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    卵形鯧鲹生長抑素家族基因的全基因組鑒定及組織表達(dá)特征分析

    2021-04-15 19:52:44余艷玲馮鵬霏潘傳燕林勇宋漫玲張永德羅洪林
    南方農(nóng)業(yè)學(xué)報 2021年12期

    余艷玲 馮鵬霏 潘傳燕 林勇 宋漫玲 張永德 羅洪林

    摘要:【目的】明確卵形鯧鲹生長抑素(SST)家族基因的種類及其組織表達(dá)特征,為進(jìn)一步揭示SST家族基因在其生長發(fā)育過程中的作用機(jī)制打下基礎(chǔ)。【方法】采用HMMER 3.1對卵形鯧鲹全基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行搜索,然后通過Pfam、SMART及NCBI CDD等數(shù)據(jù)庫確認(rèn)搜索獲得的基因是否屬于SST家族基因;采用ProtParam和PSORT等在線軟件進(jìn)行生物信息學(xué)分析,并以實時熒光定量PCR檢測SST家族基因在卵形鯧鲹不同組織中的表達(dá)情況。【結(jié)果】從卵形鯧鲹全基因組中共鑒定出4個SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),分別編碼122、127、106和110個氨基酸殘基,對應(yīng)的編碼蛋白分子量介于12249.3~14316.1 Da,理論等電點(pI)介于6.51~7.43,均定位于細(xì)胞外。4個卵形鯧鲹SST基因結(jié)構(gòu)較簡單且相似,均包含2個外顯子和1個內(nèi)含子;SST1和SST3基因位于7號染色體上,SST6和SST5基因則分別位于8號和23號染色體上;4個卵形鯧鲹SST氨基酸序列相似性的平均值為33.42%,以SST5氨基酸序列與SST6氨基酸序列的相似性最高(39.78%),SST3氨基酸序列與SST5氨基酸序列的相似性最低(28.16%)。SST家族基因在卵形鯧鲹腦、胃、性腺和肌肉等組織中均有不同程度的表達(dá),SST1、SST3和SST6基因在腦組織中顯著高表達(dá)(P<0.05,下同),而SST5基因在性腺和肌肉組織中顯著高表達(dá);此外,SST3、SST5和SST6基因在卵形鯧鲹卵巢中的相對表達(dá)量均顯著高于在精巢中的相對表達(dá)量?!窘Y(jié)論】從卵形鯧鲹基因組中鑒定出4個SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),其表達(dá)分布存在組織特異性和種屬特異性,可能介導(dǎo)卵形鯧鲹的神經(jīng)調(diào)節(jié)、性腺發(fā)育及性二型性等多種生理功能,且不同物種的SST基因功能可能存在差異。

    關(guān)鍵詞: 卵形鯧鲹;生長抑素(SST)家族基因;基因結(jié)構(gòu);基元(Motif);組織表達(dá)

    中圖分類號: S965.331? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A 文章編號:2095-1191(2021)12-3212-09

    Genome-wide identification and tissue expression analysis of the somatostatin family genes in Trachinotus ovatus

    YU Yan-ling, FENG Peng-fei, PAN Chuan-yan, LIN Yong, SONG Man-ling,

    ZHANG Yong-de, LUO Hong-lin*

    (Guangxi Academy of Fishery Sciences/Guangxi Key Laboratory of Aquatic Genetic Breeding and Healthy

    Aquaculture, Nanning? 530021, China)

