基于線粒體DNA D—loop序列分析刀鱭與短頜鱭的遺傳多樣性

張燕萍+賀剛+王生+吳斌+周輝明+傅培峰+方春林

摘要：以線粒體DNA D-loop 全序列為分子標(biāo)記，研究4個(gè)刀鱭群體（長(zhǎng)江口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖區(qū)刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭幼魚）及鄱陽(yáng)湖短頜鱭群體的遺傳多樣性。結(jié)果顯示：刀鱭的D-loop 序列長(zhǎng)1 212～1 293 bp，短頜鱭的序列長(zhǎng) 1 210～1 252 bp；在5個(gè)群體的 55尾個(gè)體中，共檢測(cè)到變異位點(diǎn)72 個(gè)，其中單一多態(tài)位點(diǎn)50個(gè)，簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)22個(gè)；共檢測(cè)到 45 個(gè)不同的單倍型，單倍型多態(tài)性為 0.989，核苷酸多樣性為 0.009 1，平均核苷酸差異數(shù)（K）為10.079。5個(gè)群體的遺傳多樣性豐富程度排序?yàn)檑蛾?yáng)湖刀鱭幼魚>鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭>鄱陽(yáng)湖短頜鱭>鄱陽(yáng)湖刀鱭>長(zhǎng)江口刀鱭；不同單倍型間的遺傳距離為 0.014～0.728，平均遺傳距離為0.188。此外，系統(tǒng)發(fā)育樹也表明，刀鱭、短頜鱭共同構(gòu)成1個(gè)單系群，為2種生態(tài)型種群，尚未達(dá)到種或亞種的分化。

關(guān)鍵詞：刀鱭；短頜鱭；線粒體DNA；D-loop 序列；遺傳多樣性；遺傳結(jié)構(gòu)差異

中圖分類號(hào)： S917 文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A 文章編號(hào)：1002-1302（2017）20-0059-05

鱭屬（Coilia）隸屬于鯡形目（Cluperiformes）鳀科（Engraulidae），是分布于印度洋-太平洋地區(qū)、具有極高經(jīng)濟(jì)價(jià)值的中小型魚類。世界上的鱭屬魚類有13種，其中中國(guó)分布有4種：七絲鱭（Coiiia.grayi）、鳳鱭（Coiiia.mystus）、刀鱭（Coiiia. nasus）和短頜鱭（Coiiia.brachynathus），它們主要分布于中國(guó)沿海及長(zhǎng)江中下游地區(qū)。刀鱭肉質(zhì)細(xì)嫩鮮美，被列為“長(zhǎng)江三鮮”之一，深受廣大群眾的喜愛(ài)，具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，也是主要的捕撈對(duì)象之一[1]。短頜鱭屬華中區(qū)特有種，是德國(guó)人Kreyenberg、Pappenheim于1908年依據(jù)洞庭湖的標(biāo)本確立的一個(gè)物種。長(zhǎng)期以來(lái)，由于其上頜骨較短與長(zhǎng)江中下游及其附屬大型湖泊等淡水性分布的特征，短頜鱭一直被視為有別于刀鱭的有效物種。但是隨著人們?cè)诔埠?、太湖等通江湖泊發(fā)現(xiàn)刀鱭淡水定居性種群，短頜鱭與刀鱭在生態(tài)學(xué)上的差異變得模糊，兩者的鑒別主要依據(jù)上頜骨長(zhǎng)度等界限不甚清晰的形態(tài)特征，從而引發(fā)對(duì)短頜鱭物種有效性問(wèn)題的討論。鱭屬魚類外形十分相似，該屬刀鱭和短頜鱭的分類問(wèn)題一直存在較大爭(zhēng)議。

