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    Argonaute蛋白結(jié)構(gòu)及其在植物中的研究進展

    2020-07-14 08:33:28谷少偉
    湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年8期
    關(guān)鍵詞:結(jié)構(gòu)功能

    摘要:在真核細胞中,許多小的非編碼RNA與Argonaute蛋白結(jié)合形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體,并通過識別互補的靶標(biāo)RNA來調(diào)控基因表達,此過程叫RNA干擾。在植物的RNA干擾途徑中,Argonaute-sRNA復(fù)合物可以通過多種不同的機制發(fā)揮作用,進而參與病原體防御、植物發(fā)育調(diào)控等關(guān)鍵的生物過程。綜述了Argonaute蛋白的分類和結(jié)構(gòu)特征、在植物體中參與RNA干擾的機制及生物學(xué)功能等研究進展。

    關(guān)鍵詞:Argonaute蛋白;結(jié)構(gòu);RNA干擾;功能

    中圖分類號:Q51

    文獻標(biāo)識碼:A

    文章編號:0439-8114( 2020) 08-0011-06

    D01:10.1408 8/j .cnki.issn0439-8114.2020.08.002

    開放科學(xué)(資源服務(wù))標(biāo)識碼(OSID):

    小的非編碼RNA是原核生物和真核生物中基因表達控制的重要參與者。在真核生物中,幾類小的非編碼RNA通過特異性識別互補的靶標(biāo)RNA來調(diào)節(jié)基因表達,并保護細胞免受外源性和內(nèi)源性有害遺傳物質(zhì)的影響。Argonaute蛋白是RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體( RISC)的核心蛋白,是表觀遺傳調(diào)控的主要參與者,在RNAi中通過剪切靶向mRNA、翻譯抑制、DNA甲基化等方式發(fā)揮作用。本研究綜述了Argonaute蛋白的分類和結(jié)構(gòu)特征、在植物體中參與RNA干擾的機制及生物學(xué)功能等研究進展,旨在為后期研究提供基礎(chǔ)。

    1 Argonaute蛋白的分類和結(jié)構(gòu)特征

    Argonaute蛋白在擬南芥突變體的研究中被首次提及[1],后來發(fā)現(xiàn)該蛋白是真核生物中RNA干擾( RNA interference,RNAi)途徑的關(guān)鍵參與者。最近對原核生物基因組分析的結(jié)果顯示,Argonaute蛋白同時也存在于古細菌(約30%)和細菌(約10%)中[2.3]。

    1.1 Argonaute蛋白的分類

    Argonaute蛋白在各種生物中廣泛存在,而且在不同的物種之間存在較高同源性,這表明它們在進化過程中具有古老的起源和高度保守性[2]?;诮Y(jié)構(gòu)特征和作用機制,所有真核Argonaute蛋白可分為3個主要的進化枝,AGO、PIWI( P-element in-duced wimpy testis)、WAGO (Worm-specific Argo-nautes)。AGO進化枝蛋白可與microRNA( miRNA)或siRNA( small interfering RNA)結(jié)合誘導(dǎo)特異性的RNAi;PIWI進化枝蛋白僅發(fā)現(xiàn)于動物中,并通過piRNA( piwi-interacting RNA)調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)座子的活性[4];WAGO進化枝蛋白特異存在于線蟲,如秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditi_s elegans)。

    在進化過程中,Argonaute基因的數(shù)量和功能的多樣化均有增加的趨勢,尤其是開花植物所屬的AGO進化枝。如人類中有4種AGO和4種PIWI,果蠅中有2種AGO和3種PIWI,而擬南芥(Arabi-dopsis中有10種ACO,楊樹中有15種、玉米中有17種、水稻中有19種[5]。迄今為止,植物中發(fā)現(xiàn)的Argonaute蛋白均屬于AGO進化枝。開花植物中AGO可分為3個主要分類:AG01/5/10、AG02/3/7和AG04/6/8/9。此外,禾本科植物中的AG018被劃分人AG01/5/10進化枝中[6]。但也有一些真核生物中不存在Argonaute蛋白,如釀酒酵母(Saccharo-mVces cerevLsrae),這可能是RNA干擾系統(tǒng)二次損失的結(jié)果[7]。

