牛肉源熱殺索絲菌的致腐差異和比較基因組學(xué)研究

方金玉，張 俊，吳詩(shī)媛，施永清，石雙妮，朱軍莉

（浙江工商大學(xué)食品與生物工程學(xué)院 浙江省食品安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 杭州 310018）

牛肉作為我國(guó)主要消費(fèi)的肉類，營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高，是肉類消費(fèi)市場(chǎng)的重要組成部分。國(guó)家統(tǒng)計(jì)局?jǐn)?shù)據(jù)顯示，2021 年全國(guó)牛肉產(chǎn)量698 萬(wàn)t，同比增長(zhǎng)3.7%[1]。隨著冷藏保鮮技術(shù)的發(fā)展，牛肉的消費(fèi)市場(chǎng)進(jìn)一步擴(kuò)大。然而在冷鏈運(yùn)輸過(guò)程中，由于嗜冷微生物的新陳代謝活動(dòng)，產(chǎn)生大量的醛、酮、有機(jī)酸和揮發(fā)性物質(zhì)，導(dǎo)致牛肉品質(zhì)下降[2]。在冷鮮牛肉基質(zhì)中，主導(dǎo)腐敗活動(dòng)的微生物只有1 種或幾種[3]，包括假單胞菌和熱殺索絲菌。

熱殺索絲菌（Brochothrix thermosphacta）為環(huán)絲菌屬，革蘭氏陽(yáng)性，需氧兼性厭氧型嗜冷菌，短鏈狀或長(zhǎng)絲狀鏈狀。熱殺索絲菌在0～30 ℃環(huán)境下生存，最佳生長(zhǎng)溫度范圍20～25 ℃，能夠在pH 值5～9 的范圍內(nèi)生長(zhǎng)[4]。該菌自1951 年首次從豬肉香腸中分離得到，廣泛存在于豬肉、牛肉、羊肉、雞肉等多種生鮮肉及肉制品中[5]。從牛肉胴體、動(dòng)物皮膚和瘤胃到屠宰場(chǎng)設(shè)備及最終銷售產(chǎn)品，熱殺索絲菌在牛肉生產(chǎn)鏈中分布廣泛[6]。因其普遍存在且具有耐低溫的特性，故熱殺索絲菌是低溫貯藏肉類以及海產(chǎn)品中的優(yōu)勢(shì)腐敗菌。劉愛(ài)芳等[7]研究表明，4 ℃冷藏金槍魚中熱殺索絲菌能夠產(chǎn)生大量揮發(fā)性鹽基氮。除有氧包裝外，熱殺索絲菌還是氣調(diào)包裝和真空包裝產(chǎn)品中的優(yōu)勢(shì)微生物[8-9]。

隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多的菌株完成了全基因組測(cè)序。比較基因組學(xué)可以基于比較對(duì)象進(jìn)行基因組元件的預(yù)測(cè)，以及功能蛋白注釋，能夠更加全面地了解不同菌株的發(fā)育特點(diǎn)，解釋表型差異。目前，比較基因組學(xué)技術(shù)逐漸被應(yīng)用于食品科學(xué)和安全領(lǐng)域研究。例如：彭明芳等[10]對(duì)3 株乳桿菌的比較基因組學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，其具有豐富的碳水化合物酶譜。Li 等[11]從冷藏蝦中分離得到波羅的海希瓦氏菌，發(fā)現(xiàn)其基因組中8.26%的編碼基因被注釋到氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝功能，表明波羅的海希瓦氏菌具有良好的降解蛋白質(zhì)的能力。Stanborough 等[12]分析比較不同來(lái)源的13 株莓實(shí)假單胞菌和7 株隆德假單胞菌，發(fā)現(xiàn)其具有高度的遺傳多樣性，且不同菌株的揮發(fā)性成分產(chǎn)生能力存在差異。目前，從比較基因組學(xué)角度對(duì)熱殺索絲菌的致腐能力的研究鮮有報(bào)道。本研究以冷鮮牛肉熱殺索絲菌分離株為研究對(duì)象，以揮發(fā)性鹽基氮（TVB-N）和乙偶姻為指標(biāo)，篩選致腐差異的菌株，借助全基因組測(cè)序技術(shù)，分析預(yù)測(cè)致腐基因的分布，對(duì)深入探究該菌的致腐機(jī)制具有重要意義。

