杜洛克與二花臉雜交豬群體SNP偏分離分析

陳佐權(quán)，饒 琳，謝 磊，姚天雄，張志燕

(江西省南昌市豬遺傳改良與養(yǎng)殖技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，南昌 330045)

當(dāng)來(lái)自雙親中任何一方的兩個(gè)等位基因傳遞給后代的機(jī)會(huì)不均等時(shí)，就會(huì)觀察到偏分離現(xiàn)象，導(dǎo)致統(tǒng)計(jì)上偏離孟德?tīng)栠z傳率0.5[1-3]。偏分離是自然界中廣泛存在的現(xiàn)象，是遺傳和進(jìn)化的基礎(chǔ)。隨著分子標(biāo)記和測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，許多偏分離研究被報(bào)道。在植物中的偏分離研究對(duì)象包括玉米[4]、棉花[5]、小麥[6]、水稻[7]等，在動(dòng)物中的偏分離研究對(duì)象主要是模式動(dòng)物，如果蠅[8]、老鼠[9-10]等。大型家養(yǎng)動(dòng)物中偏分離研究相對(duì)較少，目前僅在牛中有些報(bào)道[11]。大型家養(yǎng)動(dòng)物較少研究偏分離機(jī)制，其主要原因是研究偏分離需要完整的兩代以上大規(guī)模的家系數(shù)據(jù)及基因型數(shù)據(jù)，而對(duì)大規(guī)模個(gè)體的基因分型耗費(fèi)較大。隨著基因芯片技術(shù)的發(fā)展，快速檢測(cè)個(gè)體高密度基因型的價(jià)格不斷下降，對(duì)大規(guī)模群體高密度基因分析也已實(shí)現(xiàn)，使得偏分離研究在大型家養(yǎng)動(dòng)物中成為可能。豬作為伴隨人類進(jìn)化歷程的馴養(yǎng)動(dòng)物，其生理特性和器官大小與人非常相似，對(duì)豬進(jìn)行偏分離研究，不僅讓我們對(duì)豬的偏分離有基本的認(rèn)識(shí)，也為大型家養(yǎng)動(dòng)物的偏分離研究提供一定的參考。

由于偏分離悖離了孟德?tīng)柗蛛x定律(父母遺傳給后代的等位基因的比例為1∶1)，因此我們能在基于家系的研究中觀察到偏分離現(xiàn)象。通常情況下，傳統(tǒng)的傳遞不平衡檢驗(yàn)(transmission disequilibrium test，TDT)可以用在父親-母親-后代的三元家系中檢測(cè)偏分離效應(yīng)。但是，當(dāng)父母雙方都是雜合子時(shí)，TDT的檢驗(yàn)效力會(huì)降低[12]。所以，研究人員提出了新的檢驗(yàn)父母特異性來(lái)源的偏分離方法，包括傳遞不對(duì)稱檢驗(yàn)(transmission asymmetry test，TAT)、親本來(lái)源的似然比檢驗(yàn)[13](parent-of-origin likelihood ratio test，PO-LRT)、基于貝葉斯模型的方法[14]等。本研究使用基于貝葉斯模型的偏分離分析軟件TRDscan v.1.0[15]以及用自編R語(yǔ)言腳本實(shí)現(xiàn)的TDT和TDTMVsF方法分別分析了總的偏分離位點(diǎn)和父母特異性偏分離位點(diǎn)。對(duì)所鑒定的顯著性偏分離位點(diǎn)周?chē)?00 kb內(nèi)利用BioMart挖掘工具篩選功能相關(guān)基因，并結(jié)合生物信息學(xué)工具DAVID[16]與GeneCard(https://www.genecards.org/)注釋相應(yīng)基因的功能和通路。另外，提出一種基于單倍型連鎖相分離不平衡的檢測(cè)方法，通過(guò)PHASEBOOK[17]單倍型分型軟件包中的LinkPHASE3[18]和HiddenPHASE構(gòu)建單倍型，得到后代個(gè)體繼承父母的連鎖相信息，分別對(duì)后代父源、母源染色體的繼承模式計(jì)數(shù)并進(jìn)行皮爾遜卡方檢驗(yàn)，從而得到父母源連鎖相的偏分離效應(yīng)估計(jì)。

