王曉雯,張?jiān)拢船?,舒樂新,劉艷普,魏金霞,程文播,蔡挺
(1.天津中醫(yī)藥大學(xué)中藥學(xué)院,天津 301617;2.山東廣通寶醫(yī)藥有限公司,青州 262500;3.天津市醫(yī)用質(zhì)譜精準(zhǔn)診斷企業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室質(zhì)譜應(yīng)用中心,天津 300399;4.中國科學(xué)院大學(xué)寧波華美醫(yī)院,寧波 315010)
原發(fā)性肝癌在臨床上屬于常見惡性腫瘤,是中國第2 位腫瘤致死病因[1]。肝癌患者缺乏特異性篩選方法且早期癥狀缺乏典型性,大多數(shù)患者在診斷時(shí)已經(jīng)處于晚期狀態(tài),處于肝癌晚期的患者5 年內(nèi)的生存率下降到2%[2-3]。近幾十年,治療肝癌已采用局部消融術(shù)和經(jīng)肝動(dòng)脈化療栓塞術(shù)等非根治性治療,以及靶向治療及免疫治療等[4],但是還存在著遠(yuǎn)期療效與復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的局限性。因此,探索有效的肝癌治療方法和藥物仍是目前首要的問題。近年來,中醫(yī)藥由于具有多成分、多靶點(diǎn)、多途徑的優(yōu)勢(shì),被廣泛認(rèn)可用于肝癌治療,可以減少疾病的復(fù)發(fā)[5]。肝癌的病因,綜合各醫(yī)家的中醫(yī)理論,主要包括正氣虧虛、肝脾失調(diào)、癌毒、脾虛等[6]。不同病因引起的肝癌采用不同的治療方法,正氣虧虛導(dǎo)致的肝癌應(yīng)該扶正祛邪,用活血化瘀、疏肝行氣、補(bǔ)腎益精等中藥;癌毒類導(dǎo)致的肝癌應(yīng)用清熱 解毒、化瘀軟堅(jiān)等中藥;脾虛導(dǎo)致的肝癌應(yīng)該益氣健脾,用清熱利濕、疏肝理氣等中藥[7]。山豆根為豆科植物越南槐Sophora tonkinensis Gagnep.的干燥根和根莖,具有清熱解毒,消腫利咽的功效。目前藥理研究報(bào)道,山豆根不僅有抗炎、保肝等作用,還有抗氧化、抗腫瘤、保護(hù)心血管系統(tǒng)等藥理作用。其中許多研究表明,山豆根具有很好的抗肝癌作用,研究發(fā)現(xiàn)山豆根提取物能夠抑制人肝母細(xì)胞瘤HepG2 細(xì)胞、人肝癌Hep3B 細(xì)胞的增殖,山豆根生物堿能產(chǎn)生明確的體內(nèi)抗肝腫瘤藥理作用[8-12]。然而,目前山豆根抗肝癌作用的物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機(jī)制尚不十分明確。
超高效液相色譜串聯(lián)四級(jí)桿飛行時(shí)間質(zhì)譜(UPLC-Q-TOF/MS)技術(shù)與傳統(tǒng)的高效液相相比,具有小顆粒高性能微粒固定相、超高壓輸液泵,其具有分析速度快、質(zhì)量精度高、靈敏度高和分辨率高等特點(diǎn)[13]。UNIFI 1.8 軟件配有天然產(chǎn)物數(shù)據(jù)庫,該庫中有6 000 多種組分,與UPLC-Q-TOF/MS 配合使用,代替了傳統(tǒng)的人工提峰、計(jì)算分子式及分析碎片斷裂情況的模式,有利于更高效率地識(shí)別中藥中的復(fù)雜化學(xué)成分及其化學(xué)結(jié)構(gòu),為研究中藥藥效的物質(zhì)基礎(chǔ)提供了強(qiáng)有力的技術(shù)支持[14-16]。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)利用復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)模型建立藥物、靶點(diǎn)與疾病間的相互作用網(wǎng)絡(luò),是多數(shù)據(jù)、多學(xué)科融合的產(chǎn)物,表明了中藥的多成分、多靶點(diǎn)的作用特點(diǎn),適合運(yùn)用于探索中藥藥理作用的作用靶點(diǎn)以及作用機(jī)制[17-19]。
因此,本研究利用UPLC-Q-TOF/MS 結(jié)合UNIFI 1.8 軟件快速鑒定山豆根的化學(xué)成分,通過應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合分子對(duì)接技術(shù)篩選出山豆根抗肝癌的活性成分及核心靶點(diǎn),以及細(xì)胞活性實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證相關(guān)成分的抗肝癌作用,從分析化學(xué)成分和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)角度進(jìn)而探究山豆根抗肝癌作用的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)以及其可能的作用機(jī)制。
1.1 化學(xué)成分分析部分
1.1.1 藥材、試劑和儀器 山豆根飲片(安國藥材市場(chǎng),批號(hào):2020G10111),經(jīng)天津中醫(yī)藥大學(xué)中藥學(xué)院李天祥教授鑒定為豆科植物越南槐Sophora tonkinensis Gagnep.的干燥根和根莖;色譜級(jí)甲醇、乙醇(賽默飛世爾科技有限公司);超高效液相色譜儀(美國Waters 公司);Xevo G2 Q-TOF 質(zhì)譜儀(美國Waters 公司);ACQUITY UPLC 型二元泵和樣品管理器(美國Waters 公司);色譜柱[美國Waters 公司ACQUITY UPLC BEH C18柱(100 mm×2.1 mm,1.7 μm)];SB-120DT 超聲波清洗機(jī)(寧波新芝生物科技有限公司);H1750R 離心機(jī)(湘儀離心機(jī)儀器有限公司)。
