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      啟動子工程改造大腸桿菌K4生產(chǎn)果糖軟骨素

      2014-05-04 08:05:26吳秋林楊愛華劉立明
      生物加工過程 2014年3期
      關(guān)鍵詞:軟骨素基因簇同源

      吳秋林,劉 佳,楊愛華,劉立明

      (1.江南大學(xué) 食品科學(xué)與技術(shù)國家重點實驗室,無錫 214122;2.江南大學(xué) 工業(yè)生物技術(shù)教育部重點實驗室,無錫 214122;3.江南大學(xué) 食品微生物制造工程實驗室,無錫 214122)

      硫酸軟骨素(chondroitin sulfate,CS)作為糖胺聚糖類大分子酸性多糖,廣泛存在于人體組織中,被譽(yù)為人體“軟黃金”[1]。因其具有多種生理活性而作為膳食補(bǔ)充劑和保濕劑,被廣泛應(yīng)用于食品和化妝品領(lǐng)域[2-3]。硫酸軟骨素二糖單體結(jié)構(gòu)為4-GlcA-β-1,3-GalNAc-β-1(GlcA:葡 萄 糖 醛 酸,GalNAc:乙酰半乳糖胺),根據(jù)硫酸化發(fā)生位點的不同可分為 O、A、B、C、D、E 和 F 等類型,其中,動物來源的硫酸軟骨素多為CS-A和CS-C[4]。目前,硫酸軟骨素主要來源于動物提?。?]、酶法合成[6]和微生物發(fā)酵,但由于動物提取法存在生產(chǎn)周期長而酶法合成原料成本高等缺點,限制了其進(jìn)一步應(yīng)用。因此,微生物發(fā)酵法已成為最具經(jīng)濟(jì)效益和開發(fā)潛力的生產(chǎn)工藝[7]。據(jù)研究,硫酸軟骨素能以莢膜多糖的形式存在于巴斯德桿菌(Pasteurella multocida)、大腸桿菌(Escherichia coli)和枯草芽胞桿菌(Bacillus subtilis)等 微 生 物 的 細(xì) 胞 壁 中[8-10]。 雖 然,P.multocida能合成軟骨素類莢膜多糖,但是其為家禽霍亂致病菌。近年來,研究重點轉(zhuǎn)向利用來源于P.type F的軟骨素合成酶pmCS進(jìn)行酶法轉(zhuǎn)化生產(chǎn)軟骨素多糖鏈,但由于高昂的單糖供體成本,目前尚無量產(chǎn)報道[9,11-12]。美國 Amano Enzyme 公司篩選獲得1株可直接生產(chǎn)硫酸軟骨素的納豆枯草芽胞桿菌(B.subtilis natto),但其產(chǎn)量僅為 0.24 g/L[10]。大腸桿菌K4(E.coli K4)能合成軟骨素類似物作為其莢膜多糖(capsular polysaccharide,K4CPS),即果糖軟骨素(4-β-GlcA(Fru)-1,3-β-D-N-GalNAc-1)[8],經(jīng)脫果糖和硫酸化修飾等步驟可獲得硫酸軟骨素[13]。此外,大腸桿菌具有遺傳背景清楚、莢膜多糖合成與轉(zhuǎn)運機(jī)制清晰等優(yōu)點而成為研究硫酸軟骨素發(fā)酵的主要菌株。Schiraldi等[14]采用微膜生物反應(yīng)器高密度培養(yǎng)大腸桿菌K4,可使K4CPS產(chǎn)量高達(dá)4.73 g/L,但比細(xì)胞得率僅為0.13 g/g(以1 g干細(xì)胞質(zhì)量中含K4CPS量計)。

