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    基于三腳架DNA 探針的電化學(xué)發(fā)光生物傳感器檢測(cè)外泌體

    2024-10-17 00:00:00賀彰瑾金鑫杜雨瑩吳潔寧魯理平
    分析化學(xué) 2024年9期

    摘要 外泌體(Exosome)的分析檢測(cè)對(duì)于疾病的早期診斷和治療具有重要意義。本研究利用堿基與石墨烯的π-π 相互作用將三螺旋結(jié)構(gòu)DNA(tsDNA)組裝在電化學(xué)還原氧化石墨烯(ERGO)的表面,制備了三腳架(Tripod)DNA探針,并通過(guò)懸于探針頂端的膜蛋白(CD63)適配體(apt)序列特異性捕獲外泌體,同時(shí)引入血紅素增強(qiáng)魯米諾(Luminol)-過(guò)氧化氫(H2O2)電化學(xué)發(fā)光(ECL)體系的信號(hào)強(qiáng)度。此生物傳感器的ECL強(qiáng)度與外泌體濃度在70~1.4×106 particles/μL范圍內(nèi)呈良好的線性關(guān)系,檢出限低至30 particles/μL (S/N=3)。這種三腳架結(jié)構(gòu)的DNA較雙鏈或單鏈DNA具有大的探針間距,使其更有利于較大目標(biāo)物的捕獲和檢測(cè),有望應(yīng)用于臨床樣品的分析測(cè)定。

    關(guān)鍵詞 外泌體;三腳架DNA;適配體;生物傳感器;電化學(xué)發(fā)光

    外泌體(Exosome)是由真核細(xì)胞(包括各種腫瘤細(xì)胞和正常細(xì)胞)通過(guò)溶酶體途徑主動(dòng)分泌的一種納米級(jí)細(xì)胞外囊泡,直徑約為30~150 nm[1],存在于多種體液(血漿、唾液、尿液、腹水和腦脊液等)中[2],在細(xì)胞間通訊和免疫反應(yīng)等生理過(guò)程中發(fā)揮了重要作用[3]。研究表明,腫瘤細(xì)胞分泌的外泌體通過(guò)釋放相關(guān)的信號(hào)分子促進(jìn)腫瘤發(fā)展,并且腫瘤細(xì)胞產(chǎn)生的外泌體量通常高于正常細(xì)胞[4-5],這些獨(dú)特的功能使外泌體可以作為生物標(biāo)志物用于癌癥的早期診斷和治療。

    目前,外泌體的分析檢測(cè)方法包括流式細(xì)胞術(shù)[6]、酶聯(lián)免疫吸附分析法[7]、熒光法[8]和比色法[9]等。外泌體的形態(tài)特征可通過(guò)透射電子顯微鏡(Transmission electron microscope, TEM)[10]、掃描電子顯微鏡(Scanning electron microscope, SEM)[11]、原子力顯微鏡(Atomic force microscope, AFM)[12]等表征獲得。但是,以上方法尚存在不足和局限性,如分析過(guò)程復(fù)雜、操作耗時(shí)以及靈敏度難以滿足低濃度外泌體的檢測(cè)要求[13]。電化學(xué)發(fā)光(Electrochemiluminescence, ECL)生物傳感器具有檢測(cè)靈敏度高、響應(yīng)速度快、便攜性好以及樣品需求量少等優(yōu)勢(shì)[14-17]。適配體(Aptamer, apt)是通過(guò)指數(shù)富集技術(shù)經(jīng)體外篩選得到的與目標(biāo)物具有高親和力、高特異性的單鏈DNA或RNA序列,其靶標(biāo)物質(zhì)包括多肽、蛋白質(zhì)、金屬離子甚至細(xì)胞或細(xì)菌,因此得到了廣泛應(yīng)用[18]。Qiao等[19]構(gòu)建了Eu3+摻雜CdS納米晶體的ECL適配體傳感器,用于檢測(cè)外泌體時(shí)顯示出較高的穩(wěn)定性和靈敏度。