1.1.2 實(shí)驗(yàn)方法 稱取山豆根飲片50 g,用4 倍量的95%乙醇溶劑加熱回流提取3 次,濾渣用4 倍量的75%乙醇溶劑加熱回流提取3 次,每次2 h,合并提取液,在4 ℃以12 000 r/min,離心 15 min(離心機(jī)半徑為8.5 cm),取上清液,旋蒸揮發(fā)至干[20-21]。取山豆根浸膏50 mg,置于50 mL 的容量瓶中,加甲醇定容至刻度,超聲30 min,取上清液,經(jīng)0.22 μm 濾膜過濾,待進(jìn)樣。色譜條件:ACQUITY UPLC BEH C18色譜柱(100 mm×2.1 mm,1.7 μm);流動(dòng)相:乙腈(A)-0.2%甲酸水(B);梯度 洗脫(0~1 min,10% A;1~21 min,10% A~100% A;21~22 min,100% A)。流速:0.3 mL/min;柱溫:40 ℃;進(jìn)樣量:5 μL。質(zhì)譜條件:系統(tǒng)采用電噴霧離子源正、負(fù)離子模式采集數(shù)據(jù),掃描范圍m/z 100~1 500,錐孔電壓40 V,毛細(xì)管電壓3 000 V,離子源溫度 120 ℃,脫溶劑氣體流速800 L/h,錐孔反吹氣50 L/h[22]。
運(yùn)用UPLC-Q-TOF/MS 技術(shù)采集數(shù)據(jù)后,采用UNIFI1.8 軟件自動(dòng)識(shí)別化學(xué)成分。首先查閱文獻(xiàn)[23],補(bǔ)充原有的山豆根化合物數(shù)據(jù)庫;建立山豆根正負(fù)離子模式下的分析方法;再將原始質(zhì)譜數(shù)據(jù)導(dǎo)入U(xiǎn)NIFI1.8 軟件中,進(jìn)行分析,UNIFI1.8 軟件對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行自動(dòng)篩查、鑒定;之后將所得數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾篩選,設(shè)定質(zhì)量誤差為±10×10-6;最后結(jié)合相關(guān)文獻(xiàn)各化合物的保留時(shí)間,以及碎片離子理論質(zhì)量數(shù)、保留時(shí)間和分子式,對(duì)各化合物進(jìn)行人工識(shí)別和鑒定。
1.2 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究方法[24-25]
1.2.1 山豆根化學(xué)成分作用靶點(diǎn)的預(yù)測(cè)與篩選 鑒定所得到的化學(xué)成分在PubChem 數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下載相應(yīng)的2D 結(jié)構(gòu)圖,未查到的化學(xué)成分結(jié)構(gòu)通過查閱文獻(xiàn)用ChemDraw作圖保存為SDF 結(jié)構(gòu),將結(jié)構(gòu)導(dǎo)入PharmMapper 數(shù)據(jù)庫(http://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/)、Swiss Target Prediction 數(shù)據(jù)庫(http://www.swisstargetprediction.ch/)預(yù)測(cè)靶點(diǎn),并借助UniProt(https://www.uniprot.org/)將靶點(diǎn)蛋白名稱轉(zhuǎn)化為對(duì)應(yīng)的基因名(Gene Symbol),篩選并刪除重復(fù)靶點(diǎn)。
1.2.2 肝癌疾病靶點(diǎn)的預(yù)測(cè)與篩選 在GeneCards數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)及DrugBank 數(shù)據(jù)庫(https://go.drugbank.com/)以“l(fā)iver cancer”為關(guān)鍵詞檢索,合并2 個(gè)數(shù)據(jù)庫的結(jié)果,并借助UniProt(https://www.uniprot.org/)將靶點(diǎn)蛋白名稱轉(zhuǎn)化為對(duì)應(yīng)的官方基因名(Gene Symbol),篩選并刪除重復(fù)靶點(diǎn),得到肝癌治療靶點(diǎn)。
1.2.3 韋恩圖、蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)及活性成分-交集靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 使用韋恩作圖平臺(tái)繪制出肝癌疾病和山豆根化學(xué)成分靶點(diǎn)的韋恩圖,并通過String(https://www.stringdb.org/)數(shù)據(jù)庫,構(gòu)建PPI 分析網(wǎng)絡(luò)。用Cytoscape3.7.2 篩選出度值排名前5 位的靶點(diǎn)為山豆根抗肝癌的核心 靶點(diǎn)。繼續(xù)用Cytoscape3.7.2 構(gòu)建化學(xué)成分-交集靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖,其中度值排名前6 位的化學(xué)成分即為核心活性成分。
