茶樹春梢萌發(fā)早晚關(guān)聯(lián)基因CsAL1的CAPS分子標(biāo)記開發(fā)

摘要：茶樹（Camellia sinensis）作為一種葉用型經(jīng)濟(jì)植物，春梢萌發(fā)時(shí)間是關(guān)系茶葉經(jīng)濟(jì)價(jià)值的重要生物學(xué)性狀。因此，選育茶樹早生品種，對提升茶葉品質(zhì)和經(jīng)濟(jì)效益具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。以鐵觀音為參考基因組，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選到一個(gè)與茶樹春梢萌發(fā)早晚高度相關(guān)的基因CsAL1（Auxilin-like 1，TGY040711）。運(yùn)用SNP calling獲得CsAL1各樣本的SNPs，將SNPs與其春梢萌發(fā)表型進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，獲得與早生性狀顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)。分析各SNPs的酶切位點(diǎn)，選擇合適位點(diǎn)開發(fā)茶樹早生性狀相關(guān)CAPS分子標(biāo)記。利用標(biāo)記對12份茶樹材料基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增和酶切檢測，隨后在72份茶樹材料中進(jìn)一步驗(yàn)證，以期借助CAPS分子標(biāo)記技術(shù)為探究CsAL1中單堿基位點(diǎn)突變與茶樹早生性狀的聯(lián)系提供參考，為茶樹早生品種的選育提供理論支撐。

關(guān)鍵詞：茶樹；SNP；CAPS分子標(biāo)記；早生；分子標(biāo)記育種

中圖分類號：S571.1；S326 " " " " " " "文獻(xiàn)標(biāo)識碼：A " " " " " " "文章編號：1000-369X（2024）02-207-12

The Development of CAPS Molecular Markers for CsAL1， A Gene Associated with Early and Late Spring Tip Emergence in Tea Plants

HUANG Mengdi1， CHEN Lan1， SU Qin1， HU Jinyu1， LIU Guizhi1，

TAN Yueping3， LIU Shuoqian1，2*， TIAN Na1，2*

1. Key Laboratory of Tea Science of Ministry of Education， Changsha 410128， China; 2. Department of Tea Science， College of Horticulture， Hunan Agricultural University， Changsha 410128， China; 3. Hunan Tea Group Co.， Ltd.， Changsha 410126， China

Abstract： Camellia sinensis is an economically important foliar plant. The time of spring sprouting is a crucial biological trait that affects the economic value of tea. Therefore， selecting and breeding early sprouting tea cultivars are of great practical significance for improving the quality and economic benefits of tea. The study used ‘Tieguanyin’ as the reference genome and screened a gene， CsAL1 （Auxilin-like 1， TGY040711）， which was highly significantly correlated with the time of spring sprouting based on genome-wide association analysis. SNP calling was used to obtain SNPs of CsAL1 in each sample. Correlation analysis of the SNPs and spring sprouting phenotypes was performed to obtain the key SNP loci that associating with spring sprouting traits. Suitable enzyme cleavage sites were analyzed for each SNP to develop CAPS molecular markers related to early-sprouting traits in tea plants. PCR was used to amplify the CAPS molecular markers， which were then digested in the genomic DNA of 12 tea materials. The markers were further verified in 72 tea materials to provide a reference for the association between single-base mutations in CsAL1 and early sprouting traits using CAPS molecular markers. This study also provided theoretical support for the breeding of early sprouting tea cultivars.

Keywords： Camellia sinensis， SNP， CAPS molecular marker， early sprouting， molecular marker breeding

茶樹是多年生常綠木本植物，分布在熱帶、溫帶地區(qū)，是一種重要的葉用飲料作物，茶已成為全世界最受歡迎的無酒精飲料之一[1-2]。茶芽在冬季進(jìn)入休眠，是茶樹抵抗外界低溫的重要生存機(jī)制，其芽休眠的形成及解除與春芽萌發(fā)期息息相關(guān)。茶樹越冬后第一次萌發(fā)的芽葉采制而成的茶葉稱為春茶，由于其營養(yǎng)物質(zhì)豐富，葉肉肥厚，維生素含量較高，受到很多茶客青睞[3]。此外，茶葉依據(jù)原料嫩度進(jìn)行分類，其價(jià)差可達(dá)5～10倍[4]。由此可見，萌發(fā)早的茶樹具有相對更高的栽培價(jià)值，選育早生茶樹品種是茶樹育種工作者的一個(gè)有價(jià)值的目標(biāo)。