      目前,根據(jù)遺傳學(xué)特征、生物合成方式及其分子結(jié)構(gòu)等特性,可將大腸桿菌莢膜多糖分為4大類,即 group 1 ~group 4[15]。大腸桿菌 K4 屬于 group 2,其K4CPS合成基因簇包括 region 1、region 2和region 3 3 部分(圖1)[16]。其中 region 1 和 region 3主要參與新合成多糖鏈的修飾、轉(zhuǎn)運與定位[17],而region 2包括kfoA~G等7個基因和1個插入序列IS2,主要編碼多糖及其前體合成相關(guān)的酶[18]。此外,group 2莢膜多糖合成基因簇的轉(zhuǎn)錄由2個σ70啟動子所調(diào)控,分別是位于region 1上游224 bp的PR1和region 3上游741 bp的PR3。PR1轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生1條約8 kb的多順反子,隨后再轉(zhuǎn)錄出1條約1.3 kb的kpsS轉(zhuǎn)錄子[19]。而 PR3的轉(zhuǎn)錄可從region 3延伸至region 2,此過程需要RfaH蛋白與PR3啟動子3'端非翻譯區(qū)(untranslated region,UTR)713 bp處ops序列的結(jié)合,在轉(zhuǎn)錄過程中與RNA聚合酶復(fù)合物相互作用,調(diào)節(jié)region 2轉(zhuǎn)錄的正常進(jìn)行。ops序列的缺失或rfaH基因的突變均可減弱莢膜多糖的合成[20]。同時,UTR具有減弱PR3活性的作用,整個741 bp UTR片段的缺失可顯著提高PR3的轉(zhuǎn)錄活性[21]。因此,為了進(jìn)一步提高K4CPS產(chǎn)量,筆者通過Red同源重組技術(shù)對UTR進(jìn)行敲除,以增強(qiáng)PR3啟動子的活性,從而促進(jìn)K4CPS的合成。

      圖1 大腸桿菌K4莢膜多糖合成基因簇的轉(zhuǎn)錄[21]Fig.1 Transcription of E.coli K4 CPS gene cluster[21]

      1 材料與方法

      1.1 菌株和質(zhì)粒

      大腸桿菌K4(E.coli O5:K4:H4)購買于美國典型培養(yǎng)物收藏中心(ATCC),保藏編號為ATCC 23502;大腸桿菌JM109為筆者所在實驗室保藏;質(zhì)粒pKD46(含有受ParaB啟動子調(diào)控的exo、bet和gam基因)、pKD4(含有卡那霉素抗性)、pCP20(含有翻轉(zhuǎn)酶重組酶基因)均由美國Purdue大學(xué)B.L.Wanner惠贈;克隆質(zhì)粒pMD18-T購買于Takara公司。

      1.2 培養(yǎng)基和培養(yǎng)條件

      Red同源重組過程和種子培養(yǎng)基均用LB培養(yǎng)基。根據(jù)菌株和所用質(zhì)粒的抗性在培養(yǎng)基中添加抗生素,氨芐青霉素50 ~100 mg/L,卡那霉素25~50 mg/L。搖瓶發(fā)酵培養(yǎng)基(g/L):甘油20,大豆蛋白胨 1,KH2PO42,K2HPO49.7,(NH4)2SO43,檸檬酸三鈉0.5,MgCl20.1。培養(yǎng)條件為37℃、200 r/min培養(yǎng)24 h。

      1.3 Red 同源重組[22]

      1.3.1 同源重組引物設(shè)計與敲除框的構(gòu)建

      利用軟件Primer Premier 5設(shè)計同源重組引物,其設(shè)計位點如圖2。擴(kuò)增pKD4卡那霉素抗性基因kan的引物P3(5'-ATGATGTGATCCTAATCTCTTCAGGTATGCTACCGCCCCTGGCTTAACTGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG-3')、P4(5'-TGTATTTTGTGTAGTCTGGAAATTAGTAAAATTCCTGGAGATAATCAGAAATGGGAATTAGCCATGGTCC-3')和P8(5'-ACTTTCTGGACTTCAAATCCACTTCTTGCCATTTGATGATGTGATCCTAGTGTAGGCTGGAGCTGCTTCG-3')分別由2部分組成,靠近5'端的序列與PR3待敲除序列兩翼序列同源,靠近3'端斜體加粗的序列與kan基因兩側(cè)序列互補(bǔ)。在PR3啟動子UTR兩側(cè),設(shè)計引物P1(5'-ATCAGCGTCTCAAGCAGTG-3')、P2(5'-AGGAACTTCGAAGCAGCTCCAGCCTACACAGTTAAGCCAGGGGCGGTA-3')、P7(5'-ATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGAAGCAGCTCCAGCCTACACTAGGATCACATCATCAAATGGCAAG-3')用于擴(kuò)增敲除框的右翼,P2和P7靠近5'端的序列與kan基因序列同源,靠近3'端斜體加粗序列與UTR+698 bp和+724 bp互補(bǔ)。P5(5'-ATATTCATATGGACCATGGCTAATTCCCATTTCTGATTATCTCCAGGAAT-3')和P6(5'-CTTAGCCCAATGGTGAGT-3')用于擴(kuò)增敲除框的左翼,P5靠近5'端的序列與kan基因序列同源,靠近3'端斜體加粗序列與UTR+36 bp互補(bǔ)。所用引物由上海生工生物工程公司合成。