    1.2 Argonaute蛋白的結(jié)構(gòu)特征

    Argonaute蛋白屬于PIWI蛋白超家族,其由PI-WI結(jié)構(gòu)域的存在來定義。真核Argonaute蛋白在結(jié)構(gòu)上是非常保守的,包括N末端、PAZ( PIWI-Ar-gonaute-Zwille)、MID( Middle)和PIWI 4個結(jié)構(gòu)域,其由N末端、MID和PIWI 3個結(jié)構(gòu)域形成新月形的底部凹槽,PAZ結(jié)構(gòu)域位于凹槽正上方(圖1)。其中,N端和PAZ結(jié)構(gòu)域通過L1 (Linker l)連接,PAZ和MID結(jié)構(gòu)域通過L2(Linker 2)連接,核酸結(jié)合在由N-PAZ和MID-PIWI形成的雙葉通道中[8]。Argonaute蛋白的活性中心位于具有核糖核酸酶H( Ribonuclease H,RNase H)的PIWI結(jié)構(gòu)域,其催化中心的氨基酸四聯(lián)體Asp-Clu-Asp-His/Asp( DEDH/D)可以與金屬離子配位,并且是RNA切割所必需的[9,10]。MID結(jié)構(gòu)域含有容納RNA指導(dǎo)鏈5 7末端核苷酸的口袋[11],PAZ是RNA指導(dǎo)鏈3'末端核苷酸的結(jié)合域,N端結(jié)構(gòu)域參與RNA雙鏈體的解旋并在RNA切割過程中起輔助作用[12,13]。迄今為止,已確定三維結(jié)構(gòu)的真核Argonaute蛋白包括KpAgo,Human Agol、2、3及PIWI進化枝的SIWIll41(圖IA、B均以Human Ag02為例,PDB為4W5N)。

    原核Argonaute( pAgo)蛋白可分為2個大的系統(tǒng)發(fā)育組[15,16]。長pAgo含有與真核Argonaute( eA-go)蛋白相同的結(jié)構(gòu)域(但AfAgo等缺失N-PAZ結(jié)構(gòu)域),而短pAgo僅含有MID和PIWI結(jié)構(gòu)域。目前,研究的真核Argonaute蛋白和長pAgo都有雙葉結(jié)構(gòu),這些含有完整四分體的Argonaute蛋白一般都具有切割活性,但許多pAgo(含所有短pAgos)因存在必需催化殘基取代而缺乏核酸內(nèi)切酶活性。

    2 植物Argonaute蛋白與RNAi途徑

    2.1 RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體

    與真核Argonaute蛋白結(jié)合的小RNA包括miRNA、siRNA和piRNA。其中,miRNA和siRNA都需要經(jīng)歷核糖核酸內(nèi)切酶Dicer的處理,但miR-NA必須首先被核酸內(nèi)切酶Drosha加工成miRNA前體(precursor miRNA,pre-miRNA)[17]。之后成熟的RNA雙鏈體結(jié)合到Argonaute蛋白上,并伴隨著RNA雙鏈的展開和siRNA、miRNA乘客鏈的解離,而siRNA、miRNA則通過糖一磷酸主鏈與Argonaute蛋白保持結(jié)合狀態(tài),形成RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體( RNA-induced silencing complex, RISC)[18].piRNA發(fā)現(xiàn)于后生動物中,它可以是單鏈且不依賴于Dicer和Drosha的切割[19]。與miRNA和siRNA不同,piRNA僅與PIWI進化枝蛋白結(jié)合,發(fā)揮對宿主基因表達、轉(zhuǎn)座子抑制或抗病毒感染的調(diào)節(jié)作用[20]。

