基因芯片法在肺結(jié)核診斷中的臨床應(yīng)用價(jià)值

陳蕾

基因芯片法在肺結(jié)核診斷中的臨床應(yīng)用價(jià)值

陳蕾

目的探討基因芯片技術(shù)在肺結(jié)核診斷中的應(yīng)用價(jià)值。方法采集641例肺結(jié)核患者的痰及纖支鏡沖洗液標(biāo)本，同時(shí)進(jìn)行抗酸染色法、MGIT液體培養(yǎng)法+微孔板比例法藥物敏感性試驗(yàn)((簡(jiǎn)稱“藥敏試驗(yàn)”)及基因芯片法檢測(cè)，分析不同方法檢測(cè)結(jié)核分枝桿菌(Mtb)及其異煙肼、利福平耐藥性的敏感度、特異度、陽性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值和kappa值。不同方法之間Mtb及耐異煙肼、耐利福平、耐多藥陽性檢出率的比較采用χ2檢驗(yàn)，P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)果基因芯片法敏感度、特異度、陽性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值和kappa值均較高?；蛐酒∕tb陽性檢出率54.91%高于涂片法27.61%，與液體培養(yǎng)法60.06%比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。基因芯片法和藥敏試驗(yàn)檢測(cè)Mtb耐異煙肼、耐利福平、耐多藥陽性檢出率，兩者比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié)論基因芯片法在檢測(cè)Mtb及其耐藥性方面與傳統(tǒng)液體培養(yǎng)法和藥敏試驗(yàn)相比，有較高的敏感度和特異度，檢測(cè)時(shí)間短，一致性高，值得臨床應(yīng)用推廣。

基因芯片技術(shù)；肺；結(jié)核分枝桿菌；診斷

資料與方法

一、標(biāo)本來源

采集2015年11月至2016年11月住院肺結(jié)核患者痰及纖支鏡沖洗液標(biāo)本，排除檢測(cè)失敗、污染等因素，實(shí)際納入標(biāo)本共計(jì)641例，其中有痰者取痰液536例，無痰者行纖維支氣管鏡檢查取纖支鏡沖洗液105例。對(duì)標(biāo)本同時(shí)進(jìn)行抗酸染色鏡檢、液體MGIT培養(yǎng)+藥敏試驗(yàn)和基因芯片檢測(cè)。

二、研究方法

1. 涂片檢查:采用萋-尼氏染色法，并遵照《痰涂片鏡檢標(biāo)準(zhǔn)化操作及質(zhì)量保證手冊(cè)》[3]的要求進(jìn)行操作。

2. 液體培養(yǎng)檢查:采用BACTEC MGIT960培養(yǎng)基，按照《分枝桿菌分離培養(yǎng)標(biāo)準(zhǔn)化操作程序及質(zhì)量保證手冊(cè)》[4]的要求進(jìn)行培養(yǎng)，所有涂片標(biāo)本均進(jìn)行培養(yǎng)檢查。

3.藥敏試驗(yàn)：經(jīng)BACTEC MGIT960快速培養(yǎng)后分離的陽性菌株，采用微孔板比例法，按照《結(jié)核分枝桿菌藥物敏感性試驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)化操作程序及質(zhì)量保證手冊(cè)》[5]的要求進(jìn)行藥敏試驗(yàn)。

4.基因芯片法：利用儀器對(duì)患者標(biāo)本經(jīng)過標(biāo)本處理-核酸提取-PCR擴(kuò)增-雜交反應(yīng)-芯片掃描-自動(dòng)判讀，發(fā)現(xiàn)突變的耐藥基因。根據(jù)Mtb的耐藥性與基因突變有關(guān)的分子機(jī)制，通過檢測(cè)位點(diǎn)的突變情況判斷耐藥性，如利福平耐藥相關(guān)基因ropB、異煙肼耐藥相關(guān)基因KatG、inhA。如果耐藥相關(guān)基因?yàn)橐吧停袛酁橄鄳?yīng)藥物敏感，如耐藥相關(guān)基因?yàn)橥蛔冃?，判斷為相?yīng)藥物耐藥。

