余慧 王靜 梁昕昕 辛亞平 周軍 趙會君
(北方民族大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院 國家民委黃河流域農(nóng)牧交錯區(qū)生態(tài)保護重點實驗室,銀川 750021)
寧夏枸杞(Lycium barbarumL.)為茄科枸杞屬多年生落葉灌木,其果實枸杞子富含多糖、甜菜堿以及黃酮類化合物,具有滋補肝腎、潤肺明目、抗氧化、抗衰老等功效[1]。寧夏枸杞是寧夏當(dāng)?shù)氐湫偷慕?jīng)濟樹種,同時也是鹽堿地栽植的先鋒物種之一,在甘肅、青海、新疆、內(nèi)蒙古和西藏等地也有大面積種植[2]。
鐵元素(Fe)是植物生長發(fā)育過程中所必需的微量元素,廣泛參與光合作用、呼吸作用、葉綠素生物合成、活性氧的形成與消除以及氮素的固定等關(guān)鍵生理代謝過程[3],雖然土壤中含有豐富的Fe,但其主要以三價鐵形式存在,植物無法直接吸收利用[4],尤其西北地區(qū)土壤pH普遍偏高[5],在鹽堿地種植的枸杞往往會出現(xiàn)缺鐵失綠性黃葉病,尤以幼苗和幼樹受害嚴(yán)重,這導(dǎo)致幼苗葉綠素合成受阻,含量降低,新葉變黃,生物量大幅度下降[6]。還有研究表明,F(xiàn)e的缺乏會導(dǎo)致植物過量地吸收鎘(Cd)[7],Cd是毒性很高的重金屬元素,一般通過農(nóng)藝措施進入環(huán)境,Cd通過Fe和鋅(Zn)轉(zhuǎn)運蛋白進入植物體內(nèi)[8],降低葉綠素的含量以及影響植物體碳的固定從而對植物造成毒害,影響品質(zhì)[9]。
近年來,F(xiàn)RO、ZIP和NRAMP家族中的一些成員參與了植物細胞內(nèi)Fe和Cd的吸收和轉(zhuǎn)運[10-11]。鐵還原酶基因FRO能夠?qū)⑼寥乐械娜齼r鐵轉(zhuǎn)換成二價鐵。迄今為止,在擬南芥中已克隆出8個鐵還原酶基因AtFRO1-AtFRO8,其中,AtFRO2、AtFRO4及AtFRO5在根系中發(fā)揮作用[12-13],而AtFRO6、AtFRO7及AtFRO8主要在葉片、莖段、花以及果實中高效表達[14-16]。除了擬南芥,豌豆和番茄等植物根系中的重要三價鐵還原酶基因也相繼被克隆。豌豆Fe(Ⅲ)還原酶基因PsFRO1在根及葉中表達,該基因受缺鐵信號誘導(dǎo)而在根表皮高效表達[17]。番茄Fe(Ⅲ)還原酶基因LeFRO1在根、葉、花、果中表達[18]。金屬離子轉(zhuǎn)運蛋白IRT1是ZIP基因家族中重要的成員,擬南芥的AtIRT1不僅能轉(zhuǎn)運Fe,而且還能轉(zhuǎn)運錳(Mn)、鋅(Zn)以及Cd等金屬元素,將AtIRT1敲除后的突變體在缺鐵脅迫下葉片發(fā)黃,在苗期致死[19]。缺鐵條件下,水稻OsIRT1和OsIRT2能增強對Cd的攝取和轉(zhuǎn)運[7]。除了鐵轉(zhuǎn)運蛋白IRT1能運輸二價鐵離子之外,YSL、NRAMP以及OPT等基因也參與了Fe2+的轉(zhuǎn)運過程[20]。金屬轉(zhuǎn)運家族Nramp家族不僅能吸收和轉(zhuǎn)運Mn、Fe等微量元素,還參與了植物對Cd等重金屬的吸收和轉(zhuǎn)運[21],越來越多的研究證實,F(xiàn)e和Cd共用離子通道[22]。
與其他植物相比,寧夏枸杞中Fe和Cd吸收轉(zhuǎn)運相關(guān)的基因研究較少。本研究通過轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)及生物信息學(xué)分析技術(shù),篩選與Fe和Cd吸收轉(zhuǎn)運相關(guān)的關(guān)鍵基因,利用實時熒光定量PCR技術(shù)結(jié)合轉(zhuǎn)基因酵母技術(shù)進行基因功能初步驗證,深入探討目的基因在Fe離子吸收及穩(wěn)態(tài)維持中的作用以及在Cd吸收轉(zhuǎn)運中的功能,為寧夏枸杞黃葉病的防治、培育高效Fe利用枸杞品種和低鎘累積品種的培育提供理論基礎(chǔ)及技術(shù)支持。
