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    新冠病毒SARS-CoV-2 檢測(cè)方法研究進(jìn)展

    2020-07-11 14:41:00王淑燕張欣悅
    實(shí)驗(yàn)室研究與探索 2020年5期
    關(guān)鍵詞:核酸試劑盒測(cè)序

    王淑燕,李 娜,張欣悅,王 強(qiáng)

    (1.蘭州大學(xué)功能有機(jī)分子化學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室化學(xué)化工學(xué)院,蘭州730000;2.四川大學(xué)華西藥學(xué)院,成都610227)

    0 引 言

    自2019 年新冠肺炎出現(xiàn)以來,疫情已波及全球100 多個(gè)國(guó)家,截至2020 年5 月8 日,全球范圍內(nèi)已有累計(jì)確診新冠肺炎病例3 767 744 例,累計(jì)死亡病例259 593 例。該病作為一種急性呼吸道傳染病已列入《中華人民共和國(guó)傳染病預(yù)防法》所規(guī)定的乙類傳染病,按照甲類傳染病管理,由新冠病毒所引起的肺炎,主要通過呼吸道飛沫傳播和人體密切接觸傳播,長(zhǎng)期存在于密閉性較好的環(huán)境中則可通過氣溶膠傳播,人群普遍易感染,具有乏力、干咳、發(fā)熱等主要感染特征,潛伏期1 ~14 d,大多為3 ~ d 天[1],國(guó)際病毒分類委員會(huì)(ICTV)將此新型冠狀病毒正式命名為SARS-CoV-2,此前該病毒被世衛(wèi)組織暫時(shí)命名為2019-nCoV。SARS-CoV-2 是迄今為止人類發(fā)現(xiàn)的第7 種可以感染人體的冠狀病毒,其他6 種分別為HCoV-229E、HCoVNL63、HCoV-OC43、HCoV-HKU1、SARS-CoV 和MERSCoV[2-3],SARS-CoV-2 病毒臨床特征不顯著,傳染性強(qiáng)且感染人群多,在疫情防控及臨床治療中面臨著極大的困難,研發(fā)操作簡(jiǎn)易、測(cè)量快速的檢測(cè)手段刻不容緩,因此,各醫(yī)院及各研發(fā)團(tuán)隊(duì)陸續(xù)用不同的方法研制出多種新冠病毒檢測(cè)試劑盒,從而達(dá)到快速檢測(cè)的目的。而新冠病毒和SARS病毒全基因組水平的高度同源性[4]也為試劑盒的設(shè)計(jì)提供了幫助,新冠病毒是一種RNA 病毒,試劑盒檢測(cè)原理通常是逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)法(RT-PCR)達(dá)到擴(kuò)增病原體的核酸(RNA)的目的,并通過熒光等發(fā)光物質(zhì)作為探針對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行實(shí)時(shí)檢測(cè)?,F(xiàn)有多個(gè)科研機(jī)構(gòu)已公布了新冠病毒的基因組序列[5],并已用于檢測(cè)試劑盒的研制。本文首先介紹了新冠病毒SARS-CoV-2 結(jié)構(gòu)及與生物體的作用機(jī)理,其次詳細(xì)介紹了各種病毒檢測(cè)方法,最后對(duì)當(dāng)前檢測(cè)方法存在的問題及可能改進(jìn)之處進(jìn)行了總結(jié)與展望。

    1 新冠病毒SARS-CoV-2 結(jié)構(gòu)及與生物體的作用機(jī)理

    SARS-CoV-2 冠狀病毒為β 屬有包膜的單股正鏈RNA病毒,直徑在60 ~140 nm,顆粒為圓形或橢圓形,常為多形性[1],因病毒包膜具有可以向四周延伸的凸起,形似花冠,故得名為冠狀病毒(見圖1)。冠狀病毒主要通過核衣殼蛋白(nucleocapsid protein,N)、小包膜蛋白(envelope protein,E)、刺突表面糖蛋白(spike protein,S)和基質(zhì)蛋白(matrix protein,M)組成。其中S蛋白易與細(xì)胞結(jié)合并促進(jìn)病毒的遺傳物質(zhì)侵入受體細(xì)胞[6],而N蛋白在病毒的轉(zhuǎn)錄中起一定的作用。

