王冕,郝曉萌,李嬌,胡媛媛,關(guān)艷,王以光,甘茂羅,肖春玲
吲哚咔唑(indolocarbazole)生物堿是一類具有吲哚[2,3-α]-吡咯并[3,4-c]咔唑母核結(jié)構(gòu)的天然產(chǎn)物,具有良好的抗腫瘤、抗細(xì)菌、抗真菌、抗病毒和神經(jīng)保護(hù)等生物活性[1-2]。該類化合物作用于拓?fù)洚悩?gòu)酶以及與細(xì)胞周期有關(guān)的激酶,如酪氨酸蛋白激酶(PTKs)、蛋白激酶 A(PKA)、蛋白激酶 C(PKC)等多個(gè)作用靶點(diǎn),其抗腫瘤活性引起廣泛的關(guān)注。自 1977 年第一個(gè)吲哚咔唑生物堿——星形孢菌素(staurosporine)發(fā)現(xiàn)以來,從多個(gè)屬的放線菌、黏細(xì)菌、藍(lán)細(xì)菌以及海洋無脊椎動(dòng)物中,分離得到 130 多個(gè)吲哚咔唑天然產(chǎn)物[2]。多個(gè)吲哚咔唑衍生物作為抗腫瘤藥物進(jìn)入臨床研究[2-3]。2017年 4 月,美國食品藥品管理局批準(zhǔn)了第一個(gè)吲哚咔唑類藥物——米哚妥林(midostaurin,PKC412)上市,用于治療 FLT3 突變陽性的急性骨髓性白血病[4],表明該類化合物具有良好的臨床應(yīng)用開發(fā)前景。
在從海洋放線菌篩選新抗生素的過程中,我們對黃海分離的放線菌發(fā)酵產(chǎn)物進(jìn)行抗腫瘤細(xì)胞活性篩選[5-8]。為了解菌株的次級(jí)代謝潛能,對部分陽性菌株進(jìn)行了基因組測序。利用 AntiSMASH 4.0對菌株基因組次級(jí)代謝基因進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)海洋鏈霉菌Streptomycessp. IMB3-202 基因組中一條基因簇與吲哚咔唑類化合物的生物合成基因非常相似,提示該菌株具有產(chǎn)生吲哚咔唑的次級(jí)代謝潛能。為獲得該類化合物,通過優(yōu)化發(fā)酵條件和系統(tǒng)分離純化,分離得到 4 個(gè)吲哚咔唑衍生物,包括星形孢菌素(1)[9-10]、3'-O-去甲基星形孢菌素(2)[11]、holyrine A(3)[12]和 K252c(4)[13]。本文主要介紹菌株的基因組序列分析、分離純化、結(jié)構(gòu)鑒定以及活性評價(jià)等結(jié)果。
1.1.1 菌株 菌株 IMB3-202 分離自中國大連黃海黑石礁海灣(38°49'N,121°34'E)深度約為 40 m的海洋沉積物。通過 16S rRNA 基因(GenBank No. HM467146)序列 Blast 比對分析,該菌株與新霉素鏈霉菌 Streptomyces fradiae(GenBank AB184776)相似度達(dá) 98.17%,確定該菌株為鏈霉菌屬放線菌。菌株 IMB3-202 中的星形孢菌素生物合成基因簇部分序列數(shù)據(jù)提交 GenBank 保存(No.MG489830)。
1.1.2 培養(yǎng)基 斜面培養(yǎng)基(R-ISP4 培養(yǎng)基):淀粉 10 g、磷酸二氫鉀 1 g、硫酸鎂 1 g、氯化鈉1 g、硫酸銨 2 g、碳酸鈣 2 g、麥麩 30 g、海鹽30 g,ddH2O 至 1 L,pH 7.0。發(fā)酵培養(yǎng)基 1:酪蛋白胨 5 g、丙三醇 5 ml、酵母浸膏 1 g,ddH2O 至1 L,pH 7.0。發(fā)酵培養(yǎng)基 2:蔗糖 40 g、NH4Cl 2 g、Na2SO42 g、K2HPO41 g、MgCl2·6H2O 1 g、NaCl 1 g、CaCO32 g、ddH2O 至 1 L,pH 7.0 ~ 7.2。