短頜鱭在20世紀(jì)70年代也是鄱陽(yáng)湖的主要捕撈對(duì)象。近些年來(lái)，由于過(guò)度捕撈和生態(tài)環(huán)境破壞等因素，自20世紀(jì)90年代起，其種群數(shù)量逐年下降。鄱陽(yáng)湖鱭屬魚類在1983年產(chǎn)量約為1 100 t，1995年產(chǎn)量為1 385 t，1998年下降至550 t[2]。從鄱陽(yáng)湖漁獲物種群（組成）分析看，1974年鱭屬魚類占鄱陽(yáng)湖漁獲物質(zhì)量的10%～15%[3]，1984年占09%，2001年占1.5%。江西省水產(chǎn)科學(xué)研究所近10年對(duì)鄱陽(yáng)湖調(diào)查表明，鱭屬魚類占鄱陽(yáng)湖漁獲物質(zhì)量分?jǐn)?shù)不足10%。目前在鄱陽(yáng)湖鱭屬魚類魚汛比20世紀(jì)70年代晚1～2個(gè)月，汛期也由20 d左右縮減為3～5 d，其資源狀況不容樂(lè)觀。由于每年鄱陽(yáng)湖野生鱭屬魚類的資源量都有明顯下降，其種群結(jié)構(gòu)是否也在發(fā)生變化有待研究，因此對(duì)鱭屬幼體的遺傳多樣性和物種判別研究十分必要。

線粒體DNA具有母系遺傳、分子結(jié)構(gòu)穩(wěn)定、較快的進(jìn)化速率等特點(diǎn)[4]，成為研究物種起源、系統(tǒng)進(jìn)化等的有效分子標(biāo)記。線粒體DNA控制區(qū)序列，由于不編碼蛋白質(zhì)，比線粒體其他部分的基因具有更快的進(jìn)化速率，因此廣泛應(yīng)用于親緣關(guān)系近的物種或種群間的遺傳結(jié)構(gòu)多樣性及種群歷史等方面的研究。本研究通過(guò)對(duì)線粒體DNA控制區(qū)全序列進(jìn)行分析，研究長(zhǎng)江口、鄱陽(yáng)湖刀鱭群體和短頜鱭群體在遺傳結(jié)構(gòu)方面的差異，以期為長(zhǎng)江流域刀鱭和短頜鱭合理的保護(hù)、管理、利用提供科學(xué)依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料

本研究所用的刀鱭樣本于2014年4—11月采集于上海長(zhǎng)江口（13個(gè)樣本）、鄱陽(yáng)湖湖口（10個(gè)樣本）及鄱陽(yáng)湖湖區(qū)（14個(gè)樣本）3個(gè)不同的采樣點(diǎn)的4個(gè)群體；鄱陽(yáng)湖刀鱭幼魚9尾采自全湖；短頜鱭樣本來(lái)自鄱陽(yáng)湖湖區(qū)。每尾魚剪取少許肌肉分別放入Eppendorf管內(nèi)，于95%乙醇中保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 方法

