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    巨魾(Bagarius yarrelli)全基因組微衛(wèi)星分布特征分析

    2021-10-22 06:28:36楊汶珊唐榮葉蘇孟園徐杰杰尹紹武
    關(guān)鍵詞:微衛(wèi)星拷貝數(shù)堿基

    楊汶珊,唐榮葉,蘇孟園,徐杰杰,王 濤,尹紹武

    (1.南京師范大學(xué)海洋科學(xué)與工程學(xué)院,江蘇 南京 210023) (2.江蘇省特色水產(chǎn)育種與綠色高效養(yǎng)殖技術(shù)工程研究中心,江蘇 南京 210023)

    巨魾(Bagariusyarrelli)屬于脊椎動(dòng)物亞門(Vertebrate),硬骨魚綱(Teleostei),鲇形目(Siluriformes),鮡科(Sisoridae),魾屬(Bagarius). 巨魾的皮膚為棕栗色,身體呈流線形,頭部寬大、略扁. 因肌肉呈黃色,俗稱“面瓜魚”“黃魚”,個(gè)體可超過50 kg[1]. 巨魾在自然環(huán)境下,以攝食魚蝦和水生昆蟲等為主,偶食植物碎屑;在人工馴養(yǎng)條件下,僅攝食動(dòng)物餌料[2]. 此外,巨魾肉質(zhì)風(fēng)味獨(dú)特,深受云南各地人民的喜愛. 目前,云南省水產(chǎn)研究所等單位已成功地對(duì)巨魾進(jìn)行了人工繁殖[3].

    微衛(wèi)星又稱簡(jiǎn)單序列重復(fù)(simple sequence repeats,SSRs),是指以1~6 bp核苷酸為基本重復(fù)單位組成的重復(fù)序列,在自然界的各種生物基因組中均有分布[4]. 微衛(wèi)星因具有易于檢測(cè)、多態(tài)信息含量高、高效穩(wěn)定、分布廣泛等優(yōu)點(diǎn),已被廣泛應(yīng)用于魚類種群遺傳多樣性分析[5-6]、遺傳育種[7]、親子鑒定[8]等研究中.

    目前巨魾全基因組已完成測(cè)序,Scaffold N50=3 129 371 bp,Contig N50=1 854 961 bp,并于2019年在線公布,但還未見巨魾基因組水平上微衛(wèi)星相關(guān)的研究報(bào)道. 本研究通過對(duì)巨魾全基因組中的微衛(wèi)星進(jìn)行篩選,統(tǒng)計(jì)其所含不同類型的微衛(wèi)星的數(shù)量、豐度、密度等數(shù)據(jù),分析其分布特征及組成情況,為今后開發(fā)巨魾高質(zhì)量的微衛(wèi)星標(biāo)記奠定一定的基礎(chǔ).

    1 材料和方法

    1.1 材料

    巨魾全基因組從NCBI數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Bagarius+yarrelli)下載,該基因組序列總大小約為570 Mb,下載的巨魾全基因組所有序列均以FASTA文件格式保存.

    1.2 方法

    利用微衛(wèi)星篩選軟件MISA(http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/)對(duì)巨魾全基因組進(jìn)行掃描,篩選符合條件的完整型微衛(wèi)星序列,在篩選后的結(jié)果中統(tǒng)計(jì)出1~6個(gè)堿基重復(fù)的完整型微衛(wèi)星,使用EXCEL統(tǒng)計(jì)分析出各堿基類型的數(shù)量和分布情況,分別列出其分布特征和占比情況. 搜索標(biāo)準(zhǔn)參考MISA默認(rèn)參數(shù)設(shè)置,即要求單堿基重復(fù)≥10次,二堿基重復(fù)≥6次,三、四、五、六堿基重復(fù)≥5次. 經(jīng)過前期的大量研究可知,以此標(biāo)準(zhǔn)搜索全基因組微衛(wèi)星得出的結(jié)果最優(yōu)[9]. 根據(jù)起始?jí)A基順序的差異及堿基互補(bǔ)配對(duì)原則,對(duì)屬于同一類別的微衛(wèi)星進(jìn)行同類合并,如三堿基AAT,可以與之兼并的有ATA、TAA、TTA、TAT和ATT.

