李衛(wèi)娜 申冬玲 張煜星 劉學(xué)通 伊日布斯
(1. 西京學(xué)院醫(yī)學(xué)院,西安 710000;2. 昆明理工大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,昆明 650500)
海藻酸是一種線性多糖,由β-D甘露糖醛酸(M)和其C-5差異構(gòu)體α-L古羅糖醛酸(G)通過1-4糖苷鍵連接而成的線性二元共聚物。根據(jù)兩種糖醛酸的排列,多糖鏈包含三種類型的內(nèi)部結(jié)構(gòu):連續(xù)的polyM塊、連續(xù)的polyG塊和雜聚隨機(jī)排列的polyMG[1]。海藻酸是褐藻細(xì)胞壁的主要組成部分,占細(xì)胞壁干重的10%-45%。廣泛應(yīng)用于食品、醫(yī)藥、化工和生物燃料等領(lǐng)域[2-4]。
目前,海藻酸降解的方法主要是物理降解法[5]、化學(xué)降解法[6]和酶解法[7]。相對(duì)比而言,酶解法具有偏好性高、無副產(chǎn)物且降解效率高等優(yōu)勢(shì),更適合海藻寡糖的制備[8]。海藻酸裂解酶通過β-消除機(jī)制催化海藻酸的降解,破壞單體之間的糖苷鍵,在糖環(huán)的C4和C5之間生成雙鍵[9]。海藻酸裂解酶是功能性低聚糖制劑的重要工具[10],不與糧食競(jìng)爭(zhēng)的生物轉(zhuǎn)化能源[11]。目前,已經(jīng)從多種海洋生物、陸地細(xì)菌和一些病毒中發(fā)現(xiàn)海藻酸裂解酶[12]。根據(jù)反應(yīng)模式和產(chǎn)物,可將海藻酸裂解酶分為外切型海藻酸裂解酶和內(nèi)切型海藻酸裂解酶[13]。外切型海藻酸裂解酶降解海藻酸可以產(chǎn)生單糖,是海藻酸生產(chǎn)乙醇的先決條件[14-16]。內(nèi)切型海藻酸裂解酶降解海藻酸主要產(chǎn)生二糖、三糖等寡糖,獲得的各種寡糖具有抗氧化、抗腫瘤、抗凝血、抗過敏活性、抗增值等生理活性[17-18],在食品、生物化學(xué)和制藥等行業(yè)應(yīng)用越來越廣泛[19]。在碳水-活性酶(Carbohydrate-Active enZYmes,CAZy)數(shù)據(jù)庫中,海藻酸裂解酶屬于多聚糖裂解酶類(Polysaccharide lyases,PL),根據(jù)催化模塊的相似性可以分為24個(gè)家族。大多數(shù)海藻酸裂解酶屬于PL-5、6、7、14、15、17和18家族。目前,PL-7海藻酸鹽裂解酶是所有分類海藻酸鹽裂解酶中最具代表性的,并在多個(gè)文獻(xiàn)中報(bào)道。已經(jīng)在細(xì)菌中發(fā)現(xiàn)多個(gè)PL-7家族海藻酸裂解酶,如Streptomycessp.[20],Agarivoranssp.[21],Zobellia galactanivorans[13],Saccharophagus degradans[22]。
盡管已經(jīng)表征了大量的海藻酸裂解酶,但目前商業(yè)化利用的海藻酸裂解酶活性及特性仍有較大的提高空間。為了滿足一些極端的工業(yè)條件,關(guān)于特殊海藻酸裂解酶性質(zhì)的研究越來越受關(guān)注,一些耐熱海藻酸裂解酶[23-24],冷適應(yīng)海藻酸裂解酶[21],高堿海藻酸裂解酶[25]和耐鹽海藻酸裂解酶[26-27]已經(jīng)被報(bào)道。因此,通過基因工程的手段對(duì)海藻酸裂解酶基因在大腸桿菌、酵母菌等工程菌中進(jìn)行異源表達(dá),表征新型海藻酸裂解酶,為尋求具有利用價(jià)值的海藻酸裂解酶奠定基礎(chǔ)。本研究從一株厭氧菌Mangrovibacteriumsp. SH-52中克隆一個(gè)耐熱內(nèi)切型海藻酸裂解酶SHA-I,在大腸桿菌中表達(dá)后,進(jìn)行純化,特性分析。結(jié)果表明該耐熱型海藻酸裂解酶是滿足極端工業(yè)應(yīng)用的理想候選者。