1 材料與方法

1.1 材料與試劑

從杭州市某菜市場(chǎng)購(gòu)買的冷鮮牛肉冰運(yùn)至實(shí)驗(yàn)室，無(wú)菌條件下分割成片狀（長(zhǎng)10 cm×寬8 cm×厚1.5 cm），放置于聚乙烯透氧托盤包裝，在4 ℃貯藏。

熱殺索絲菌分離培養(yǎng)基（Steptomycin thallous acetate agar，STAA），青島海博生物技術(shù)有限公司；瓊脂糖、緩沖液、引物、DNA Marker，上海生工有限公司；氧化鎂、硼酸、甲醇、乙腈，國(guó)藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司；鹽酸、乙偶姻、萘酚、肌酸等，阿拉丁公司；Dneasy Blood &Tissue Kit 試劑盒，美國(guó)Kapa Biosciences 公司。

1.2 儀器與設(shè)備

3-18K 型臺(tái)式高速冷凍離心機(jī)，德國(guó)Sigma公司；LRH-250A 型生化培養(yǎng)箱，上海一恒科技有限公司；BHC-1300 型生物安全柜，蘇州市金凈凈化設(shè)備科技有限公司；FE20 型數(shù)顯pH 計(jì)，梅特勒-托利多儀器（上海）有限公司；UV-1800 型分光光度計(jì)，日本Kyoto 公司；KDN-103F 型凱氏定氮儀，上海華燁公司；Agilent 2100 型生物分析儀，美國(guó)Agilent 公司；NovaSeq 6000 型測(cè)序儀，美國(guó)Ilumina 公司；Vanquish 型電泳儀、Qubit@2.0 型熒光計(jì)，美國(guó)Thermo Fisher Scientific 公司。

1.3 方法

1.3.1 熱殺索絲菌的分離純化及鑒定 牛肉在4℃貯藏初期和貯藏末期5 d 取樣25 g，于225 mL生理鹽水中，稀釋涂布于STAA 培養(yǎng)基培養(yǎng)，挑取典型形態(tài)的菌落經(jīng)純化培養(yǎng)后，革蘭氏染色。參考Illikoud 等[13]方法對(duì)分離得到的革蘭氏陽(yáng)性菌，通過(guò)rpoB 特異性引物（Fw1：5’-GCGTGCATTAGG TTTCAGTACA -3’，Rev1：5’ -TCCAAGACCAGA CTCTAATTGCT-3’）擴(kuò)增，目的片段大小為396 bp，以李斯特菌及金黃色葡萄球菌為陰性對(duì)照。瓊脂糖凝膠電泳觀察分離菌株擴(kuò)增出特定目的片段，以此鑒定。

1.3.2 熱殺索絲菌的腐敗能力測(cè)定

1）無(wú)菌牛肉汁的接種 根據(jù)顧春濤等[14]的方法稍作修改，將牛肉經(jīng)無(wú)菌絞肉機(jī)絞碎后取25 g 在100 mL 無(wú)菌水中均質(zhì)1 min，在4 ℃離心（6 000×g，20 min）。然后將上清液過(guò)0.45 μm 和0.22 μm 無(wú)菌濾膜得到無(wú)菌牛肉汁。將分離株以1‰接種于牛肉汁中，4 ℃培養(yǎng)5 d 和9 d 取樣分析。

2）揮發(fā)性鹽基氮TVB-N 測(cè)定 參考GB 5009.228-2016 中半微量定氮法檢測(cè)TVB-N 值。取10 mL 牛肉汁，加入飽和氧化鎂溶液和2%硼酸溶液，以甲基紅-溴甲酚綠指示劑，放置于半自動(dòng)凱氏定氮儀中反應(yīng)，用0.01 mol/L HCl 滴定。結(jié)果表示為mg N/100 g 牛肉。

3）產(chǎn)乙偶姻能力測(cè)定 根據(jù)Illikoud 等[15]的方法，取樣品離心的上清液，分別按順序添加0.05 g/L 肌酸、0.5 g/L 萘酚，95%乙醇，0.5 g/L KOH，在波長(zhǎng)560 nm 處測(cè)吸光值。同時(shí)以不同濃度的乙偶姻標(biāo)準(zhǔn)品繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線，由標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算樣品乙偶姻濃度。