    圖1 (a)新型冠狀病毒武漢株02(C-F13-nCoV Wuhan strain 02),NPRC 2020.00002 的透射電子顯微鏡結(jié)構(gòu)[7](經(jīng)許可復(fù)制,Copyright? 2020 中國(guó)國(guó)家病原微生物資源庫,中國(guó)國(guó)家微生物科學(xué)數(shù)據(jù)中心),(b)SARS-CoV-2 的結(jié)構(gòu)示意圖(經(jīng)許可復(fù)制,Copyright? 2020 Centers for Disease Control and Prevention,the United States)

    2020 年,Wrapp研究組用冷凍電鏡技術(shù)揭示新冠病毒表面S 蛋白三維結(jié)構(gòu)[8],且對(duì)S 蛋白的三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析,如圖2(a)、2(b)所示,發(fā)現(xiàn)其受體結(jié)合域(receptor-binding domain,RBD)通過上下移動(dòng)的方式來決定是否與細(xì)胞表面的受體結(jié)合,即向上時(shí)S 蛋白可以通過RBD與受體結(jié)合,使得細(xì)胞膜與病毒包膜相互融合,細(xì)胞中因侵入病毒的遺傳物質(zhì)而被感染,而向下時(shí)結(jié)合部位則會(huì)隱藏。

    圖2 (a)RBD 朝下、(b)RBD 朝上[8]及(C)冷凍電鏡下ACE2 的三維結(jié)構(gòu)[9](經(jīng)許可復(fù)制,Copyright? 2020 the American Association for the Advancement of Science)

    為了進(jìn)一步對(duì)冠狀病毒識(shí)別,Yam R[9]等也通過冷凍電鏡技術(shù)首次成功解析出細(xì)胞表面受體-血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2(Angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)的全長(zhǎng)結(jié)構(gòu)[見圖2(c)],其為多數(shù)冠狀病毒入侵生物體的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)。Walls,A. C.等人對(duì)SARS 病毒(SARS-CoV)及新冠病毒(SARS-CoV-2)S 蛋白的結(jié)構(gòu)、序列及功能等多方面進(jìn)行比較,證明新冠病毒入侵宿主細(xì)胞的機(jī)制和SARS 病毒相似,即病毒的S 蛋白利用細(xì)胞表面的ACE2 進(jìn)入受體[10],這和Munster 組通過實(shí)驗(yàn)證明的ACE2 是SARS-CoV-2 的功能受體結(jié)果一致[11]。Rao 等[12]報(bào)道了新冠病毒RNA 依賴性RNA聚合酶(RdRp)的結(jié)構(gòu),作為具有潛力的藥物靶點(diǎn),RdRp結(jié)構(gòu)的成功解析,為新冠病毒的治療提供了基礎(chǔ)。

    準(zhǔn)確解析出新冠病毒S 蛋白、ACE2 受體及藥物靶點(diǎn)的三維結(jié)構(gòu),揭示病毒的作用機(jī)理,對(duì)進(jìn)一步研制疫苗或設(shè)計(jì)有效的治療方案具有指導(dǎo)性意義。

    2 檢測(cè)方法

    新冠病毒的主要檢測(cè)方法包括抗原抗體、測(cè)序、PCR、CRISPR以及其他的一些檢測(cè)技術(shù)并制成便于攜帶的檢測(cè)試劑盒。截至2020 年4 月22 日,國(guó)家藥品監(jiān)督管理局共批準(zhǔn)新冠病毒核酸檢測(cè)試劑19 個(gè),抗體檢測(cè)試劑11 個(gè)。需要說明的是:鑒于抗體檢測(cè)試劑方法學(xué)特點(diǎn),產(chǎn)品僅用作對(duì)新型冠狀病毒核酸檢測(cè)陰性疑似病例的補(bǔ)充檢測(cè)指標(biāo)或疑似病例診斷中與核酸檢測(cè)協(xié)同使用,不作為新型冠狀病毒感染的肺炎確診和排除的依據(jù),不適用于一般人群的篩查,僅限醫(yī)療機(jī)構(gòu)使用。不僅中國(guó)的新冠病毒檢測(cè)試劑盒在不斷的更新進(jìn)步,國(guó)外一些研究機(jī)構(gòu)的研究成果也促進(jìn)了檢測(cè)技術(shù)的快速發(fā)展,如德國(guó)分子診斷公司Qiagen 使用床邊分子檢測(cè)(Molecular Point-of-Care)技術(shù),僅需1 h就可以完成測(cè)試;美國(guó)的雅培公司研制出的“ID NOW”新冠病毒核酸檢測(cè)產(chǎn)品,稱其能夠在5 min 內(nèi)完成新冠病毒陽性樣本的測(cè)試;以色列希伯來大學(xué)研究人員使用磁性納米粒子材料提取拭子中的RNA分子,檢測(cè)速度較原來提升了4 ~10 倍。表1 詳細(xì)列舉了我國(guó)已批準(zhǔn)的新冠病毒檢測(cè)試劑盒。