5.試劑與儀器

試劑：試驗(yàn)所用染色液、藥敏試驗(yàn)用培養(yǎng)基均由珠海貝索生物技術(shù)有限公司提供?；蛐酒ㄔ噭┌ň痉种U菌核酸檢測(cè)試劑盒(PCR-熒光探針法)、晶芯分枝桿菌菌種鑒定試劑盒、晶芯Mtb耐藥基因檢測(cè)試劑盒(DNA微陣列芯片法)、核酸提取液、PCR擴(kuò)增試劑、雜交緩沖液、配套基因芯片等購自北京博奧生物有限公司

儀器：晶芯ExtractTM核酸快速提取儀、CapitalBio基因芯片雜交盒、BioMixerTM芯片雜交儀、AB1 7500PCR擴(kuò)增儀、Slide-WasherTM芯片洗干儀、LuxScanTM10K-B微陣列芯片掃描儀等均購自北京博奧生物有限公司。

6.統(tǒng)計(jì)學(xué)分析：應(yīng)用SPSS13.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。以液體培養(yǎng)法為金標(biāo)準(zhǔn)，計(jì)算涂片法、基因芯片法檢測(cè)Mtb的敏感度、特異度、陽性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值。以藥敏試驗(yàn)為金標(biāo)準(zhǔn)，計(jì)算基因芯片法檢測(cè)異煙肼、利福平耐藥性的敏感度、特異度、陽性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值。不同方法檢測(cè)結(jié)果的一致性用kappa檢驗(yàn)判別(kappa≥0.75具有高度一致性，0.75>kappa≥0.4具有較好一致性，kappa<0.4具有較差一致性)。不同方法之間Mtb及異煙肼、利福平、耐多藥陽性檢出率的比較采用χ2檢驗(yàn)，P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

結(jié) 果

一、 采用涂片法、培養(yǎng)法、基因芯片法檢測(cè)分枝桿菌結(jié)果

641例標(biāo)本(痰536例，纖支鏡沖洗液105例)同時(shí)采用三種方法檢測(cè)Mtb，以液體培養(yǎng)法檢測(cè)結(jié)果為金標(biāo)準(zhǔn)，基因芯片法檢測(cè)技術(shù)的敏感度、特異度、陽性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值分別為86.23%(332/385)、92.19%(236/256)、94.32%(332/352)、81.66%(236/289)，kappa檢驗(yàn)，K=0.77,兩者具有高度的一致性；抗酸染色涂片法檢測(cè)技術(shù)的敏感度、特異度、陽性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值分別為45.71%(176/385)、99.61%(255/256)、99.44%(176/177)、54.96%(255/464)，kappa檢驗(yàn)，K=0.40,兩者具有較好的一致性(見表1)。

二、 采用藥敏試驗(yàn)、基因芯片法檢測(cè)Mtb異煙肼、利福平耐藥性結(jié)果

641例標(biāo)本通過培養(yǎng)共獲得385例陽性Mtb菌株。排除耐藥檢測(cè)失敗等因素，可比對(duì)的332例Mtb(痰257例，纖支鏡沖洗液75例)以藥敏試驗(yàn)檢測(cè)異煙肼、利福平耐藥結(jié)果為金標(biāo)準(zhǔn)，基因芯片法檢測(cè)異煙肼、利福平耐藥的敏感度、特異度、陽性預(yù)測(cè)值、陰性預(yù)測(cè)值分別為75.41%(46/61)、99.63%(270/271)、97.87%(46/47)、94.74%(270/285)和79.17%(38/48)、97.54%(277/284)、84.44%(38/45)、96.52%(277/287)。kappa檢驗(yàn)兩者分別為K值0.82及0.79,兩者具有高度的一致性(見表2)。