    2 結(jié)果與分析

    2.1 巨魾全基因組各重復(fù)類型微衛(wèi)星分布特征

    如表1所示,巨魾全基因組完整型微衛(wèi)星總數(shù)為360 235個(gè),6種完整型微衛(wèi)星的總長度為6 998 449 bp,占基因組的1.23%,豐度為631個(gè)/Mb,密度為12 261 bp/Mb. 6種微衛(wèi)星豐度與微衛(wèi)星數(shù)量變化的情況相同,即微衛(wèi)星數(shù)量越多則豐度越大. 每種微衛(wèi)星的密度與微衛(wèi)星的長度有關(guān),即某一類型微衛(wèi)星的長度越長,其密度越高.

    表1 巨魾全基因組中不同類型微衛(wèi)星統(tǒng)計(jì)Table 1 Different types of microsatellite statisticsin the B.yarrelli genome

    如圖1所示,數(shù)量最多的是單堿基類型,其次是二堿基類型,其余微衛(wèi)星占比均小于10%,依次為三堿基、四堿基、五堿基類型,占比最少的是六堿基類型. 豐度隨著1~6 bp堿基的基本重復(fù)單位的增加而降低.

    如圖2所示,在巨魾1~6個(gè)堿基重復(fù)的6種完整型微衛(wèi)星中,長度最長的是二堿基類型,其余根據(jù)降序排列依次為單堿基、四堿基、三堿基、五堿基. 長度最短的為六堿基.

    圖1 巨魾不同類型微衛(wèi)星數(shù)量占比Fig.1 The proportion of microsatellites of different typesin B.yarrelli

    圖2 巨魾不同類型微衛(wèi)星總長度占比Fig.2 The proportion of different types of total length ofmicrosatellites in B.yarrelli

    圖3 巨魾各類型微衛(wèi)星不同拷貝數(shù)分布Fig.3 Distribution of different copy numbers ofvarious types of microsatellites in B.yarrelli

    2.2 巨魾全基因組不同類型微衛(wèi)星重復(fù)次數(shù)分布

    巨魾基因組中各類型微衛(wèi)星重復(fù)次數(shù)集中在5~30次之間,數(shù)量占全部微衛(wèi)星的99.66%. 在6種重復(fù)類型微衛(wèi)星中,微衛(wèi)星數(shù)量最多的拷貝次數(shù)均為MISA軟件篩選出來的最小重復(fù)次數(shù). 如圖3所示,單堿基重復(fù)的分布范圍最廣,最低重復(fù)次數(shù)為10次,最高重復(fù)次數(shù)為249次,其中微衛(wèi)星主要重復(fù)次數(shù)為10~20次,其數(shù)量占單堿基SSR總數(shù)的95.26%;二堿基重復(fù)的分布范圍也較廣,最低重復(fù)次數(shù)為6次,最高重復(fù)次數(shù)為130次,其中微衛(wèi)星主要重復(fù)次數(shù)為 6~30次,其數(shù)量占二堿基微衛(wèi)星總數(shù)的96.16%;三堿基微衛(wèi)星重復(fù)拷貝數(shù)分布在 5~35 次之間,其中微衛(wèi)星主要重復(fù)次數(shù)為5~15次,數(shù)量占三堿基微衛(wèi)星總數(shù)的99.18%;四堿基最低重復(fù)次數(shù)為5次,最高重復(fù)次數(shù)為63次,微衛(wèi)星主要重復(fù)次數(shù)為5~20次,數(shù)量占四堿基微衛(wèi)星總數(shù)的96.81%;五堿基重復(fù)拷貝數(shù)分布在5~40次,微衛(wèi)星主要重復(fù)次數(shù)為5~15次,數(shù)量占比為96.53%;六堿基重復(fù)拷貝數(shù)分布范圍最小,最低重復(fù)次數(shù)為5次,最高重復(fù)次數(shù)僅為21次,微衛(wèi)星主要重復(fù)次數(shù)集中在5~10次,數(shù)量占比為94.90%.

    2.3 巨魾全基因組微衛(wèi)星各重復(fù)堿基類別特征

    如圖4所示,巨魾全基因組微衛(wèi)星中的優(yōu)勢(shì)拷貝類別按照數(shù)量從高到低排列分別為:A、AC、AG、AT、AAT、C、ATAG、AAAT、ACT和ATC,這10種拷貝類別總數(shù)為339 090個(gè),占微衛(wèi)星重復(fù)拷貝類別總數(shù)的94.13%.