1.3.3 熱殺索絲菌強(qiáng)弱腐敗株全基因組測(cè)序

1）基因組DNA 的提取 將分離菌株BT25和BT27 劃線至STAA 培養(yǎng)基，經(jīng)30 ℃培養(yǎng)24 h，挑取單個(gè)菌落接種于5 mL TSB，過(guò)夜培養(yǎng)。采用Dneasy Blood&Tissue Kit 試劑盒提取2 株分離菌株基因組DNA。瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)提取的DNA，并通過(guò)熒光計(jì)（Thermo Scientific）進(jìn)行定量。

3）基因測(cè)序及組裝 全基因組測(cè)序由北京諾源生物信息技術(shù)有限公司完成。使用Clean Data、SOAP denovo 和SPAdes 軟件進(jìn)行基因組組裝，將初步組裝結(jié)果與CISA 軟件進(jìn)行整合，選出支架最少的組裝結(jié)果；使用gapclose 軟件填補(bǔ)空白，通過(guò)過(guò)濾低測(cè)序深度（小于平均深度的0.35）的reads 去除相同的lane 污染，得到最終組裝結(jié)果，隨后過(guò)濾掉500 bp 以下的片段。

4）基因預(yù)測(cè)與功能注釋 采用geneMarkS對(duì)測(cè)序基因組進(jìn)行編碼基因預(yù)測(cè)，并通過(guò)tRNAscan-SE、Rfam、RNAmmer 分析全基因組特征。預(yù)測(cè)的蛋白序列通過(guò)Clusters of Orthologous Groups of proteins（COG）、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG）、Carbohydrate-Active enzymes（CAZy）數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行功能注釋。

1.3.4 數(shù)據(jù)處理與統(tǒng)計(jì)分析 熱殺索絲菌在牛肉汁中腐敗試驗(yàn)重復(fù)3 次，每組樣品設(shè)立3 組平行，結(jié)果取平均值。采用GraphPad Prism 8.0 版本進(jìn)行數(shù)據(jù)處理及繪圖。顯著性差異通過(guò)GraphPad Prism 8.0 的two-way ANOVA 分析，P＜0.05 表示有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性差異。

2 結(jié)果與分析

2.1 熱殺索絲菌的分離和鑒定

通過(guò)STAA 分離培養(yǎng)得到29 株分離株，經(jīng)革蘭氏染色后形態(tài)為藍(lán)色，細(xì)桿狀。采用rpoB 特異性基因鑒定熱殺索絲菌分離菌株。如圖1 所示，有29 株分離株成功擴(kuò)增出396 pb 的目的條帶，鑒定為熱殺索絲菌，以單增李斯特菌和金黃色葡萄球菌作為陰性對(duì)照，發(fā)現(xiàn)未擴(kuò)增出條帶。Adékambi等[16]發(fā)現(xiàn)編碼RNA 聚合酶β 亞基的rpoB 管家基因可以針對(duì)一系列密切相關(guān)的細(xì)菌物種，如乳酸菌和李斯特菌的DNA，進(jìn)行細(xì)菌鑒定和系統(tǒng)發(fā)育研究。

圖1 牛肉中熱殺索絲菌的分離和鑒定Fig.1 Isolation and identification of B.thermosphacta strains isolated from beef

2.2 熱殺索絲菌分離株的致腐能力評(píng)價(jià)

熱殺索絲菌29 株分離株接種于滅菌牛肉汁中，以TVB-N 和乙偶姻為指標(biāo)評(píng)價(jià)致腐能力。如圖2 所示，所有分離株的TVB-N 生成緩慢，經(jīng)9 d 冷藏下含量為7.0～12.6 mg N/100 g，均未超過(guò)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)，其中BT23 和BT30 最高，含量增長(zhǎng)至11.5，12.6 mg N/100 g。TVB-N 是評(píng)價(jià)肉質(zhì)新鮮度的重要指標(biāo)，國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定新鮮肉中TVB-N 含量應(yīng)不超過(guò)15 mg N/100 g[7]。另外，29 株分離株在牛肉汁中的乙偶姻增加明顯，在第5 天BT27、BT01、BT2、BT14、BT17、BT24 從高到低的乙偶姻產(chǎn)量為94.0～81.5 μg/mL，超過(guò)60 μg/mL，而B(niǎo)T16、BT25較低。牛肉汁冷藏至第9 天，BT06、BT09、BT20、BT21、BT26、BT27的乙偶姻產(chǎn)量為101.7～139.3 μg/mL，并且BT27 的產(chǎn)量最高，達(dá)到139.3 μg/mL，而B(niǎo)T16、BT25 仍較低。乙偶姻為熱殺索絲菌在牛肉中的重要腐敗代謝產(chǎn)物，29 株分離株在牛肉汁中的腐敗能力存在差異，BT25 產(chǎn)乙偶姻能力最低，而B(niǎo)T27 最高，因此選擇BT25 和BT27 強(qiáng)弱菌株進(jìn)行比較基因組學(xué)分析。

