生物信息學(xué)分析miR-512-5p/1207-5p/1207-5p調(diào)控C1QB在轉(zhuǎn)移性骨肉瘤中的作用

黃漢記 盧德杰 崔小飛

摘要：目的 利用生物信息學(xué)方法探討基于C1QB而構(gòu)建miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)，分析其潛在機(jī)制及臨床意義。方法 利用miRWalk，Microt4，miRanda，miRMap，RNA22，RNAhybrid，Targetscan七個(gè)數(shù)據(jù)庫對靶基因潛在結(jié)合的miRNA進(jìn)行預(yù)測。利用R語言Upset軟件包取交集并繪圖。結(jié)果 七個(gè)數(shù)據(jù)庫預(yù)測miRNA取交集得到3個(gè)miRNA（hsa-miR-512-5p，hsa-miR-1207-5p，hsa-miR-3147）。結(jié)論 hsa-miR-512-5p/hsa-miR-1207-5p/hsa-miR-3147可能通過調(diào)控基因C1QB參與骨肉瘤的發(fā)生發(fā)生過程。

【中圖分類號】R473.73 【文獻(xiàn)標(biāo)識碼】A 【文章編號】1673-9026（2021）07-015-01

骨肉瘤是一種最常見的侵襲性惡性骨腫瘤[1]。在前期研究中，我們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)C1QB在轉(zhuǎn)移性骨肉瘤對比非轉(zhuǎn)移性骨肉瘤中，C1QB在轉(zhuǎn)移性骨肉瘤中低表達(dá)。越來越的研究發(fā)現(xiàn)microRNA （miRNA）在骨肉瘤患者中扮演著重要的預(yù)后因素[2，3]。miRNA主要是一種短鏈非編碼RNA， miRNA的降解或消除miRNA的翻譯來調(diào)控其靶基因[4]。隨著生物信息學(xué)的日益發(fā)展，有越來越多的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫能有效的預(yù)測mRNA-miRNA的結(jié)合可能。本研究擬利用生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫對C1QB進(jìn)行預(yù)測可能結(jié)合的miRNA，進(jìn)一步分析其可能潛在的調(diào)控機(jī)制。

1.方法

1.1 預(yù)測miRNA

利用miRWalk（http：//zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/index.html），Microt4（http：//diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php？r=site/index），miRanda（http：//www.microrna.org/microrna/home.do），miRMap（https：//mirmap.ezlab.org/），RNA22（http：//cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/），RNAhybrid（http：//bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/），Targetscan（http：//www.targetscan.org/vert_71/）七個(gè)數(shù)據(jù)庫對靶基因C1QB潛在結(jié)合的miRNA進(jìn)行預(yù)測。

1.2數(shù)據(jù)取交集并繪制韋恩圖

利用R語言“Upset”軟件包對七個(gè)數(shù)據(jù)庫預(yù)測到的miRNA進(jìn)行取交集，并繪圖展示。

2.結(jié)果

通過利用七個(gè)不同的數(shù)據(jù)庫，對C1QB進(jìn)行預(yù)測可能結(jié)合的miRNA，得到的交集圖如圖1展示。其中，miRWalk，Microt4，miRanda，miRMap，RNA22，RNAhybrid，Targetscan七個(gè)數(shù)據(jù)庫分別得到個(gè)403、52、145、214、81、1867、200個(gè)miRNA。七個(gè)數(shù)據(jù)庫取交集后共得到3個(gè)共同預(yù)測到的miRNA（hsa-miR-512-5p，hsa-miR-1207-5p，hsa-miR-3147）。

3.討論

在我們的前期研究中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)C1QB在轉(zhuǎn)移性骨肉瘤中低表達(dá)，且在生存分析中C1QB低表達(dá)組預(yù)后情況相對高表達(dá)組不良（P<0.05），不足的是之前的研究并沒有進(jìn)一步預(yù)測其可能調(diào)控的機(jī)制。在本研究中，進(jìn)一步預(yù)測了C1QB可能發(fā)生結(jié)合的miRNA。在分析研究中，發(fā)現(xiàn)hsa-miR-512-5p，hsa-miR-1207-5p，hsa-miR-3147為C1QB潛在結(jié)合的miRNA。在研究發(fā)現(xiàn)，OR3A4通過has-miR-1207-5p/G6PD軸在OS細(xì)胞的增殖中起著至關(guān)重要的作用[5]。hsa-miR-512-5p和hsa-miR-3147在骨肉瘤中的研究還未見文獻(xiàn)報(bào)道。miR-512-5p通過靶向β-catenin抑制非小細(xì)胞肺癌的進(jìn)展[6]。hsa-miR-3147可以通過調(diào)控Smad4在VSCC中起到致癌作用[7]。本研究的為生物信息學(xué)的初步篩選，要得到更為可靠的結(jié)果還需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證hsa-miR-512-5p/hsa-miR-1207-5p/hsa-miR-3147三個(gè)miRNA在轉(zhuǎn)移性骨肉瘤和非轉(zhuǎn)移性骨肉瘤中的差異表達(dá)或更深入的功能驗(yàn)證。

總而言之，本研究主要發(fā)現(xiàn)了hsa-miR-512-5p/hsa-miR-1207-5p/hsa-miR-3147可能會(huì)通過結(jié)合C1QB，影響骨肉瘤的發(fā)生發(fā)展進(jìn)程，為骨肉瘤的研究提供了新的理論依據(jù)和新見解。

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一作簡介：黃漢記， 男，1995年8月，廣西崇左人，壯族，碩士研究生，研究方向：生物信息學(xué)，骨肉瘤分子機(jī)制

通訊作者：崔小飛，男，1993年2月，湖北武漢人，漢族，碩士研究生 ，研究方向：骨肉瘤分子機(jī)制，骨缺損機(jī)制