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    甘農(nóng)三號紫花苜蓿種帶細(xì)菌的生物功能分析及鑒定

    2018-01-19 07:24:07張振粉師尚禮
    草業(yè)學(xué)報(bào) 2018年1期
    關(guān)鍵詞:內(nèi)生芽孢菌落

    張振粉,師尚禮

    (1.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)草業(yè)學(xué)院,甘肅 蘭州 730070;2.草業(yè)生態(tài)系統(tǒng)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,中-美草地畜牧業(yè)可持續(xù)發(fā)展研究中心,甘肅 蘭州 730070)

    內(nèi)生細(xì)菌與宿主植物在長期共同進(jìn)化過程中形成互惠互利關(guān)系,在自然界中廣泛存在,現(xiàn)已從多種植物根、莖、葉、花、果實(shí)和種子中分離到[1-3]。植物內(nèi)生細(xì)菌具有豐富的功能多樣性,可分泌吲哚乙酸(indole-3-acetic acid, IAA)[4-6]、細(xì)胞分裂素(cytokinin, CTK)[7],這有助于植物種子更早和更好的萌發(fā)。大部分內(nèi)生細(xì)菌被證明它們可以固氮(nitrate fixtion)[4,8-10],溶磷(phosphate solubilizing)[11-12],分解纖維素(cellulose dissolving)[13-14],幫助寄主植物更能適應(yīng)貧瘠的土壤或生長環(huán)境;研究結(jié)果表明,內(nèi)生細(xì)菌和寄主植物共生體提高了植物的抗寒、旱、鹽和重金屬的脅迫能力[15-16];共生體的這種耐貧瘠和抗逆境脅迫能力,使其種群在自然生態(tài)系統(tǒng)中具有更強(qiáng)的生存和競爭優(yōu)勢。內(nèi)生細(xì)菌還可以防治植物病害并誘導(dǎo)植物抗病性,使寄主植物種群得到更好的保護(hù)和健康的繁衍[1]。植物內(nèi)生細(xì)菌的生境特殊性決定了其既有理論研究的廣度和深度,又有廣泛的應(yīng)用潛力,是潛力巨大且尚待開發(fā)的微生物新資源[4]。

    毋庸置疑,種帶內(nèi)生菌同種帶病原一樣,可通過儲存在時(shí)間上進(jìn)行延續(xù)和通過商業(yè)、生產(chǎn)和科技交流等活動在空間上進(jìn)行傳播[17]。種帶細(xì)菌可以在紫花苜蓿(Medicagosativa)種子存活達(dá)十年及以上,并具有活力[8,18]。大多數(shù)有花植物通過有性生殖和產(chǎn)生種子繁衍后代,植物種群的繁衍和生存與種子活力的保持和成功萌發(fā)成苗關(guān)系密切[19],并決定植物進(jìn)入自然和農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)的時(shí)間,直接影響作物的產(chǎn)量[20-21]。

    甘農(nóng)三號紫花苜蓿(Medicagosativacv. Gannong No.3)由甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)育成,經(jīng)1995 年全國牧草品種審定委員會評審?fù)ㄟ^、登記注冊。它是通過引種國內(nèi)外豐產(chǎn)品種,選擇優(yōu)良單株,扦插成無性系,經(jīng)過多元雜交和配合力測驗(yàn),由7個(gè)優(yōu)良的無性繁殖系合成的綜合品種[22]。該品種耐瘠薄、抗旱、耐寒。春季返青較早,生長速度較快,再生能力較強(qiáng),秋季休眠早??沟狗芰σ话恪J钱?dāng)前我國甘肅、青海、寧夏、新疆灌區(qū)主要推廣的品種。