以寧杞1號組培快繁苗為材料,取生長良好、高度基本一致的組培苗移入Hoagland營養(yǎng)液中進行水培,每7 d更換一次營養(yǎng)液,培養(yǎng)條件為28℃光照16 h/22℃黑暗8 h,光照強度4 000 lx,相對濕度60%-70%。待水培苗生長至10 cm左右時進行處理,用于轉(zhuǎn)錄組測序及RNA提取。
1.2.1 轉(zhuǎn)錄組測序及與金屬離子吸收轉(zhuǎn)運相關(guān)基因的篩選 選取生長健康、大小一致的枸杞幼苗,以未經(jīng)Cd處理的枸杞水培苗作為對照,用100 μmol/L的CdCl2處理12 h和48 h后,分別收集對照組和處理組的葉片和根系組織,每個樣品重復(fù)取樣3次,液氮速凍后送深圳華大公司進行轉(zhuǎn)錄組測序。利用GO(Gene Ontology)數(shù)據(jù)庫和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)數(shù)據(jù)庫進行注釋[23],挖掘Cd轉(zhuǎn)運相關(guān)功能基因,利用熱圖聚類分析篩選與Cd吸收轉(zhuǎn)運相關(guān)的轉(zhuǎn)運蛋白基因并進行后期驗證。
1.2.2 枸杞組織RNA的提取及cDNA合成 選取生長健康、長勢基本一致的枸杞幼苗,部分幼苗經(jīng)200 μmol/L Fe-EDTA處理,于處理后第0、2、8、12、24、48和72 h收集枸杞的根系組織并液氮速凍;剩余部分經(jīng)100 μmol/L CdCl2處理后第0、8、12、24、48和72小時收集枸杞的根系組織,液氮速凍,用于RNA的提取。取0.1 g枸杞根系組織于液氮中充分研磨成粉末后,利用RNAprep Pure Plant Kit試劑盒(北京,天根)提取葉片總RNA,1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的完整性。以總RNA為模板,用逆轉(zhuǎn)錄試劑盒逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA(北京,全式金),用作實時熒光定量PCR的模板。
1.2.3 實時熒光定量PCR分析Fe、Cd脅迫下目的基因表達變化模式 為進一步研究與Fe離子吸收轉(zhuǎn)運相關(guān)的基因在Fe、Cd脅迫下的表達變化情況,篩選了5個相關(guān)基因,并使用primer express 3.0軟件設(shè)計實時熒光定量引物(表1),采用美國MX3000pTMqPCR實時熒光定量PCR儀,以寧夏枸杞的β-actin作為內(nèi)參基因[24],SYBR Green Universal Master mix kit(Toyobo, Osaka, Japan)為熒光染料,模板為稀釋15倍的cDNA,每個樣品設(shè)3個重復(fù),反應(yīng)程序為95℃ 10 min;95℃ 30 s,60℃ 30 s,72℃ 30 s,45個循環(huán)。采用2-△△CT法計算基因相對表達量。
表1 基因克隆以及特異性表達分析引物表Table 1 Primers for gene cloning and specific expressions
1.2.4 枸杞中與Fe、Cd吸收轉(zhuǎn)運相關(guān)基因克隆及生物信息學(xué)分析 利用常規(guī)PCR法,以cDNA為模板,克隆基因全長序列(表1),測序,blast比對并確認(rèn)。