1.2.1 DNA提取 取100 mg乙醇保存肌肉樣品剪碎，分別放入1.5 mL Eppendorf管內(nèi)，加入400 L SET緩沖液，再依次加入40 μL 10%十二烷基硫酸鈉（SDS）、10 μL（ 20 mg/mL）蛋白酶K，混合后在55℃水浴中消化過(guò)夜，再分別用平衡酚、三氯甲烷/異戊醇抽提除蛋白，最后用預(yù)冷的無(wú)水乙醇沉淀DNA，烘干后用TE溶解。所得基因組DNA樣品用紫外分光光度計(jì)測(cè)量DNA樣品的濃度、純度，同時(shí)用瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)基因組DNA的完整性并估測(cè)分子量，將DNA原樣稀釋至 50 ng/μL，4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.2 PCR擴(kuò)增及測(cè)序 使用2個(gè)通用引物DF1、DR2擴(kuò)增D-loop區(qū)段基因，引物序列DF1： 5′-CTAACTCCCAAA GCTAGAATTCT-3′，DR2： 5′-ATCTTAGCATCTTCAGTG-3′[5]。擴(kuò)增反應(yīng)混合物總體積 50 μL，包括2.0 μL DNA模板、5 μL 10×reaction buffer、2 μL 2.5 mmol/L dNTP、各2 μL引物（濃度 10 mmol/L）、0.25μL Taq酶（5 U），用無(wú)菌ddH2O補(bǔ)至50 μL。PCR擴(kuò)增程序：94 ℃ 4 min；94 ℃ 30 s，54 ℃ 45 s，72 ℃ 1 min，35個(gè)循環(huán)；72 ℃10 min。PCR產(chǎn)物用1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，并拍照記錄。目標(biāo)擴(kuò)增產(chǎn)物用試劑盒回收純化后，由上海博尚生物有限公司進(jìn)行雙向測(cè)序，在本研究中，除用引物 DF1、DR2由2端向中部測(cè)序外，還根據(jù)所得序列再設(shè)計(jì)1對(duì)引物（F： 5′-GCGGATTCTCCGTAGACAAC-3′，R： 5′-GTAAAATTGTCTGGGTCTCC-3′）由序列中部向2端進(jìn)行測(cè)序，以提高測(cè)序的準(zhǔn)確性。endprint

1.3 數(shù)據(jù)分析

序列用Clustal W1.83軟件[6]分析比對(duì)；利用DnaSP（version 4.0）軟件[7]統(tǒng)計(jì)單倍型及變異位點(diǎn)（S），計(jì)算單倍型多樣性（Hd）、核苷酸多樣性（π）及平均核苷酸差異數(shù)（K）。采用MEGA（version 4.0）軟件[8]中的Kimura 雙參數(shù)法計(jì)算各單倍型間的遺傳距離；采用鄰接（Neighbor-Joining，簡(jiǎn)稱NJ）法，Bootstrap置信值估算重復(fù)1 000次，構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。

利用Ariequin3.11軟件[9]計(jì)算兩兩群體間的分化指數(shù)（Fst），進(jìn)行分子變異分析（analysis of molecular variance，簡(jiǎn)稱AMOVA）。利用DnaSP5.10軟件[10]、Arlequin3.11軟件分別進(jìn)行核甘酸不配對(duì)分析和Fus Fs中性檢驗(yàn)，來(lái)推斷4個(gè)刀鱭群體、1個(gè)短頜鱭群體在進(jìn)化過(guò)程中是否經(jīng)歷過(guò)種群擴(kuò)張。

2 結(jié)果與分析

2.1 PCR擴(kuò)增結(jié)果及序列特征分析

所有刀鱭、短頜鱭的D-loop片段均能被清晰穩(wěn)定地?cái)U(kuò)增，PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)顯示為1條清晰明亮的條帶，大小為1 300 bp左右。雙向測(cè)序后的序列經(jīng)過(guò)拼接，獲得1 210～1 293 bp的控制區(qū)全序列，其中長(zhǎng)度為1 252 bp的序列最多，有41條，占74.505%。刀鱭的D-loop序列長(zhǎng) 1 212～1 293 bp，短頜鱭的序列長(zhǎng)1 210～1 252 bp，在刀鱭和短頜鱭控制區(qū)序列中發(fā)現(xiàn)了3～7個(gè)拷貝不等的38 bp的重復(fù)片段，此外還存在1～3 bp小片段的插入或缺失。

序列分析結(jié)果（表1）表明，在4個(gè)刀鱭群體、1個(gè)短頜鱭群體 D-loop區(qū)段基因片段中，A、T、G、C堿基占比分別為332%、33.2%、19.3%、14.3%。其中，A+T堿基組成比例為664%，大于C+G的組成比例33.6%。從表1可以看出，D-loop表現(xiàn)出很強(qiáng)的堿基組成偏向性，即在 A、C、G、T這4種堿基中，C的組成比例明顯低于其他3種堿基。

