江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因多態(tài)性分析

潘芹芹，馬 驍，王曉艷，樊 甦，尤雅潔，沈 捷

南京醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院HLA實(shí)驗(yàn)檢測(cè)中心，江蘇 南京 210029

人類(lèi)白細(xì)胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）是人類(lèi)所有染色體中基因密度最高、多態(tài)性最豐富的免疫遺傳系統(tǒng)［1］，不同種族、民族、地域的HLA 等位基因頻率存在較大差異［2］。我國(guó)HLA 多態(tài)性以長(zhǎng)江為界，大致分為南北兩大群體，長(zhǎng)江橫穿江蘇，蘇北人多是百越之后，還有一部分高句麗人的后裔，而蘇南人多是華夏族的后裔［3］，按地市分析江蘇地區(qū)HLA-A位點(diǎn)基因多態(tài)性可為江蘇8地市人類(lèi)遺傳學(xué)研究提供有意義的基礎(chǔ)資料。

HLA 基因的高度多態(tài)性導(dǎo)致與抗原加工相關(guān)轉(zhuǎn)運(yùn)體的結(jié)合遞呈也不盡相同，有些HLA 分子遞呈的抗原肽不宜被免疫細(xì)胞識(shí)別，從而增強(qiáng)了某種疾病的易感性［4］，因而HLA 與疾病相關(guān)性研究也備受關(guān)注。大規(guī)模健康人群HLA-A 位點(diǎn)基因多態(tài)性分析可為HLA-A 位點(diǎn)與疾病相關(guān)性研究提供可靠的對(duì)照資料。本研究采用聚合酶鏈反應(yīng)-直接測(cè)序分型（polymerase chain reaction-sequence based typing，PCR-SBT）方法對(duì)中華骨髓庫(kù)江蘇分庫(kù)8 地市的志愿者進(jìn)行HLA-A位點(diǎn)基因分型，分別計(jì)算各地市等位基因頻率，探討江蘇8地市HLA-A 位點(diǎn)等位基因頻率分布特征。

1 對(duì)象和方法

1.1 對(duì)象

選取采樣地與籍貫一致的中華骨髓庫(kù)江蘇分庫(kù)志愿者27 143例（漢族），其中常州6 714例、南京7 130例、鎮(zhèn)江1 809例、揚(yáng)州1 428例、淮安2 799例、宿遷3 796例、徐州1 630例、鹽城1 837例。

1.2 方法

應(yīng)用硅膠膜離心柱法DNA提取試劑盒（血液基因組DNA 提取試劑盒，北京天根生化科技有限公司）從外周血抽提DNA。然后應(yīng)用PCR-SBT試劑盒（SeCore?A Locus Sequencing Kit，One Lammbda 公司，美國(guó)）對(duì)HLA-A 位點(diǎn)進(jìn)行高分辨基因分型。分型操作嚴(yán)格按照試劑公司提供的規(guī)程進(jìn)行。應(yīng)用uTYPE（One Lammbda 公司，美國(guó)）軟件分析測(cè)序結(jié)果，得出相應(yīng)HLA-A位點(diǎn)等位基因分型。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

根據(jù)直接計(jì)數(shù)法計(jì)算HLA-A 位點(diǎn)等位基因頻率，公式按GF=X/2n，X為某一等位基因在該群體中的個(gè)數(shù)，n為該群體的人數(shù)。以南京地區(qū)頻率作為對(duì)照，就各地市常見(jiàn)的前5位等位基因，將江蘇其余7 地市與南京地區(qū)進(jìn)行對(duì)比分析，行卡方檢驗(yàn)，以P＜0.01 為有顯著性差異，分析各地市常見(jiàn)的HLAA位點(diǎn)等位基因及其分布規(guī)律。

2 結(jié)果

2.1 江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率

江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率見(jiàn)表1，共檢測(cè)出85 種等位基因，其中常州55 種，南京55 種，鎮(zhèn)江38 種，揚(yáng)州37 種，淮安41 種，宿遷44 種，徐州42種，鹽城41種。

表1 江蘇8地市漢族人群HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率

續(xù)表1

2.2 江蘇8 地市漢族人群常見(jiàn)HLA-A 位點(diǎn)等位基因分析

常見(jiàn)HLA 等位基因更能反映該地區(qū)HLA 多態(tài)性，江蘇8地市HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率排名前10（頻率約高于2.7%）見(jiàn)表2。

表2 江蘇8地市漢族人群常見(jiàn)HLA-A位點(diǎn)等位基因

以南京地區(qū)頻率作為對(duì)照，就A*02：01：01G、11：01、24：02、30：01、33：03 等位基因，將江蘇其余7 地市與南京地區(qū)進(jìn)行對(duì)比分析（表3）?？梢?jiàn)南京與常州在A*30：01基因頻率上有顯著性差異。南京與鎮(zhèn)江、揚(yáng)州在A*02：01：01G、11：01、24：02、30：01、33：03基因頻率上均無(wú)顯著性差異。南京與淮安在A*02：01：01G、11：01、30：01 基因頻率上有顯著性差異。南京與宿遷在A*11：01、24：02、30：01基因頻率上有顯著性差異。南京與徐州在A*11：01、30：01基因頻率上有顯著性差異。南京與鹽城在A*11：01、30：01、33：03基因頻率上有顯著性差異。