    圖4 巨魾全基因組中分布最多的不同重復(fù)拷貝類型微衛(wèi)星Fig.4 Distribution of the most frequent microsatellite motifs of B.yarrelli

    如表2所示,單堿基類別中,單堿基數(shù)量以A類別(A/T)為主,占有絕對(duì)的堿基優(yōu)勢(shì),其次是C類別. 二堿基類別中,AC類別是主要的重復(fù)單元,其次分別是AG類別和AT類別;CG類別數(shù)量最少,僅有138個(gè),占比0.09%. 三堿基類型中,AAT類別數(shù)量最多,其次分別是ACT類別和ATC類別;CCG類別在三堿基10種類別中數(shù)量最少,只有93個(gè),占比0.42%. 四堿基類型中,ATAG類別重復(fù)數(shù)量最多,其次分別是AAAT類別和AGAC類別. 五堿基類型中,AATCT類別重復(fù)數(shù)量最多,其次分別是AAGAG類別和AATAT類別. 六堿基類型中,AACCCT類別重復(fù)數(shù)量最多,其次是AGGGTT類別,其余類別重復(fù)數(shù)量較少.

    表2 巨魾全基因組中各堿基重復(fù)類型中的優(yōu)勢(shì)堿基類別Table 2 The dominant base classes in each base repeat type in the B.yarrelli genome

    3 討論

    3.1 巨魾微衛(wèi)星在全基因組中的含量分析

    本研究以巨魾全基因組為基礎(chǔ),利用生物信息學(xué)軟件對(duì)巨魾基因組中6種完整型微衛(wèi)星進(jìn)行搜索,共搜索到360 235個(gè)完整型微衛(wèi)星,其長度為6 998 449 bp,占基因組序列總長度的1.23%. 分析表明,巨魾全基因組微衛(wèi)星含量(1.23%)與已公布的人(Homosapiens)(3%)[10]、嚙齒目的大鼠(Rattusnorvegicus)(1.41%)[11]和小鼠(Musmusculus)(2.85%)[12]相比較低,但高于偶蹄目的牛(Bostaurus)(0.48%)、牦牛(Bosmutus)(0.58%)、藏羚羊(Pantholopshodgsoni)(0.54%)[13-15],食肉目的大熊貓(Ailuropodamelanoleuca)(0.64%)、北極熊(Ursusmaritimus)(0.79%)[16],鲀形目的紅鰭東方鲀(Takifugurubripes)(0.73%)、菊黃東方鲀(Takifuguflavidus)(0.73%)、雙斑東方鲀(Takifugubimaculatus)(0.84%)、黑青斑河鲀(Tetraodonnigroviridis)(1.06%)[9]. 巨魾全基因組微衛(wèi)星含量與同為鲇形目的黃顙魚(Pelteobagrusfulvidraco)(1.8%)[17]有一定差異. 這些結(jié)果表明,不同物種的微衛(wèi)星在全基因組中含量具有較大的差異,這種差異一方面可能是不同物種基因組大小的區(qū)別造成的,另一方面可能還有物種進(jìn)化差異的原因.

    3.2 巨魾全基因組各堿基類型微衛(wèi)星特征分析

    對(duì)比同屬于魚綱的物種,結(jié)果顯示巨魾基因組中的優(yōu)勢(shì)堿基類型排序與骨舌魚目的美麗硬仆骨舌魚(Scleropagesformosus)[18]以及鲀形目的紅鰭東方鲀、菊黃東方鲀、雙斑東方鲀[9]的分布順序一致,也與鯉形目的鯉魚(Cyprinuscarpio)[19]的優(yōu)勢(shì)堿基類型分布順序完全一致. 但與同為鲇形目的黃顙魚[17]的優(yōu)勢(shì)堿基類型分布順序不同,也與鰈形目的大菱鲆(Scophthalmusmaximus)[20]的優(yōu)勢(shì)堿基分布不同.