圖2 熱殺索絲菌分離株在4 ℃牛肉汁中TVB-N（a）和乙偶姻（b）的變化Fig.2 Changes of TVB-N（a）and acetion（b）of B.thermosphacta inoculated in sterile beef juice stored at 4 ℃

熱殺索絲菌是導(dǎo)致冷鮮肉類腐敗的優(yōu)勢(shì)嗜冷菌之一，使冷卻肉產(chǎn)生具有異味的揮發(fā)性有機(jī)化合物，如乙偶姻、二乙酰，使腐敗肉產(chǎn)生令人不適的奶酪或奶制品風(fēng)味特征，多數(shù)情況下還會(huì)導(dǎo)致冷鮮肉表面發(fā)生綠變并伴隨綠色液體產(chǎn)生[17]。本研究表明，熱殺索絲菌對(duì)蛋白質(zhì)和非蛋白質(zhì)含氮化合物的降解能力較弱，所有分離株的TVB-N 積累量低，與假單胞菌、希瓦氏菌和氣單胞菌等腐敗菌致腐表型不同[18]。課題組前期研究已發(fā)現(xiàn)[19]，熱殺索絲菌能快速降解豬肉和牛肉中的葡萄糖，導(dǎo)致pH 值下降，積累大量的乙偶姻。分離株在牛肉汁中產(chǎn)乙偶姻能力較強(qiáng)，且不同菌株間具有差異，其中菌株BT27 最高，BT25 最弱，這與其分解代謝葡萄糖產(chǎn)生乙偶姻有關(guān)[20]。

2.3 熱殺索絲菌強(qiáng)弱腐敗株比較基因組學(xué)分析

2.3.1 兩株菌基因組特點(diǎn) 利用Illumina NovaSeq PE150 測(cè)序平臺(tái)測(cè)定兩株強(qiáng)、弱致腐性的熱殺索絲菌的全基因序列。經(jīng)組裝拼接后，其基因組特征如表1 所示。BT27 基因全長(zhǎng)為3 028 989 bp，86 個(gè)基因組重疊群，GC 含量為36.10%，其中包含了2 980 個(gè)編碼基因，預(yù)測(cè)出rRNA 和tRNA數(shù)量分別為6 個(gè)和51 個(gè)；BT25 基因全長(zhǎng)為2617130 bp，9 個(gè)基因組重疊群，GC 含量為36.18%，其中包含了2 526 個(gè)編碼基因，預(yù)測(cè)出rRNA 和tRNA 數(shù)量分別為4 個(gè)和20 個(gè)。

表1 兩株熱殺索絲菌基因組特點(diǎn)Table 1 Genome features of two B.thermosphacta isolates

2.3.2 泛基因組分析 泛基因組（Pan genome）是某一物種全部基因的總稱，包括核心基因（Core genome）、附屬基因（Accessory gene）和特異性基因（Unique gene）[21]。核心基因組是所有菌株中都存在的一組基因，主要參與基礎(chǔ)生物學(xué)過(guò)程[22]；而附屬基因則是指存在于生物體子集或單個(gè)生物體中編碼次級(jí)代謝途徑相關(guān)的基因；特異性基因指僅在某一菌株中獨(dú)特存在的基因。如圖3 顯示，熱殺索絲菌BT27 和BT25 菌株一共預(yù)測(cè)出3 887 個(gè)基因，其中核心基因有1 491 個(gè)，占預(yù)測(cè)總基因數(shù)的38.4%，而獨(dú)特基因分別為1 419 個(gè)和977 個(gè)，占預(yù)測(cè)總基因數(shù)的36.5%和25.1%。