    本試驗(yàn)采用稀釋平板法從表面消毒的甘農(nóng)三號紫花苜蓿種子中分離種帶細(xì)菌,采用稀釋平板法從表面消毒的甘農(nóng)三號紫花苜蓿種子中分離細(xì)菌,測定其產(chǎn)IAA、溶磷、固氮和分解纖維素生物學(xué)功能,并通過表型特征和16S rDNA基因序列分析鑒定其分類地位。本研究擬從甘農(nóng)三號紫花苜蓿分離鑒定種帶功能細(xì)菌,為進(jìn)一步開發(fā)利用生防制劑奠定理論基礎(chǔ)。

    1 材料與方法

    1.1 試驗(yàn)材料

    供試的甘農(nóng)三號紫花苜蓿品種種樣于2014年7月從酒泉苜蓿種植區(qū)采集,并帶回甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)牧草種質(zhì)資源實(shí)驗(yàn)室(蘭州)常溫保藏,于2015年9月開始種帶細(xì)菌分離試驗(yàn)。

    供試培養(yǎng)基:營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基(nutrient agar,NA)用于種帶細(xì)菌的活化和保存,肉汁凍培養(yǎng)液(nutrient broth,NB)用于菌懸液的制備,金氏培養(yǎng)基B (King’s medium B,KB)用于菌株產(chǎn)IAA的測定[23]。Pikovaskaia培養(yǎng)基(PKO)用于菌株溶解無機(jī)磷的測定,蒙金娜培養(yǎng)基用于測定菌株溶解有機(jī)磷的能力,阿須貝無氮培養(yǎng)基用于固氮能力定性測定,纖維素剛果紅培養(yǎng)基用于分解纖維素能力的測定[14]。

    供試標(biāo)準(zhǔn)枯草芽孢桿菌(Bacillussubtilis,ACCC 10243)菌株購自中國農(nóng)業(yè)微生物菌種保藏管理中心(ACCC: Agricultural Culture Collection of China)。

    1.2 種帶細(xì)菌的分離

    將制備好的NA平板培養(yǎng)基,置培養(yǎng)箱中1~2 d后檢查,確認(rèn)沒有污染方可使用。然后采用稀釋法分離培養(yǎng)。即分別稱取紫花苜蓿種樣1 g (約450粒)備用,將種子先用75%的乙醇浸泡2 min,后轉(zhuǎn)入1%的NaClO消毒5 min[24],用無菌水沖洗3~4次轉(zhuǎn)至盛有10 mL無菌水和少量滅菌后的石英砂的研缽中研磨,靜置10 min后取上清液梯度稀釋到濃度為1~10-3,取4個(gè)稀釋度的菌懸液各200 μL涂布于 NA平板上;無菌蒸餾水接種為對照組;試驗(yàn)重復(fù)3次。涂板后置于28 ℃恒溫培養(yǎng)3~5 d,根據(jù)菌落和產(chǎn)色素等形態(tài)特征分類劃線純化,觀察并描述菌落的形態(tài)、大小、光澤、質(zhì)地、邊緣特征、表面特征、隆起形狀、透明度、菌落及培養(yǎng)基的顏色等特征[23],于背景布自然日光條件下拍照(Canon A720);將純化后的菌種4 ℃短暫保存于NA斜面上。

    1.3 種帶細(xì)菌的生物功能測定

    1.3.1產(chǎn)IAA 能力 標(biāo)準(zhǔn)曲線采用純3-IAA制作。將經(jīng) KB培養(yǎng)液培養(yǎng)12 d的菌懸浮液和空白對照離心(4 ℃,10000 r·min-1,10 min), 取上清液4 mL加等量比色液,在黑暗中靜置30 min,立即測定OD530 nm值,重復(fù)測3次,以加比色液的空白對照調(diào)0[25]。根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算出內(nèi)生細(xì)菌分泌IAA的量。

