基于生長和抗逆功能基因SNP分子標(biāo)記的凡納濱對蝦野生及選育群體遺傳多樣性分析

申淑慧　戴習(xí)林

摘要：【目的】分析凡納濱對蝦野生群體與選育群體的遺傳多樣性及遺傳差異，為進(jìn)一步改良優(yōu)化凡納濱對蝦種質(zhì)提供參考依據(jù)?！痉椒ā客ㄟ^凡納濱對蝦轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)挖掘候選SNP位點(diǎn)，設(shè)計(jì)擴(kuò)增引物，采用10尾野生凡納濱對蝦進(jìn)行直接測序驗(yàn)證，篩選獲得11對有效引物及24個(gè)位于生長和抗逆功能基因上的SNPs位點(diǎn)，并用于分析2個(gè)野生群體（Y1和Y2）和2個(gè)選育群體（F1和F2）的遺傳多樣性?！窘Y(jié)果】凡納濱對蝦野生群體的觀測雜合度（Ho）、期望雜合度（He）及多態(tài)信息含量（PIC）等遺傳參數(shù)平均值明顯高于選育群體。在2個(gè)野生群體中，Y2的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值均高于Y1;在2個(gè)選育群體中，F(xiàn)2的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值均高于F1，且在CATL、ANT、Tryptase、Crustin-like和Penaeidin4c等功能基因的某些SNP位點(diǎn)上，2個(gè)選育群體的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值為0。4個(gè)凡納濱對蝦群體中均存在SNP位點(diǎn)不同程度偏離Hardy-Weinberg平衡現(xiàn)象。野生群體Y1與選育群體F1間的近交系數(shù)（Fis）最高（0.0875），且基因流（Nm）也較高（4.2728）;野生群體Y2與選育群體F1間的遺傳分化指數(shù)（Fst）最高（0.0947），但Nm最低（2.3886），表明二者間的遺傳背景較遠(yuǎn)。4個(gè)凡納濱對蝦群體的遺傳變異主要來源于群體內(nèi)（85.15%），僅有14.85%變異來源于群體間。4個(gè)凡納濱對蝦群體的遺傳相似性系數(shù)為0.9351～0.9747，遺傳距離為0.0256～0.0671;基于凡納濱對蝦群體遺傳距離的UPGMA聚類分析結(jié)果顯示，Y1、F1和F2聚為一支，而Y2單獨(dú)聚為一支?！窘Y(jié)論】凡納濱對蝦野生群體在抗逆功能基因SNP分子標(biāo)記中的遺傳多樣性顯著高于選育群體，且野生群體與選育群體間的遺傳距離較遠(yuǎn)，具有較高的遺傳改良潛力。在實(shí)際生產(chǎn)中，可通過雜交措施將野生群體的優(yōu)良抗逆基因引入選育群體，提高凡納濱對蝦選育群體的免疫及抗病能力。

關(guān)鍵詞： 凡納濱對蝦;野生群體;選育群體;SNP分子標(biāo)記;生長功能基因;抗逆功能基因;遺傳多樣性

中圖分類號： S945.49 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號：2095-1191（2020）11-2836-10

Genetic diversity analysis in wild and selected populations of Penaeus vannamei based on SNP markers in growth

and stress resistance genes

SHEN Shu-hui1，2，3， DAI Xi-lin1，2，3*

（1National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education（Shanghai Ocean University）， Shanghai 201306， China; 2Key Laboratory of Freshwater Aquatic Genetic Resources， Ministry of Agriculture and Rural Affairs （Shanghai Ocean University）， Shanghai ?201306， China; 3Shanghai Collaborative Innovation for Aquatic Animal