本研究以2頭白色杜洛克公豬和17頭中國(guó)二花臉母豬構(gòu)建的三代資源家系1 020個(gè)個(gè)體為研究對(duì)象，利用60K芯片分型數(shù)據(jù)，結(jié)合基于貝葉斯的TRDscan 軟件和TDT方法，并通過(guò)生物信息學(xué)分析，探究在兩方法中都出現(xiàn)顯著信號(hào)的位點(diǎn)100 kb區(qū)域的基因。此外，基于單倍型繼承模式，提出一種能夠鑒別父母源同系物的偏分離效應(yīng)的啟發(fā)式方法。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來(lái)源

本研究以2頭白色杜洛克公豬和17頭中國(guó)二花臉母豬構(gòu)建的三代資源家系群體[19]共1 020個(gè)個(gè)體為研究對(duì)象。用常規(guī)的酚氯仿試劑提取法，從耳組織或血液中提取DNA，并將DNA濃度稀釋至50 ng·μL-1。經(jīng)質(zhì)控后符合要求的基因組DNA利用豬Illumina 60K SNP芯片進(jìn)行基因型分型，本研究共檢測(cè)了1 020個(gè)個(gè)體，每個(gè)個(gè)體獲得了62 163個(gè)SNPs位點(diǎn)的基因型。

1.2 數(shù)據(jù)處理

利用Plink V1.9[20]對(duì)原始基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控，刪除基因型缺失率大于5%、次等位基因型頻率小于0.5%的位點(diǎn)以及刪除基因型缺失大于5%的個(gè)體。由于性染色體分離與性別相關(guān)，在偏分離估算時(shí)對(duì)結(jié)果影響較大，質(zhì)控時(shí)過(guò)濾了性染色體標(biāo)記。質(zhì)控后，1 020個(gè)個(gè)體共45 966個(gè)SNPs位點(diǎn)用于后續(xù)分析。質(zhì)控后的數(shù)據(jù)使用TRDScan軟件進(jìn)行偏分離分析，TDT和分析父母特異性的TDTMVsF方法使用自編的R語(yǔ)言腳本實(shí)現(xiàn)偏分離分析。在基于單倍型連鎖相偏分離算法中，除上述質(zhì)控條件外，將孟德?tīng)栧e(cuò)誤率大于0.06的位點(diǎn)和孟德?tīng)栧e(cuò)誤率大于0.1的家系過(guò)濾，利用PHASEBOOK軟件包中的LinkPhase 和HiddenPhase 構(gòu)建單倍型并追溯后代單倍型的繼承信息。

1.3 統(tǒng)計(jì)模型

利用TRDscan v.1.0 軟件對(duì)總的偏分離效應(yīng)、父系偏分離效應(yīng)、母系偏分離效應(yīng)進(jìn)行分析，統(tǒng)計(jì)模型為[15]：

p(α|y)∝p(y|α)p(α)以及

p(αs,αd|y)∝p(y|αs,αd)p(αs)p(αd)

式中，α表示服從均勻分布的總的偏分離參數(shù)；αs表示服從均勻分布的父系偏分離參數(shù)；αd表示服從均勻分布的母系偏分離參數(shù)；y表示后代基因型的列向量。

TDT和TDTMVsF方法利用皮爾遜卡方檢驗(yàn)分別對(duì)總偏分離效應(yīng)、父系偏分離效應(yīng)、母系偏分離效應(yīng)進(jìn)行顯著性檢驗(yàn)。TDT和分析父母特異性的TDTMVsF方法的卡方值類似[13]：

(1-1)

式中父母?jìng)鬟f給后代等位基因指的是在一個(gè)包含父母和后代的三元單元中，雜合子父母?jìng)鬟f給后代等位基因的數(shù)量?？偟腡DT和考慮父母特異性的TDTMVsF差異是TDT中的數(shù)量為雜合子父親和母親傳遞給后代的和，而TDTMVsF中分別是父親或母親傳遞給后代等位基因的數(shù)量[21-22]。

基于單倍型繼承模式的偏分離方法的卡方值：

(1-2)

k=1時(shí)，分析的是父源染色體中繼承自父親左側(cè)單倍型和右側(cè)單倍型的偏分離效應(yīng)，k=2時(shí)對(duì)應(yīng)母源染色體中繼承自母親左側(cè)單倍型1和右側(cè)單倍型的偏分離效應(yīng)。

