快大型黃羽肉雞肉品質(zhì)性狀的遺傳參數(shù)估計(jì)和關(guān)鍵基因挖掘

楊欣婷，鄭麥青，譚曉冬，趙桂蘋，黃 超，李 森，李 韋，文 杰，劉冉冉*

(1.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所 動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部動(dòng)物遺傳育種與繁殖(家禽)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京 100193；2.廣西金陵農(nóng)牧集團(tuán)有限公司，南寧 530049)

隨著人民生活質(zhì)量的提高，消費(fèi)者對(duì)肉品質(zhì)更加關(guān)注。雞胸肉作為飲食中優(yōu)質(zhì)蛋白的重要來源，深受人們喜愛。影響肉品質(zhì)的主要因素包括遺傳基因、營養(yǎng)水平、飼養(yǎng)管理方式和宰前應(yīng)激。雞肉品質(zhì)性狀的評(píng)價(jià)指標(biāo)包括pH、肉色、系水力、嫩度、肌內(nèi)脂肪含量、風(fēng)味物質(zhì)等。pH作為評(píng)價(jià)肉品質(zhì)最重要的指標(biāo)之一，反映了宰后肌肉糖酵解速率和程度。宰后動(dòng)物自身的平衡機(jī)制被打破，ATP消耗仍在繼續(xù)，為維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài)，機(jī)體通過糖酵解合成ATP。ATP水解產(chǎn)生H+，導(dǎo)致宰后肌肉pH下降。宰后pH下降的速度和程度顯著影響肌肉的系水力[1]，當(dāng)pH降到蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)時(shí)，肌原纖維蛋白結(jié)合水的能力降低，同時(shí)靜電斥力減小，肌原纖維粗絲與細(xì)絲的間距變小，分布在其中的水分流失，肉在烹調(diào)過程中失重[2]。肉色作為評(píng)價(jià)肉品質(zhì)又一重要的指標(biāo)，直接影響消費(fèi)者購買意愿[3]。肉色常用感官評(píng)定或色差計(jì)測(cè)定，如CIE系統(tǒng)中L*值表示亮度(lightness)，a*值表示紅度(redness)，b*值表示黃度(yellowness)。肉色主要取決于肌紅蛋白(myoglobin, Mb)的氧化或還原程度[4](約占70%～80%)，剛屠宰后鮮肉的肌紅蛋白尚未與氧結(jié)合，處于還原狀態(tài)(Mb)，肉呈現(xiàn)暗紅色；與空氣中的氧接觸后，成為氧合肌紅蛋白(MbO2)，肉呈現(xiàn)鮮紅色；隨著時(shí)間的延長，亞鐵血紅素中的Fe2+氧化成Fe3+，成為高鐵肌紅蛋白(MetMb)，肉呈現(xiàn)暗褐色[5]。肉色還取決于血紅蛋白(haemoglobin, Hb)(約占20%～30%)和微量有色代謝物的組成，如β-胡蘿卜素的沉積主要影響肉色b*值[6]。此外，肉色也受到肌肉pH的影響[7]，肌肉pH的下降使肌原纖維粗絲與細(xì)絲間的水分流失，大量水存在于胞外空間，形成更開放的結(jié)構(gòu)，光的散射增加[8]，肉色更蒼白(肉色L*值升高)。肉雞胸肌的肉色L*值介于45到67之間[9]。在實(shí)際生產(chǎn)中，pH終值和肉色L*值作為評(píng)判生理正常和異常肉質(zhì)的重要指標(biāo)，pH終值<5.7且宰后24 h肉色L*值>53的雞肉，被判定為“類PSE肉”[10]。

