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    CDKAL1基因rs7756992位點(diǎn)多態(tài)性與2型糖尿病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)及臨床特征關(guān)聯(lián)分析

    2013-07-27 05:53:52李偉牛慶李霞蓮沈飛霞施紅英曹淑彥張婷李春梅呂建新
    關(guān)鍵詞:等位基因基因型位點(diǎn)

    李偉,牛慶,李霞蓮,沈飛霞,施紅英,曹淑彥,張婷,李春梅,呂建新

    (溫州醫(yī)學(xué)院,浙江 溫州 325035,1.檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)院、生命科學(xué)學(xué)院 檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;2.附屬第一醫(yī)院 內(nèi)分泌科;3.環(huán)境與公共衛(wèi)生學(xué)院;4.附屬第二醫(yī)院 科研中心)

    據(jù)國(guó)際糖尿病聯(lián)合會(huì)數(shù)據(jù)顯示,2011年全球約有3.66億糖尿病患者,預(yù)計(jì)到2030年將增長(zhǎng)到5.52億[1],其中2型糖尿?。═2DM)占90%~95%。2007年6月至2008年5月,在中國(guó)成年人中進(jìn)行的一次大規(guī)模調(diào)研顯示,T2DM和糖耐量異常人數(shù)分別約為9240萬和1.48億,且以中青年人為主,居世界第一位[2]。因此,對(duì)T2DM防治已是刻不容緩。T2DM是由胰島素抵抗和胰島β細(xì)胞功能失調(diào)引起的一種多基因遺傳性疾病,遺傳因素和生活環(huán)境因素相互作用被公認(rèn)為是該病形成的主要機(jī)制。因此,易感人群的篩查和早期生活方式的干預(yù)是預(yù)防T2DM發(fā)生發(fā)展的有效措施。

    從2007年迄今,通過采用全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome wide association study,GWAS)技術(shù),已報(bào)道約40個(gè)基因與T2DM密切相關(guān)[3],其中包括CDKAL1(CDK5 regulatory subunit associated protein 1-like 1)。該基因在不同種族和人群中得到反復(fù)驗(yàn)證,是公認(rèn)的易感基因之一[4],位于人類染色體6p22.3,可以編碼一種tRNA修飾酶-甲硫基轉(zhuǎn)移酶,主要負(fù)責(zé)tRNALys(UUU)37位堿基的2-甲硫基-N6-蘇氨酸氨基甲酰腺苷酸(2-methylthio-N6-threonylcarbamoyladenosine,ms2t6A)合成[5]。在β細(xì)胞特異性CDKAL1基因敲除小鼠中,發(fā)現(xiàn)胰島β細(xì)胞線粒體ATP生成障礙和第一時(shí)相胰島素分泌受損[6]。2007年冰島人群的GWAS研究首次報(bào)道了rs7756992位點(diǎn)與T2DM關(guān)聯(lián)[7],后來在多個(gè)研究中,特別是在亞洲人群中得到重復(fù)驗(yàn)證[8]。因此,該基因多態(tài)性位點(diǎn)的基因型分析在確定T2DM易感人群中具有重要意義。

    由于T2DM遺傳的高度異質(zhì)性,在不同民族和不同人群中易感基因的檢測(cè)及其作用仍需要進(jìn)行重復(fù)驗(yàn)證。本研究采用高分辨率熔解曲線(high resolution melting,HRM)和DNA測(cè)序技術(shù),建立基因分型的技術(shù)平臺(tái),對(duì)rs7756992位點(diǎn)與中國(guó)漢族人群T2DM的關(guān)聯(lián)性進(jìn)行驗(yàn)證,并進(jìn)一步分析不同基因型的臨床特征,為該病分子分型建立初步基礎(chǔ)。