    表1 我國(guó)已獲批新冠病毒檢測(cè)試劑清單

    病原體的檢測(cè)一般可分為病毒分離培養(yǎng)檢測(cè)、針對(duì)病毒RNA的分子生物學(xué)檢測(cè)和基于病毒抗原-抗體反應(yīng)的免疫學(xué)檢測(cè),下面將詳細(xì)介紹各種檢測(cè)方法。

    2.1 分離培養(yǎng)檢測(cè)

    分離培養(yǎng)法自1913 年首次用于牛痘病毒的培養(yǎng),經(jīng)過百年的發(fā)展,檢測(cè)準(zhǔn)確性較高,是病毒鑒定檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”[13],但由于該方法對(duì)技術(shù)的要求高,測(cè)樣所耗時(shí)間長(zhǎng),操作步驟繁瑣,故無法適應(yīng)于病原體的快速檢測(cè)。分離培養(yǎng)SARS-CoV-2 并用電鏡技術(shù)進(jìn)行觀察研究,為病毒致病機(jī)理、疫苗和藥物的研究做出重要貢獻(xiàn),目前已有數(shù)篇SARS-CoV-2 病毒分離鑒定的文章,如Lu等[14]通過人氣道上皮細(xì)胞(HAE)對(duì)病毒進(jìn)行分離培養(yǎng),并使用電鏡來觀察病毒的形態(tài)變化,3 次傳代后收集標(biāo)本上清液進(jìn)行檢測(cè)來確定是否為新型冠狀病毒。當(dāng)然,不同的細(xì)胞受SARS-CoV-2 病毒的感染程度不同,發(fā)表在Cell 上的文章表明[15],只有低于10%的呼吸道細(xì)胞和腸道細(xì)胞會(huì)同時(shí)產(chǎn)生ACE2 及有助于激活新冠病毒S蛋白的TMPRSS2 酶,這些細(xì)胞可分為鼻腔黏液中的杯狀細(xì)胞、肺部的Ⅱ型肺泡細(xì)胞及小腸內(nèi)的吸收性腸上皮細(xì)胞。與此同時(shí)也有研究表明,ACE2 和TMPRSS2 酶可以在包括鼻氣道中的細(xì)胞中表達(dá),尤其是鼻腔黏液中的杯狀細(xì)胞和纖毛細(xì)胞中,這兩種蛋白含量最高,研究人員推測(cè)這有可能是SARS-CoV-2 的最初感染途徑[16]。因此,樣本來源可優(yōu)先選擇這些部位的細(xì)胞進(jìn)行新冠病毒的分離培養(yǎng),一般分離培養(yǎng)過程是收集人氣道上皮細(xì)胞培養(yǎng)4 ~6周后,于其頂面接種加入病毒載體的支氣管肺泡灌洗液樣品上清液,3 次傳代后可收集樣本觀察檢測(cè)。對(duì)新冠病毒傳染范圍廣這一特點(diǎn),醫(yī)療團(tuán)隊(duì)需要可以迅速檢測(cè)病原體的方法避免貽誤最佳治療時(shí)機(jī),該方法無法滿足這一條件,不適用于新冠病毒的快速檢測(cè)。

    2.2 分子生物學(xué)檢測(cè)

    這是一種病原體檢測(cè)從蛋白質(zhì)及細(xì)胞層面進(jìn)入到核酸序列檢測(cè)上的方法,目前發(fā)展比較熱門的領(lǐng)域當(dāng)屬核酸擴(kuò)增技術(shù)、測(cè)序技術(shù)及基因芯片。SARS-CoV-2是單鏈的RNA 病毒,因此需逆轉(zhuǎn)錄先合成互補(bǔ)的cDNA,再進(jìn)行PCR擴(kuò)增技術(shù)進(jìn)行檢測(cè)[5]。

    2.2.1核酸擴(kuò)增技術(shù)