    控制探針的界面密度和取向是構(gòu)建以DNA為識(shí)別元件的電化學(xué)生物傳感器的關(guān)鍵[20]。為了防止在電極表面的非特異性吸附和鏈間纏結(jié),研究者將DNA 探針從簡(jiǎn)單的單鏈DNA(Single-stranded DNA,ssDNA)擴(kuò)展到多種具有不同空間構(gòu)型的高級(jí)DNA結(jié)構(gòu)[21]。Travascio 等[22]提出了一種特殊拓?fù)錁?gòu)象的核酸結(jié)構(gòu)G-四聯(lián)體,可與血紅素(Hemin)復(fù)合形成一種功能性DNA復(fù)合物,具有類(lèi)過(guò)氧化物酶活性,可高效催化基于過(guò)氧化氫(H2O2)的氧化反應(yīng)。單鏈寡核苷酸鏈與DNA雙鏈可通過(guò)Hoogsteen氫鍵形成三鏈DNA(Triple-stranded DNA, tsDNA)[23]。Tian等[24] 基于特異性核酸酶設(shè)計(jì)了一種環(huán)狀tsDNA納米開(kāi)關(guān)探針,用于靈敏檢測(cè)microRNA Let-7a。本研究組的前期研究[25]表明, tsDNA探針的穩(wěn)定性和直立性?xún)?yōu)于雙鏈和單鏈DNA探針,并且tsDNA的電荷轉(zhuǎn)移速率(約為3~5 s–1)也明顯高于單鏈和雙鏈DNA。

    本研究基于tsDNA結(jié)構(gòu)的探針構(gòu)建了ECL 生物傳感器用于靈敏檢測(cè)外泌體。三腳架(Tripod)結(jié)構(gòu)的識(shí)別探針可以有效避免傳感界面上探針之間的纏結(jié)和潛在的空間位阻效應(yīng)。此傳感器采用電催化策略增強(qiáng)魯米諾–H2O2 體系的EC信號(hào)。如圖1所示,三鏈探針包括3個(gè)部分:首先,底部的單鏈DNA通過(guò)π-π 堆積作用使探針結(jié)合到電化學(xué)還原氧化石墨烯(Electrochemically reduced graphene oxide, ERGO)[26]表面,中間的tsDNA 由于不與石墨烯作用而直立在電極界面[27],從而形成三腳架形狀;其次,三腳架探針的頂端是特異性識(shí)別外泌體膜蛋白CD63 適配體的互補(bǔ)序列,可以有效捕獲外泌體;最后,通過(guò)將G-四聯(lián)體DNA 與外泌體結(jié)合形成外泌體-DNA復(fù)合物,當(dāng)適配體探針捕獲到外泌體復(fù)合物后,通過(guò)引入Hemin 與G-四聯(lián)體DNA 形成具有類(lèi)過(guò)氧化物酶活性的復(fù)合物,催化基于H2O2 的氧化反應(yīng),從而實(shí)現(xiàn)外泌體的靈敏檢測(cè)。

    1 實(shí)驗(yàn)部分

    1.1 儀器與試劑

    CHI 660A電化學(xué)分析儀(上海辰華儀器有限公司);KQ-400KDE超聲波清洗器(昆山市超聲儀器有限公司);DYY-10C 凝膠成像分析系統(tǒng)(北京六一儀器廠);H-7650 透射電鏡(日本Hitachi 公司);Zetaview 粒徑分析儀和Eppendorf 5427R高速冷凍離心機(jī)(德國(guó)Wiggens公司);T100 PCR熱循環(huán)儀(美國(guó)Bio-Rad 公司);MPI-E 電化學(xué)分析儀(西安瑞邁電子科技有限公司);Dimenson ICON 原子力顯微鏡(美國(guó)Bruker公司)。采用三電極系統(tǒng):玻碳電極(Glassy carbon electrode, GCE, d=3 mm)為工作電極,Ag/AgCl(飽和KCl)電極為參比電極,鉑絲電極為對(duì)電極。

