5種常見腐乳微生物多樣性的比較

習(xí)盈月,郭騰飛,亢文月,池毓烺，袁建軍

(泉州師范學(xué)院 海洋與食品學(xué)院,福建 泉州 362000)

腐乳是我國傳統(tǒng)的發(fā)酵型食品，它是以黃豆為原料，經(jīng)過浸泡、磨細(xì)、制坯工序后，在適宜的環(huán)境條件下，經(jīng)微生物發(fā)酵而成.其產(chǎn)地遍布全國各地，由于氣候物產(chǎn)、風(fēng)俗習(xí)慣、飲食愛好的差異，各地的腐乳各有其獨(dú)特的風(fēng)味.根據(jù)風(fēng)味和色澤的不同，腐乳通常分為紅方、白方、青方三大類；后來的新產(chǎn)品一般是在成熟的紅方和白方腐乳基礎(chǔ)上,添加某種經(jīng)特殊處理的輔料所制得[1].

腐乳獨(dú)特的風(fēng)味是通過不同微生物分解植物蛋白、碳水化合物等成多肽、氨基酸及脂肪酸等風(fēng)味前體物質(zhì)[2]，再經(jīng)后酵而形成.腐乳發(fā)酵通?？梢苑譃樽匀话l(fā)酵和純種發(fā)酵.因此腐乳微生物的種類和豐度存在較大差異，而微生物的種類和數(shù)目對腐乳品質(zhì)起著絕對性的作用[3].又因腐乳是半開放式生產(chǎn)且不能對腐乳進(jìn)行高溫滅菌[4]，因此環(huán)境微生物影響腐乳品質(zhì)的同時(shí)也存在安全隱患，如發(fā)酵過程中生物胺[5-7]的生成.此外，微生物間的作用關(guān)系也值得關(guān)注，例如拮抗關(guān)系可能會(huì)抑制有害菌的生長從而降低腐乳的品質(zhì).因此，研究不同品牌腐乳微生物結(jié)構(gòu)及多樣性是非常重要的.

高通量基因測序技術(shù)是目前研究人員經(jīng)常采用的研究傳統(tǒng)發(fā)酵食品中的微生物多樣性的技術(shù)手段之一，如運(yùn)用于研究泡菜[8]、豆醬[9]、榨菜[10]、和豆豉[11]等傳統(tǒng)發(fā)酵食品上，發(fā)現(xiàn)了更多的微生物類群，這些微生物是利用傳統(tǒng)純培養(yǎng)手段無法發(fā)現(xiàn)的[12].

因此，本研究采用高通量測序技術(shù)對市售不同產(chǎn)地、不同類別的5種不同品牌腐乳(紅方2種，白方1種，新產(chǎn)品1種，牟定油腐乳1種)進(jìn)行檢測分析，旨在探究不同腐乳與菌落結(jié)構(gòu)的關(guān)系，了解微生物在我國傳統(tǒng)發(fā)酵食品的作用.

1 材料與方法

1.1 材料與試劑

在天貓超市(https://chaoshi.tmall.com/)購買不同產(chǎn)地、有代表性、銷售量高、消費(fèi)者評價(jià)較好的5種品牌腐乳，具體樣品情況見表1.

表1 樣品信息Tab.1 Sample information

試劑有PCR產(chǎn)物純化試劑盒、TAE、DNA提取試劑盒、瓊脂糖、引物、Tap PCR Master Mix.

1.2 儀器與設(shè)備

電子分析天平、實(shí)驗(yàn)室pH計(jì)，美國奧豪斯儀器(上海)有限公司；高壓滅菌鍋，廣東圣托智能設(shè)備有限公司；生化培養(yǎng)箱、電泳儀，上海森信實(shí)驗(yàn)儀器有限公司；標(biāo)準(zhǔn)凈化臺(tái)，蘇州智凈凈化設(shè)備有限公司；離心機(jī)，湖南湘儀實(shí)驗(yàn)室儀器開發(fā)有限公司；PCR儀，杭州博日科技有限公司；Geldoc XR+型凝膠成像儀，美國Bio-Rad公司.