2.2 群體遺傳多樣性和遺傳差異性的分析

通過(guò)序列比對(duì)，在5個(gè)群體 55尾個(gè)體中，共檢測(cè)到變異位點(diǎn)（S）72個(gè)（圖1），其中單一多態(tài)位點(diǎn)50個(gè)，簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)22個(gè)。本研究中共檢測(cè)到45種不同的單倍型，每種單倍型對(duì)應(yīng)的樣本數(shù)為1～5個(gè)不等，長(zhǎng)江口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭幼魚、鄱陽(yáng)湖短頜鱭群體中單倍型的分布數(shù)量分別為13、9、13、9、7種。

由表2可以看出，在所有45種單倍型中，僅有Hap9、Hap14、Hap22、Hap35、Hap37、Hap43在2個(gè)及2個(gè)以上的個(gè)體中存在，其他39種單倍型僅在1個(gè)個(gè)體中存在，Hap9含有最多的5個(gè)個(gè)體。Hap9在長(zhǎng)江口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭群體中同時(shí)出現(xiàn)，Hap14同時(shí)出現(xiàn)在長(zhǎng)江口刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭幼魚群體中，Hap22同時(shí)出現(xiàn)在鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭和鄱陽(yáng)湖刀鱭群體中，Hap35同時(shí)出現(xiàn)在長(zhǎng)江口刀鱭和鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭群體中，Hap37同時(shí)出現(xiàn)在鄱陽(yáng)湖刀鱭和鄱陽(yáng)湖刀鱭幼魚群體中。在45種單倍型中，長(zhǎng)江口刀鱭群體獨(dú)有單倍型有10個(gè)（Hap1、Hap3、Hap10、Hap20、Hap21、Hap23、Hap26、Hap27、Hap28、Hap30），鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭群體獨(dú)有的有6個(gè)（Hap5、Hap6、Hap15、Hap16、Hap19、Hap 24），鄱陽(yáng)湖刀鱭群體獨(dú)有的有8個(gè)（Hap2、Hap4、Hap17、Hap18、Hap25、Hap29、Hap31、Hap33、Hap34），鄱陽(yáng)湖刀鱭幼魚獨(dú)有單倍型7個(gè)（Hap7、Hap8、Hap11、Hap12、Hap13、Hap32、Hap36），鄱陽(yáng)湖短頜鱭群體的單倍型均為獨(dú)有的（Hap38～Hap45）。由此看出，各群體間擁有非常少的共享單倍型，獨(dú)有的單倍型在群體內(nèi)占有量非常豐富，而豐富的獨(dú)有單倍型的存在說(shuō)明長(zhǎng)江口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭幼魚及鄱陽(yáng)湖短頜鱭群體間存在一定程度的分化。

群體內(nèi)的遺傳多樣性可以通過(guò)單倍型多樣性、核苷酸多樣性和平均核苷酸差異數(shù)等數(shù)據(jù)來(lái)體現(xiàn)。由表3可見，55個(gè)個(gè)體的單倍型多態(tài)性（H）為 0.989±0.007；核苷酸多樣性（π）為0.009 1，平均核苷酸差異數(shù)（K）為10.079。根據(jù)單倍型多樣性、核苷酸多樣性和平均核苷酸差異數(shù)等數(shù)據(jù)的大小可以看出，在4個(gè)刀鱭群體和1個(gè)短頜鱭群體中，遺傳多樣性豐富程度排序?yàn)檑蛾?yáng)湖刀鱭幼魚>鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭>鄱陽(yáng)湖短頜鱭>鄱陽(yáng)湖刀鱭>長(zhǎng)江口刀鱭。

經(jīng)計(jì)算，各單倍型間的遺傳距離在 0.014～0728，平均遺傳距離為0.188。

2.3 群體間遺傳分化與分子系統(tǒng)樹

根據(jù)鄰接法構(gòu)建的單倍型間系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示：來(lái)源于鄱陽(yáng)湖湖區(qū)短頜鱭樣本的7種單倍型明顯單獨(dú)成為1系。與其他群體單倍型具有顯著的分化（圖2）。另外，采集自長(zhǎng)江口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖區(qū)刀鱭及鄱陽(yáng)湖湖區(qū)刀鱭幼魚樣本的38種單倍型聚為1支。