1.2.4 生物信息分析 將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入DAVID 數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/),進(jìn)行基因本體分析(GO)和京都基因和基因組百科全書(KEGG)富集通路分析,并通過微生信平臺(tái)(http://www.bioinformatics.com.cn/)對(duì)其為生物過程(BP),細(xì)胞組件(CC),分子功能(MF)各自顯著性前10 位的結(jié)果以及KEGG顯著性前20 位的條目進(jìn)行可視化,以柱狀圖和富集氣泡圖進(jìn)行展示。最后在Cytoscape 3.7.2 軟件中構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)。
1.2.5 分子對(duì)接驗(yàn)證 利用TCMSP 數(shù)據(jù)庫(https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php)下載山豆根主要活性成分的mol 2 格式的分子結(jié)構(gòu)。利用RCSB PDB 蛋白數(shù)據(jù)庫(https://www.rcsb.org/)下載PPI 網(wǎng)絡(luò)中度值前5 位的靶點(diǎn)蛋白的PDB 格式的3D 晶體結(jié)構(gòu)。通過運(yùn)行Autodock Vina 進(jìn)行分子對(duì)接。采用PyMOL軟件將分子對(duì)接結(jié)果可視化。
1.3 噻唑藍(lán)(MTT)比色法檢測(cè)細(xì)胞活性
1.3.1 細(xì)胞、主要試劑與儀器 人肝癌細(xì)胞(HepG2,武漢普賽諾公司);三葉豆紫檀苷、氧化苦參堿、苦參堿(成都埃法生物科技有限公司);二甲基亞砜(賽默飛世爾科技有限公司);胎牛血清、青鏈霉素混合液(Gibco 公司);DMEM 培基(BI 公司);磷酸緩沖液(1×,pH=7.2~7.4)(索萊寶生物科技有限公司);AII 級(jí)生物安全柜(海爾公司);倒置顯微鏡(Nikon TS2);酶標(biāo)儀(BioTek 公司)。
1.3.2 細(xì)胞培養(yǎng) HepG2 細(xì)胞置于5% CO2,37 ℃恒溫培養(yǎng)箱中,在添加10%胎牛血清的DMEM 培養(yǎng)基中生長(zhǎng),以傳代后狀態(tài)較好的細(xì)胞進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。
1.3.3 細(xì)胞活性檢測(cè) 設(shè)置分組為10 組,包括空白組,三葉豆紫檀苷組(0.4、0.9、1.4 mmol/L),氧化苦參堿組(4.5、6、7.5 mmol/L),苦參堿組(4.8、6.4、8 mmol/L)。取對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期細(xì)胞,以5×104/孔的細(xì)胞懸液100 μL 接種于96 孔培養(yǎng)板中,每組6 個(gè)復(fù)孔,培養(yǎng)24 h。棄去培養(yǎng)基,各濃度藥物以每孔100 μL 加入預(yù)先培養(yǎng)的細(xì)胞中,培養(yǎng)24 h。棄去培養(yǎng)基,加入100 μL 的5%MTT 溶液于各孔中,于5% CO2,37 ℃恒溫培養(yǎng)箱中繼續(xù)孵育3 h。棄上清液,各孔中分別加入150 μL 的DMSO,低速轉(zhuǎn)動(dòng)10 s,使結(jié)晶全部溶解,在酶標(biāo)儀上測(cè)定490 nm 的吸光度 OD 值,計(jì)算細(xì)胞存活率。公式如下:
細(xì)胞存活率%=OD實(shí)驗(yàn)組/OD空白組×100%。
2.1 化學(xué)成分分析部分 采用UPLC-Q-TOF/MS技術(shù)對(duì)山豆根提取物進(jìn)行檢測(cè)分析,結(jié)果分別得到正、負(fù)離子模式下的基峰圖(見圖1)。采用UNIFI 1.8 軟件進(jìn)行分析,以及與相關(guān)文獻(xiàn)比對(duì)共鑒定出23 個(gè)化合物。包括吡啶類生物堿9 個(gè),異黃酮類化合物3 個(gè),二氫黃酮類化合物4 個(gè),二氫異黃酮類化合物2 個(gè),黃酮醇類化合物1 個(gè),苯并呋喃類化合物2 個(gè),蒽醌類化合物1 個(gè),木脂素類化合物1 個(gè),并得到各化學(xué)成分的保留時(shí)間、m/z 值、碎片離子等。數(shù)據(jù)見開放科學(xué)(資源服務(wù))標(biāo)識(shí)碼(OSID)。
圖1 山豆根負(fù)離子模式(A)和正離子模式(B)的BPI 圖Fig.1 BPI diagram of Sophora tonkinensis in negative ion(A)and positive ion(B)mode
2.1.1 吡啶類生物堿類化合物