1.3 方法

1.3.1 菌體的收集 采用洗脫法[13]收集G1-G5樣品中的微生物，并且加以改進(jìn).在無菌操作臺(tái)中，各取一整塊腐乳和5 mL湯汁于研缽中，加入100 mL氯化鈉質(zhì)量濃度為8.5 g/L的生理鹽水，用研杵對腐乳進(jìn)行研磨攪拌，使G1-G5樣品能夠充分洗滌均質(zhì).將樣品洗滌液倒入無菌離心管中在4 ℃、9 000 r/min離心10 min，然后去掉上清液，繼續(xù)加入樣品洗滌液，在4 ℃、5 000 r/min離心10 min,再重復(fù)以上操作(4 ℃、5 000 r/min離心10 min)3次，將沉淀置于-20 ℃冰箱保存?zhèn)溆?

1.3.2 腐乳微生物總DNA提取和菌株DNA提取 利用DNA提取試劑盒對G1-G5樣品的總DNA進(jìn)行提取.操作流程根據(jù)試劑盒說明書進(jìn)行.提取完成的備用DNA裝在DNA收集管中并儲(chǔ)存于-20 ℃冰箱中.

1.3.3 PCR擴(kuò)增和測序 針對G1-G5樣品的DNA，使用通用引物338F(5-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3′)和806R(5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′)對細(xì)菌16S r DNA V3-V4區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，同時(shí)利用引物ITS1F(5′-CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3′)和ITS2R(5′-GCTGCGTTCTTCATCGATGC-3′)對真菌ITS1區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增.用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測，再用凝膠回收試劑盒切膠回收PCR產(chǎn)物.實(shí)驗(yàn)中，G2樣品真菌PCR產(chǎn)物目的條帶太弱，基因序列數(shù)目太少，無法進(jìn)行下一步測序分析.

針對單菌落的DNA，利用引物1492R和27F對細(xì)菌進(jìn)行16S r DNA PCR擴(kuò)增，利用引物ITS1F和ITS2R對真菌ITS1區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增.

G1-G5樣品PCR擴(kuò)增產(chǎn)物由上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司進(jìn)行Illumina Miseq測序，單菌株P(guān)CR擴(kuò)增產(chǎn)物由廈門鉑瑞生物科技公司測序.

1.3.4 生物信息學(xué)分析 (1) 數(shù)據(jù)信息管理.利用Trimmomatic軟件對原始序列進(jìn)行修剪和過濾[14]，然后去除含有N 堿基的序列，并且將每個(gè)序列的最小質(zhì)量值設(shè)為20，再利用Flash軟件把成對的雙端序列拼接成1條序列.

(2) 物種注釋與評估.利用Usearch(version 7.0)的軟件平臺(tái)，根據(jù)97%的相似性對優(yōu)化后的序列進(jìn)行OTU聚類分析.基于QIIME軟件平臺(tái)，運(yùn)用RDP classifier貝葉斯算法，對OTU代表序列進(jìn)行分類學(xué)分析[21]，并在門、綱、目、科、屬、種分類學(xué)水平上統(tǒng)計(jì)各樣品的群落組成結(jié)構(gòu).Qiime平臺(tái)默認(rèn)置信度閾值為0.7.計(jì)算菌群豐度的指數(shù)有Ace和Chao指數(shù)，Simpson和Shannon指數(shù)是計(jì)算菌群多樣性，Coverage指數(shù)為測序深度指數(shù)(http：//www.mothur.org/wiki/)[23].然后再制作稀釋性曲線進(jìn)行分析.

(3) 物種分析.基于tax_summary_a文件夾中的數(shù)據(jù)表，利用R語言工具制作群落柱形圖(Bar圖)，分析樣品群落組成.然后再制作層析聚類分析圖，用于樣品群落結(jié)構(gòu)差異分析.

