孫玉章,孫明軍,代永聯(lián),尹仁福,丁 壯(. 中國動(dòng)物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心,山東青島 660;. 青島市畜牧獸醫(yī)研究所,山東青島 6600;. 吉林大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)學(xué)院,吉林長春 006)
CRISPR/Cas9介導(dǎo)的基因組編輯技術(shù)及應(yīng)用研究進(jìn)展
孫玉章1,孫明軍1,代永聯(lián)2,尹仁福3,丁壯3
(1. 中國動(dòng)物衛(wèi)生與流行病學(xué)中心,山東青島266032;2. 青島市畜牧獸醫(yī)研究所,山東青島266100;3. 吉林大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)學(xué)院,吉林長春130062)
成簇的規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列及其相關(guān)蛋白系統(tǒng)(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR / CRISPR-associated nuclease system,CRISPR/Cas)是廣泛存在于細(xì)菌和古細(xì)菌的適應(yīng)性免疫系統(tǒng),其中由Ⅱ型CRISPR/Cas系統(tǒng)改造而來的第三代基因組編輯技術(shù)——CRISPR/Cas9系統(tǒng)已廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)研究的多個(gè)領(lǐng)域。本文主要從CRISPR/Cas9系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)、作用原理、應(yīng)用進(jìn)展及與其他新興的基因組編輯技術(shù)的對(duì)比等四個(gè)方面進(jìn)行闡述,重點(diǎn)介紹其最新研究進(jìn)展,并展望了CRISPR/Cas9系統(tǒng)的應(yīng)用前景。
CRISPR/Cas9;基因組編輯;應(yīng)用進(jìn)展
基因組編輯技術(shù)(Genome Editing)是通過人為改變基因特定位點(diǎn)的核苷酸序列,實(shí)現(xiàn)針對(duì)基因組中特定目的基因片段的插入、刪除、替換或修飾的新興分子生物學(xué)技術(shù)。該技術(shù)是通過在目的基因特定位點(diǎn)切割產(chǎn)生DNA的雙鏈斷裂(DNA double strand breaks,DSBs),進(jìn)而誘發(fā)機(jī)體固有的同源重組(Homology directed recombination repair,HR)和非同源末端連接(Non-homologous endingjoining,NHEJ)兩種自我修復(fù)機(jī)制,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)基因組的定點(diǎn)編輯[1]。
傳統(tǒng)的基因組編輯技術(shù)主要依賴機(jī)體自發(fā)的同源重組修復(fù)機(jī)制來實(shí)現(xiàn)對(duì)目的基因的定點(diǎn)敲除、替換或修飾,效率極低(10-6~10-9),應(yīng)用受限。近二十年來興起的人工核酸內(nèi)切酶(Engineered endonuclease,EEN)極大地改變了這一現(xiàn)狀。目前常用的EEN有四類:歸巢核酸內(nèi)切酶(Meganucleases/LAGLIDADG homing endonucleases,LHE), 鋅 指核酸酶(Zinc finger nucleases,ZFNs),類轉(zhuǎn)錄激活因子效應(yīng)物核酸酶(Transcription activator like effector nucleases,TALENs)和成簇的規(guī)律間隔的短回文重復(fù)序列及其相關(guān)蛋白系統(tǒng)(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR / CRISPR-associated nuclease system,CRISPR/Cas)。其中CRISPR/Cas系統(tǒng)是2013年以來發(fā)展起來的第三代基因編輯技術(shù),融合了經(jīng)典遺傳學(xué)和反向遺傳學(xué)(Reverse Genetics)的研究方法,以其設(shè)計(jì)簡單、效率高、重復(fù)性好和周期短等特點(diǎn)迅速成為一種應(yīng)用前景廣闊的基因組編輯工具。本文僅對(duì)這一技術(shù)的發(fā)展、作用機(jī)理及其應(yīng)用進(jìn)展等方面的內(nèi)容進(jìn)行簡述。