    核酸擴(kuò)增技術(shù)又分為聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction,PCR)技術(shù)和恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù)。PCR 在20 世紀(jì)80 年代就已經(jīng)開發(fā)應(yīng)用于核酸擴(kuò)增[17],其具有靈敏度高、操作簡(jiǎn)便、結(jié)果精準(zhǔn)等優(yōu)點(diǎn),因此在此基礎(chǔ)上又衍生出實(shí)時(shí)熒光PCR、多重PCR 等技術(shù),是病原體檢測(cè)中最為常見的檢測(cè)手段。恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù)只需要一些簡(jiǎn)單的水浴、空氣浴等恒溫儀器就可以完成基因序列的擴(kuò)增過程,可以不用依賴昂貴笨重的熱循環(huán)儀器。恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù)通常包括轉(zhuǎn)錄介導(dǎo)的擴(kuò)增技術(shù)(transcription mediated amplification,TMA)、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)等?;诓《竞怂岬姆肿由飳W(xué)檢測(cè),也已研制出多種檢測(cè)試劑盒用于新冠病毒的檢測(cè),截至2020年4 月22 日國(guó)家獲批的19 個(gè)核酸檢測(cè)試劑盒中,熒光PCR 法就占到了12 個(gè),是一種非常普遍的檢測(cè)方法。下面簡(jiǎn)要介紹核酸檢測(cè)試劑盒的3 種研制技術(shù)。

    (1)熒光PCR法。熒光PCR是在常規(guī)PCR檢測(cè)的基礎(chǔ)上加入了熒光物質(zhì),通過監(jiān)測(cè)發(fā)光信號(hào)來進(jìn)行分析的一種方法。TaqMan 是最為常用的一種探針染料,基本原理是設(shè)計(jì)合成能與目標(biāo)基因特異性結(jié)合的探針,分別于其5′端和3′端標(biāo)記熒光基團(tuán)和猝滅基團(tuán),PCR擴(kuò)增時(shí)由于Taq 酶將探針5′端的熒光基團(tuán)切割導(dǎo)致其與探針分離,從而發(fā)出熒光。用于新冠病毒檢測(cè)的熒光檢測(cè)試劑盒,以新冠病毒ORF1ab 基因和N基因中的序列為靶位點(diǎn)進(jìn)行特異性引物的設(shè)計(jì),并以寡核苷酸作為熒光探針對(duì)病毒的核酸進(jìn)行檢測(cè)。若要確認(rèn)一個(gè)病例為陽性,則需滿足在同一份檢測(cè)標(biāo)本中新冠病毒的ORF1ab 及N 基因的熒光PCR 檢測(cè)結(jié)果均為陽性,若檢測(cè)條件受限,至少應(yīng)對(duì)新冠病毒的ORF1ab基因進(jìn)行檢測(cè)[18]。熒光PCR 檢測(cè)技術(shù)是一種最為常見的核酸檢測(cè)方式,已廣泛應(yīng)用于生物及醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域,在此次新冠病毒的檢測(cè)中也發(fā)揮了巨大的作用。

    (2)微流控芯片法。微流控芯片是集樣品的制備、反應(yīng)、擴(kuò)增、檢測(cè)等基本操作單元于一塊微米級(jí)芯片上,是操作、檢測(cè)一體化的整合技術(shù),可實(shí)現(xiàn)多個(gè)樣品在幾分鐘內(nèi)平行檢測(cè)[19],通過液體聯(lián)通各個(gè)單元,具有液體流動(dòng)可控、樣品消耗少、檢測(cè)速度快、成本低等優(yōu)點(diǎn),可用于病原體核酸的檢測(cè)。和受限于傳熱速度的常規(guī)PCR 技術(shù)相比,微流控PCR 芯片由于本身的體積及熱容較小,因而傳熱速度快,有效的縮短了病原體的檢測(cè)時(shí)間[20]。微流控芯片技術(shù)在病原體的檢測(cè)過程中標(biāo)本的取樣量少,通常需要5 ~50 μL就可以完成檢測(cè),且檢測(cè)靈敏度高及制作成本低廉,是新冠病毒檢測(cè)中的一種不可或缺的方法。

    (3)恒溫?cái)U(kuò)增法。以環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(LAMP)為例,在恒溫65 ℃的條件下,1 h內(nèi)就可以將目標(biāo)DNA 從幾個(gè)拷貝擴(kuò)增到109拷貝[21]。LAMP 測(cè)序過程中不需要昂貴笨拙的熱循環(huán)儀器,只需要在恒溫65 ℃就可以完成,且擴(kuò)增產(chǎn)物通過顏色變化或是否產(chǎn)生沉淀等現(xiàn)象可以用肉眼觀察,如Besuschio 等[22]利用鈣黃綠素可以與LAMP 反應(yīng)體系中的Mg2+結(jié)合使得顏色由黃變綠這一特點(diǎn)來判斷檢測(cè)結(jié)果。此方法檢測(cè)速度快,尤其是靈敏度比較高,因此在核酸檢測(cè)試劑盒中應(yīng)用比較廣泛。