從表4可看出，刀鱭群體之間的遺傳分化指數(shù)較低，而短頜鱭群體（DH）與刀鱭群體之間存在相對(duì)較高的分化指數(shù)（0.039 9～0.052 34）。

對(duì)刀鱭、短頜鱭群體的AMOVA分析結(jié)果顯示，將4個(gè)刀鱭群體分為1組（group 1：CD、HD、RD、DY），短頜鱭群體分為1組（group 2：DH）。在組間變異、組內(nèi)群體間變異、群體內(nèi)變異3個(gè)水平上進(jìn)行分子變異方差分析，表5顯示，6561%變異發(fā)生在群體內(nèi)部。對(duì)不同種類分組上的AMOVA分析表明，群體間、組內(nèi)變異分別占總變異的6071%、39.53%（P<0.001）。

2.4 種群歷史動(dòng)態(tài)

利用Ailequin 3.11軟件對(duì)刀鱭、短頜鱭群體進(jìn)行Tajimas D、Fu and Lis中性檢驗(yàn)。表3結(jié)果表明：所有群體Tajimas D均為負(fù)值（-1.541 59～-0.317 70），但未達(dá)到顯著水平。Fu and Lis在所有種群中均為負(fù)值（-1.654 44～-0.021 03），未達(dá)到顯著水平。Tajimas D、Fu and Lis檢驗(yàn)結(jié)果均表明，歷史上刀鱭、短頜鱭未經(jīng)歷種群擴(kuò)張。endprint

對(duì)刀鱭4個(gè)群體D-loop序列的錯(cuò)配分析發(fā)現(xiàn)，堿基歧點(diǎn)分布的期望值呈典型的多峰分布，說(shuō)明長(zhǎng)江流域刀鱭種群歷史上未經(jīng)歷種群擴(kuò)張（圖3）。4個(gè)群體的Raggedness統(tǒng)計(jì)量（Rg）為0.45～0.80，均未達(dá)到顯著水平，進(jìn)一步支持刀鱭和短頜鱭種群未經(jīng)歷過(guò)種群擴(kuò)張，觀測(cè)分布和期望分布之間的偏離總方差（SSD）在4個(gè)刀鱭群體和1個(gè)短頜鱭群體中均未達(dá)到顯著水平（表6），提示刀鱭和短頜鱭種群未經(jīng)歷過(guò)擴(kuò)張時(shí)期。

3 討論

3.1 刀鱭和短頜鱭種群控制區(qū)序列的堿基組成

所測(cè)定的46尾刀鱭mtDNA D-loop區(qū)序列中，堿基A、T、G、C的平均含量分別為 33.2%、33.2%、19.3%、14.3%；9尾短頜鱭mtDNA D-loop區(qū)序列的堿基A、T、G、C的平均含量分別為33.1%、33.1%、19.5%、14.2%；從刀鱭、短頜鱭堿基組成可以看出，D-loop區(qū)段表現(xiàn)出很強(qiáng)的堿基組成偏向性，即在A、T、G、C4種堿基中，C的含量明顯低于其他3 種堿基的含量；此外，刀鱭和短頜鱭mtDNA D-loop區(qū)中A+T堿基的含量（66.4%、66.2%）高于G+C堿基含量（33.6%、338%），符合脊椎動(dòng)物mtDNA D-loop區(qū)堿基組成的特點(diǎn)[11]。