CRISPR/Cas是一種廣泛存在于古細(xì)菌和細(xì)菌基因組中的適應(yīng)性免疫系統(tǒng),其序列特征最先由日本學(xué)者于1987年發(fā)現(xiàn)。但直到2008年,該系統(tǒng)才被證明可以類似于真核細(xì)胞中RNA干擾(RNA interference,RNAi)的方式抵御外源微生物或質(zhì)粒的入侵。
根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育及作用的分子機(jī)制,CRISPR/Cas系統(tǒng)可分為3個(gè)類型(Ⅰ型、Ⅱ型與Ⅲ型)[2]:Ⅰ型系統(tǒng)在細(xì)菌和古細(xì)菌中都有發(fā)現(xiàn),其核心蛋白為具有DNA核酸酶和解旋酶功能的Cas3蛋白,同時(shí)需要Cas5、Cas7等多種Cas蛋白輔助發(fā)揮作用;Ⅱ型系統(tǒng)目前發(fā)現(xiàn)僅存在于細(xì)菌中,其核心蛋白為具有RuvC核酸酶和HNH核酸酶活性的Cas9蛋白;Ⅲ型系統(tǒng)多存在于古細(xì)菌中,其核心蛋白為具有RNA酶活性的Cas10蛋白,同時(shí)需要Cas6等多種蛋白。三種類型的CRISPR系統(tǒng)發(fā)揮作用都需要有Cas1和Cas2等核心Cas蛋白的存在,這是因?yàn)镃as1和Cas2蛋白在獲得新的間隔序列中具有重要作用。
相對(duì)于Ⅰ型和Ⅲ型系統(tǒng),Ⅱ型系統(tǒng)組分簡單,僅需Cas9蛋白、CRISPR RNA(crRNA)與反式激活crRNA(trans-activating crRNA,tracrRNA)相互作用就能起到靶向切割目的基因DNA的功能,因此在2012年Jinek等[3]率先證明了CRISPR/ Cas9系統(tǒng)對(duì)DNA的體外切割作用之后,短短幾年間,基于Ⅱ型系統(tǒng)的CRISPR/Cas9系統(tǒng)被迅速改進(jìn)為應(yīng)用廣泛的基因組編輯工具。
CRISPR/Cas9系統(tǒng)的主體結(jié)構(gòu)為前導(dǎo)序列(Leader)、CRISPR基因座和相鄰的多個(gè)Cas基因組成(圖1)。前導(dǎo)序列具有種屬特異性,是一段進(jìn)化保守的非編碼序列。前導(dǎo)序列緊鄰CRISPR基因座的5′端且富含AT堿基,參與crRNA的轉(zhuǎn)錄并決定新的間隔序列插入基因組中的方向。CRISPR基因座位點(diǎn)由高度保守的重復(fù)序列(Repeats)與長度不等的間隔序列(Spacers)相間串聯(lián)而成。
圖1 CRISPR/Cas9系統(tǒng)的位點(diǎn)結(jié)構(gòu)
細(xì)菌抵抗外源微生物感染的CRISPR/Cas9免疫機(jī)制主要分為適應(yīng)、表達(dá)和干擾3個(gè)階段[4]。(1)適應(yīng):CRISPR/Cas9系統(tǒng)中的Cas1、Cas2協(xié)同其他相關(guān)Cas蛋白將外源微生物基因組的某個(gè)特定片段整合到CRISPR位點(diǎn)的前導(dǎo)區(qū)之后,第一個(gè)重復(fù)序列之前,在此后的復(fù)制中作為一個(gè)新的間隔序列存在。(2)表達(dá):前導(dǎo)序列指導(dǎo)CRISPR轉(zhuǎn)錄為pre-crRNA時(shí),其5'端的tracrRNA同時(shí)轉(zhuǎn)錄并通過堿基互補(bǔ)與pre-crRNA形成RNA二聚體,在Cas9與RNAase Ⅲ的聯(lián)合作用下剪切為成熟的crRNA/tracrRNA二聚體。(3)干擾:成熟的crRNA/tracrRNA二聚體通過堿基互補(bǔ)作用識(shí)別外源微生物基因組中的靶位點(diǎn),在Cas9蛋白核酸酶的作用下切割該靶位點(diǎn)的DNA雙鏈,進(jìn)而使外源微生物失活。
