關(guān)鍵詞:板栗;雌花;雄花;轉(zhuǎn)錄組測序;差異表達(dá)基因(DEGs)
中圖分類號:S718.46 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A 文章編號:1673-923X(2023)12-0056-11
板栗Castanea mollissima 屬殼斗科Fagaceae栗屬Castamea 堅(jiān)果類植物,是我國重要的經(jīng)濟(jì)林樹種。其分布廣泛、適應(yīng)性強(qiáng),以河北、山東、河南、湖北、江蘇、浙江、湖南等省栽培最多。板栗為天然的綠色堅(jiān)果食品,具有極高的營養(yǎng)價(jià)值,加工可制作成多種食品,素有“木本糧食”之稱[1]。板栗為雌雄同株異花植物,具有純雄花序和混合花序,其中混合花序上端分化形成雄花序,下端分化為雌花序。成花是植物從營養(yǎng)生長到生殖生長轉(zhuǎn)變的關(guān)鍵過程,研究成花機(jī)理對板栗產(chǎn)量和品質(zhì)提升具有重要的理論意義。
近年來,關(guān)于植物花發(fā)育的研究主要集中在成花途徑與關(guān)鍵成花基因等上。王智[2] 通過單分子實(shí)時(shí)測序等技術(shù),篩選出百日花楸樹Catalpabungei C.A.Mey 開花調(diào)控關(guān)鍵基因CbuSPL9。趙夢冉[3] 發(fā)現(xiàn)楊樹Populus L 基因PtNF-YA11 可以使擬南芥Arabidopsis thaliana 提早開花,可能通過CO、FT 途徑調(diào)控成花時(shí)間。Bai 等[4] 發(fā)現(xiàn)JcFT是小桐子Jatropha curcas L 成花轉(zhuǎn)變的核心基因,并可能通過細(xì)胞分裂素和生長素調(diào)控花序和花器官發(fā)育。此外,在植物花發(fā)育過程中,糖基因的表達(dá)也與花發(fā)育過程密切相關(guān)?!t元寶’紫玉蘭Magnolia liliflora ‘Hongyuanbao’兩次花發(fā)育中對關(guān)鍵TPS 基因克隆發(fā)現(xiàn)Ml TPS1 基因在二次分化前期表達(dá)量顯著提高,中期顯著下調(diào),該基因可能影響二次花的成花誘導(dǎo)和花器官原基的形成[5]。作為關(guān)鍵調(diào)控因子,在花藥/ 花粉發(fā)育中缺少所需的糖代謝基因往往會導(dǎo)致核不育表型[6]。植物體內(nèi)糖基轉(zhuǎn)移酶SEC 也可參與表觀遺傳介導(dǎo)的成花時(shí)間調(diào)節(jié)過程。蛋白糖基化O-GlcNAc 轉(zhuǎn)移酶SEC 可通過O-GlcNAc 修飾激活組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶ATX1 的活性,進(jìn)而修飾調(diào)節(jié)植物春化作用并負(fù)責(zé)調(diào)控植物成花時(shí)間[7]。
目前在板栗花發(fā)育研究中,大多為花發(fā)育的形態(tài)學(xué)觀察[8-10]。早在1994 年,有學(xué)者已開展了板栗兩性花序分化細(xì)胞學(xué)研究,許多學(xué)者對雄花芽分化過程進(jìn)行了細(xì)致觀察。隨著對雄花的進(jìn)一步關(guān)注,也發(fā)現(xiàn)了雄性不育的細(xì)胞學(xué)過程[8]。此后,相繼開展了板栗‘遵玉’‘燕山早豐’雌花形態(tài)學(xué)研究[9-10]。而關(guān)于其花發(fā)育的分子機(jī)制研究主要集中在關(guān)鍵基因篩選、蛋白互作等方面。程運(yùn)河等通過對CmFT 過量表達(dá)擬南芥開花性狀分析,驗(yàn)證CmFT 為板栗開花素基因,可促進(jìn)成花[11]。張煜等[12] 在板栗基因組中鑒定出5 個(gè)FT/TFL1-like 基因,經(jīng)系統(tǒng)進(jìn)化、基因表達(dá)等分析推測這些基因在板栗雌雄花形成和發(fā)育中可能具有重要調(diào)控作用。