Genetics and Breeding（Shanghai Ocean University）， Shanghai ?201306， China）

Abstract：【Objective】The genetic diversity and genetic differences between wild populations and selected populations of Litopenaeus vannamei were analyzed to provide reference for improvement and optimization of germplasm resources. 【Method】Single nucleotide polymorphisms（SNPs） found from amplification primers， which designed with high-throughput sequencing of L. vannamei， were verified using ten wild L. vannamei by sequencing. Finally， 11 primers and 24 identified SNPs in growth and stress resistance genes， were selected to analyze genetic diversity of Y1， Y2， which were wild populations， and F1， F2， which were selected populations. 【Result】The results showed that the genetic parameters such as ?observed heterozygosity（Ho）， expected ?heterozygosity（He） and polymorphism information content（PIC） in Y1 and Y2 were higher than those in F1 and F2. Generally， all the genetic parameters in Y2 were higher than Y1. Similarly， in two selected families， genetic parameters of F2 were higher than F1. In addition， the genetic parameters in the two selected populations were 0 at some SNP loci of functional genes such as CATL， ANT， Tryptase， Crustin-like and Penaeidin4c. Deviation from Hardy-Weinberg equilibrium existed in all four populations differently. The coefficient of inbreeding （Fis） was the highest（0.0875） and the gene flow（Nm） was also high （4.2728） between wild population Y1 and selected population F1. The genetic differentiation index（Fst） between Y2 and F1 was the highest（0.0947）， but Nm was the lowest （2.3886）， indicating a distant genetic relationship between the two populations. AMOVA analysis found that 85.15% genetic variation of four populations was mainly within the population， and only 14.85% was found between populations.The genetic similarity coefficients of the four populations ranged from 0.9351 to 0.9747， and the genetic distance varied from 0.0256 to 0.0671. UPGMA clustering analysis showed that Y1， F1 and F2 clustered into a cluster， while Y2 clustered into a single cluster. 【Conclusion】Generally， in wild populations， genetic diversity of SNP markers in stress resistance function gene is significantly higher than that of selected populations. And wild populations are far from the selected populations， which shows a high potential for breeding. Therefore， it is necessary that the excellent stress resistance genes from wild populations should be introduced into the selected population through hybridization in production process， to improve the immunity and disease resistance of the selected population.

Key words： Litopenaeus vannamei; wild population; ?selected populations; SNP markers; growth functional genes; ?stress resistance genes;genetic diversity

Foundation item： Special Project of Shanghai Shrimp Industry Technology System Construction （HNKGZ〔2014〕7-1-11）

