金沙鱸鯉全長轉錄組測序分析與抗菌肽基因的鑒定

摘要：為進一步豐富金沙鱸鯉（Percocypris pingi）基因信息數據庫，采用PacBio測序平臺對金沙鱸鯉進行全長轉錄組測序。共獲得499 007個全長非嵌合序列（Full-length non-chimeric read，FLNC），通過聚類和去冗余獲得70 321個isoforms，isoforms的平均長度和N50分別為1 882 bp、2 243 bp。將isoforms與NR、GO、KEGG、KOG和Swiss-Prot 5個公共數據庫進行比對，成功注釋了57 521個isoforms，并鑒定到" " 2 310個TF、16 225個LncRNA和35 314條CDS。鑒定到5個抗菌肽基因，包括2個hepcidin基因和3個hemoglobin基因。金沙鱸鯉的hepcidin-1、hepcidin-2與多鱗白甲魚（Onychostoma macrolepis）的hepcidin親緣關系較近;金沙鱸鯉的hemoglobin-1α與斑馬魚（Danio rerio）的hemoglobin α親緣關系較近;金沙鱸鯉的hemoglobin-1β與斑點叉尾鮰（Ictalurus punctatus）的hemoglobin 1β、hemoglobin 2β親緣關系較近;hemoglobin-2β與多鱗白甲魚的hemoglobin 2β親緣關系較近。通過對金沙鱸鯉全長轉錄組的注釋分析，闡明了金沙鱸鯉基因參與的生物過程、所在的代謝途徑或信號通路等，可以更有效地探究抗菌肽在魚類免疫中的作用。

關鍵詞：金沙鱸鯉（Percocypris pingi）；全長轉錄組；測序；抗菌肽基因；鑒定

中圖分類號：Q917.4" " " " "文獻標識碼：A

文章編號：0439-8114（2025）03-0167-09

DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2025.03.027 開放科學（資源服務）標識碼（OSID）：

Full-length transcriptome sequencing analysis of Percocypris pingi and identification of antimicrobial peptide gene

ZHU Si-yi 1，DENG Long-jun2，LI Tian-cai2，ZHANG Yang2，GUO Yong-yao1，LUO Wei1，DU Zong-jun1

（1. College of Animal Science and Technology， Sichuan Agricultural University， Chengdu" 611130， China;

2. Yalong River Hydropower Development Co.， Ltd.， Chengdu" 610051， China）

Abstract： In order to further enrich the Percocypris pingi gene information database， the PacBio sequencing platform was used to perform full-length transcriptome sequencing of Percocypris pingi. A total of 499 007 full-length non-chimeric reads （FLNC） were obtained， and 70 321 isoforms were obtained through clustering and redundancy removal. The average length and N50 of the isoforms were 1 882 bp and 2 243 bp， respectively. By comparing isoforms with five public databases including NR， GO， KEGG， KOG， and Swiss-Prot， 57 521 isoforms were successfully annotated and 2 310 TFs， 16 225 LncRNAs， and 35 314 CDS were identified. Five antimicrobial peptide genes were identified， including two hepcidin genes and three hemoglobin genes. The hepcidin-1and hepcidin-2 of Percocypris pingi was closely related to hepcidin of Onychostoma macrolepis; the hemoglobin-1α of Percocypris pingi was closely related to hemoglobin α of Danio rerio; the hemoglobin-1β of Percocypris pingi was closely related to hemoglobin 1β and hemoglobin 2β of Ictalurus punctatus; the hemoglobin-2β of Percocypris pingi was closely related to hemoglobin 2β of Onychostoma macrolepis. Through annotation analysis of the full-length transcriptome of Percocypris pingi， the biological processes， metabolic pathways， or signaling pathways involved in the Percocypris pingi gene were elucidated， which could more effectively explore the role of antimicrobial peptides in fish immunity.