目前鑒定到肉品質(zhì)性狀的主效基因有氟烷基因(halothane gene,Hal)、酸肉基因(rendement napole gene,RN)、磷酸化酶激酶調(diào)節(jié)亞基α1(phosphorylase kinase regulatory subunit alpha 1,PHKG1)和β-胡蘿卜素加氧酶1(beta-carotene oxygenase 1,BCO1)等。氟烷基因是由蘭尼定受體l基因(skeletal muscle ryanodine receptor,RYR1)的點(diǎn)突變(1843C-T)導(dǎo)致蛋白受體第615位上的Arg突變?yōu)镃ys造成的[11]。在應(yīng)激因子作用下，肌漿內(nèi)鈣離子非正常釋放，造成肌肉持續(xù)收縮，屠宰后肌肉糖降解加速，進(jìn)而產(chǎn)生PSE肉[12]。酸肉基因由AMP-激活蛋白激酶γ3亞基(protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit gamma 3,PRKAG3)的突變密碼子(R200Q)引起，突變使AMPK活性降低3倍[13]，肌肉中糖原含量提高70%以上[14]，導(dǎo)致pH終值過低，引起酸肉效應(yīng)。PRKAG3的多態(tài)性位點(diǎn)和氨基酸替換對(duì)肉質(zhì)都有不同程度的影響，顯性錯(cuò)義突變(R225Q)會(huì)導(dǎo)致肌肉糖原含量顯著增加[15]，氨基酸替換T30N和G52S與宰后24 h肉色L*值顯著相關(guān)[16]，而氨基酸替換I199V則會(huì)使骨骼肌中糖原含量降低,有利于改善肉質(zhì)[17]。PHKG1的Intron9剪接受體位點(diǎn)的點(diǎn)突變(8283C-A)導(dǎo)致開放閱讀框中的32 bp缺失，終止密碼子過早產(chǎn)生，降低PHKG1的mRNA和蛋白表達(dá)水平，降低糖原磷酸化酶激酶(phosphorylase kinase,PHK)的酶活性，造成豬肌肉組織中糖原分解速率下降，肌糖原貯積過高和pH終值過低。BCO1啟動(dòng)子的2個(gè)SNPs降低了啟動(dòng)子活性和mRNA表達(dá)量，增加雞血漿和胸肌中的葉黃素和玉米黃質(zhì)含量，雞胸肌肉色b*值升高[18]。敲除BCO1基因的小鼠器官中也會(huì)出現(xiàn)β-胡蘿卜素的積累[19]。肉色較淺的魚也會(huì)比肉色較紅的魚具有更高的BCO1表達(dá)和蛋白豐度[6]。

除此之外，pH和肉色等相關(guān)肉品質(zhì)性狀定位到的QTL有：雞1號(hào)染色體上396 cM的QTL影響雞胸肌初始pH[20]，區(qū)域內(nèi)4個(gè)差異表達(dá)基因(KLHL15、APOO、PRDX4、ACOT9)都受到調(diào)節(jié)以保護(hù)肌肉細(xì)胞免受氧化應(yīng)激來控制pH，從而影響系水力、滴水損失和肉的加工產(chǎn)量[21]。Bihan-Duval等[22]在6代pH終值上、下選系的肉雞中共定位到24個(gè)QTLs與胸肌pH終值相關(guān)，10個(gè)QTLs與腿肌pH終值相關(guān)。Sun等[23]定位到COL1A2基因上游的SNP與雞胸肌肉色L*值顯著關(guān)聯(lián)，并且COL1A2基因在肉色L*值高低組中差異表達(dá)。COL1A2基因在中國眉山豬的紅肌和白肌之間也存在表達(dá)差異(4倍)[24]。

本研究以快大型黃羽肉雞終端父系為研究素材，基于“京芯一號(hào)”55K SNP芯片基因分型，對(duì)胸肌肉品質(zhì)性狀進(jìn)行遺傳參數(shù)估計(jì)和GWAS分析，以期獲得影響黃羽肉雞肉色和pH性狀的基因及顯著位點(diǎn)，為肉品質(zhì)性狀遺傳選擇方案制定和主效基因/SNP鑒定奠定必要基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)動(dòng)物

