NA指紋在水稻品種鑒定中的應(yīng)用與展望

左示敏　周娜娜　陳宗祥　張亞芳　湯義華　毛從亞　許學(xué)宏　許明　許如根　潘學(xué)彪

摘要：DNA指紋檢測技術(shù)應(yīng)用于植物新品種鑒定已是必然的發(fā)展趨勢，在水稻上與其相關(guān)的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)仍待完善。本文對DNA指紋檢測中主要涉及的分子標(biāo)記及特點進行歸納，并綜述了DNA指紋在我國水稻品種鑒定中的應(yīng)用現(xiàn)狀及存在的問題。提出了構(gòu)建國家和地方兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)的必要性和策略，認為可將利用高密度SN標(biāo)記構(gòu)建的品種SN指紋制定為國家標(biāo)準(zhǔn)，而基于核心SSR標(biāo)記構(gòu)建的品種SSR指紋可制定為地方標(biāo)準(zhǔn)。討論了兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)在品種培育、審定管理、市場監(jiān)管及品種權(quán)保護過程中的應(yīng)用策略以及仍需研究的問題，以期為建立規(guī)范化的“水稻品種鑒定 DNA指紋”檢測方法提供幫助。

關(guān)鍵詞：水稻；品種鑒定；DNA指紋；分子標(biāo)記；標(biāo)準(zhǔn)

中圖分類號： S5037文獻標(biāo)志碼： A[HK]

文章編號：002-302（204）2-0004-04[HS）][HT9SS]

品種是指人類在一定的生態(tài)條件和經(jīng)濟條件下，根據(jù)人類的需要所選育的某種作物的一定群體，它具備相對穩(wěn)定的遺傳特性，在生物學(xué)、形態(tài)學(xué)及經(jīng)濟性狀上具有相對一致性，與同一作物的其他群體在特征、特性上有所區(qū)別即特異性，在產(chǎn)量、抗性、品質(zhì)等方面都能符合相應(yīng)地區(qū)的生產(chǎn)發(fā)展需要。作物優(yōu)良品種的選育和推廣是現(xiàn)代農(nóng)業(yè)建設(shè)的重要支撐，是確保我國糧食安全的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。對植物品種進行DUS（特異性、一致性和穩(wěn)定性）測試一直是新品種保護的技術(shù)基礎(chǔ)和授權(quán)的科學(xué)依據(jù)[2-3]。DUS測試主要以田間種植鑒定為主，即根據(jù)品種間的田間表型差異判定新品種是否有別于其他品種[2-3]。由于DUS測試周期長、易受環(huán)境影響、工作量大，加上新品種數(shù)量越來越多，導(dǎo)致在實踐中無法通過DUS測試確定新品種是否有別于現(xiàn)有的所有品種，以及在違規(guī)經(jīng)營中究竟侵犯了哪個品種，此外鑒定結(jié)果也嚴(yán)重滯后，影響了執(zhí)法效率[3]。研究表明，DNA分子標(biāo)記可應(yīng)用于品種真實性鑒定、審定監(jiān)管等各個環(huán)節(jié)，其具備鑒定效率高、周期短、結(jié)果準(zhǔn)確等諸多優(yōu)點[4-8]。在水稻上，迄今尚未形成一個廣適性的品種SSR指紋檢測標(biāo)準(zhǔn)[9-]。本文對DNA指紋在水稻品種鑒定中的應(yīng)用和發(fā)展趨勢進行分析，提出構(gòu)建國家和省級兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)的建議及構(gòu)建策略，以期為不同領(lǐng)域的研究和管理人員理解DNA指紋并盡快建立標(biāo)準(zhǔn)化的應(yīng)用規(guī)程提供幫助。

[WTHZ]水稻品種鑒定中主要涉及的DNA分子標(biāo)記

SSR標(biāo)記及其多態(tài)性分析方法

SSR（simple sequence repeat）標(biāo)記即簡單序列重復(fù)，一般是由2～4個核苷酸為重復(fù)單位（基序，motif）組成的長達幾十個核苷酸的串聯(lián)重復(fù)序列，如（AT）n、（GCA）n等，其中n表示重復(fù)次數(shù)，其在同一物種不同基因型品種間的差異較大，并造成SSR長度多態(tài)性[5，]。SSR位點兩端多是保守的單拷貝序列，因此，可用兩側(cè)的保守序列開發(fā)特異CR引物，并通過CR和凝膠電泳技術(shù)，顯示SSR位點在品種/個體間的多態(tài)性。由于生物基因組中存在非常豐富的SSR位點、數(shù)量龐大，理論上分布于整個基因組的不同位置上，因而，基于SSR位點的分子標(biāo)記可用于鑒別品種的遺傳多樣性。隨著水稻基因組序列的測序完成，水稻基因組中被發(fā)現(xiàn)存在超過8 000個SSR位點，平均每25 kb就存在個SSR位點[2-3]，這為利用SSR標(biāo)記研究水稻品種間的遺傳多樣性以及品種真?zhèn)涡蕴峁┝素S富的標(biāo)記基礎(chǔ)。

SSR技術(shù)具有操作簡便、效率高、重演性強等特點，現(xiàn)已被廣泛應(yīng)用于水稻遺傳圖譜構(gòu)建、重要性狀基因定位和標(biāo)記輔助育種等眾多領(lǐng)域，也是當(dāng)前主要農(nóng)作物品種（如玉米、水稻、大豆）真?zhèn)涡澡b定中應(yīng)用最廣泛的分子標(biāo)記[，4-7]。SSR標(biāo)記的多態(tài)性檢測可采用瓊脂糖凝膠電泳、（變性或非變性）聚丙烯胺凝膠電泳和毛細管電泳熒光檢測法進行[5，7-20]，各方法的優(yōu)缺點見表。比較而言，毛細管電泳熒光標(biāo)記檢測方法的分辨率最高[9-20]，理論上可達到 bp，盡管當(dāng)前的儀器設(shè)備和試劑成本較高，但由于該方法可實現(xiàn)自動化以及實現(xiàn)不同批次樣本電泳結(jié)果間的直接比較，因此其檢測體系一旦被建立，必將替代上述其他2種電泳分析方法。毛細管電泳熒光檢測技術(shù)對CR擴增的特異性要求較高，因此，不能簡單地將常規(guī)的CR擴增條件移植至毛細管電泳熒光檢測方法中[9]。目前在玉米上已初步建立了基于毛細管電泳熒光檢測法的品種SSR指紋分析技術(shù)[7，9]，但在水稻上，迄今只有篇研究報道[20]，相關(guān)分子標(biāo)記的擴增體系和條件尚有待優(yōu)化和標(biāo)準(zhǔn)化。