在休眠期板栗混合芽赤霉素的調(diào)控中,CmGID2 抑制CmDELLA 基因的表達(dá),同時(shí)受到生長素信號和F-box 調(diào)控[13]。Alhinho 等[14] 證明典型ABCDE 蛋白- 蛋白互作的變化是雌雄花分化的基礎(chǔ)。Chen 等[15] 發(fā)現(xiàn)赤霉素也可通過miR156 間接影響一些SPL靶基因的表達(dá)來影響板栗花發(fā)育。板栗雌雄花主要在春季和夏秋季開花,具有多次開花的現(xiàn)象,其成花分子機(jī)制較為復(fù)雜,仍有待進(jìn)一步研究。因此,本研究對不同發(fā)育時(shí)期‘檀橋’板栗雌雄花進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,探究雌雄花發(fā)育過程中基因表達(dá)變化差異,篩選出板栗花發(fā)育關(guān)鍵基因,為進(jìn)一步揭示‘檀橋’板栗花發(fā)育的分子機(jī)制提供參考。
1 材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
研究中所用試材采自于湖南省長沙市中南林業(yè)科技大學(xué)栗種質(zhì)資源圃(29°2′5″N,110°14′18″E)中種植的8 年生正常結(jié)實(shí)的‘檀橋’板栗C. mollissima ‘Tanqiao’, 其良種編號為“ 國S-SV-CM-020-2014”。該資源圃位于熱帶季風(fēng)性濕潤氣候,氣候潮濕,年平均氣溫約為16.8 ~ 17.2 ℃,日照最高溫度為41 ℃,年平均降水量為1 600 mm,日均降水量為15.4 mm,平均相對濕度為69%。
2020 年5 月在試驗(yàn)地采集‘檀橋’板栗雌花序(CF1、CF2)和純雄花序(CM1、CM2)兩個(gè)重要時(shí)期,雌雄花序切取中下部位2 ~ 3 cm,采集一部分用于卡諾固定液固定;一部分用液氮速凍,每個(gè)樣品3 個(gè)生物學(xué)重復(fù),放于-80 ℃超低溫冰箱保存,隨后送至上海美吉生物公司進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。
1.2 試驗(yàn)方法
1.2.1 石蠟切片
采用石蠟切片對‘檀橋’板栗雌雄花進(jìn)行解剖觀察,采取脫水,透明,浸蠟,包埋,切片,烘片,脫蠟,染色步驟進(jìn)行[16]。利用奧林巴斯BX-51 光學(xué)顯微鏡對樣片進(jìn)行觀察。
1.2.2 RNA 提取、cDNA 合成、文庫構(gòu)建
取30 ~ 60 mg 液氮研磨樣品,利用EASYspinPlus 植物RNA 快速提取試劑盒分別提取板栗雌、雄花的RNA。利用Illumina Novaseq 6000測序平臺,測序?qū)嶒?yàn)采用Illumina TruseqTM RNA sample prepKit 方法進(jìn)行文庫構(gòu)建[4]。
1.2.3 差異表達(dá)基因篩選及分析
使用RSEM 軟件比對至基因組的結(jié)果以及基因組注釋文件, 獲得每個(gè)樣本基因的ReadCounts,其中參考基因組為北京農(nóng)學(xué)院公布的板栗基因組[17]。然后對其進(jìn)行FPKM 轉(zhuǎn)換得到標(biāo)準(zhǔn)化的基因表達(dá)水平?;诒磉_(dá)量定量結(jié)果,進(jìn)行組間差異基因分析,差異分析軟件為:DESeq2,篩選閾值為:|log2FC| ≥ 2 amp; padjust < 0.05 為標(biāo)準(zhǔn),篩選了雌雄花不同發(fā)育時(shí)期的差異表達(dá)基因,并采用軟件Goatools、R 腳本對雌雄花發(fā)育的差異基因集進(jìn)行GO 富集分析和KEGG 富集分析。對高度富集路中的基因以|log2FC| ≥ 2 amp; padjust < 0.05為標(biāo)準(zhǔn),進(jìn)行篩選并繪制熱圖。
1.2.4 WGCNA 分析