    對(duì)比動(dòng)物界各綱的物種,結(jié)果顯示魚綱(如巨魾、美麗硬仆骨舌魚、紅鰭東方鲀、鯉魚、黃顙魚和大菱鲆)[9,17-20]主要以單堿基和二堿基占優(yōu)勢(shì). 鳥綱(如白鷺(Egrellagarzetta)、藏雞(Gallusgazettedomesticus)、綠尾虹雉(Lophophoruslhuysii)、紅原雞(GallusLophophores)和虎皮鸚鵡(Melopsittacusundulatus))[21-25]和哺乳動(dòng)物(如豬(Susscrofa)、林麝(Moschusberezovskii)、大熊貓、北極熊、耗牛和水牛(Bubalusbubalis))[14,16,26-27]的優(yōu)勢(shì)堿基類型排序均以單堿基微衛(wèi)星占優(yōu)勢(shì),而六堿基微衛(wèi)星最少,但哺乳動(dòng)物中的大鼠以二堿基微衛(wèi)星占優(yōu)勢(shì),六堿基微衛(wèi)星最少[11],說明大部分鳥綱動(dòng)物和哺乳動(dòng)物的微衛(wèi)星分布順序以單堿基微衛(wèi)星占優(yōu)勢(shì),六堿基微衛(wèi)星占比最少,個(gè)別鳥綱和哺乳動(dòng)物分布規(guī)律略有不同. 而對(duì)比低等無脊椎動(dòng)物中的一些昆蟲綱動(dòng)物,如草地貪夜蛾(Bubalusbubalis)、果蠅(Drosophilamelanogaster)、蚊子(Anophelesgamblae)[28-30],其優(yōu)勢(shì)堿基類型排序各有不同,優(yōu)勢(shì)堿基排序較為隨機(jī). 在原核生物和酵母(Saccharomycescerevisiae)的基因組中,處于優(yōu)勢(shì)的重復(fù)序列類型是三堿基[18].

    從以上對(duì)比結(jié)果中可發(fā)現(xiàn),巨魾與鳥綱、昆蟲綱以及硬骨魚綱中的鲀形目與鯉形目中的一些物種的優(yōu)勢(shì)微衛(wèi)星類型排序相同,但與同為鲇形目的黃顙魚的優(yōu)勢(shì)堿基類型排序不同,這表明物種的親緣關(guān)系與其優(yōu)勢(shì)堿基類型排序并無明顯聯(lián)系. Webster等[31]研究了黑猩猩與人類基因組的微衛(wèi)星分布,研究結(jié)果表明,即使物種的親緣關(guān)系相近,其微衛(wèi)星分布也存在很大差別. 本研究中對(duì)鳥綱、哺乳動(dòng)物、昆蟲綱以及硬骨魚綱的一些物種的比較分析也支持了這一說法. 另外可發(fā)現(xiàn),大多數(shù)物種為單堿基或二堿基占優(yōu)勢(shì),少部分真菌及低等動(dòng)物則為三堿基或六堿基數(shù)目最多,如酵母[32]和二斑葉螨(Tetranychusurticae)[33]以三堿基占優(yōu)勢(shì),蚊子以六堿基占優(yōu)勢(shì)[30]. 黃杰等[5]認(rèn)為高等生物基因組更傾向于單堿基微衛(wèi)星占優(yōu)勢(shì),魚綱和鳥綱以單堿基或二堿基占優(yōu)勢(shì),未見三堿基占優(yōu)勢(shì)的報(bào)道. 在原核生物和酵母的基因組中,處于優(yōu)勢(shì)的重復(fù)序列類型是三堿基,而比其更高等的生物基因組則傾向于二堿基和單堿基重復(fù)序列類型[18]. 這些結(jié)果一方面說明不同物種基因組的優(yōu)勢(shì)類型微衛(wèi)星不同,另一方面說明物種在向高等動(dòng)物的進(jìn)化過程中傾向于選擇二堿基和單堿基重復(fù)序列類型.

    3.3 巨魾全基因組微衛(wèi)星各堿基類型不同類別特征分析

    在巨魾6種堿基類型微衛(wèi)星中,A、AC、AAT、ATAG、AATCT和AACCCT類別分別為1~6堿基重復(fù)類型中數(shù)量最多的一類,可以看出明顯的A/T優(yōu)勢(shì).

    在巨魾單堿基重復(fù)中,A類別(A/T)數(shù)目最多,在單堿基微衛(wèi)星中占比93.94%,這與已公布的人、黃顙魚、紅鰭東方鲀、中華按蚊(Anophelessinensis)[9-10,17,34]等大部分已公布的物種全基因組微衛(wèi)星特征一致.