2SN標(biāo)記及其多態(tài)性檢測方法

[CM（24]SN（single[KG3]nucleotide[KG2]polymorphism）是指由單核苷酸變[CM）][FL）]

[FK（W4][HT6H][Z][WTHZ]表水稻品種鑒定中主要涉及的DNA分子標(biāo)記及其多態(tài)性分析方法比較[WTBZ][HTSS][STBZ]

[H5][BG（！][BHDFG2，WK5，WK，WK9，WK35W]標(biāo)記類型標(biāo)記特點多態(tài)性檢測多態(tài)性檢測方法優(yōu)缺點

[BHDG42，WK5，WKZQ2，WK9ZQ0，WK35ZQW]SSR長度多態(tài)性，數(shù)量較大瓊脂糖凝膠電泳[2]優(yōu)點：操作簡單、成本低、重復(fù)性好、顯色方便，電泳圖譜中的背景干擾少；根據(jù)代表性品種擴增條帶可實現(xiàn)不同批次結(jié)果間的橫向比較。缺點：分辨率低，難以區(qū)分8 bp以內(nèi)的長度差異；不能給出擴增片段的長度估計值；不易實現(xiàn)自動化

[BHDW]聚丙烯酰胺凝膠電泳優(yōu)點：分辨率中等，理論上可區(qū)分3 bp以上的長度差異；根據(jù)代表性品種擴增條帶可實現(xiàn)不同批次結(jié)果間的橫向比較。缺點：操作繁瑣、效率低，顯色過程中容易存在背景干擾；不可給出擴增片段的長度估計值；不易實現(xiàn)自動化

[BH]毛細管電泳熒光標(biāo)記優(yōu)點：分辨率高，理論上可區(qū)分 bp長度差異；可實現(xiàn)自動化；結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)品種可給出擴增片段長度的估計值；可實現(xiàn)不同批次結(jié)果間的直接比較。缺點：對模板質(zhì)量、CR擴增特異性要求高；儀器及試劑成本較高

[BH]SN單核苷酸多態(tài)性，數(shù)量巨大，隨機分布芯片雜交檢測優(yōu)點：直接給出SN位點中的堿基組成，真正意義上的DNA指紋；容易獲得與重要性狀基因緊密連鎖的SN標(biāo)記，育種利用價值高；自動化和通量化程度極高。缺點：多態(tài)性檢測技術(shù)要求高，一般實驗室無法開展；試劑成本高[H][BG）F][FK）]

[FL（2K2]

異引起的DNA序列多態(tài)性，包括單堿基轉(zhuǎn)換、顛換、插入及缺失等形式[2-22]。相比于其他DNA標(biāo)記，SN標(biāo)記在任一作物群體中的數(shù)量、基因組覆蓋度和分布頻率均最高，是研究作物品種遺傳多樣性和真?zhèn)涡缘淖罾硐敕肿訕?biāo)記。在水稻基因組中，平均每 kb即存在個SN位點，暗示絕大多數(shù)基因內(nèi)均存在至少個SN位點[23-24]。長期以來，對單核苷酸多態(tài)性缺乏高效檢測技術(shù)一直是限制SN標(biāo)記應(yīng)用的最主要原因。近年來，隨著DNA微陣列和芯片雜交技術(shù)的快速發(fā)展，SN標(biāo)記在作物種質(zhì)資源遺傳多樣性研究中的應(yīng)用已成為現(xiàn)實[23-26]。

基于芯片雜交技術(shù)的SN檢測方法最顯著優(yōu)勢是可確定樣本在各SN位點中的具體堿基組成[23]，因而是真正意義上的DNA指紋，這是上述基于SSR標(biāo)記多態(tài)性分析中無法做到的。另外，張SN芯片上可點陣幾萬甚至幾十萬個標(biāo)記探針，且同時可對96個或384個樣品進行SN分析，因此是真正意義上的高通量、高效率的品種DNA指紋檢測技術(shù)。例如，對于張含有2 000個SN位點的96孔板芯片，次雜交試驗可得出96個樣品中的每個樣品在2 000個SN位點中的基因型，檢測效率極高。在SSR標(biāo)記毛細管電泳熒光檢測法中，以最新的高通量SSR分析系統(tǒng)（Advanced Analytical公司的Fragment Analyzer系統(tǒng)）為例，該系統(tǒng)一次性可完成0個標(biāo)記在96個樣本（0×96孔板）或個標(biāo)記在960個樣本上的基因型分析，如果需要完成96個樣本在2 000個SSR位點中的基因型分析，則需要至少200次獨立反應(yīng)，耗時長。如果需要增加標(biāo)記個數(shù)，毛細管電泳熒光標(biāo)記檢測的工作量會相應(yīng)增加，相反，對于SN芯片，其攜帶的標(biāo)記數(shù)不管多少，均是一次性完成，不需增加額外工作量。SN芯片雜交方法的主要缺點是檢測成本高，且需要在專業(yè)化的芯片服務(wù)公司中進行，一般實驗室無法開展。

利用SN標(biāo)記構(gòu)建品種DNA指紋的最關(guān)鍵問題是選擇合適的SN位點，這需要行業(yè)內(nèi)的科學(xué)家協(xié)作研究，待位點確定后即可在專業(yè)化芯片公司中制備和規(guī)?；a(chǎn)SN芯片以及開展后續(xù)的應(yīng)用分析工作[23，27]。在水稻上，美國康奈爾大學(xué)McCouch實驗室率先在Affymetrix公司定制了含有44萬個SN標(biāo)記的SN芯片，并利用其評價了國際水稻微核心種質(zhì)庫中的44份種質(zhì)的遺傳多樣性[23]。此外，國內(nèi)研究者還通過測序技術(shù)，對幾千份國內(nèi)外水稻品種的基因組序列進行了重測序[28]，這為鑒定出更多有用的SN位點提供了豐富的序列基礎(chǔ)。這些研究表明，通過SN芯片構(gòu)建水稻品種DNA指紋是切實可行的。