    2.2 Argonaute在RNAi途徑中的機制研究

    植物中,Argonaute-sRNA復(fù)合物通過轉(zhuǎn)錄后基因沉默( Post-transcriptional gene silencing,PTCS)或轉(zhuǎn)錄基因沉默(Transcriptional gene silencing,TGS)的方式靶向互補DNA或RNA,從而在2個水平上影響基因表達:①轉(zhuǎn)錄后水平,在細胞質(zhì)中,通過對靶標(biāo)mRNA切割或抑制其翻譯[21];②轉(zhuǎn)錄水平,在細胞核中,調(diào)節(jié)組蛋白或靶標(biāo)DNA的甲基化[22,23]。此外,擬南芥中的AG01-miRNA與miR161和miR173基因座處的染色質(zhì)相互作用,在鹽脅迫條件下對miRNA基因進行轉(zhuǎn)錄調(diào)控[24];AC02還可以參與DNA雙鏈斷裂修復(fù)[25]。

    2.2.1 轉(zhuǎn)錄后基因沉默水平上的機制 在植物RNAi途徑的轉(zhuǎn)錄后基因沉默水平上,Argo-naute-sRNA復(fù)合物與靶標(biāo)mRNA結(jié)合后可能發(fā)生靶標(biāo)RNA切割或翻譯抑制。靶標(biāo)RNA切割是siR-NA發(fā)揮作用的主要機制(圖2A),而miRNA-RNA雙鏈體只有在完全互補時才會發(fā)生靶標(biāo)RNA切割[26]。因此,sRNA-RNA雙鏈體中的鏈互補性在RNAi途徑的機制選擇中起重要作用。研究表明,擬南芥中AG01、AG02和AG07的剪切活性分別對植物發(fā)育、抗病毒活性和幼年至成年期轉(zhuǎn)變的過程至關(guān)重要[27]。對野生型和AG01剪切活性缺失的擬南芥進行分析,發(fā)現(xiàn)AC01的剪切活性對反式作用干擾小RNA( trans-acting siRNA,tasiRNA)也十分重要[28]。

    Argonaute-miRNA復(fù)合物在無法進行靶向切割的情況下,可以選擇通過翻譯抑制的方式調(diào)節(jié)基因的表達,這個過程通常伴隨著mRNA降解以抑制復(fù)合物形成[29.30]。目前,尚不清楚翻譯抑制是從哪一步發(fā)生的(翻譯起始或延伸),但研究顯示翻譯起始可能是Argonaute-miRNA復(fù)合物發(fā)揮作用的主要位點(圖2B、C)[31]。一種可能的機制是Argo-naute-miRNA復(fù)合物與elF4F的結(jié)合阻止了翻譯起始復(fù)合物的組裝[32];此外,miRNA-Argonautes復(fù)合物還可以募集GW182蛋白到靶標(biāo)RNA 3非翻譯區(qū),結(jié)合多聚腺苷酸結(jié)合蛋白(poly A-binding pro-tein,PABP)抑制翻譯起始,并且mRNA對去腺苷酸化也變得更敏感(圖2D)[33]。研究表明,幾種擬南芥突變體在miRNA介導(dǎo)的RNAi途徑中出現(xiàn)了蛋白質(zhì)而非mRNA水平的受損[34.35]:AG010(AG01進化枝的另一成員)也具有翻譯抑制幾種擬南芥miRNA靶基因的能力。最近,Hou等[36]發(fā)現(xiàn)AG07-iR390與miR390靶位點的結(jié)合導(dǎo)致了核糖體堆積并隨后抑制翻譯的延伸。目前,對翻譯抑制的機制已有一些初步研究,但深入理解仍需要進一步研究。

    2.2.2轉(zhuǎn)錄基因沉默水平上的機制 小RNA介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄沉默首先在裂殖酵母( Schizosaccharomycespombe)中被發(fā)現(xiàn)[37]。2017年,Jih等[38]發(fā)現(xiàn)H3K9me3是H3K9me結(jié)構(gòu)域通過募集Clr4到異位點后建立表觀遺傳所必需的。因此,組蛋白的H3K9me狀態(tài)不僅決定異染色質(zhì)內(nèi)的沉默機制,還決定其潛在的表觀遺傳性。