發(fā)酵培養(yǎng)基 3:淀粉 10 g、酵母膏 4 g、蛋白胨 2 g、KBr 10 mg、FeSO4·7H2O 4 mg,ddH2O 至 1 L,pH 7.0 ~ 7.2。發(fā)酵培養(yǎng)基 4:酵母膏 2 g、麥芽糖10 g、葡萄糖 4 g、ddH2O 至 1L,pH 7.0 ~ 7.2。發(fā)酵培養(yǎng)基 5:胰蛋白胨 10 g、酵母膏 5 g、甘氨酸0.5 g,ddH2O 至 1 L,pH 7.0 ~ 7.2。發(fā)酵培養(yǎng)基 6:淀粉 25 g、葡萄糖 5 g、蛋白胨 3 g、牛肉膏 3 g、CaCO32.5 g、FeSO41 mg、MnCl21 mg、ZnSO41 mg、CuSO41 mg、CoCl21 mg,ddH2O 至 1 L,pH 7.0 ~7.2。發(fā)酵培養(yǎng)基 7:淀粉 10 g、葡萄糖 25 g、棉籽餅粉 10 g、蛋白胨 3 g、KH2PO40.1 g、MgSO40.1 g、NaCl 5 g、CaCO35 g,ddH2O 至 1 L,pH 7.0。發(fā)酵培養(yǎng)基 8:胰蛋白胨 3 g、酪蛋白 4 g、葡萄糖 5 g,ddH2O 至 1 L,pH 7.0 ~ 7.2。
1.1.3 儀器與試劑1H 和13C-NMR 譜用Bruker 600 MHz 核磁共振儀測定(溶劑峰為內(nèi)標(biāo));LC-MS 分析用安捷倫 LC-MSD-Trap/SL 液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀(1200 系列);化合物 HPLC 制備用島津 LC-20AD 液相色譜儀(SPD-M20A 型紫外檢測器)。Amberlite XAD7HP 大孔樹脂為美國羅門哈斯公司產(chǎn)品;Sephadex LH-20 凝膠為美國 GE Biosciences 公司產(chǎn)品;Cosmosil C-18 色譜柱為日本 Nacalai 公司產(chǎn)品;薄層色譜硅膠購自青島海洋化工廠分廠;人工海鹽購自天津中鹽海洋生物公司?;蚪M掃描圖測序由上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司完成。
1.2.1 發(fā)酵條件優(yōu)化與產(chǎn)物分析 將保存的菌株 IMB3-202 孢子懸液涂布于 R-ISP4 培養(yǎng)基,28 ℃ 靜置培養(yǎng) 10 d。將活化的菌株接種到每瓶含100 ml 的發(fā)酵培養(yǎng)基 1 ~ 8 的 500 ml 三角瓶中,每種培養(yǎng)基分別采用添加 3% 人工海鹽(1A ~ 8A)和不加海鹽(1B ~ 8B)兩種組成形式。于 28 ℃、200 r/min 條件下振蕩培養(yǎng) 5 d,獲得發(fā)酵培養(yǎng)物。發(fā)酵液離心獲得上清液,上清液上 XAD7HP 樹脂柱層析,分別用水和丙酮洗脫。收集丙酮洗脫餾分,減壓蒸餾后得到提取物浸膏,將浸膏溶解于 5 ml甲醇中,10 000 r/min 離心 10 min,取上清液 5 μl進(jìn)行 LC-MS 分析。色譜柱:Capcell MG II C18,3 μmol/L,3.0 mm × 150 mm;柱溫:30 ℃;流動(dòng)相:A 相為 5 mmol/L 醋酸銨水溶液,B 相為乙腈;梯度:0 ~ 30 min,10% ~ 90% B。流速:0.5 ml/min;檢測波長:280 nm。