[WTHZ]2DNA指紋在水稻品種鑒定中的應(yīng)用現(xiàn)狀

在水稻品種DNA指紋圖譜研究中，莊杰云等[9]通過58個候選SSR標(biāo)記和63個代表性水稻品種為材料，確定了用于鑒定我國主栽水稻品種的24對核心SSR標(biāo)記，并率先制定了“水稻品種鑒定DNA指紋方法”國家農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)（NY/T 433—2007）（以下簡稱舊標(biāo)準(zhǔn)）[29-30]，這是迄今水稻品種DNA指紋研究中最具代表性的一項工作。除此之外，不少學(xué)者還分別對不同地區(qū)、不同類型的水稻品種或重要育種材料進行了DNA指紋分析。如，肖小余等[0]以四川省主要雜交稻親本為研究對象，從208對SSR引物中篩選出了8對多態(tài)性高的SSR標(biāo)記，并以此構(gòu)建了四川省26個主要雜交稻親本材料的SSR指紋圖譜。程本義等[3]、陳英華等[32]、楊旭等[33]分別構(gòu)建了浙江省、東北地區(qū)和云貴地區(qū)的相關(guān)水稻品種（系）的SSR指紋。顏靜宛等[34]和田大剛等[34-35]先后開發(fā)并驗證了用于鑒別我國雜交稻品種及其主要親本材料的24對核心SSR標(biāo)記，并認為可將此24對標(biāo)記與莊杰云等[9]制定的農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)中的24對標(biāo)記結(jié)合使用，以增加品種鑒定的準(zhǔn)確性。目前，農(nóng)業(yè)部網(wǎng)站上已顯示有一套新的“水稻品種鑒定SSR標(biāo)記法”正待審批[30]，該標(biāo)準(zhǔn)將替代2007年制定的舊標(biāo)準(zhǔn)。相對于舊標(biāo)準(zhǔn)，新標(biāo)準(zhǔn)中的標(biāo)記數(shù)目增加倍，這無疑將大大提高新標(biāo)準(zhǔn)的鑒別力，但究竟是否適用于全國各地的不同水稻品種鑒定仍有待實踐檢驗。作者在利用新標(biāo)準(zhǔn)中的48對SSR標(biāo)記鑒別江蘇近5年審定的粳稻品種時，發(fā)現(xiàn)其中有26個標(biāo)記在供試品種間沒有多態(tài)性，且有2個品種無法采用48對標(biāo)記進行鑒別，這表明新標(biāo)準(zhǔn)在鑒別局部地區(qū)品種上仍有待發(fā)展。

總體而言，在水稻品種DNA指紋鑒別上，至今未能形成一個廣適性的標(biāo)準(zhǔn)。究其原因，可能有以下2個方面：一是研究中選用的樣本數(shù)少、來源地窄，導(dǎo)致獲得的核心SSR標(biāo)記的代表性不足，往往只能用于當(dāng)?shù)仄贩N鑒別，一旦擴大到其他區(qū)域或增加品種數(shù)量時，便出現(xiàn)核心SSR標(biāo)記并不核心的現(xiàn)象；二是我國絕大多數(shù)水稻品種間的遺傳基礎(chǔ)窄，尤其是不同省內(nèi)審定的適用于特定生態(tài)區(qū)內(nèi)種植的品種[6]，遺傳多樣性更低，這導(dǎo)致基于不同生態(tài)區(qū)間的品種研發(fā)的多態(tài)性SSR標(biāo)記在一些省內(nèi)審定品種間沒有多態(tài)性。

鑒于此，作者認為以SSR標(biāo)記建立水稻品種DNA指紋檢測的國家標(biāo)準(zhǔn)值得商榷，因為核心SSR標(biāo)記庫是個動態(tài)擴充庫，而不是一成不變的，即會隨著樣本量的不斷增加而需要不斷更換或增加新標(biāo)記。如果以此標(biāo)記建立國家標(biāo)準(zhǔn)，可能會因為不同地區(qū)需要增加或更換標(biāo)記，而經(jīng)常性地反復(fù)修訂國家標(biāo)準(zhǔn)。相反，如果利用SSR標(biāo)記建立地方（或省級）標(biāo)準(zhǔn)，則不會因為某個地方標(biāo)準(zhǔn)的修訂而影響到其他地方標(biāo)準(zhǔn)的使用，影響面小。

3建立國家和省級兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)的必要性和策略

3建立“水稻品種高密度SN標(biāo)記指紋”國家標(biāo)準(zhǔn)的必要性和策略

水稻育種的核心競爭力在于優(yōu)異育種中間材料的創(chuàng)新上，我國水稻育種在過去幾十年的發(fā)展中，先后培育出了大量原創(chuàng)性優(yōu)異育種材料，為我國水稻不斷增產(chǎn)豐收作出了巨大貢獻[36]。近年來，一些國際種業(yè)巨頭不斷增加在我國開展水稻育種的科研投入，同時，國內(nèi)一些種業(yè)企業(yè)也主動參與到國外水稻育種中，造成我國水稻育種材料的流失。因此，從參與國際紛爭中可能存在的知識產(chǎn)權(quán)保護考慮，我國需要建立一個“水稻品種鑒定DNA指紋”國家標(biāo)準(zhǔn)[，36]。

作為國家標(biāo)準(zhǔn)，必須保證所有品種或重要育種材料的DNA指紋具有“永久唯一性”特征，即不能隨著新品種或樣本量的增加而出現(xiàn)同一品種不同指紋或不同品種相同指紋的現(xiàn)象。解決此問題的唯一策略是，采用足夠多的分子標(biāo)記構(gòu)建品種DNA指紋，而不是以少數(shù)核心分子標(biāo)記（如核心SSR標(biāo)記）進行。當(dāng)標(biāo)記數(shù)量足夠大時，采用SN標(biāo)記是唯一可行的辦法，因此，可利用SN標(biāo)記建立“水稻品種高密度SN標(biāo)記指紋”國家標(biāo)準(zhǔn)，并將其應(yīng)用于解決國際間品種知識產(chǎn)權(quán)紛爭中以及分子設(shè)計育種過程中。

構(gòu)建水稻品種高密度的SN指紋數(shù)據(jù)庫具有以下3個優(yōu)點：（）構(gòu)建的各品種DNA指紋可做到“永久唯一性”，在品種權(quán)保護和權(quán)益紛爭時可為育種者提供重要的裁定證據(jù)[，36]；（2）隨著標(biāo)記密度的增高，可將標(biāo)記與特定基因建立有機聯(lián)系，有利于育種工作者結(jié)合SN指紋開展分子設(shè)計育種，如設(shè)計配組方式、制定選擇目標(biāo)[2，24]；（3）有利于從國家層面上及時了解不同時期或不同地區(qū)內(nèi)育成品種間的遺傳多樣性，為國家適時制定育種策略以豐富品種多樣性、提高品種抗風(fēng)險能力提供參考[2，24]。

32建立“水稻品種核心SSR標(biāo)記指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)的必要性和策略

盡管構(gòu)建全國統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)的品種高密度SN指紋十分必要，但由于其成本高、一般實驗室無法完成檢測分析工作，使得SN指紋檢測技術(shù)不適宜在品種參試、審定和市場監(jiān)管等常規(guī)環(huán)節(jié)中使用。相反，這些環(huán)節(jié)的有效管理是從源頭上控制我國品種審定及種業(yè)市場中的各種違規(guī)違法現(xiàn)象的重要措施。因此，為了常規(guī)的監(jiān)督管理，需要建立一個高效、簡便、低成本的水稻品種鑒定DNA指紋檢測標(biāo)準(zhǔn)。