    另外一種實現(xiàn)RNA干擾途徑的機制為RNA介導(dǎo)的DNA甲基化(RdDM),最典型的是植物中的AG04-siRNA復(fù)合物[23]。它首先是由PolIV (RNA聚合酶IV)和RDR2(RNA依賴性RNA聚合酶2)的協(xié)同作用合成雙鏈RNA[39],之后在核酸酶DCL3(Dicer like protein 3)的作用下將前體dsRNA切割成24 nt siRNA,然后將siRNA轉(zhuǎn)運到細胞質(zhì)與AC04結(jié)合[40]。AG04-iRNA復(fù)合物定位到細胞核后,通過與PolV轉(zhuǎn)錄物配對被募集到靶基因座,同時AG04-siRNA復(fù)合物募集DRM2蛋白使靶DNA甲基化(圖2E)[41]。因此,RNA介導(dǎo)的DNA甲基化在真核細胞的遺傳調(diào)節(jié)中起重要作用。最近,研究者提出AG06可同時與AG04介導(dǎo)大多數(shù)靶基因座的甲基化[42]。此外,AG06還可與RDR6介導(dǎo)的21-22 nt sRNA結(jié)合來指導(dǎo)擬南芥中轉(zhuǎn)運子的甲基化[43]。

    所有真核生物都含有小的非編碼RNA和Argo-naute蛋白,參與mRNA轉(zhuǎn)錄和翻譯的調(diào)控,控制移動遺傳元件的活性,并參與染色質(zhì)重組。而事實上,真核Argonaute只是原核Argonaute蛋白上形成的一個小分支,所以原核Argonaute實際上比真核Ar-gonaute在功能上更加多樣化[2,44]。近年來,對原核Argonaute蛋白的結(jié)構(gòu)和生化研究,特別是關(guān)于嗜熱古細菌中Argonaute的研究揭示了引導(dǎo)鏈結(jié)合、靶標(biāo)識別和剪切活性的詳細途徑,這為真核生物中RNAi的分子機制提供了重要的見解。

    3 Argonaute在植物中的生物學(xué)作用

    3.1 植物Argonaute與病原體防御

    微生物病原體會導(dǎo)致作物嚴(yán)重的產(chǎn)量損失,由sRNA介導(dǎo)的RNA干擾(RNAi)在植物抗病毒防御的免疫應(yīng)答中起關(guān)鍵作用[4副,Argonaute蛋白的功能障礙與許多動物和植物疾病有關(guān)[46]。在抗病毒中起作用的AGO進化枝蛋白包括擬南芥AG01、AG02、AG04、AC05、AC07和AG010,本生煙草(Nicoti-aha bentharniana)AC01和AG02以及水稻AGOI和AG018。如vsiRNA(病毒來源的RNA或dsRNA被植物DCL加工成病毒衍生的21-24 nt siRNA)與特異性Argonaute結(jié)合后,通過剪切或翻譯抑制等方式增強抗病毒防御,從而靶向和抑制同源病毒RNA[47];此外,植物AGO還可以結(jié)合來自類病毒的sRNA減少體內(nèi)類病毒的積累[48]。研究表明,擬南芥AG04獨立于其RdDM功能,而對車前草花葉病毒(Ptantago asiatica mosarc VLrus)具有直接的抗病毒活性[49]。除了眾所周知的抗病毒防御作用外,幾種擬南芥AGO還具有抗菌活性,如AG02結(jié)合miR393b翻譯抑制高爾基體定位的MEMB12基因,導(dǎo)致具有高抗菌活性PRl( Pathogenesis-related pro-tein)的胞吐作用[50]。

    3.2 植物Argonaute在調(diào)控發(fā)育中的作用

    在擬南芥中,首次被表征的AG01突變體使其表現(xiàn)出矮化、不育等發(fā)育缺陷[1]。之后,在擬南芥的發(fā)育篩選中鑒定出一系列造成發(fā)育缺陷的AC01等位基因,這些突變體的鑒定強調(diào)了AG01在葉極性和側(cè)生器官發(fā)育中的作用,同時AC01突變體也在水稻上顯示出侏儒癥、卷葉和低結(jié)實率等發(fā)育缺陷特征51.52]。而擬南芥突變體AC07或AG010只顯示出有限的影響發(fā)育缺陷的能力。其中,AG07與miR390結(jié)合后,靶向TAS3轉(zhuǎn)錄物并啟動基于TAS3的tasiRNA合成,參與擬南芥?zhèn)壬鞴侔l(fā)育的調(diào)節(jié);AG07參與苔蘚、水稻和玉米等植物中TAS3介導(dǎo)的tasiRNA合成,這表明植物中AG07在ta-siRNA合成和植物發(fā)育中具有重要作用[50]。與普遍表達的AG01不同,AG010主要在近軸面葉原基和分生組織中表達,其突變體使擬南芥表現(xiàn)出異常的SAM發(fā)育,且觀察結(jié)果表明,AG010可以從AG01中螯合miR165huiR166來調(diào)節(jié)SAM發(fā)育[53,54]。