線粒體控制區(qū)（D-loop）為非編碼區(qū)，受進(jìn)化壓力較小，在D-loop處可見較高的突變積累而形成多態(tài)性[12]。核苷酸替換和長(zhǎng)度變異在該處很常見[13-15]。在本研究中，發(fā)現(xiàn)刀鱭和短頜鱭控制區(qū)序列中存在38 bp的重復(fù)片段，拷貝數(shù)從 3～7個(gè)不等，此外還存在1～3 bp小片段的插入或缺失。

3.2 遺傳變異及遺傳多樣性

本試驗(yàn)中測(cè)定的刀鱭、短頜鱭5個(gè)群體的D-loop序列中共檢測(cè)出72個(gè)變異位點(diǎn)，占全部序列的5.75%，共定義了45個(gè)單倍型，顯示出較為豐富的遺傳多樣性，與程起群等的研究結(jié)果一致[16-18]。從D-loop區(qū)序列變異得到的NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹可以看出，來(lái)源于鄱陽(yáng)湖的短頜鱭形成1個(gè)單系，顯示與其他群體單倍型具有一定的分化，另外，采自長(zhǎng)江口，鄱陽(yáng)湖湖口和鄱陽(yáng)湖湖區(qū)樣本的38個(gè)單倍型聚為1支，刀鱭群體沒(méi)有明顯的地理分化格局。

群體間的遺傳分化指數(shù)用來(lái)表示群體間的遺傳分化程度，F(xiàn)st值越大，表明2個(gè)群體間的分化程度越高；反之，分化程度越低[19]。群體間的遺傳分化指數(shù)、K2-P遺傳距離以及AMOVA分子變異分析均表明，長(zhǎng)江流域4個(gè)刀鱭群體間存在著廣泛的基因交流，沒(méi)有形成明顯的遺傳分化，仍是個(gè)隨機(jī)交配的群體。鄱陽(yáng)湖為通江湖泊，每年4—6月，長(zhǎng)江流域刀鱭洄游至鄱陽(yáng)湖產(chǎn)卵，由于不同地理種群的刀鱭可能會(huì)進(jìn)入同一地點(diǎn)或相對(duì)較近的區(qū)域產(chǎn)卵和受精，因此增加了群體外

交配的可能性，同時(shí)，這種繁殖方式增加了長(zhǎng)江流域刀鱭各群體之間的基因交流機(jī)會(huì)， 由此導(dǎo)致長(zhǎng)江流域刀鱭群體之間的遺傳分化程度相對(duì)較低，而群體內(nèi)個(gè)體之間的遺傳變異較大。短頜鱭與刀鱭存在一定的遺傳分化，唐文喬等過(guò)對(duì)mtDNA的D-loop區(qū)進(jìn)行分析指出，短頜鱭和湖鱭是刀鱭的淡水生態(tài)型種群，并非有效種[5]。許志強(qiáng)等綜合分析刀鱭和短頜鱭的頜骨長(zhǎng)度和線粒體Cytb序列，得出短頜鱭屬于刀鱭的1個(gè)淡水生態(tài)型種群而并非獨(dú)立物種的結(jié)論[20]。本研究通過(guò)對(duì)長(zhǎng)江口刀鱭、鄱陽(yáng)湖湖口刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭、鄱陽(yáng)湖刀鱭幼魚以及鄱陽(yáng)湖短頜鱭5個(gè)群體的遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育樹研究也表明，鄱陽(yáng)湖的刀鱭和短頜鱭共同構(gòu)成1個(gè)單系群，為2種生態(tài)型種群，尚未達(dá)到種或亞種的分化。

參考文獻(xiàn)：

[1]袁傳宓，秦安黔，劉仁華，等. 關(guān)于長(zhǎng)江中下游及東南沿海各省的鱭屬魚類種下分類的探討[J]. 南京大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版），1980（3）：67-82.

[2]江西省農(nóng)業(yè)局水產(chǎn)資源調(diào)查隊(duì)，江西省水產(chǎn)科學(xué)研究所.鄱陽(yáng)湖水產(chǎn)資源調(diào)查報(bào)告[R]. 1974.