相比于SN標(biāo)記，SSR標(biāo)記的檢測工作可在一般實驗室獨立完成、操作簡便，可用于快速鑒定水稻品種（系）的真?zhèn)涡訹5，9，5]。然而，正如前文所述，對于種植地域性較強的水稻，不適宜構(gòu)建全國統(tǒng)一的SSR指紋檢測標(biāo)準(zhǔn)。但是，可開發(fā)適用于地方品種特異性鑒別的核心SSR標(biāo)記，以建立“水稻品種鑒定SSR指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)，并將其應(yīng)用于地方品種參試、種子生產(chǎn)銷售中的各種違規(guī)違法現(xiàn)象的監(jiān)管中。

33國家和地方兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)的應(yīng)用策略

由于國家和地方兩級標(biāo)準(zhǔn)間的應(yīng)用側(cè)重點不同，筆者根據(jù)各自的特點，提出在品種培育、品種審定、品種權(quán)保護和市場監(jiān)管環(huán)節(jié)中差別化應(yīng)用DNA指紋兩級標(biāo)準(zhǔn)的策略（圖），為規(guī)范化兩級標(biāo)準(zhǔn)在實踐中的應(yīng)用提供參考。

[FK（W7][TZSMtif][FK）]

品種培育是種業(yè)發(fā)展壯大的根本[36]。建議制定國家規(guī)程，要求經(jīng)過各級政府審定或認定的水稻新品種（系）均要在指定機構(gòu)、采用國家統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，構(gòu)建相應(yīng)品種（系）的高密度SN指紋，并將品種SN指紋設(shè)為獲得新品種權(quán)的重要條件。對于培育的重要育種中間材料，育種者可根據(jù)自行需要申請構(gòu)建其SN指紋，以防相應(yīng)材料的外流或被盜。建立所有審定品種或重要育種中間材料的高密度SN指紋數(shù)據(jù)庫，有利于為育種工作者提供重要育種材料的遺傳信息（如控制病蟲害抗性、高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)等性狀的基因位置及供體親本），并根據(jù)這些信息選擇配組親本，開展分子設(shè)計育種，提高選擇效率[2，24]，實現(xiàn)品種DNA指紋與育種工作間的有機聯(lián)系。

品種審定由國家或省級種子管理部門負責(zé)，其中的關(guān)鍵是遏制品系參試過程中的違規(guī)現(xiàn)象。建議各省級種子管理部門均需制定適用于相應(yīng)省的“水稻品種鑒定——SSR指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)，并將其應(yīng)用于相應(yīng)省內(nèi)區(qū)試品系真?zhèn)涡缘目焖勹b定[5，9，5]。對于通過審定的品種，按國家和地方兩級標(biāo)準(zhǔn)分別構(gòu)建其DNA指紋，其中國家的SN指紋主要用于品種培育及在侵權(quán)違法事件中地方標(biāo)準(zhǔn)不能解決的情況下和國際性知識產(chǎn)權(quán)紛爭中使用，地方的SSR指紋主要在種子監(jiān)管及常規(guī)的侵權(quán)違規(guī)違法事件中使用。

品種權(quán)保護可采用國家標(biāo)準(zhǔn)中的SN指紋和地方標(biāo)準(zhǔn)中的SSR指紋同時進行，以確保品種在國內(nèi)外種子市場及育種利用等不同環(huán)節(jié)中得到合法保護[，36]。

市場監(jiān)管主要是保證種子市場中的種子純度和真實性。當(dāng)前種子市場中普遍存在套牌侵權(quán)、以次充好、銷售假劣種子等違規(guī)違法現(xiàn)象[，36]。建議將“水稻品種鑒定SSR指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)全程應(yīng)用于種子市場監(jiān)管的各個環(huán)節(jié)中，以快速鑒定種子純度和真?zhèn)涡?，打擊種子市場中相關(guān)違規(guī)違法現(xiàn)象，確保健康、公平公正的種業(yè)市場環(huán)境[36]。

[WTHZ]4水稻品種DNA指紋構(gòu)建及應(yīng)用中仍需研究的問題

4高密度SN芯片定制中的SN位點篩選

構(gòu)建品種高密度SN指紋的最重要價值是將其應(yīng)用于品種培育環(huán)節(jié)中，要達到此目的的關(guān)鍵是，建立SN標(biāo)記與重要性狀基因間的關(guān)聯(lián)[24-27]。這要求在定制SN芯片時，盡可能多地將位于重要性狀（抗性、高產(chǎn)、品質(zhì)等）基因內(nèi)或與其緊密連鎖的SN位點作為首先位點[24]；另外需要考慮標(biāo)記的密度，水稻中平均每0 kb左右存在個基因，因此可按照每0 kb至少個標(biāo)記的密度篩選SN標(biāo)記。毋庸置疑，篩選合適的、有價值的SN標(biāo)記是構(gòu)建品種SN指紋的最重要環(huán)節(jié)，這需要不同領(lǐng)域?qū)W者間合作進行，目前我國已在這一方面啟動了國家級重大研究課題，相信在幾年內(nèi)SN芯片定會在我國水稻品種SN指紋構(gòu)建及分子設(shè)計育種中得以應(yīng)用。

42高密度SN指紋數(shù)據(jù)在品種培育中的應(yīng)用

傳統(tǒng)育種在親本配組和個體選擇上主要依賴育種者的經(jīng)驗進行，基本不考慮配組親本或個體的基因型信息；現(xiàn)代分子設(shè)計育種則強調(diào)根據(jù)基因型開展程序化和標(biāo)準(zhǔn)化的商業(yè)化育種，要求盡量降低育種者的選擇經(jīng)驗性[24]。品種高密度SN指紋數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，將為育種者結(jié)合基因型信息選擇配組親本及目標(biāo)個體提供依據(jù)，但育種者如何讀懂如此海量數(shù)據(jù)的SN信息并將其與育種目標(biāo)及重要基因間建立聯(lián)系，將是利用SN指紋數(shù)據(jù)開展分子設(shè)計育種中需要不斷研究的問題[37]。

43判定為不同品種的差異SSR標(biāo)記位點數(shù)