表3 江蘇7地市漢族人群與南京漢族人群常見(jiàn)HLA-A位點(diǎn)等位基因比較

3 討論

江蘇地理位置特殊，本研究涉及的江蘇8 地市HLA-A 位點(diǎn)等位基因分布特征與地域分布大體吻合。南京、鎮(zhèn)江、揚(yáng)州非常接近，在A*02：01：01G、11：01、24：02、30：01、33：03常見(jiàn)等位基因頻率上均無(wú)顯著性差異。其中南京、鎮(zhèn)江最為接近，常見(jiàn)的HLA-A 位點(diǎn)等位基因依次為A*11：01、24：02、02：01：01G、33：03、30：01、02：07、02：06、31：01、01：01；常州、揚(yáng)州也非常接近，常見(jiàn)的HLA-A 位點(diǎn)等位基因依次為A*11：01、24：02、02：01：01G、33：03、02：07、30：01、02：06、31：01、01：01。南京、鎮(zhèn)江、常州、揚(yáng)州總體也很接近，常見(jiàn)的前4 位等位基因依次為A*11：01、24：02、02：01：01G、33：03。鹽城、宿遷比較接近，常見(jiàn)的HLA-A 位點(diǎn)等位基因大體依次為A*11：01、24：02、02：01：01G、30：01、33：03、02：07、02：06、01：01，僅在A*02：01：01G 和A*30：01 的順序上有所區(qū)別。徐州、淮安也比較接近，常見(jiàn)的HLA-A 位點(diǎn)等位基因大體依次為A*24：02、11：01、30：01、02：01：01G、33：03，僅在A*30：01和A*02：01：01G的順序上有所區(qū)別。

江蘇北連山東，南與上海、浙江接壤，HLA-A位點(diǎn)等位基因頻率與相鄰地區(qū)比較發(fā)現(xiàn)：我國(guó)魯南地區(qū)漢族人群HLA-A 位點(diǎn)常見(jiàn)的等位基因依次為A*24：02、30：01、11：01、02：01：01G、33：03［5］，與徐州、淮安非常接近，這與地域分布基本吻合。上海漢族人群HLA-A 位點(diǎn)常見(jiàn)的前4 位等位基因依次為A*11：01、24：02、02：01：01G、33：03［6］，浙江HLA-A 位點(diǎn)常見(jiàn)的前3 位等位基因依次為A*11：01、24：02、02：01：01G［7］，二者與南京、鎮(zhèn)江、常州、揚(yáng)州完全一致，這與地域分布也基本吻合。

A*02 是發(fā)現(xiàn)最早、頻率較高、高度多態(tài)性的HLA-Ⅰ類(lèi)分子，不同人種、民族、相同人種不同地域其亞型頻率有明顯差異。江蘇8地市頻率最高的均為A*02：01：01G，其次是A*02：07，這點(diǎn)與我國(guó)北方A*02 的多態(tài)性完全一致［8］，而在我國(guó)南方，如廣東、廣西A*02：07 頻率遠(yuǎn)高于A*02：01［9］，這也說(shuō)明江蘇8地市HLA-A位點(diǎn)基因多態(tài)性總體還是偏向我國(guó)北方。A*02：03 在我國(guó)南北方漢族頻率都不高，在江蘇8 地市頻率也不高，而在廣西壯族人群中，A*02：03 在A2 亞型中頻率最高，同時(shí)A*02：07頻率遠(yuǎn)高于A*02：01［10］，這說(shuō)明廣西壯族人群的HLA 分布既有少數(shù)民族的特點(diǎn)，也兼有我國(guó)南方人群的部分特點(diǎn)。江蘇8地市A*02：07、02：06 的分布也有其規(guī)律，常州、南京、鎮(zhèn)江、揚(yáng)州、鹽城、淮安的A*02：07頻率遠(yuǎn)高于A*02：06，這點(diǎn)與上海、浙江一致［6-7］。宿遷A*02：07、02：06頻率相差無(wú)幾，而在徐州，A*02：06 頻率遠(yuǎn)高于A*02：07，這點(diǎn)與我國(guó)魯南、河南一致［5］，而徐州離魯南、河南都非常近，這與地域特點(diǎn)基本吻合。

HLA-Ⅰ類(lèi)分子呈遞來(lái)源于病原體的多肽，HLA-A 位點(diǎn)等位基因與病原體疾病相關(guān)性也有不少研究，大多是區(qū)域性研究，如來(lái)自湖北地區(qū)的研究發(fā)現(xiàn)A*02：06是Ⅰ型艾滋病感染的危險(xiǎn)因素之一［11］。A*01：01為結(jié)核病的易感基因之一［12］，A*02：03與乙肝病毒引發(fā)的肝細(xì)胞癌有關(guān)［13］，二者是來(lái)自廣州地區(qū)的研究。由于HLA 基因多態(tài)性在不同人種、民族、地域存在差異，提示我們?cè)谶M(jìn)行疾病相關(guān)性分析時(shí)，對(duì)照組的選取應(yīng)與疾病組的人種、民族、地域一致。而此次分析發(fā)現(xiàn)江蘇8 地市HLA-A 基因多態(tài)性也存在差異，提示對(duì)照組地域的選取應(yīng)盡量與疾病組一致。江蘇8地市大規(guī)模健康人群HLA-A位點(diǎn)基因多態(tài)性分析可為HLA-A 位點(diǎn)等位基因與疾病相關(guān)性研究提供可靠的對(duì)照資料，并為江蘇8 地市人類(lèi)遺傳學(xué)研究提供有意義的資料。