[3]長(zhǎng)江流域刀鱭資源調(diào)查協(xié)作組.長(zhǎng)江流域刀鱭資源調(diào)查報(bào)告[R]. 1977.

[4]張敏瑩，徐東坡，劉 凱，等. 長(zhǎng)江下游刀鱭生物學(xué)及最大持續(xù)產(chǎn)量研究[J]. 長(zhǎng)江流域資源與環(huán)境，2005，14（6）：694-698.

[5]唐文喬，胡雪蓮，楊金權(quán). 從線粒體控制區(qū)全序列變異看短頜鱭和湖鱭的物種有效性[J]. 生物多樣性，2007，15（3）：224-231.

[6]Thompson J D，Gibson T J，Plewniak F，et al. The CLUSTAL_X Windows interface：flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools[J]. Nucleic Acids Research，1997，25（24）：4876-4882.

[7]Rozas J，Sánchez-Delbarrio J C，Messeguer X，et al. DnaSP，DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods[J]. Bioinformatics，2003，19（18）：2496-2497.

[8]Tamura K，Dudley J，Nei M and Kumar S. MEGA4：Molecular Evolutionary Genetics Analysis （MEGA） software version 4.0[J]. Mol Biol Evol，2007，24（8）：1596-1599.

[9]Excoffier L，Laval G，Schneider S. Arlequin （version 3.0）：an integrated software package for population genetics data analysis[J]. Evolutionary Bioinformatics Online，2005，1（4A）：47-50.endprint

[10]Librado P，Rozas J. DnaSP v5：a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data[J]. Bioinformatics，2009，25（11）：1451-1452.

[11]Broughton R E，Milam J E，Roe B A. The complete sequence of the zebrafish （Danio rerio） mitochondrial genome and evolutionary patterns in vertebrate mitochondrial DNA[J]. Genome Research，2001，11（11）：1958-1967.

[12]謝振宇，杜繼曾，陳學(xué)群，等. 線粒體控制區(qū)在魚類種內(nèi)遺傳分化中的意義[J]. 遺傳，2006，28（3）：362-368.

[13]Harrison R G. Animal mitochondrial DNA as a genetic marker in population and evolutionary biology[J]. Trends in Ecology & Evolution，1989，4（1）：6-11.

[14]Billington N，Hebert P D N. Mitochondrail DNA diversity in fishes and its implications for introduetions[J]. Can J Fish Aquat Sci，1991，48（S1）：80-94.

[15]Rand D M. Endotherms，ectotherms，and mitochondrial genome-size variation[J]. Journal of Molecular Evolution，1993，37（3）：281-295.

[16]程起群，溫俊娥，王云龍，等. 刀鱭與湖鱭線粒體細(xì)胞色素b基因片段多態(tài)性及遺傳關(guān)系[J]. 湖泊科學(xué)，2006，18（4）：425-430.

[17]葛家春，曹 廷，陳嬋娟，等. 利用擴(kuò)增片斷長(zhǎng)度多態(tài)性技術(shù)分析長(zhǎng)江刀鱭的遺傳多樣性[J]. 南京大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)），2008，14（3）：332-338.

[18]馬春艷，劉 敏，馬凌波，等. 長(zhǎng)江口刀鱭遺傳多樣性的隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA（RAPD）分析[J]. 海洋水產(chǎn)研究，2004，25（5）：19-24.

[19]楊金權(quán)，胡雪蓮，唐文喬. 長(zhǎng)江及其南部鄰近水域刀鱭的種群遺傳結(jié)構(gòu)及種群歷史[J]. 上海水產(chǎn)大學(xué)學(xué)報(bào)，2008，17（5）：513-519.

[20]許志強(qiáng)，葛家春，黃 成，等. 基于頜骨長(zhǎng)度和線粒體Cytb序列變異探討短頜鱭的分類地位[J]. 大連水產(chǎn)學(xué)院學(xué)報(bào)，2009，24（3）：242-246.endprint