利用美吉生物云平臺(https://cloud.majorbio.com/)對雌雄花不同發(fā)育時(shí)期的差異表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行WGCNA 分析,采用動態(tài)混合切割算法將表達(dá)一致的基因劃分到相同模塊,相關(guān)系數(shù)計(jì)算方法采用spearman。通過分析不同模塊的基因表達(dá)熱圖[18],找到與成花過程密切相關(guān)的模塊,最后通過可視化網(wǎng)絡(luò)分析獲得模塊的hub 基因。
1.2.5 差異表達(dá)基因的qRT-PCR 驗(yàn)證
為了驗(yàn)證測序結(jié)果的準(zhǔn)確性,隨機(jī)選擇了4個(gè)差異基因進(jìn)行qRT-PCR驗(yàn)證,每個(gè)基因3 次重復(fù),對得到的結(jié)果取平均值。運(yùn)用Primer 5.0 軟件設(shè)計(jì)了熒光定量引物(表1),最后樣品基因的相對表達(dá)量計(jì)算用2-ΔΔCt 法計(jì)算。
2 結(jié)果與分析
2.1 ‘檀橋’板栗雌雄花不同發(fā)育時(shí)期細(xì)胞學(xué)觀察
雌花從外向內(nèi)依次分化出新一輪的圓錐形突起即雌蕊原基,為雌蕊原基分化期(圖1A);雌花開放時(shí),柱頭伸出,并有退化的花藥(圖1B)。雄花中雄蕊原基分裂并增長,頂部膨大,發(fā)育成分生組織形成幼嫩花藥,為花藥發(fā)育期(圖1C);雄花開放時(shí),花絲逐漸伸長撐開萼片(圖1D)。
2.2 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量分析結(jié)果
經(jīng)原始數(shù)據(jù)過濾去雜后,共得到90.16 Gb 干凈數(shù)據(jù)(Clean data),GC 含量均在44.15% 以上、Q30 堿基百分比在92.53% 以上;將質(zhì)控后的數(shù)據(jù)干凈數(shù)據(jù)與參考基因組進(jìn)行比對,與參考基因組比對率高達(dá)93.69%,比對到唯一位置的比對率均在89.00% 左右,表明測序質(zhì)量良好(表2)。
2.3 差異表達(dá)基因分析
通過NR 注釋后的差異基因分析表明,雄花在花藥發(fā)育期(CM1)和開放期(CM2)產(chǎn)生的DEGs 有3 407 個(gè),其中上調(diào)基因數(shù)量為1 847 個(gè),下調(diào)基因數(shù)量為1 560 個(gè);雌花在雌蕊原基分化期(CF1)和開放期(CF2)產(chǎn)生的差異表達(dá)基因有1 094 個(gè),上調(diào)基因數(shù)量為600 個(gè),下調(diào)基因數(shù)量為494 個(gè)(圖2)。這些差異表達(dá)基因可能與‘檀橋’板栗雌雄花發(fā)育相關(guān)。
2.4 樣本間相關(guān)性分析
對‘檀橋’板栗雌雄花差異基因進(jìn)行Venn 分析發(fā)現(xiàn),CF1 和CF2 共有592 個(gè)基因,CM1 和CM2共有755 個(gè)基因;CF1和CM1 共有113 個(gè)基因,CF2 和CM2 共有49 個(gè)基因;CM2 特有基因最多為377 個(gè),顯著高于雌花的2 個(gè)時(shí)期(圖3A)。同時(shí),對雌雄花差異組別CM1vsCM2、CF1vsCF2也進(jìn)行了Venn 分析,兩組之間共有663 個(gè)基因(圖3B)。
2.5 GO 富集分析
為探究不同組間的基因功能差異,本研究中‘檀橋’板栗雌花序樣本共有3 260 條DEGs被注釋到GO 數(shù)據(jù)庫的分子功能(Molecularfunction)、生物過程(Biological process) 和細(xì)胞組成(Cellular component)這3 個(gè)大類42 條通路,挑選富集最多的前30 個(gè)GO 功能分類如圖5所示。其中,歸為分子功能的差異基因最多,共注釋到1 123 個(gè)差異表達(dá)基因并分為9 個(gè)小類;以參與催化活性(Catalytic activity)和結(jié)合(Binding)居多,比例均在40% 以上。在生物過程中差異表達(dá)基因共有1 029 個(gè)分為9 個(gè)小類,主要富集于代謝過程(Metabolic process)和細(xì)胞途徑(Cellularprocess),比例均在30% 以上。參與細(xì)胞組成的差異基因歸為11 個(gè)小類,膜組分(Membranepart)和細(xì)胞部分(Cell part)所占比例最高,均大于30%。