0 引言

【研究意義】凡納濱對蝦（Litopenaeus vannamei）又稱南美白對蝦，原產(chǎn)于太平洋沿岸，因具有含肉率高、抗逆性強(qiáng)、生長快、餌料需求低、便于活蝦運(yùn)輸及耐高密度和低鹽度養(yǎng)殖等優(yōu)點(diǎn)，已發(fā)展成為世界上最主要的蝦類養(yǎng)殖品種，約占蝦類總產(chǎn)量的85%（楊銘等，2017;李強(qiáng)勇等，2020）。隨著對蝦養(yǎng)殖業(yè)的不斷發(fā)展，因病害頻發(fā)和種質(zhì)退化造成的對蝦抗病力下降、生產(chǎn)周期延長及產(chǎn)量下降等問題日益凸顯，給對蝦養(yǎng)殖帶來巨大經(jīng)濟(jì)損失，嚴(yán)重制約了凡納濱對蝦養(yǎng)殖業(yè)的持續(xù)健康發(fā)展（戴習(xí)林等，2018;蔣葛等，2019）。因此，培育抗逆性強(qiáng)且生長快的優(yōu)良對蝦養(yǎng)殖品種，是對蝦養(yǎng)殖業(yè)今后發(fā)展的重要任務(wù)（楊銘等，2017;葉寧等，2017）。其中，引進(jìn)原種或改良現(xiàn)有養(yǎng)殖品種是恢復(fù)和優(yōu)化凡納濱對蝦種質(zhì)的有效途徑，但在遺傳改良過程中必須掌握已有群體的種質(zhì)資源現(xiàn)狀及遺傳背景?！厩叭搜芯窟M(jìn)展】對蝦的遺傳育種工作起步相對較晚，但隨著PCR和分子標(biāo)記技術(shù)的不斷成熟及推廣應(yīng)用，近年來對蝦遺傳育種研究取得了長足進(jìn)展。于洋（2014）、郝敏（2016）、李東宇等（2016）、王全超（2017）、Yu等（2019）先后從凡納濱對蝦遺傳圖譜構(gòu)建、數(shù)量性狀定位、遺傳多樣性分析、親權(quán)鑒定及分子輔助育種等方面開展研究，研究結(jié)果為凡納濱對蝦的良種選育提供了參考依據(jù)。目前，針對凡納濱對蝦的遺傳學(xué)研究主要是利用等位酶、單拷貝核DNA、線粒體DNA、限制性片段長度多態(tài)性（RFLP）、擴(kuò)增片段長度多態(tài)性（AFLP）及微衛(wèi)星（SSR）等分子標(biāo)記進(jìn)行群體遺傳背景分析（張靈俠等，2008;葉寧等，2017;陳錦豪等，2019），其中又以SSR分子標(biāo)記在凡納濱對蝦遺傳多樣性研究中的應(yīng)用最廣泛。Rezaee等（2016）、劉洪濤等（2018）、方振朋等（2019）、黃小帥等（2019）分別研發(fā)出SSR分子標(biāo)記并應(yīng)用于凡納濱對蝦群體遺傳多樣性研究，但SSR分子標(biāo)記也存在一些缺陷，包括可能存在無效等位基因、無法存在于功能基因中及費(fèi)時(shí)費(fèi)力等。單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記（Single nucleotide polymorphism，SNP）作為第三代分子標(biāo)記，屬于共顯性標(biāo)記，雖然每個(gè)標(biāo)記的基礎(chǔ)信息量較少，但能穩(wěn)定、均勻、廣泛地分布于整個(gè)基因組中，且可能出現(xiàn)在功能基因內(nèi)部，更有利于開展生長、抗逆及繁殖等相關(guān)功能基因的研究，是分析遺傳變異的有效分子工具（張曉萌等，2013;王全超，2017;陳靜等，2018）。有關(guān)SNP分子標(biāo)記在水產(chǎn)動(dòng)物群體遺傳學(xué)方面的應(yīng)用研究已有較多報(bào)道，Agarwal等（2016）通過高通量測序獲得大量羅氏沼蝦SNP分子標(biāo)記，并用于分析印度不同區(qū)域羅氏沼蝦群體的遺傳背景;于磊等（2018）基于酶切測序技術(shù)開發(fā)獲得38個(gè)多態(tài)性較高的SNP分子標(biāo)記，并以此分析遼寧丹東和福建三沙2個(gè)日本鰻鱺群體的遺傳結(jié)構(gòu)及其本地適應(yīng)性;Thongda等（2018）研究表明，開發(fā)獲得的58個(gè)東方牡蠣SNP分子標(biāo)記均可用于遺傳分化、群體結(jié)構(gòu)分析及親緣關(guān)系鑒定等相關(guān)研究?！颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】SNP分子標(biāo)記是一種研究物種遺傳變異的理想分子標(biāo)記，但至今鮮見應(yīng)用于凡納濱對蝦遺傳多樣性分析的研究報(bào)道?！緮M解決的關(guān)鍵問題】基于凡納濱對蝦轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，挖掘與生長和抗逆相關(guān)候選基因中的SNP位點(diǎn)，并以此分析凡納濱對蝦野生群體與選育群體的遺傳多樣性及遺傳差異，為進(jìn)一步改良優(yōu)化凡納濱對蝦種質(zhì)提供參考依據(jù)。

1 材料與方法

1. 1 樣品采集及DNA提取

凡納濱對蝦樣本為2個(gè)厄瓜多爾野生群體和2個(gè)選育群體。其中，厄瓜多爾野生群體為2016和2019年從厄瓜多爾引進(jìn)的野生凡納濱對蝦，捕撈自瓜亞基樂灣水域，分別命名為Y1和Y2;選育群體是以美國關(guān)島大學(xué)引進(jìn)家系選育獲得的子二代，分別命名為F1和F2。從各群體中隨機(jī)取30尾樣本，無水酒精固定后以天根海洋動(dòng)物組織基因組DNA提取試劑盒提取其DNA，-20 ℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>

