張曉寒,陳彥良,馬 欣,張珊珊,韋善君
(中央民族大學 生命與環(huán)境科學學院,北京 100081)
結(jié)縷草屬(Zoysia)植物是C4類暖季型禾本科草,約有10 個種,具有發(fā)達的匍匐莖和地下根莖,是建植草坪草的良好材料[1-2]。目前,在全球廣泛種植的有日本結(jié)縷草(Z.japonicaSteud.)、溝葉結(jié)縷草(Zoysiamatrella)、細葉結(jié)縷草(Z.tenuifolia)、中華結(jié)縷草(Z.sinicaHance)以及它們之間的雜交種,它們形成的草坪耐高溫[3]、干旱[4]、高鹽[5]和重金屬[6-7]脅迫,耐踐踏[8],養(yǎng)護成本低。在我國結(jié)縷草地理分布廣泛,種質(zhì)資源豐富。其中,山東半島和遼東半島有大面積的野生結(jié)縷草資源,是我國結(jié)縷草種子生產(chǎn)的重要基地[9-10]。在我國草坪草業(yè)界,結(jié)縷草一直占據(jù)著重要的地位,首要原因為結(jié)縷草是我國唯一出口種子的草種,其次是我國適合種植結(jié)縷草的面積廣泛。溝葉結(jié)縷草及其衍生種地上莖密集,葉較硬且直立,匍匐莖發(fā)達,形成的草坪色澤翠綠,質(zhì)地厚且有彈性,在長江流域及以南區(qū)域的公園、廣場草坪建植和公路兩側(cè)綠化中廣泛采用[8,11]。日本結(jié)縷草和中華結(jié)縷草耐踐踏能力強,在建植運動場草坪上有優(yōu)勢,在我國南北均有種植。然而,多年以來在我國廣泛種植的結(jié)縷草品種還是以進口的為主[12]。優(yōu)質(zhì)品種是草坪業(yè)發(fā)展的核心,隨著我國對草業(yè)發(fā)展的重視,近20 a來具有自主知識產(chǎn)權(quán)的品種不斷推出,例如,2018年分別由華南農(nóng)業(yè)大學和江蘇省中國科學院植物研究所培育的廣綠和蘇植5號通過了全國草品種審定委員會審定。自有產(chǎn)權(quán)優(yōu)質(zhì)品種的推出將進一步促進我國結(jié)縷草產(chǎn)業(yè)的快速發(fā)展。
優(yōu)質(zhì)的草坪草不僅草坪質(zhì)地優(yōu)美,而且還需要有較強的適應逆境的能力,所以提高抗逆性一直是結(jié)縷草育種中的一項重要內(nèi)容[13-15]。研究結(jié)縷草響應逆境脅迫的特征及抗逆的分子機理,對培育高抗逆品種有指導價值。日本結(jié)縷草基因組大小約334 Mb,預計有59 271個編碼蛋白的基因[16]。在組學方面,Xuan 等[17]采用雙向電泳技術(shù)研究了低溫脅迫下日本結(jié)縷草和溝葉結(jié)縷草匍匐莖中的差異表達蛋白,Wei 等[18]和Long 等[19]先后報道了日本結(jié)縷草和溝葉結(jié)縷草在低溫脅迫下的轉(zhuǎn)錄和生理調(diào)節(jié),Wang 等[20]從轉(zhuǎn)錄組水平研究了大穗結(jié)縷草在鹽迫下的調(diào)節(jié),Wang 等[21]從生理和轉(zhuǎn)錄組水平對日本結(jié)縷草鹽敏感和耐鹽的2個株系進行了比較研究,這些結(jié)果為研究結(jié)縷草逆境響應基因的功能提供了豐富的信息。在基因功能研究方面,已經(jīng)報道的逆境響應轉(zhuǎn)錄因子有DREB2[22]、DREB1[23-24]、鋅指蛋白[25]、ICE[26-27]、NAC[28],功能基因有液泡膜質(zhì)子-焦磷酸酶基因[29]、LEA基因[30-31]、GRP(Glycine-rich RNA-binding proteins)基因[32]、銅鋅超氧化物歧化酶基因[33]及其分子伴侶基因[34]。由于結(jié)縷草的種質(zhì)馴化歷程短,諸多原始遺傳性狀得以保留,研究結(jié)縷草抗逆的分子機制還有利于挖掘新基因資源用于其他植物的育種。