    K3[Fe(CN)6]、K4[Fe(CN)6]·3H2O、KCl、HCl、NaH2PO4·2H2O和Na2HPO4·12H2O(分析純,天津市福晨化學(xué)試劑廠);青霉素和鏈霉素(分析純,上海碧云天生物技術(shù)有限公司);精胺、血紅素(Hemin)、98% 魯米諾(Luminol)、30% H2O2 和杜氏改良Eagle培養(yǎng)基-高葡萄糖(DMEM)(美國(guó)Sigma-Aldrich 公司);胎牛血清、MgCl2、1×TE 緩沖溶液(10 mmol/L Tris-HCl,1 mmol/L EDTA, pH=8.0)和1×Tris-HCl緩沖溶液(10 mmol/L Tris-HCl, pH=8.0)(上海生工生物科技有限公司);氧化石墨烯(GO)分散液(1 mg/mL, 南京先豐納米有限公司);無(wú)血清培養(yǎng)基和總外泌體分離試劑(賽默飛世爾科技有限公司)。本實(shí)驗(yàn)所用細(xì)胞由中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所(北京)提供;所有化學(xué)品均為分析純。實(shí)驗(yàn)用水為Milli-Q純水系統(tǒng)純化的超純水(18.2 MΩ·cm)。實(shí)驗(yàn)所用DNA序列均由生工生物工程(上海)股份有限公司合成(高效液相色譜純化),具體序列信息見(jiàn)表1。

    1.2 實(shí)驗(yàn)方法

    1.2.1 外泌體的分離及提取

    在5% CO2、37 ℃ 條件下,在含有10% 胎牛血清和1% 青霉素-鏈霉素的DMEM 培養(yǎng)基中培養(yǎng)肺腺癌細(xì)胞(A549細(xì)胞)。當(dāng)細(xì)胞覆蓋率達(dá)到80% 后,使用無(wú)血清培養(yǎng)基培養(yǎng)72 h;在4 ℃ 以2000 r/min離心30 min, 以分離漂浮的細(xì)胞和細(xì)胞碎片;吸取上清液,采用商用外泌體分離試劑盒處理,并在2~8 ℃下孵育過(guò)夜;在2~8 ℃ 條件下,將樣品以10000 r/min離心1 h, 棄去上清液,加入100 μL 1×PBS緩沖液將沉淀重懸,于–80 ℃ 保存,備用。采用1×PBS緩沖液稀釋外泌體母液,制備不同濃度的外泌體溶液。

    1.2.2 TsDNA 的合成以及外泌體-signal DNA 復(fù)合物的制備

    分別移取3 μL 100 μmol/L的單鏈DNA(ssDNA-1、ssDNA-2和ssDNA-3)至60 μL緩沖液(10 mmol/LTris-HCl, pH=6.8)中,并加入一定濃度的精胺,在37 ℃ 下培養(yǎng)24 h, 得到5 μmol/L tsDNA溶液,于?20 ℃下冷凍儲(chǔ)存,備用。移取5 μL 100 μmol/L信號(hào)DNA(signal DNA)與95 μL 1.4×106 particles/μL外泌體溶液,在室溫下混合孵育60 min, 得到外泌體-signal DNA復(fù)合物,于?20 ℃ 冷凍儲(chǔ)存,備用。

    1.2.3 ECL 生物傳感界面的構(gòu)建

    首先在拋光絨布上將GCE用0.05 μm Al2O3 懸濁液打磨成鏡面,依次用水、乙醇和水超聲清洗處理3 min 后,用氮?dú)獯蹈桑瑐溆?。將預(yù)處理過(guò)的GCE 置于1 mg/mL GO 水分散液中,以100 mV/s 的掃速在0.5~ ?1.5 V的電壓范圍內(nèi)循環(huán)伏安掃描10圈,在電極表面得到ERGO,將此電極命名為ERGO/GCE,掃描過(guò)程中始終保持氮?dú)獾姆諊?。在ERGO/GCE表面滴加5 μL合成的tsDNA,在室溫下孵育1 h后, tsDNA通過(guò)π-π 堆積作用被錨定在ERGO 上,形成直立的Tripod DNA,獲得Tripod DNA/ERGO/GCE。以水和Tris-HCl緩沖液依次清洗電極表面,氮?dú)獯蹈?,備用?/p>