1. 2 SNP位點(diǎn)發(fā)掘與引物篩選

根據(jù)農(nóng)業(yè)農(nóng)村部淡水水產(chǎn)種質(zhì)資源重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室已有轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的基因注釋，挖掘與凡納濱對蝦生長和抗逆相關(guān)候選基因的預(yù)測SNP位點(diǎn)，包括胰蛋白酶（Tryptase）、糜蛋白酶（Chymotrypsin）、保幼激素（JH）（杜育哲等，2001）、腺苷酸轉(zhuǎn)移酶（ANT）、性腺抑制激素（GIH）（邱慶慶，2019）、組織蛋白酶L（CATL）、有絲分裂原活化蛋白激酶（MAPK）、Alpha淀粉酶（AMY）（劉立鶴等，2006）、熱休克蛋白（HSP90）（夏西超等，2012）、ATP轉(zhuǎn)運(yùn)酶、對蝦素（Penaeidin）（杜志強(qiáng)，2012，2013）、酚氧化酶（Phenoloxidase，PO）（樊廷俊，2002）、β-葡聚糖結(jié)合蛋白（BGBP） （胡世康等，2018）、Toll受體（黃旭雄等，2012）和Crustin-like（張艷艷等，2012）等功能基因。然后選用10尾野生凡納濱對蝦樣本進(jìn)行驗(yàn)證，在挑選基因序列中的預(yù)測SNP位點(diǎn)兩端設(shè)計(jì)引物，PCR擴(kuò)增結(jié)果送至上海邁浦生物科技有限公司測序。測序結(jié)果使用BioEdit進(jìn)行分析，讀取轉(zhuǎn)錄本預(yù)測位置的基因型，在10尾野生凡納濱對蝦中其雜合基因型概率達(dá)20%的SNP位點(diǎn)所對應(yīng)的引物即為有效引物，可用于后續(xù)的凡納濱對蝦群體基因型檢測。

1. 3 統(tǒng)計(jì)分析

獲得4個(gè)凡納濱對蝦群體的基因分型數(shù)據(jù)后，使用PopGen32計(jì)算群體的觀測雜合度（Ho）、期望雜合度（He）、Nei基因多樣性指數(shù)（H）、Hardy-Weinberg平衡偏離指數(shù)（D）、近交系數(shù)（Fis）、遺傳分化指數(shù)（Fst）、遺傳相似性系數(shù)及遺傳距離等（戴習(xí)林等，2017）;利用Cervus 3.0計(jì)算SNP位點(diǎn)的多態(tài)信息含量（PIC），剔除多態(tài)性過低的SNP位點(diǎn);采用Arlequin V3.5分析Fst和基因流（Nm），并以MEGA 5.0進(jìn)行UPGMA聚類分析。

2 結(jié)果與分析

2. 1 SNP位點(diǎn)發(fā)掘及引物篩選結(jié)果

從轉(zhuǎn)錄組中挖掘獲得70個(gè)SNPs位點(diǎn)，設(shè)計(jì)對應(yīng)的引物并在10尾野生蝦中進(jìn)行PCR擴(kuò)增，結(jié)果顯示有46對引物能成功擴(kuò)增出目的片段。圖1為部分?jǐn)U增結(jié)果的凝膠電泳圖，將擴(kuò)增獲得且片段大小在預(yù)期范圍內(nèi)的單一明亮條帶（編號33、34、35和39）送至上海邁浦生物科技有限公司測序。根據(jù)測序結(jié)果讀取峰圖，并統(tǒng)計(jì)基因型，發(fā)現(xiàn)SNP雜合基因型概率達(dá)20%的有效引物共計(jì)15對，包含33個(gè)SNPs位點(diǎn)。采用15對篩選出的有效引物對4個(gè)凡納濱對蝦群體進(jìn)行PCR擴(kuò)增，分別統(tǒng)計(jì)33個(gè)SNPs位點(diǎn)的基因型，并剔除在4個(gè)凡納濱對蝦群體中突變率均低于15%的SNP位點(diǎn)，最終獲得11對有效引物（表1），包含24個(gè)SNPs位點(diǎn)。其中，HSP90、GIH、CATL、ANT、Tryptase和Chymotrypsin為生長功能基因，含有9個(gè)SNPs位點(diǎn);Toll、Crustin-like、Penaeidin4c和PO為抗逆功能基因，含有15個(gè)SNPs位點(diǎn)。