2.1.1.1 苦參堿類 從山豆根中共鑒定出苦參堿類5 個(gè),包括5α-羥基萊曼堿、苦參堿、5α,14β-二羥基苦參堿、7,11-去氫苦參堿、氧化苦參堿。以化合物3為例,在正離子模式下,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物3 為5α-羥基萊曼堿,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 263.177 0[M+H]+,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有138.127 7[C9H16N]+、162.091 3[C10H12NO]+、176.107 0[C11H14NO]+、190.159 0[C13H20N]+、191.117 9[C11H15N2O]+、205.133 5[C12H17N2O]+、206.190 3[C14H24N]+,推測(cè)其為5α-羥基萊曼堿,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖2A)。預(yù)測(cè)所得化合物5也呈現(xiàn)碎片離子191.1179[C11H15N2O]+、206.190 3[C14H24N]+,且與相關(guān)文獻(xiàn)[26-30]進(jìn)行比較,推測(cè)化合物5 為苦參堿。
圖2 吡啶類生物堿類化合物質(zhì)譜圖及裂解途徑Fig.2 Mass spectrogram and fragmentation pathway of pyridine alkaloid
2.1.1.2 金雀花堿類 從山豆根中共鑒定出金雀花堿類3 個(gè),包括N-甲基金雀花堿、金雀花堿、N-己?;鹑富▔A。以化合物1 為例,在正離子模式下,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物1 為N-甲基金雀花堿,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 205.135 3[M+H]+,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有162.091 3[C10H12NO]+、191.117 9[C11H15N2O]+,與相關(guān)文獻(xiàn)[26-29]進(jìn)行比較,推測(cè)其為N-甲基金雀花堿,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖2B)。預(yù)測(cè)所得化合物2、11 均呈現(xiàn)碎片離子162.091 3[C10H12NO]+、191.117 9[C11H15N2O]+,推測(cè)化合物2、11 分別為金雀花堿、N-己?;鹑富▔A。
2.1.1.3 臭豆堿類 從山豆根中共鑒定出臭豆堿類1 個(gè),為臭豆堿。在正離子模式下,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物4 為臭豆堿,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 245.166 4[M+H]+,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有189.102 2[C11H19N2]+,且與相關(guān)文獻(xiàn)[26-28]進(jìn)行比較,推測(cè)其為臭豆堿,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖2C)。
2.1.2 黃酮類化合物
2.1.2.1 異黃酮類 從山豆根中共鑒定出異黃酮類化合物3 個(gè),分別為Sophoraflavone A、7,3'-二羥基-5'-甲氧基異黃酮、Wighteone。在正離子模式下,以化合物13 為例,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物13 為7,3'-二羥基-5'-甲氧基異黃酮,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 285.077 1[M+H]+,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有134.036 2[C8H6O2]+、137.023 3[C7H5O3]+、147.044 1 [C9H7O2]+、175.039 0 [C10H7O3]+、267.065 2[C16H11O4]+、270.052 3[C15H10O5]+,推測(cè)其為7,3'-二羥基-5'-甲氧基異黃酮,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖3A)。在負(fù)離子模式下,以化合物20 為例,預(yù)測(cè)化合物20 為Wighteone,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 337.105 2[M-H]-,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有269.045 5[C15H9O5]-、323.128 8[C20H19O4]-,推測(cè)其為Wighteone,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖3B)。