網(wǎng)格蛋白介導(dǎo)的內(nèi)吞作用參與多種植物的重要生理過程，如調(diào)節(jié)天麻的共生種子萌發(fā)，在水稻花粉萌發(fā)中發(fā)揮重要作用[5-6]。Hou等[7]的研究表明，網(wǎng)格蛋白相關(guān)蛋白SCD2/RRP1通過參與擬南芥的脫落酸信號轉(zhuǎn)導(dǎo)影響種子發(fā)育和生長。輔助蛋白（Auxilin）是一種防御相關(guān)蛋白，參與網(wǎng)格蛋白介導(dǎo)的內(nèi)吞作用，調(diào)節(jié)信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、抗菌防御和抗應(yīng)激等多種生物過程[8]。在擬南芥中，Auxilin-like 1和Auxilin-like 2過表達(dá)會導(dǎo)致種子發(fā)芽停滯[9]，Auxilin-like 6可能是藍(lán)光受體PHOT1和PHOT2介導(dǎo)的葉綠體運(yùn)動的重要組成部分[10]，Ezaki等[11]還發(fā)現(xiàn)Auxilin-like過表達(dá)會抑制擬南芥根系鋁的攝取。

CAPS分子標(biāo)記是將特異性擴(kuò)增與限制性酶切結(jié)合為一體的技術(shù)，能從分子水平區(qū)分不同品種間遺傳物質(zhì)的變異信息，已在水稻[12-13]、小麥[14]、甜瓜[15]、番茄[16-17]、黃麻[18]、馬鈴薯[19-20]等作物的種質(zhì)鑒定、輔助育種、基因鑒定和圖譜構(gòu)建等領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。該技術(shù)具有共顯性、所需DNA量少、操作簡便和結(jié)果穩(wěn)定可靠等優(yōu)點(diǎn)[21]。目前，鑒定茶樹早生品種主要以表型選擇為主，分子標(biāo)記輔助選擇應(yīng)用較少[3，22-23]。人工選擇茶樹早生品種費(fèi)時(shí)費(fèi)力，易受環(huán)境和基因型影響，這種選擇更適用于簡單的質(zhì)量性狀。茶樹春梢萌發(fā)期是由多基因控制的復(fù)雜性狀，利用分子標(biāo)記篩選早生茶樹資源是未來茶樹育種的一個(gè)重要方向。

1 材料與方法

1.1 茶樹Auxilin-like 1（CsAL1）及其啟動子SNP分析

基于課題組全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù)，以鐵觀音基因組為參考基因組，通過SNP calling獲得CsAL1的SNPs，對其SNPs進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。

1.2 SNPs與茶樹早生性狀的關(guān)聯(lián)分析

利用SNPassoc R程序包對126個(gè)樣本CsAL1的39個(gè)SNPs進(jìn)行處理與分析，選用顯性、隱性、共顯性及超顯性模型對各SNPs的基因型與樣本春梢萌發(fā)表型進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。

1.3 SNP位點(diǎn)特異性CAPS設(shè)計(jì)

用R軟件提取CsAL1野生型和突變型核苷酸序列，利用在線工具CAPS Designer[24]對各SNPs的酶切位點(diǎn)進(jìn)行分析，選擇合適的SNPs進(jìn)行CAPS分子標(biāo)記開發(fā)，借助SnapGene軟件在SNP位點(diǎn)上下游500 bp左右設(shè)計(jì)特異性引物，引物序列送至生工生物工程（上海）股份有限公司進(jìn)行合成。