1.2.2 發(fā)酵產(chǎn)物的分離純化 將活化的 IMB3-202菌種接種于含 100 ml 7A 培養(yǎng)基的 500 ml 三角瓶中,28 ℃、200 r/min 振搖培養(yǎng) 120 h,獲得發(fā)酵培養(yǎng)物,共 25 L。將發(fā)酵培養(yǎng)物離心得到菌絲體與上清液兩部分。上清液經(jīng) XAD7HP 大孔樹脂柱色譜(5 L),依次用水、50%、100% 丙酮洗脫,收集 50% 和 100% 丙酮洗脫餾分,減壓濃縮得到相應(yīng)的提取物浸膏;菌絲體經(jīng)丙酮超聲提取 3 次,合并提取液,減壓濃縮得到菌絲體提取物?;钚詸z測表明,50%、100% 丙酮洗脫餾分和菌絲體提取物均具有抗菌活性。將上述活性部分合并,得到活性組分浸膏共 32.2 g。將該浸膏上硅膠柱層析(600 g),二氯甲烷-甲醇梯度(100:1、50:1、20:1、9:1、4:1、2:1、0:100,V/V)洗脫,經(jīng) TLC 板和活性檢測,合并相似餾分得到 7 個(gè)組分(F1~F7)。組分 F3(600 mg)經(jīng) Sephadex LH-20 柱色譜,二氯甲烷-甲醇 1:1 洗脫,得到 3 個(gè)混合組分(F3-1~ F3-3)。組分 F3-1(200 mg)經(jīng) HPLC 制備[25% 乙腈(含 0.1% 甲酸)溶液為流動(dòng)相,流速5 ml/min]純化得到化合物 1(100 mg)。組分 F3-2(50 mg)經(jīng) HPLC 半制備[30% 乙腈(含 0.1%甲酸)溶液為流動(dòng)相,流速 5 ml/min]純化得到化合物 3(3 mg)。F3-3(26 mg)經(jīng) HPLC 半制備[40%乙腈(含 0.1% 甲酸)溶液為流動(dòng)相,流速 5 ml/min]純化得到化合物 4(2 mg)。組分 F4(500 mg)經(jīng)Sephadex LH-20 柱色譜,二氯甲烷-甲醇 1:1 洗脫得到 4 個(gè)混合組分(F4-1~ F4-4),組分 F4-3經(jīng) HPLC半制備[23% 乙腈(含 0.1% 甲酸)溶液為流動(dòng)相,流速 5 ml/min]純化得到化合物 2(2 mg)。
1.2.3 抗菌活性測定 活性檢定菌株包括銅綠假單胞菌(ATCC27853)、銅綠假單胞菌11(敏感株)、肺炎克雷伯菌(ATCC700603)、摩氏摩根菌(ATCC 25830)、摩氏摩根菌 KL-225(多重耐藥菌)、金黃色葡萄球菌(ATCC29213)、金黃色葡萄球菌 R6101(甲氧西林耐藥)、枯草芽孢桿菌(ATCC6633)、白色念珠菌(ATCC93025)購自 ATCC 或臨床收集,由本課題組保存。活性跟蹤,以摩氏摩根菌作為檢定菌采用紙片擴(kuò)散法進(jìn)行[14]?;衔锏淖畹鸵种茲舛龋∕IC)采用文獻(xiàn)[15]報(bào)道的 96 孔板微量肉湯稀釋法進(jìn)行。
1.2.4 細(xì)胞毒活性測定 細(xì)胞毒活性采用 MTT比色法測定[16]。用胰酶消化對數(shù)生長期的細(xì)胞,以200 μl/孔、含 4000 個(gè)細(xì)胞的密度接種到 96 孔板中,置于培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。24 h 后按照實(shí)驗(yàn)需要加入不同濃度的藥物,每個(gè)濃度設(shè)有 3 個(gè)平行復(fù)孔;藥物作用 48 h 后,每孔加入 20 μl 噻唑藍(lán),置于培養(yǎng)箱中培養(yǎng),4 h 后,吸出 96 孔板中所有液體,每孔加入 150 μl DMSO 溶液,置于水平搖床振蕩20 ~ 30 min,在酶標(biāo)儀 570 nm 下測定吸光度值(A)。細(xì)胞存活率 =(A加藥組–A空白組)/(A對照組–A空白組)× 100%。根據(jù)細(xì)胞成活率計(jì)算半數(shù)抑制濃度。空白組為無細(xì)胞的完全培養(yǎng)基,對照組為無藥細(xì)胞組。