    在二堿基重復(fù)中,AC類別微衛(wèi)星數(shù)量最多,其次是AG與AT類別,與人、黃顙魚、美麗硬仆骨舌魚和紅鰭東方鲀[9-10,17,21]等物種二堿基前三類別排序相一致. 與其他物種對(duì)比發(fā)現(xiàn),大多數(shù)高等哺乳動(dòng)物和硬骨魚綱的二堿基優(yōu)勢(shì)重復(fù)類型均為AC類別,而鳥綱的二堿基優(yōu)勢(shì)重復(fù)類型為AT類別,推測(cè)高等哺乳動(dòng)物、鳥綱和硬骨魚綱的優(yōu)勢(shì)重復(fù)類型的差別可能與物種進(jìn)化有關(guān). 有研究表明,AT類別重復(fù)為陸地生物的優(yōu)勢(shì)重復(fù)類型,而海洋生物海鞘(Cionaintestinalis)中CG和AG類別的重復(fù)次數(shù)較多,可看出微衛(wèi)星優(yōu)勢(shì)堿基類型在陸地和海洋生物間并不相同[35]. 同時(shí)對(duì)比顯示,巨魾、美麗硬仆骨舌魚和黃顙魚均屬于淡水生物,其結(jié)果與海洋生物海鞘的分析有相同和不同之處,相同之處是AG類型均為排序第二的優(yōu)勢(shì)堿基類別,差異之處在于海鞘的CG類別重復(fù)次數(shù)較多,而在這三種魚中CG類型均最少. 造成這種異同的原因可能是海洋生物和淡水生物生存環(huán)境的差別所致. 另外關(guān)于CG類別比AT類別少的原因,有研究認(rèn)為,在DNA復(fù)制的過程中會(huì)產(chǎn)生滑移,從而形成了微衛(wèi)星[36],推測(cè)可能是由于AT之間的雙鍵比CG之間的三鍵更容易斷裂,因此更容易造成堿基滑動(dòng),從而導(dǎo)致AT重復(fù)拷貝類別比CG重復(fù)拷貝類別在數(shù)量上更具優(yōu)勢(shì).

    在三堿基重復(fù)中,AAT類別占絕對(duì)優(yōu)勢(shì),這與虎皮鸚鵡、紅原雞和黃顙魚[17,25-26]相同. 此外與其他高等動(dòng)物、鳥綱和硬骨魚綱的三堿基優(yōu)勢(shì)類別對(duì)比中并未發(fā)現(xiàn)明顯規(guī)律. 有研究表明,某些遺傳性病變與三堿基重復(fù)有關(guān)[37],某些微衛(wèi)星會(huì)由于其不穩(wěn)定性改變基因的表達(dá)從而導(dǎo)致某些遺傳性病變的發(fā)生[38]. 因此,通過研究巨魾的三堿基微衛(wèi)星可以了解巨魾某些疾病的發(fā)生原因,同時(shí)還可以幫助確定和預(yù)測(cè)一些人類疾病相關(guān)的基因.

    在四堿基重復(fù)中,ATAG和AAAT類別的數(shù)量排在前二. 通過對(duì)微衛(wèi)星作用的研究表明,在遺傳標(biāo)記上四堿基微衛(wèi)星相比于二堿基和三堿基微衛(wèi)星更為精確和可靠[39]. 因此在開展巨魾遺傳多樣性分析、物種鑒定以及親子鑒定等研究中,巨魾的四堿基多態(tài)性微衛(wèi)星標(biāo)記可能能提供參照. 研究結(jié)果顯示,巨魾四堿基微衛(wèi)星共有17 279個(gè),同時(shí)其統(tǒng)計(jì)到的重復(fù)類別有31個(gè),大量的微衛(wèi)星和較多的重復(fù)類別在開發(fā)巨魾四堿基微衛(wèi)星標(biāo)記中將提供較大幫助. 吳旭東等[40]研究表明,鲇形目魚類的微衛(wèi)星側(cè)翼序列在同目?jī)?nèi)種間具有保守性,同目魚類的部分微衛(wèi)星引物與其他的魚類也存在一定的通用性. 這說明微衛(wèi)星序列可能隨著物種的進(jìn)化而不斷變化,由于選擇壓力等原因,使得親緣關(guān)系相近的物種其微衛(wèi)星側(cè)翼序列也接近. 本研究可為同為鲇形目的其他魚類的微衛(wèi)星開發(fā)提供參照.