圖3 兩株熱殺索絲菌泛基因組分析Fig.3 Pan genome of two B.thermosphacta isolates

2.3.3 基因功能注釋

2.3.3.1 COG 注釋 COG（Cluster of orthologous groups of protein）蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)根據(jù)細(xì)菌、藻類和真核生物完整基因組的編碼蛋白系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系分類構(gòu)建而成。兩株熱殺索絲菌的COG 注釋如圖4 所示。BT27 和BT25 的基因組上分別有2 319 個(gè)和1 966 個(gè)編碼基因被注釋到22 個(gè)COG 功能分類上，兩株熱殺索絲菌的COG 功能注釋結(jié)果相似，其中蛋白編碼基因主要集中分布在氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)代謝（255，203 個(gè)基因）、碳水化合物轉(zhuǎn)運(yùn)代謝（245，175 個(gè)基因）、翻譯、核糖體結(jié)構(gòu)與生物合成（185，197 個(gè)基因）、轉(zhuǎn)錄（209，166 個(gè)基因）等功能分類上；而分布在細(xì)胞運(yùn)動(dòng)、胞外結(jié)構(gòu)的編碼基因數(shù)量較少。且在大部分COG 功能分類中，BT27 的基因數(shù)量均多于BT25。

圖4 兩株熱殺索絲菌COG 功能注釋Fig.4 COG functions prediction of two B.thermosphacta isolates

2.3.3.2 KEGG 注釋 KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genome）是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)分子和生化系統(tǒng)等方面的數(shù)據(jù)庫(kù)，能夠系統(tǒng)分析基因產(chǎn)物和化合物在細(xì)胞中的代謝途徑以及這些基因產(chǎn)物的功能[23]。圖5 為熱殺索絲菌代謝相關(guān)通路注釋結(jié)果，BT27 和BT25 分離菌株分別有1 460 個(gè)和1 175 個(gè)編碼基因被注釋到代謝功能中的12 個(gè)功能分類。除全局和概覽通路外，2 株熱殺索絲菌基因涉及最多的通路為碳水化合物代謝，其中BT27 有240 個(gè)基因，BT25 有175 個(gè)基因，其次是氨基酸代謝，兩者均超過(guò)140 個(gè)基因。

圖5 兩株熱殺索絲菌KEGG 代謝功能注釋Fig.5 KEGG functions prediction of two B.thermosphacta isolates

圖6 兩株熱殺索絲菌碳水化合物酶的功能預(yù)測(cè)Fig.6 CAZymes functions prediction of two B.thermosphacta isolates

2.3.3.3 碳水化合物酶 碳水化合物活性酶（Carbohydrate-activeenzymes，CAZymes）為能催化碳水化合物降解、修飾、以及生物合成的相關(guān)酶系家族[24]。其包含6 個(gè)主要分類，在BT25 中發(fā)現(xiàn)1 個(gè)編碼AAs 的基因。

兩株腐敗強(qiáng)、弱菌株的全基因組測(cè)序發(fā)現(xiàn)，BT27 和BT52 的核心基因組比例達(dá)到38.4%，表明兩株菌同源性較高。CAZy 注釋顯示熱殺索絲菌的基因組中存在大量參與碳水化合物代謝的編碼基因和編碼GHs 基因，GHs 家族基因編碼的糖苷水解酶具備催化塔格糖苷、阿拉伯呋喃糖苷、甘露糖苷等糖類的功能[25]。BT27 的基因組中還有相關(guān)的基因?yàn)閘acC（BT27_02234），araQ（BT27_00424），manA（BT27_00736）。Alexandrakis 等[26]研究顯示葡萄糖、核糖、甘油、甘油-3 磷酸和肌苷是熱殺索絲菌在肉中生長(zhǎng)的底物，其中葡萄糖是首先被利用的碳源。另一方面，COG 注釋顯示兩株菌也有編碼氨基酸代謝的基因，然而數(shù)量較少，如sdhA基因（BT27_00143）編碼的L-絲氨酸脫水酶，oppB基因（BT27_00600）編碼寡肽轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)滲透蛋白。然而，它們可利用的氨基酸范圍非常窄。Illikoud等[27]發(fā)現(xiàn)熱殺索絲菌基因組僅存在編碼降解亮氨酸以產(chǎn)生異戊酸鹽和3-甲基丁醇所需酶的基因。基于兩株強(qiáng)、弱腐敗株的比較基因組學(xué)發(fā)現(xiàn)，腐敗能力較強(qiáng)的BT27 被注釋到碳水化合物代謝和碳水化合物酶的編碼基因數(shù)量均多于腐敗能力較弱的BT25，提示熱殺索絲菌的腐敗潛力取決于碳水化合物的代謝能力。相似地，豬肉來(lái)源熱殺索絲菌基因中也有大量磷酸烯醇式丙酮酸依賴型磷酸轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)（PTS）的底物特異性基因，同時(shí)還存在編碼核糖、麥芽糖和肌醇轉(zhuǎn)運(yùn)體的基因[28]，提示熱殺索絲菌的碳源利用能力極強(qiáng)。