1.1.1 主要試劑和儀器 海藻酸鈉,Sigma;限制性內(nèi)切酶、DNA聚合酶,日本寶生物工程有限公司;質(zhì)粒提取試劑盒,北京百泰克生物科技有限公司;GST瓊脂糖凝膠親和層析柱,生工生物工程(上海)股份有限公司;標(biāo)準(zhǔn)品海藻酸二糖和三糖的制備參考Li等[28]的方法;PolyM和PolyG的制備參考Haug等[29]的方法;其余試劑均為國產(chǎn)分析純。PCR儀,Applied Biosystem公司;恒溫培養(yǎng)箱,上海一恒科技有限公司;超聲波細(xì)胞粉碎機(jī),寧波新芝生物股份有限公司。
1.1.2 菌株和質(zhì)粒 厭氧海藻酸分解菌Mangrovibacteriumsp. SH-52為本實(shí)驗(yàn)室篩選保存;Escherichia coliJM109購自日本寶生物工程有限公司;Escherichia coliBL21購自北京轉(zhuǎn)基因生物技術(shù)有限公司。載體pMD19-T和pGEX-4T-1為本實(shí)驗(yàn)室保存。
1.2.1 菌株的分離和鑒定 樣品采集自汕頭市汕頭港,在厭氧固體培養(yǎng)基(10 g NaCl,1.5 g K2HPO4,0.75 g KH2PO4,0.1g CaCl2,5 g(NH4)2SO4,0.1% Yeast extract,0.3% Tryptone,0.1% Trace element sol,0.75 g Cysteine,10 g Alginate和15 g瓊脂稀釋1 L蒸餾水中,pH 7.5,30℃)上進(jìn)行稀釋和分離,之后將檢測(cè)到的菌落純化并接種到發(fā)酵培養(yǎng)基中(10 g NaCl,1.5 g K2HPO4,0.75 g KH2PO4,0.1 g CaCl2,5 g(NH4)2SO4,0.1% Yeast extract,0.3% Tryptone,0.1%Trace element sol,0.75 g Cysteine,10 g Alginate in 1 L of distilled water,pH 7.5,30℃)。
菌株SH-52的16S rRNA通過從全基因組PCR擴(kuò)增獲得,利用16S rRNA基因通用引物擴(kuò)增目的序列。引物16S Rrna-F:5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3';16S rRNA-R:5'-GGTTACCTTGTTACGACTT-3'。PCR反應(yīng)體系(25 μL):基因組DNA 2 μL,10× Taq Buffer 2.5 μL,dNTP(2.5 mmol/L)2 μL,引 物16S rRNA-F 和16S rRNA-R 各0.5 μL,EasyTaq DNA polymerase(2.5 U/μL)0.3 μL,ddH2O 17.2 μL。PCR反應(yīng) 條 件:94℃ 3 min,94℃ 45 s,52℃ 45 s,72℃1 min,30 個(gè)循 環(huán),72℃,10 min;4℃保存。在GenBank數(shù)據(jù)庫中對(duì)SH-52的16S rRNA進(jìn)行BLASTn比對(duì)搜索同源序列,選出同源性高的菌株的16S rRNA使用ClustalX進(jìn)行序列比對(duì),再用MEGA5利用Neighbor-Joining法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。
1.2.2 海藻酸裂解酶SHA-I序列分析 通過Mangrovibacteriumsp. SH-52全基因組測(cè)序結(jié)果獲得海藻酸裂解酶SHA-I的氨基酸序列。信號(hào)肽使用SignalP 4.1進(jìn) 行 預(yù) 測(cè)(http://www.cbs.dtu.dk/services/)。理論分子量(Mw)和等電點(diǎn)(pI)的預(yù)算使用Compute pI/Mw工具(https://web.expasy.org/compute_pi/)。在NCBI數(shù)據(jù)庫中對(duì)海藻酸裂解酶SHA-I的蛋白序列進(jìn)行BLASTp比對(duì)搜索同源序列。