三種檢測(cè)方法Mtb陽性檢出率比較：641例標(biāo)本同時(shí)采用抗酸染色法、液體培養(yǎng)法、基因芯片法檢測(cè)Mtb，總體陽性檢出率分別為27.61%(177/641)、60.06%(385/641)、54.91%(352/641)?；蛐酒栃月矢哂诳顾崛旧?，兩者比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=98.56，P<0.05)；低于液體培養(yǎng)法，但兩者比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=3.47，P>0.05)。抗酸染色法陽性率低于液體培養(yǎng)法，兩者比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=137.13，P<0.05)。

表1 涂片法、培養(yǎng)法、基因芯片法檢測(cè)Mtb結(jié)果

表2 藥敏試驗(yàn)、基因芯片法檢測(cè)Mtb異煙肼、利福平耐藥性結(jié)果

不同標(biāo)本類型比較Mtb陽性檢出率:痰標(biāo)本基因芯片法低于液體培養(yǎng)法，兩者比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=10.19，P<0.05)。纖支鏡沖洗液標(biāo)本基因芯片法高于液體培養(yǎng)法，兩者比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=1.75，P<0.05)(見表3)。

表3 三種檢測(cè)方法Mtb陽性檢出率比較

三、 兩種檢測(cè)方法Mtb耐異煙肼、耐利福平、耐多藥陽性檢出率比較

比對(duì)分析藥敏法和基因芯片法檢測(cè)332例Mtb的耐藥性，異煙肼耐藥率分別為18.37%(61/332)和14.16%(47/332)，兩者間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=2.17,P>0.05)。利福平耐藥率分別為14.46%(48/332)和13.55%(45/332)，兩者間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.11,P>0.05)。耐多藥率分別為13.25%(44/332)和11.14%(37/332)，兩者間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=0.69,P>0.05)(見表4)。

討 論

基因芯片技術(shù)在檢測(cè)Mtb及耐藥性的臨床應(yīng)用越來越廣泛，其結(jié)合了分子生物學(xué)高靈敏度和生物芯片的高通量性具有快速、靈敏、準(zhǔn)確等特點(diǎn)[6]。目前國內(nèi)外多家機(jī)構(gòu)研究報(bào)道顯示，應(yīng)用基因芯片技術(shù)檢測(cè)Mtb及其耐藥性方面靈敏度、特異度各家不一。本研究利用基因芯片技術(shù)檢測(cè)我院住院病人641例標(biāo)本的Mtb及耐藥性，通過與傳統(tǒng)方法相比較，探討其在肺結(jié)核病診斷方面的應(yīng)用價(jià)值。

表4 兩種檢測(cè)方法耐藥Mtb陽性檢出率比較

一 、Mtb檢測(cè)

以液體培養(yǎng)法為金標(biāo)準(zhǔn)，與抗酸染色法相比，基因芯片法敏感度(82.23%)顯著高于抗酸染色法(45.71%)，特異度(92.19%)與抗酸染色法(99.61%)相似，一致性達(dá)0.77，顯著高于涂片法(K=0.40)。提示檢測(cè)Mtb該方法優(yōu)于抗酸染色法且可靠性佳。本研究中基因芯片法敏感度特異度與董永康等報(bào)道的敏感度92.3%特異度100%略有差異[7]。這可能一方面與選擇的金標(biāo)準(zhǔn)不同有關(guān)，本實(shí)驗(yàn)以MGIT液體培養(yǎng)法作為金標(biāo)準(zhǔn)，液體培養(yǎng)法耗時(shí)長但自我繁殖能力強(qiáng)檢測(cè)敏感度相對(duì)最高；另一方面與標(biāo)本質(zhì)量有關(guān)，本研究中的53例基因芯片未檢測(cè)出的Mtb均為痰標(biāo)本，提示痰標(biāo)本的質(zhì)量、細(xì)菌數(shù)量可能低于纖支鏡沖洗液，降低檢測(cè)敏感度。20例培養(yǎng)陰性基因芯片陽性的標(biāo)本分析，液體培養(yǎng)法漏檢主要與實(shí)驗(yàn)人員的操作(如配制的菌懸液偏低，過早判讀菌落生長結(jié)果等)和受試菌株的生長狀態(tài)等因素有關(guān)。傳統(tǒng)液體培陽法操作繁瑣、費(fèi)時(shí)，影響因素多，生物安全防護(hù)要求高，在基層實(shí)驗(yàn)室不易實(shí)施，本研究印證了基因芯片法靈敏度特異度較高且快速可靠，對(duì)臨床快速診斷有十分重要的意義[8]。