    Abstract:【Objective】To study the type of somatostatin (SST) family genes and their tissue expressions in Trachinotus ovatus, and to lay the foundation for further research on the role of SST family genes in the growth and development of T. ovatus. 【Method】 HMMER 3.1 was used to identify somatostatin family genes from the whole genome data of T. ovatus, and then Pfam, Smart and NCBI CDD were used to confirm the searched genes belong to SST gene family. Subbioinformatic analysis was performed using online software such as ProtParam and PSORT. The expression of SST family genes in different tissues of T. ovatus were quantitatively analyzed by real-time fluorescence quantitative PCR. 【Result】Four SST family genes (SST1, SST3, SST5 and SST6) were identified from the whole genome of T. ovatus, encoding 122, 127, 106 and 110 amino acids, respectively. The molecular weight of the corresponding coding protein ranged from 12249.3 to 14316.1 Da, theoretical isoelectric points (pI) ranging from 6.51 to 7.43, and the four gene products were all located outside the cell. The structures of the four SST genes were similar, including two exons and one intron. SST1 and SST3 genes were located on chromosome 7, while SST6 and SST5 genes were located on chromosome 8 and 23, respectively. The average similarity of the four SST amino acid sequences was 33.42%, among which the similarity between SST5 and SST6 was the highest (39.78%), and the similarity between SST3 and SST5 was the lowest (28.16%). The expression levels of the SST family genes were different in brain, stomach, gonad and muscle of T. ovatus. Among them, the expressions of SST1, SST3 and SST6 genes were significantly higher in brain tissue (P<0.05, the same below), while SST5 was significantly highly expressed in gonad and muscle tissues. In addition, the expression of SST3,SST5 and SST6 genes in the ovary were significantly higher than in the testis. 【Conclusion】Four SST family genes (SST1, SST3, SST5 and SST6) are identified from the genome of T. ovatus and the expression and distribution are tissue-specific and species-specific. SST genes may mediate a variety of physiological functions in neuroregulation, gonadal development, and sexual dimorphism of T. ovatus, and the function of SST genes in different species may differ.

    Key words: Trachinotus ovatus; somatostatin (SST) family gene; gene structure; Motif; tissue expression

    Foundation item: Guangxi Innovation Driven Development Project (Guike AA17204080-3, Guike AA18242031-2); Independent Project of Guangxi Key Laboratory of Aquatic Genetic Breeding and Healthy Aquaculture(17-A-01-02, 19-A-01-05)