與雌花發(fā)育過程相比,雄花共有10 196 條DEGs 被注釋到3 大類47 條通路上。在分子功能中的結(jié)合差異基因數(shù)量高于催化活性,雄花可能細(xì)胞活動更為旺盛。在這3 個(gè)大類中,雄花顯著富集的通路與雌花類似,但差異基因數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于雌花,約為3 倍。
2.6 KEGG 富集分析
進(jìn)一步對‘檀橋’板栗雌雄花發(fā)育的差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG 功能富集分析, 篩選出富集最顯著的20 條代謝通路。其中雌花發(fā)育過程顯著富集到植物晝夜節(jié)律計(jì)劃(Circadianrhythm-plant)、淀粉和蔗糖代謝(Starch andsucrose metabolism)、亞油酸代謝(Linoleic acidmetabolism)、戊糖和葡萄糖醛酸的相互轉(zhuǎn)化(Pentose and glucuronate interconversions) 等過程(圖5A);雄花發(fā)育過程顯著富集到植物晝夜節(jié)律計(jì)劃、淀粉和蔗糖代謝、苯丙烷的生物合成(Phenylpropanoid biosynthesis)、苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成(Phenylalanine, tyrosineand tryptophan biosynthesis)等途徑(圖5B)。
2.7 ‘檀橋’板栗雌雄花發(fā)育相關(guān)基因篩選
2.7.1 光周期相關(guān)基因
光周期是影響植物成花的一個(gè)重要因素,而晝夜節(jié)律是光周期誘導(dǎo)植物成花的途徑中的關(guān)鍵因素之一。因此,挑選了雌雄花發(fā)育過程中顯著富集在植物的晝夜節(jié)律代謝通路中的差異表達(dá)基因有RUP2(CMHBY228190)、HY5(CMHBY205937)、HYH(CMHBY212907)、COP1(CMHBY214445)、LHY(CMHBY216123)、PHYB(CMHBY203515)、PIF3(CMHBY209846) 基因在雌花雌蕊原基分化期, 雄花花藥發(fā)育期低表達(dá), 雌雄花開放期高表達(dá);APRR1(CMHBY216518)、APRR7(CMHBY208660)、APRR5(CMHBY215099)、PRR73(CMHBY208191)、ADO3(CMHBY210648)、GIGAN(CMHBY201539)、HD3A(CMHBY204772)基因在雌花雌蕊原基分化期, 雄花花藥發(fā)育期高表達(dá), 在雌雄花開放期低表達(dá);MAD57(CMHBY207914) 基因在雌花雌蕊原基分化期高表達(dá), 在雌花開放期低表達(dá);AG104(CMHBY220027) 在雌蕊原基分化期低表達(dá),雌花開放期高表達(dá),CHS1(CMHBY202860) 基因在雄花花藥發(fā)育期高表達(dá),在雄花開放期低表達(dá)(圖6)。
2.7.2 淀粉與蔗糖相關(guān)基因