已公布的國家農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)中規(guī)定，樣本間差異位點≥2時判定為不同品種、等于時判定為相似品種、等于0時判定為相同品種。由于絕大多數(shù)品種內(nèi)均存在一定的剩余變異，即純是相對的。剩余變異的存在會導(dǎo)致同一品種在不同批次的SSR指紋檢測結(jié)果間存在個別或少數(shù)位點差異。因此，僅以被檢品種在核心SSR標(biāo)記上的指紋與數(shù)據(jù)庫中授權(quán)品種的DNA指紋達到高度相似或相同就判定兩者為同一品種是危險的[，36]。實際上，究竟以多少個差異位點數(shù)為閾值判定不同品種，是需要在實踐中以大量品種作為材料進行反復(fù)抽樣研究后統(tǒng)計確定的。在當(dāng)前情況下，對“相似”品種結(jié)合農(nóng)藝性狀進行鑒別也是十分必要的。

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品種是指人類在一定的生態(tài)條件和經(jīng)濟條件下，根據(jù)人類的需要所選育的某種作物的一定群體，它具備相對穩(wěn)定的遺傳特性，在生物學(xué)、形態(tài)學(xué)及經(jīng)濟性狀上具有相對一致性，與同一作物的其他群體在特征、特性上有所區(qū)別即特異性，在產(chǎn)量、抗性、品質(zhì)等方面都能符合相應(yīng)地區(qū)的生產(chǎn)發(fā)展需要。作物優(yōu)良品種的選育和推廣是現(xiàn)代農(nóng)業(yè)建設(shè)的重要支撐，是確保我國糧食安全的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。對植物品種進行DUS（特異性、一致性和穩(wěn)定性）測試一直是新品種保護的技術(shù)基礎(chǔ)和授權(quán)的科學(xué)依據(jù)[2-3]。DUS測試主要以田間種植鑒定為主，即根據(jù)品種間的田間表型差異判定新品種是否有別于其他品種[2-3]。由于DUS測試周期長、易受環(huán)境影響、工作量大，加上新品種數(shù)量越來越多，導(dǎo)致在實踐中無法通過DUS測試確定新品種是否有別于現(xiàn)有的所有品種，以及在違規(guī)經(jīng)營中究竟侵犯了哪個品種，此外鑒定結(jié)果也嚴(yán)重滯后，影響了執(zhí)法效率[3]。研究表明，DNA分子標(biāo)記可應(yīng)用于品種真實性鑒定、審定監(jiān)管等各個環(huán)節(jié)，其具備鑒定效率高、周期短、結(jié)果準(zhǔn)確等諸多優(yōu)點[4-8]。在水稻上，迄今尚未形成一個廣適性的品種SSR指紋檢測標(biāo)準(zhǔn)[9-]。本文對DNA指紋在水稻品種鑒定中的應(yīng)用和發(fā)展趨勢進行分析，提出構(gòu)建國家和省級兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)的建議及構(gòu)建策略，以期為不同領(lǐng)域的研究和管理人員理解DNA指紋并盡快建立標(biāo)準(zhǔn)化的應(yīng)用規(guī)程提供幫助。

[WTHZ]水稻品種鑒定中主要涉及的DNA分子標(biāo)記

SSR標(biāo)記及其多態(tài)性分析方法

SSR（simple sequence repeat）標(biāo)記即簡單序列重復(fù)，一般是由2～4個核苷酸為重復(fù)單位（基序，motif）組成的長達幾十個核苷酸的串聯(lián)重復(fù)序列，如（AT）n、（GCA）n等，其中n表示重復(fù)次數(shù)，其在同一物種不同基因型品種間的差異較大，并造成SSR長度多態(tài)性[5，]。SSR位點兩端多是保守的單拷貝序列，因此，可用兩側(cè)的保守序列開發(fā)特異CR引物，并通過CR和凝膠電泳技術(shù)，顯示SSR位點在品種/個體間的多態(tài)性。由于生物基因組中存在非常豐富的SSR位點、數(shù)量龐大，理論上分布于整個基因組的不同位置上，因而，基于SSR位點的分子標(biāo)記可用于鑒別品種的遺傳多樣性。隨著水稻基因組序列的測序完成，水稻基因組中被發(fā)現(xiàn)存在超過8 000個SSR位點，平均每25 kb就存在個SSR位點[2-3]，這為利用SSR標(biāo)記研究水稻品種間的遺傳多樣性以及品種真?zhèn)涡蕴峁┝素S富的標(biāo)記基礎(chǔ)。

SSR技術(shù)具有操作簡便、效率高、重演性強等特點，現(xiàn)已被廣泛應(yīng)用于水稻遺傳圖譜構(gòu)建、重要性狀基因定位和標(biāo)記輔助育種等眾多領(lǐng)域，也是當(dāng)前主要農(nóng)作物品種（如玉米、水稻、大豆）真?zhèn)涡澡b定中應(yīng)用最廣泛的分子標(biāo)記[，4-7]。SSR標(biāo)記的多態(tài)性檢測可采用瓊脂糖凝膠電泳、（變性或非變性）聚丙烯胺凝膠電泳和毛細管電泳熒光檢測法進行[5，7-20]，各方法的優(yōu)缺點見表。比較而言，毛細管電泳熒光標(biāo)記檢測方法的分辨率最高[9-20]，理論上可達到 bp，盡管當(dāng)前的儀器設(shè)備和試劑成本較高，但由于該方法可實現(xiàn)自動化以及實現(xiàn)不同批次樣本電泳結(jié)果間的直接比較，因此其檢測體系一旦被建立，必將替代上述其他2種電泳分析方法。毛細管電泳熒光檢測技術(shù)對CR擴增的特異性要求較高，因此，不能簡單地將常規(guī)的CR擴增條件移植至毛細管電泳熒光檢測方法中[9]。目前在玉米上已初步建立了基于毛細管電泳熒光檢測法的品種SSR指紋分析技術(shù)[7，9]，但在水稻上，迄今只有篇研究報道[20]，相關(guān)分子標(biāo)記的擴增體系和條件尚有待優(yōu)化和標(biāo)準(zhǔn)化。

2SN標(biāo)記及其多態(tài)性檢測方法

[CM（24]SN（single[KG3]nucleotide[KG2]polymorphism）是指由單核苷酸變[CM）][FL）]

[FK（W4][HT6H][Z][WTHZ]表水稻品種鑒定中主要涉及的DNA分子標(biāo)記及其多態(tài)性分析方法比較[WTBZ][HTSS][STBZ]

[H5][BG（！][BHDFG2，WK5，WK，WK9，WK35W]標(biāo)記類型標(biāo)記特點多態(tài)性檢測多態(tài)性檢測方法優(yōu)缺點