利用 Illumina Hiseq 4000 測序平臺(tái)獲得的菌株3-202 基因組掃描圖包含 630 個(gè)重疊群(contig),堿基總數(shù)為 6.4 Mb。利用 antiSMASH 3.0[17]對菌株 3-202 基因組進(jìn)行次級(jí)代謝生物合成基因分析,提示其基因組中包含 20 個(gè)次級(jí)代謝基因簇,可能的產(chǎn)物類型有鐵載體、非核糖體肽(NPRS)、萜、氨基糖苷、聚酮(PKS)、吲哚類等。其中位于重疊群 ctg75 中的基因簇clu7,與吲哚咔唑類化合物星形孢菌素(sta,GenBank No. AB088119)[18]、蝴蝶霉素(reb,AB071405)[19]、cladoniamide A(cla,JN165773)[20]、K252a(ink,DQ399653)[21]和reductasporine(red,KP274854)[22]等基因簇高度相似(圖 1)。生物信息學(xué)分析表明,基因簇clu7含有 13 個(gè)基因,其中orf3-5和orf8分別編碼L-氨基酸氧化酶、色吡咯酸合成酶、細(xì)胞色素 P450以及單氧化酶(表 1)。它們分別與來自鏈霉菌TP-A0274 的sta基因簇中的staO(蛋白一致性82%)、staD(蛋白一致性 72%)、staP(蛋白一致性 74%)、staC(蛋白一致性 79%)為同源基因,這些基因編碼蛋白負(fù)責(zé)吲哚[2,3-α]-吡咯并[3,4-c]咔唑母核結(jié)構(gòu)的合成[23];基因orf6和orf7分別編碼N-甲基轉(zhuǎn)移酶和O-甲基轉(zhuǎn)移酶,與sta中的staMA和staMB為同源基因,分別催化星形孢菌素氨基糖單元(L-ristosamine)的 4'-NH2和 3-OH甲基化反應(yīng)[24];orf1編碼細(xì)胞色素 P450,orf2 編碼 N-糖基轉(zhuǎn)移酶,這兩個(gè)基因與sta中催化吲哚咔唑母核與糖基偶聯(lián)反應(yīng)的兩個(gè)蛋白 StaN 和StaG 具有較高的同源性(85% 和 78%)。此外,clu7中還含有轉(zhuǎn)運(yùn)及耐藥等相關(guān)基因(orf10、11、13)。從圖 1 所示吲哚咔唑類化合物的基因簇可知,cladoniamide A 基因簇cla中同時(shí)含有O-甲基和N-甲基轉(zhuǎn)移酶基因(claM1 和claM3),但缺少糖基合成及連接相關(guān)基因;蝴蝶霉素(reb)和K252a(ink)基因簇中僅含有O-甲基轉(zhuǎn)移酶基因(rebM和inkM),reductasporine 基因簇(red)中不存在甲基轉(zhuǎn)移酶基因;只有sta中同時(shí)包含母核合成、糖基合成與連接、O-甲基、N-甲基轉(zhuǎn)移酶等基因。因此,clu7的基因組成與sta相似度最高。根據(jù)以上分析,推測菌株 3-202 中clu7的產(chǎn)物可能是星形孢菌素類化合物。
圖1 clu7 與其他吲哚咔唑類化合物生物合成基因簇的比較Figure 1 Comparison of clu7 and indolocarbazole biosynthetic gene clusters
表1 海洋鏈霉菌 IMB3-202 clu7 中各片段的功能預(yù)測Table 1 Deduced functions of ORFs in clu7 in Streptomyces sp. IMB 3-202
為獲得基因簇clu7的表達(dá)產(chǎn)物,我們采用8 種發(fā)酵培養(yǎng)基,分別添加 3% 人工海鹽(1A ~8A)和不加海鹽(1B ~ 8B),對菌株 IMB3-202 進(jìn)行發(fā)酵。利用多重耐藥摩氏摩根菌 KL-225 對發(fā)酵產(chǎn)物進(jìn)行抗陰性菌活性測定,結(jié)果顯示 5A、5B、6A、6B 和 7A 發(fā)酵液顯示出顯著的抗菌活性(抑菌圈 15 ~ 17 mm)。對 7A 培養(yǎng)基發(fā)酵產(chǎn)物進(jìn)行進(jìn)一步的 LC-MS 分析(圖 2),部分發(fā)酵產(chǎn)物中有一些組分顯示出吲哚咔唑類的特征紫外光譜,質(zhì)譜顯示出m/z467 [M+H]+的準(zhǔn)分子離子,提示代謝產(chǎn)物中含有星形孢菌素類化合物[25]。其中,以 7A發(fā)酵液中星形孢菌素類成分含量較高,且產(chǎn)物多樣性較豐富。因此,選用 7A 培養(yǎng)基對菌株進(jìn)行大量發(fā)酵和分離純化。