      以大腸桿菌K4基因組和pKD4為模板,利用上述引物可擴(kuò)增得到敲除框的左翼片段、右翼片段和kan基因片段。將此3種片段以等摩爾濃度混勻后作為模板,以P1和P6為引物進(jìn)行融合PCR,最終得到帶有300~400 bp同源臂的敲除框。

      1.3.2 感受態(tài)的制備

      圖2 同源重組引物設(shè)計位點Fig.2 Localsites of primers used for Red recombination

      將培養(yǎng)12 h含有 pKD46的大腸桿菌 K4,以1%(體積分?jǐn)?shù))的接種量轉(zhuǎn)接至50 mL LB培養(yǎng)基中,30℃培養(yǎng)1 h后加入0.5 mL 1 mol/L的L-阿拉伯糖,培養(yǎng)至OD600為0.5~0.6。將50 mL培養(yǎng)液冰浴30 min后,4℃、8 000 r/min離心3 min。收集菌體,用預(yù)冷無菌水洗滌菌體1次,用預(yù)冷10%(體積分?jǐn)?shù))甘油洗滌菌體2次,最后加入200 μL預(yù)冷10%甘油重懸菌體制備成感受態(tài)細(xì)胞。

      1.3.3 電擊轉(zhuǎn)化與篩選

      取100~200 ng敲除框DNA與50 μL感受態(tài)細(xì)胞混勻,冰浴10 min。用 Bio-Rad公司 MicroPulser電穿孔儀進(jìn)行電擊轉(zhuǎn)化,0.1 cm電擊杯,轉(zhuǎn)化參數(shù)為1.8 kV、5 ms、25 F、200 Ω。電擊后加入 1 mL LB培養(yǎng)基,37℃預(yù)培養(yǎng)1 h,涂布于含有卡那霉素的LB平板。37℃倒置培養(yǎng)12~16 h,篩選陽性轉(zhuǎn)化子。轉(zhuǎn)化子在43℃培養(yǎng)12 h篩選氨芐青霉素缺失菌株。然后,按照1.3.2的方法制備感受態(tài)(不加L-阿拉伯糖),電擊轉(zhuǎn)化質(zhì)粒pCP20。轉(zhuǎn)化液涂布于含有氨芐青霉素的LB平板,37℃培養(yǎng)12 h,篩選陽性轉(zhuǎn)化子。轉(zhuǎn)化子再轉(zhuǎn)入43℃培養(yǎng)12 h篩選氨芐青霉素和卡那霉素同時缺失的突變株。

      1.4 熒光定量PCR

      發(fā)酵培養(yǎng)突變株和原菌至對數(shù)生長末期,取約109個細(xì)胞,按照細(xì)菌總RNA提取試劑盒(天根)提取總RNA,并設(shè)3個重復(fù)。經(jīng)非變性凝膠電泳檢測后通過反轉(zhuǎn)錄試劑盒(Bio-Rad公司)得到cDNA。以cca和idnT基因作為雙內(nèi)參基因,對kpsE、kfoC和kpsM基因的表達(dá)水平進(jìn)行相對定量,所用擴(kuò)增引物由Beacon Designer 7設(shè)計(表1)。熒光定量PCR反應(yīng)體系為20 μL(3 個平行):無菌水6 μL、cDNA 2 μL、引物各 1 μL、SYBR Green supermix(Bio-Rad 公司)10 μL。PCR反應(yīng)程序:95℃預(yù)變性30 s;95℃變性5 s,50℃退火10 s,40個循環(huán);融解曲線:65℃到95℃,每上升0.5℃保持10 s。反應(yīng)結(jié)果利用Bio-Rad CFX Maneger軟件采用 2-ΔΔCt法進(jìn)行分析。