2 結(jié)果與分析

2.1 樣品數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

通過高通量測序共獲得372 591條序列，其平均讀長323 bp，范圍為146～420 bp.其中對細(xì)菌16S r DNA基因測序，5個(gè)樣品共獲得174 637條序列，平均長度約為415 bp.所有的序列均按照97%相似度歸為OTU，共聚合了151個(gè)OTU.對真菌ITS1區(qū)進(jìn)行測序，從4個(gè)樣品中得到197 954條序列，平均長度約為193 bp，累計(jì)得到138個(gè)OTU[15].

2.2 Alpha多樣性分析

Alpha多樣性反映了某一群落的物種多樣性及豐富度.腐乳樣品中細(xì)菌和真菌的高通星測序數(shù)據(jù)見表2.在表2中，對于細(xì)菌，G1樣品Chao指數(shù)和Ace指數(shù)顯著高于其他4種樣品，說明其物種總數(shù)最為豐富.G1樣品的Simpson指數(shù)值最小，Shannon指數(shù)值最大，說明G1樣品的群落多樣性最高；反之G3樣品的群落多樣性最低.G1-G5樣品的Coverage指數(shù)均大于0.99，說明這5種品牌腐乳中的序列被測出的概率高，能代表樣品中微生物的真實(shí)情況.

在表2中，對于真菌，G4樣品Chao指數(shù)和Ace指數(shù)顯著高于其他3種品牌腐乳，說明其物種總數(shù)最為豐富.G4樣品的Simpson指數(shù)值最小，Shannon指數(shù)值最大，說明了G4樣品的群落多樣性最高；反之G1樣品群落多樣性最低.G1、G3、G4、G5樣品的Coverage指數(shù)均大于0.99，說明這4種品牌腐乳中的序列被測出的概率高，能代表樣品中微生物的真實(shí)情況.

總體上，除G1樣品外，G3、G4、G5樣品都是細(xì)菌物種總數(shù)小于真菌物種總數(shù)；除G4樣品外，G1、G3、G5樣品的細(xì)菌群落多樣性均大于真菌群落多樣性.

表2 腐乳樣品中細(xì)菌和真菌高通量測序數(shù)據(jù)匯總Tab.2 Summary of high-throughput sequencing data of bacteria and fungi in Sufu samples

2.3 稀釋性曲線分析

對測序所得序列進(jìn)行隨機(jī)抽樣，用抽到的序列數(shù)和它們所代表的各分類學(xué)水平數(shù)目構(gòu)建稀釋性曲線(圖1-2).由圖1(a)和圖2(a)可知，G2-G5樣品曲線趨于平坦，說明這4個(gè)腐乳樣品測序數(shù)據(jù)量合理，測序量能夠覆蓋樣品中的絕大部分物種.當(dāng)G2-G5樣品已經(jīng)達(dá)到平臺(tái)所達(dá)到的測序數(shù)目時(shí)，G1樣品還沒達(dá)到就已經(jīng)停止,但此時(shí)G1樣品的香農(nóng)多樣性曲線已趨于飽和，由此可知再增加測序量雖有新細(xì)菌種系會(huì)出現(xiàn)，但其多樣性不會(huì)再發(fā)生變化，因而推測Sobs曲線隨后也會(huì)達(dá)到平緩，能夠反映樣品中絕大多數(shù)微生物物種信息.因而本研究中各個(gè)樣品的測序結(jié)果能夠表達(dá)出樣品中細(xì)菌微生物多樣性，滿足后續(xù)生物信息學(xué)分析需求.

由圖1(b)和圖2(b)可知，G1、G3、G4樣品曲線趨于平坦，說明這3個(gè)腐乳樣品測序數(shù)據(jù)量合理，測序量能夠覆蓋樣品中的絕大部分物種.當(dāng)G3、G4樣品已經(jīng)達(dá)到平臺(tái)所達(dá)到的測序數(shù)目時(shí)，G5樣品還沒達(dá)到，再增加測序量OTU數(shù)量雖會(huì)增加，但其香農(nóng)多樣性曲線已趨于飽和.由此可知隨測序量增加，盡管會(huì)出現(xiàn)新真菌種系型，但其多樣性不會(huì)再發(fā)生變化，Sobs曲線也會(huì)達(dá)到平緩.因而本研究中各個(gè)樣品的測序結(jié)果能夠表達(dá)出真菌微生物多樣性，滿足后續(xù)生物信息學(xué)分析需求.