通過人工改造的CRISPR/Cas9系統(tǒng)切割目的基因片段的作用機(jī)理與細(xì)菌抵抗外源微生物感染的CRISPR/Cas9機(jī)制類似,主要是在形成crRNA/ tracrRNA二聚體的crRNA編碼序列中人為替換為目的基因特定位點(diǎn)的序列,從而構(gòu)建成為能夠指導(dǎo)Cas9蛋白特異切割目的基因DNA特定位點(diǎn)的單鏈向?qū)NA(Single-guide RNA,sgRNA)。在Cas9蛋白切割目的基因的DNA雙鏈后形成DSBs,并激活細(xì)胞的HR和NHEJ兩種自我修復(fù)機(jī)制,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)目的基因組的插入、敲除或修飾等編輯方式(圖2)。
圖2 CRISPR/Cas9系統(tǒng)的基因組定點(diǎn)編輯方式
3.1CRISPR/Cas9應(yīng)用于植物遺傳育種研究
傳統(tǒng)植物育種的轉(zhuǎn)基因技術(shù)是將外源基因?qū)胫参锛?xì)胞后通過激活植物細(xì)胞的自發(fā)同源重組機(jī)制隨機(jī)整合到植物基因組中,進(jìn)而通過篩選表型獲得目標(biāo)性狀的突變株。由于植物中自發(fā)同源重組的低效率和整合位點(diǎn)的隨機(jī)性,長期以來要實(shí)現(xiàn)植物基因組的精確編輯比較困難。CRISPR/Cas9系統(tǒng)的出現(xiàn)和應(yīng)用使得對(duì)植物基因組進(jìn)行高效精確的編輯成為可能。
2013年Mao等[5]率先利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)了模式植物擬南芥基因組中特定目的基因片段的定點(diǎn)突變。2014年Zhang等通過測試CRISPR/ Cas9系統(tǒng)對(duì)2個(gè)水稻亞種的11個(gè)靶基因的編輯特點(diǎn),證實(shí)CRISPR/Cas9系統(tǒng)在水稻中具有很高的特異性和編輯效率(66.7%)。同年,Wang等[6]利用TALEN和CRISPR-Cas9技術(shù)在六倍體面包小麥中成功實(shí)現(xiàn)了同時(shí)編輯3個(gè)同源等位基因,獲得了具有白粉病抗性的新品種小麥。CRISPR/Cas9系統(tǒng)為實(shí)現(xiàn)作物穩(wěn)定高效的定向育種(產(chǎn)量、抗性或品質(zhì)等)提供了有力的遺傳學(xué)工具。
3.2CRISPR/Cas9應(yīng)用于動(dòng)物基因組遺傳修飾
2013年Cong等[7]和Mali等[8]幾乎同時(shí)利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)分別在293T細(xì)胞、K562細(xì)胞和iPS細(xì)胞中實(shí)現(xiàn)了不同程度的基因敲除,從此開啟了真核細(xì)胞中基因組高效定點(diǎn)編輯的嶄新時(shí)代。同年,Wang等[9]通過CRISPR/Cas9技術(shù)僅耗時(shí)3~4周便一次性獲得了同時(shí)敲除5個(gè)基因的小鼠。
相對(duì)于傳統(tǒng)的顯微注射法和慢病毒介導(dǎo)的RNAi技術(shù)的遺傳育種方法,CRISPR/Cas9系統(tǒng)的高效率、多靶位、短周期和易篩選等特點(diǎn)迅速掀起了動(dòng)物基因組遺傳修飾的研究高峰,并衍生出了CRISPR干擾(CRISPR interference,CRISPRi)等一系列新興技術(shù)。
2015年Chen等利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)靶向沉默獼猴的肌營養(yǎng)不良蛋白基因,顯著降低了突變體的肌營養(yǎng)不良蛋白表達(dá)和肌肉退化現(xiàn)象。同年,Crispo等利用CRISPR/Cas9技術(shù)結(jié)合顯微注射法制備出敲除肌肉生長抑制素基因的轉(zhuǎn)基因綿羊,轉(zhuǎn)基因效率高達(dá)45.5%,遠(yuǎn)高于常規(guī)轉(zhuǎn)基因技術(shù)。