試驗(yàn)群體為廣西金陵農(nóng)牧集團(tuán)有限公司生產(chǎn)飼養(yǎng)的快大型黃羽肉雞終端父系，來自2個(gè)世代共1 923只 雞，其中公雞1 013只，母雞910只。每個(gè)世代的雞同一天孵化，采用階梯式籠養(yǎng)方式，進(jìn)行常規(guī)免疫，自由采食和飲水，飼料參照NRC(1994)國際標(biāo)準(zhǔn)，所有個(gè)體健康狀況良好。

1.2 性狀測(cè)定

56日齡(上市日齡)統(tǒng)一屠宰，并進(jìn)行屠宰性狀、胸肌肉品質(zhì)性狀的測(cè)定。屠宰性狀包括全凈膛重(g)、胸肌重(兩側(cè))(g)、胸肌率(%)，測(cè)定和計(jì)算方法參照中華人民共和國農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《肉雞生產(chǎn)性能測(cè)定技術(shù)規(guī)范》(NY/T 828-2004)。肉品質(zhì)性狀包括宰后24 h pH、宰后15 min肉色、宰后24 h肉色，屠宰后剝離同一側(cè)胸肌，使用HI8424便攜式pH計(jì)(哈納 HANNA，意大利)測(cè)定pH，使用CR-410色彩色差計(jì)(柯尼卡美能達(dá)公司，日本)測(cè)定肉色，測(cè)定方法參照中華人民共和國農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《肉的食用品質(zhì)客觀評(píng)價(jià)方法》(NY/T 2793-2015)。所有表型值，以“平均值±3倍標(biāo)準(zhǔn)差”進(jìn)行質(zhì)量控制。

1.3 基因分型與質(zhì)控

雞翅靜脈采血后，將血液均勻涂在血液采集卡的點(diǎn)樣圈內(nèi)，然后自然陰涼至完全干燥后，常溫送至實(shí)驗(yàn)室以磁珠法抽提血液DNA。用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè)，采用NanoDrop 2000進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估。合格的基因組DNA利用“京芯一號(hào)”雞55K SNP芯片[25]檢測(cè)基因型。

使用PLINK(V1.9)軟件[26]對(duì)SNP進(jìn)行質(zhì)量控制，具體過程為：個(gè)體基因型檢出率≥ 90%，單個(gè)SNP檢出率≥ 90%，最小等位基因頻率≥ 95%，哈代-溫伯格平衡檢驗(yàn)P≥ 1×10-6，共有1 923只雞和43 662個(gè)SNPs通過質(zhì)控，用于后續(xù)研究。

1.4 遺傳參數(shù)估計(jì)

使用R(V3.6.0)軟件ASReml v3.0程序[27]的限制性極大似然法(REML)擬合線性混合模型，估計(jì)屠宰性狀和肉品質(zhì)性狀的方差組分。使用Wald F檢驗(yàn)固定效應(yīng)，顯示性別和世代對(duì)所有屠宰性狀和肉品質(zhì)性狀的效應(yīng)均顯著(P<0.05)。運(yùn)用單性狀分析法，估算各性狀的遺傳力，基于系譜的BLUP方法的單性狀動(dòng)物模型：

Y=Xb+Zu+e

基于基因型數(shù)據(jù)的GBLUP方法的單性狀動(dòng)物模型：

Y=Xb+Zu+e

運(yùn)用兩性狀分析法估算各性狀間的遺傳相關(guān)和表型相關(guān)，基于系譜的BLUP方法的兩性狀動(dòng)物模型：

其中，y、b、u、e同BLUP方法的單性狀動(dòng)物模型。

基于基因型數(shù)據(jù)的GBLUP方法的兩性狀動(dòng)物模型：

其中，y、b、u、e同GBLUP方法的單性狀動(dòng)物模型。

1.5 全基因組關(guān)聯(lián)分析

使用GEMMA(V0.98.1)軟件[28]構(gòu)建單性狀混合線性模型進(jìn)行GWAS分析。SNP 作為固定因子，個(gè)體親緣關(guān)系作為隨機(jī)效應(yīng)。統(tǒng)計(jì)模型如下:

y=Wα+xβ+u+ε,u～MVNn(0,λτ-1K),ε～MVNn(0,τ-1In)