    0 引言

    【研究意義】卵形鯧鲹(Trachinotus ovatus)隸屬于鲹形目(Carangiformes)鲹科(Carangidae),是適合我國近海、遠(yuǎn)海集約化養(yǎng)殖的名貴水產(chǎn)品種之一,在我國南部沿海地區(qū)已得到迅速發(fā)展(Liu et al.,2010;黃小林等,2018;張永德等,2020a)。然而,近年來由于不規(guī)范的保種與選育,卵形鯧鲹已出現(xiàn)種質(zhì)退化現(xiàn)象,主要表現(xiàn)為生長速率下降、群體整齊度低、畸形、抗病力低、病害發(fā)生頻繁及魚苗死亡率高等,且種群遺傳多樣性面臨著丟失的風(fēng)險(張永德等,2020b)。因此,開展卵形鯧鲹生長相關(guān)功能基因研究,對促進(jìn)卵形鯧鲹種質(zhì)資源的開發(fā)利用及其產(chǎn)業(yè)持續(xù)健康發(fā)展具有重要意義?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】對脊椎動物及硬骨魚類而言,其生長主要受生長激素(GH)—胰島素樣生長因子-I(IGF-I)軸的調(diào)控。GH-IGF-I軸開始于下丘腦,在多種激素的調(diào)控下由垂體產(chǎn)生GH,GH通過血液循環(huán)與受體結(jié)合而刺激肝臟及其他部位的IGF-I合成分泌,IGF-I能與胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白(IGFBP)結(jié)合,通過血液將其轉(zhuǎn)運并發(fā)揮作用(Moriyama et al.,2000)。生長抑素(Somatostatin,SST)是調(diào)控GH分泌的激素種類之一,屬于多肽激素家族,在動物生長、發(fā)育和代謝等方面發(fā)揮重要作用(Sheridan et al.,2000;Günther et al.,2018)。SST的表達(dá)主要集中在中樞神經(jīng)系統(tǒng)和周圍神經(jīng),其次是腸道、胃及胰腺(Gonkowski and Rytel,2019;Feng et al.,2020)。SST不僅直接抑制GH分泌,還通過降低對GH的敏感性及抑制IGF-1分泌,而以垂體外的方式影響機(jī)體生長發(fā)育(Sheridan and Hagemeister,2010;Wang et al.,2016)。在硬骨魚類中,SST以組織依賴性方式通過調(diào)節(jié)IGF-1的合成和分泌而發(fā)揮作用(Poppinga et al.,2007),除SST5外,均對金錢魚肝臟中的IGF-1和IGF-2有明顯抑制作用(馮培哲,2020)。SST還參與抑制胃腸道蠕動和分泌活性,以及調(diào)節(jié)神經(jīng)元因子釋放、腸血管中血流及胃腸道病理過程等,因此被稱為抗炎藥(Gonkowski and Rytel,2019),在治療消化道出血和胰腺炎等方面已得到廣泛應(yīng)用(方圓和苑立博,2020;高世嬌,2020;劉世明和任文生,2020)。目前,已研究證實幾乎所有檢測的脊椎動物和硬骨魚類中均存在SST家族基因,包括6個成員:SST1、SST2、SST3、SST4、SST5和SST6(Tostivint et al.,2019;Feng et al.,2020)。SST家族基因是由兩輪全基因組復(fù)制(1R和2R)和硬骨魚類特異性基因組加倍(3R)形成(Dehal and Boore,2005;Putnam et al.,2008;van de Peer et al.,2010;Tostivint et al.,2019)。SST1、SST2和SST5基因出現(xiàn)在1R/2R中,且存在于現(xiàn)有脊椎動物的共同祖先中;硬骨魚類的四倍體化(3R)期間存在SST4基因,而同期SST1和SST2基因的串聯(lián)復(fù)制產(chǎn)生了SST3和SST6基因(Tostivint et al.,2004)?!颈狙芯壳腥朦c】不同魚類SST家族基因的種類和數(shù)量差異明顯(Tostivint et al.,2019),深入了解不同物種SST基因的數(shù)量及結(jié)構(gòu)功能,對揭示SST家族基因的進(jìn)化關(guān)系及其功能具有重要意義,但至今未見有關(guān)卵形鯧鲹SST基因的相關(guān)研究報道,其在各組織中的表達(dá)特征也尚未明確?!緮M解決的關(guān)鍵問題】根據(jù)SST的隱馬爾科夫模型(HMM)對卵形鯧鲹SST家族基因進(jìn)行全基因組鑒定分析,并通過實時熒光定量PCR檢測SST基因在卵形鯧鲹不同組織中的表達(dá)情況,為進(jìn)一步揭示卵形鯧鲹SST家族基因在其生長發(fā)育過程中的作用機(jī)制打下基礎(chǔ)。

    1 材料與方法

    1. 1 試驗材料

    卵形鯧鲹取自廣西北海同一人工養(yǎng)殖群體,雌雄各3尾,體重523~596 g,麻醉處死后分別采集其肌肉、腦、心臟、肝臟、脾臟、頭腎、性腺(卵巢和精巢)、胃及腸道等組織樣品,液氮速凍后-80 ℃保存?zhèn)溆?。RNAsimple提取試劑盒購自天根生化科技(北京)有限公司;HiScript? III RT SuperMix、ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix及Ace Taq? Master Mix等購自南京諾唯贊生物科技股份有限公司。

    1. 2 SST家族基因鑒定

    卵形鯧鲹基因組數(shù)據(jù)(BioProject PRJNA574895)由廣西水產(chǎn)遺傳育種與健康養(yǎng)殖重點實驗室測序組裝獲得。從Pfam數(shù)據(jù)庫(http://pfam.xfam.org/)下載SST-HMM模型(PF03002),采用HMMER 3.1對卵形鯧鲹全基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行搜索,e取值小于-15;通過Pfam(http://pfam.xfam.org/)、SMART(http://smart.embl.de/)及NCBI CDD(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/)等數(shù)據(jù)庫確認(rèn)搜索獲得的基因是否屬于SST家族基因。通過ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)對SST家族蛋白的分子量、理論等電點(pI)和疏水性均值(GRAVY)等理化性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測,并以PSORT(http://psort1.hgc.jp/form.html)進(jìn)行亞細(xì)胞定位分析。

