我國(guó)科學(xué)家組裝梨矮化砧木‘中矮1號(hào)’高質(zhì)量參考基因組

近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院果樹(shù)研究所梨資源與育種創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)完成了梨矮化砧木品種——‘中矮1號(hào)’高質(zhì)量基因組的測(cè)序與組裝。該參考基因組的成功組裝，不僅為今后解析梨矮化、早果等性狀形成的分子機(jī)制奠定基礎(chǔ)，也為其他性狀研究和比較基因組學(xué)研究提供了詳實(shí)有效的參考數(shù)據(jù)，在梨基因組學(xué)研究和分子輔助育種方面將發(fā)揮重要作用。相關(guān)研究成果在線(xiàn)發(fā)表在《科學(xué)數(shù)據(jù)（Scientific Data）》上。

據(jù)姜淑苓研究員介紹，‘中矮1號(hào)’是我國(guó)自主選育的第一個(gè)梨矮化砧木新品種，其作中間砧木具有促進(jìn)嫁接樹(shù)矮化、早果和豐產(chǎn)等優(yōu)點(diǎn)，在梨矮化密植栽培和矮化砧木育種中發(fā)揮著重要作用；同時(shí)，‘中矮1號(hào)’源于‘錦香’梨（南果梨×巴梨）實(shí)生后代，遺傳背景復(fù)雜，基因組代表性廣。該研究以‘中矮1號(hào)’為試材，以PacBio三代測(cè)序技術(shù)為主，Illumina二代測(cè)序技術(shù)為輔進(jìn)行了全基因組測(cè)序和組裝，并通過(guò)Hi-C技術(shù)將組裝的contig掛載到染色體水平。該研究最終獲得了一個(gè)510.59 Mb的參考基因組，contigN50為1.28 Mb，其中，506.31 Mb（99.16%）的序列被掛載到17條染色體上，已知順序和方向的序列為427.18 Mb，占預(yù)測(cè)基因組大小的（511.33 Mb）83.5%。該基因組還成功預(yù)測(cè)了309.86 Mb (60.68%) 的重復(fù)序列和43 120個(gè)蛋白編碼基因，是繼該團(tuán)隊(duì)杜梨基因組后的另一個(gè)高質(zhì)量梨參考基因組。

（中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院網(wǎng)）