    1 材料和方法

    1.1 研究對(duì)象 病例組來自溫州醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院內(nèi)分泌科住院部2009年3月至2010年10月期間被診斷為T2DM的患者,共534例;對(duì)照組人群由2009年12月至2010年1月期間于溫州市體檢中心進(jìn)行體檢的健康體檢者篩選所得,共453例,所有入選者均為浙江省溫州地區(qū)漢族人群。T2DM診斷根據(jù)1997年WHO糖尿病診斷標(biāo)準(zhǔn),且排除:①其他內(nèi)分泌及代謝性疾病患者,如甲狀腺功能亢進(jìn)和減低、原發(fā)性醛固酮增多癥等;②惡性腫瘤和非高血壓引起的嚴(yán)重心、肝、腎等慢性疾病患者;③藥物等因素引起的糖、脂代謝異常者;④風(fēng)濕免疫性疾病患者;⑤不合作或資料不全者。對(duì)照組人群的篩選標(biāo)準(zhǔn)為:空腹血糖(FBG)<5.6 mmol/L的非糖尿病體檢者,且既往無糖尿病病史及家族史。該研究經(jīng)溫州醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn),調(diào)查和取樣均征得受試者本人同意并簽署知情同意書。

    1.2 生化指標(biāo)測(cè)定與樣本DNA提取 所有研究對(duì)象采集空腹外周靜脈血2 mL,用于基因組DNA提取及各項(xiàng)生化指標(biāo)測(cè)定。使用DNA提取試劑盒(大連寶生物有限公司的Universal Genomic DNA Extraction Kit Ver.3.0,D824A)及磁珠提取法(深圳易瑞生物技術(shù)有限公司的800μL全血基因組DNA磁珠提取試劑盒)對(duì)收集的病例組和對(duì)照組樣本進(jìn)行全基因組DNA提取,用NanoDrop 2000分光光度計(jì)測(cè)定其濃度和純度后,保存在-30 ℃冰箱中。

    1.3 HRM基因型分類

    1.3.1 引物:HRM對(duì)引物自身結(jié)構(gòu)和特異性要求較高,PCR擴(kuò)增長(zhǎng)度以60~150 bp最佳,且擴(kuò)增片段越短,基因型分類越容易。本實(shí)驗(yàn)所采用的引物由Primer 5設(shè)計(jì),并由北京六合華大基因科技股份有限公司合成。引物上游序列為5’-CCATTAATATTC CCCCCTGT-3’,下游序列為5’-GAGCTTCATGCAACCAAG AG-3’,擴(kuò)增片段長(zhǎng)度124 bp。

    1.3.2 PCR擴(kuò)增和HRM條件:使用Light Cycler 480 SystemII(德國(guó)羅氏公司)對(duì)所有樣本全基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增和HRM分析,實(shí)驗(yàn)所用試劑LightCycle480 High Resolution Melting Master購自羅氏公司。

    首先使用設(shè)計(jì)好的HRM專用引物做普通PCR,獲得引物的最佳退火溫度。然后隨機(jī)選取5~10個(gè)樣本進(jìn)行HRM分析,得到最優(yōu)標(biāo)準(zhǔn)化溫度(71~72 ℃和80~81 ℃),并根據(jù)熔解曲線形狀和顏色區(qū)分樣本基因型。

    本實(shí)驗(yàn)在96孔板中進(jìn)行。HRM優(yōu)化后的擴(kuò)增體系為:HRM Master 5μL, MgCl21μL(2.5 mmol/L),上下游引物各0.5μL(0.5μmol/L),全基因組DNA 1μL(約10~25 ng)和一定量的去離子水(調(diào)節(jié)最終反應(yīng)體積至10μL)。HRM反應(yīng)條件:95 ℃預(yù)變性10 min,95 ℃變性10 s,60 ℃退火15 s,最后72 ℃延伸15 s,共45個(gè)循環(huán)。PCR擴(kuò)增結(jié)束,產(chǎn)物于95 ℃加熱1 min后降至40 ℃,然后又以1℃/s的速度從65 ℃加熱至95 ℃,最后在40 ℃條件下冷卻10 s。實(shí)驗(yàn)結(jié)果可視化熒光數(shù)據(jù)有標(biāo)準(zhǔn)圖、溫度變化圖和差異圖三種,使用LightCycle480 Gene scanning軟件自動(dòng)化分組功能進(jìn)行分析。