Key words： Percocypris pingi； full-length transcriptome; sequencing; antimicrobial peptide gene; identification

金沙鱸鯉（Percocypris pingi）屬鯉形目鯉科鲃亞科鱸鯉屬，俗稱江鯉、花鯉、花魚，主要分布于四川省的岷江、金沙江、雅礱江等水系，是長江上游特有的兇猛肉食性魚類，具有較高的生態(tài)價值及經濟價值[1]。近年來，由于過度捕撈和病害等因素的影響，導致金沙鱸鯉種群數量急劇下降，目前已被列為國家二級保護動物[2]。

金沙鱸鯉在面對特定病害時表現出了不同的抗性特征。研究發(fā)現，鯉魚春季病毒血癥（SVC）會導致金沙鱸鯉大量死亡[3]。但是，金沙鱸鯉對多子小瓜蟲表現出較高抗性[4]，是研究魚類抵抗多子小瓜蟲侵染免疫機制的理想模型。目前，金沙鱸鯉基因組信息鮮見報道，轉錄組數據也比較有限，美國國家生物技術信息中心（NCBI）中僅見2個項目，分別是SRS11375415和SRS11390644。為了深入了解金沙鱸鯉的先天免疫機制，特別是其對多子小瓜蟲的抗性，迫切需要對金沙鱸鯉基因資源進行系統性的挖掘和研究。

抗菌肽（Antimicrobial peptides，AMPs）又稱宿主防御肽（Host defence peptides，HDPs），是一類小分子肽，具有抵抗外界病原活性的作用。作為機體先天免疫系統的重要組成部分，它們對革蘭氏陰性菌、革蘭氏陽性菌、真菌、病毒和寄生蟲等均具有較好的抑制或殺傷作用[5]?？咕脑趧游镳つず推つw防御方面起重要作用，有助于提高水產動物對病原微生物的非特異性免疫能力[6]。研究表明，抗菌肽Hbβ-C可能在魚類抵抗多子小瓜蟲時發(fā)揮關鍵作用[7]。因此，開展更深入的研究可能為揭示金沙鱸鯉對抗多子小瓜蟲的機制提供新的見解。

近年來，轉錄組學技術在水產動物繁育、營養(yǎng)、發(fā)育和免疫等研究中得到廣泛應用[8]。目前，二代測序技術（RNA-Seq）由于具有高通量和低成本的優(yōu)勢，成為最常用的轉錄組測序方式。然而，由于其讀長相對較短，導致在后續(xù)的序列組裝、拼接和注釋等方面效果不及第三代全長轉錄組測序技術（又被稱為單分子實時DNA測序技術，SMRT）[9]。第三代全長轉錄組測序技術可以直接讀取目標序列，無需PCR擴增等步驟，大大降低了假陽性率，并避免了偏置和堿基替換等問題，精準度可達99.9%[10]。目前，該技術已在魚類研究中得到廣泛應用，例如黃顙魚（Pelteobagrus fulvidraco）[11]、全州禾花鯉（Cyprinus carpio var. Quanzhounensis）[12]、極邊扁咽齒魚（Platypharodon extremus）[13]等。

本研究采用PacBio平臺的第三代全長轉錄組測序技術對金沙鱸鯉9種組織的RNA混樣進行全轉錄組測序，對所得的轉錄本進行分析和注釋，重點挖掘金沙鱸鯉抗菌肽相關基因。本研究將為金沙鱸鯉提供較全面的基因資源，為后續(xù)深入研究魚類對抗多子小瓜蟲的免疫機制提供參考。

1 材料與方法

1.1 組織樣本采集

金沙鱸鯉從雅礱江流域水電開發(fā)有限公司獲得，使用3-氨基苯甲酸乙酯甲磺酸鹽（MS-222）將其麻醉，分離出鱗片、皮膚、背部肌肉、肝臟、脾臟、腸道、腎臟、鰓、腦等組織，用液氮速凍后送至北京百邁客生物科技有限公司進行RNA提取、質量和濃度測定及測序分析。

1.2 文庫構建

利用Trizol法提取金沙鱸鯉各組織的RNA。通過Nanodrop2000（美國Thermo Scientific公司）檢測RNA的純度（OD260 nm/OD280 nm）和濃度，使用Agilent2100（美國Agilent公司）精確檢測RNA的完整性，利用瓊脂糖凝膠電泳檢測是否存在基因組DNA污染。各組織RNA檢測合格后等量混勻，采用SMARTer PCRcDNA Synthesis Kit（日本Takara Bio公司）合成全長cDNA；通過PCR技術對全長cDNA進行擴增。對全長cDNA進行末端修復，加上SMRT啞鈴型接頭，使用核酸外切酶消化。通過BluePippin進行二次篩選以獲得測序文庫。使用Qubit 2.0（美國Thermo Scientific公司）和Agilent 2100對構建的文庫進行質量檢測，檢測結果達到要求后上機測序。