COR(Cold regulated)基因是早期發(fā)現(xiàn)的一些在低溫誘導下表達量顯著上調(diào)的基因,例如擬南芥中的COR78/RD29A、COR47、COR15a和COR6.6,小麥中的脫水素(Dehydrin)和晚期胚胎發(fā)育蛋白。后來的研究發(fā)現(xiàn),COR基因的表達通常也受干旱和ABA等因素誘導。COR蛋白的共性是富含親水性氨基酸,能夠維持生物大分子及膜系統(tǒng)的穩(wěn)定性,具有增強細胞抗凍、抗脫水功能[35]。
本研究報道溝葉結(jié)縷草的一個低溫脅迫響應基因ZmCOR410,分析了其表達產(chǎn)物的生物信息學特征,檢測了其在低溫脅迫下的表達情況,并在擬南芥植株和酵母細胞中評價了其抗逆功能,旨在為認識結(jié)縷草抗逆機制積累資料。
供試材料為溝葉結(jié)縷草馬尼拉,采自浙江大學華家池校區(qū)校園草坪。擬南芥為哥倫比亞生態(tài)型。植物表達載體pZP212和農(nóng)桿菌Gv3101菌株為中央民族大學生命與環(huán)境科學學院生化與分子實驗室保存材料,酵母表達載體pYES-Dest52和酵母G19菌株由中國科學院(江蘇省)植物園劉建秀研究員惠贈。
根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)設(shè)計引物P1(ATGGAGGACGAGAGGAACAAAGC)和P2(ATGGAGGACGAGAGGAACAAAGC)。以 4 ℃處理 72 h 的 cDNA 為模板,用P1和P2PCR擴增ZmCOR410基因的編碼區(qū)(CDS)。PCR 擴增反應體系為(20 μL): 2×PrimeSTAR Max DNA Polymerase 10 μL,P1和P2各 0.25 μL(10 μmol/L), cDNA 模板 1 μL, ddH2O 8.5 μL。反應程序為 :(98 ℃ 10 s,58 ℃ 15 s,72 ℃ 10 s)× 32 循環(huán)。將PCR產(chǎn)物送到上海生工測序檢測確定擴增產(chǎn)物的序列。利用GENSCAN(http://genes.mit.edu/GENSCAN.html)預測所編碼的氨基酸序列;采用Protparam(http://web.expasy.org/protparam/)分析蛋白質(zhì)的理化性質(zhì);通過TMHMM(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)進行蛋白跨膜區(qū)分析;蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)通過SOPMA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)預測;系統(tǒng)發(fā)育樹采用軟件MEGA 7.0(NJ法,Bootstrap=1 000)構(gòu)建。
溝葉結(jié)縷草種植于培養(yǎng)室內(nèi),培養(yǎng)基質(zhì)為珍珠巖∶蛭石∶營養(yǎng)土=1∶1∶2,培養(yǎng)室溫度為28 ℃/22 ℃(L/D),定期修剪。以修剪后6周齡植株為試材,轉(zhuǎn)入培養(yǎng)箱中進行4 ℃低溫處理,分別于2,6,12,24,72 h后取植株頂端第1~2片展開葉,同時取培養(yǎng)室內(nèi)植株葉為對照,液氮中速凍后置于-80 ℃冰箱中保存?zhèn)溆?。用植物總RNA提取試劑盒(TaKaRa)提取總RNA。選用經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳和NanoDrop2000檢驗合格的RNA樣品,以O(shè)ligo dT為引物,用反轉(zhuǎn)錄酶M-MLV反轉(zhuǎn)錄為cDNA,具體操作按說明書進行。