    1.3.3 假陽性和假陰性結(jié)果排除:由于HRM技術(shù)會(huì)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果,我們?cè)O(shè)陽性對(duì)照和陰性對(duì)照。另外對(duì)一些結(jié)果不可信的樣本進(jìn)行重復(fù)上機(jī),并隨機(jī)抽取各20例病例組和對(duì)照組樣本用DNA直接測(cè)序技術(shù)進(jìn)行驗(yàn)證。

    1.4 DNA直接測(cè)序 DNA測(cè)序技術(shù)可以對(duì)變異進(jìn)行定位和鑒定,是目前基因分型技術(shù)中檢測(cè)基因突變和單核苷酸多態(tài)性的金標(biāo)準(zhǔn)。本研究通過該技術(shù),測(cè)定HRM熔解曲線中不同顏色和形狀的曲線所代表的基因型,并對(duì)隨機(jī)抽取的少量樣本進(jìn)行驗(yàn)證。我們通過PCR技術(shù)擴(kuò)增CDKAL1基因中包含rs7756992位點(diǎn)的DNA片段,擴(kuò)增片段經(jīng)過純化后直接用于測(cè)序分析。PCR擴(kuò)增用引物,上游為5’-TCTGATTTTCTCA CCCTACAC-3’,下游為5’-CCTGGGAGAATTTACTTGG-3’,由Primer 5設(shè)計(jì),北京六合華大基因科技股份有限公司合成。PCR擴(kuò)增體系(25μL)包括:去離子水18μL,dNTP 2μL,Buffer 2μL,MgCl21.5μL,上下游引物各0.2μL(10μmol/L),Taq酶0.1μL(大連寶生物公司Takara PCR反應(yīng)體系)。反應(yīng)條件:94 ℃預(yù)變性5 min,94 ℃變性30 s,52 ℃退火45 s,72 ℃延伸1 min,其中變性、退火和延伸分別擴(kuò)增35個(gè)循環(huán),最后72 ℃延伸6 min。PCR產(chǎn)物的純化和測(cè)序由北京六合華大基因科技股份有限公司完成。

    1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理方法 臨床資料分析中呈正態(tài)分布的計(jì)量資料用±s表示,使用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn),非正態(tài)分布計(jì)量資料用中位數(shù)(四分位間距)表示,經(jīng)變量變換轉(zhuǎn)為正態(tài)后再做獨(dú)立樣本t檢驗(yàn),而變量變換后未轉(zhuǎn)為正態(tài)的非正態(tài)分布資料用秩和檢驗(yàn),計(jì)數(shù)資料使用x2檢驗(yàn)。群體基因型和等位基因頻率均經(jīng)Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)樣本的群體代表性。rs7756992基因型和等位基因與T2DM發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)和糖尿病并發(fā)癥關(guān)聯(lián)分析使用x2檢驗(yàn)。T2DM患者不同基因型與臨床特征比較,呈正態(tài)分布的計(jì)量資料用單因素方差分析(One-way analysis of variance,ANOVA),非正態(tài)分布資料經(jīng)對(duì)數(shù)變量變換轉(zhuǎn)為正態(tài)后用ANOVA,計(jì)數(shù)資料用x2檢驗(yàn),然后對(duì)于有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的指標(biāo),使用多元線性回歸進(jìn)行校正。所有數(shù)據(jù)用SPSS 17.0軟件包統(tǒng)計(jì)分析,P<0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

    2 結(jié)果

    2.1 病例組和對(duì)照組的臨床特征及生化指標(biāo)比較 病例組和對(duì)照組臨床資料及各項(xiàng)生化指標(biāo)統(tǒng)計(jì)情況見表1。病例組人群年齡、BMI、血壓、FBG和血清甘油三酯(TG)較對(duì)照組顯著增高(P<0.05),尤其是BMI、血壓、FBG和TG差異更為明顯(P<0.01)。對(duì)照組人群血清總膽固醇(TC)和高密度脂蛋白(HDL)顯著高于病例組(P<0.01),而性別分布在兩組人群中無明顯差異(P>0.05)。