在植物花發(fā)育過程中, 糖類物質(zhì)變化也與花發(fā)育過程密切相關(guān)。因此, 篩選出雌雄花發(fā)育過程中顯著富集在淀粉與蔗糖代謝通路中的差異表達(dá)基因17 個(gè), 其中BAM1(CMHBY230534、CMHBY2215231、C M H B Y217815)、E135( C M H B Y205726)、6FEH(CMHBY205922)、INVA(CMHBY209168)、BGL18(CMHBY216228)、BGH3B(CMHBY205663)基因在雌花雌蕊原基分化期, 雄花花藥發(fā)育期低表達(dá), 在雌雄花開放期高表達(dá);TPPJ(CMHBY209817)、GUN16(CMHBY205306)、GUN14(CMHBY211751)、SUS2(CMHBY215664)、INV1(CMHBY206218) 基因在雄花開放期高表達(dá);SSY2(CMHBY202077)、SSG1(CMHBY209397) 基因在雌花開放期高表達(dá)(圖7)。這些基因可能是調(diào)控‘檀橋’板栗雌雄花發(fā)育的關(guān)鍵基因。
2.7.3 激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)基因
植物激素也在植物花發(fā)育過程中扮演著重要的角色。篩選出35 個(gè)植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)中高表達(dá)的差異基因與板栗花發(fā)育相關(guān),主要包括生長素、脫落酸、乙烯等。生長素信號通路中有17 個(gè)基因,NR 與Swiss-Prot 注釋得到8 個(gè)基因與生長素的合成和運(yùn)輸相關(guān),3 個(gè)基因在生長素失活中起核心作用;脫落酸信號通路中有6 個(gè)基因,其中4 個(gè)為脫落酸信號途徑的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子;參與乙烯信號通路的基因各有6 個(gè);此外,與油菜素內(nèi)酯、水楊酸、茉莉酸相關(guān)的基因各有1 個(gè)。
除激素相關(guān)基因,還發(fā)現(xiàn)了光敏色素互作因子PIF3(CMHBY209846)參與到植物內(nèi)源激素所介導(dǎo)的信號網(wǎng)絡(luò),且其在雌雄花開放期高表達(dá),作為細(xì)胞信號傳導(dǎo)的“樞紐”,推測其能夠整合環(huán)境信號與內(nèi)源激素信號,在板栗花發(fā)育轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)中起著重要的調(diào)控作用。
2.8 WGCNA 分析
2.8.1 ‘檀橋’板栗雌雄花發(fā)育相關(guān)特異性模塊的鑒定
將雌雄花不同發(fā)育時(shí)期進(jìn)行比對,把所獲得的13 812 個(gè)差異基因作為候選基因進(jìn)行WGCNA分析,最終獲得與花發(fā)育過程相關(guān)的5 個(gè)共表達(dá)模塊。根據(jù)模塊與花發(fā)育時(shí)期的相關(guān)性,鑒定到2 個(gè)共表達(dá)模塊。其中,Blue 模塊在雄花發(fā)育過程高表達(dá),在雌花發(fā)育過程低表達(dá);Turquoise 模塊在雌花發(fā)育過程中高表達(dá),在雄花發(fā)育過程低表達(dá);Brown 模塊在雌花雌蕊原基分化期,雄花花藥發(fā)育期顯著表達(dá),在雌雄花開放期低表達(dá);Yellow 模塊和Grey 模塊與雌雄花發(fā)育過程都呈現(xiàn)正相關(guān),其可能是‘檀橋’板栗雌雄花發(fā)育特異相關(guān)的模塊(圖9)。
2.8.2 關(guān)鍵模塊核心基因挖掘
通過可視化網(wǎng)絡(luò)分析獲得模塊的hub 基因,篩選節(jié)點(diǎn)間權(quán)重值大于0.02 的連線進(jìn)行分析,篩選模塊內(nèi)連通性前10 節(jié)點(diǎn)進(jìn)行分析,得出該模塊10 個(gè)核心基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖,中心基因?yàn)锽AM1(CMHBY215231)、SAMT(CMHBY208020)(圖10)。其中,BAM1 基因在雌雄花差異基因所富集淀粉與蔗糖通路中也高表達(dá),可能是‘檀橋’板栗雌雄花發(fā)育的重要基因。
2.9 qRT-PCR 驗(yàn)證