以cDNA為模板,以actin1(NCBI accession No.:GU290545)為內(nèi)標基因,采用qRT-PCR法檢測各處理中ZmCOR410的表達量。內(nèi)標基因引物為Pactin-F(GATATGCACTTCCCCATGCT)和Pactin-R(CGAGCTTCTCCTTGATGTCC),ZmCOR410基因的引物為5′—3′(GAAGCACGAGGTCAAGAAGG)和(TCTCGTCGATCACCTCCTCT)。反應總體系12 μL,其中cDNA 1 μL,SYBR Premix 6 μL,基因上、下游引物各0.24 μL。反應程序:95 ℃ 30 s;95 ℃ 5 s,56 ℃ 30 s,共40個循環(huán)。采用-ΔΔCt法計算基因的相對表達量。
將ZmCOR410CDS克隆到植物表達載體pZP212的XbaⅠ和SacⅠ之間,獲得重組質(zhì)粒pZP212-ZmCOR410。采用凍融法將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化農(nóng)桿菌Gv3101,通過浸花法轉(zhuǎn)化擬南芥。擬南芥種子經(jīng)次氯酸鈉溶液(含2%有效氯)表面消毒后,播種到含有50 μg/mL硫酸卡那霉素的MS培養(yǎng)基上,篩選轉(zhuǎn)基因植株,收集轉(zhuǎn)基因植株T3種子用于抗逆評價試驗。將野生型和轉(zhuǎn)基因擬南芥植株種子播種在MS培養(yǎng)基平板上,10 d后將幼苗移栽至蛭石∶營養(yǎng)土=1∶1的基質(zhì)中培養(yǎng)。冷凍處理是將移栽后28 d的苗子轉(zhuǎn)到培養(yǎng)箱中,溫度調(diào)到-6 ℃,2 h后灑冰水以誘導冰核形成,再繼續(xù)冷凍處理12 h,然后將溫度調(diào)到4 ℃化凍12 h。將植株轉(zhuǎn)回到培養(yǎng)室中恢復生長,14 d后用葉片傷害指數(shù)來描述葉片的受損情況[36]。首先根據(jù)受損程度將葉片分為5級:基本無明顯受損(0級)、表面有少量變黃(Ⅰ級)、將近1/2面積焦枯(Ⅱ級)、大部分焦枯(Ⅲ級)、全部焦枯死亡(Ⅳ級)。
①
高溫處理是將移栽后兩周齡的幼苗轉(zhuǎn)入60 ℃培養(yǎng)箱中處理4 h,然后轉(zhuǎn)入溫室內(nèi)恢復培養(yǎng),14 d后觀察記錄植株存活率。干旱處理是幼苗移栽7 d后停止?jié)菜钡街仓瓿霈F(xiàn)明顯萎蔫癥狀,復水7 d后觀察統(tǒng)計存活情況。以上脅迫處理設(shè)轉(zhuǎn)基因植株和對照植株2個群體,樣本量均為30株以上。采用χ2統(tǒng)計分析2個群體植株的存活率差異。
采用Gateway重組技術(shù)將ZmCOR410的CDS克隆到酵母表達載體pYES-Dest52中,獲得重組載體pYES-ZmCOR410。分別將重組載體和pYES-Dest52轉(zhuǎn)入酵母G19菌株感受態(tài)細胞中,在亮氨酸缺陷型培養(yǎng)基(SD/Leu-)上篩選轉(zhuǎn)化子。制備酵母細胞的無菌水懸濁液,參照張杰等[37]試驗方法,在50 ℃下處理25,35,45 min,然后轉(zhuǎn)到30 ℃復蘇10 min。取100 μL菌懸液涂布接種到SD/Leu-培養(yǎng)基平板上,涂布未經(jīng)高溫處理的菌懸液為對照,30 ℃培養(yǎng)48 h后統(tǒng)計菌落數(shù),計算存活率。每個處理均設(shè)置3個重復。
在前期的轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果中,有一個注釋為COR410的拼接物,長1 717 bp,包含一個完整的閱讀框。在預測的閱讀框兩端設(shè)計引物,以4 ℃低溫處理72 h植株葉片的cDNA為模板,進行PCR擴增,結(jié)果獲得了接近1 000 bp 的特異帶(圖1)。對擴增片段進行克隆和測序結(jié)果顯示,該片段長927 bp,序列與預測的閱讀框相符。