要結(jié)合系統(tǒng)內(nèi)近年來發(fā)生的腐敗問題典型案例,以案釋紀(jì)、以案促教,讓黨員干部知敬畏、存戒懼、守底線。抓住關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),在干部提任時(shí)開展廉政談話,實(shí)施業(yè)務(wù)分管領(lǐng)導(dǎo)和分管人事工作的領(lǐng)導(dǎo)“雙談話”機(jī)制,切實(shí)提升教育效果。
3.3CRISPR/Cas9應(yīng)用于人類疾病模型構(gòu)建
人類癌癥的發(fā)生和發(fā)展過程中伴隨著許多原癌基因和腫瘤抑制基因發(fā)生遺傳學(xué)和表觀遺傳學(xué)的改變,通過培育遺傳基因缺陷的小鼠品系對(duì)于系統(tǒng)性模擬和研究癌癥的發(fā)生和發(fā)展過程具有重要意義。相對(duì)于傳統(tǒng)的基于Cre-loxp基因打靶的模型構(gòu)建方法,CRISPR/Cas9系統(tǒng)成本更低、效率更高,目前已經(jīng)成功建立起了肝癌、肺癌等多種癌癥模型的小鼠品系。
2014年Hai等[10]首次利用CRISPR/Cas9技術(shù)高效地獲得了雙等位vWF基因突變的基因敲除豬,從而建立了血管性血友病的小型豬模型。2016年Yuan等[11]利用CRISPR/Cas9技術(shù)靶向修飾兔體基因組的CRYAA基因及GJA8基因,成功構(gòu)建了具有典型白內(nèi)障表型的模型兔。CRISPR–Cas9系統(tǒng)應(yīng)用于高效地構(gòu)建疾病模型,對(duì)于深入研究疾病基礎(chǔ)病理學(xué)、揭示疾病發(fā)展機(jī)制和抗病藥物篩選等具有重要的意義。
3.4CRISPR/Cas9應(yīng)用于抗病毒策略研究
由于基因組編輯技術(shù)是在DNA水平上對(duì)基因組序列進(jìn)行定點(diǎn)改造和修飾,因此理論上所有DNA病毒和存在DNA狀態(tài)的病毒都可以通過基因組編輯技術(shù)實(shí)現(xiàn)病毒特定基因片段的靶向編輯和表達(dá)沉默。在CRISPR/Cas9系統(tǒng)出現(xiàn)之前,ZFN和TALEN技術(shù)都曾用于病毒感染疾病的治療,但由于兩者構(gòu)建復(fù)雜、靶位受限,CRISPR/Cas9系統(tǒng)的出現(xiàn)為病毒感染疾病的EEN療法開辟了新途徑。
2014年Hu等[12]通過構(gòu)建靶向編輯人類免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)LTR U3啟動(dòng)子的gRNA-Cas9質(zhì)粒,轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)證實(shí)Cas9能夠?qū)崿F(xiàn)整合的HIV原病毒基因組的定點(diǎn)清除。Lin等[13]通過構(gòu)建靶向乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)基因組的gRNA-Cas9質(zhì)粒,體外實(shí)驗(yàn)證實(shí)CRISPR/Cas9系統(tǒng)可明顯降低HBV核心蛋白和表面蛋白的表達(dá)量。Wang等[14]針對(duì)Epstein-Barr病毒(Epstein-Barr virus,EBV)基因組的6個(gè)不同的功能位點(diǎn)構(gòu)建了7個(gè)gRNA-Cas9質(zhì)粒,核轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)導(dǎo)入Cas9-gRNA的細(xì)胞恢復(fù)了正常的凋亡途徑,顯著增低了EBV致瘤效應(yīng)。
同ZFN和TALEN技術(shù)一樣,CRISPR/Cas9系統(tǒng)的脫靶效應(yīng)(Off-target effects)也會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞毒性,因此如何提高CRISPR/Cas9系統(tǒng)的特異性而不降低打靶效率是實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)療法的技術(shù)關(guān)鍵。