其中，y是表型值的向量；W是固定效應(yīng)矩陣，包括性別和世代；α是包含截距在內(nèi)的相應(yīng)系數(shù)；x是基因型向量；β是SNP的效應(yīng)向量；u是隨機(jī)效應(yīng)；ε是殘差。λ是2個(gè)方差組分的比率，τ-1是殘差的方差，K是SNP估計(jì)的中心親緣關(guān)系矩陣；ε是殘差向量，In是單位矩陣。

利用Wald檢驗(yàn)法確定SNP的顯著性。利用Bonferroni校正多重檢驗(yàn)確定顯著性閾值,全基因組顯著水平閾值為1.15×10-6(0.05/43 662),全基因組水平潛在顯著閾值為2.29×10-5(1/43 662)。使用R(V3.6.0)軟件qqman包，實(shí)現(xiàn)GWAS結(jié)果的可視化。

SNP 解釋性狀遺傳變異的計(jì)算公式：

1.6 連鎖不平衡分析

使用Haploview軟件[29]的“Solid spine of LD”算法對(duì)顯著SNPs進(jìn)行連鎖不平衡分析，構(gòu)建單倍型區(qū)塊。

1.7 基因注釋

使用Ensembl、UCSC、Genecards數(shù)據(jù)庫，查詢顯著SNPs所在位置的候選基因，進(jìn)行基因功能注釋。

2 結(jié) 果

2.1 性狀描述性統(tǒng)計(jì)

本研究對(duì)1 923只黃羽肉雞的屠宰性狀和胸肌肉品質(zhì)性狀進(jìn)行表型測(cè)定，包括全凈膛重、胸肌重、胸肌率、宰后15 min肉色L*值(L*15 min)、宰后15 min肉色a*值(a*15 min)、宰后15 min肉色b*值(b*15 min)、宰后24 h肉色L*值(L*24 h)、宰后24 h肉色a*值(a*24 h)、宰后24 h肉色b*值(b*24 h)、宰后24 h pH(pH24 h)。描述性統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果見表1。其中，全凈膛重、胸肌重、a*15 min、b*15 min、a*24 h、b*24 h的變異系數(shù)較高，介于13.78%到20.98%，具有較大的遺傳改良潛力。

表1 屠宰性狀和胸肌肉品質(zhì)性狀的描述性統(tǒng)計(jì)

2.2 遺傳參數(shù)估計(jì)

基于BLUP方法估計(jì)的屠宰性狀和胸肌肉品質(zhì)性狀的遺傳參數(shù)見表2，基于GBLUP方法估計(jì)的屠宰性狀和胸肌肉品質(zhì)性狀的遺傳參數(shù)見表3。基于BLUP方法估計(jì)L*15 min、胸肌率的遺傳力分別為0.47、0.50，屬于高遺傳力；b*15 min、L*24 h、b*24 h、pH24 h、胸肌重的遺傳力分別為0.21、0.38、0.34、0.38、0.40，屬于中等遺傳力；a*15 min、a*24 h的遺傳力分別為0.10、0.17，屬于低遺傳力?；贕BLUP方法估計(jì)L*15 min、L*24 h、b*24 h、pH24 h、胸肌重、胸肌率的遺傳力分別為0.25、0.29、0.32、0.29、0.31、0.40，屬于中等遺傳力；b*15 min、a*24 h的遺傳力分別為0.19、0.17，屬于低遺傳力。兩種方法除了a*24 h的遺傳力估計(jì)值一致外，BLUP方法估計(jì)的遺傳力均要大于GBLUP方法估計(jì)的遺傳力。表型相關(guān)方面，兩種方法的估計(jì)值較一致，L*15 min與L*24 h、b*15 min與b*24 h、胸肌重與胸肌率為較高的正相關(guān)(0.52～0.70)，L*24 h與a*24 h、L*24 h與pH24 h為較高的負(fù)相關(guān)(-0.39～-0.48)。遺傳相關(guān)方面，兩種方法的估計(jì)值較一致，L*15 min與L*24 h、a*15 min與a*24 h、b*15 min與b*24 h、胸肌重與胸肌率為較高的正相關(guān)(0.63～0.99)，L*24 h與a*24 h、L*24 h與pH24 h、L*15 min與胸肌率為較高的負(fù)相關(guān)(-0.47～-0.76)。