2.1.2.2 二氫黃酮類和二氫異黃酮類 從山豆根中共鑒定出二氫黃酮類化合物4 個(gè),分別為苦參醇E、考薩莫A、6,8-二異戊烯基柚皮素、山豆根黃酮K,二氫異黃酮類2 個(gè),為三葉豆紫檀苷、Sophotokin。以化合物18 為例,在負(fù)離子模式下,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物18 為考薩莫A,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 525.248 2[M-H]-,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有279.160 1 [C16H23O4]-、363.217 7 [C21H31O5]-、385.129 3[C21H21O7]-、399.217 7[C24H31O5]-、425.197 0[C25H29O6]-、467.171 1[C26H27O8]-,推測(cè)其為考薩莫A,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖3C)。依據(jù)UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物17 為苦參醇E,化合物19 為6,8-二異戊烯基柚皮素。
2.1.2.3 黃酮醇類 從山豆根中共鑒定出黃酮醇類化合物1 個(gè),為6,8-二異戊烯基山柰酚。化合物23在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 421.163 5[M-H]-,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有311.128 9 [C19H19O4]-、350.116 0[C21H18O5]-、403.155 1[C25H23O5]-,推測(cè)其為6,8-二異戊烯基山柰酚,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖3D)。
綜上,黃酮類化合物在裂解電壓和碰撞氣體作用下,通常會(huì)發(fā)生逆-狄爾斯-阿爾德(RDA)反應(yīng),C環(huán)發(fā)生1,3 鍵斷裂或者1,4 鍵斷裂,產(chǎn)生1,3A、1,3B、1,4A、1,4B 碎片離子;含有異戊烯基結(jié)構(gòu)的黃酮化合物通常會(huì)失去異戊烯基,而黃酮C 環(huán)的收縮會(huì)丟失CO、CO2,A 環(huán)或B 環(huán)有-OCH3的存在會(huì)丟失-CH3[31-33]。
2.1.3 其他類化合物
2.1.3.1 苯并呋喃類 從山豆根中共鑒定出苯并呋喃類2 個(gè),為2-(2',4'-dihydroxyphenyl)-5,6-methylenedioxybenxofuran、Shandougenine A。以化合物16 為例,在負(fù)離子模式下,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物16 為Shandougenine A,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 537.082 3[M-H]-,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有427.045 9[C24H11O8]-、509.087 8[C29H17O9]-,推測(cè)其為Shandougenine A,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖4A)。
圖4 其他類化合物質(zhì)譜圖及裂解途徑Fig.4 Mass spectrogram and fragmentation pathway of other compounds
2.1.3.2 蒽醌類 從山豆根中共鑒定出蒽醌類1 個(gè),為大黃素甲醚。在正離子模式下,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物12 為大黃素甲醚,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 285.077 3[M+H]+,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有137.0233[C7H5O3]+、253.0495[C15H9O4]+、270.0522[C15H10O5]+,推測(cè)其為大黃素甲醚,得到質(zhì)譜圖及其裂解途徑(見圖4B)。
2.1.3.3 木脂素類 從山豆根中共鑒定出木脂素類1 個(gè),為丁香脂素。在正離子模式下,UNIFI 1.8 軟件預(yù)測(cè)化合物14 為丁香脂素,在一級(jí)質(zhì)譜中準(zhǔn)分子離子峰為m/z 419.171 0[M+H]+,產(chǎn)生的主要碎片離子信息有205.085 9[C12H13O3]+、217.085 9[C13H13O3]+,推測(cè)其為丁香脂素。
2.2 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究部分
2.2.1 山豆根化學(xué)成分靶點(diǎn)和疾病靶點(diǎn) 利用UPLC-Q-TOF/MS 結(jié)合UNIFI 1.8 軟件鑒定得到的23 種化學(xué)成分的405 個(gè)靶點(diǎn)與肝癌的303 個(gè)靶點(diǎn)取交集,構(gòu)建韋恩圖(見圖5A),結(jié)果得到33 個(gè)共同靶點(diǎn)。
圖5 山豆根抗肝癌潛在靶點(diǎn)(A)、PPI 網(wǎng)絡(luò)(B)和山豆根“成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖(C)Fig.5 Potential anti-hepatoma targets of Sophora tonkinensis(A),PPI network(B)and components-targets network of Sophora tonkinensis(C)