圖1 細(xì)菌、真菌稀釋曲線Fig.1 Rarefaction curves of bacteria,fungus

圖2 細(xì)菌、真菌香農(nóng)指數(shù)曲線Fig.2 Shannon curves of bacteria,fungus

2.4 微生物群落組成分析

G1-G5樣品在屬水平上細(xì)菌、真菌群落組成見圖3.在細(xì)菌屬水平上，圖3(a)(others豐度<0.001)顯示相對豐度前24的物種.G1-G5樣品中的優(yōu)勢細(xì)菌屬都為醋桿菌(Acetobacter)和乳酸桿菌(Lactobacillus)；共有細(xì)菌屬為醋桿菌、乳酸桿菌、小球菌(Pediococcus)、明串珠菌屬(Leuconostoc)、酒球菌(Oenococcus)、葡萄酸醋桿菌(Gluconacetobacter).其中，G1樣品乳酸桿菌為第一優(yōu)勢菌屬(35.47%)，G2-G5樣品的第一優(yōu)勢菌屬則是醋桿菌(57.14%、76.82%、64.30%、50.79%).G1樣品所含菌屬最多，其細(xì)菌物種種類比其他4種樣品更為豐富，包含18個(gè)菌屬；此外，腸桿菌也是其優(yōu)勢菌屬，這與其他4個(gè)樣品不同.G2-G5樣品除了共有菌屬之外，還均有未分類的乳桿菌科、雙歧桿菌屬，G2-G5樣品細(xì)菌屬水平上群落組成成分較為相似.

乳酸菌是發(fā)酵大豆食品中重要的天然菌群.乳酸菌通過發(fā)酵糖類產(chǎn)生乳酸等代謝產(chǎn)物，從而影響發(fā)酵產(chǎn)品的風(fēng)味、色澤和品質(zhì),抑制腐敗微生物,延長產(chǎn)品保質(zhì)期[16].發(fā)酵豆制品中的乳酸菌分為嗜鹽和耐鹽兩大類群，乳酸桿菌屬耐鹽類群[17].耐鹽乳酸菌在腐乳的發(fā)酵過程中起促進(jìn)風(fēng)味物質(zhì)和香氣成分形成的作用[18].因此，推測G1樣品與同為紅方腐乳的G3樣品的風(fēng)味等品質(zhì)差別可能是由于G1樣品的第一優(yōu)勢菌屬為乳酸桿菌導(dǎo)致.

在真菌屬水平上，圖3(b)(others豐度<0.01)顯示相對豐度前13的物種.G1、G3、G4、G5樣品中共有的真菌屬分別為絲孢酵母、unclassified_f_Dipodascaceae、Cutaneotrichosporon屬、畢赤酵母屬、Wickerhamomyces屬、假絲酵母、帚枝霉屬.G1樣品的絕對優(yōu)勢真菌屬為曲霉菌(99.05%)，還含有少量的絲孢酵母和Wallemia菌屬，其相對豐度分別為0.12%和0.02%.G3樣品的絕對優(yōu)勢真菌屬為unclassified_f_Dipodascaceae(93.01%)，還有少量的絲孢酵母(1.96%)和Cutaneotrichosporon屬(1.37%).G4樣品的優(yōu)勢真菌屬為Cutaneotrichosporon屬(39.06%)、畢赤酵母屬(31.58%)、unclassified_f_Dipodascaceae(11.56%).G5樣品的優(yōu)勢真菌屬為絲孢酵母、伊薩酵母(Issatchenkia)、unclassified_f_Dipodascaceae;G5樣品中除了圖3中放射毛霉(Actinomucor)沒有之外，還含有12個(gè)真菌屬.可見在真菌屬水平上，不同產(chǎn)品真菌物種組成差異明顯.