    核酸檢測(cè)中的熒光PCR技術(shù)特異性較強(qiáng),擴(kuò)增和檢測(cè)同時(shí)完成,但受傳熱速度及裝置熱容的限制,整個(gè)擴(kuò)增過程需要幾個(gè)小時(shí),耗時(shí)較長(zhǎng),只能相對(duì)定量,可以用于新冠病毒確診檢測(cè);微流控芯片技術(shù)靈敏度高,如Cooper等[23]實(shí)現(xiàn)了血液中低至1 拷貝/mL 的快速分離檢測(cè),特異性較好,且檢測(cè)速度快,有報(bào)道稱其能夠在17 min內(nèi)完成34 個(gè)PCR的循環(huán)[24],可以實(shí)現(xiàn)絕對(duì)定量,適應(yīng)于病毒確診檢測(cè),但檢測(cè)通量較低,如多個(gè)芯片的同時(shí)檢測(cè)會(huì)受到一定的限制,因此在常規(guī)的檢測(cè)中沒有優(yōu)勢(shì);LAMP 技術(shù)是在PCR 技術(shù)之后逐漸發(fā)展起來的一種恒溫高效、特異性強(qiáng)的體外核酸擴(kuò)增技術(shù),靈敏度也比較高,在使用RT-LAMP 技術(shù)進(jìn)行口蹄疫病毒檢測(cè)[25]的案例中的檢測(cè)靈敏度達(dá)到103拷貝/μL,但檢測(cè)成本相對(duì)較高,可以用于病毒的初篩檢測(cè)。

    2.2.2 測(cè)序技術(shù)

    先頭的特務(wù)連早已剪斷了鬼子的電話線。當(dāng)他們排著整齊的隊(duì)伍走出包圍圈時(shí),一出機(jī)場(chǎng)就遭到日軍哨兵盤問,十六師副師長(zhǎng)顧宏用日語說:我們是皇協(xié)軍,奉命由胡村調(diào)防上葉。

    測(cè)序技術(shù)首先在20 世紀(jì)70 年代由英國(guó)科學(xué)家Sanger等[26]建立,開創(chuàng)了鏈終止法,基于化學(xué)降解法的第一代測(cè)序由此形成,但測(cè)序成本較高,為滿足測(cè)序要求而發(fā)展起來的下一代測(cè)序技術(shù)(next generation sequencing,NGS),包括邊合成邊測(cè)序的第2 代測(cè)序技術(shù)[27],單分子實(shí)時(shí)測(cè)序的第3 代[28]及納米孔單分子測(cè)序的第4 代測(cè)序技術(shù)[29]。美國(guó)疾病預(yù)防控制中心(CDC)在GenBank 上公布了Sanger 測(cè)序及納米孔測(cè)序的新冠病毒序列[30],Lu 等[14]也通過納米孔測(cè)序在內(nèi)的測(cè)序技術(shù)對(duì)新冠病毒感染者的全長(zhǎng)基因組進(jìn)行了分析。

    從第1 代測(cè)序技術(shù)優(yōu)化到第4 代的固態(tài)納米測(cè)序技術(shù),準(zhǔn)確度提高,測(cè)量成本降低,測(cè)序時(shí)間變短,方便人們準(zhǔn)確獲取基因組信息并用于疾病的治療。

    2.2.3 基因芯片

    基因芯片又稱DNA微陣列、DNA芯片,取樣后利用核酸分子雜交技術(shù),通過熒光標(biāo)記序列與事先設(shè)計(jì)好固定在基底上的探針在一定條件下雜交,并對(duì)信號(hào)進(jìn)行檢測(cè)樣品中mRNA或DNA 的相對(duì)濃度[31]。該技術(shù)從樣品的制備到完成反應(yīng)后結(jié)果的檢測(cè)都集中在芯片中,經(jīng)過一次分析可得到多個(gè)基因序列,相較于傳統(tǒng)檢測(cè)具有自動(dòng)化程度高、效率高、成本低等優(yōu)點(diǎn)[32]。

    2.3 免疫學(xué)檢測(cè)