    表1 病例組和對(duì)照組人群臨床基本特征(±s)

    表1 病例組和對(duì)照組人群臨床基本特征(±s)

    注:*表示非正態(tài)分布資料,變量變換轉(zhuǎn)為正態(tài)后使用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn);#表示變量變換后未轉(zhuǎn)為正態(tài)資料,使用秩和檢驗(yàn)

    臨床特征例數(shù)年齡(年)性別(男/女)BMI(kg/m2)血壓收縮壓(mmHg)舒張壓(mmHg)TC(mmol/L)*TG(mmol/L)*HDL(mmol/L)*FBG(mmol/L)#534 61.03±12.65 280/254 24.25±3.38 453 58.82±11.39 229/222 22.31±2.19<0.05>0.05<0.01 143.24±24.8 80.47±11.68 4.36(1.46)1.29(0.98)1.11(0.42)8.05(4.10)119.12±11.48 74.65±8.24 4.73(1.02)1.00(0.51)1.36(0.45)5.02(0.81)<0.01<0.01<0.01<0.01<0.01<0.01 P病例組 對(duì)照組

    2.2 基因型和等位基因檢測(cè)及分析

    2.2.1 HRM分析:圖1A為rs7756992的標(biāo)準(zhǔn)熔解曲線,圖1B為標(biāo)準(zhǔn)化的溫度變化曲線,隨著溫度的改變,代表不同基因型的熔解曲線形狀和顏色發(fā)生改變。其中綠色表示突變型GG,紅色表示野生型AA,而藍(lán)色則表示雜合子AG。

    圖1 高分辨率熔解曲線(HRM)

    2.2.2 DNA直接測(cè)序結(jié)果分析:DNA測(cè)序結(jié)果使用Condon code Aligner軟件與NCBI中提供的人類CDKAL1基因標(biāo)準(zhǔn)序列(GenBank#:NC_000006.11)進(jìn)行比對(duì)分析,查找發(fā)生核苷酸變異的位點(diǎn)(見圖2)。經(jīng)驗(yàn)證,在隨機(jī)抽取的40例樣本中兩種實(shí)驗(yàn)方法的重復(fù)率達(dá)到100%。

    圖2 rs7756992位點(diǎn)DNA測(cè)序結(jié)果

    表2 rs7756992位點(diǎn)各基因型和等位基因頻率分布

    2.3 等位基因及基因型分析 病例-對(duì)照組人群進(jìn)行Hardy Weinberg檢驗(yàn),多態(tài)性位點(diǎn)基因型及等位基因頻率在病例組和對(duì)照組中均達(dá)到遺傳平衡,具有群體代表性。

    我們將CDKAL1基因rs7756992位點(diǎn)基因型頻率分布按照G/A,GG/AA,(GG+AG)/AA,GG/(AG+AA)四種模型進(jìn)行分析(見表2),可以看出:在病例組和對(duì)照組間,基因型GG所占比重較AA型大,兩者比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.048,OR=1.43,95%CI=1.00~2.03),而且等位基因G對(duì)T2DM也存在一定影響(P=0.045,OR=1.12,95% CI=1.00~1.43)。

    2.4 基因型與臨床特征分析 按照不同基因型AA、AG和GG將T2DM患者分為三組,對(duì)每組的臨床特征及生化指標(biāo)進(jìn)行比較。從表3中可以看出:GG基因型患者發(fā)病年齡較AA型低,三種基因型間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.02),但是經(jīng)過性別和年齡校正后,差異不再有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;AA和AG基因型患者的FBG濃度較GG型增高,三者間有顯著差異(P=0.03),經(jīng)過性別和年齡校正后,差異仍然顯著(P<0.01),但是三組之間HbA1c未見顯著差異。另外,不同基因型患者之間血壓、BMI和血脂差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,但通過對(duì)這3個(gè)參數(shù)按照臨床標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行等級(jí)劃分后發(fā)現(xiàn),在肥胖和TC異?;颊咧蠫G基因型所占比重最大。