利用在線工具(https://web.expasy.org/protparam/)預(yù)測目的基因分子量;利用TMHMM(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)預(yù)測蛋白質(zhì)跨膜結(jié)構(gòu)域;利用SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)預(yù)測蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu);利用swiss-model(https:// www.swissmodel.expasy.org/)預(yù)測蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu);使用MEGA 7.0軟件的Neighbor-Joining(鄰接)法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。
1.2.5 酵母表達載體的構(gòu)建及轉(zhuǎn)基因酵母功能分析 所用酵母為Fe敏感型酵母菌株(△CCC1)及Zn/Cd/Ni/Co敏感型酵母菌株(YK44),構(gòu)建YES2-IRT2、YES2-FRO以及YES2-NRAMP3酵母表達載體并測序驗證。
Fe的敏感型轉(zhuǎn)化試驗:將Fe敏感型菌株△CCC1接種于YPDGAL液體培養(yǎng)基中進行活化培養(yǎng),采用醋酸鋰法制備△CCC1酵母感受態(tài)細胞,將YES2-IRT2、YES2-FRO、YES2-NRAMP3以及YES2空質(zhì)粒分別導(dǎo)入△CCC1感受態(tài)細胞,在CMUracil和SD+His的篩選培養(yǎng)基上篩選陽性重組酵母菌株并進行PCR驗證。配制含0、400、600和800 μmol/L FeSO4·7H2O的YPD固體培養(yǎng)基。
Cd的敏感型轉(zhuǎn)化試驗:將Zn/Cd/Ni/Co敏感型酵母菌株(YK44),接種于YPDGAL液體培養(yǎng)基中進行活化培養(yǎng),采用醋酸鋰法制備YK44酵母感受態(tài)細胞,將YES2-IRT2、YES2-FRO、YES2-NRAMP3以及YES2空質(zhì)粒分別導(dǎo)入YK44感受態(tài)細胞,在CM-Uracil和SD+His的篩選培養(yǎng)基上篩選陽性重組酵母菌株并進行PCR驗證,配制含0、40、60和100 μmol/L CdCl2的YPD固體培養(yǎng)基。
將重組酵母菌株接種到Y(jié)PDGAL液體培養(yǎng)基中,待OD600達到0.5-0.6時停止培養(yǎng),用滅菌水分別稀釋10-1、10-2、10-3和10-4倍,各取2 μL依次接種于上述含有重金屬的YPD固體培養(yǎng)基中,30℃倒置培養(yǎng)72 h,觀察酵母生長狀況,每個試驗處理重復(fù)3次。
以無Cd脅迫的寧夏枸杞為對照組(CK),以100 μmol/L CdCl2脅迫下的寧夏枸杞為處理組進行轉(zhuǎn)錄組測序,通過GO和KEGG分析12和48 h的根系和葉片轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),設(shè)置log2≥2為篩選條件,篩選到大量受Cd誘導(dǎo)而上調(diào)表達的基因(圖1、表2),高效響應(yīng)金屬離子的跨膜轉(zhuǎn)運蛋白主要包括:ZIP跨膜轉(zhuǎn)運蛋白家族、NRAMP跨膜轉(zhuǎn)運蛋白家族、YSL跨膜轉(zhuǎn)運蛋白家族、OPT跨膜轉(zhuǎn)運蛋白家族基因等,表明這些跨膜轉(zhuǎn)運蛋白家族的基因能積極地響應(yīng)Cd的脅迫,可能具有轉(zhuǎn)運金屬離子的作用。
圖1 寧夏枸杞根系及葉片中離子跨膜轉(zhuǎn)運蛋白基因的篩選及熱圖聚類分析Fig.1 Screening and hot map of ion transporter genes in the leaf tissue and root tissue of L.barbarum
表2 根系及葉片中篩選的離子轉(zhuǎn)運相關(guān)基因Table 2 Genes related to ion transporter selected from the root and leaf