PTS 可以將多種糖類及其衍生物進(jìn)行磷酸化，然后運(yùn)輸?shù)郊?xì)胞內(nèi)。絕大多數(shù)細(xì)菌PTS 的基本組成幾乎都包含2 個(gè)磷酸轉(zhuǎn)移酶：酶I（EI）和組氨酸磷酸載體蛋白（HPr），以及依賴于不同種類糖的特異性酶II 復(fù)合物（EIIA，EIIB，EIIC，EIID）[29]。編碼EI 和HPr 蛋白的基因通常在同一個(gè)操縱子上，即ptsHI 操縱子。EI（約570 個(gè)殘基）由ptsI 基因（BT27_00962）編碼，HPr（約90 個(gè)殘基）由ptsH（BT27_00963）基因編碼[30]。BT27 和BT25 中涉及編碼PTS 的基因多達(dá)17 種，bglF、celA、crr、dhaK、dhaL、dhaM、fruA、gmuC、malX、manX、manY、manZ、mtlA、nagP、ptsG、treP、ulaA，而致腐能力更強(qiáng)的BT27 中的基因數(shù)量更多。它們編碼的蛋白質(zhì)主要用于能量運(yùn)輸過(guò)程中碳水化合物（如葡萄糖、果糖、甘露糖、乳糖、海藻糖和纖維二糖等）的吸收，并將糖類物質(zhì)催化轉(zhuǎn)化為相應(yīng)的磷酸酯。

此外，BT27 中還存在多種糖類的轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)，如malG（BT27_01417）編碼麥芽糖轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)滲透蛋白，在麥芽糖進(jìn)入細(xì)胞內(nèi)后由 malP（BT27_00184）編碼的麥芽糖羧化酶催化進(jìn)入相應(yīng)代謝途徑。rbsA（BT27_02029）、rbsB（BT27_02027）和rbsC（BT27_02028）基因分別調(diào)節(jié)核糖與ATP的結(jié)合以及細(xì)胞膜滲透。阿拉伯糖的降解需要araB、araA 和araD 3 個(gè)基因，分別編碼核酮糖激酶、阿拉伯糖異構(gòu)酶和核酮糖-5-磷酸差向異構(gòu)酶[31]，在BT27 相應(yīng)的基因?yàn)锽T27_01643、BT27_00421和BT27_00424。

3 結(jié)論

熱殺索絲菌是冷鮮肉中常見(jiàn)的腐敗菌，近期研究發(fā)現(xiàn)豬肉、牛肉、羊肉及腌制肉中均有存在[32]，表現(xiàn)出很強(qiáng)的代謝多樣性和廣泛的定殖環(huán)境，然而，對(duì)熱殺索絲菌致腐機(jī)制的研究仍較少。本研究從冷鮮牛肉樣品中共分離得到29 株熱殺索絲菌，分離株的TVB-N 形成較弱，而產(chǎn)乙偶姻能力較強(qiáng)，且基于乙偶姻差異獲得強(qiáng)、弱腐敗菌BT27 和BT25。通過(guò)比較基因組學(xué)解析了冷鮮牛肉分離的熱殺索絲菌降解碳水化合物分解酶的基因。2 株熱殺索絲菌核心基因組中涉及調(diào)控基因比例較高，其致腐能力與碳水化合物基因編碼的酶和蛋白質(zhì)相關(guān)，從基因?qū)用嫔详U明BT27 菌株的強(qiáng)致腐能力的分子基礎(chǔ)。研究為熱殺索絲菌分離株的基因組結(jié)構(gòu)中差異性研究提供了線索，為后續(xù)熱殺索絲菌代謝特征、致腐機(jī)理和調(diào)控通路研究奠定了良好的基礎(chǔ)。