[BHDG42，WK5，WKZQ2，WK9ZQ0，WK35ZQW]SSR長度多態(tài)性，數(shù)量較大瓊脂糖凝膠電泳[2]優(yōu)點：操作簡單、成本低、重復(fù)性好、顯色方便，電泳圖譜中的背景干擾少；根據(jù)代表性品種擴增條帶可實現(xiàn)不同批次結(jié)果間的橫向比較。缺點：分辨率低，難以區(qū)分8 bp以內(nèi)的長度差異；不能給出擴增片段的長度估計值；不易實現(xiàn)自動化

[BHDW]聚丙烯酰胺凝膠電泳優(yōu)點：分辨率中等，理論上可區(qū)分3 bp以上的長度差異；根據(jù)代表性品種擴增條帶可實現(xiàn)不同批次結(jié)果間的橫向比較。缺點：操作繁瑣、效率低，顯色過程中容易存在背景干擾；不可給出擴增片段的長度估計值；不易實現(xiàn)自動化

[BH]毛細管電泳熒光標(biāo)記優(yōu)點：分辨率高，理論上可區(qū)分 bp長度差異；可實現(xiàn)自動化；結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)品種可給出擴增片段長度的估計值；可實現(xiàn)不同批次結(jié)果間的直接比較。缺點：對模板質(zhì)量、CR擴增特異性要求高；儀器及試劑成本較高

[BH]SN單核苷酸多態(tài)性，數(shù)量巨大，隨機分布芯片雜交檢測優(yōu)點：直接給出SN位點中的堿基組成，真正意義上的DNA指紋；容易獲得與重要性狀基因緊密連鎖的SN標(biāo)記，育種利用價值高；自動化和通量化程度極高。缺點：多態(tài)性檢測技術(shù)要求高，一般實驗室無法開展；試劑成本高[H][BG）F][FK）]

[FL（2K2]

異引起的DNA序列多態(tài)性，包括單堿基轉(zhuǎn)換、顛換、插入及缺失等形式[2-22]。相比于其他DNA標(biāo)記，SN標(biāo)記在任一作物群體中的數(shù)量、基因組覆蓋度和分布頻率均最高，是研究作物品種遺傳多樣性和真?zhèn)涡缘淖罾硐敕肿訕?biāo)記。在水稻基因組中，平均每 kb即存在個SN位點，暗示絕大多數(shù)基因內(nèi)均存在至少個SN位點[23-24]。長期以來，對單核苷酸多態(tài)性缺乏高效檢測技術(shù)一直是限制SN標(biāo)記應(yīng)用的最主要原因。近年來，隨著DNA微陣列和芯片雜交技術(shù)的快速發(fā)展，SN標(biāo)記在作物種質(zhì)資源遺傳多樣性研究中的應(yīng)用已成為現(xiàn)實[23-26]。

基于芯片雜交技術(shù)的SN檢測方法最顯著優(yōu)勢是可確定樣本在各SN位點中的具體堿基組成[23]，因而是真正意義上的DNA指紋，這是上述基于SSR標(biāo)記多態(tài)性分析中無法做到的。另外，張SN芯片上可點陣幾萬甚至幾十萬個標(biāo)記探針，且同時可對96個或384個樣品進行SN分析，因此是真正意義上的高通量、高效率的品種DNA指紋檢測技術(shù)。例如，對于張含有2 000個SN位點的96孔板芯片，次雜交試驗可得出96個樣品中的每個樣品在2 000個SN位點中的基因型，檢測效率極高。在SSR標(biāo)記毛細管電泳熒光檢測法中，以最新的高通量SSR分析系統(tǒng)（Advanced Analytical公司的Fragment Analyzer系統(tǒng)）為例，該系統(tǒng)一次性可完成0個標(biāo)記在96個樣本（0×96孔板）或個標(biāo)記在960個樣本上的基因型分析，如果需要完成96個樣本在2 000個SSR位點中的基因型分析，則需要至少200次獨立反應(yīng)，耗時長。如果需要增加標(biāo)記個數(shù)，毛細管電泳熒光標(biāo)記檢測的工作量會相應(yīng)增加，相反，對于SN芯片，其攜帶的標(biāo)記數(shù)不管多少，均是一次性完成，不需增加額外工作量。SN芯片雜交方法的主要缺點是檢測成本高，且需要在專業(yè)化的芯片服務(wù)公司中進行，一般實驗室無法開展。

利用SN標(biāo)記構(gòu)建品種DNA指紋的最關(guān)鍵問題是選擇合適的SN位點，這需要行業(yè)內(nèi)的科學(xué)家協(xié)作研究，待位點確定后即可在專業(yè)化芯片公司中制備和規(guī)?；a(chǎn)SN芯片以及開展后續(xù)的應(yīng)用分析工作[23，27]。在水稻上，美國康奈爾大學(xué)McCouch實驗室率先在Affymetrix公司定制了含有44萬個SN標(biāo)記的SN芯片，并利用其評價了國際水稻微核心種質(zhì)庫中的44份種質(zhì)的遺傳多樣性[23]。此外，國內(nèi)研究者還通過測序技術(shù)，對幾千份國內(nèi)外水稻品種的基因組序列進行了重測序[28]，這為鑒定出更多有用的SN位點提供了豐富的序列基礎(chǔ)。這些研究表明，通過SN芯片構(gòu)建水稻品種DNA指紋是切實可行的。

[WTHZ]2DNA指紋在水稻品種鑒定中的應(yīng)用現(xiàn)狀

在水稻品種DNA指紋圖譜研究中，莊杰云等[9]通過58個候選SSR標(biāo)記和63個代表性水稻品種為材料，確定了用于鑒定我國主栽水稻品種的24對核心SSR標(biāo)記，并率先制定了“水稻品種鑒定DNA指紋方法”國家農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)（NY/T 433—2007）（以下簡稱舊標(biāo)準(zhǔn)）[29-30]，這是迄今水稻品種DNA指紋研究中最具代表性的一項工作。除此之外，不少學(xué)者還分別對不同地區(qū)、不同類型的水稻品種或重要育種材料進行了DNA指紋分析。如，肖小余等[0]以四川省主要雜交稻親本為研究對象，從208對SSR引物中篩選出了8對多態(tài)性高的SSR標(biāo)記，并以此構(gòu)建了四川省26個主要雜交稻親本材料的SSR指紋圖譜。程本義等[3]、陳英華等[32]、楊旭等[33]分別構(gòu)建了浙江省、東北地區(qū)和云貴地區(qū)的相關(guān)水稻品種（系）的SSR指紋。顏靜宛等[34]和田大剛等[34-35]先后開發(fā)并驗證了用于鑒別我國雜交稻品種及其主要親本材料的24對核心SSR標(biāo)記，并認為可將此24對標(biāo)記與莊杰云等[9]制定的農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)中的24對標(biāo)記結(jié)合使用，以增加品種鑒定的準(zhǔn)確性。目前，農(nóng)業(yè)部網(wǎng)站上已顯示有一套新的“水稻品種鑒定SSR標(biāo)記法”正待審批[30]，該標(biāo)準(zhǔn)將替代2007年制定的舊標(biāo)準(zhǔn)。相對于舊標(biāo)準(zhǔn)，新標(biāo)準(zhǔn)中的標(biāo)記數(shù)目增加倍，這無疑將大大提高新標(biāo)準(zhǔn)的鑒別力，但究竟是否適用于全國各地的不同水稻品種鑒定仍有待實踐檢驗。作者在利用新標(biāo)準(zhǔn)中的48對SSR標(biāo)記鑒別江蘇近5年審定的粳稻品種時，發(fā)現(xiàn)其中有26個標(biāo)記在供試品種間沒有多態(tài)性，且有2個品種無法采用48對標(biāo)記進行鑒別，這表明新標(biāo)準(zhǔn)在鑒別局部地區(qū)品種上仍有待發(fā)展。