基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析,篩選5個與跨膜轉(zhuǎn)運蛋白基因進行Fe、Cd脅迫下的表達模式分析,其在200 μmol/L Fe-EDTA脅迫下的表達倍數(shù)(圖2)。IRT1在Fe脅迫8 h時開始上調(diào)表達,隨著處理時間的延長而增加,在12 h表達量達到極顯著水平(P<0.001),在24 h表達量達到最大值,是對照的4.37倍;IRT2在脅迫2 h開始顯著上調(diào)表達,在48 h表達倍數(shù)達到極顯著水平(P<0.001),是對照的4.13倍;FRO在Fe脅迫初期表達量略有下降,隨著時間的延長逐漸增加,在72 h時,表達量達到極顯著水平(P<0.001),為對照的3.28倍;NRAMP3和YSL在Fe脅迫后的72 h時卻呈現(xiàn)極顯著下降水平。結(jié)果表明,這些基因在高鐵脅迫下呈現(xiàn)不同的表達變化模式,甚至同一基因在不同的時間點表達倍數(shù)有明顯的差異,推測這些基因在枸杞中參與Fe元素的吸收和轉(zhuǎn)運。
圖2 目的基因在200 μmol/L的Fe-EDTA脅迫下的表達變化模式Fig.2 Expression pattern of target gene under 200 μmol/L Fe-EDTA stress
IRT1在Cd脅迫下8、48及72 h表達倍數(shù)達到顯著水平(P<0.01);IRT2在Cd脅迫初期表達量并未上調(diào)反而有所下降,在第48小時顯著上調(diào)表達(P<0.05),在72 h表達倍數(shù)達到極顯著水平(P<0.001),是對照的5.04倍;FRO的表達量在8 h開始極顯著被抑制(P<0.001),48 h恢復(fù)表達水平;NRAMP3在72 h表達量達到最大值,為對照的6.06倍,YSL為對照的3.26倍(圖3)。結(jié)果顯示,F(xiàn)RO受到Cd的負(fù)調(diào)控,其余的基因都受到Cd的誘導(dǎo)表達,表達倍數(shù)有明顯的差異,推測這些基因可能參與了枸杞對Cd的耐受、轉(zhuǎn)運或解毒。
圖3 目的基因在100 μmol/L的CdCl2脅迫下的表達變化模式Fig.3 Expression pattern of target gene under 100 μmol/L CdCl2 stress
根據(jù)實時熒光定量PCR結(jié)果篩選了IRT2、FRO及NRAMP3為目的基因進行全長序列的克隆及后期基因功能驗證,利用PCR技術(shù)克隆并進行生物信息學(xué)分析以及轉(zhuǎn)基因酵母功能分析。以寧杞1號cDNA為模板,采用常規(guī)PCR法,克隆到IRT2、FRO及NRAMP3全長序列,分別為645、2 220和1 533 bp。
通過在線工具預(yù)測這3個基因的理化特征(表3),LbIRT2和LbFRO編碼的蛋白理論等電點均大于7,屬于堿性蛋白;LbNRAMP3編碼的蛋白屬于酸性蛋白。LbIRT2編碼的蛋白不穩(wěn)定指數(shù)大于40,屬于不穩(wěn)定蛋白;而LbFRO和LbNRAMP3編碼的蛋白屬于穩(wěn)定蛋白。用SOPMA軟件分析蛋白的二級結(jié)構(gòu),結(jié)果(表4)顯示,LbIRT2和LbNRAMP3的α-螺旋含量約占55%,LbFRO蛋白約占37%;其次是無規(guī)則卷曲,占20%-30%,β-轉(zhuǎn)角含量最少。LbFRO和LbNRAMP3三級結(jié)構(gòu)主要由α-螺旋構(gòu)成,與二級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果相符合(圖4)。
圖4 LbIRT2、LbFRO及LbNRAMP3跨膜結(jié)構(gòu)、蛋白三級結(jié)構(gòu)以及進化樹分析Fig.4 Transmembrane structure, tertiary structure and phylogenetic tree analysis of LbIRT2, LbFRO and LbNRAMP3 genes