1.3 全長轉錄組測序數據分析

使用PacBio平臺對經檢測合格的文庫進行測序。對測序下機的原始輸出數據使用SMRT Link（https：//github.com/WenchaoLin/SMRT-Link）進行處理，獲取Subreads，并對單分子多次測序序列進行自我糾錯處理，得到環(huán)形一致性序列（Circular consensus sequence，CCS）。通過檢測確定CCS序列包含5′端引物、3′端引物以及polyA后進行分類，找出全長非嵌合（Full-length non-chimeric read，FLNC）序列。通過去除冗余轉錄本和過濾低可信度轉錄本，獲得合格的isoforms。序列數據提交至國家基因組科學數據中心（NGDC，https：//ngdc.cncb.ac.cn/？lang=zh），BioProject號為PRJCA025600，GSA提交號為CRA016173。

1.4 基因功能注釋

使用公共數據庫對isoforms進行基因功能注釋，公共數據庫包括非冗余蛋白數據庫（Non-redundant protein data-base，NR）、蛋白質真核同源數據庫（Eukaryotic or-thologous groups，KOG）、基因本體論數據庫（Gene ontology，GO）、東京基因與基金組百科全書（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）和蛋白質序列數據庫（Swiss-Prot）。

1.5 TF、LncRNA和CDS預測分析

根據測序結果使用iTAK（https：//github.com/kentnf/iTAK）預測轉錄因子；使用CNCI（https：//github.com/www-bioinfo-org/CNCI）、PLEK[14]、CPC（https：//github.com/jefflai108/Contrastive-Predictive-Coding-PyTorch）以及Pfam數據庫對測序數據進行編碼潛能預測，選取4個軟件共有的非編碼轉錄本進行后續(xù)分析；使用TransDecoder（https：//github.com/TransDecoder/TransDecoder）對新鑒定的轉錄本進行蛋白質編碼序列（Coding sequence，CDS）預測。

1.6 抗菌肽基因鑒定及分析

基于金沙鱸鯉的全長轉錄組測序數據及其注釋結果，采用兩種方法鑒定金沙鱸鯉的hepcidin、cathelicidins、piscidin、defensin和hemoglobin基因。①利用NCBI相關基因進行BLAST比對，搜索金沙鱸鯉全長轉錄組數據庫中去冗余產生的Unigene蛋白質序列，篩選閾值E≤10-5。②采用Tbtools（https：//github.com/CJ-Chen/TBtools-II）的HMM搜索模塊，通過Hepcidin（PF06446）、Cathelicidins（PF00666）和Defensin（PF00711）結構域的隱馬氏模型搜索全長轉錄組數據庫中去冗余產生的蛋白質序列（E≤10-5）。合并兩種方法得到的候選蛋白，去除重復序列后利用NCBI-CDD（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd）和SMART（http：//smart.embl.de/）數據庫工具進行結構域驗證，最終獲得金沙鱸鯉抗菌肽相關基因。利用Expasy（https：//web.expasy.org/protparam/）預測其分子質量、等電點和親水性；利用WoLF PSORT（https：//www.genscript.com/wolf-psort.html）預測其亞細胞定位；利用SOPMA（https：//npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl？page=/NPSA/npsa_sopma.html）預測蛋白質二級結構；利用在線軟件SWISSMODEL（https：//swissmodel.expasy.org/）建模，預測蛋白質的三維結構。

使用MEGA7.0[15]，采用最大似然法（Maximum likelihood，ML）構建系統發(fā)育樹，采用默認參數，自展值（Bootstrap）為1 000。通過多序列比對和系統發(fā)育樹分析相結合的方法鑒定金沙鱸鯉中與抗菌肽相關的基因。

2 結果與分析

2.1 測序結果與數據分析

經全長轉錄組測序得到554 382個CCS reads，平均長度和N50分別為1 584 bp和1 674 bp。在排除35 421個全長嵌合體和不含polyA的FLNC后，最終獲得499 007個FLNC（含polyA），其平均長度和N50分別為1 412 bp和1 676 bp。通過序列聚類得到132 504個初始isoforms，平均長度和N50分別為1 673 bp和2 022 bp；通過序列去冗余得到了70 321個isoforms，平均長度和N50分別為1 882 bp和" " " "2 243 bp，這70 321個數據將被用于下一步的分析（表1）。