二、耐藥性檢測(cè)

以藥敏試驗(yàn)為標(biāo)準(zhǔn)，基因芯片法檢出Mtb耐利福平敏感度79.17%、特異度97.54%、K值0.79，耐異煙肼敏感度75.41%、特異度99.63%、K值0.82，敏感度略低于李曉菲等的報(bào)道[9]。上述結(jié)果的差異一方面可能與后者所研究的涂陽標(biāo)本增加耐藥表型敏感度有關(guān)。另一方面本研究中異煙肼15例、利福平10例耐藥表型陽性與基因型不一致,分析可能與分枝桿菌菌種差異、混合感染等因素有關(guān)，此類耐藥表型與基因型不一致現(xiàn)象國外亦有報(bào)道，在臨床僅為少數(shù)，不影響該技術(shù)臨床應(yīng)用價(jià)值[10]。值得注意的是本研究中利福平7例耐藥基因型陽性與表型不一致，分析可能與低濃度耐藥突變導(dǎo)致耐藥表型無法檢測(cè)出有關(guān)[11]?？傮w來說基因芯片的敏感度特異度均較高，尤其耐異煙肼和耐利福平檢測(cè)特異度極佳，且均具有極好的一致性(K值均大于0.75)，提示該方法能夠快速準(zhǔn)確檢測(cè)Mtb對(duì)異煙肼和利福平的耐藥性，在結(jié)核病的快速診療領(lǐng)域具有廣闊的應(yīng)用前景。

三、 Mtb 及耐藥性陽性檢出率

本實(shí)驗(yàn)同時(shí)采用抗酸染色、液體培養(yǎng)及基因芯片法檢測(cè)Mtb，液體培養(yǎng)法檢測(cè)陽性率(60.06%)最高，其次為基因檢測(cè)法(54.91%)，抗酸染色法(27.61%)最低?；蛐酒z測(cè)Mtb陽性率高于抗酸染色法，兩者比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；低于液體培養(yǎng)法，但兩者比較差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。提示在檢測(cè)Mtb方法準(zhǔn)確性上基因芯片法優(yōu)于傳統(tǒng)涂片法，在快速性上優(yōu)于液體培養(yǎng)法。比對(duì)分析藥敏法和基因芯片法檢測(cè)Mtb的耐異煙肼、耐利福平、耐多藥陽性檢出率，兩者間差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。提示相對(duì)于傳統(tǒng)抗酸染色、培養(yǎng)技術(shù)而言，基因芯片法不但提高了Mtb檢測(cè)的敏感度和穩(wěn)定性，而且在耐藥性檢測(cè)效能上接近藥敏法且快速性上更具優(yōu)勢(shì)。

四、不同標(biāo)本類型Mtb及耐藥性陽性檢出率

不同標(biāo)本類型間Mtb陽性檢出率比較，僅基因芯片法陽性率痰標(biāo)本50%與纖支鏡沖洗液標(biāo)本70.48%比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=14.79，P<0.05)，其余涂片法27.43%與28.57%比較(χ2=0.06，P>0.05)、液體培養(yǎng)法59.70%與61.90%比較(χ2=0.0.18，P>0.05)差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。不同標(biāo)本類型間耐藥Mtb陽性檢出率比較，無論基因芯片法還是藥敏法檢測(cè)均高度一致。提示一方面支氣管沖洗液可根據(jù)纖支鏡鏡下所見直接取材病變部位，避免口咽部細(xì)菌污染，同時(shí)沖洗作用疏通引流支氣管并引出遠(yuǎn)端病灶的Mtb，回收細(xì)菌多，故基因芯片Mtb陽性檢出率更高，另一方面纖支鏡沖洗液標(biāo)本量相對(duì)較少，需在今后工作中加大樣本量進(jìn)一步分析評(píng)估。