表3 寧夏枸杞中響應(yīng)鐵鎘脅迫的功能基因理化性質(zhì)分析Table 3 Physicochemical properties of functional genes responsible to iron and cadmium stress in L.barbarum
表4 寧夏枸杞中響應(yīng)鐵鎘脅迫的功能基因二級結(jié)構(gòu)預(yù)測Table 4 Prediction of secondary structure of functional genes in L.barbarum response to iron and cadmium stress
跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測顯示,LbIRT2具有5個跨膜結(jié)構(gòu)域;LbFRO具有9個跨膜結(jié)構(gòu)域;LbNRAMP3具有11個跨膜結(jié)構(gòu)域,符合NRAMP3家族成員的10-12個典型跨膜螺旋的結(jié)構(gòu)特征。
聚類分析顯示,LbIRT2和玉米以及水稻的IRT1聚為一類,和擬南芥的AtIRT2親緣關(guān)系較近;LbFRO和水稻的OsFRO2同源性最高和擬南芥的AtFRO4和AtFRO5處在同一分支;LbNRAMP3與番茄的LeNRAMP3具有較高的相似性,和擬南芥的AtNRAMP3和AtNRAMP4處在同一分支。
通過分析不同濃度Fe及Cd處理下LbIRT2、LbFRO以及LbNRAMP3的轉(zhuǎn)基因酵母(圖5)。隨著FeSO4·7H2O濃度的增加,3個轉(zhuǎn)基因酵母菌株生長狀況要優(yōu)于對照,在600和800 μmol/L處理下,能明顯觀察到轉(zhuǎn)化YES2-IRT2、YES2-FRO以及YES2-NRAMP3的酵母菌生長狀況比對照好;在40和60 μmol/L的CdCl2脅迫下,YES2-IRT2和YES2-NRAMP3轉(zhuǎn)基因酵母的長勢均弱于對照組,在100 μmol/L的CdCl2處理YES2-NRAMP3酵母菌株生長受到極顯著抑制,而YES2-FRO轉(zhuǎn)基因酵母在CdCl2處理下的生長狀況優(yōu)于對照組。
圖5 轉(zhuǎn)基因酵母的表型分析Fig.5 Phenotypic analysis of transgenic yeast
大量文獻報道,F(xiàn)RO、ZIP和NRAMP家族中的一些成員參與了植物體內(nèi)Fe和Cd的吸收轉(zhuǎn)運過程。鐵還原酶基因(FRO)在植物對Fe元素的吸收上起著重要的作用,能夠?qū)e3+還原成Fe2+[25],使植物能更加容易地吸收鐵元素。Satbhai等[26]利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)將AtFRO2導(dǎo)入其他植物體,能夠明顯減輕植物缺鐵黃化癥狀,番茄LeFRO1在葉片中的穩(wěn)定表達,維持了植物對Fe的吸收利用[27],杜梨幼苗中與Fe吸收相關(guān)基因FRO2和IRT1在缺鐵脅迫下顯著上調(diào)表達,增加了對Fe的吸收利用[20],蘋果屬小金海棠MxFRO4和MxFRO6定位于細胞質(zhì)膜上,在根、莖、葉中均有表達,受到缺鐵和高鐵脅迫的誘導(dǎo)表達[28],水稻OsFRO2表達可由鐵過量或持續(xù)性缺鐵誘導(dǎo)[29],這顯示FRO基因受缺鐵或高鐵誘導(dǎo)表達,參與了植物對鐵的吸收利用。本研究所構(gòu)建的LbFRO系統(tǒng)進化樹顯示,LbFRO和水稻OsFRO2同源性最高,受到高鐵誘導(dǎo)表達,這與Ishimaru等[30]研究結(jié)果十分相似,充分證實了FRO基因參與了枸杞中鐵離子的吸收和轉(zhuǎn)運。同時,該基因的過表達能增強YES2-FRO轉(zhuǎn)基因酵母對Fe和Cd的耐受性,其機理有待于進一步的研究。