      表1 熒光定量PCR所用引物Table 1 Primers used for quantitative real time PCR

      1.5 分析方法

      1.5.1 K4CPS含量的測定

      發(fā)酵液8 000 r/min離心3 min收集上清液,取少量上清液經(jīng)蒸發(fā)濃縮后,加入1 mL無水乙醇洗去雜質(zhì)。離心所得沉淀加入適量去離子水重懸,用于K4CPS含量的測定。K4CPS含量用咔唑法測定[25]:取5 mL濃H2SO4(含有9.5 g/L四硼酸鈉)與1 mL樣品混勻,煮沸10 min;迅速冷卻至室溫,加入200 μL咔唑溶液(0.125 g咔唑溶于乙醇中)振蕩混勻后煮沸15 min,迅速冷卻至室溫。在530 nm處測定吸光值。以硫酸軟骨素A(Sigma公司)為標(biāo)準(zhǔn)品,質(zhì)量濃度梯度為25~125 mg/L,最終所得K4CPS含量(mg/L)=標(biāo)準(zhǔn)曲線得到濃度×稀釋倍數(shù)×1.12。

      1.5.2 甘油濃度的測定

      采用高效液相色譜儀UltiMate 3000(Dionex公司)檢測上清液中甘油的含量,條件:分離柱Aminex HPX-87H column(Bio-Rad公司),柱溫35℃,進(jìn)樣量 20 μL,流動相為體積分?jǐn)?shù) 0.027 5%H2SO4溶液,流動相流速 0.6 mL/min,示差折光檢測器(RID)。

      1.5.3 細(xì)胞干質(zhì)量的測定

      將發(fā)酵液稀釋至適當(dāng)倍數(shù),在600 nm處測定其吸光值,細(xì)胞干質(zhì)量(DCW)=吸光值×稀釋倍數(shù) ×0.412。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 大腸桿菌K4 PR3啟動子的克隆和序列同源性分析

      以大腸桿菌K4基因組為模板,以P1和P6為引物PCR擴(kuò)增得到1條約1.4 kb的片段。純化后連接至pMD18-T載體,轉(zhuǎn)化E.coli JM109感受態(tài)細(xì)胞,涂布于含有氨芐青霉素的LB平板上,篩選得到帶有PR3啟動子的重組子。重組質(zhì)粒pMD18-PR3經(jīng)測序分析,插入片段長度為1 403 bp,包括PR3啟動子及其3'端的741 bp UTR和kpsM基因的5'端。通過Blast比對分析發(fā)現(xiàn):大腸桿菌 K4與K5的PR3啟動子的同源性為96.54%,轉(zhuǎn)錄起始位點由A變?yōu)镚。