表2 基于BLUP方法估計(jì)的屠宰和胸肌肉品質(zhì)性狀的遺傳力(對(duì)角線)、表型相關(guān)性(對(duì)角線以下)、遺傳相關(guān)性(對(duì)角線以上)及其標(biāo)準(zhǔn)誤

表3 基于GBLUP方法估計(jì)的屠宰和胸肌肉品質(zhì)性狀的遺傳力(對(duì)角線)、表型相關(guān)性(對(duì)角線以下)、遺傳相關(guān)性(對(duì)角線以上)及其標(biāo)準(zhǔn)誤

2.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析

L*15 min、L*24 h、b*24 h和pH24 h的顯著SNPs信息見表4，全基因組關(guān)聯(lián)分析的曼哈頓圖和Q-Q圖見圖1。對(duì)于L*15 min，1個(gè)SNP(rs15291911)達(dá)到全基因組水平潛在顯著閾值，位于3號(hào)染色體上，在NSL1基因內(nèi)部。對(duì)于L*24 h，9個(gè)SNPs達(dá)到全基因組水平潛在顯著閾值，位于5號(hào)染色體上,構(gòu)成1個(gè) 575.63 kb的顯著區(qū)間(Chr5: 48.49-49.06 Mb)，其中3個(gè)顯著SNPs(rs16506880、rs14545229、rs14545237)位于EVL基因內(nèi)部，3個(gè)顯著SNPs分別位于SLC25A47(rs14545421)、WARS(rs317845442)、BEGAIN(rs312473490)基因內(nèi)部，1個(gè)顯著SNPs(rs312331816)位于DLK1基因下游895 bp處。對(duì)于b*24 h，7個(gè)SNPs達(dá)到全基因組水平潛在顯著閾值，2個(gè)顯著SNPs位于5號(hào)染色體上，其中rs14528290位于ZFYVE26基因內(nèi)部，rs312473490位于BEGAIN基因內(nèi)部；5個(gè)顯著SNPs位于11號(hào)染色體上，其中rs313386167和rs312270923位于CDYL2基因內(nèi)部，rs14966310和rs15621925位于BCO1基因內(nèi)部。對(duì)于pH24 h，1個(gè) SNP(rs313754724)達(dá)到全基因組水平潛在顯著閾值，位于28號(hào)染色體上，在ARHGEF18基因內(nèi)部。

X軸的1～28表示1～28號(hào)染色體，29代表Z染色體；圖中粗實(shí)線代表全基因組水平潛在顯著閾值(2.29×10-5),細(xì)實(shí)線代表全基因組顯著水平的閾值(1.15×10-6)

表4 胸肌肉品質(zhì)性狀的顯著關(guān)聯(lián)SNPs信息

2.4 連鎖不平衡分析

L*24 h顯著區(qū)間(Chr5: 48.49～49.07 Mb)和b*24 h顯著區(qū)間(Chr11: 15.51～15.69 Mb)上的顯著SNPs的連鎖不平衡分析結(jié)果見圖2。方格中的數(shù)字為D’，表示連鎖不平衡的程度；方格顏色越深，表明SNPs之間的連鎖不平衡程度越強(qiáng)。單倍型區(qū)塊由軟件自動(dòng)生成，1個(gè)單倍型區(qū)塊內(nèi)的SNP完全連鎖。L*24 h顯著區(qū)間(Chr5: 48.49～49.07 Mb)上存在2個(gè)單倍型區(qū)塊，大小分別為24 和427 kb；b*24 h顯著區(qū)間(Chr11: 15.51～15.69 Mb)上存在2個(gè)單倍型區(qū)塊，大小分別為57 和2 kb。