1.4 茶樹春梢萌發(fā)表型觀測

在2022年3月17日、2023年3月26日對湖南省農(nóng)業(yè)科學(xué)院高橋科研基地（113°E，28°N）的84份茶樹材料進(jìn)行田間觀測（表1，其中1～72為湘西保靖黃金茶群體，73～84為已知品種），使用萌展值（Sprouting index，SPI）記錄茶樹群體的春梢萌發(fā)表型性狀，當(dāng)大多數(shù)后代達(dá)到“一芽一葉”的狀態(tài)時(shí)進(jìn)行表型觀測，用數(shù)字記錄每個(gè)芽的SPI，其中0表示休眠，0.5表示開始發(fā)芽，1表示一芽，1.5表示一芽一葉初展，2表示一芽一葉，2.5表示一芽二葉初展，3表示一芽二葉，以此類推，萌展值越大，其春梢萌發(fā)期越早。選取粗壯枝條的前兩個(gè)腋芽進(jìn)行SPI評分，個(gè)體的SPI為5～10個(gè)越冬芽的平均值。根據(jù)同期觀測的常見早生、中生、晚生品種的SPI值可將茶樹春梢萌發(fā)類型大致分為3種：早生品種（SPI≥3），用符號E表示；晚生品種（SPI＜1.9），用符號L表示；中生品種（1.9≤SPI＜3），用符號M表示。

1.5 樣本采集及DNA提取

采集觀測的84份茶樹材料的一芽二葉，經(jīng)液氮固樣后保存于﹣80 ℃冰箱。采用FastPure? Plant DNA Isolation Mini Kit（南京，諾唯贊）的試劑盒提取基因組DNA，用1%的瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證其DNA質(zhì)量，樣品儲存于﹣20 ℃冰箱備用。

1.6 PCR擴(kuò)增及酶切檢驗(yàn)

以12份SPI值有差異的茶樹品種（表1中73～84，2022年SPI值依次為3.25、1、0.75、2.85、2.5、2、2.55、2.25、1.65、1.9、3.25、2.15，2023年SPI值依次為3.3、1.2、0.75、2.65、2.15、2、2.55、2.25、1.7、1.85、3.5、2.35）進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR擴(kuò)增酶2×Rapid Taq Master Mix購自南京諾唯贊生物科技股份有限公司，酶切反應(yīng)所用限制性內(nèi)切酶BstNI及DraI購自賽默飛科技公司。PCR擴(kuò)增采用的反應(yīng)體系為：DNA模板1 μL，2×Rapid Taq Master Mix 10 μL，上下游引物各1 μL，ddH2O補(bǔ)足至20 μL。PCR擴(kuò)增的反應(yīng)條件為：94 ℃預(yù)變性5 min；94 ℃變性30 s，60 ℃退火30 s，72 ℃延伸40 s，共35個(gè)循環(huán)；72 ℃繼續(xù)延伸5 min，4 ℃保存。擴(kuò)增結(jié)束后，取4 μL PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測，其余樣品保存于4 ℃?zhèn)溆?。利用限制性?nèi)切酶酶切PCR擴(kuò)增產(chǎn)物，酶切體系包括擴(kuò)增產(chǎn)物5 μL，限制性內(nèi)切酶0.5 μL，10×FastDigest Green Buffer 1 μL，ddH2O 8.5 μL；酶切條件為37 ℃孵育30 min，80 ℃，5 min滅酶活。將所得酶切產(chǎn)物進(jìn)行1%瓊脂糖凝膠電泳，并分析CAPS標(biāo)記在12個(gè)茶樹品種間的多態(tài)性。

1.7 CAPS分子標(biāo)記進(jìn)一步驗(yàn)證

選擇多態(tài)性良好的標(biāo)記以相同方法對72份茶樹材料（表1中1～72）進(jìn)行PCR擴(kuò)增及酶切反應(yīng)檢測，將所得酶切產(chǎn)物分別在1%的瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳，然后在凝膠成像儀上觀察電泳帶型，分析其篩選早生茶樹材料的準(zhǔn)確性。

2 結(jié)果與分析

2.1 CsAL1及其啟動子SNP分析

對茶樹樣本CsAL1的SNPs進(jìn)行檢測與分析，結(jié)果表明（表2），該基因編碼區(qū)僅含有3個(gè)SNP位點(diǎn)，且均為非同義突變，分別是Chr04：227559198、Chr04：227559229、Chr04：227559235。突變類型分析結(jié)果表明，所檢測的樣本中各位點(diǎn)均有雜合突變，除位點(diǎn)Chr04：227559235外無純合突變。此外，該基因的啟動子區(qū)含有36個(gè)SNPs，在所檢測樣本中36個(gè)位點(diǎn)均有雜合突變。