2. 2 遺傳多態(tài)性分析結(jié)果

基于9個(gè)生長功能基因SNPs位點(diǎn)和15個(gè)抗逆功能基因SNPs位點(diǎn)，研究4個(gè)凡納濱對蝦群體（2個(gè)野生群體和2個(gè)選育群體）的遺傳多樣性。結(jié)果（表2）顯示，24個(gè)SNP分子標(biāo)記在4個(gè)凡納濱對蝦群體中的PIC平均值分別為Y1：0.2587、Y2：0.2762、F1：0.1341和F2：0.1513，2個(gè)野生群體明顯高于2個(gè)選育群體。其中，Y1和Y2屬于中度多態(tài)水平（0.25

總體上，2個(gè)野生群體（Y1和Y2）的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值明顯高于2個(gè)選育群體（F1和F2）。在2個(gè)野生群體中，Y2的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值均高于Y1，在生長功能基因中Y1的PIC和He平均值高于Y2，但在抗逆功能基因中Y2高于Y1。在2個(gè)選育群體中，F(xiàn)2的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值均高于F1，在抗逆功能基因中F1和F2基本相同，但在生長功能基因中二者存在明顯差異，表現(xiàn)為F2高于F1。在CATL、ANT、Tryptase、Crustin-like和Penaeidin4c等功能基因的某些SNP位點(diǎn)上，2個(gè)選育群體（F1和F2）的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值為0，可能是雜合子缺失所引起。4個(gè)凡納濱對蝦群體中均存在SNP位點(diǎn)不同程度偏離Hardy-Weinberg平衡現(xiàn)象（P<0.05為顯著偏離，P<0.01為極顯著偏離）。其中，Y1群體的SNP19和SNP20位點(diǎn)顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，處于Penaeidin4c基因上;SNP12和SNP13位點(diǎn)極顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，位于Crustin-like基因上;Y2群體的SNP3和SNP7位點(diǎn)顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，分別位于GIH和Chymotrypsin基因上;F1群體中除突變?nèi)笔稽c(diǎn)外，僅SNP3位點(diǎn)顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，位于GIH基因上;F2群體中除突變?nèi)笔稽c(diǎn)外，僅SNP6和SNP7位點(diǎn)顯著偏離Hardy-Weinberg平衡，均位于Chymotrypsin基因上。

2. 3 遺傳分化分析結(jié)果

4個(gè)凡納濱對蝦群體在24個(gè)SNPs位點(diǎn)上的Fis平均值為-0.0224，且負(fù)值較多（表3），表明不同群體間的近交程度較低。不同群體間各SNP位點(diǎn)的Fst變化范圍為0.0050～0.2754，說明4個(gè)凡納濱對蝦群體在24個(gè)SNPs位點(diǎn)上表現(xiàn)出明顯的遺傳分化。4個(gè)凡納濱對蝦群體相互間的Fis、Fst和Nm詳見表4。其中，Y1與F1間的Fis最高（0.0875），且Nm也較高（4.2728）;Y2與F1間的Fst最高（0.0947），但其Nm最低（2.3886），表明Y2與F1間的遺傳背景較遠(yuǎn)?；赟NP分子標(biāo)記的凡納濱對蝦群體遺傳變異分子生物學(xué)方差分析結(jié)果（表5）顯示，4個(gè)凡納濱對蝦群體的遺傳變異大部分來源于群體內(nèi)（85.15%），僅有14.85%變異來源于群體間。