2 結(jié) 果

2.1 總的偏分離效應(yīng)分析

通過(guò)使用兩種不同的方法，可以定位豬中全基因組范圍的偏分離位點(diǎn)。在本研究中，質(zhì)控后共有45 966個(gè)SNPs，分別使用貝葉斯模型的TRDscan軟件統(tǒng)計(jì)推斷通過(guò)貝葉斯因子(Bayes factor, BF)和R語(yǔ)言的TDT腳本用于偏分離分析。兩種檢測(cè)方法的顯著性閾值分別為BF>100和P<0.001[23]。結(jié)果表明，在所有的染色體上都存在顯著位點(diǎn)(圖1A、1B)，特別是在2和4號(hào)染色體上的顯著位點(diǎn)較集中，而其他染色體的顯著位點(diǎn)無(wú)明顯聚集現(xiàn)象。對(duì)兩種偏分離結(jié)果取交集，共得到在兩種方法中都表現(xiàn)為顯著偏分離的SNPs位點(diǎn)44個(gè)(表1)。

表1 與總TRD密切相關(guān)的SNPs(BF>100，P<0.01)

A.以TDT方法的偏分離分析曼哈頓圖；B.TRDScan 軟件的偏分離分析曼哈頓圖

2.2 父母特異性偏分離效應(yīng)分析

偏分離效應(yīng)常常與性別有關(guān)[24-25]，因此，分析時(shí)區(qū)分父母的特異性偏分離有助于得到更準(zhǔn)確的結(jié)果。本研究利用基于貝葉斯算法的TRDscan和基于傳遞不平衡方法的R腳本分別對(duì)父源和母源的偏分離位點(diǎn)進(jìn)行分析，結(jié)果如圖2所示。兩種方法的偏分離效應(yīng)結(jié)果相似，父系與母系偏分離在所有染色體中都存在顯著位點(diǎn)，特別是在父母特異性的結(jié)果中2號(hào)染色體都存在明顯的成簇顯著信號(hào)(圖2)。另外，還發(fā)現(xiàn)不考慮父母特異性偏分離時(shí)，相比區(qū)分父母特異性偏分離效應(yīng)時(shí)更顯著，這與區(qū)分父母特異性結(jié)果更準(zhǔn)確的理論一致。通過(guò)結(jié)合TRDscan v.1.0和TDTMVsF方法得到的父母特異性偏分離結(jié)果，在父系特異性偏分離分析中共得到在兩方法中都顯示顯著性偏分離的27個(gè)SNPs位點(diǎn),母系特異性偏分離分析中共得到35個(gè)顯著偏分離的SNPs位點(diǎn)。

A.TRDScan母系偏分離分析曼哈頓圖；B.TDTMVsF母系偏分離分析曼哈頓圖；C.TRDScan父系偏分離分析曼哈頓圖；D.TDTMVsF父系偏分離分析曼哈頓圖

2.3 引起豬偏分離的候選基因的鑒定

為了探究引起豬發(fā)生偏分離的潛在基因，本研究在Ensembl豬基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中查找了顯著位點(diǎn)100 kb左右區(qū)域的基因(http://uswest.ensembl.org/Sus_scrofa/Info/Index)。

不考慮父母特異性偏分離效應(yīng)時(shí)，共篩選到23個(gè)基因；考慮父母特異性偏分離效應(yīng)時(shí)，其中父系特異性偏分離位點(diǎn)中篩選出11個(gè)基因，母系特異性偏分離位點(diǎn)中篩選出25個(gè)基因，比較分析3種偏分離效應(yīng)所鑒定到的基因，發(fā)現(xiàn)5個(gè)基因(CRACDL、ISCA2、KIT、MOGAT2、NANOG)在總的偏分離、父系特異性偏分離、母系特異性偏分離分析中都被篩選到(表2)。2個(gè)基因(LMNB1、MCM6)在總的和父系特異性偏分離分析中都被檢索到。9個(gè)基因(PBXIP1、PMVK、RP9、SHC1、SLC25A27、TDRD6、C20orf194、DCST2、GNAT2)被發(fā)現(xiàn)在總的和母系偏分離效應(yīng)分析結(jié)果中存在，相比2個(gè)在總的和父系偏分離效應(yīng)分析中的基因，表明母系偏分離效應(yīng)在本試驗(yàn)群體中占主要部分。3個(gè)(OR51F1、OR51C1P、OR51E2)在父系和母系偏分離效應(yīng)分析中都出現(xiàn)的基因與完整精子組裝，精子細(xì)胞運(yùn)動(dòng)等有關(guān)。1個(gè)只在總的偏分離分析中出現(xiàn)的基因(SPAG6)和2個(gè)只在母系特異性偏分離分析中出現(xiàn)的基因(ALX4、ADAM22)。