2.2 SNPs與茶樹春梢萌發(fā)的關(guān)聯(lián)分析

獲得CsAL1及其啟動子的SNPs后，對各樣本各位點(diǎn)的基因型與春梢萌發(fā)表型進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，結(jié)果（圖1）表明，與茶樹早生性狀顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)（-log10（p-value）≥1.3）有19個(gè)，其中在共顯性模型下有15個(gè)SNP位點(diǎn)與早生性狀相關(guān)，分別是Chr04.227558569、Chr04.227557336、Chr04.227558248、Chr04.227559167、Chr04.227559073、Chr04.227557550、Chr04.227559229、Chr04.227559198、Chr04.227557704、Chr04.227558367、Chr04.227558479、Chr04.227557543、Chr04.227557334、Chr04.227557625、Chr04.227557377；在顯性模型有12個(gè)SNP位點(diǎn)與早生性狀相關(guān)，分別是Chr04.227558569、Chr04.227559167、Chr04.227558248、Chr04.227557336、Chr04.227559073、Chr04.227557550、Chr04.227557543、Chr04.227557704、Chr04.227558479、Chr04.227558367、Chr04.227557625、Chr04.227557377；在隱性模型下有14個(gè)SNP與早生性狀相關(guān)，分別是Chr04.227558569、Chr04.227557336、Chr04.227558248、Chr04.227557704、Chr04.227558367、Chr04.227558479、Chr04.227557550、Chr04.227559073、Chr04.227557334、Chr04.227557339、Chr04.227558471、Chr04.227557535、Chr04.227557245、Chr04.227557377；在超顯性模型下有5個(gè)SNP位點(diǎn)與早生性狀相關(guān)，分別是Chr04.227558569、Chr04.227559167、Chr04.227559073、Chr04.227558248、Chr04.227557550。而與茶樹早生性狀極顯著相關(guān)[-log10（p-value）≥3.1]的位點(diǎn)有6個(gè)，分別是Chr04.227558569、Chr04.227559167、Chr04.227559073、Chr04.227558248、Chr04.227557550、Chr04.227557336，這6個(gè)SNP位點(diǎn)可用于茶樹早生性狀相關(guān)的分子標(biāo)記開發(fā)。

2.3 SNP位點(diǎn)CAPS分子標(biāo)記開發(fā)

對與茶樹早生性狀相關(guān)的6個(gè)SNP位點(diǎn)的酶切位點(diǎn)進(jìn)行分析，選擇了Chr04：227558248和Chr04：227558569兩個(gè)SNPs進(jìn)行CAPS分子標(biāo)記開發(fā)（表3）。

Chr04：227558248位點(diǎn)是C/G突變（表2），設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增出長度為488 bp的片段，僅帶有C等位類型的材料，可被限制性內(nèi)切酶BstNI識別并將片段切割為350 bp和138 bp兩部分，僅帶有G等位類型的材料擴(kuò)增片段不能被BstNI識別故僅呈現(xiàn)為一條488 bp的片段，而帶有C/G基因型的材料則呈現(xiàn)488 bp、350 bp和138 bp 三部分。

Chr04：227558569位點(diǎn)是A/T突變（表2），設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增出長度為494 bp的片段，僅帶有A等位類型的材料，可被限制性內(nèi)切酶DraI識別并將片段切割為317 bp和177 bp兩部分，僅帶有T等位類型的材料擴(kuò)增片段不能被DraI識別故僅呈現(xiàn)為一條494 bp的片段，而帶有A/T基因型的材料則呈現(xiàn)494 bp、317 bp和177 bp三部分。

2.4 茶樹春梢萌發(fā)表型觀測

根據(jù)茶樹群體田間觀測的SPI值繪制直方圖（圖2）。84份茶樹種質(zhì)中，2022年春梢萌發(fā)類型包括19份早生材料（E），32份中生材料（M），33份晚生材料（L）；2023年春梢萌發(fā)類型包括16份早生材料（E），34份中生材料（M）和34份晚生材料（L）。其中兩年都標(biāo)記E的有16份，兩年都標(biāo)記M的有29份，兩年都標(biāo)記L的有33份，6份茶樹材料兩年的觀測所屬類型有所不同。