在NCBI網(wǎng)站上進行BlastX分析,結(jié)果表明,該基因氨基酸序列與小麥COR410基因的相似度高,因此命名為ZmCOR410。根據(jù)文獻[16]下載溝葉結(jié)縷草基因組序列,用ZmCOR410的編碼區(qū)(CDS)進行查找,獲得其在基因組上的序列。將CDS、轉(zhuǎn)錄組拼接序列以及基因組序列進行比對可知,基因中含有一個長101 bp的內(nèi)含子,翻譯起始密碼子往前1 700 bp序列中,正鏈含有2個ACCGAC序列和1個GCCGAC序列,反向互補鏈中有1個GCCGAC序列(圖2),推測其轉(zhuǎn)錄受CBF/DREB1轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)。
圖1 ZmCOR410 編碼區(qū)的PCR擴增Fig.1 The amplification of the coding sequence of ZmCOR410 by PCR
白色方塊為外顯子,黑色方塊為內(nèi)含子;(+)和(-)分別代表有義鏈和無義鏈;1為翻譯起始位點。
ZmCOR410基因編碼308個氨基酸,主要的氨基酸組成為谷氨酸(Glu)14.6%、賴氨酸(Lys)13.0%、丙氨酸(Ala)9.1%、絲氨酸(Ser)7.8%和甘氨酸(Gly)6.2%。ZmCOR410蛋白質(zhì)分子質(zhì)量為33.8 ku,理論等電點為5.69,為偏酸性蛋白質(zhì)。序列中有一個富含賴氨酸殘基的基序,即K片段,還有一段可以被磷酸化的由多個絲氨酸殘基組成的S片段,但其中缺少富含甘氨酸的重復序列,也不存在Y片段(DEYGNP)(圖3)。這些特征都與LEA蛋白家族第Ⅱ亞組相符,該亞組也稱D11蛋白,為脫水素。
親疏水性分析表明,ZmCOR410氨基酸平均親水性指數(shù)(GRAVY)為-1.277(圖4-A),說明該蛋白為親水性蛋白。利用SOPMA工具進行蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)預測結(jié)果表明,ZmCOR410蛋白二級結(jié)構(gòu)中α-螺旋、無規(guī)則卷曲、β-折疊和延伸鏈占比分別為34.09%,55.84%,5.19%,4.87%(圖4-B),表明組成蛋白質(zhì)分子的主要二級結(jié)構(gòu)元件是α-螺旋和無規(guī)則卷曲,這樣有助于蛋白質(zhì)的穩(wěn)定性[38]。利用TMHMM工具進行蛋白質(zhì)跨膜區(qū)分析結(jié)果表明,所有氨基酸均位于細胞膜外,不含有跨膜區(qū),說明ZmCOR410屬于非跨膜類蛋白(圖5)。ZmCOR410的上述一級和二級結(jié)構(gòu)均符合酸性脫水素的特征[38]。
方框內(nèi)為K-片段;下劃線處為S-片段。 The box is K-segment;Underline is S-segment.
將ZmCOR410的氨基酸序列在NCBI網(wǎng)站上進行BlastP分析,選取與其氨基酸序列相似度最高的前30個同源基因(來自17個物種),使用Mega 7.0軟件進行多序列比對并構(gòu)建基因系統(tǒng)進化樹,結(jié)果顯示,這些基因明顯地分成C4植物和C3植物2個大支。其中,C3分支主要是由麥類和水稻同源基因2個小分支構(gòu)成;C4分支由玉米同源基因和其他C4植物同源基因2個小分支構(gòu)成。結(jié)縷草ZmCOR410與抗高溫干旱能力強的彎葉畫眉草、無芒隱子草的同源基因親緣關(guān)系最近(圖6)。
圖5 ZmCOR410蛋白氨基酸序列跨膜分析Fig.5 Transmembrane analysis of ZmCOR410 protein