2014年Shalem等利用慢病毒載體介導(dǎo)64 751條sgRNA構(gòu)建了靶向沉默幾乎覆蓋人類基因組全部18 080個(gè)基因的全基因組CRISPR-Cas9敲除文庫(Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout Library,GeCKO),結(jié)合高通量測序技術(shù)快速篩選出了黑色素瘤抗藥性的相關(guān)基因。Zhou等[15]利用GeCKO文庫結(jié)合高通量測序技術(shù),篩選并鑒定出了白喉毒素和炭疽毒素的細(xì)胞表面受體,為進(jìn)一步研究病原菌與宿主相互作用和信號(hào)通路奠定了基礎(chǔ)。由于高通量測序篩選數(shù)據(jù)的分析難度較大,Li等開發(fā)出了新的統(tǒng)計(jì)學(xué)算法——基于模型的全基因組CRISPR/Cas9敲除分析法(the Model-based Analysis of Genome-wide CRISPR/Cas9 Knockout method,MAGeCK),能夠同時(shí)進(jìn)行陽性和陰性選擇篩選,具有較高的靈敏度和篩選效率。
目前已有商品化的用于高通量敲除特定基因的CRISPR sgRNA文庫,基于基因敲除實(shí)現(xiàn)的功能缺失型篩選能夠用于深入研究特定基因功能、篩選信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路相關(guān)基因以及研制新型靶向藥物等方向。
同為RNA介導(dǎo)的基因篩選方法,CRISPR/ Cas9和RNAi有著諸多不同:RNAi屬于基因下調(diào)(Gene knockdown)方法,并不能完全抑制基因的表達(dá),而CRISPR/Cas9屬于基因敲除(Gene knockout)方法,可使基因完全失活;RNAi屬于RNA水平的轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)調(diào)控,CRISPR系統(tǒng)可以實(shí)現(xiàn)DNA水平和RNA水平的基因沉默;RNAi抗病毒策略以降解細(xì)胞漿內(nèi)增殖的RNA病毒為主,CRISPR/Cas9系統(tǒng)目前多用于細(xì)胞核內(nèi)增殖的DNA病毒或存在DNA階段的RNA病毒;RNAi一般特異性的降解與之序列相應(yīng)的單個(gè)內(nèi)源基因的mRNA,CRISPRi可同時(shí)用于研究多個(gè)基因的表達(dá)、激活或抑制;RNAi具有ATP依賴性,CRISPR/ Cas9對(duì)靶序列的識(shí)別具有PAM限制;RNAi作用有一定的時(shí)效性、一般不可遺傳,CRISPR/Cas9可以產(chǎn)生穩(wěn)定、高效的遺傳改變。作為重要的反向遺傳學(xué)研究工具,RNAi和CRISPR/Cas9都是通過功能缺失表型來進(jìn)行基因篩選,而且二者的脫靶效應(yīng)同樣不可忽視。
同為新興的基因組編輯技術(shù),gDNA引導(dǎo)的NgAgo系統(tǒng)(NgAgo-gDNA)與RNA導(dǎo)向的CRISPR/Cas9系統(tǒng)亦有許多不同:NgAgo-gDNA系統(tǒng)以5'磷酸化的ssDNA為介導(dǎo),無靶序列的PAM識(shí)別限制,特異性和編輯效率高,單堿基的錯(cuò)配就會(huì)導(dǎo)致基因編輯效率的明顯降低(CRISPR/ Cas9系統(tǒng)容許5個(gè)堿基的錯(cuò)配),因此基因編輯位點(diǎn)識(shí)別較為嚴(yán)謹(jǐn),具有較低的脫靶效應(yīng)。但目前此項(xiàng)技術(shù)引起的爭議主要是重復(fù)性問題,能否改進(jìn)為新一代的基因組編輯工具還有待于進(jìn)一步驗(yàn)證,應(yīng)用前景并不明朗。
同為gDNA引導(dǎo)的DNA編輯技術(shù),SGN系統(tǒng)(Structure-guided endonuclease system)與NgAgo系統(tǒng)相比不再受到靶序列的限制,依賴識(shí)別3'flap結(jié)構(gòu)的內(nèi)切酶功能實(shí)現(xiàn)外源報(bào)告基因和內(nèi)源基因DNA特定位點(diǎn)的編輯,主要傾向于產(chǎn)生大片段的基因刪除。目前此項(xiàng)技術(shù)推廣應(yīng)用的主要障礙是相對(duì)較低的內(nèi)源基因編輯效率,這可能與其識(shí)別機(jī)制或位點(diǎn)特異性有關(guān),因此仍然需要大量的后續(xù)研究工作進(jìn)行不斷優(yōu)化和探索。