A.位于5號(hào)染色體上的2個(gè)單倍型區(qū)塊；B.位于11號(hào)染色體上的2個(gè)單倍型區(qū)塊

2.5 單倍型的效應(yīng)分析

表5 單倍型對(duì)胸肌肉品質(zhì)性狀的影響

3 討 論

3.1 遺傳參數(shù)估計(jì)

本研究中，BLUP和GBLUP方法估計(jì)的表型相關(guān)較一致，L*15 min與L*24 h、b*15 min與b*24 h、胸肌重與胸肌率為較高的正相關(guān)(0.52～0.70)，L*24 h與a*24 h、L*24 h與pH24 h為較高的負(fù)相關(guān)(-0.39～-0.48)。BLUP方法和GBLUP方法估計(jì)的遺傳相關(guān)較一致，L*15 min與L*24 h、a*15 min與a*24 h、b*15 min與b*24 h、胸肌重與胸肌率為較高的正相關(guān)(0.63至0.99)，L*24 h與a*24 h、L*24 h與pH24 h、L*15 min與胸肌率為較高的負(fù)相關(guān)(-0.47～-0.76)。先前研究中，6495只肉雞的L*24 h與a*24 h(-0.57)、pH24 h與L*24 h(-0.79)、pH24 h與b*24 h(-0.33)、b*24 h與a*24 h(-0.23)均為負(fù)表型相關(guān)，L*24 h與b*24 h(0.48)、pH24 h與a*24 h(0.52)均為正表型相關(guān)[35]；1 022只 肉雞的L*24 h與a*24 h(-0.28)、pH24 h與L*24 h(-0.83)、pH24 h與b*24 h(-0.53)均為負(fù)遺傳相關(guān)；L*24 h與b*24 h(0.51)、pH24 h與a*24 h(0.15)均為正遺傳相關(guān)[33]。以上研究與本研究估計(jì)的表型相關(guān)和遺傳相關(guān)結(jié)果較一致。

3.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析

目前已有研究通過GWAS定位到影響pH和肉色等肉品質(zhì)性狀的候選基因。1 768頭“三元雜”豬的pH終值定位到候選基因GLUL[36]。165頭杜洛克母豬的初始pH和pH終值定位到候選基因PKHD1L1、VCPIP1和LOC102166532[37]。150頭蘇太豬的背最長肌和半膜肌pH和肉色定位到候選基因BNIP3、PRKG1和ADRB3[38]。劉大鵬等[39]結(jié)合轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，定位到555只北京鴨×野鴨F2代資源群體的胸肌肉色b*值的候選基因SELENOT。