表1 金沙鱸鯉全長轉錄組序列信息

[序列 數量//個 最小長度//bp 平均長度//bp 最大長度//bp N50//bp CCS 554 382 187 1 584 13 580 1 674 FLNC（含Ploy A） 499 007 50 1 412 7 679 1 676 初始 isoforms 132 504 50 1 673 7 299 2 022 isoforms 70 321 50 1 882 7 299 2 243 ]

2.2 轉錄本的功能注釋及覆蓋度分析

通過GO、KEGG、KOG、Swiss-Prot、NR共5個數據庫對isoforms進行功能注釋，共計57 521個isoforms成功注釋，5個數據庫分別注釋到47 012、48 620、35 935、29 281、57 109個isoforms（圖1），5個數據庫涵蓋了81.80%的isoforms。由圖2可知，5個數據庫中均有注釋的isoforms有21 513個，NR中單獨檢索到3 457個isoforms，KOG中單獨檢索到35個isoforms，GO中單獨檢索到225個isoforms，KEGG中單獨檢索到42個isoforms，Swiss-Prot中單獨檢索到30個isoforms。

NR注釋結果（圖3）顯示，同源相似性較高的分別是多鱗白甲魚（Onychostoma macrolepis）、犀角金線鲃（Sinocyclocheilus rhinocerous）、安水金線鲃（Sinocyclocheilus anshuiensis）、鯉（Cyprinus carpio）、滇池金線鲃（Sinocyclocheilus grahami）、鯽（Carassius auratus）、露斯塔野鯪（Labeo rohita）、鱇白魚（Anabarilius grahami）、斑馬魚（Danio rerio），占比分別為36.88%、12.54%、11.39%、10.72%、8.41%、6.29%、3.20%、2.02%、1.68%。

GO注釋中的isoforms分為3大類，包括細胞組分、分子功能和生物過程，具體分為45個小類（圖4）。其中，在細胞組分中細胞內（Intracellular）和細胞解剖結構（Cellular anatomical entity）占比較高，分別有28 750、35 825個isoforms被注釋；在分子功能中結合（Binding）占比較高，有30 647個isoforms被注釋；在生物過程中細胞過程（Cellular process）和生物學調節(jié)（Biological regulation）占比較高，分別有" 33 329、24 663個isoforms被注釋。

KOG功能注釋的結果（圖5）顯示，一般功能預測的isoforms最多，達6 404個；信號轉導機制的isoforms有6 179個。此外，還有少部分isoforms分布于細胞周期控制、細胞分裂、染色體分離（874個）和次級代謝產物的生物合成、運輸和分解（842個）。

KEGG注釋（圖6）中isoforms分布于6個大類中，分別是細胞過程、環(huán)境信息處理、遺傳信息處理、人類疾病、新陳代謝和有機體系統，注釋的基因數分別為10 801、8 739、5 808、3 921、15 157、7 104個。

2.3 TF、LncRNA和CDS預測分析

對金沙鱸鯉樣本轉錄本進行轉錄因子的功能預測，共鑒定到屬于61個基因家族的2 310個isoforms（圖7）。其中含有isoforms數量最多的5個家族分別為zf-C2H2（859個）、Homeobox（163個）、bHLH（145個）、ZBTB（139個）、HMG（139個）。

利用CNCI、CPAT、CPC2和PLEK分別預測了20 044、23 309、26 443、16 225個LncRNA，并將4個軟件預測的交集部分16 225個LncRNA作為最終的非編碼長鏈RNA預測結果（圖8）。LncRNA的長度分布如圖9所示，最小長度為201 bp，最大長度為" "6 584 bp，平均長度和N50分別是1 393、1 228 bp。通過預測，LncRNA調控44 261個靶mRNA，主要包括細胞結構與功能（1 701個）、感染與免疫反應" " （1 108個）、遺傳信息處理（591個）和細胞間通訊（504個）4個類別。

為進一步了解isoform的基因信息，利用Blast和EST Scan注釋預測其CDS序列，結果如圖10所示。最終獲得35 314條CDS序列，CDS 序列長度在50～" 1 935 nt，平均長度和N50分別是269、222 nt。