圖6 ZmCOR410蛋白的系統(tǒng)進化樹分析Fig.6 Phylogenetic tree analysis of ZmCOR410 protein
本研究檢測了4 ℃低溫脅迫下溝葉結(jié)縷草葉組織中ZmCOR410表達調(diào)節(jié),結(jié)果表明,在常溫條件下ZmCOR410基因表達量很低;在4 ℃低溫脅迫下,2 h后其表達量明顯上升,并隨著脅迫的延長持續(xù)上升,增量最大的時間點在脅迫后24 h,直到脅迫后72 h其表達量持續(xù)上升。說明溝葉結(jié)縷草葉片中ZmCOR410基因的表達對低溫脅迫敏感,受低溫脅迫顯著誘導(圖7)。
為檢測ZmCOR410 的抗逆功能,將其CDS克隆到植物表達載體pZP212的XbaⅠ和SacⅠ的位點之間,使其受PCaM35S啟動子和T-nos終止子調(diào)控,得到植物表達載體(圖8-A)。將該載體轉(zhuǎn)化到農(nóng)桿菌Gv3101菌株中,通過菌懸液醮花絮法轉(zhuǎn)化擬南芥,經(jīng)篩選獲得了4個穩(wěn)定遺傳外源基因的株系。在正常生長條件下,轉(zhuǎn)基因植株生長發(fā)育無明顯特異之處。
以4個轉(zhuǎn)基因株系的植株作為一個群體,以野生型植株為對照群體,進行脅迫處理,比較2個群體的抗逆能力。經(jīng)-6 ℃冷凍低溫處理后,轉(zhuǎn)基因和野生型植株葉片均受到凍害;復蘇培養(yǎng)14 d后,野生型群體中大葉片基本死亡,只有幼葉和芽尖有復蘇生長;轉(zhuǎn)基因群體中有的大葉片得以復蘇,幼葉和芽尖復蘇得更好,復蘇相同時間后有更多的新葉長出(圖8-B)。對傷害度進行統(tǒng)計,結(jié)果顯示,轉(zhuǎn)基因植株群體和對照群體葉片傷害指數(shù)分別為58.33,75.00,前者受到的傷害相對較輕。在干旱脅迫處理中,植株移栽復蘇后即停止?jié)菜?,至萎蔫時大部分植株已經(jīng)抽苔,復水后已經(jīng)伸展的葉片和莖均不能恢復生長,僅部分腋芽能再生長出來,轉(zhuǎn)基因群體和對照群體植株存活率分別為75.00%,58.33%(圖8-C)。在高溫脅迫處理中,植株經(jīng)60 ℃高溫脅迫處理4 h后,大部分葉片焦枯死亡,少數(shù)植株幼葉和芽尖復蘇生長,轉(zhuǎn)基因群體和對照群體存活率分別為26.04%,11.46%,二者差異達顯著水平(P<0.05)(圖8-D)。結(jié)果說明,ZmCOR410超表達后增強了擬南芥植株對冷凍低溫、干旱和高溫脅迫的耐受性,其中對高溫耐受性的增強效果顯著。
不同小寫字母表示各處理時間存在顯著差異(P<0.05)。圖9同。 Different lowercase letters indicate that there are significant differences between processing times at 0.05 level.
為了進一步驗證ZmCOR410抗高溫功能,pYES-ZmCOR410(圖9-A)并將其轉(zhuǎn)化到酵母G19菌株中。以轉(zhuǎn)化pYES-Dest52空載體的酵母細胞為對照,酵母細胞懸濁液于50 ℃條件下分別處理25,35,45 min后,載有ZmCOR410基因的細胞存活率分別為63.22%,51.67%,45.32%,對照組細胞的相應存活率分別為56.08%,36.99%,33.65%(圖9-B),說明50 ℃處理25 min以上使2種細胞的存活率均顯著下降。統(tǒng)計結(jié)果顯示,脅迫35 min以上時轉(zhuǎn)化ZmCOR410的細胞存活率顯著高于對照細胞,說明該基因增強了酵母細胞耐高溫的能力。
不同小寫字母表示差異顯著(P<0.05)。 Different lowercase indicate significant difference(P<0.05).