2.2.2 PPI 網(wǎng)絡(luò)分析 STRING 數(shù)據(jù)庫中導(dǎo)入33 個(gè)潛在靶點(diǎn),得到PPI 網(wǎng)絡(luò)關(guān)系信息,導(dǎo)入Cytoscape3.7.2對(duì)蛋白網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化分析(見圖5B),度值前5 位的靶點(diǎn)為CCND1、AKT1、ERBB2、EGFR、ESR1,推測(cè)這些靶點(diǎn)可能是山豆根抗肝癌的核心靶點(diǎn)。
2.2.3 “成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建 通過Cytoscape 3.7.2 軟件構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖(見圖5C)。該網(wǎng)絡(luò)包含55 個(gè)節(jié)點(diǎn)和99 條邊,其中紅色部分代表22 個(gè)山豆根化學(xué)成分(鑒定所得成分中金雀花堿潛在靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)沒有共同靶點(diǎn)),藍(lán)色部分代表33 個(gè)共同靶點(diǎn)。其中 6,8-二異戊烯基山柰酚、Wighteone、大黃素甲醚、考薩莫A、三葉豆紫檀苷、Sophotokin 的度值較大,分別為11、11、10、8、8、7,因此,這些化合物可能是山豆根抗肝癌的關(guān)鍵成分。
2.2.4 富集分析 GO 功能富集分析顯示(見圖6),生物過程共獲得117 條注釋結(jié)果,主要涉及細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號(hào)通路、蛋白質(zhì)磷酸化、MAPK 級(jí)聯(lián)、蛋白激酶B 信號(hào)的正向調(diào)節(jié)、凋亡過程的負(fù)調(diào)控等;細(xì)胞成分共獲得15 條注釋結(jié)果,主要包括細(xì)胞質(zhì)、核質(zhì)、核、大分子復(fù)合物等方面;分子功能共獲得23 條注釋結(jié)果,主要涉及ATP 結(jié)合、相同蛋白結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合等方面。
圖6 GO 富集分析與KEGG 通路分析Fig.6 GO enrichment analysis and KEGG pathway analysis
KEGG 通路富集分析共得到112 個(gè)條目,刪去不相關(guān)通路,選取前20 條富集通路,并運(yùn)用微生信平臺(tái)進(jìn)行可視化(見圖6)。結(jié)果顯示山豆根抗肝癌主要涉及癌癥的途徑、HIF-1 信號(hào)通路、AGERAGE 信號(hào)通路、PI3K/AKT 信號(hào)通路、ErbB 信號(hào)通路等。以上結(jié)果說明山豆根可以通過調(diào)節(jié)協(xié)調(diào)多個(gè)生物過程及多個(gè)通路發(fā)揮抗肝癌的作用。
取顯著性前20 條的KEGG 通路構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)(見圖7),網(wǎng)絡(luò)共有75 個(gè)節(jié)點(diǎn)和362 條邊。其中紅色部分代表22 個(gè)山豆根化學(xué)成分,藍(lán)色部分代表33 個(gè)共同靶點(diǎn),綠色部分代表20 條信號(hào)通路。說明山豆根抗肝癌的藥理過程涉及多成分、多靶點(diǎn)以及多途徑。
圖7 山豆根“成分-靶點(diǎn)-通路”網(wǎng)絡(luò)圖Fig.7 Components-targets-pathways network of Sophora tonkinensis
2.2.5 分子對(duì)接 選取成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)中度值前6 位的活性成分6,8-二異戊烯基山柰酚、Wighteone、大黃素甲醚、考薩莫A、三葉豆紫檀苷、Sophotokin 與PPI 網(wǎng)絡(luò)中 度 值排名前5 位的核心 靶點(diǎn)CCND1(PDBID:2W96)、AKT1(PDBID:7NH5)、ERBB2(PDBID:3PP0)、EGFR(PDBID:7AEM)、ESR1(PDBID:5FQV)進(jìn)行對(duì)接,得到山豆根活性成分與靶點(diǎn)蛋白的最低結(jié)合能(見圖8A),通過pymol 軟件繪制分子對(duì)接(見圖8B)。結(jié)合能<0 kcal/mol 表明配體化合物分子可以與受體靶點(diǎn)蛋白自發(fā)結(jié)合,結(jié)合能≤-5.0 kcal/mol表明配體化合物分子與受體靶點(diǎn)蛋白具有良好的結(jié)合活性。由圖8A 可知,最低結(jié)合能均小于-5.0 kcal/mol,說明靶點(diǎn)蛋白和山豆根活性成分具有較好的親和力。由圖8B 可知,山豆根活性成分與靶點(diǎn)蛋白能通過氫鍵等分子間作用力結(jié)合。