    1.3.2溶磷能力 將內(nèi)生細(xì)菌接于PKO或蒙金娜培養(yǎng)基平板上,每皿接5點(diǎn), 重復(fù)3次,置于28 ℃恒溫培養(yǎng)箱培養(yǎng),觀察并測量菌株在培養(yǎng)基平板上形成的溶磷圈大小[26]。根據(jù)溶磷圈直徑/菌落直徑(D/d值)確定內(nèi)生細(xì)菌的溶磷能力。

    1.3.3固氮能力 經(jīng)活化的供試菌株用無菌生理鹽水配制菌懸液,以200 μL分別涂板接種于阿須貝無氮固體培養(yǎng)基和液體培養(yǎng)基內(nèi),3次重復(fù),以接種無菌水為對照,28 ℃培養(yǎng)(150 r·min-1),在第3和7天目測其生長狀況,平板上生長菌落和三角瓶內(nèi)培養(yǎng)基變渾濁者為陽性[25]。

    1.3.4分解纖維素能力 將活化培養(yǎng)48 h的菌株點(diǎn)接于纖維素剛果紅培養(yǎng)基上,置于30 ℃恒溫培養(yǎng)3 d。在菌株的觀察過程中記錄透明圈的直徑大小(D)和菌落的直徑大小(d),計(jì)算酶相對活性(A)=D/d[27]。

    1.4 細(xì)菌鑒定

    1.4.1生理生化特征 參照文獻(xiàn)[28-30],進(jìn)行部分菌株的革蘭氏染色、產(chǎn)芽孢、需厭氧生長、硝酸鹽還原、最大耐鹽性和利用碳源產(chǎn)酸等生理生化特征測定。

    1.4.216S rDNA基因序列分析鑒定 種帶細(xì)菌16S rDNA基因序列擴(kuò)增引物為通用引物27F/1492R,由武漢金開瑞生物工程有限公司合成;擴(kuò)增和檢測方法等具體參考文獻(xiàn)[31],與GenBank數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.nih-gov/blast.cgi)中序列相似性比較,并用Clustal (1.8)軟件進(jìn)行多重序列比較和用Mega (4.0)軟件鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,確定其系統(tǒng)發(fā)育學(xué)地位。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 種帶細(xì)菌多樣性

    從表面消毒的甘農(nóng)三號紫花苜蓿種子中分離得到8種細(xì)菌分離物(ZSR9~16),NA平板上48 h后的菌落形態(tài)特征詳見圖1。8種細(xì)菌分離物的菌落形態(tài)和產(chǎn)色素均有一定的差異,表明甘農(nóng)三號紫花苜蓿種帶可培養(yǎng)細(xì)菌具有多樣性。

    圖1 甘農(nóng)三號紫花苜蓿種帶細(xì)菌分離物ZSR9~16的菌落形態(tài)Fig.1 The colony shape of seed-borne bacterial strains on NA medium of lucerne cultivar Gannong No.3

    ZSR9:菌落乳頭狀凸起,近圓形,肉色,稍有光澤,表面褶皺,邊緣不整齊,不透明,略有粘度,直徑2~4 mm;ZSR10:菌落具有中凹的隆起,圓形或近圓形,乳白色,稍有光澤,邊緣不整齊,半透明,略有粘度,直徑2~3 mm;ZSR11:菌落稍凸起的,圓形或近圓形,白色,略顯米黃,稍有光澤,邊緣不整齊,不透明,略有粘度,直徑2~6 mm;ZSR12:菌落凸起的,圓形或近圓形,肉色,有光澤,邊緣整齊,半透明,有粘度,直徑1~5 mm;ZSR13:菌落稍凸起的,圓形或近圓形,黃色,有光澤,邊緣整齊,半透明,有粘度,直徑1~4 mm;ZSR14:菌落凸起的,圓形或近圓形,奶白色,有光澤,邊緣整齊,半透明,有粘度,直徑2~4 mm;ZSR15:菌落凸起的,不規(guī)則形,表面有褶皺,灰褐色,有光澤,邊緣不整齊,半透明,有粘度,直徑2~4 mm;ZSR16:菌落平展,圓形或近圓形,白色,有光澤,邊緣整齊,半透明,有粘度,直徑2~4 mm。