    1. 3 基因結(jié)構(gòu)分析及保守基元(Motif)預(yù)測

    卵形鯧鲹SST家族基因的外顯子、內(nèi)含子、側(cè)翼區(qū)位置及長度等信息通過基因組注釋文件提取獲得;利用MEME 5.1.1(http://meme-suite.org/tools/meme)對SST家族蛋白的Motif進(jìn)行預(yù)測分析,Motif長度設(shè)為10~100 aa;使用TBtools 0.66繪制卵形鯧鲹SST家族基因結(jié)構(gòu)及其Motif位置示意圖。

    1. 4 基因染色體定位分析

    從卵形鯧鲹全基因組注釋文件中提取SST家族基因在染色體上的相應(yīng)位置信息,利用Samtools 1.10獲取卵形鯧鲹各染色體的長度,并以Mapchart 2.32繪制SST家族基因在染色體上的分布情況。

    1. 5 多序列比對分析及系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹構(gòu)建

    從Ensembl數(shù)據(jù)庫(http://asia.ensembl.org/index.html)下載高體鰤魚(Seriola dumerili)、黃尾鰤魚(S. lalandi dorsalis)、大菱鲆(Scophthalmus maximus)、盲曹魚(Lates calcarifer)及孔雀魚(Poecilia reticulata)等5種魚類的全基因組數(shù)據(jù)文件,采用相同的方法對SST家族基因進(jìn)行提取鑒定。利用MEGA X進(jìn)行SST氨基酸序列比對分析及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹,并選擇Poisson模型,對空位采用完全刪除(Complete deletion),設(shè)Bootstrap為500次自舉檢測其置信度。

    1. 6 卵形鯧鲹SST家族基因組織表達(dá)分析

    利用RNAsimple提取試劑盒提取卵形鯧鲹不同組織總RNA,使用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA完整性,并以NanoDrop One超微量紫外分光光度計檢測其濃度。根據(jù)HiScript? III RT SuperMix反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明對提取的總RNA進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,合成cDNA第一鏈。設(shè)計檢測SST家族基因的實時熒光定量PCR擴(kuò)增引物(表1),以18S rRNA為內(nèi)參基因(Chen et al.,2017),采用2×ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix進(jìn)行定量分析。實時熒光定量PCR反應(yīng)體系15.0 μL:ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix 7.5 μL,cDNA模板1.0 μL,上、下游引物(10 μmol/L)各0.3 μL,ddH2O補足至15.0 μL。每個樣品設(shè)3次生物學(xué)重復(fù)。使用2-ΔΔCt法換算卵形鯧鲹各組織中SST基因的相對表達(dá)量,通過SPSS 21.0進(jìn)行單因素方差分析(One-way ANOVA),并以S-N-K法進(jìn)行多重比較。

    2 結(jié)果與分析

    2. 1 卵形鯧鲹SST家族基因鑒定結(jié)果

    根據(jù)SST-HMM模型對卵形鯧鲹全基因組進(jìn)行搜索,共獲得4個SST基因(SST1、SST3、SST5和SST6)。通過Pfam、SMART及NCBI CDD等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行驗證分析,4個SST基因均屬于生長抑素/皮質(zhì)抑素家族,其推導(dǎo)氨基酸序列長度介于106~127 aa,其中SST5氨基酸序列最短、SST3氨基酸序列最長;對應(yīng)的編碼蛋白分子量介于12249.3~14316.1 Da。蛋白理化性質(zhì)預(yù)測結(jié)果(表2)表明,4個SST蛋白的pI介于6.51~7.43,SST1蛋白為酸性蛋白,其余均為堿性蛋白;SST蛋白不穩(wěn)定性指數(shù)介于39.90~53.14,以SST5蛋白的穩(wěn)定性最低、SST6蛋白的穩(wěn)定性最高;GRAVY介于-0.060~0.053,SST5蛋白為疏水性蛋白外,其余均為親水性蛋白(SST1蛋白親水性最強)。亞細(xì)胞定位預(yù)測結(jié)果顯示,卵形鯧鲹SST家族蛋白均定位于細(xì)胞外。