    AATCT、AAGAG和AATAT類別為五堿基中的前三類別,六堿基中的AACCCT和AGGGTT類別占主導(dǎo)地位. 基因組中重復(fù)最多的前10種微衛(wèi)星拷貝類型表明,微衛(wèi)星中存在明顯的A/T優(yōu)勢(shì),而C/G數(shù)量較少. 魏朝明等[41]研究認(rèn)為,由于不同堿基排列編碼的基因其蛋白質(zhì)擁有不同的功能,所以位于編碼基因上的微衛(wèi)星也行使著不同的功能. 因此A/T的堿基組合可能擁有某些功能,與物種的某些生物特性有關(guān). 同時(shí)還有研究表明,物種基因組中微衛(wèi)星標(biāo)記數(shù)越多,A和T堿基所占比例越高[42]. 對(duì)于這一現(xiàn)象,Schl?tterer等[36]認(rèn)為,基因組DNA由于甲基化的發(fā)生,胞嘧啶C容易脫氨基從而轉(zhuǎn)變成胸腺嘧啶T. 基因組內(nèi)CG含量少也是維持DNA熱力學(xué)穩(wěn)定性的必要條件之一[43]. 另外,CG堿基重復(fù)的測(cè)序工作較為困難也可能是數(shù)據(jù)中CG含量少的原因[44].

    3.4 巨魾全基因組微衛(wèi)星各堿基類型拷貝數(shù)特征分析

    研究表明,在巨魾基因組中,除了細(xì)微的波動(dòng)外,6種堿基類型均隨著重復(fù)拷貝數(shù)的增加其微衛(wèi)星數(shù)量逐漸遞減. 同時(shí)數(shù)據(jù)顯示,即使不同篩選軟件的參數(shù)設(shè)置不同,最低參數(shù)的微衛(wèi)星數(shù)量也遠(yuǎn)超過倒數(shù)第二參數(shù)設(shè)定的微衛(wèi)星重復(fù)拷貝數(shù)量. 這種現(xiàn)象同樣出現(xiàn)在黃顙魚、藏羚羊、虎皮鸚鵡和紅原雞等物種全基因組微衛(wèi)星中. 對(duì)此,Wierdl等[45]認(rèn)為,一方面與微衛(wèi)星穩(wěn)定性有關(guān),即隨微衛(wèi)星長度的增加,其穩(wěn)定性會(huì)下降,因此當(dāng)重復(fù)拷貝數(shù)越高時(shí)越容易發(fā)生堿基突變而成為不完整型微衛(wèi)星或非微衛(wèi)星序列,這使得重復(fù)數(shù)越多的微衛(wèi)星數(shù)量越少;另一方面,Harr等[46]認(rèn)為,微衛(wèi)星重復(fù)拷貝數(shù)越高,突變率就越高,使得越長的微衛(wèi)星序列數(shù)目越少. 同時(shí)還有研究表明,長等位基因傾向于變得更短,從而抑制了微衛(wèi)星長度變長的趨勢(shì),因此,微衛(wèi)星長度越長,即重復(fù)拷貝數(shù)越多,該種微衛(wèi)星越不易存在[47].

    4 結(jié)論

    綜上所述,在對(duì)巨魾全基因組微衛(wèi)星進(jìn)行統(tǒng)計(jì)與分析,并對(duì)比其他物種的微衛(wèi)星分布特征后得出如下結(jié)論:

    不同物種的微衛(wèi)星在全基因中含量具有較大差異,且不同物種的優(yōu)勢(shì)堿基類型與物種的親緣關(guān)系無關(guān);

    原核動(dòng)物以三堿基占優(yōu)勢(shì),高等動(dòng)物以單堿基和二堿基占優(yōu)勢(shì);

    各物種的重復(fù)類別微衛(wèi)星都表現(xiàn)出明顯的A/T堿基類別的優(yōu)勢(shì);

    6種堿基類型基本隨著重復(fù)拷貝數(shù)的增加其微衛(wèi)星數(shù)量逐漸遞減.

    目前本研究已統(tǒng)計(jì)了微衛(wèi)星在巨魾全基因組中的數(shù)量、豐度和密度等數(shù)據(jù),并分析了其特征和組成情況,為巨魾種群遺傳多樣性分析、圖譜構(gòu)建和品系親緣關(guān)系鑒定等提供了數(shù)據(jù)支持,期望能對(duì)巨魾微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)提供幫助.

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