    1.2.4 外泌體的檢測(cè)

    在修飾電極Tripod DNA/ERGO/GCE表面滴加5 μL CD63 aptamer溶液, 孵育45 min, 得到修飾電極apt/Tripod DNA/ERGO/GCE;滴加10 μL 預(yù)先制備的外泌體-signal DNA 復(fù)合物溶液,孵育2 h, 得到exo-DNA/apt/Tripod DNA/ERGO/GCE;滴加10 μL Hemin, 孵育1 h, 得到修飾電極hemin/exo-DNA/apt/Tripod DNA/ERGO/GCE。將此修飾電極浸入含有0.5 mmol/L Luminol和0.08 mol/L H2O2 的0.1 mol/L PBS(pH=7.5)中,進(jìn)ECL測(cè)試,電壓掃描范圍為0~0.8 V, 掃描速率為100 mV/s。

    1.2.5 原子力顯微鏡成像

    將0.1 mg/mL GO分散液滴涂到新剝落的云母(Mica)表面,在室溫下干燥,得到GO/mica界面。在GO修飾的云母表面滴加5 μL 500 nmol/L的tsDNA溶液,在濕潤(rùn)的環(huán)境下孵育30 min, 然后用Tris-HCl緩沖液小心潤(rùn)洗多次,在氮?dú)庵懈稍?,得到Tripod DNA/GO/mica界面。將得到的樣品在輕敲模式下進(jìn)行原子力顯微鏡掃描成像。

    2 結(jié)果與討論

    2.1 tsDNA 探針的合成與表征

    為降低DNA鏈的磷酸骨架的負(fù)電荷之間的靜電排斥力,需要在體系中添加二價(jià)陽(yáng)離子或多胺(如精胺或亞精胺)進(jìn)行電荷中和,以形成穩(wěn)定的tsDNA[28]。圖2為ssDNA、dsDNA和tsDNA的凝膠電泳圖,其中,泳道1~9 為不同濃度精胺條件下合成的tsDNA,泳道10 為單鏈DNA(ssDNA-1),泳道11 為ssDNA-1和ssDNA-3合成的dsDNA。由圖2可見(jiàn),當(dāng)精胺濃度低于0.3 mmol/L(泳道1、2)或高于2.5 mmol/L(泳道8、9)時(shí),只觀察到1條單鏈對(duì)應(yīng)的條帶,與泳道10一致,說(shuō)明此條件下未形成穩(wěn)定的tsDNA;泳道3~7在遷移位移最小時(shí)出現(xiàn)1條明顯條帶,并且泳道7已無(wú)明顯的單鏈條帶,表明精胺濃度為2.5 mmol/L時(shí)合成的tsDNA合成效率最高。因此,本研究選擇在精胺濃度為2.5 mmol/L的條件下合成tsDNA。

    2.2 外泌體的提取和表征

    由透射電子顯微鏡(TEM)圖(圖3A)可見(jiàn),從A549細(xì)胞中提取的外泌體具有明顯的雙層膜結(jié)構(gòu),呈典型的茶杯狀,直徑約為100 nm。利用NTA進(jìn)一步分析外泌體的粒徑分布及其濃度(圖3B),可見(jiàn)外泌體濃度約為1.4×1010 particles/mL,粒徑分布集中在80~120 nm之間,平均直徑為91 nm。外泌體的理論直徑為50~200 nm[8],提取的外泌體大小在此特征直徑范圍內(nèi),表明已成功提取和純化得到A549細(xì)胞外泌體。