化合物 1(圖 3)為淺黃色粉末,電噴霧質(zhì)譜(ESIMS)顯示準(zhǔn)分子離子峰m/z467 [M+H]+,結(jié)合 NMR 數(shù)據(jù)推測其分子式為 C28H26N4O3?;衔?1 的紫外(UV)光譜在 244、292、334、354、371 nm 顯示出最大吸收峰;1H-NMR 在低場區(qū)顯示出 2 組 1,2-二取代芳香質(zhì)子信號(hào),1 個(gè)糖端基質(zhì)子;高場區(qū)顯示出 2 個(gè)連氧或連氮次甲基質(zhì)子,4 個(gè)亞甲基質(zhì)子以及 3 個(gè)甲基質(zhì)子。13C-NMR 譜顯示出 28 個(gè)碳信號(hào),DEPT 譜表明這些碳信號(hào)分別為 3 個(gè)甲基碳(包括 1 個(gè)甲氧基δC60.0 和1 個(gè)氮甲基δC32.1),2 個(gè)亞甲基碳,11 個(gè)次甲基(包括 8 個(gè) sp2雜化碳,3 個(gè)連氧或氮取代 sp3雜化碳),12 個(gè)季碳(包括 1 個(gè)羰基碳,10 個(gè)芳香碳和 1 個(gè) sp3雜化碳)。以上數(shù)據(jù)表明,化合物 1 具有吲哚咔唑類化合物的典型 NMR 數(shù)據(jù)特征[10]。通過與文獻(xiàn)[9-10]報(bào)道的波譜數(shù)據(jù)比對,確定化合物 1 的結(jié)構(gòu)為星形孢菌素。
圖2 菌株 IMB3-202 在 7A 培養(yǎng)基中的發(fā)酵產(chǎn)物 LC-MS 紫外 280 nm 色譜圖(A)和總離子流圖(B)Figure 2 LC-MS profile at 280 nm (A) and MS total ion current (B) of the extracts from Streptomyces sp. IMB3-202 cultured in 7A medium
圖3 化合物 1 ~ 4 的結(jié)構(gòu)Figure 3 The structures of compounds 1 - 4
化合物 2(圖 3)的分子式依據(jù) ESIMS 和NMR 數(shù)據(jù)確定為 C27H24N4O3。化合物 2 的 NMR數(shù)據(jù)比化合物 1 少 1 個(gè)甲氧基信號(hào)。此外,C-3'向高場位移 –9.2 ppm,H-3' 向低場位移 0.55 ppm,提示化合物 2 為 1 的 3'-O-去甲基衍生物,結(jié)構(gòu)確定為 3'-O-去甲基星形孢菌素[11]?;衔?3(圖 3)的分子式確定為 C26H24N4O3,不飽和度為 17,比化合物 1 的不飽和度少 1 個(gè)。與化合物 1 比較,化合物 3 的 NMR 數(shù)據(jù)中缺失了氮甲基與甲氧基的信息,提示化合物 3 為星形孢菌素的 3'-O-去甲基-4'-N-去甲基衍生物。此外,化合物 3 中 C-2' 為次甲基信號(hào)(δH4.70,q;δC78.4),并且 C-2' 的化學(xué)位移較化合物 2 中向高場位移 –15.5 ppm,說明化合物 3 中 C-2' 與 N-13 之間的 C-N 鍵發(fā)生斷裂。通過與文獻(xiàn)[12]數(shù)據(jù)比較,3 的波譜數(shù)據(jù)與 holyrine A 一致,因此化合物 3 的結(jié)構(gòu)確定為holyrine A?;衔?4(圖 3)的 MS、NMR 波譜顯示其糖單元部分的信號(hào)缺失,其結(jié)構(gòu)確定為星形孢菌素的苷元 K252c[13]。