為了進(jìn)一步驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性,隨機(jī)選取4 個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行qRT-PCR 驗(yàn)證。將4組數(shù)據(jù)的實(shí)時(shí)熒光定量鑒定的結(jié)果與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(RNA-seq)進(jìn)行比較,這些基因的表達(dá)趨勢與轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果基本一致,表明轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)具有較高的可靠性(圖11)。
3 討 論
3.1 光周期途徑對植物成花的影響
植物的成花過程是高等植物從營養(yǎng)生長階段向生殖生長轉(zhuǎn)化的重要過程,是個(gè)體發(fā)育的核心內(nèi)容。光周期途徑作為重要的成花途徑之一,可以通過感知光照長度來調(diào)控植物成花[19]。在油茶Camellia oleifera 中光周期途徑GI 基因響應(yīng)光照時(shí)長增加,促進(jìn)油茶提前開花[20]。光周期途徑中生物鐘基因可調(diào)節(jié)植物體內(nèi)輸出信號網(wǎng)絡(luò),并通過聯(lián)鎖反饋通路調(diào)節(jié)下游信號轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò),參與調(diào)控植物的生殖生長。光形態(tài)建成核心調(diào)控因子COP1能夠介導(dǎo)光信號轉(zhuǎn)導(dǎo)中HY5 和CO 等正調(diào)控因子的泛素化降解,從而影響擬南芥開花;在山核桃Carya cathayensis Sarg 中CcCOP1E3 連接酶表達(dá)與雌雄花分化密切關(guān)[21]。GI 基因作為光周期途徑成花的關(guān)鍵基因,正調(diào)控CO 基因的表達(dá)并激活下游FT 基因表達(dá),誘導(dǎo)植物開花[22]。在木本植物中,F(xiàn)T 過量表達(dá)會使楊樹、梨樹Pyrus spp 呈現(xiàn)早花[23]。在表達(dá)PIF3 反義序列的擬南芥植株中,紅光誘導(dǎo)的光敏色素對LHY 的轉(zhuǎn)錄促進(jìn)作用受到抑制,表明光敏色素可通過PIF3 調(diào)節(jié)LHY 的表達(dá)[24]。結(jié)合PIF3 在雌雄花開放期上調(diào)表達(dá),猜測PIF3 作為細(xì)胞信號傳導(dǎo)的“樞紐”,可能在板栗花發(fā)育轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中具有重要作用。
3.2 激素對植物成花的影響
已有大量研究證明激素參與植物的成花過程,且不同激素對花的形態(tài)建成和開花時(shí)期有著不同的調(diào)控效果。激素相關(guān)基因DELLA、MYC2與CYCD3 之間存在互作,與皺葉膏桐Jatrophacarcas L 花序芽中雄花原基的敗育等過程以及雌花性別的決定相關(guān)[25]。CK 和GA 合成途徑中4 個(gè)關(guān)鍵基因LOG1/3/7、KO 與茉莉酸(JA)相關(guān)基因MYC2 存在串?dāng)_,共同影響錐栗C. henryi 雌花成花[26]。本研究結(jié)果顯示生長素,脫落酸、乙烯等激素主要參與板栗雌雄花發(fā)育過程,相關(guān)的35 個(gè)基因在雌雄花成花過程中顯著差異表達(dá)。其中生長素早期應(yīng)答基因SAUR,生長素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)因子IAA在雌雄花開放期顯著上調(diào),而部分維持生長素動態(tài)平衡的基因GH3 在雌花開放期下調(diào)。