中國前列腺癌患者基因檢測專家共識（2018年版）

中國抗癌協(xié)會泌尿男生殖系腫瘤專業(yè)委員會前列腺癌學(xué)組

隨著第二代測序技術(shù)（next generation sequencing，NGS）在包括前列腺癌等腫瘤臨床診療中得到愈發(fā)廣泛的應(yīng)用，對NGS在前列腺癌臨床應(yīng)用過程中的檢測內(nèi)容、檢測技術(shù)、生物信息學(xué)分析、數(shù)據(jù)處理及解讀等環(huán)節(jié)的質(zhì)量管理提出了更高的要求。國外已出臺了諸如《基因檢測對遺傳性前列腺癌風(fēng)險評估作用：2017費城前列腺癌會議共識》［1］（以下簡稱為費城共識）等共識以規(guī)范該技術(shù)在前列腺癌診療及篩查中的應(yīng)用，但我國尚無相關(guān)共識或指南指導(dǎo)NGS在前列腺癌診療實踐中的規(guī)范應(yīng)用。結(jié)合我國近期出版的《二代測序技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診療中的應(yīng)用專家共識》［2］、《基于下一代測序技術(shù)的BRCA基因檢測流程中國專家共識》［3］，以及國際上前列腺癌的發(fā)表數(shù)據(jù)，本共識將對在前列腺癌患者的診療臨床實踐過程中的NGS檢測內(nèi)容、檢測技術(shù)、數(shù)據(jù)處理及解讀給出規(guī)范和建議。本共識僅就應(yīng)用NGS進行已確診為前列腺癌患者的基因檢測作以規(guī)范和建議，未涉及包括循環(huán)腫瘤細胞（circulating tumor cell，CTC）捕獲、雄激素受體剪接變異體7（androgen receptor splicing variant 7，AR-Ⅴ7）等應(yīng)用其他技術(shù)的前列腺癌相關(guān)檢測以及未確診前列腺癌患者的早期篩查性檢測。需注意由于目前尚缺乏對我國前列腺癌患者基因突變譜分析的文章和數(shù)據(jù)發(fā)表，未來需進一步結(jié)合我國前列腺癌患者的基因突變譜更新共識；同時呼吁建立醫(yī)院、基因檢測實驗室（公司）共同參與的協(xié)作數(shù)據(jù)共享平臺或數(shù)據(jù)庫，最終明確中國前列腺癌患者的驅(qū)動基因突變譜以及與轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)、療效評估和藥物不良反應(yīng)相關(guān)的基因突變信息。

1 適宜進行基因檢測的對象

局限型、轉(zhuǎn)移型及轉(zhuǎn)移性去勢抵抗性前列腺癌（metastatic castration-resistant prostate cancer，mCRPC）患者的基因突變圖譜及發(fā)生率可能不同［4］，結(jié)合前列腺癌臨床實踐流程及藥物研發(fā)現(xiàn)狀，符合表1的前列腺癌（特別是mCRPC）患者應(yīng)考慮進行NGS基因突變檢測。

表 1 適宜進行基因檢測的前列腺癌患者

2 檢測內(nèi)容

雖然通過NGS發(fā)現(xiàn)約90%的mCRPC患者存在具有臨床價值的突變［5］，但是受限于藥物研發(fā)及藥物在前列腺癌患者臨床研究中的證據(jù)，針對前列腺癌患者的NGS基因檢測應(yīng)在增加受檢者獲益及避免過度檢測中尋找平衡?！抖鷾y序技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診療中的應(yīng)用專家共識》建議檢測應(yīng)包含國際、國內(nèi)指南中明確指定、美國食品藥品管理局（Food and Drug Administration，F(xiàn)DA）/中國國家藥品監(jiān)督管理局（China National Drug Administration，CNDA）批準(zhǔn)的適應(yīng)證相關(guān)的臨床分型基因突變，還應(yīng)納入正在開展的任何期別（Ⅰ～Ⅲ期）臨床實驗中的藥物相關(guān)靶點、已完成或即將開展的臨床試驗的入組標(biāo)準(zhǔn)中包括的藥物靶點及其他腫瘤指南中推薦的藥物靶點。有限基因數(shù)量的Panel則可能導(dǎo)致治療、遺傳相關(guān)基因突變信息遺漏并增加受試者后續(xù)檢測費用及樣本損耗。因此本共識建議針對不同遺傳背景及檢測目的的受檢者，應(yīng)根據(jù)實際需要進行檢測Panel的篩選，檢測Panel和檢測流程應(yīng)在臨床應(yīng)用前進行充分的性能分析評估。其中，國際指南、共識及大型臨床研究均發(fā)現(xiàn)，同源重組修復(fù)（homologous recombination repair，HRR）缺陷的前列腺癌患者可能對多聚（ADP-核糖）聚合酶［poly（ADP-ribose）polymerase，PARP］抑制劑如奧拉帕利（olaparib）和鉑類化療藥物敏感；而同源重組修復(fù)功能正常的前列腺癌患者對奧拉帕利的響應(yīng)有限。再者，對于目前受到廣泛關(guān)注的免疫檢查點抑制劑PD-1/PD-L1抗體，臨床試驗報道，未經(jīng)篩選的前列腺癌患者受益有限；NCCN指南建議通過檢測錯配修復(fù)及微衛(wèi)星不穩(wěn)定性篩選出的錯配修復(fù)缺陷（mismatch repair de fi ciency，dMMR）及高度微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instability-high，MSI-H）型前列腺癌患者再考慮帕博利珠單抗（pembrolizumab）治療（表2）?；驒z測的必要性等級說明見表3。