CRISPR/Cas9系統(tǒng)是目前為止靶向基因組編輯最高效的反向遺傳學(xué)工具,在植物遺傳育種研究、動(dòng)物基因組遺傳修飾、人類疾病模型構(gòu)建、抗病毒策略研究和功能基因組學(xué)研究等多個(gè)領(lǐng)域取得了重要進(jìn)展。但作為一項(xiàng)嶄新的基因組編輯技術(shù),如何降低CRISPR/Cas9系統(tǒng)的脫靶效應(yīng)成為亟須解決的問題。
目前已經(jīng)有多個(gè)研究小組就提高CRISPR/Cas9系統(tǒng)進(jìn)行了有益的實(shí)踐,如雙切口酶系統(tǒng)、dCas9-FokI系統(tǒng)等,都能不同程度的降低CRISPR/Cas9系統(tǒng)的脫靶效應(yīng)。隨著對(duì)CRISPR/Cas系統(tǒng)結(jié)構(gòu)與功能研究的不斷深入,我們有理由相信CRISPR/ Cas9介導(dǎo)的基因編輯技術(shù)具有極大的應(yīng)用潛力和發(fā)展前景。
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(責(zé)任編輯:朱迪國)
Research Advances in CRISPR/Cas9-mediated Genome Editing and Its Application
Sun Yuzhang1,Sun Mingjun1,Dai Yonglian2,Yin Renfu3,Ding Zhuang3
(1. China Animal Health & Epidemiology Center,Qingdao,Shandong266032;2. Qingdao Institute of Husbandry & Veterinary Science,Qingdao,Shandong266100;3. College of Veterinary Medicine, Jilin University,Changchun,Jilin130062)
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR),together with the associated sequences(Cas genes and Cas proteins)widely exist in adaptive immune system of bacteria and archaea. CRISPR/ Cas9 system,the third generation genome editing technology,which was established on the basis of the type II CRISPR/Cas system,has been widely applied in many fields of life science research. In this review,CRISPR/Cas9's discovery,function mechanism,application progress,and comparison analysis on other emerging genome editing technologies were introduced. Furthermore,the application prospect of the CRISPR/Cas9 system was described.
CRISPR/Cas9 system;genome editing;application progress
S851.3
A
1005-944X(2016)12-0064-05
10.3969/j.issn.1005-944X.2016.12.019
國家公益性行業(yè)(農(nóng)業(yè))科研專項(xiàng)(201303033);國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(31402195);教育部高校博士點(diǎn)基金博導(dǎo)類項(xiàng)目(20110061110005)
丁 壯