圖3 在屬水平上細(xì)菌、真菌群落組成結(jié)構(gòu)Fig.3 Composition and structure of bacterial , fungal community at genus level

G1-G5樣品在種水平上細(xì)菌、真菌群落組成見圖4.在細(xì)菌種水平上，由圖4(a)(others豐度<0.001)可知，G1-G5樣品中醋桿菌屬和乳桿菌屬都為優(yōu)勢菌屬，但具體菌種種類和豐度隨樣品變化.其中絕對優(yōu)勢醋桿菌菌種都為羅旺醋桿菌(Acetobacter_lovaniensis)，在G1樣品中該菌豐度最低，G3中豐度最高；另一種共有醋桿菌種為Acetobacter_indonesiensis，是G2樣品的優(yōu)勢菌種.unclassified_g_Lactobacillus、 寡發(fā)酵乳桿菌(Lactobacillus_oligofermentans_DSM_ 15707_LMG_ 22743)、植物乳酸桿菌 (Lactobacillus_plantarum_g_Lactobacillus)、副干酪乳桿菌(Lactobacillusparacasei)、Lactobacillus_harbinensis為主要共有乳桿菌種；其中unclassified_g_Lactobacillus、寡發(fā)酵乳桿菌為乳桿菌種中相對優(yōu)勢菌種，除G1樣品中unclassified_g_Lactobacillus相對豐度大于寡發(fā)酵乳桿菌，為G1樣品優(yōu)勢菌種，G2-G5樣品則反之.僅G1樣品中存在unclassified_g_Enterobacter，且為其優(yōu)勢菌種.總體來說，細(xì)菌種水平下，不同類型的5種品牌腐乳中細(xì)菌群落主要菌種組成類似，組成比例存在一定差異；但G1樣品不僅與不同類型白方腐乳區(qū)別明顯，與同為紅方腐乳的G3樣品亦是，且其擁有菌種種類最多.

在真菌種水平上，由圖4(b)(others豐度<0.001)可知，4個(gè)樣品的菌種組成和優(yōu)勢菌種區(qū)別十分明顯.Aspergillus_minisclerotigenes是G1樣品中的絕對優(yōu)勢菌種，其相對豐度高達(dá)99.03%.unclassified_f_Dipodascaceae(耶羅威亞酵母科)是G3樣品絕對優(yōu)勢菌種，其相對豐度為93.01%，此外還存在同屬的Dipodascaceac_sp菌種；這兩種菌種也存在于除G1樣品外的其他樣品中.發(fā)酵畢赤酵母(Pichia_fermentans)、Cutaneotrichosporon_curvatus、Cutaneotrichosporon_jirovecii是G4樣品中的優(yōu)勢菌種，且前兩種除G4樣品外僅G3樣品中少許存，后一種僅存在于G4樣品，G4樣品菌種組成最豐富.未分類g絲孢酵母(unclassified_g_Trichosporon)和伊薩酵母(Issatchenkia)是G5樣品中的優(yōu)勢菌種，伊薩酵母僅存在于G5樣品.可見不同品牌腐乳中真菌主要優(yōu)勢菌種、物種組成和相對豐度都差異較大；且與腐乳類型無關(guān).

圖4 在種水平上細(xì)菌、真菌群落組成分布Fig.4 Distribution of bacterial,fungus communities at species level

G1、G3樣品同為紅方腐乳，風(fēng)味色澤卻差異明顯.檢測發(fā)現(xiàn)G1樣品中細(xì)菌物種總數(shù)最豐富，第一優(yōu)勢菌屬為乳酸桿菌且含有最多種類的乳酸桿菌，群落多樣性最高；真菌物種總數(shù)最少，群落多樣性最低，絕對優(yōu)勢真菌為曲霉.G3樣品中細(xì)菌物種總數(shù)和群落多樣性都最低，第一優(yōu)勢菌屬為醋酸桿菌且乳酸桿菌含量最低；真菌物種總數(shù)較G1樣品多，絕對優(yōu)勢真菌屬為酵母與G1樣品不同.原因可能是G1樣品在生產(chǎn)中加入玫瑰花作為輔料，玫瑰花中的微生物在后發(fā)酵過程中影響了該樣品的菌群結(jié)構(gòu).在發(fā)酵過程中，不同乳酸菌的代謝途徑不同，導(dǎo)致產(chǎn)品中糖和氨基酸的組成不同，影響產(chǎn)品風(fēng)味以及美拉德反應(yīng)的方式和程度進(jìn)而影響產(chǎn)品色澤[19].G1樣品和G3樣品真菌種類少于G4樣品和G5樣品，可能是由于乳酸菌和醋酸菌產(chǎn)生的乳酸、乙酸等產(chǎn)物抑制了這兩種樣品中含有的大多真菌生長.