2.1 BRCA2、BRCA1及ATM基因

一項在2 019例受試者中進行的研究發(fā)現(xiàn)，攜帶胚系BRCA1/2基因突變與更具侵襲性、更高概率的淋巴結(jié)、遠端轉(zhuǎn)移發(fā)生及更短的生存時間相關(guān)［6］。除與預(yù)后關(guān)系明確外，攜帶同源重組修復(fù)基因突變可能提示對鉑類及PARP抑制劑敏感。在去勢抵抗性前列腺癌患者中進行的PARP抑制劑奧拉帕利療效評價的Ⅱ期臨床研究中，總?cè)巳旱姆磻?yīng)率為33%；而在其中16例攜帶DNA修復(fù)基因突變的患者中，有14例（88%）患者經(jīng)奧拉帕利治療后緩解［7］?！禢CCN前列腺癌臨床實踐指南》（2018.Ⅴ4）指出，通過檢測BRCA1、BRCA2、ATM、PALB2及FANCA等DNA同源重組修復(fù)基因的胚系與體細胞基因突變，可以指導(dǎo)早期的鉑類化療藥物使用以及參與包括PARP抑制劑等臨床試驗。來自其他國家的研究［8］報道，攜帶BRCA2胚系突變的mCRPC患者比例為5%～9%，攜帶ATM胚系突變的患者比例約為2%，攜帶BRCA1胚系突變的患者數(shù)量約為1%；但中國前列腺癌患者攜帶BRCA2、ATM及BRCA1胚系突變的數(shù)量分析研究較為匱乏，在22例中國轉(zhuǎn)移性前列腺癌受試者中發(fā)現(xiàn)4例（18.8%）攜帶BRCA1/2及ATM基因胚系突變［9］。但由于入組人數(shù)較少，該數(shù)據(jù)可能與真實比例存在差異（表4）。

表 2 推薦前列腺癌患者進行的基因變異檢測內(nèi)容

表 3 前列腺癌基因檢測的必要性等級說明

表 4 PARP抑制劑及鉑類藥物對前列腺癌患者的療效評估

2.2 其他同源重組修復(fù)基因

除BRCA1/2及ATM基因外，在轉(zhuǎn)移性前列腺癌患者中還檢出CHEK2、RAD51D、ATR、NBN、GEN1、MRE11A、BRIP1及FAM175A等DNA修復(fù)基因胚系突變。在轉(zhuǎn)移性、局部高風(fēng)險及中低風(fēng)險前列腺癌中攜帶DNA修復(fù)基因胚系突變的比例為11.8%、6.0%和2.0%［8］。導(dǎo)致DNA修復(fù)缺陷的相關(guān)基因的胚系突變和體細胞基因突變，均可能增加對鉑類藥物和PARP抑制劑的敏感性［7］，但由于入組人數(shù)有限，上述基因具體突變與療效的相關(guān)性有待進一步臨床驗證。

2.3 錯配修復(fù)基因

既往數(shù)據(jù)報道，免疫檢查點抑制劑在前列腺癌或CRPC患者中療效不佳［13-14］。PD-1抗體帕博利珠單抗已于2017年5月獲得美國FDA批準(zhǔn)用于不可切除或轉(zhuǎn)移性dMMR或MSI-H實體瘤。多項研究中納入的有限數(shù)量的dMMR或MSI-H型前列腺癌患者均顯示對帕博利珠單抗有較好的敏感性（表5）。

國際數(shù)據(jù)報道前列腺癌患者中dMMR及MSI-H患者比例為2%～5%［5,16］，另有研究報道約3%的前列腺癌患者攜帶MSH2（2%）、MLH1（1%）、MSH6（1%）及PMS2（＜1%）體細胞基因突變，攜帶上述基因突變的患者往往具有最高的總體基因突變數(shù)量［4］。NCCN指南推薦mCRPC進行MSI及MMR檢測，如確診為MSI-H或dMMR，mCRPC患者可以在后線考慮采用帕博利珠單抗治療（2B類），同時需要進行遺傳咨詢及考慮林奇綜合征的相關(guān)基因檢測，進一步的胚系MMR基因胚系突變檢測可以明確遺傳性?？紤]到先行免疫組織化學(xué)或MSI再根據(jù)結(jié)果決定行胚系突變檢測的時間比較久，對于符合阿姆斯特丹標(biāo)準(zhǔn)或中國人林奇綜合征家系標(biāo)準(zhǔn)（詳見《遺傳性結(jié)直腸癌臨床診治和家系管理中國專家共識》）、且有意愿將胚系突變檢測前置的前列腺癌患者可以考慮直接進行胚系突變檢測［18］。