表2 引起豬偏分離的候選基因

2.4 基于單倍型繼承模式的偏分離分析

基于單倍型繼承父母染色體信息，可以得到染色體水平的偏分離效應(yīng)估計(jì)。對(duì)質(zhì)控后的44 864個(gè)SNPs進(jìn)行單倍型偏分離分析，以0.01作為顯著水平。結(jié)果顯示，在父本偏分離分析中,5和13號(hào)染色體出現(xiàn)少數(shù)顯著偏分離的位點(diǎn)，而母本偏分離分析中,4、6、12號(hào)染色體有較多位點(diǎn)表現(xiàn)出顯著偏分離的現(xiàn)象(圖3)。為了搜尋這些區(qū)域出現(xiàn)顯著偏分離的潛在候選基因，在豬QTL數(shù)據(jù)庫(kù)animalQTLdb(https://www.animalgenome.org/)中查詢顯著性偏分離區(qū)域內(nèi)相關(guān)的QTLs。結(jié)果顯示，父源染色體的顯著偏分離區(qū)域與3個(gè)繁殖性狀QTLs區(qū)域重疊，分別為4號(hào)染色體的QTL:178849、5號(hào)染色體的QTL:18128和13號(hào)染色體QTL:493。而母源染色體的顯著偏分離區(qū)域與5個(gè)繁殖性狀QTLs區(qū)域重疊，包括3號(hào)染色體的QTL:515、4號(hào)染色體的QTL:450和QTL:18337、6號(hào)染色體的QTL:160544 和12號(hào)染色體的QTL:120292(表3)。此外，為了檢驗(yàn)得到的繁殖性狀相關(guān)QTL的隨機(jī)性，隨機(jī)抽取與鑒定到的顯著區(qū)域相當(dāng)?shù)膮^(qū)域1 000次，并檢索豬QTL數(shù)據(jù)庫(kù)，結(jié)果顯示，只出現(xiàn)了一次得到8個(gè)繁殖性狀QTL，表明偏分離位點(diǎn)傾向于與繁殖性狀QTL重疊。

A.父?jìng)魅旧w偏分離分析曼哈頓圖；B.母?jìng)魅旧w偏分離分析曼哈頓圖

表3 基于單倍型繼承模式顯著偏分離區(qū)域相關(guān)QTL分析

3 討 論

3.1 偏分離現(xiàn)象的潛在機(jī)制分析

引起后代產(chǎn)生偏分離的機(jī)制比較復(fù)雜，在很多生物中偏分離的具體機(jī)制仍不清楚[26]。總的來(lái)說(shuō)，從精子或卵子發(fā)生的減數(shù)分裂開(kāi)始到配子形成合子，到胚胎發(fā)育再到形成后代，偏分離的機(jī)制包括：1)不對(duì)稱的減數(shù)分裂，在大多數(shù)動(dòng)物和植物中，雌性的減數(shù)分裂是不對(duì)稱的，減數(shù)分裂的4個(gè)單倍體只有一個(gè)繼續(xù)成為卵母細(xì)胞，這種細(xì)胞命運(yùn)的不對(duì)稱性是一種潛在的偏分離來(lái)源，任何可以優(yōu)先分離到卵母細(xì)胞的變異都會(huì)獲得傳播優(yōu)勢(shì)[27]；2)配子的偏分離主要是精子競(jìng)爭(zhēng)引起的，雄性與雌性不同的是，雄性會(huì)產(chǎn)生大量的較小的配子(精子或花粉)，因此，雄性配子之間的競(jìng)爭(zhēng)尤其激烈，這既是自然選擇的主要場(chǎng)所，也是偏分離的可能來(lái)源[28]；3)精 子/卵子致死，是單倍體基因產(chǎn)物自私的殺死或禁止配子成功受精；4)單倍體不兼容，是兩個(gè)單倍體配子結(jié)合后由于等位基因間之間負(fù)的相互作用導(dǎo)致的差異；5)合子的偏分離機(jī)制包括近交衰退和雜種優(yōu)勢(shì)帶來(lái)的差異；6)母胎相容性，不同二倍體基因型的胚胎存活率差異[29]；7)由于印記基因錯(cuò)誤導(dǎo)致的胚胎存活差異;8)諸多環(huán)境因素的影響，其中，溫度是影響配子體選擇并導(dǎo)致生物遺傳分化的重要因子[30]。