G4樣品屬于腐乳新產(chǎn)品，是在白方腐乳基礎(chǔ)上加工而成.G5樣品為牟定油腐乳，是一種獨(dú)特的腐乳品類，其生產(chǎn)工藝與白方腐乳相近.在細(xì)菌屬水平上，G4、G5樣品優(yōu)勢菌屬與G2樣品(白方腐乳)相同；但G2樣品優(yōu)勢醋酸桿菌菌種有2種，與G4、G5樣品不同.在真菌屬和種水平，G4樣品OTU數(shù)和群落多樣性最高；G4、G5樣品以及紅方G3樣品的優(yōu)勢真菌雖都為酵母，但菌種不同.不同的優(yōu)勢細(xì)菌和真菌菌種可能是造成G4、G5產(chǎn)品品質(zhì)差異的原因.白方腐乳和紅方腐乳在加工工藝及原料上都存在區(qū)別.幾乎所有白方腐乳在制作過程中不添加糖，僅靠酒精和鹽對微生物活動(dòng)造成主要影響;而紅方腐乳則是會(huì)添加糖,同時(shí)食鹽添加量小于白方腐乳.參考醋的發(fā)酵周期，在發(fā)酵初期，淀粉糖化主要依靠曲霉代謝作用完成，酵母菌等其他菌屬則協(xié)同曲霉代謝將淀粉降解為小分子糖，為后續(xù)的反應(yīng)提供底物[20].在發(fā)酵過程中，乳酸菌能產(chǎn)生乳酸、氨基酸和其他風(fēng)味化合物；酵母菌可產(chǎn)生乙醇，促進(jìn)有機(jī)酸、吡嗪類和酯類等風(fēng)味物質(zhì)的生成；醋桿菌屬能氧化乙醇、糖醇等生成乙酸、乳酸等有機(jī)酸，還能促進(jìn)一些酮類和醛類風(fēng)味物質(zhì)的生成[21].

值得注意的是，乳酸桿菌屬為G1-G5樣品中的優(yōu)勢菌，在G1樣品中還檢測到少量的假單胞菌屬.乳酸桿菌屬和假單胞菌屬都能產(chǎn)生脫羧酶，可能會(huì)使腐乳中的游離氨基酸發(fā)生脫羧反應(yīng)生成生物胺而影響腐乳品質(zhì)，生物胺的生成量在生產(chǎn)過程中是需要被控制的.同時(shí)，G1樣品中含有相對豐度為19.59%的腸桿菌屬和3.90%假單胞菌，G2和G4樣品中也存在少量的腸桿菌屬，而腸桿菌和假單胞菌被證實(shí)會(huì)導(dǎo)致食品污染和腐敗[22].為確保食品安全，在腐乳發(fā)酵過程中預(yù)防這些不良微生物是至關(guān)重要的.

2.5 層析聚類分析

樹枝間的長度代表樣本間的距離,細(xì)菌、真菌屬水平上層析聚類分析見圖5.

圖5 細(xì)菌、真菌屬水平上層析聚類分析圖Fig.5 Chromatographic cluster analysis diagram at the level of bacteria genus,fungus genus

如圖5(a)所示，在細(xì)菌屬水平上，5個(gè)樣品中G2和G4群落結(jié)構(gòu)較為相似，而G1樣品和其他樣品群落結(jié)構(gòu)差異較大.如圖5(b)所示，在真菌屬水平上，4個(gè)樣品中G3和G4樣品群落結(jié)構(gòu)較為相似，而G1樣品和其他樣品群落結(jié)構(gòu)差異較大.