    2. 2 卵形鯧鲹SST家庭基因結(jié)構(gòu)及Motif分析結(jié)果

    4個卵形鯧鲹SST基因的核苷酸序列均較短,基因結(jié)構(gòu)(圖1)較簡單,其中,SST5和SST6基因缺少兩端的非編碼區(qū)(UTR)。4個卵形鯧鲹SST基因結(jié)構(gòu)相似,均包含2個外顯子和1個內(nèi)含子。利用MEME 5.1.1分析4個卵形鯧鲹SST蛋白的保守結(jié)構(gòu)域,共獲得6個保守的Motif(Motif I~Motif VI),每個SST蛋白包含3~4個Motif(圖2和圖3)。其中,Motif I在4個卵形鯧鲹SST蛋白中均有存在,是卵形鯧鲹SST蛋白最保守的區(qū)域;Motif II主要存在于卵形鯧鲹SST3和SST5蛋白中;Motif III主要存在于卵形鯧鲹SST3和SST6蛋白中;Motif IV主要存在于卵形鯧鲹SST1和SST3蛋白中;Motif V主要存在于卵形鯧鲹SST5和SST6蛋白中;Motif VI主要存在于卵形鯧鲹SST1和SST6蛋白中。

    2. 3 卵形鯧鲹SST家族基因染色體定位情況

    卵形鯧鲹SST家族基因染色體定位結(jié)果(圖4)顯示,4個卵形鯧鲹SST基因分布在3對染色體上。其中,SST1和SST3基因位于7號染色體上,具體位置分別是Chr7:3.464131-3.467259 Mb和Chr7:3.418956-3.421225 Mb,且2個基因間僅間隔1個編碼326個氨基酸殘基的未知基因;SST6基因位于8號染色體上,具體位置是Chr8:11.782339-11.782985 Mb;SST5基因位于23號染色體上,具體位置是Chr23:8.996148-8.996695 Mb。

    2. 4 SST氨基酸序列比對分析及構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹

    對高體鰤、黃尾鰤、盲曹魚、大菱鲆及孔雀魚的全基因組進(jìn)行鑒定,結(jié)果(表3)均鑒定獲得4個SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6)。4個卵形鯧鲹SST氨基酸序列相似性的平均值為33.42%,其中,SST5氨基酸序列與SST6氨基酸序列的相似性最高(39.78%),SST3氨基酸序列與SST5氨基酸序列的相似性最低(28.16%)。利用MEGA X進(jìn)行SST氨基酸序列比對分析,結(jié)果顯示,在SST1、SST3和SST6氨基酸序列中,大菱鲆與孔雀魚的相似性最低,分別為83.05%、63.87%和90.00%,而高體鰤與黃尾鰤的相似性最高,分別為99.18%、100.00%和100.00%;在SST5氨基酸序列中,盲曹魚與孔雀魚的相似性最低(53.42%),同樣以高體鰤與黃尾鰤的相似性最高(94.68%)?;赟ST氨基酸序列相似性構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(圖5)顯示,6種魚類的SST氨基酸序列聚為4個分支(SST1、SST3、SST5和SST6),其中,SST5氨基酸序列與SST6氨基酸序列的遺傳距離較近,SST1氨基酸序列與SST3氨基酸序列的遺傳距離較近。

    2. 5 卵形鯧鲹SST家族基因組織表達(dá)分析結(jié)果

    采用實時熒光定量PCR檢測雌、雄性卵形鯧鲹9個組織中SST家族基因的相對表達(dá)量,并通過擴(kuò)增產(chǎn)物測序確認(rèn)SST基因,結(jié)果(圖6)顯示,4個SST基因在卵形鯧鲹9個組織中的相對表達(dá)量均存在明顯差異。其中,SST1、SST3和SST6基因在腦組織中均顯著高表達(dá)(P<0.05,下同),胃組織中的SST1和SST3基因也呈顯著高表達(dá)狀態(tài);SST5基因在性腺和肌肉組織中高表達(dá),其相對表達(dá)量顯著高于在其他7種組織的相對表達(dá)量,在肝臟、腸道及胃等組織中的相對表達(dá)量則相對較低。