1.2.3 海藻酸裂解酶SHA-I的克隆、表達(dá)和純化 根據(jù)Mangrovibacteriumsp. SH-52海藻酸裂解酶SHA-I的基因序列和表達(dá)載體pGEX-4T-1的多克隆酶切位點(diǎn)設(shè)計(jì)一對(duì)特異性引物,SHA-I-F(BamH I):5'-GGATCCATGAAAACCAATAA AATTCTGC-3',SHA-I-R(NotI):5'-GCGGCCGCTTAGTCATTCTT CGTGAAATAGC-3'。PCR反應(yīng)體系(25 μL):基因組DNA 2 μL,10× Taq Buffer 2.5 μL,dNTP(2.5 mmol/L)2 μL,引物SHA-I-F和SHA-I-R各0.5 μL,EasyTaq DNA polymerase(2.5 U/μL)0.3 μL,ddH2O 17.2 μL。PCR反 應(yīng) 條 件:94℃ 3 min;94℃ 30 s,55℃ 30 s,72℃ 1 min,30 個(gè)循環(huán);72℃ 10 min,4℃保存。以Mangrovibacteriumsp. SH-52的基因組為模版進(jìn)行擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物純化后連接到pMD19-T載體上,并熱擊轉(zhuǎn)化到Escherichia coliJM109中,克隆獲得的序列進(jìn)行測(cè)序。海藻酸裂解酶SHA-I基因連接到含有BamH I和NotI酶切位點(diǎn)的表達(dá)載體pGEX-4T-1上。重組質(zhì)粒pGEX-4T-1-SHA-I轉(zhuǎn)化到Escherichia coliBL21。篩選的陽性克隆子接種在液體LB培養(yǎng)基上,加入0.2 mmol/L的誘導(dǎo)劑IPTG(Isopropyl-β-D-thiogalactoside),28℃,100 r/min誘導(dǎo)12 h。細(xì)胞通過離心收集懸浮在Tris-HCl緩沖液中(20 mmol/L,pH 7.5;500 mmol/L NaCl),超聲破碎。用直徑為0.45 μm的濾膜過濾超聲破碎細(xì)胞的上清液,將此樣品使用epharose Resin 1 mL預(yù)裝重力柱進(jìn)行純化。蛋白質(zhì)濃度的測(cè)定使用BCA(Bicinchoninic acid)法,以牛血清蛋白作為標(biāo)準(zhǔn)。純化的SHA-I分子量使用SDS-PAGE(Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis)進(jìn)行測(cè)定。
1.2.4 酶活性的測(cè)定 海藻酸裂解酶的活性通過在235 nm處的吸光度進(jìn)行測(cè)定。測(cè)定方法:20 mmol/L Tris-HCl緩沖液(pH7.0),0.3%(W/V)海藻酸鈉,10 μg酶提取液,30℃保溫10 min,煮沸5 min終止反應(yīng)。一個(gè)酶活單位的定義為:235 nm下吸光值每分鐘增加0.1所需的酶量。
1.2.5 酶特性分析 在SHA-I酶特性分析中以海藻酸作為底物。海藻酸裂解酶SHA-I最適pH的測(cè)定范圍為5.0-10.0,緩沖液為50 mmol/L的磷酸緩沖液(pH 5.0-7.5),50 mmol/L的Tris-HCl(pH 7.5-9.0),50 mmol/L的Gly-NaOH(pH 9.0-10.0)。最適溫度的測(cè)定范圍為20-90℃,以5℃為一個(gè)梯度。pH穩(wěn)定性的測(cè)定,將酶液在pH 5.0-10.0緩沖液中4℃孵育1 h后,測(cè)定殘余的酶活力。熱穩(wěn)定的測(cè)定,將酶液放置在20-90℃保溫1 h后,測(cè)定殘余的酶活力。為了分析不同金屬離子對(duì)SHA-I酶活性的影響,分別使用不同的金屬離子添加到反應(yīng)混合液中測(cè)定酶活性。SHA-I的底物特異性通過以polyM,polyG和海藻酸為底物的酶活性進(jìn)行測(cè)定。通過TLC(Thin layer chromatography)分析降解的產(chǎn)物,展開容積為1-正丁醇/乙酸/水(3∶2∶3,V∶V∶V),待展開完成,取出硅膠板吹干,在硅膠板表面噴灑10%的硫酸乙醇(顯色劑)溶液后放入110℃烘箱,加熱顯色。