2.4 抗菌肽相關基因鑒定及分析

通過2種方式共鑒定到5個抗菌肽基因，其中hepcidin基因有2個、hemoglobin基因有3個（表2）。5個基因預測的蛋白序列在氨基酸數量上有所不同，為83～148 aa，蛋白分子質量從9.63～16.30 ku。hepcidin的2個蛋白均表現出疏水性，為酸性蛋白，亞細胞定位于細胞外；hemoglobin的3個蛋白則均表現出親水性，為堿性蛋白，亞細胞定位在細胞質。

根據LncRNA的靶點預測，發(fā)現6個轉錄本的潛在靶序列與抗菌肽基因的轉錄本相對應。其中，潛在靶序列A-YLJ-MIX_transcript_92476可能調控hemoglobin-1α，潛在靶序列A-YLJ-MIX_transcript_42068、A-YLJ-MIX_transcript_130167、A-YLJ-MIX_ transcript_105509和A-YLJ-MIX_transcript_121918可能調控hemoglobin-1β，潛在靶序列A-YLJ-MIX_ transcript_87629可能調控hemoglobin-2β。

通過金沙鱸鯉抗菌肽二級結構的預測發(fā)現（表3），hepcidin二級結構中占比最多的為無規(guī)則卷曲，不穩(wěn)定的結構有助于抗菌肽插入并破壞細菌的細胞膜。hemoglobin二級結構中占比最多的為α螺旋，大量的α螺旋保證了二級結構的穩(wěn)定性。

空間三維結構研究表明，hepcidin和hemoglobin擁有大量α螺旋和無規(guī)則卷曲（圖11和圖12）。通過金沙鱸鯉蛋白三級結構的預測發(fā)現（表4），hepcidin和hemoglobin的同源性為68.53%～88.04%（均大于40.00%），與模板蛋白結構一致性較好，預測模型可信度較高。hepcidin和hemoglobin的全球性模型質量估測（GMQE）均大于0.60，蛋白質模型的結構準確性較高，可以用于進一步地分析和研究。

金沙鱸鯉抗菌肽基因親緣進化樹（圖13）表明，金沙鱸鯉的hepcidin-1、hepcidin-2與多鱗白甲魚的hepcidin親緣關系較近；金沙鱸鯉的hemoglobin-1α與斑馬魚的hemoglobin α親緣關系較近；金沙鱸鯉的hemoglobin-1β與斑點叉尾鮰（Ictalurus punctatus）的hemoglobin 1β、hemoglobin 2β親緣關系較近；hemoglobin-2β與多鱗白甲魚的hemoglobin 2β親緣關系較近。

3 討論

轉錄組測序技術已廣泛應用于農業(yè)、生物和醫(yī)學等領域，這有助于深入探討功能基因的序列特性、調控機制以及在不同生物學過程中的重要作用[9]。研究表明，通過對物種不同組織樣本進行全長轉錄組測序，獲得該物種較完整的轉錄本信息[16，17]。本研究提取了金沙鱸鯉的鱗片、皮膚、背部肌肉、肝臟、脾臟、腸道、腎臟、鰓、腦的RNA，等質量混合后構建了cDNA文庫并進行全長轉錄組測序，測序結果結合測序數據進行校正，得到isoforms 70 321個，N50為2 243 bp，獲得金沙鱸鯉各組織中較完整的轉錄表達圖譜。

LncRNA 是長度大于200 bp的長鏈非編碼RNA，在生物體內廣泛存在，介導許多復雜的生命活動過程[18]。全長轉錄組測序則可以進行l(wèi)ncRNA的預測[19]，這為高效、深入探究lncRNA提供新的策略和方法。本研究利用CNCI、CPC2、PLEK和CPAT軟件預測到16 225個LncRNA，共調控44 261個靶mRNA。在此基礎上，對LncRNA靶基因進行KEGG富集分析，發(fā)現感染與免疫基因占比較高，有1 108個基因受調控，且其他占比較高的多為信號傳遞和蛋白質合成相關基因，與免疫具有較高相關性。說明該魚可能有較強的免疫力，而這可能與多子小瓜蟲抗性也有潛在聯系，進一步研究發(fā)現了6個可能調控抗菌肽的LncRNA。因此，未來的研究可基于已鑒定的LncRNA，深入探討其在免疫學中的作用，進一步揭示LncRNA種類、豐度與魚類免疫之間的關系。