    SST家族基因在卵形鯧鲹組織中的表達(dá)存在明顯二態(tài)性。SST3、SST5和SST6基因在卵形鯧鲹卵巢中的相對表達(dá)量均顯著高于在精巢中的相對表達(dá)量,雌魚胃組織中的SST1基因及腦組織中的SST3基因相對表達(dá)量也顯著高于雄魚中的相對表達(dá)量,雄魚肌肉中的SST6基因相對表達(dá)量則顯著高于雌魚中的相對表達(dá)量。

    3 討論

    SST在動物的生長發(fā)育過程中發(fā)揮重要作用。目前,已在不同物種中發(fā)現(xiàn)不同數(shù)量的SST基因(Tostivint et al.,2019)。在人類(Homo sapiens)及食蟹猴(Macaca fascicularis)、家鼠(Mus musculus)、牛(Bos taurus)、豬(Sus scrofa)、爪蛙(Pelophylax ridibundus)和蜥蜴(Anolis carolinensis)等物種中發(fā)現(xiàn)2種SST基因(SST1和SST2);在金魚(Carassius auratus)、鯉魚(Cyprinus carpio)、草魚(Ctenopharyngodon idella)、點帶石斑魚(Epinephelus coioides)、亞馬遜帆魚(Poecilia formosa)和黑頭呆魚(Pimephales promelas)中發(fā)現(xiàn)3種SST基因(Ye et al.,2005;Feng et al.,2015),其中金魚、鯉魚、草魚及點帶石斑魚為SST1、SST3和SST6基因,亞馬遜帆魚和黑頭呆魚為SST1、SST5和SST6基因;在虹鱒(Oncorhynchus mykiss)、月光魚(Xiphophorus maculatus)、大西洋鯡(Clupea harengus)、空棘魚(Latimeria chalumnae)及紅腹鋸脂鯉(Pygocentrus nattereri)中發(fā)現(xiàn)4種SST基因;在紅鰭東方鲀(Takifugu rubripes)、綠河鲀(Tetraodon nigroviridis)、刺魚(Gasterosteus aculeatus)及青鳉(Oryzias latipes)中發(fā)現(xiàn)5種SST基因(SST1、SST3、SST4、SST5和SST6);在斑馬魚(Danio rerio)、斑點叉尾鮰(Ictalurus punctatus)及斑點雀鱔(Lepisosteus oculatus)中則發(fā)現(xiàn)6種SST基因(SST1~ SST6)。本研究在卵形鯧鲹、高體鰤魚、黃尾鰤魚、大菱鲆、盲曹魚和孔雀魚中均發(fā)現(xiàn)4種SST基因(SST1、SST3、SST5和SST6),與虹鱒和月光魚的SST家族基因相同??梢?,不同物種的SST家族基因種類及數(shù)量存在明顯差異,且魚類SST基因數(shù)量高于人類和哺乳動物,究其原因可能是人類和哺乳動物的部分基因在進(jìn)化過程中發(fā)生丟失或被其他基因所替代,也可能與魚類的基因組多倍化事件有關(guān)(Tostivint et al.,2004)。

    卵形鯧鲹SST家族基因結(jié)構(gòu)分析結(jié)果顯示,4個SST基因(SST1、SST3、SST5和SST6)均包含2個外顯子和1個內(nèi)含子,其結(jié)構(gòu)較簡單。SST氨基酸序列比對分析發(fā)現(xiàn),成熟肽SS-14在6種魚類的SST1、SST5和SST6氨基酸序列中完全保守,僅在SST3氨基酸序列中存在1個氨基酸突變位點,說明SST蛋白的成熟肽高度保守(Feng et al.,2020)。不同SST氨基酸序列存在明顯差異,4個卵形鯧鲹SST氨基酸序列相似性的平均值為33.42%,其中,SST5氨基酸序列與SST6氨基酸序列的相似性最高(39.78%),SST3氨基酸序列與SST5氨基酸序列的相似性最低(28.16%),說明SST家族基因功能雖然存在相似性,但也存在差異,且這種差異推動了SST家族的進(jìn)化。不同SST基因可能參與不同生理調(diào)節(jié)或其他生物學(xué)功能,但具體功能有待進(jìn)一步探究。