乙烯在植物成花過程中具有促進(jìn)作用,除ERF1 基因在雌花開放期下調(diào)表達(dá),參與其信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的ETR、EBF1、ERF1、負(fù)調(diào)控因子CTR1 都在雌雄花開放期上調(diào)表達(dá)。ERF 基因家族參與調(diào)控植物花的生長發(fā)育,CsERF110 和CsERF113 能夠協(xié)同調(diào)控性別決定中A 基因的表達(dá),影響黃瓜Cucumis sativus L 雄花的正常建成[27]。在菊花Chrysanthemum morifoliumRamat 中,CmERF1 可以通過調(diào)控光周期相關(guān)基因CmCCA1、CmCDF1/2 的表達(dá)影響開花時(shí)間[28]。ABA 調(diào)控栗屬植物成花研究顯示,低含量的ABA有利于板栗花簇原基的分化和雌花形成[29]。PYL蛋白可與ABA 結(jié)合抑制信號途徑的關(guān)鍵負(fù)調(diào)節(jié)因子PP2C 表達(dá)。本研究中,脫落酸相關(guān)基因均在雌雄花開放期上調(diào)表達(dá)。綜上,生長素、乙烯、脫落酸在‘檀橋’板栗雌雄花成花過程中也起著重要作用。
3.3 糖類物質(zhì)對植物成花的影響
植物生長發(fā)育是一個(gè)耗能的過程。蔗糖是植物光合作用的主要產(chǎn)物之一,也是植物體內(nèi)能量運(yùn)輸?shù)闹饕问?。近年來研究發(fā)現(xiàn)蔗糖不僅作為植物體內(nèi)的供能物質(zhì),還是植物體內(nèi)重要的信號分子,參與調(diào)控了多種生物學(xué)進(jìn)程。在蒿柳Salixviminalis E. L. Wolf 成花過程中糖作為能量物質(zhì)和結(jié)構(gòu)物質(zhì)促進(jìn)花芽分化,并作為成花信號物質(zhì)直接作用于莖尖調(diào)控花芽分化[30]。此外,某些糖類物質(zhì)還參與植物成花控制基因的表達(dá)調(diào)節(jié)。外源施用蔗糖還能夠解除基因FRI、FLC 對開花的抑制作用,還可以誘導(dǎo)海藻糖路徑等相關(guān)基因的表達(dá)來促進(jìn)植物開花[31]。本研究中,開花后蔗糖合酶SUS2 基因高表達(dá),可以實(shí)現(xiàn)蔗糖積累。蔗糖積累能解除開花抑制因子FLC 對于FT 的副作用從而影響植物成花[32]。此外,BAM1 基因在板栗雌雄花開放期高表達(dá),該基因在花藥絨氈層發(fā)育、脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、花粉壁形成等方面具有調(diào)控作用,并可與SPL 共同調(diào)控花粉發(fā)育過程相關(guān)基因的表達(dá)[33]。結(jié)合WGCNA 分析確定其為關(guān)鍵基因, 推測BAM1 基因作為糖類物質(zhì)信號傳導(dǎo)的樞紐基因之一,調(diào)控板栗花發(fā)育過程中的糖類物質(zhì)含量。此外,半乳糖、類胡蘿卜素相關(guān)基因在雄花開放期高表達(dá),纖維素和海藻糖相關(guān)基因BGL18、BGH3B、TPPA、TPPJ 也在花發(fā)育過程中差異表達(dá)。本研究后續(xù)將驗(yàn)證PIF3、BAM1、SAUR 等基因在板栗雌雄花發(fā)育過程中的功能,進(jìn)而揭示這些基因在‘檀橋’板栗中具體的作用調(diào)控機(jī)理。
4 結(jié)論
本研究通過轉(zhuǎn)錄組測序、生物信息學(xué)等方法對‘檀橋’板栗雌雄花不同發(fā)育時(shí)期進(jìn)行了比較分析,篩選出69 個(gè)與光周期、糖類化合物以及激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)的差異表達(dá)基因,其中PIF3、BAM1、SAUR 等可能是‘檀橋’板栗成花關(guān)鍵基因,為深入研究‘檀橋’板栗花發(fā)育的分子機(jī)理奠定了理論基礎(chǔ)。
[ 本文編校:羅列]