2.3 MTT 法檢測(cè)細(xì)胞活性 根據(jù)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果以及中國藥典中山豆根的指標(biāo)成分,選擇三葉豆紫檀苷、氧化苦參堿和苦參堿進(jìn)行細(xì)胞活性驗(yàn)證。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,三葉豆紫檀苷不同濃度組處理細(xì)胞的存活率較空白組明顯降低,且呈現(xiàn)一定的劑量依賴性,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05,P<0.01),氧化苦參堿、苦參堿不同濃度組處理細(xì)胞的存活率比空白組降低,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05,P<0.01)(見圖9)。結(jié)果表明三葉豆紫檀苷、氧化苦參堿和苦參堿均有不同程度的抗肝癌作用。作用細(xì)胞相同時(shí)間下,三葉豆紫檀苷抑制HepG2 細(xì)胞增殖的作用大于氧化苦參堿、苦參堿,符合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的分析結(jié)果。
圖9 三葉豆紫檀苷、氧化苦參堿、苦參堿對(duì)HepG2 細(xì)胞活力的影響Fig.9 Effects of Trifolirhizin,Oxymatrine,Matrine on the viability of HepG2 cells
據(jù)報(bào)道,在中國每年新發(fā)肝癌病例和肝癌導(dǎo)致的死亡病例約占全球病例的50%[34]。目前主要的肝癌治療方法為手術(shù)切除腫瘤和進(jìn)行肝臟移植,然而卻存在肝源缺乏、手術(shù)困難、復(fù)發(fā)概率高、預(yù)后較差等問題[35]。因此,迫切需要繼續(xù)探索和制定科學(xué)有效的抗肝癌策略。隨著不斷深入中藥在腫瘤方面的研究,發(fā)現(xiàn)中醫(yī)藥可以通過抑制腫瘤的生長(zhǎng)與轉(zhuǎn)移、改善腫瘤微環(huán)境、調(diào)控細(xì)胞凋亡與自噬等不同機(jī)制發(fā)揮治療作用[36]。山豆根具有清熱解毒,消腫利咽的功效,而造成肝癌的病理機(jī)制大多是因?yàn)榍橹疽钟?,氣機(jī)阻滯,血行不暢,導(dǎo)致氣滯血瘀而成;或者由于濕熱邪毒或蟲蠱、酒毒為害日久,瘀血毒結(jié)聚于肝臟所致[37]。許多研究表明山豆根具有很好的抗肝癌作用。山豆根生物堿通過調(diào)控血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(VEGF)、磷脂酰肌醇3 激酶(PI3K)及磷酸酯酶與張力蛋白同源物(PTEN)基因發(fā)揮明確的抗肝腫瘤作用[8];山豆根提取物可以明顯抑制人肝癌細(xì)胞的增殖,降低線粒體的代謝活性[11];山豆根提取物不僅能抑制人肝母細(xì)胞瘤HepG2 細(xì)胞、人肝癌Hep3B細(xì)胞的增殖,并且能使大部分HepG2 和Hep3B 細(xì)胞株產(chǎn)生凋亡[12];山豆根顆粒與飲片被證實(shí)可以提高荷瘤小鼠血清中白細(xì)胞介素-2、干擾素-γ 及腫瘤壞死因子-α 等細(xì)胞因子含量,進(jìn)而抑制腫瘤生長(zhǎng)[9];山豆根非生物堿成分也能顯著保護(hù)免疫性肝損傷[38]。但是,山豆根抗肝癌的藥效學(xué)及作用機(jī)制研究只涉及到山豆根提取物,對(duì)山豆根抗肝癌作用的藥效物質(zhì)基礎(chǔ)及其作用靶點(diǎn)尚未闡明。
目前,山豆根的化學(xué)成分主要通過NMR、IR、UV、柱色譜、高效液相色譜(HPLC)、X 射線單晶衍射和圓二色譜(CD)進(jìn)行鑒定,分離過程復(fù)雜且耗時(shí)[39]。而中藥的化學(xué)成分多樣,全面了解化學(xué)成分的組成有助于闡明中藥藥效物質(zhì)基礎(chǔ)及作用機(jī)制。近年來,UPLC-Q-TOF/MS 可以對(duì)復(fù)雜組分進(jìn)行高效、快速的分析,其提供了豐富的二級(jí)質(zhì)譜信息,可以實(shí)現(xiàn)中藥化學(xué)成分的快速分離和鑒定。采用UPLC-QTOF/MS 技術(shù)鑒定山豆根化學(xué)成分可以避免復(fù)雜、繁瑣耗時(shí)的分離純化工作,提高定性分析的效率和準(zhǔn)確性,實(shí)現(xiàn)對(duì)山豆根成分的鑒定,為山豆根的進(jìn)一步開發(fā)利用、質(zhì)量控制和藥效物質(zhì)基礎(chǔ)研究奠定了基礎(chǔ)。
因此,本研究首先利用UPLC-Q-TOF/MS 結(jié)合UNIFI 軟件對(duì)山豆根成分進(jìn)行了快速鑒定,共鑒定出23 個(gè)化合物。包括吡啶類生物堿9 個(gè),異黃酮類化合物3 個(gè),二氫黃酮類化合物4 個(gè),二氫異黃酮類化合物2 個(gè),黃酮醇類化合物1 個(gè),苯并呋喃類2 個(gè),蒽醌類1 個(gè),木脂素類1 個(gè)。運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法進(jìn)行研究,獲得了包括三葉豆紫檀苷、氧化苦參堿、苦參堿在內(nèi)的23 個(gè)有效成分,并發(fā)現(xiàn)其主要作用于AKT1、ERBB2、CCND1、EGFR、ESR1 等33 個(gè)核心靶點(diǎn),通過調(diào)節(jié)HIF-1 信號(hào)通路、AGE-RAGE信號(hào)通路、PI3K/AKT 信號(hào)通路、ErbB 信號(hào)通路等多條通路發(fā)揮抗肝癌作用。細(xì)胞活性實(shí)驗(yàn)中不同濃度的三葉豆紫檀苷、氧化苦參堿、苦參堿均能抑制HepG2 細(xì)胞的增殖,說明三葉豆紫檀苷、氧化苦參堿、苦參堿具有不同程度的抗肝癌作用,且三葉豆紫檀苷的抗肝癌作用更顯著,與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)果一致,表明了山豆根的潛在活性成分具有抗肝癌作用。