總體而言，在水稻品種DNA指紋鑒別上，至今未能形成一個廣適性的標(biāo)準(zhǔn)。究其原因，可能有以下2個方面：一是研究中選用的樣本數(shù)少、來源地窄，導(dǎo)致獲得的核心SSR標(biāo)記的代表性不足，往往只能用于當(dāng)?shù)仄贩N鑒別，一旦擴大到其他區(qū)域或增加品種數(shù)量時，便出現(xiàn)核心SSR標(biāo)記并不核心的現(xiàn)象；二是我國絕大多數(shù)水稻品種間的遺傳基礎(chǔ)窄，尤其是不同省內(nèi)審定的適用于特定生態(tài)區(qū)內(nèi)種植的品種[6]，遺傳多樣性更低，這導(dǎo)致基于不同生態(tài)區(qū)間的品種研發(fā)的多態(tài)性SSR標(biāo)記在一些省內(nèi)審定品種間沒有多態(tài)性。

鑒于此，作者認為以SSR標(biāo)記建立水稻品種DNA指紋檢測的國家標(biāo)準(zhǔn)值得商榷，因為核心SSR標(biāo)記庫是個動態(tài)擴充庫，而不是一成不變的，即會隨著樣本量的不斷增加而需要不斷更換或增加新標(biāo)記。如果以此標(biāo)記建立國家標(biāo)準(zhǔn)，可能會因為不同地區(qū)需要增加或更換標(biāo)記，而經(jīng)常性地反復(fù)修訂國家標(biāo)準(zhǔn)。相反，如果利用SSR標(biāo)記建立地方（或省級）標(biāo)準(zhǔn)，則不會因為某個地方標(biāo)準(zhǔn)的修訂而影響到其他地方標(biāo)準(zhǔn)的使用，影響面小。

3建立國家和省級兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)的必要性和策略

3建立“水稻品種高密度SN標(biāo)記指紋”國家標(biāo)準(zhǔn)的必要性和策略

水稻育種的核心競爭力在于優(yōu)異育種中間材料的創(chuàng)新上，我國水稻育種在過去幾十年的發(fā)展中，先后培育出了大量原創(chuàng)性優(yōu)異育種材料，為我國水稻不斷增產(chǎn)豐收作出了巨大貢獻[36]。近年來，一些國際種業(yè)巨頭不斷增加在我國開展水稻育種的科研投入，同時，國內(nèi)一些種業(yè)企業(yè)也主動參與到國外水稻育種中，造成我國水稻育種材料的流失。因此，從參與國際紛爭中可能存在的知識產(chǎn)權(quán)保護考慮，我國需要建立一個“水稻品種鑒定DNA指紋”國家標(biāo)準(zhǔn)[，36]。

作為國家標(biāo)準(zhǔn)，必須保證所有品種或重要育種材料的DNA指紋具有“永久唯一性”特征，即不能隨著新品種或樣本量的增加而出現(xiàn)同一品種不同指紋或不同品種相同指紋的現(xiàn)象。解決此問題的唯一策略是，采用足夠多的分子標(biāo)記構(gòu)建品種DNA指紋，而不是以少數(shù)核心分子標(biāo)記（如核心SSR標(biāo)記）進行。當(dāng)標(biāo)記數(shù)量足夠大時，采用SN標(biāo)記是唯一可行的辦法，因此，可利用SN標(biāo)記建立“水稻品種高密度SN標(biāo)記指紋”國家標(biāo)準(zhǔn)，并將其應(yīng)用于解決國際間品種知識產(chǎn)權(quán)紛爭中以及分子設(shè)計育種過程中。

構(gòu)建水稻品種高密度的SN指紋數(shù)據(jù)庫具有以下3個優(yōu)點：（）構(gòu)建的各品種DNA指紋可做到“永久唯一性”，在品種權(quán)保護和權(quán)益紛爭時可為育種者提供重要的裁定證據(jù)[，36]；（2）隨著標(biāo)記密度的增高，可將標(biāo)記與特定基因建立有機聯(lián)系，有利于育種工作者結(jié)合SN指紋開展分子設(shè)計育種，如設(shè)計配組方式、制定選擇目標(biāo)[2，24]；（3）有利于從國家層面上及時了解不同時期或不同地區(qū)內(nèi)育成品種間的遺傳多樣性，為國家適時制定育種策略以豐富品種多樣性、提高品種抗風(fēng)險能力提供參考[2，24]。

32建立“水稻品種核心SSR標(biāo)記指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)的必要性和策略

盡管構(gòu)建全國統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)的品種高密度SN指紋十分必要，但由于其成本高、一般實驗室無法完成檢測分析工作，使得SN指紋檢測技術(shù)不適宜在品種參試、審定和市場監(jiān)管等常規(guī)環(huán)節(jié)中使用。相反，這些環(huán)節(jié)的有效管理是從源頭上控制我國品種審定及種業(yè)市場中的各種違規(guī)違法現(xiàn)象的重要措施。因此，為了常規(guī)的監(jiān)督管理，需要建立一個高效、簡便、低成本的水稻品種鑒定DNA指紋檢測標(biāo)準(zhǔn)。

相比于SN標(biāo)記，SSR標(biāo)記的檢測工作可在一般實驗室獨立完成、操作簡便，可用于快速鑒定水稻品種（系）的真?zhèn)涡訹5，9，5]。然而，正如前文所述，對于種植地域性較強的水稻，不適宜構(gòu)建全國統(tǒng)一的SSR指紋檢測標(biāo)準(zhǔn)。但是，可開發(fā)適用于地方品種特異性鑒別的核心SSR標(biāo)記，以建立“水稻品種鑒定SSR指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)，并將其應(yīng)用于地方品種參試、種子生產(chǎn)銷售中的各種違規(guī)違法現(xiàn)象的監(jiān)管中。