    2.3 ECL 生物傳感界面的表征

    利用原子力顯微鏡表征ERGO/mica和Tripod DNA/ERGO/mica的界面形貌(圖4A),可以看到沉積的ERGO厚度為(1.0±0.5) nm, 這與其單層的特性一致[28]。如圖4B所示,富含A堿基的tsDNA通過(guò)強(qiáng)π-π 堆積吸附在ERGO上形成了Tripod DNA,此層的厚度也相應(yīng)增加到(6.0±1.0) nm。由于Tripod DNA的三螺旋互補(bǔ)序列為15個(gè)堿基,理論高度為5.1 nm, 與圖像結(jié)果近似,表明Tipod DNA鏈在基底表面呈直立狀態(tài)。

    電化學(xué)阻抗譜(Electrochemical impedance spectroscopy, EIS)常用于表征電極界面的電荷轉(zhuǎn)移性能,其高頻區(qū)的半圓直徑大小對(duì)應(yīng)電極的電子轉(zhuǎn)移電阻(Resistance of electron-transfer, Rct),低頻區(qū)的線性部分代表擴(kuò)散過(guò)程。如圖5 所示,在GCE 表面電化學(xué)還原GO 后,表面的含氧基團(tuán)減少, Rct 明顯減?。ú鍒D中曲線b);而組裝三腳架DNA探針后(曲線c)以及與CD63 aptamer雜交后(曲線d), Rct 均逐步增大,這是因?yàn)閹ж?fù)電荷的DNA 磷酸骨架排斥負(fù)電性的電化學(xué)探針[Fe(CN)6]3?/4?。捕獲外泌體-SignalDNA復(fù)合物后(曲線e和f),電極界面的導(dǎo)電性進(jìn)一步減弱,使得Rct 進(jìn)一步增大。

    圖6 顯示了不同修飾電極在含有0.5 mmol/L Luminol、0.08 mol/L H2O2 的0.1 mol/L PBS 溶液中的ECL響應(yīng)曲線,其中, Luminol為發(fā)光體, H2O2 為共反應(yīng)劑。當(dāng)電極修飾ERGO 后, ECL強(qiáng)度增大,這歸因于ERGO的高導(dǎo)電性提高了電極表面的電子轉(zhuǎn)移速率(曲線b);繼續(xù)組裝探針和捕獲外泌體后, ECL強(qiáng)度逐步降低(曲線d、e 和f),其原因是電極表面被導(dǎo)電性不佳的物質(zhì)覆蓋,電子傳遞能力降低。在體系中加入Hemin后,其與外泌體上的信號(hào)探針形成具有類(lèi)過(guò)氧化物酶活性的Hemin/G-四聯(lián)體DNA復(fù)合物,催化H2O2 的氧化反應(yīng),ECL信號(hào)顯著增強(qiáng)(曲線g)。曲線c為對(duì)照實(shí)驗(yàn),是Hemin直接修飾到ERGO/GCE電極表面的ECL曲線,無(wú)H2O2 時(shí), Hemin不能增強(qiáng)Luminol體系的ECL信號(hào)。

    2.4 實(shí)驗(yàn)條件的優(yōu)化

    2.4.1 Signal-DNA 濃度的優(yōu)化

    預(yù)組裝在外泌體上的Signal-DNA 的量與體系的ECL 強(qiáng)度直接相關(guān),圖7A 顯示了不同濃度(0、1、2、3、4 和5 μmol/L)的Signal-DNA與1.4×106 particles/μL外泌體形成復(fù)合物時(shí)體系ECL響應(yīng)強(qiáng)度的變化。隨著Signal-DNA 濃度增大,結(jié)合到電極表面的Signal-DNA 增多,ECL 響應(yīng)依次增強(qiáng)。當(dāng)Signal-DNA 的濃度達(dá)到2 μmol/L 后, ECL 信號(hào)不再增加并達(dá)到平臺(tái),說(shuō)明此時(shí)已飽和。因此,選擇Signal-DNA濃度為2 μmol/L。

    2.4.2 Hemin 濃度的優(yōu)化

    圖7B 為不同濃度Hemin 對(duì)體系的ECL 響應(yīng)強(qiáng)度的影響。保持信號(hào)探針的濃度不變,在0.1~0.4 mmol/L范圍內(nèi),隨著Hemin濃度增加, ECL信號(hào)增強(qiáng)。當(dāng)Hemin濃度大于0.4 mmol/L時(shí), ECL信號(hào)不再發(fā)生明顯變化,達(dá)到飽和。因此,選擇0.4 mmol/L作為最佳Hemin濃度。