A. 重組酵母表達載體;B. 酵母細胞存活率。 A.The recombinant yeast-expression vector;B.The survival rate of yeast cells.
基于溝葉結(jié)縷草轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),本研究克隆獲得了溝葉結(jié)縷草的一個低溫脅迫響應基因ZmCOR410,編碼的蛋白ZmCOR410為一個酸性脫水素,在擬南芥和酵母細胞中表達后表現(xiàn)出一定的抗凍、抗干旱和抗高溫脅迫功能。
COR410是禾本科植物普遍存在的一個低溫響應基因,最早在小麥[39]中被檢測到,與大麥中的HvDhn8[40]、水稻的OsDhn1[41]和擬南芥的COR47[42]為同源基因,均屬于LEA 蛋白的第Ⅱ組(也稱為脫水蛋白或LEA D11蛋白)。溝葉結(jié)縷草的ZmCOR410蛋白含有308個氨基酸,氨基酸平均親水性指數(shù)為-1.277,無跨膜結(jié)構(gòu),二級結(jié)構(gòu)以無規(guī)則卷曲為主,符合脫水蛋白的典型特征。在禾本科植物COR410同源基因系統(tǒng)進化樹中,ZmCOR410與彎葉畫眉草和無芒隱子草同源基因的親緣關(guān)系最近。無芒隱子草是多年生超旱生C4植物,為干旱荒漠草原的建群種和優(yōu)勢種[43];彎葉畫眉草多生長于沙質(zhì)坡地、農(nóng)田、路邊荒地等,耐瘠、耐濕熱、抗干旱,適應性很強[44]。推測這些物種中COR410基因的進化具有趨同性,為高溫、干旱生境選擇的結(jié)果。
ZmCOR410基因的表達調(diào)節(jié)對4 ℃非常敏感,mRNA水平在誘導6 h后即顯著上升,并在72 h內(nèi)呈現(xiàn)逐漸上升的趨勢。芹菜(ApiumgraveolensL.)中COR47的轉(zhuǎn)錄在低溫誘導72 h內(nèi)也呈現(xiàn)逐漸上升的趨勢[45],大麥HvDhn8的轉(zhuǎn)錄受4 ℃低溫誘導并在第4天后基本穩(wěn)定[40]。小麥COR410基因表達也受冷馴化誘導,第6天和第7天以后mRNA水平下降,但仍然保持在較高水平[38,46]。ZmCOR410轉(zhuǎn)錄對更長時間的低溫脅迫或自然降溫變化的響應有待探究。在擬南芥中COR47為典型的DREB1類轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)節(jié)子,表達異源DREB1基因的轉(zhuǎn)基因擬南芥中COR47的mRNA水平顯著高于野生型[45];水稻的同源基因OsDhn1[41]、小麥同源基因TaCOR410[47]、大麥的同源基因HvDhn8[48]的表達也受DREB1誘導。溝葉結(jié)縷草中有多個DREB1基因,低溫脅迫下表達量顯著上調(diào)[19],ZmCOR410基因轉(zhuǎn)錄區(qū)上游有4個A/GCCGAC基序,推測低溫下ZmCOR410基因的表達也受DREB1轉(zhuǎn)錄因子誘導。
對小麥的研究結(jié)果表明,COR410蛋白具抗凍功能,冷馴化過程中COR410蛋白表達量與品種抗凍能力強呈正相關(guān)[46]。將小麥COR410基因轉(zhuǎn)入到草莓中,轉(zhuǎn)基因植株葉片半致死溫度比野生型的降低了5 ℃[49]。與此相似,溝葉結(jié)縷草ZmCOR410基因在擬南芥中超表達后可以減輕冷凍低溫(-6 ℃)對葉片的傷害。本研究還發(fā)現(xiàn),超表達ZmCOR410基因的擬南芥植株對高溫和干旱脅迫的耐受性也有所增強,轉(zhuǎn)化ZmCOR410基因的酵母細胞在高溫脅迫下的存活率也明顯提高。低溫、高溫和干旱脅迫均會引起細胞生理性缺水,COR410作為一種酸性脫水素,主要定位在細胞膜上,可能通過保護細胞膜來增強細胞對脅迫的耐受性[50]。小麥[38]和水稻[41]中的COR410同源基因在干旱脅迫下也大幅度上調(diào)表達,說明它們在抗干旱脅迫中的重要性。
綜上所述,ZmCOR410是溝葉結(jié)縷草的一個酸性脫水素基因,其表達受低溫大幅度誘導,表達產(chǎn)物可以增強細胞對冷凍低溫、高溫和干旱脅迫的耐受能力。脅迫環(huán)境下該基因的表達量與種質(zhì)抗逆能力關(guān)系還有待進一步研究。