ZIP轉(zhuǎn)運蛋白家族的基因不僅能夠轉(zhuǎn)運植物生長所必需的微量元素Zn、Fe、Mn和Cu等,同時還能轉(zhuǎn)運Cd、鎳(Ni)、鈷(Co)等有毒元素[31]。AtIRT2是最早被發(fā)現(xiàn)并克隆到的ZIP家族成員[32],AtIRT2與AtIRT1有很高的功能相似性,AtIRT2已經(jīng)被證實定位在細胞內(nèi)的囊泡上,在根尖受低鐵誘導(dǎo)表達;AtIRT1突變體在環(huán)境中無法正常生長,葉片嚴(yán)重黃化,幼苗期因缺鐵致死。水稻中的OsIRT1在根、柄和葉中均有表達,過表達OsIRT1基因會提高水稻全株的Fe、Zn含量,并且對高濃度的Cd元素非常敏感,這表明OsIRT1還參與了Zn、Cd的吸收及轉(zhuǎn)運。本研究轉(zhuǎn)基因酵母對Fe、Cd的耐性分析表明,在高鐵脅迫下LbIRT2的轉(zhuǎn)基因酵母長勢比空載體好,由于LbIRT2與定位在囊泡上的AtIRT2同源性較高,推測該基因可以將Fe快速螯合到囊泡中來減少毒害,這種現(xiàn)象被稱為主動適應(yīng)環(huán)境變化[33];Nakanishi等[7]發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)化水稻OsIRT1和OsIRT2的酵母菌較表達空載體的酵母對Cd的敏感性更強,通過檢測發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)OsIRT2酵母細胞中Cd含量顯著高于對照組,大約是對照的1.8倍,表明轉(zhuǎn)OsIRT1和OsIRT2的酵母菌株累積了過量的Cd而導(dǎo)致對Cd脅迫更加敏感。本研究進化樹分析顯示LbIRT2與OsIRT1同源性較高,同時轉(zhuǎn)化LbIRT2的酵母生長受到了抑制,這與Nakanishi等[7]的研究結(jié)果一致,推測LbIRT2可能參與了枸杞對Fe和Cd的轉(zhuǎn)運,有待于后期深入研究。
Nramp家族是一類具有轉(zhuǎn)運金屬離子功能的膜蛋白家族,不僅能轉(zhuǎn)運Fe和Mn等營養(yǎng)元素,還參與了植物對Cd的吸收和轉(zhuǎn)運。進化樹分析顯示,LbNRAMP3與番茄的LeNRAMP3基因以及擬南芥的AtNRAMP3親緣關(guān)系較近。LeNRAMP3已經(jīng)被證實定位在囊泡中,在根系中高效表達,在Fe的獲取和再分配中發(fā)揮作用[34];AtNRAMP3定位在液泡膜上,在葉和根中高效表達,在酵母細胞中表達AtNRAMP3和AtNRAMP4能夠提高酵母對Cd的敏感性,通過測定培養(yǎng)24 h后的轉(zhuǎn)基因酵母中Cd的含量發(fā)現(xiàn),轉(zhuǎn)AtNRAMP3和AtNRAMP4的酵母中Cd含量顯著高于對照,分別大約是對照的1.8倍和1.7倍[35-38]。本研究進化樹分析顯示,LbNRAMP3與AtNRAMP3和AtNRAMP4序列高度相似,酵母轉(zhuǎn)化試驗結(jié)果顯示,轉(zhuǎn)化LbNRAMP3的酵母在含40和60 μmol/L CdCl2的培養(yǎng)基上的長勢相對于對照組較弱,在100 μmol/L CdCl2處理的培養(yǎng)基上無法生長,表明轉(zhuǎn)化LbNRAMP3提高了酵母對Cd的敏感性。同時實時熒光定量PCR發(fā)現(xiàn)LbNRAMP3在Fe、Cd脅迫下明顯上調(diào)表達,以上研究結(jié)果證明了LbNRAMP3參與了Fe和Cd的轉(zhuǎn)運。
從寧夏枸杞中克隆得到LbIRT2、LbFRO以及LbNRAMP3,其受Fe和Cd脅迫后顯著上調(diào)表達,酵母中表達LbIRT2、LbFRO以及LbNRAMP3能夠增強酵母對Fe和Cd的敏感性,這3個基因可能參與了枸杞對Fe和Cd的吸收轉(zhuǎn)運。