    2.2 種帶細(xì)菌功能多樣性

    對種帶細(xì)菌進(jìn)行產(chǎn)IAA、溶磷、固氮和分解纖維素能力測定結(jié)果表明(表1),8個(gè)菌株均具有產(chǎn)IAA的能力,最強(qiáng)的是ZSR9,在添加色氨酸的培養(yǎng)基上分泌IAA的量達(dá)4.26 mg·L-1;有7個(gè)菌株具有分解纖維素的能力,占總株數(shù)的87.5%,ZSR9的能力最強(qiáng);有7個(gè)菌株具有固氮能力,占總株數(shù)的87.5%;7個(gè)菌株具有同時(shí)溶解有機(jī)磷和無機(jī)磷的能力,占總株數(shù)的87.5%,且它們?nèi)芙鉄o機(jī)磷均強(qiáng)于溶解有機(jī)磷的能力;其中ZSR9菌株對兩種磷溶解能力最強(qiáng)。在已測得的8株種帶細(xì)菌都具有生物功能,其中7株細(xì)菌:ZSR9~12、ZSR14~16同時(shí)具有分泌IAA、溶磷、固氮和分解纖維素的能力,ZSR9各個(gè)生物功能的能力顯著(P<0.05)高于其他7種菌。

    -:無功能Without biological function;+:有功能With biological function;同列不同小寫字母表示差異顯著(P<0.05) Different letters in the same column denote significant difference (P<0.05).

    2.3 種帶細(xì)菌的鑒定

    2.3.1生理生化測定 部分甘農(nóng)三號紫花苜蓿種帶細(xì)菌分離物(ZSR9~12、ZSR14~15)和標(biāo)準(zhǔn)菌株ACCC 10243的主要細(xì)菌學(xué)特征見表2,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)菌株的生長形態(tài)特征以及部分生理生化指標(biāo)開展對種帶細(xì)菌分離物的表型鑒定。ZSR9與標(biāo)準(zhǔn)菌株ACCC 10243表型特征一致,結(jié)合形態(tài)特征初步確定其為枯草芽孢桿菌(Bacillussubtilis);ZSR11與標(biāo)準(zhǔn)菌株ACCC 10243非常接近,但是ZSR11能耐受50 ℃高溫,區(qū)別于標(biāo)準(zhǔn)菌株,結(jié)合形態(tài)特征初步確定其為莫海威芽孢桿菌(B.mojavensis);ZSR10和ZSR14的表型特征比較接近,但在纖維醇、麥芽糖和松二糖中的產(chǎn)酸卻表現(xiàn)不同,它們與標(biāo)準(zhǔn)菌株在明膠水解、硝酸鹽還原、耐鹽性和生長溫度范圍存在差異,結(jié)合形態(tài)特征初步確定ZSR10為沙福芽孢桿菌(B.safensis);ZSR14為短小芽孢桿菌(B.pumilus);ZSR12在厭氧生長、利用丙酸鹽、生長溫度范圍、耐鹽性和在松二糖中產(chǎn)酸區(qū)別于標(biāo)準(zhǔn)菌株,結(jié)合形態(tài)特征初步確定其為地衣芽孢桿菌(B.licheniformis);ZSR15在NA培養(yǎng)基上產(chǎn)生暗褐色色素、生長溫度范圍、耐鹽性、在纖維醇和松二糖中的產(chǎn)酸特征與ACCC 10243存在差異,結(jié)合形態(tài)特征初步確定其為萎蔫芽孢桿菌(B.atrophaeus)。

    表2 甘農(nóng)三號紫花苜蓿種帶細(xì)菌分離物的表型特征Table 2 Phenotypic characteristics of bacterial strains isolated from seeds of lucerne cultivar Gannong No.3

    1:BacillussubtilisACCC 10243;2:ZSR9;3:ZSR10;4:ZSR11;5:ZSR12;6:ZSR14;7:ZSR15; +:陽性Positive reaction;-:陰性Negative reaction;DB:暗褐色Dark brown.