抗菌肽是硬骨魚先天免疫和適應性免疫的重要組成部分[20]。根據其結構特點，魚類抗菌肽可分為兩大類：一類是不含半胱氨酸、具有疏水性或雙親性α螺旋結構的抗菌肽，如piscidins；另一類是含有多個半胱氨酸、β折疊結構的抗菌肽，如hepcidin、cathelicidins等[21]。本研究對常見的4個魚類抗菌肽和被報道對多子小瓜蟲具有殺滅作用的hemoglobin進行了鑒定，共發(fā)現hepcidin基因2個、hemoglobin基因3個，未鑒定到piscidins、cathelicidins和defensin。其中，piscidins和cathelicidins在多個鯉科魚類中鮮見報道，而defensin已有相關報道，如斑馬魚（NM_001081554.2）、鯉（XM_042770865.1）和多鱗白甲魚（XM_058759259.1）未在金沙鱸鯉中被鑒定到。在NR比對結果中，金沙鱸鯉大部分基因與多鱗白甲魚具有相似性，但hemoglobin-1β表現出與斑點叉尾鮰較近的親緣關系。Cannon等[22]的研究表明，盡管物種間的氨基酸替換率可能反映出親緣關系的相似性，但在某些基因（如抗性基因）中，某一物種的不同基因可能分別與不同物種具有較近的親緣關系。因此，推測金沙鱸鯉相較于其他鯉科魚類具有獨特的抗菌肽，可能就是其具有多子小瓜蟲抗性的原因。

本研究利用全長轉錄組進行抗菌肽基因的篩選，成功鑒定到5個基因。但預測的CDS所編碼的蛋白需要進一步修飾，最終才能形成抗菌肽[23]，因此本研究通過抗菌肽數據庫（https：//aps.unmc.edu/downloads）進行再次驗證，確保結果的準確性。目前在開放閱讀框（ORF）預測中，TransDecoder 是常用的軟件，但它通常會排除長度小于100個氨基酸的ORF。這是因為短序列的ORF往往難以準確預測其功能，且可能僅是組裝噪音或偽基因，缺乏生物學意義。然而，這一策略可能導致一些短序列抗菌肽的CDS區(qū)域未能被直接預測到。此外，使用NCBI的Blast或Pfam等工具進行序列對比預測，已被廣泛應用于獲得較為準確的抗菌肽序列，但通過多種方式進行結構域預測的基因組序列也被發(fā)現能夠有效地鑒別抗菌肽[24]。然而，基因組數據無法提供LncRNA和差異表達等信息，通過結合基因組和全長轉錄組數據的方式，可以更全面地探討抗菌肽在魚類免疫中的作用。

4 小結

本研究使用PacBio SMRT測序技術對金沙鱸鯉各組織的全長轉錄組進行測序分析。共鑒定了" 499 007個FLNC（含polyA），獲得isoforms 70 321個，GO、KEGG、KOG、Swiss-Prot、NR 5個數據庫共注釋了57 521個isoforms。此外，鑒定出61個轉錄因子家族的2 310個isoforms；16 225個lncRNA，預測可能調控44 261個靶mRNA，主要涉及細胞結構與功能、感染與免疫反應、遺傳信息處理和細胞間通訊。鑒定出抗菌肽相關基因5個，分別是hepcidin基因" "2個、hemoglobin基因3個，未鑒定到piscidins、cathelicidins和defensin。通過對金沙鱸鯉全長轉錄組的注釋分析，初步闡明了金沙鱸鯉基因參與的生物過程、所在的代謝途徑或信號通路等，為深入研究金沙鱸鯉基因的功能奠定了基礎。

參考文獻：

[1] 鄧龍君， 甘維熊， 曾如奎，等. 雅礱江鱸鯉的人工繁殖、胚胎及卵黃囊仔魚發(fā)育[J]. 水產科學， 2016， 35（4）： 393-397.

[2] 蒲德永， 丁雨簫， 劉小紅，等. 溫度和攝食率對鱸鯉幼魚攝食代謝特征的影響[J]. 水產學報， 2021， 45（10）： 1634-1641.

[3] ZHENG L， GENG Y， YU Z， et al. First report of spring viremia of carp virus in Percocypris pingi in China[J]. Aquaculture， 2018， 493： 214-218.