總之，基因芯片法檢測(cè)痰液及纖支鏡沖洗液中Mtb具有較高的敏感性和特異性，一致性好，操作簡(jiǎn)單，自動(dòng)化程度高，生物危害度小，雖然檢測(cè)Mtb方面與選用參考標(biāo)準(zhǔn)、標(biāo)本類型存在一定差異，分析耐藥范圍較狹窄，技術(shù)成本昂貴，但其6小時(shí)就可檢測(cè)異煙肼、利福平耐藥性的特點(diǎn)，相對(duì)于需要漫長等待的培養(yǎng)和藥敏試驗(yàn)結(jié)果來說，對(duì)于臨床快速準(zhǔn)確診斷和治療結(jié)核病具有更加重要的意義，值得臨床推廣應(yīng)用。

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Genechipindiagnosisofpulmonarytuberculosisanditsclinicalapplicationvalue

CHENLei

PublicHealthyClinicalMedicalCenterofChengdu,Chengdu,Sichuan610000,China

ObjectiveTo explore the application value of gene chip technology in diagnosis of pulmonary tuberculosis.MethodsThe data of 641 cases of pulmonary tuberculosis patients with sputum and bronchoscopic lavage specimens were detected by acid fast stain, MGIT liquid ((hereinafter referred to as "drug sensitive test") detection and gene chip method. Their drug sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value and Kappa value of Mycobacterium tuberculosis (Mtb), isoniazid and rifampicin were analyzed, and the results were analyzed by X2 test among different groups.P<0.05 difference was statistically significant.ResultsThe sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value and Kappa value were higher for gene chip method. The positive rate of Mtb was 54.91% in the gene chip group, which was higher than 27.61% of the smear method group (P<0.05) and similar with 60.06% of the liquid culture method group. There was no significant difference in the positive rate of isoniazid, rifampin and multi-drug resistance of Mtb between the gene chip group and the drug sensitive test group.ConclusionGene chip method has high sensitivity and specificity and consistency in detection of Mtb and its drug resistance, which is worthy of widely clinical application.

gene chip technique; pulmonary; Mycobacterium tuberculosis; diagnosis

10.3969/j.issn.1009-6663.2017.010.038

610000 四川 成都，成都市公共衛(wèi)生臨床醫(yī)療中心(凈居寺院區(qū))

結(jié)核病的病原學(xué)診斷，目前臨床上還是主要依賴于傳統(tǒng)的涂片法和培養(yǎng)法。涂片法敏感度較低，特異度較差；作為金標(biāo)準(zhǔn)的液體培養(yǎng)法加藥物敏感性試驗(yàn)(簡(jiǎn)稱“藥敏試驗(yàn)”)方法耗時(shí)長，需要4-8周才能獲得結(jié)果，且程序繁瑣，重復(fù)性差，對(duì)結(jié)核病尤其是耐藥結(jié)核病的早期診斷治療帶來了障礙[1]。因此，臨床迫切需要一種新型、快速、準(zhǔn)確的檢測(cè)方法，快速完成結(jié)核分枝桿菌(Mtb)檢測(cè)及耐藥性分析，為臨床治療爭(zhēng)取時(shí)間。近年來應(yīng)用分子生物學(xué)診斷技術(shù)檢測(cè)Mtb成為傳統(tǒng)診斷方法的重要補(bǔ)充，也是結(jié)核病快速診斷主要的研究方向[2]?；蛐酒夹g(shù)是一種新型核酸檢測(cè)方法，可快速檢測(cè)結(jié)核分枝桿菌耐利福平和異煙肼3個(gè)基因(ropB、KatG、inhA)的常見突變位點(diǎn)，并鑒定非結(jié)核分枝桿菌屬。本研究將基因芯片法與傳統(tǒng)痰涂片檢查、液體培養(yǎng)法做比較，對(duì)該技術(shù)檢測(cè)痰和纖支鏡沖洗液標(biāo)本中結(jié)核分枝桿菌的效果和臨床價(jià)值進(jìn)行評(píng)價(jià)。

2017-02-04 ]