研究發(fā)現(xiàn),苦參堿作用于以誘導(dǎo)糖酵解調(diào)節(jié)磷酸酶(TP53)、血 管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子A(VEGFA)及CCND1 等多靶點(diǎn),通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)同時(shí)驗(yàn)證了苦參堿通過調(diào)節(jié)細(xì)胞凋亡、線粒體穩(wěn)態(tài)等多條通路,從而起到抑制肝癌的作用[40];苦參堿和氧化苦參堿通過抑制蛋白激酶B(AKT)磷酸化,阻滯AKT/GSK3β/β-catenin 信號(hào)通路,誘導(dǎo)癌細(xì)胞凋亡;或阻滯PI3K/AKT 通路,上調(diào)PTEN 表達(dá),從而使p21、p27、p53細(xì)胞周期負(fù)性調(diào)控因子表達(dá)上調(diào),下調(diào)細(xì)胞周期相關(guān)蛋白表達(dá),進(jìn)而抑制細(xì)胞增殖[41]。而Wighteone 能抑制EGFR 信號(hào)通路,誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡,抑制細(xì)胞增殖[42];三葉豆紫檀苷能夠激活EGFR-MAPK 信號(hào)通路,通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)表明三葉豆紫檀苷可能在癌癥治療中有治療應(yīng)用[43]。
此外,AKT1 作為一種蘇氨酸蛋白激酶,能夠激活PI3K/AKT 信號(hào)通路,促進(jìn)肝癌細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲[44]。ERBB2 基因也稱HER2 基因,可以調(diào)節(jié)細(xì)胞生長(zhǎng)、增殖、分化和凋亡[45]。ERBB2 基因可能激活PI3K/AKT 信號(hào)通路,抑制肝癌HepG2 細(xì)胞的生長(zhǎng)。而PI3K/AKT 通路與各種人類惡性腫瘤生物過程有關(guān),具有調(diào)節(jié)腫瘤細(xì)胞的葡萄糖代謝、增殖及凋亡的作用,其中 AKT 還能通過調(diào)節(jié)細(xì)胞周期來調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖[46]。相關(guān)研究表明,CCND1 作為一種細(xì)胞周期調(diào)節(jié)蛋白,不僅能調(diào)節(jié)細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶,而且能參與G1 期向S 期的細(xì)胞周期轉(zhuǎn)化。因此CCND1 可以調(diào)節(jié)肝癌細(xì)胞的細(xì)胞周期,促進(jìn)肝癌細(xì)胞的侵襲轉(zhuǎn)移、肝癌干細(xì)胞干性維持等[47]。抑制表皮生長(zhǎng)因子受體(EGFR)是原癌基因C-erbB-1的表達(dá)產(chǎn)物,EGFR 的高表達(dá)與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切關(guān)系[48]。ESR1 是一種類固醇受體,一旦突變,ESR1在原發(fā)性惡性腫瘤轉(zhuǎn)移中被激活,抑制ESR1 基因活化可用于抗癌;而在人類肝癌樣本中 ESR1 mRNA表達(dá)上調(diào),下調(diào)ESR1 mRNA 表達(dá)對(duì)肝癌具有治療作用[49]。HIF 作為轉(zhuǎn)錄因子,不僅可以通過轉(zhuǎn)錄激活VEGF、下調(diào)ENT 中的E-鈣黏蛋白進(jìn)而影響腫瘤細(xì)胞[50],而且HIF 是抑制病毒性肝炎的重要治療靶點(diǎn),也可以被乙肝病毒(HBV)激活,是發(fā)生肝癌的主要原因之一。
綜上所述,本研究在對(duì)山豆根化學(xué)成分鑒定分析的基礎(chǔ)上,利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法對(duì)山豆根23 種化學(xué)成分的33 個(gè)潛在抗肝癌靶點(diǎn)進(jìn)行了分析,發(fā)現(xiàn)山豆根可能通過HIF-1 信號(hào)通路、PI3K/AKT 信號(hào)通路等多條通路抑制肝癌細(xì)胞的增殖、促進(jìn)肝癌細(xì)胞的凋亡來發(fā)揮抗肝癌作用,通過分子對(duì)接技術(shù)以及細(xì)胞活性實(shí)驗(yàn)進(jìn)行了進(jìn)一步驗(yàn)證,為進(jìn)一步明確山豆根抗肝癌的作用機(jī)制及臨床應(yīng)用提供了理論依據(jù)和研究方向。本研究存在一定的局限性,由于流動(dòng)相洗脫程序中有機(jī)相比例較高,響應(yīng)較好的峰大多為極性較低的成分,如脂肪酸等,因此未能鑒定出這部分峰代表的化合物。此外,通過細(xì)胞實(shí)驗(yàn)對(duì)預(yù)測(cè)的活性成分進(jìn)行了初步驗(yàn)證,后續(xù)研究中將進(jìn)一步驗(yàn)證網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)推測(cè)的作用靶點(diǎn),明確活性成分與關(guān)鍵靶點(diǎn)的關(guān)系,從而為山豆根抗肝癌的基礎(chǔ)研究和臨床應(yīng)用提供更加充分、完善的思路。