2. 4 遺傳距離及聚類分析結(jié)果

由表6可知，4個(gè)凡納濱對蝦群體的遺傳相似性系數(shù)為0.9351～0.9747，遺傳距離為0.0256～0.0671。其中，F(xiàn)1與F2的遺傳相似性系數(shù)最大（0.9747），Y2與F1的遺傳相似性系數(shù)最小（0.9351）;F1與F2的遺傳距離最?。?.0256），Y2與F1的遺傳距離最大（0.0671）?；诜布{濱對蝦群體間的遺傳距離，采用MEGA 5.0進(jìn)行UPGMA聚類分析，結(jié)果（圖2）顯示，Y1、F1和F2聚為一支，而Y2單獨(dú)聚為一支。

3 討論

SNP可通過改變堿基引起所處基因的表達(dá)變化，導(dǎo)致其編碼蛋白發(fā)生結(jié)構(gòu)功能變異，進(jìn)而影響表型性狀。目前，開展水產(chǎn)動(dòng)物遺傳多樣性分析時(shí)有關(guān)分子標(biāo)記的選擇尚存在隨機(jī)性，且主要針對相關(guān)功能基因的分子標(biāo)記進(jìn)行研究（崔蕾等，2012;孫成飛等，2015;武菲等，2016），利用SNP分子標(biāo)記進(jìn)行遺傳多樣性的研究相對較少。本研究基于凡納濱對蝦的生長和抗逆相關(guān)功能基因，并通過轉(zhuǎn)錄組注釋篩選其中的候選SNP位點(diǎn)，最終篩選出24個(gè)SNPs位點(diǎn)（9個(gè)SNPs位點(diǎn)位于生長功能基因上，15個(gè)SNPs位點(diǎn)位于抗逆功能基因上）用于凡納濱對蝦野生和選育群體遺傳多樣性分析。生長和抗逆相關(guān)功能基因中的SNP位點(diǎn)差異會(huì)影響其所處功能基因表達(dá)，相對于其他中性位點(diǎn)更容易造成機(jī)體生長性狀及抗病能力的差異，若將其應(yīng)用到群體遺傳背景分析中，則有望從DNA水平了解群體生長性狀及抗病能力的遺傳差異，更有利于后續(xù)將分子標(biāo)記與性狀聯(lián)系起來，輔助良種選育工作的開展。

本研究通過轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)結(jié)合直接測序挖掘出24個(gè)功能基因相關(guān)SNPs位點(diǎn)（9個(gè)生長功能基因SNPs位點(diǎn)，15個(gè)抗逆功能基因SNPs位點(diǎn)），并應(yīng)用于凡納濱對蝦野生和選育群體遺傳多樣性分析，結(jié)果表明，野生群體Y1和Y2的遺傳多樣性水平顯著高于選育群體F1和F2，與董在杰等（2018）在鯉魚、王軍等（2018）在中國明對蝦、王沈同等（2018）在草魚中的研究結(jié)果相似，可能是由于選育過程中封閉群體的親本數(shù)量限制、近親交配、遺傳漂變及對養(yǎng)殖環(huán)境適應(yīng)等因素所引起。2個(gè)野生群體具有更豐富的遺傳多樣性，說明其進(jìn)化潛力更高，即具有較高的遺傳育種改良潛力和適應(yīng)生存能力。此外，在2個(gè)野生群體中，Y2的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值均高于Y1，在生長功能基因中Y1的PIC和He平均值高于Y2，在抗逆功能基因中則Y2高于Y1，究其原因可能是不同野生種群在自然環(huán)境中遷移或變異所造成。在2個(gè)選育群體中，F(xiàn)2的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值均高于F1，在抗逆功能基因中F1和F2基本相同，但在生長功能基因中二者存在明顯差異，表現(xiàn)為F2高于F1，說明在選擇育種中F2較F1更具優(yōu)勢。在CATL、ANT、Tryptase、Crustin-like和Penaeidin4c等功能基因的某些SNP位點(diǎn)上，2個(gè)選育群體（F1和F2）的各項(xiàng)遺傳參數(shù)平均值為0，推測F1和F2存在雜合子缺失現(xiàn)象，與頡曉勇等（2008）、葉寧等（2017）的研究結(jié)果相似，是由于人工選育過程中的近親交配現(xiàn)象或?qū)δ骋惶囟ɑ蛐蛡€(gè)體的篩選，造成某些基因從該基因庫中流失。凡納濱對蝦遺傳多樣性降低，極易造成種質(zhì)資源退化、生長滯緩，進(jìn)而嚴(yán)重影響其養(yǎng)殖業(yè)的健康發(fā)展（李強(qiáng)勇等，2020）。因此，在凡納濱對蝦選育過程中，需及時(shí)了解其遺傳多樣性水平，并在此基礎(chǔ)上進(jìn)行科學(xué)管理，才能在遺傳改良的同時(shí)維持選育群體具有較高的遺傳多樣性水平，或從野生群體引種，進(jìn)一步豐富凡納濱對蝦選育群體的遺傳多樣性。