表 5 PD-1抗體對前列腺癌患者的藥效研究

2.4 其他基因

除同源重組修復(fù)基因及DNA錯配修復(fù)通路相關(guān)基因，研究發(fā)現(xiàn)前列腺癌患者中還會出現(xiàn)包括AR、PTEN、TP53、PI3K信號通路（PIK-3CA、PIK3R1、AKT1及AKT3）、WNT信號通路（APC、CTNNB1及RNF43）、細胞周期通路（RB1、CCND1、CDKN2A/B、CDKN1B及CDK4）、MAPK信號通路（BRAF、HRAS及K-ras）以及染色體重塑信號通路（KMT2A、KMT2C、KMT2D及KDM6A）等基因突變，但是由于藥物研發(fā)及相關(guān)靶向藥物在前列腺癌臨床應(yīng)用中的證據(jù)有限，對上述基因突變檢測的重要性有待進一步臨床驗證。

其中，AR基因突變和擴增值得關(guān)注。AR基因在局限性、轉(zhuǎn)移性非去勢抵抗及mCRPC患者中的突變/擴增率分別為2%、4%和52%［4］，提示其可能是形成CRPC的關(guān)鍵機制之一［19］。相較于正常AR基因拷貝數(shù)的患者，AR基因擴增患者可能對阿比特龍和恩雜魯胺不敏感，而位于配體結(jié)合域（ligand-binding domain，LBD）的多種突變均顯示了對包括阿比特龍等不同雄激素阻斷治療（androgen deprivation therapy，ADT）藥物的耐藥性［20-21］。AR基因突變或擴增能否獨立或結(jié)合AR-Ⅴ7檢測判斷對內(nèi)分泌治療藥物敏感性和指導(dǎo)臨床治療實踐尚有待進一步臨床確認。

多項研究報道在家族性遺傳前列腺癌患者中發(fā)現(xiàn)HOXB13基因（主要是熱點G84E）突變［22-23］；但是基于中國前列腺癌遺傳學(xué)聯(lián)合會中前列腺癌患者的研究數(shù)據(jù)，在671例受檢者中僅有3例攜帶HOXB13基因突變（P＜0.05），且突變?yōu)镚135E而非高加索人中的G84E熱點。費城共識提出需要對與遺傳性前列腺癌相關(guān)的HOXB13基因進行檢測（支持率為95%），但結(jié)合其在中國患者中的發(fā)生率及靶向治療相關(guān)性，本共識建議在綜合受檢者前列腺癌家族史后考慮HOXB13基因突變檢測的意義。

3 NGS檢測流程的規(guī)范

NGS檢測的全部流程包括從符合送檢要求的樣本中提取DNA、其后基于雜交捕獲或擴增子建庫方法進行文庫構(gòu)建，將構(gòu)建好的文庫在NGS平臺上進行測序，數(shù)據(jù)量需達到符合要求的測序深度；對于不同類型突變（包括單堿基變異、插入或缺失、拷貝數(shù)變異和大片段重排）采用特定生物信息學(xué)分析方法進行分析和注釋，最后對檢測發(fā)現(xiàn)的基因突變信息進行解讀和出具臨床報告。送檢樣本及全部檢測和分析報告流程應(yīng)符合《臨床分子病理實驗室二代基因檢測專家共識》、《二代測序技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診療中的應(yīng)用專家共識》及《基于下一代測序技術(shù)的BRCA基因檢測流程中國專家共識》等共識基本要求并應(yīng)配

備完善的標(biāo)準(zhǔn)操作流程及獨立的質(zhì)量控制程序。

參與本共識討論和審定的專家（按姓氏筆畫排序）：

王曉民 哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬第四醫(yī)院

鄧耀良 廣西醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院

葉定偉 復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院

史本康 山東大學(xué)齊魯醫(yī)院

邢金春 廈門大學(xué)附屬第一醫(yī)院

朱 剛 北京和睦家醫(yī)院

朱紹興 浙江省腫瘤醫(yī)院

朱 耀 復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院

齊 雋 上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院

孫兆林 貴州省人民醫(yī)院

李傳洪 西藏自治區(qū)人民醫(yī)院

李 軍 甘肅省腫瘤醫(yī)院

何朝宏 鄭州大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院

鄒 青 江蘇省腫瘤醫(yī)院

陳 捷 南昌大學(xué)第一附屬醫(yī)院

鄭祥義 浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院

居正華 福建省腫瘤醫(yī)院

胡志全 華中科技大學(xué)同濟醫(yī)學(xué)院附屬協(xié)和醫(yī)院

袁建林 空軍軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院

徐 勇 天津醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院

高平生 寧夏回族自治區(qū)人民醫(yī)院

靳風(fēng)爍 陸軍軍醫(yī)大學(xué)大坪醫(yī)院

廖 洪 四川省腫瘤醫(yī)院

潘鐵軍 廣州軍區(qū)武漢總醫(yī)院

魏少忠 湖北省腫瘤醫(yī)院

執(zhí)筆專家：

朱 耀