33國家和地方兩級DNA指紋標(biāo)準(zhǔn)的應(yīng)用策略

由于國家和地方兩級標(biāo)準(zhǔn)間的應(yīng)用側(cè)重點不同，筆者根據(jù)各自的特點，提出在品種培育、品種審定、品種權(quán)保護和市場監(jiān)管環(huán)節(jié)中差別化應(yīng)用DNA指紋兩級標(biāo)準(zhǔn)的策略（圖），為規(guī)范化兩級標(biāo)準(zhǔn)在實踐中的應(yīng)用提供參考。

[FK（W7][TZSMtif][FK）]

品種培育是種業(yè)發(fā)展壯大的根本[36]。建議制定國家規(guī)程，要求經(jīng)過各級政府審定或認定的水稻新品種（系）均要在指定機構(gòu)、采用國家統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，構(gòu)建相應(yīng)品種（系）的高密度SN指紋，并將品種SN指紋設(shè)為獲得新品種權(quán)的重要條件。對于培育的重要育種中間材料，育種者可根據(jù)自行需要申請構(gòu)建其SN指紋，以防相應(yīng)材料的外流或被盜。建立所有審定品種或重要育種中間材料的高密度SN指紋數(shù)據(jù)庫，有利于為育種工作者提供重要育種材料的遺傳信息（如控制病蟲害抗性、高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)等性狀的基因位置及供體親本），并根據(jù)這些信息選擇配組親本，開展分子設(shè)計育種，提高選擇效率[2，24]，實現(xiàn)品種DNA指紋與育種工作間的有機聯(lián)系。

品種審定由國家或省級種子管理部門負責(zé)，其中的關(guān)鍵是遏制品系參試過程中的違規(guī)現(xiàn)象。建議各省級種子管理部門均需制定適用于相應(yīng)省的“水稻品種鑒定——SSR指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)，并將其應(yīng)用于相應(yīng)省內(nèi)區(qū)試品系真?zhèn)涡缘目焖勹b定[5，9，5]。對于通過審定的品種，按國家和地方兩級標(biāo)準(zhǔn)分別構(gòu)建其DNA指紋，其中國家的SN指紋主要用于品種培育及在侵權(quán)違法事件中地方標(biāo)準(zhǔn)不能解決的情況下和國際性知識產(chǎn)權(quán)紛爭中使用，地方的SSR指紋主要在種子監(jiān)管及常規(guī)的侵權(quán)違規(guī)違法事件中使用。

品種權(quán)保護可采用國家標(biāo)準(zhǔn)中的SN指紋和地方標(biāo)準(zhǔn)中的SSR指紋同時進行，以確保品種在國內(nèi)外種子市場及育種利用等不同環(huán)節(jié)中得到合法保護[，36]。

市場監(jiān)管主要是保證種子市場中的種子純度和真實性。當(dāng)前種子市場中普遍存在套牌侵權(quán)、以次充好、銷售假劣種子等違規(guī)違法現(xiàn)象[，36]。建議將“水稻品種鑒定SSR指紋”地方標(biāo)準(zhǔn)全程應(yīng)用于種子市場監(jiān)管的各個環(huán)節(jié)中，以快速鑒定種子純度和真?zhèn)涡?，打擊種子市場中相關(guān)違規(guī)違法現(xiàn)象，確保健康、公平公正的種業(yè)市場環(huán)境[36]。

[WTHZ]4水稻品種DNA指紋構(gòu)建及應(yīng)用中仍需研究的問題

4高密度SN芯片定制中的SN位點篩選

構(gòu)建品種高密度SN指紋的最重要價值是將其應(yīng)用于品種培育環(huán)節(jié)中，要達到此目的的關(guān)鍵是，建立SN標(biāo)記與重要性狀基因間的關(guān)聯(lián)[24-27]。這要求在定制SN芯片時，盡可能多地將位于重要性狀（抗性、高產(chǎn)、品質(zhì)等）基因內(nèi)或與其緊密連鎖的SN位點作為首先位點[24]；另外需要考慮標(biāo)記的密度，水稻中平均每0 kb左右存在個基因，因此可按照每0 kb至少個標(biāo)記的密度篩選SN標(biāo)記。毋庸置疑，篩選合適的、有價值的SN標(biāo)記是構(gòu)建品種SN指紋的最重要環(huán)節(jié)，這需要不同領(lǐng)域?qū)W者間合作進行，目前我國已在這一方面啟動了國家級重大研究課題，相信在幾年內(nèi)SN芯片定會在我國水稻品種SN指紋構(gòu)建及分子設(shè)計育種中得以應(yīng)用。

42高密度SN指紋數(shù)據(jù)在品種培育中的應(yīng)用

傳統(tǒng)育種在親本配組和個體選擇上主要依賴育種者的經(jīng)驗進行，基本不考慮配組親本或個體的基因型信息；現(xiàn)代分子設(shè)計育種則強調(diào)根據(jù)基因型開展程序化和標(biāo)準(zhǔn)化的商業(yè)化育種，要求盡量降低育種者的選擇經(jīng)驗性[24]。品種高密度SN指紋數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，將為育種者結(jié)合基因型信息選擇配組親本及目標(biāo)個體提供依據(jù)，但育種者如何讀懂如此海量數(shù)據(jù)的SN信息并將其與育種目標(biāo)及重要基因間建立聯(lián)系，將是利用SN指紋數(shù)據(jù)開展分子設(shè)計育種中需要不斷研究的問題[37]。

43判定為不同品種的差異SSR標(biāo)記位點數(shù)

已公布的國家農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)中規(guī)定，樣本間差異位點≥2時判定為不同品種、等于時判定為相似品種、等于0時判定為相同品種。由于絕大多數(shù)品種內(nèi)均存在一定的剩余變異，即純是相對的。剩余變異的存在會導(dǎo)致同一品種在不同批次的SSR指紋檢測結(jié)果間存在個別或少數(shù)位點差異。因此，僅以被檢品種在核心SSR標(biāo)記上的指紋與數(shù)據(jù)庫中授權(quán)品種的DNA指紋達到高度相似或相同就判定兩者為同一品種是危險的[，36]。實際上，究竟以多少個差異位點數(shù)為閾值判定不同品種，是需要在實踐中以大量品種作為材料進行反復(fù)抽樣研究后統(tǒng)計確定的。在當(dāng)前情況下，對“相似”品種結(jié)合農(nóng)藝性狀進行鑒別也是十分必要的。

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