[4] LI L， LI M， ZENG R， et al. High resistance to Ichthyophthirius multifiliis in Percocypris pingi， an endemic fish in upper Yangtze River[J]. Aquaculture， 2023， 562： 738767.

[5] CHUNG C R， JHONG J H， WANG Z， et al. Characterization and identification of natural antimicrobial peptides on different organisms[J]. International journal of molecular sciences，2020， 21（3）： 986.

[6] 王自蕊， 譙仕彥， 李 波，等. 飼料中添加天蠶素抗菌肽對湘云鯽生長性能、非特異性免疫功能及抗病力的影響[J]. 動物營養(yǎng)學報， 2014， 26（7）： 1856-1863.

[7] 熊 陽， 王 帥， 丹 成，等. 抗菌肽HBβ-C在全雄和雜交黃顙魚對多子小瓜蟲抗性差異中的作用[J]. 水生生物學報， 2021， 45（5）： 975-985.

[8] CHANDHINI S， REJISH K V J. Transcriptomics in aquaculture： Current status and applications[J]. Reviews in aquaculture， 2019， 11（4）： 1379.

[9] 崔 凱，吳偉偉，刁其玉. 轉錄組測序技術的研究和應用進展[J]. 生物技術通報， 2019， 35（7）： 1-9.

[10] 馬麗娜，楊進波，丁逸菲，等. 三代測序技術及其應用研究進展[J]. 中國畜牧獸醫(yī)， 2019， 46（8）： 2246-2256.

[11] 王家琪， 熊 陽， 韓慶慶，等. 基于PacBio平臺的黃顙魚全長轉錄組測序及分析[J]. 湖北農業(yè)科學， 2023， 62（4）： 194-201.

[12] 杜雪松， 文露婷， 許藝蘭，等 全州禾花鯉鱗片下層組織的結構及全長轉錄組分析[J]. 漁業(yè)科學進展， 2024， 45（1）： 70-84.

[13] 吳曉雲，陳葉雨，龔 全，等. 基于三代全長轉錄組測序的極邊扁咽齒魚SSR分子標記開發(fā)[J]. 南方農業(yè)學報， 2023， 54（9）： 2525-2532.

[14] LI A， ZHANG J， ZHOU Z. PLEK： A tool for predicting long non-coding RNAs and messenger RNAs based on an improved k-mer scheme[J]. BMC bioinformatics， 2014， 15： 1-10.

[15] KUMAR S， STECHER G， TAMURA K. MEGA7： Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets[J]. Molecular biology evolution， 2016， 33（7）： 1870-1874.

[16] GE H， ZHANG H， YANG L， et al. Full-Length transcriptome sequencing from the longest-lived freshwater bony fish of the world： Bigmouth Buffalo （Ictiobus Cyprinellus）[J]. Frontiers in marine science， 2021， 8： 736188.

[17] LOU F， REN Z， TANG Y， et al. Full-length transcriptome reveals the circularly polarized light response-related molecular genetic characteristics of Oratosquilla oratoria[J]. Comparative biochemistry physiology part D： Genomics proteomics， 2024， 49： 101183.

[18] FATICA A， BOZZONI I. Long non-coding RNAs： New players in cell differentiation and development [J]. Nature reviews genetics， 2014， 15（1）： 7-21.

[19] KAPRANOV P， CHENG J， DIKE S， et al. RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription[J]. Science， 2007， 316（5830）： 1484-1488.

[20] MASSO-SILVA J A， DIAMOND G. Antimicrobial peptides from fish[J]. Pharmaceuticals， 2014， 7（3）： 265-310.

[21] 劉德財， 韓學東. 水產動物抗菌肽及其在水產養(yǎng)殖中的應用研究進展[J]. 水產學雜志， 2022， 35（6）： 113-121.

[22] CANNON S B， ZHU H， BAUMGARTEN A M， et al. Diversity， distribution， and ancient taxonomic relationships within the TIR and non-TIR NBS-LRR resistance gene subfamilies[J]. Journal of molecular evolution， 2002， 54： 5485-5462.

[23] YAN J， BHADRA P， LI A， et al. Deep-AmPEP30： Improve short antimicrobial peptides prediction with deep learning[J]. Molecular therapy-nucleic acids， 2020， 20： 882-894.

[24] 孫 芳. 基于基因家族的藥用植物抗菌肽的計算機分析與活性驗證[D]. 長沙： 中南大學， 2023.