以上機(jī)制表明，偏分離偏向于影響繁殖性狀，即偏分離現(xiàn)象的產(chǎn)生與繁殖性狀緊密相關(guān)，而繁殖性狀在豬中一直是影響經(jīng)濟(jì)效應(yīng)最重要的因素之一，與養(yǎng)殖場(chǎng)的經(jīng)濟(jì)效益密切相關(guān)?；蚪M偏分離的存在會(huì)減少特定基因型存活率，導(dǎo)致母豬繁殖性狀的指標(biāo)如總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、受胎率等降低。對(duì)豬偏分離的研究讓我們可能鑒定到基因組上引起偏分離現(xiàn)象的位點(diǎn)，這些位點(diǎn)可作為后續(xù)育種工作的選擇位點(diǎn)，結(jié)合基因組選擇等技術(shù)為提高豬的繁殖性能提供參考和應(yīng)用價(jià)值。

基于單倍型繼承模式，本研究同時(shí)分析了父?jìng)骱湍競(jìng)魍滴锏钠蛛x現(xiàn)象，通過(guò)查詢豬QTL數(shù)據(jù)庫(kù)，在結(jié)果中分別找到了3個(gè)和5個(gè)繁殖性狀相關(guān)的QTLs。與其他性狀如胴體性狀相關(guān)的QTLs沒(méi)有在表中展示，原因是，盡管引起偏分離的機(jī)制比較復(fù)雜，但最后都會(huì)直接或間接影響生物的繁殖性狀。親本的左右系同系物中存在偏分離現(xiàn)象，且這些繁殖性狀相關(guān)的QTLs可能存在潛在的候選基因。

3.2 引起豬偏分離候選基因的分析

本研究鑒定出一些引起豬偏分離的候選基因。CRACDL是蛋白編碼基因，與睪丸白血病有關(guān)，影響睪丸的正常生理功能。KIT是編碼受體酪氨酸激酶蛋白的基因，通過(guò)KIT發(fā)出的信號(hào)在細(xì)胞存活、增殖和分化中起作用。例如，KIT信號(hào)傳導(dǎo)是黑色素細(xì)胞存活所必需的，此外它還涉及機(jī)體造血和配子發(fā)生[31]。NANOG是胚胎干細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄因子，被認(rèn)為是維持多能性的關(guān)鍵基因。NANOG基因與中胚層細(xì)胞命運(yùn)，胚胎模式規(guī)范，干細(xì)胞分裂等分子過(guò)程相關(guān)[32]。ISCA2基因編碼的蛋白質(zhì)是線粒體中的一種A型鐵硫簇(ISC)蛋白質(zhì)，該蛋白似乎與線粒體鐵硫蛋白質(zhì)的成熟有關(guān)。LMNB1基因編碼核纖層蛋白B1，核纖層蛋白B1被認(rèn)為與核穩(wěn)定性，染色質(zhì)核基因表達(dá)有關(guān)[33]。MCM6基因編碼DNA復(fù)制許可因子MCM6，是高度保守的微型染色體維持蛋白(MCM)之一，在真核基因組啟動(dòng)復(fù)制中起著至關(guān)重要的作用[34]。PBXIP1編碼的蛋白質(zhì)主要在細(xì)胞質(zhì)中，但可以穿梭至細(xì)胞核，還可以與雌激素受體α和β相互作用，并促進(jìn)乳腺癌、腦瘤和肺癌的增殖[35]。TDRD6是一種包含Tudor域蛋白質(zhì)編碼基因，含有Tudor域的蛋白質(zhì)與生殖細(xì)胞發(fā)育，包括精子形成過(guò)程中類染色體的形成，卵子形成過(guò)程中的巴爾比尼亞體的形成，受精后生殖細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)形成，以及適當(dāng)?shù)膍iRNA表達(dá)和剪接體成熟，可見(jiàn)TDTR6基因在生殖細(xì)胞的形成過(guò)程中起著重要的作用[36]。C20orf194基因編碼具有C末端卷曲螺旋區(qū)的未鑒定蛋白，DCST2基因與機(jī)體發(fā)育有關(guān)，GNAT2基因編碼鳥(niǎo)嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白G的α亞基，在視覺(jué)沖動(dòng)中刺激視紫紅質(zhì)和cGMP磷酸二酯酶的偶聯(lián)[37]。3個(gè)(OR51F1、OR51C1P、OR51E2)在父系和母系偏分離效應(yīng)分析中都出現(xiàn)的基因，這3個(gè)基因?yàn)闅馕妒荏w51家族基因，編碼嗅覺(jué)受體蛋白，負(fù)責(zé)識(shí)別和G蛋白介導(dǎo)的氣味信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)[38]。從機(jī)理上來(lái)看，氣味受體51家族基因與偏分離并不存在直接的關(guān)系，實(shí)際上，本研究得到的許多基因從功能上看與偏分離的潛在機(jī)制并沒(méi)有很明顯的直接聯(lián)系，但是，這些基因可能間接的引起基因組偏分離現(xiàn)象，或者與引起偏分離的基因存在一定程度的連鎖不平衡。另外，只利用一種方法所鑒定的特異性基因與偏分離的潛在機(jī)制存在一定的關(guān)聯(lián)，比如在總的偏分離分析中，SPAG16基因與完整精子組裝、精子細(xì)胞運(yùn)動(dòng)等有關(guān)，推測(cè)可能影響精子與卵子結(jié)合的能力[39]；ADAM22基因編碼整合素和金屬鈦酶結(jié)構(gòu)域家族成員，參與調(diào)節(jié)細(xì)胞黏附和擴(kuò)散以及抑制細(xì)胞增殖[40]。