    2.5 等位基因及基因型與T2DM并發(fā)癥關(guān)聯(lián)分析 將534例T2DM患者按照糖尿病并發(fā)癥類型進(jìn)行分組(劃分標(biāo)準(zhǔn)是根據(jù)臨床診斷和相關(guān)輔助檢查,如血管B超、視網(wǎng)膜檢查、神經(jīng)肌電圖檢查、肝腎功能檢查和血壓測(cè)量等),觀察基因型和等位基因頻率在各種慢性并發(fā)癥中的分布。結(jié)果發(fā)現(xiàn)兩者間無顯著關(guān)聯(lián)(見表4)。

    3 討論

    2007 年,在冰島人群的病例-對(duì)照研究中,首次發(fā)現(xiàn)rs7756992(G)與T2DM關(guān)聯(lián),而且這一結(jié)果在丹麥、歐洲祖先人群以及中國(guó)香港漢族人群中得到驗(yàn)證[7]。隨后,在多項(xiàng)研究中也證實(shí)了這一位點(diǎn)與亞洲人群T2DM存在關(guān)聯(lián),G為風(fēng)險(xiǎn)等位基因(OR=1.19)[8]。在最近的中國(guó)大陸漢族人群研究中,也已得到驗(yàn)證(OR=1.21)[13]。在本研究中,我們進(jìn)行了CDKAL1基因rs7756992位點(diǎn)與T2DM的關(guān)聯(lián)分析,驗(yàn)證了在浙江省溫州地區(qū)漢族人群中,rs7756992(G)為T2DM風(fēng)險(xiǎn)等位基因(P=0.045),這一結(jié)果與文獻(xiàn)報(bào)道相吻合,說明該位點(diǎn)與中國(guó)漢族人群T2DM緊密關(guān)聯(lián)。同時(shí),我們觀察到GG基因型與AA基因型相比差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.048),GG基因型在T2DM人群中頻率增高,這一頻率分布與文獻(xiàn)[14]報(bào)道的數(shù)據(jù)基本一致。

    表3 病例組不同基因型患者臨床特征比較(±s)

    表3 病例組不同基因型患者臨床特征比較(±s)

    注:*表示非正態(tài)分布資料;a表示用多元線性回歸,經(jīng)性別和年齡校正后;△BMI正常范圍:18.5≤BMI<24,過重:24≤BMI<27,肥胖≥27;▲TC>6.0 mmol/L為異常

    P 0.28 0.06 0.02(0.88a)0.76 0.59 0.03(<0.01a)0.71 0.69 0.11 0.37 0.84 0.38基因型例數(shù)(%)年齡(年)性別(男/女)BMI(kg/m2)△正常[例數(shù)(%)]過重肥胖血壓收縮壓(mmHg)舒張壓(mmHg)發(fā)病年齡(年)胰島素治療(有/無)家族史(有/無)FBG(mmol/L)*HbA1c(%)TC(mmol/L)*▲>正常[例數(shù)(%)]TG(mmol/L)*HDL(mmol/L)*LDL(mmol/L)*AA 114(21.35)59.69±12.77 67/47 24.08±2.98 55(48.25)41(35.96)18(15.79)AG 260(47.88)62.28±13.00 131/129 24.02±3.48 127(49.22)84(32.56)47(18.22)143.76±24.71 81.31±11.64 51.26±13.01 60/54 47/67 8.00(4.03)9.46±2.68 4.29(1.37)10(8.77)1.21(0.94)1.11(0.37)2.71(1.12)GG 160(29.47)59.93±11.83 82/78 24.75±3.44 69(43.12)49(30.63)42(26.25)0.08 0.31 0.08 0.21 141.60±24.79 79.25±11.82 54.00±13.39 135/125 95/165 8.35(4.51)9.59±2.44 4.31(1.59)27(10.42)1.29(0.95)1.11(0.40)2.60(1.08)145.52±24.68 81.86±11.27 50.55±11.10 89/71 65/95 7.49(3.60)9.36±2.26 4.50(1.51)26(16.25)1.34(1.23)1.12(0.44)2.78(1.37)

