
然而,瑕不掩瑜。這項(xiàng)工作為未來的研究指明了清晰的方向。我們可以想象,在不久的將來,醫(yī)生可以利用患者的CT或MRI影像數(shù)據(jù),通過這個(gè)平臺為他們量身定制一個(gè)功能完美、形狀匹配的替代器官血管藍(lán)圖。在“數(shù)字孿生”系統(tǒng)中反復(fù)模擬、優(yōu)化,確保其血流動力學(xué)性能最優(yōu)后,再啟動3D生物打印機(jī),用患者自己的細(xì)胞,“打印”出一個(gè)全新的、不會產(chǎn)生排異反應(yīng)的腎臟、肝臟甚至心臟。
這項(xiàng)研究,如同一位技藝高超的建筑師,為我們繪制出了構(gòu)建“生命大廈”內(nèi)部復(fù)雜“管道系統(tǒng)”的詳細(xì)藍(lán)圖和高效施工方案。它擴(kuò)展了我們在生物制造和患者特異性建模領(lǐng)域的想象邊界,為解決全球性的器官短缺問題,帶來了前所未有的希望之光。這場從計(jì)算機(jī)代碼開始,到賦予細(xì)胞以生命的科學(xué)探索,正在為醫(yī)學(xué)的未來,開啟一個(gè)充滿無限可能的新篇章。
◎ 來源|生物探索