總結(jié)發(fā)現(xiàn)，G1樣品和其他樣品在微生物群落結(jié)構(gòu)上差異較大，且各樣品在細(xì)菌屬水平上的菌群結(jié)構(gòu)差異較真菌屬水平大.G1樣品與其他樣品存在明顯品質(zhì)差異,可能是由于其細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)與其他樣品差異明顯導(dǎo)致.

3 結(jié)論

采用高通量測序技術(shù)，對比分析5種樣品腐乳的群落結(jié)構(gòu)及多樣性.結(jié)果表明，腐乳微生物多樣性與其類型并無太大關(guān)系，不同樣品的微生物多樣性不同，同類型腐乳之間微生物多樣性也差異較大；且不同樣品間的細(xì)菌群落組成差異比真菌群落組成差異更為明顯.其中，G1樣品(王致和玫瑰腐乳)擁有最多的細(xì)菌種類數(shù)，細(xì)菌群落多樣性最高,在真菌屬和細(xì)菌屬水平上的群落結(jié)構(gòu)明顯與其他樣品差異明顯.G4樣品(老干媽紅油腐乳)擁有最多的真菌種類數(shù)，真菌群落多樣性最高；在細(xì)菌屬水平上,群落結(jié)構(gòu)與G2樣品(瑪瑙泉麻油白腐乳)最為相似；在真菌屬水平上,群落結(jié)構(gòu)與G3樣品(咸亨香酥紅方腐乳)最為相似.

細(xì)菌屬水平，醋桿菌和乳酸桿菌為G1-G5樣品的優(yōu)勢菌屬；但G1樣品是乳酸桿菌為第一優(yōu)勢菌，G2-G5樣品則是醋桿菌為第一優(yōu)勢菌屬；此外，腸桿菌為G1樣品獨(dú)有優(yōu)勢菌屬.細(xì)菌種水平，羅旺醋桿菌和Acetobacter_indonesiensis為主要醋桿菌種；其中羅旺醋桿菌是所有樣品的絕對優(yōu)勢菌種，但在G1樣品中豐度最低，G3樣品中豐度最高；Acetobacter_indonesiensis在G2樣品豐度最高.unclassified_g_Lactobacillus、 寡發(fā)酵乳桿菌為主要乳桿菌種；其中unclassified_g_Lactobacillus在G1樣品中豐度最高，且僅G1樣品中豐度高于寡發(fā)酵乳桿菌.unclassified_g_Enterobacter為G1樣品獨(dú)有優(yōu)勢菌種.真菌屬和種水平上，樣品差異類似，4個(gè)樣品的菌種組成和優(yōu)勢菌種區(qū)別十分明顯.G1樣品中Aspergillus_minisclerotigenes是絕對優(yōu)勢菌種.G3樣品中unclassified_f_Dipodascaceae是絕對優(yōu)勢菌種.G4樣品中發(fā)酵畢赤酵母、Cutaneotrichosporon_curvatus、Cutaneotrichosporon_jirovecii是主要優(yōu)勢菌種，Cutaneotrichosporon_jirovecii僅存在于G4樣品.G5樣品中未分類g絲孢酵母和伊薩酵母是主要優(yōu)勢菌種，伊薩酵母僅存在于G5樣品中.

相比于本研究中的其他樣品，G1樣品(王致和玫瑰腐乳)由于原料中玫瑰花的加入而形成的獨(dú)特的微生物多樣性可能是造成其風(fēng)味、色澤等品質(zhì)區(qū)別于其他產(chǎn)品的主要原因.

對腐乳微生物多樣性的研究，將為制造商和研究人員更進(jìn)一步解析腐乳發(fā)酵過程，控制腐乳產(chǎn)品性質(zhì)以及設(shè)計(jì)開發(fā)混合菌種發(fā)酵劑等提供參考.