2.5 PCR擴(kuò)增和酶切檢驗(yàn)

以選取的12個(gè)茶樹材料基因組DNA為模板，用2對特異性引物分別擴(kuò)增供試材料，用BstNI和DraI兩種限制性內(nèi)切酶酶切擴(kuò)增產(chǎn)物，發(fā)現(xiàn)兩個(gè)突變位點(diǎn)均具有多態(tài)性（圖3、圖4）。經(jīng)BstNI酶切的電泳電泳圖出現(xiàn)3種帶型，將12個(gè)茶樹材料2022年及2023年春梢萌發(fā)類型與酶切條帶進(jìn)行比對分析，發(fā)現(xiàn)有且只有表現(xiàn)為早生的2個(gè)茶樹材料烏牛早和早青茶在電泳圖上表現(xiàn)為1條帶，說明利用此標(biāo)記可鑒定茶樹早生性狀。將經(jīng)DraI酶切的電泳帶型與春梢萌發(fā)類型比對，發(fā)現(xiàn)雖然酶切產(chǎn)物具有一定的多態(tài)性，出現(xiàn)了2條帶、3條帶，但早生茶樹材料未表現(xiàn)出區(qū)別于其他材料的酶切條帶，與茶樹春梢萌發(fā)性狀吻合度較低。

2.6 CAPS分子標(biāo)記進(jìn)一步驗(yàn)證

選擇標(biāo)記Chr04：227558248_C/G進(jìn)行CAPS分子標(biāo)記的進(jìn)一步驗(yàn)證，圖5為72份茶樹材料經(jīng)CAPS分子標(biāo)記檢測得到的酶切片段電泳圖，其中有28份材料酶切帶型為2條，28份材料酶切帶型為3條，16份材料酶切帶型為1條。根據(jù)電泳圖，2022年觀測為早生的17份茶樹材料，有14份符合早生帶型（1條帶），篩選的準(zhǔn)確率為82.35%，2023年觀測為早生的14份茶樹材料均符合早生帶型（1條帶）。

3 討論

SNP主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸（A/T/C/G）的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，包括插入、缺失、顛換、轉(zhuǎn)換四種類型，是基因組中最常見的變異形式。與其他分子標(biāo)記相比，SNP分辨率較高也較為豐富，覆蓋基因組范圍大，遺傳比較穩(wěn)定，是繼SSR標(biāo)記之后的第三代遺傳標(biāo)記[25]。隨著測序技術(shù)的不斷發(fā)展，測序成本的降低和各物種基因組的相繼公布使得SNP標(biāo)記迅速發(fā)展，逐步取代SSR標(biāo)記，廣泛應(yīng)用于植物領(lǐng)域的分子標(biāo)記輔助育種和作物經(jīng)濟(jì)性狀基因檢測[26-27]。在茶樹中，王澤涵等[28]利用SNP分子標(biāo)記技術(shù)構(gòu)建了漳州南部茶樹種質(zhì)資源的指紋圖譜和分子身份證，Wang等[26]開發(fā)了用于茶樹起源分析和種質(zhì)鑒定的SNP標(biāo)記。羅祥宗等[29]通過對茶樹葉綠體基因組進(jìn)行SNP分析，篩選出適用于茶樹種質(zhì)鑒別與母系追溯的25個(gè)SNP位點(diǎn)，并將SNP位點(diǎn)組成的DNA指紋圖譜結(jié)合茶樹品種資源基本信息進(jìn)行數(shù)字編碼，形成茶樹品種資源分子身份證，并構(gòu)建相應(yīng)的條形碼