    本研究利用MEGA X對6種魚類的SST氨基酸序列進(jìn)行比對分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)6種魚類SST家族同源基因的結(jié)構(gòu)較保守;基于SST氨基酸序列相似性構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹顯示,6種魚類的SST氨基酸序列聚為4個分支,分別為SST1、SST3、SST5和平共處SST6。對于SST家族基因而言,高體鰤與黃尾鰤的遺傳距離最近(除SST5基因外),二者均為鰤屬(Seriola)魚類,與卵形鯧鲹具有較近的遺傳距離;而孔雀魚SST家族基因與其他5種魚類的遺傳距離較遠(yuǎn)(除SST6基因外),與6種魚類的系統(tǒng)分類學(xué)基本一致,說明這些物種SST家族基因的進(jìn)化與物種本身的進(jìn)化保持高度一致。染色體定位分析結(jié)果表明,SST1基因和SST3基因位于7號染色體上,具體位置分別是Chr7:3.464131-3.467259 Mb和Chr7:3.418956-3.421225 Mb,且這2個基因的間隔較近,形成一個基因簇,與在斑馬魚(Liu et al.,2010)和金錢魚(Scatophagus argus)(Feng et al.,2020)上的研究結(jié)果類似。

    SST是硬骨魚類GH釋放的主要抑制劑,在魚類生長調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用(Klein and Sheridan,2008;Sheridan and Hagemeister,2010),但需通過5種G蛋白偶聯(lián)生長抑素受體(SSTR1~SSTR5)才能發(fā)揮作用(Gonkowski and Rytel,2019)。SST廣泛存在于多種組織器官中,且其表達(dá)具有組織特異性(Feng et al.,2020)。本研究結(jié)果表明,SST家族基因在卵形鯧鲹腦、胃、性腺和肌肉等組織中均有不同程度的表達(dá)。其中,SST1、SST3和SST6基因在腦組織中均高表達(dá),與在斑馬魚(Liu et al.,2010)和金錢魚(Feng et al.,2020)上的研究結(jié)果一致,推測SST既是激素又是神經(jīng)遞質(zhì)(Patel,1999),且具有神經(jīng)調(diào)節(jié)功能;SST5基因在卵形鯧鲹性腺中也呈高表達(dá),且在卵巢中的相對表達(dá)量顯著高于在精巢中的相對表達(dá)量,推測該基因參與卵形鯧鲹的性腺發(fā)育及性二型性,與Feng等(2020)的研究結(jié)果一致。此外,SST3和SST6基因在卵巢中的相對表達(dá)也顯著高于在精巢中的相對表達(dá)量,說明這2個基因可能發(fā)揮著與SST5基因相似的功能。SST1和SST3基因在卵形鯧鲹胃組織中高表達(dá),說明其可能參與食物的消化吸收及營養(yǎng)代謝;SST6基因在卵形鯧鲹胃組織中的相對表達(dá)量較低,但在金錢魚胃組織中的相對表達(dá)量極顯著高于其他組織,說明這些基因的表達(dá)分布存在種屬差異,因此在調(diào)節(jié)不同生理過程中也可能存在功能差異。

    4 結(jié)論

    從卵形鯧鲹基因組中鑒定出4個SST家族基因(SST1、SST3、SST5和SST6),其表達(dá)分布存在組織特異性和種屬特異性,可能介導(dǎo)卵形鯧鲹的神經(jīng)調(diào)節(jié)、性腺發(fā)育及性二型性等多種生理功能,且不同物種的SST基因功能可能存在差異。

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    (責(zé)任編輯 蘭宗寶)

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