    2.3.216S rDNA鑒定 8株可培養(yǎng)紫花苜蓿種帶細(xì)菌成功提取其基因組DNA并擴(kuò)增出16S rDNA序列。經(jīng)16S rDNA序列相似性分析和構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育分析(圖2),表明甘農(nóng)三號紫花苜蓿種帶細(xì)菌分屬3個(gè)屬,它們分別為芽孢桿菌屬(Bacillus)、土地芽孢桿菌屬(Terribacillus)和腸桿菌屬(Enterobacter)。8株細(xì)菌分離物在NCBI的BLASTN與其16S rDNA序列同源性高達(dá)99%~100%。ZSR9和ZSR11與枯草芽孢桿菌(B.subtilis)、莫海威芽孢桿菌(B.mojavensis)、特基拉芽孢桿菌(B.tequilensis)和太陽海岸芽孢桿菌(B.axarquiensis)聚為一類;ZSR10與沙福芽孢桿菌(B.safensis)聚為一類;ZSR12與地衣芽孢桿菌(B.licheniformis)聚為一類;ZSR13與腸桿菌屬(Enterobactersp.)聚為一類;ZSR14與短小芽孢桿菌(B.pumilus)聚為一類;ZSR15與深褐芽孢桿菌(B.atrophaeus)聚為一類;ZSR16與土地芽孢桿菌屬(Terribacillussp.)聚為一類;表明在系統(tǒng)發(fā)育上其親緣關(guān)系較近。

    圖2 甘農(nóng)三號紫花苜蓿種帶細(xì)菌的16S rDNA系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.2 16S rDNA sequence phylogenetic tree of seed-borne bacteria isolated from lucerne of Gannong No.3 括號內(nèi)為 GenBank 登錄號Numbers in parentheses represent the sequences’ accession number in GenBank;分支點(diǎn)上的數(shù)字為自展值百分比The number at each branch point is the percentage supported by bootstrap.

    3 討論與結(jié)論

    本試驗(yàn)首次證實(shí)甘農(nóng)三號紫花苜蓿的種帶細(xì)菌具有多樣性,從甘農(nóng)三號紫花苜蓿種子中分離、純化出8株細(xì)菌(ZSR9~16),通過對這8株菌的菌體形態(tài)描述、生理生化特征和16S rDNA鑒定,它們分別屬于3個(gè)屬的8種菌。其中芽孢桿菌屬(Bacillus)的有6株:枯草芽孢桿菌(B.subtilis) ZSR9、沙福芽孢桿菌(B.safensis) ZSR10、莫海威芽孢桿菌(B.mojavensis) ZSR11、地衣芽孢桿菌(B.licheniformis) ZSR12、短小芽孢桿菌(B.pumilus) ZSR14和深褐芽孢桿菌(B.atrophaeus) ZSR15;以及屬于腸桿菌屬(Enterobacter)的ZSR13和屬于土地芽孢桿菌屬(Terribacillus)的ZSR16。芽孢桿菌屬(Bacillussp.)廣泛地存在于自然界,在土壤、水、空氣、極端環(huán)境中和紫花苜蓿種子均存在[18,28]。福芽孢桿菌、莫海威芽孢桿菌和地衣芽孢桿菌首次于紫花苜蓿種子中分離得到。腸桿菌屬(Enterobactersp.)廣泛存在于自然界中,在人和動物的糞便、水、泥土、紫花苜蓿種子等植物中均可檢出[18,32]。土地芽孢桿菌屬(Terribacillussp.)首次于農(nóng)田土壤中分離得到[33],又陸續(xù)從動物、西沙野生諾尼和煙草(Nicotianatabacum)等植物檢測出[34-36]。其中土地芽孢桿菌屬是首次分離自紫花苜蓿種子豐富了該屬細(xì)菌的生境分布。