在本研究中，L*15 min定位到候選基因NSL1，該基因編碼的蛋白質(zhì)具有兩個(gè)位于著絲粒上的卷曲螺旋域，在細(xì)胞分裂期間與微管連接，并調(diào)節(jié)染色體運(yùn)動(dòng)(https://www.genecards.org/)。L*24 h定位到的候選基因有BEGAIN、DLK1、EVL、SLC25A47、WARS。BEGAIN編碼的蛋白質(zhì)維持突觸后密度的結(jié)構(gòu)，與突觸的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用和化學(xué)突觸間的傳遞相關(guān)。DLK1編碼肌肉發(fā)育的促進(jìn)因子[40]和脂肪發(fā)育的抑制因子[41]，是體內(nèi)成肌細(xì)胞正常分化和肌肉再生必需的[42]，并在雞脂肪和肌肉發(fā)育中起作用[43]。EVL編碼肌動(dòng)蛋白相關(guān)蛋白，增強(qiáng)肌動(dòng)蛋白成核和聚合，參與一系列依賴于細(xì)胞骨架重塑和細(xì)胞極性的過程[44]。WARS基因上的His-257-Arg突變會(huì)降低細(xì)胞活力，抑制神經(jīng)突生長，導(dǎo)致肢體肌肉無力和萎縮的運(yùn)動(dòng)神經(jīng)病[45]。值得一提的是，SLC25A47屬于溶質(zhì)載體家族成員，該家族有眾多基因均影響pH和肉色等肉品質(zhì)性狀。SLC24A5在歐洲和南亞人群的淺膚色中發(fā)揮作用[46]；SLC2A1在6代pH終值上、下選系的肉雞中差異表達(dá)[22]；SLC3A2是豬肉滴水損失的候選基因[47]；SLC37A4的突變會(huì)導(dǎo)致某些器官和組織的糖原貯積病[48]。b*24 h定位到的候選基因有BCO1、BEGAIN、CDYL2和ZFYVE26。其中，ZFYVE26突變會(huì)導(dǎo)致遺傳痙攣性截癱，表現(xiàn)為肌萎縮、軸突神經(jīng)病、陣攣[49]。BCO1是雞胸肉色b*值的主效基因，在動(dòng)物體內(nèi)類胡蘿卜素的代謝過程中發(fā)揮重要作用，對(duì)雞胸肉色[18]、家禽皮膚顏色[50]、魚肉色[6]、牛肉脂肪顏色[51]、人類黃皮病[52]均有影響。pH24 h定位到候選基因ARHGEF18，該基因編碼調(diào)節(jié)多種細(xì)胞功能的GTP結(jié)合蛋白，誘導(dǎo)肌動(dòng)蛋白應(yīng)力纖維的形成。20日齡雞血液pH同樣定位到ARHGEF18，該基因可能是影響雞胸肉色pH24 h的重要候選基因[53]。

3.3 單倍型的效應(yīng)分析

單倍型效應(yīng)分析顯示，5號(hào)染色體上Block1為CCCCGG型的個(gè)體具有更低的L*15 min、L*24 h、b*24 h和更高的pH24 h，5號(hào)染色體上Block2為CCGGAAAATTCC型的個(gè)體具有更低的L*24 h、b*24 h和更高的pH24 h，說明這2個(gè)單倍型對(duì)雞的pH和肉色性狀具有一因多效作用，并且是雞肉品質(zhì)性狀的有利單倍型，可以嘗試在實(shí)際育種中加以選擇利用。

4 結(jié) 論

本試驗(yàn)對(duì)快大型黃羽肉雞的肉品質(zhì)性狀進(jìn)行了遺傳參數(shù)估計(jì)和全基因組關(guān)聯(lián)分析，胸肌pH、肉色L*值和b*值為中等遺傳力性狀(0.21～0.38)，適合進(jìn)行遺傳改良；pH和肉色性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析，共篩選到18個(gè)達(dá)到全基因組水平潛在顯著閾值的SNPs和5個(gè)達(dá)到全基因組顯著水平的SNPs，分別位于3、5(Chr5: 48.49～49.06 Mb)、11(Chr11: 15.51～15.69 Mb)和28號(hào)染色體上，候選基因包括ARHGEF18、BCO1、BEGAIN、CDYL2、DLK1、EVL、NSL1、SLC25A47、WARS、ZFYVE26。其中，BCO1是已鑒定的雞胸肌肉色b*值的主效基因；SLC25A47屬于溶質(zhì)載體家族成員，影響L*24 h，該家族有眾多基因均影響pH和肉色等肉品質(zhì)性狀。此外，位于5號(hào)染色體上的2個(gè)單倍型對(duì)胸肌pH、肉色性狀均有極顯著影響。這些結(jié)果為黃羽肉雞肉品質(zhì)性狀的遺傳改良和分子機(jī)制的深入研究奠定了重要基礎(chǔ)。