星形孢菌素(1):淡黃色粉末狀;UV(MeOH,HPLC)λmax244、292、334、354、371 nm;1H-NMR(CD3OD,600 MHz)、13C-NMR(CD3OD,150 MHz)數(shù)據(jù)見表 2;ESIMSm/z:467[M+H]+,933[2M+H]+。
3'-O-去甲基星形孢菌素(2):淡黃色粉末狀;UV(MeOH,HPLC)λmax241、289、334、363 nm;1H-NMR(CD3OD,600 MHz)、13C-NMR(CD3OD,150 MHz)數(shù)據(jù)見表 2;ESIMSm/z:453[M+H]+。
Holyrine A(3):淡黃色粉末狀;UV(MeOH,HPLC)λmax240、288、333、360 nm;1H-NMR(CD3OD,600 MHz)、13C-NMR(CD3OD,150 MHz)數(shù)據(jù)見表 2;ESIMSm/z:441[M+H]+。
K252c(4):淡黃色粉末狀;UV(MeOH,HPLC)λmax240、288、333、360 nm;1H-NMR(DMSO-d6,600 MHz)、13C-NMR(DMSO-d6,150 MHz)數(shù)據(jù)見表 2;ESIMSm/z:312[M+H]+。
對化合物進(jìn)行體外抗菌活性評價(jià),結(jié)果表明,化合物 1 對金黃色葡萄球菌、枯草芽孢桿菌以及白色念珠菌具有較弱的抗菌活性,最低抑菌濃度(MIC)值為 128 μg/ml;對銅綠假單胞菌ATCC27853、摩氏摩根菌、肺炎克雷伯桿菌、大腸桿菌等沒有明顯的抑制活性,MIC 值 〉 256 μg/ml。
體外細(xì)胞毒活性結(jié)果(表 3)顯示,其中用阿霉素作陽性對照,陰性對照未加化合物?;衔?1和 2 對宮頸癌 HeLa 細(xì)胞和結(jié)腸癌 HCT116 細(xì)胞均具有很強(qiáng)的細(xì)胞毒活性,IC50值均在納摩爾水平(0.75 ~ 12.3 nmol/L),對乳腺癌 MCF-7 細(xì)胞的抑制活性較低,IC50約為 335 nmol/L?;衔?3對以上三種腫瘤細(xì)胞的抑制活性比 1 和 2 低約2 倍,表明 N12-C2' 鍵開環(huán)導(dǎo)致活性降低?;衔? 對以上腫瘤細(xì)胞的抑制活性比化合物 1 和 2低 25 ~ 2500 倍,表明糖基對吲哚咔唑類化合物的細(xì)胞毒活性具有重要的影響。
表2 化合物 1 ~ 4 的 NMR 數(shù)據(jù)*Table 2 The NMR spcetroscopic data for compounds 1 - 4*
表3 化合物 1 ~ 4 的體外細(xì)胞毒活性(IC50,nmol/L)Table 3 In vitro cytotoxic activity of compounds 1 - 4(IC50, nmol/L)
本研究通過基因組生物信息學(xué)分析,在菌株IMB3-202 基因組中發(fā)現(xiàn)一條吲哚咔唑生物合成基因簇,進(jìn)而通過發(fā)酵條件優(yōu)化,最終從中分離并鑒定了 4 個(gè)吲哚咔唑類化合物。本研究結(jié)果表明,通過基因組學(xué)分析,可以在基因水平上預(yù)測產(chǎn)物結(jié)構(gòu),有助于快速識(shí)別特定類型的產(chǎn)物,對于微生物天然產(chǎn)物的發(fā)現(xiàn)具有重要的指導(dǎo)意義。
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