    表4 不同基因型T2DM患者糖尿病并發(fā)癥比較

    有研究證實(shí),CDKAL1基因變異可以影響T2DM患者的臨床特征,如HbA1c和胰島素分泌[9-10]。同時(shí),也與糖尿病風(fēng)險(xiǎn)因素BMI關(guān)聯(lián)[11]。FBG、餐后血糖和HbA1c是我們常規(guī)監(jiān)測(cè)血糖控制情況的三項(xiàng)指標(biāo),HbA1c反映的是2~3個(gè)月內(nèi)血糖控制的平均水平。本研究中,我們對(duì)不同基因型T2DM患者間的臨床特征進(jìn)行了比較,發(fā)現(xiàn)GG基因型患者FBG較低,經(jīng)過性別和年齡校正后差異更加顯著(P<0.01),但是HbA1c在不同基因型患者間并無顯著差異,我們推測(cè)這種差異可能是受餐后血糖的影響。多項(xiàng)研究證實(shí),CDKAL1風(fēng)險(xiǎn)等位基因可能會(huì)影響胰島β細(xì)胞功能,使得第一時(shí)相胰島素分泌受損[9],這一點(diǎn)在基因敲除小鼠研究中也得到證實(shí)[6]。第一時(shí)相胰島素分泌對(duì)降低餐后血糖有重要作用,它能迅速抑制內(nèi)源性葡萄糖產(chǎn)生并抑制餐后血糖水平的升高,參與餐后高血糖的發(fā)生。因此,我們推測(cè)GG基因型患者的FBG偏低而HbA1c與其他基因型并無差異,可能是由餐后高血糖引起的,這還需要進(jìn)一步研究。雖然,其他臨床特征如血壓、BMI和血脂等在各組間差異未見有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,但是經(jīng)過對(duì)BMI和TC分級(jí)統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn),T2DM患者中肥胖和TC偏高者在GG基因型中所占比重最大。最近研究報(bào)道,在東亞人群中CDKAL1基因多態(tài)性位點(diǎn)(rs9956744和rs2206734)會(huì)影響B(tài)MI[11],歐洲人群中也有類似的研究結(jié)果[15]。因此,不能排除rs7756992位點(diǎn)與BMI的關(guān)聯(lián)。

    CDKAL1基因變異與T2DM并發(fā)癥的關(guān)系鮮見大規(guī)模的研究報(bào)道。由于CDKAL1基因與一個(gè)糖尿病微血管病變候選基因VEGF緊密連鎖[16],最近國(guó)內(nèi)也有研究報(bào)道該基因可能與糖尿病視網(wǎng)膜病變有關(guān)[12],所以CDKAL1基因多態(tài)性位點(diǎn)是否與T2DM并發(fā)癥關(guān)聯(lián)值得進(jìn)行探索性研究。但是在本研究中,通過我們的分析,未發(fā)現(xiàn)rs7756992位點(diǎn)與糖尿病的各種慢性并發(fā)癥存在相關(guān)性。

    本研究中我們進(jìn)一步證實(shí)了在中國(guó)漢族人群中,CDKAL1基因rs7756992多態(tài)性可以增加T2DM的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn),且不能排除其與血糖調(diào)節(jié)機(jī)制相關(guān),另外,我們沒有發(fā)現(xiàn)該位點(diǎn)與糖尿病慢性并發(fā)癥關(guān)聯(lián)。因此,CDKAL1基因與T2DM的關(guān)系進(jìn)一步得到驗(yàn)證,該位點(diǎn)等位基因和基因型的檢測(cè)可以為T2DM發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)和分型提供參考,利于疾病的早期診斷,值得進(jìn)一步深入研究。

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