從汕頭市汕頭港采集樣品,通過分離獲得一株厭氧海藻酸分解菌SH-52。對(duì)菌株SH-52的16S rRNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增。同源性比較發(fā)現(xiàn)該菌株SH-52與Mangrovibacterium marinumstrain FA423序列的相似性為99%。該菌與其近源菌株的16S rRNA序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(圖1)。初步鑒定其屬于紅樹林細(xì)菌屬(Mangrovibacteriumsp.),并命名為Mangrovibacteriumsp. SH-52。
海藻酸裂解酶SHA-I基因全長(zhǎng)1 089 bp,預(yù)測(cè)由362個(gè)氨基酸構(gòu)成,分子量為40.45 kD,預(yù)測(cè)的等電點(diǎn)(pI)為4.73。海藻酸裂解酶SHA-I的核酸序列在GenBank上的登錄號(hào)為MT584798。SignalP 4.1預(yù)測(cè)表明,SHA-I沒有明顯的信號(hào)肽序列。BLASTp比對(duì)表明,海藻酸裂解酶SHA-I與Lewinella cohaerens的海藻酸裂解酶(WP_020539194.1)同源性最高,為80%,數(shù)據(jù)庫顯示Lewinella cohaerens的海藻酸裂解酶(WP_020539194.1)為PL7家族。
圖1 菌株SH-52的16S rRNA序列系統(tǒng)進(jìn)化樹
SHA-I與其他已表征PL7家族海藻酸裂解酶氨基酸序列進(jìn)行序列比對(duì),如圖2所示。PL7家族海藻酸裂解酶有3個(gè)高度保守序列,SA3(RXEXR),SA4(YXKAGXYXQ)和SA5(QXH)。序 列 比 對(duì)表明SHA-I的3個(gè)高度保守序列為SA3(RTELA),SA4(FFKLGCYNQ)和SA5(QIH),其中僅有3個(gè)殘基不保守,分別為SA3中第5個(gè)堿基為A,SA4中第一個(gè)堿基為F,第4個(gè)堿基為L(zhǎng),其余殘基完全保守。另外,PL7家族海藻酸裂解酶有4個(gè)典型的催化殘基R、Q、H、Y,其中R在SA3的N末端區(qū)域,Q和H在L2上,Y在SA4的C末端,序列比對(duì)表明在SHA-I中有這4個(gè)典型的催化殘基R(Arg104)、Q(Gln148)、H(His150) 和Y(Tyr301)。SHA-I中PL7 表面活性裂縫殘基僅有兩個(gè)殘基不保守。但是,Sphingomonassp. A1-II’中覆蓋在活性裂縫上的兩個(gè)蓋環(huán)(L1和L2)在SHA-I中是不保守的。這些保守序列表明,SHA-I屬于PL7家族。
海藻酸裂解酶SHA-I基因直接從Mangrovibacteriumsp. SH-52的全基因組進(jìn)行擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物連接到表達(dá)載體pGEX-4T-1中。在重組的蛋白表達(dá)載體中,一個(gè)GST標(biāo)簽加到重組蛋白的C-末端。重組的SHA-I使用GST-Sepharose Resin 1mL預(yù)裝重力柱進(jìn)行純化。SDS-PAGE分析表明,融合蛋白分子量大小約為67 kD,其中GST融合標(biāo)簽為26 kD,故SHA-I蛋白分子量為41 kD,接近預(yù)測(cè)的理論分子量(40.45 kD)(圖3)。酶活性分析表明,純化前的蛋白濃度為162 mg/L,純化后剩余3.2 mg/L。純化后蛋白酶活達(dá)到13 U/mg,而未純化的粗蛋白酶活僅為2.6 U/mg,純化后酶活提高5倍(表1)。