從本研究的遺傳分化及UPGMA聚類分析可看出，凡納濱對蝦野生群體Y1與2個(gè)選育群體（F1和F2）聚為一支，且Nm和Fis均較高，與三者間遺傳距離較近的結(jié)果相對應(yīng);而凡納濱對蝦野生群體Y2與2個(gè)選育群體（F1和F2）間的Fst較高，且Nm較低，與三者間遺傳距離最遠(yuǎn)的結(jié)果相對應(yīng)，表明野生群體Y2在家系選擇育種中更具引種優(yōu)勢和選育潛力。分子生物學(xué)方差分析結(jié)果也顯示，4個(gè)凡納濱對蝦群體的遺傳變異主要來源于群體內(nèi)（85.15%），僅有14.85%變異來源于群體間，與童馨等（2009）、Rezaee等（2016）的研究結(jié)果類似，說明不同凡納濱對蝦群體間相似性較小且基因交流較少，仍具有較高的選育潛力。本研究還發(fā)現(xiàn)，在生長功能基因SNP位點(diǎn)遺傳多樣性分析中，F(xiàn)2的遺傳多樣性水平明顯高于F1，且在相同養(yǎng)殖條件下F2的生長性能也優(yōu)于F1，說明F2無論是在遺傳上還是生長性狀上均優(yōu)于F1，在后續(xù)執(zhí)行選育計(jì)劃時(shí)應(yīng)優(yōu)先考慮。但從抗逆性狀的遺傳背景來看，2個(gè)選育群體（F1和F2）均不具備抗逆優(yōu)勢，在傳染病頻發(fā)的養(yǎng)殖現(xiàn)狀中極易被淘汰。因此，在實(shí)際生產(chǎn)中非常有必要通過選育群體與野生群體雜交以提高凡納濱對蝦后代的抗逆能力，可采取抗逆性狀高的野生群體Y2與選育群體相雜交的措施，將Y2的優(yōu)良抗逆基因引入選育群體，優(yōu)化其種質(zhì)資源，提高凡納濱對蝦選育群體的免疫及抗病能力。

4 結(jié)論

凡納濱對蝦野生群體在抗逆功能基因SNP分子標(biāo)記中的遺傳多樣性顯著高于選育群體，且野生群體與選育群體間的遺傳距離較遠(yuǎn)，具有較高的遺傳改良潛力。在實(shí)際生產(chǎn)中，可通過雜交措施將野生群體的優(yōu)良抗逆基因引入家系選育群體，優(yōu)化其種質(zhì)資源，以提高凡納濱對蝦選育群體的免疫及抗病能力。

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（責(zé)任編輯 蘭宗寶）

收稿日期：2020-02-15

基金項(xiàng)目：上海市蝦類產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)（滬農(nóng)科攻字〔2014〕第7-1-11號）

作者簡介：*為通訊作者，戴習(xí)林（1969-），教授，主要從事水產(chǎn)養(yǎng)殖與海洋生物學(xué)研究工作，E-mail：xldai@shou.edu.cn。申淑慧（1995-），研究方向?yàn)榱_氏沼蝦遺傳育種，E-mail：18994535472@163.com