    3.3 植物Argonaute在減數(shù)分裂和配子發(fā)生中的作用

    植物AGO在有性生殖過程中起關(guān)鍵作用,特異性的ACO蛋白優(yōu)先表達于生殖組織并富含于生殖細胞中b副。在水稻中,減數(shù)分裂調(diào)控基因MEL1(Meiosis arrested at leptotene J)是5種AG05同源物之一,它的突變不僅誘導(dǎo)了減數(shù)分裂停滯和雄性不育,還誘導(dǎo)了異常的絨氈層和花粉母細胞[56]。在擬南芥中的研究表明[57],AG09介導(dǎo)的轉(zhuǎn)座子和異染色質(zhì)修飾對于其子房中特異性細胞的生存至關(guān)重要,它的突變導(dǎo)致了多個具有形成配子能力的細胞分化;在玉米中,AG09突變體在減數(shù)分裂期間阻止了染色體的分離。擬南芥和玉米AG09都在體細胞中起作用以非細胞自主方式調(diào)節(jié)細胞,擬南芥AC09抑制體細胞中的生殖細胞[57],而玉米AC09抑制生殖細胞中的體細胞[58]。在水稻中,OsAC02在花藥中高表達并參與調(diào)節(jié)水稻花藥的發(fā)育。Zheng等[59]發(fā)現(xiàn)在OsAG02表達下調(diào)的水稻中,己糖激酶l(OsHXKl)的過度表達導(dǎo)致ROS的過度積累,并誘導(dǎo)了過早的絨氈層程序性細胞死亡(PCD)和花粉敗育。

    4 小結(jié)

    除上述內(nèi)容外,植物中的AGO蛋白也可在非生物或生物脅迫下誘導(dǎo)產(chǎn)生。如水稻AG018積累是病毒感染誘導(dǎo)的結(jié)果;AG02是γ輻射、細菌感染誘導(dǎo)的結(jié)果;AG03是鹽脅迫誘導(dǎo)的結(jié)果。不同AGO成員在時空上的差異及某些AGO對應(yīng)激的反應(yīng)表明存在一些調(diào)節(jié)AGO轉(zhuǎn)錄的因子,如擬南芥AG010的表達被轉(zhuǎn)錄因子LBD12-1抑制。但目前關(guān)于植物中AGO蛋白的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子尚不清楚。盡管已經(jīng)對植物AGO有了較多的研究,但在未來的研究中需致力于發(fā)現(xiàn)其新的生物學(xué)功能。如AGO-sRNA復(fù)合物的靶標(biāo)RNA在植物中是否高度保守,AGO蛋白中是否存在其他結(jié)合位點可以對小分子RNA進行特異性結(jié)合,互補程度少于多少才會使AGO-miRNA執(zhí)行翻譯抑制,不同的sRNA如何對AGO蛋白進行選擇,植物中是否存在PIWI進化枝蛋白及piRNA等。其次,目前并未獲得植物中AGO-sRNA復(fù)合物的晶體結(jié)構(gòu),而對晶體結(jié)構(gòu)的研究有利于研究者掌握引導(dǎo)鏈結(jié)合、靶標(biāo)識別和參與RNAi的機制,這將為真核生物中RNAi的分子機制和各種生物學(xué)功能的研究提供見解。

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    作者簡介:谷少偉(1993-),女,河北石家莊人,在讀碩士研究生,研究方向為結(jié)構(gòu)生物學(xué),(電話)13716765867(電子信箱)ladiosa9310@163.com。

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