      2.2 PR3啟動子3'端UTR缺失突變株的構(gòu)建與驗證

      以P3、P4(或 P8)為引物,pKD4為模板,擴(kuò)增kan基因,PCR產(chǎn)物約1.5 kb;以P1、P2(或P7)為引物,大腸桿菌K4基因組DNA為模板,擴(kuò)增UTR左側(cè)序列,約 400 bp;以 P5、P6為引物,K4基因組DNA為模板,擴(kuò)增UTR右側(cè)序列,約300 bp。三段PCR產(chǎn)物經(jīng)過融合PCR分別得到2條約2.2 kb的敲除框。按照1.3 Red同源重組技術(shù)對UTR區(qū)進(jìn)行缺失突變,得到4株UTR區(qū)加長或縮短的突變菌株。敲除流程如圖3(a)所示。由圖3可知:由2條敲除框經(jīng)過第一次同源重組將kan基因整合到UTR區(qū)分別得到突變株P(guān)R301::kan和PR303::kan。隨后在翻轉(zhuǎn)酶的作用下,kan基因兩側(cè)的FRT位點發(fā)現(xiàn)第二次同源重組,kan基因丟失得到突變株P(guān)R301和PR303。表2為上述突變菌株的特性,其中菌株P(guān)R301::kan(PR301)在保留ops序列的同時延長(縮短)UTR序列;而PR303::kan(PR303)則是缺失ops序列的同時延長(縮短)UTR序列。引物P1和P6進(jìn)行擴(kuò)增,根據(jù)重組前后序列長度的變化進(jìn)行驗證(圖3b),并將PCR產(chǎn)物送至華大基因測序,結(jié)果與預(yù)期相符。

      表2 突變株特性Table 2 Characteristics of mutants

      圖3 UTR缺失突變株的構(gòu)建及PCR鑒定Fig.3 Construction of mutants with UTR deletion and PCR analysis

      2.3 UTR缺失突變對K4CPS合成的影響

      為研究UTR缺失突變后對K4CPS生產(chǎn)的影響,將原菌E.coli K4與UTR突變株進(jìn)行搖瓶發(fā)酵培養(yǎng)24 h,檢測其細(xì)胞生長、甘油利用和K4CPS合成的情況,結(jié)果如表3所示。由表3可知:與原菌相比,4株突變株的生物量和甘油利用率變化并不顯著。其中,突變株 PR301::kan和 PR301的K4CPS產(chǎn)量與E.coli K4也無明顯的變化,這一結(jié)果表明,在ops序列存在的情況下,UTR序列的延長或縮短并不能影響K4CPS產(chǎn)量。然而,對于菌株P(guān)R303::kan,在ops序列缺失和延長UTR序列的雙重調(diào)控下,可導(dǎo)致K4CPS產(chǎn)量的降低,比原菌下降了16%;反之,在ops序列缺失的基礎(chǔ)上,縮短UTR序列至166 bp可顯著提高菌株P(guān)R303生產(chǎn)K4CPS的能力,使其產(chǎn)量達(dá)751 mg/L,而比細(xì)胞得率高達(dá)0.214 g(以1 g干細(xì)胞質(zhì)量中含K4CPS量計),比原菌分別提高了46% 和51%。上述結(jié)果表明:缺失 ops序列且縮短UTR能有效地提高K4CPS產(chǎn)量;ops序列或RfaH蛋白并不是K4CPS合成的必需蛋白。

      表3 突變株與原菌的K4CPS產(chǎn)量對比Table 3 K4CPS production in mutants and E.coli K4

      2.4 UTR缺失突變對PR3啟動子強(qiáng)度的影響

      為了解析UTR突變?nèi)绾斡绊慘4CPS合成,選取K4CPS合成基因簇中region 1、region 2和region 3的代表性基因kpsE、kfoC和kpsM,以cca和idnT基因為雙內(nèi)參基因,通過熒光定量PCR對kpsM、kfoC、kpsE基因的表達(dá)水平進(jìn)行相對定量,結(jié)果見圖4。由圖4可知:與原菌相比,在突變菌株P(guān)R301::kan和PR301中,3個基因的表達(dá)水平均無顯著變化,而在PR303::kan中,kpsM和kfoC基因的表達(dá)水平則分別下降為原菌的58% 和68%;但在PR303中kpsM和kfoC基因的表達(dá)水平則分別提高了1.04和1.16倍。此外,4株突變菌的kpsE基因表達(dá)水平均無顯著變化,說明UTR的突變對region 1基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)沒有明顯的影響。因此,從基因轉(zhuǎn)錄水平上研究表明,在ops序列存在的情況下,UTR序列的延長或縮短都難以影響PR3啟動子的強(qiáng)度,而ops序列缺失后,UTR區(qū)的延長能減弱PR3啟動子的強(qiáng)度,UTR區(qū)的縮短則能有效地加強(qiáng)PR3啟動子的強(qiáng)度。上述結(jié)果表明,RfaH蛋白的與ops序列的結(jié)合會影響UTR區(qū)對PR3啟動子的調(diào)控作用,但其具體的作用機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