SHA-I在酸性和堿性條件下酶活性都不高,最適pH為7.0(圖4-A),在pH 6.0-9.0之間比較穩(wěn)定(圖4-B)。SHA-I最適溫度是50℃,在60℃時(shí)的活性接近最高活性的60%,在80℃時(shí)約為最高活性的40%(圖4-C)。在50℃孵育1 h后,SHA-I保留大約起始活性的40%(圖4-D)。表明SHA-I是一個(gè)耐熱海藻酸裂解酶。
圖2 SHA-I與PL7家族氨基酸序列的比對(duì)
金屬離子對(duì)SHA-I活性的影響結(jié)果如表2所示。加入1 mmol/L NaCl時(shí),海藻酸裂解酶SHA-I的酶活沒有明顯增加,加入50 mmol/L NaCl 時(shí)酶活增加了56%,加入100 mmol/L NaCl 時(shí)酶活增加了58%,再增加NaCl濃度已不能提高酶活。EDTA對(duì)酶活有強(qiáng)烈的抑制作用。除了Ni2+和Hg2+,大多數(shù)金屬離子對(duì)酶活沒有很大的影響。
圖3 SDS-PAGE檢測(cè)重組酶SHA-I的純化
使用polyM、polyG和海藻酸鈉為底物測(cè)定SHA-I的底物特異性,SHA-I對(duì)polyM和polyG都有活性,但對(duì)polyG的活性比polyM高將近2.5倍(圖5-A),表明SHA-I更偏好于polyG。TLC分析表明,SHA-I降解海藻酸鈉主要產(chǎn)生二聚體和三聚體,還有一些四聚體和更大的寡糖,不能產(chǎn)生單糖(圖5-B),表明SHA-I為內(nèi)切型海藻酸裂解酶。
表1 重組海藻酸裂解酶SHA-I的純化
圖4 pH和溫度對(duì)SHA-I酶活性和穩(wěn)定性的影響
本實(shí)驗(yàn)室篩選的厭氧海藻酸分解菌,系統(tǒng)進(jìn)化分析其與Mangrovibacterium marinumstrain FA423親緣關(guān)系最近,兩菌株16S rRNA基因序列相似度為99%,故命名為Mangrovibacteriumsp. SH-52。與好氧菌相比,厭氧菌底物轉(zhuǎn)化效率高,可直接發(fā)酵底物產(chǎn)生乙醇,因此篩選厭氧海藻酸分解菌對(duì)生物質(zhì)轉(zhuǎn)化的研究提供了一種更好的方案。
表2 金屬離子對(duì)重組酶SHA-I活性的影響
圖5 SHA-I底物特異性和降解產(chǎn)物的TLC分析
海藻酸裂解酶SHA-I屬于PL7家族。序列比對(duì)表明SHA-I有PL7家族海藻酸裂解酶的3個(gè)高度保守序列SA3(RTELA),SA4(FFKLGCYNQ)和SA5(QIH),僅3個(gè)殘基不保守,這3個(gè)保守序列構(gòu)成了活性中心,是底物識(shí)別和催化的關(guān)鍵[13,30-31]。另外,SHA-I中有PL7家族海藻酸裂解酶的4個(gè)典型殘基R、Q、H、Y,這4個(gè)殘基構(gòu)成其活性位點(diǎn),其保守性和適當(dāng)?shù)奈恢檬敲杆饣钚缘南葲Q條件[33]。但是,Sphingomonassp. A1-II’中覆蓋在活性裂縫上的兩個(gè)蓋環(huán)(L1和L2)在SHA-I中是不保守的,這兩個(gè)環(huán)的靈活性對(duì)底物與酶活性間隙的結(jié)合有重要的作用[31]。