    2.4.3 H2O2 濃度的優(yōu)化

    考察了Luminol ECL 體系的共反應(yīng)劑H2O2 濃度的影響。圖7C 為不同濃度H2O2 的條件下,含0.5 mmol/L Luminol 的0.1 mol/L PBS 溶液體系的ECL 響應(yīng)強(qiáng)度。隨著H2O2 濃度從10 mmol/L 增大至80 mmol/L, ECL信號(hào)顯著增強(qiáng);進(jìn)一步增大H2O2 濃度, ECL信號(hào)增強(qiáng)不顯著。因此,選擇H2O2 的最佳濃度為80 mmol/L。

    2.5 外泌體的檢測(cè)

    在最優(yōu)實(shí)驗(yàn)條件(Sginal-DNA 濃度為2 μmol/L, Hemin 濃度為0.4 mmol/L, 電解質(zhì)溶液為含有0.5 mmol/L Luminol和0.08 mol/L H2O2 的0.1 mol/L PBS溶液)下,檢測(cè)傳感器對(duì)不同濃度外泌體的ECL響應(yīng)(圖8A)。當(dāng)不存在外泌體時(shí), Sginal-DNA不能結(jié)合至電極表面,無(wú)催化信號(hào),未觀察到明顯的ECL發(fā)光信號(hào)(曲線i);隨著外泌體濃度增大,ECL 信號(hào)逐漸增強(qiáng),體系ECL 強(qiáng)度與外泌體濃度的對(duì)數(shù)值在70~1.4×106 particles/μL 范圍內(nèi)呈良好的線性關(guān)系(圖8B),線性回歸方程為y=1278.5x–1797.5(R2=0.996),檢出限為30 particles/μL (S/N=3)。與其它檢測(cè)外泌體的ECL方法相比,本方法具有較低的檢出限和較寬的線性檢測(cè)范圍(表2),表明本研究設(shè)計(jì)的三腳架DNA 探針結(jié)合具有催化放大作用的Hemin/G-四聯(lián)體DNA復(fù)合物有效提高了檢測(cè)外泌體的靈敏度和準(zhǔn)確性。

    為了考察生物傳感器的重現(xiàn)性,在相同條件下制備3 支修飾電極,測(cè)量其對(duì)1.4×106 particles/μL外泌體溶液的ECL響應(yīng),結(jié)果表明, 3支電極測(cè)定結(jié)果的相對(duì)標(biāo)準(zhǔn)偏差(RSD)為1.08%,說(shuō)明其具有良好的重現(xiàn)性。ECL 生物傳感器的穩(wěn)定性是評(píng)價(jià)其性能的另一個(gè)重要指標(biāo)。采用此ECL 生物傳感器檢測(cè)1.4×104 particles/μL的外泌體,連續(xù)11個(gè)周期循環(huán)檢測(cè)的ECL響應(yīng)信號(hào)非常穩(wěn)定, RSD為1.0%,表明此生物傳感器具有優(yōu)異的穩(wěn)定性。

    3 結(jié)論

    構(gòu)建了基于三腳架DNA探針的ECL生物傳感器,利用可特異性識(shí)別外泌體的適配體和Hemin/G-四聯(lián)體的高效催化性能實(shí)現(xiàn)了外泌體的靈敏檢測(cè)。采用的tsDNA的尾部寡核苷酸片段含有12個(gè)腺嘌呤堿基,其與ERGO通過(guò)π-π 堆積作用使探針呈現(xiàn)直立狀態(tài)的三腳架結(jié)構(gòu),并且12個(gè)腺嘌呤堿基使探針間距滿足捕獲尺寸較大的外泌體的要求,提高了精準(zhǔn)性。本研究結(jié)果表明,這種基于探針間距尺寸可控的傳感器在選擇性分析不同尺寸目標(biāo)物中具有良好的應(yīng)用前景。

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