和二維碼用于品種識別。目前，SNP的檢測方法已有十余種，如TaqMan探針法、毛細(xì)管電泳以及KASP檢測，但大部分方法均有其不足之處，存在諸如操作繁瑣、成本較高等問題，阻礙了其在植物遺傳育種中的應(yīng)用[30]。將SNP轉(zhuǎn)化成CAPS標(biāo)記或dCAPS標(biāo)記成本較低，操作簡便。張成才等[31]將8個(gè)茶樹品種中檢測到的39個(gè)SNPs轉(zhuǎn)化為CAPS標(biāo)記，驗(yàn)證了將茶樹SNPs轉(zhuǎn)化成CAPS標(biāo)記進(jìn)行檢測的可行性。同時(shí)，此標(biāo)記可用于茶樹遺傳多態(tài)性檢測和茶樹遺傳圖譜構(gòu)建的研究。SNP被認(rèn)為是聯(lián)系基因型和表現(xiàn)型之間關(guān)系的橋梁，茶樹中許多基因的SNP已被分析[32-34]。本研究通過對CsAL1基因的SNP進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)該基因變異較為豐富，共檢測到40個(gè)SNP位點(diǎn)，絕大多數(shù)SNP位于基因的非編碼區(qū)。其中20個(gè)轉(zhuǎn)換，包括C/T 13個(gè)和G/A 7個(gè)；18個(gè)顛換，包括A/C 1個(gè)，G/C 3個(gè)，T/G 4個(gè)，A/T 10個(gè)；2個(gè)缺失，無插入位點(diǎn)，3個(gè)非同義變異位點(diǎn)，1個(gè)同義變異位點(diǎn)；6個(gè)極顯著相關(guān)位點(diǎn)包括3個(gè)轉(zhuǎn)換、2個(gè)顛換和1個(gè)缺失。

全基因組關(guān)聯(lián)分析可利用高通量測序技術(shù)，分析數(shù)以萬計(jì)的SNPs，以及這些SNPs與表型性狀的相關(guān)性，從而全面地揭示不同復(fù)雜性狀的遺傳機(jī)制。目前為止，全基因組關(guān)聯(lián)分析已在茶樹外觀表型性狀、茶葉品質(zhì)成分和茶樹群體結(jié)構(gòu)研究中取得了一系列進(jìn)展[35-37]。在茶樹春芽萌發(fā)時(shí)間的研究中，Liu等[38]通過結(jié)合QTL定位、GWAS和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，確定了茶樹中與春芽萌發(fā)時(shí)間相關(guān)的候選基因CsDREB17，為進(jìn)一步揭示茶樹春梢萌發(fā)時(shí)間的分子調(diào)控機(jī)制提供了遺傳基礎(chǔ)。Wang等[3]采用全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定出一個(gè)與茶樹早春芽萌發(fā)顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)，在SNP位點(diǎn)100 kb區(qū)域范圍內(nèi)篩選出7個(gè)候選基因，并成功開發(fā)了1個(gè)與休眠緊密相關(guān)的dCAPS標(biāo)記，此標(biāo)記可用于分子標(biāo)記輔助選擇育種。本研究基于全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選到了與茶樹早生性狀極顯著關(guān)聯(lián)的7個(gè)SNPs，選擇其中2個(gè)SNPs開發(fā)CAPS分子標(biāo)記，對12個(gè)不同茶樹材料基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增和酶切多態(tài)性驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)標(biāo)記CAPS-Chr04：227558248可用于鑒定茶樹早生性狀。隨后在72個(gè)茶樹材料中進(jìn)一步檢驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)該標(biāo)記鑒定早生茶樹材料的準(zhǔn)確率可達(dá)82.35%以上，證實(shí)了該標(biāo)記的穩(wěn)定性和重復(fù)性較好，鑒定茶樹早生品種準(zhǔn)確率較高。這也表明CsAL在茶樹春梢萌發(fā)中存在作用，但具體調(diào)控機(jī)制有待進(jìn)一步研究。由于開發(fā)CAPS分子標(biāo)記需要篩選合適的限制性內(nèi)切酶，故只開發(fā)了2個(gè)CAPS分子標(biāo)記，此外，在用于多態(tài)性檢驗(yàn)的早生茶樹品種中只包含了早青茶和烏牛早兩個(gè)公知早生品種，后續(xù)可繼續(xù)對茶樹春梢萌發(fā)早晚關(guān)聯(lián)基因開發(fā)CAPS或dCAPS分子標(biāo)記，為篩選茶樹早生品種提供更多可用SNPs。隨著生物信息學(xué)技術(shù)發(fā)展，將分子標(biāo)記技術(shù)與茶樹育種工作結(jié)合，是未來茶樹分子育種發(fā)展的重要研究方向。

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