      圖4 莢膜多糖合成基因簇基因表達(dá)水平分析比較結(jié)果Fig.4 Analysis of expression levels of genes in capsule gene cluster

      3 討論

      目前,國內(nèi)外研究人員已從多方面對發(fā)酵法生產(chǎn)硫酸軟骨素開展了卓有成效的研究工作。然而,由于微生物自身代謝的經(jīng)濟(jì)型生存本能和工業(yè)生產(chǎn)環(huán)境與自然環(huán)境的巨大差異,使硫酸軟骨素的產(chǎn)量、產(chǎn)率和生產(chǎn)強(qiáng)度均難以達(dá)到工業(yè)化生產(chǎn)的要求。因此,利用基因工程手段獲得硫酸軟骨素高產(chǎn)菌株已成為硫酸軟骨素研究領(lǐng)域的熱點和重點[7],如過量表達(dá)K4CPS合成途徑中的軟骨素酶合成基因可有效提高 K4CPS產(chǎn)量[26]。此外,過量表達(dá)UDP-葡萄糖脫氫酶能夠使莢膜多糖合成前體UDPGlcA的產(chǎn)量提高3倍,但意外的是,K4CPS的產(chǎn)量并沒有提高,反而顯著地降低了3倍[27]。其原因可能是硫酸軟骨素等莢膜多糖的合成涉及單糖合成、核糖供應(yīng)、酶動力學(xué)反應(yīng)以及膜轉(zhuǎn)運蛋白等多個環(huán)節(jié),僅對單一或者2~3個基因進(jìn)行代謝工程改造難以顯著提高K4CPS生產(chǎn)效率。因此,如要提高硫酸軟骨素的產(chǎn)量,需要同時對多個基因的表達(dá)水平進(jìn)行調(diào)控。

      同時提高胞內(nèi)多個基因表達(dá)水平的另一策略是過量表達(dá)全局轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白,如增加fis基因(編碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控蛋白)拷貝數(shù)和突變σ因子均能提高透明質(zhì)酸的產(chǎn)量[28-29]。但需考慮的是對具有潛在致病性的生產(chǎn)菌株進(jìn)行全局轉(zhuǎn)錄蛋白調(diào)控時,可能會引起多種毒性因子(如脂多糖)的變化。在對莢膜多糖合成基因簇轉(zhuǎn)錄調(diào)控子進(jìn)行詳盡分析的基礎(chǔ)上,采用Red同源重組技術(shù)對莢膜多糖合成基因簇PR3啟動子進(jìn)行改造,在ops序列缺失的基礎(chǔ)上縮短PR3啟動子3'端UTR的長度,增強(qiáng)PR3啟動子的活性。使region 2和region 3的表達(dá)水平同時得到了提高,從而顯著提高了K4CPS的生產(chǎn)效能,其比細(xì)胞得率達(dá)到214 mg/g,為目前報道的最高水平。分析其原因可能為:region 2中負(fù)責(zé)編碼K4CPS多糖聚合酶(KfoC)及其單糖前體UDP-GalNAc與UDP-GlcA合成相關(guān)酶(分別為KfoA和KfoF)表達(dá)水平的提高,增強(qiáng)了胞質(zhì)中單糖前體合成和多糖聚合的代謝強(qiáng)度;由于region 3中KpsM和KpsT蛋白組成的ABC-A2型轉(zhuǎn)運系統(tǒng)的加強(qiáng),加速了K4CPS多糖鏈從胞內(nèi)向胞外的轉(zhuǎn)運;同時提高胞內(nèi)K4CPS合成強(qiáng)度與跨膜轉(zhuǎn)運速率可能更有利于胞外K4CPS的高效積累。這一研究表明,通過啟動子工程從轉(zhuǎn)錄水平對莢膜多糖合成基因簇進(jìn)行整體調(diào)控,能顯著促進(jìn)莢膜多糖的合成,為相關(guān)研究提供了新的代謝工程策略。

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