    本試驗(yàn)分離得到6種芽孢桿菌(ZSR9~12和ZSR14~15),它們具有功能多樣性,均能產(chǎn)IAA、溶磷、固氮和分解纖維素,枯草芽孢桿菌ZSR9的所有功能的能力最強(qiáng),該結(jié)果與已有研究結(jié)果一致[14,37-39]。已有研究表明,芽孢桿菌與自然界物質(zhì)轉(zhuǎn)化、土壤肥力、環(huán)境衛(wèi)生均密切相關(guān),許多能水解淀粉,分解蛋白質(zhì)、果膠、藻酸鹽等,工業(yè)上用于提取淀粉酶、蛋白酶、果膠酶等[18];它們有的還可以產(chǎn)生抗菌素,可以抑制病原菌的發(fā)生擴(kuò)展[40-42],本試驗(yàn)未對此類功能進(jìn)行進(jìn)一步研究,有待深入研究。生理生化指標(biāo)測定顯示,這6種菌具有較強(qiáng)的耐鹽性和較寬的生長溫度范圍,最高能耐受10% NaCl和5~55 ℃,表明分離自甘農(nóng)三號紫花苜蓿的6株芽孢桿菌具有耐瘠薄、耐寒、耐高溫等屬性。芽孢桿菌屬里的大部分細(xì)菌都具有較高的耐鹽性和較寬的生長溫度范圍,本研究結(jié)果與其一致[28]。菌株腸桿菌屬ZSR13具有較弱的產(chǎn)IAA能力;菌株土地芽孢桿菌ZSR16具有功能多樣性,具有較強(qiáng)的產(chǎn)IAA、溶磷、固氮和分解纖維素的能力;表明這兩菌株是對甘農(nóng)三號紫花苜蓿有利的。這些菌種的得到將為下一步將其作為生防菌種資源的開發(fā)利用奠定基礎(chǔ)。

    甘農(nóng)三號紫花苜蓿與種帶細(xì)菌是互惠互利的共生體,種帶細(xì)菌可以幫助寄主適應(yīng)瘠薄、寒冷等逆境,從而更健康的生長和繁殖;而紫花苜蓿給它提供穩(wěn)定的寄生場所及生長繁殖所需的營養(yǎng)。因此,有益微生物的種類和數(shù)量的多少,是評價(jià)與其共生寄主的品質(zhì)重要指標(biāo)之一。本研究僅利用傳統(tǒng)培養(yǎng)方法進(jìn)行種帶細(xì)菌的培養(yǎng),不能充分展示甘農(nóng)三號紫花苜蓿微生物的多樣性。文獻(xiàn)[43]報(bào)道用分子非培養(yǎng)手段從未感染Clavibactermichiganensissubsp.insidiosus的苜蓿種樣中檢測到其他32種種帶細(xì)菌。因此,有必要探索模擬更接近種帶細(xì)菌其營養(yǎng)需求及真實(shí)的生存環(huán)境,分離培養(yǎng)更豐富的有益細(xì)菌資源,為進(jìn)一步的開發(fā)利用提供理論基礎(chǔ)。當(dāng)然,許多研究已證實(shí)通過傳統(tǒng)的分離方法鑒定的微生物只占環(huán)境微生物總數(shù)的0.1%~10%,且一部分植物內(nèi)生細(xì)菌由于人工環(huán)境不適宜而不能進(jìn)行繼代培養(yǎng)[4,44]。因此,也有必要利用非培養(yǎng)方法對其組織內(nèi)非可培養(yǎng)其他種帶細(xì)菌進(jìn)行更詳細(xì)的研究,從而更真實(shí)地了解其細(xì)菌多樣性及其功能。

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