對(duì)海藻酸裂解酶SHA-I的酶學(xué)性質(zhì)進(jìn)行研究表明,SHA-I是一個(gè)耐熱海藻酸裂解酶。SHA-I最適溫度是50℃,在60℃時(shí)的活性接近最高活性的60%,在80℃時(shí)約為最高活性的40%,在50℃孵育1 h后,SHA-I保留大約起始活性的40%。大多數(shù)海藻酸裂解酶最適溫度較低或溫度耐受性差。如來自Sphingomonassp. MJ-3的海藻酸裂解酶MJ-3在50℃時(shí)酶活性最高,但在60℃和70℃時(shí)僅分別是最高活性的10%和5%[34]。目前耐熱海藻酸裂解酶已有報(bào)道,但研究的較少。Yang等[24]對(duì)兩個(gè)耐熱型海藻酸裂解酶oalY1和oalY2進(jìn)行了特征分析,分別在45℃和50℃時(shí)酶活性最高,在60℃時(shí)約為最高酶活的50%,80℃時(shí)約為最高活性的20%。Inoue等[23]對(duì)來自Nitratiruptorsp. SB155-2的耐熱海藻酸裂解酶NitAly進(jìn)行了特征分析,其最適溫度為70℃,67℃孵育30 min后損失50%的酶活,該酶是目前發(fā)現(xiàn)耐受溫度最高的海藻酸裂解酶。海藻酸降解產(chǎn)生寡糖具有廣泛的應(yīng)用價(jià)值,降解方法包括物理降解法、化學(xué)降解法和生物降解法。隨著科學(xué)技術(shù)的不斷革新,各學(xué)科之間的不斷交融,相信在后期的發(fā)展過程中會(huì)逐步開發(fā)更環(huán)保、更合理、更高效的降解方法。篩選耐熱型海藻酸裂解酶可以與熱解法相搭配以期能更高效的降解海藻酸產(chǎn)生寡糖。
金屬離子對(duì)SHA-I的酶活影響表明,加入1 mmol/L NaCl時(shí),海藻酸裂解酶SHA-I的酶活沒有明顯增加,加入50 mmol/L NaCl 時(shí)酶活增加了56%,加入100 mmol/L NaCl 時(shí)酶活增加了58%,再增加NaCl濃度已不能提高酶活。EDTA對(duì)酶活有強(qiáng)烈的抑制作用。除了Ni2+和Hg2+,大多數(shù)金屬離子對(duì)酶活沒有很大的影響。對(duì)于很多海藻酸裂解酶來說,NaCl可以顯著地促進(jìn)酶活,來自Pseudoalteromonassp. CY24 的 AlyPI,添加100 mmol/L NaCl可以使酶活提高到180%[35]。重金屬離子Ni2+、Hg2+、Co2+、Mn2+等可以使蛋白質(zhì)變性,對(duì)海藻酸裂解酶有較強(qiáng)的抑制作用,但不是所有的海藻酸裂解酶都受它們的抑制,如Mn2+可以促進(jìn)Pseudoalteromonassp.SM0524中AlyPM的活性[36]。EDTA可以螯合溶液中的金屬離子,強(qiáng)烈的抑制酶的活性,Aspergillus oryzae的海藻酸裂解酶在EDTA存在時(shí),酶活降為原來的15%[37]。
研究SHA-I的底物偏好性發(fā)現(xiàn)該酶對(duì)polyG的活性比polyM高將近2.5倍,表明SHA-I更偏好于polyG。有學(xué)者對(duì)PL7家族海藻酸裂解酶結(jié)構(gòu)與底物特異性的關(guān)系進(jìn)行了研究,該家族海藻酸裂解酶底物特異性由高度保守序列SA5(QXH)決定,如果海藻酸裂解酶的保守序列為QVH,可特異性降解polyM,如果保守序列QIH,則可特異性降解polyG和polyMG[9,38]。SHA-I的高度保守序列為QIH,對(duì)polyG具有偏好性,與研究相符。TLC分析表明,SHA-I降解海藻酸鈉主要產(chǎn)生二聚體和三聚體,還有一些四聚體和更大的寡糖,不能產(chǎn)生單糖,表明SHA-I為內(nèi)切型海藻酸裂解酶。后續(xù)我們將進(jìn)一步研究不同類型海藻酸裂解酶對(duì)海藻酸的降解特性及其協(xié)同作用,并深入了解其酶學(xué)機(jī)理和綜合應(yīng)用,開發(fā)具有工業(yè)化應(yīng)用價(jià)值的海藻酸裂解酶。
本研究獲得的海藻酸裂解酶SHA-I屬于PL7家族,是一個(gè)對(duì)polyG有底物偏好性的耐熱內(nèi)切型海藻酸裂解酶,其耐熱型是海藻酸工業(yè)應(yīng)用中好的候選者。