前人的研究表明，編碼胚胎發(fā)生的轉(zhuǎn)錄因子的基因與偏分離有關(guān)，如PAX5，它對(duì)中腦和小腦的發(fā)生至關(guān)重要[41]，HOXD基因(HOXD1、HOXD3、HOXD4、HOXD8、HOXD9、HOXD12、HOXD13)對(duì)后肢神經(jīng)支配來(lái)說(shuō)是重要的[42]，以及參與體細(xì)胞發(fā)生的DMRT2基因，DMRT1基因的功能缺失與否與人類的精子發(fā)生存在重要關(guān)聯(lián)[43]。雖然本研究中沒(méi)有顯著的SNPs處在上述基因內(nèi)，但是找到了一些可能引起基因組偏分離的標(biāo)記。

3.3 單倍型偏分離分析與傳統(tǒng)偏分離分析方法的比較

傳統(tǒng)的偏分離分析方法主要從基因型著手，通過(guò)對(duì)群體中父親-母親-后代三元單元基因傳遞的分析得到基因組偏分離景觀。不論是基于貝葉斯模型的方法，還是基于傳遞不平衡方法或者是其他方法，偏分離的檢出效力明顯都會(huì)受到樣本量大小的影響，小樣本量所提供信息的位點(diǎn)更少，在檢驗(yàn)中很容易產(chǎn)生假陽(yáng)性的結(jié)果。本研究基于單倍型繼承模式的偏分離分析方法從單倍型著手，利用的是后代標(biāo)記中單倍型的繼承信息。無(wú)論純合子與否都可以獲得單倍型分型結(jié)果，但是純合的位點(diǎn)在傳統(tǒng)的偏分離方法中不提供信息，另外與傳統(tǒng)的方法相比，單倍型偏分離分析在使用基因型構(gòu)建單倍型時(shí)利用了連鎖不平衡的信息。所以，對(duì)比傳統(tǒng)方法的分析結(jié)果(圖1、圖2)和單倍型方法的分析結(jié)果(圖3)，前者的結(jié)果為分散的位點(diǎn)，且?guī)缀跛械娜旧w上都存在顯著的偏分離位點(diǎn)，可能存在假陽(yáng)性位點(diǎn)。而后者的結(jié)果顯示，位點(diǎn)之間相對(duì)更為連續(xù)，且只有個(gè)別染色體存在偏分離區(qū)域，結(jié)果穩(wěn)定性更高。

4 結(jié) 論

本研究結(jié)合兩種偏分離分析方法分析了杜洛克×二花臉三代雜交群體的60K基因型數(shù)據(jù)的非特異性和父母特異性的全基因組偏分離位點(diǎn)，并利用生物信息學(xué)工具分析了引起偏分離的候選基因。此外，還提出一種新的基于單倍型繼承模式的偏分離分析方法，研究了父母?jìng)魅旧w的偏分離現(xiàn)象，并利用animalQTLdb分析了可能的原因。本研究為進(jìn)一步解析豬群中的偏分離現(xiàn)象和探究其生物學(xué)機(jī)制以及其它家養(yǎng)動(dòng)物的偏分離研究提供了基礎(chǔ)資料和參考。

致謝感謝博士生導(dǎo)師黃路生院士在F2資源群體構(gòu)建、基因型及表型性狀測(cè)定及論文修訂方面提供的幫助。