    在新冠病毒爆發(fā)的前期,唯一的核酸診斷檢測(cè)手段是逆轉(zhuǎn)錄PCR技術(shù),在病人早期診斷中發(fā)揮了巨大作用,是最有效的檢測(cè)途徑。但病人到了后期產(chǎn)生一定抗體后,就可以采用免疫學(xué)檢測(cè)方法?;诿嘎?lián)免疫檢測(cè)法(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)和膠體金檢測(cè)法的IgM 和IgG 抗體檢測(cè)試劑盒也已經(jīng)上市,這是與針對(duì)病毒RNA的分子生物學(xué)檢測(cè)高度互補(bǔ)的另一種檢測(cè)技術(shù)。該技術(shù)基于血清中抗原和抗體的特異性結(jié)合進(jìn)行檢測(cè),通過已知的抗原(抗體)來檢測(cè)病原體的抗體(抗原),因此可以用來方便、迅速鑒定病原體[33-34]。相較于傳統(tǒng)的分離培養(yǎng)法及繁雜的分子生物學(xué)檢測(cè),此方法明顯在操作步驟上得到了簡(jiǎn)化。尤其是隨著大量無癥狀感染者(核酸檢測(cè)呈陽性,包含感染過新冠病毒但自身已經(jīng)產(chǎn)生保護(hù)性抗體的痊愈者和未發(fā)病的感染者)的出現(xiàn),核酸檢測(cè)外加做抗體檢測(cè)十分必要,有利于人群分層管理:因?yàn)镮gG存在于人體血清中時(shí)間長(zhǎng),而IgM 當(dāng)疾病感染人體結(jié)束后通常消失。如果IgM 呈陰性而IgG 呈陽性,意味著受檢者曾感染過病毒但已產(chǎn)生抗體,不再需要隔離。如果IgG 和IgM 都呈陽性,那么受檢者可能是已感染病毒尚未發(fā)病,需要進(jìn)行醫(yī)學(xué)觀察與隔離(處于潛伏期的最終會(huì)發(fā)病,具有傳染性;有些隱性感染者則不會(huì)發(fā)病,直到最后自愈,不具有傳染性)。

    (1)酶聯(lián)免疫檢測(cè)法。酶聯(lián)免疫檢測(cè)法(ELISA)是抗原抗體反應(yīng)與酶科學(xué)相互結(jié)合的一種常見的免疫分析方法,即固相載體表面的抗原或抗體仍具有免疫學(xué)活性,而經(jīng)酶標(biāo)記的抗原或抗體既保留著酶的活性,同時(shí)也具有免疫學(xué)活性[35]。在檢測(cè)時(shí)標(biāo)本中的抗體(抗原)與固相載體表面的抗原(抗體)發(fā)生特異性反應(yīng)形成抗原抗體復(fù)合物,加入酶標(biāo)記的抗原或抗體后也在固相載體表面發(fā)生復(fù)合,由于固相載體中受標(biāo)檢測(cè)物與酶的量成一定的比列關(guān)系,通過酶催化底物顏色的深淺變化進(jìn)行定性或定量的分析從而達(dá)到檢測(cè)的目的。眾所周知,酶的催化效率比較高,因此該方法在靈敏度方面具有很大的優(yōu)勢(shì),是一種比較常見的新冠病毒檢測(cè)手段。

    (3)膠體金法。膠體金檢測(cè)試紙條的結(jié)構(gòu)一般為:以塑料板作為底板,在其中間粘貼硝酸纖維素膜(NC膜),并在NC膜兩端粘貼試劑墊以及吸水膜,試劑墊與NC膜間的連接處粘貼膠紙用于控流。金標(biāo)物與樣本中的待測(cè)物發(fā)生特異性結(jié)合而成的聚合物,在NC膜上擴(kuò)散,到達(dá)C、T 線結(jié)合包被物后會(huì)顯示出裸眼觀測(cè)的條帶[37]。此種方法的試劑盒易于商品化和標(biāo)準(zhǔn)化,操作簡(jiǎn)便,反應(yīng)快速,適應(yīng)于大規(guī)模人群的篩查,在此次新冠病毒的檢測(cè)中應(yīng)用較為廣泛。

    免疫學(xué)檢測(cè)通過對(duì)人體血清中病原體所產(chǎn)生的特異性抗體的檢測(cè),在傳統(tǒng)的臨床病原體檢測(cè)中非常常見,以上列舉的三類具體實(shí)施方案也各有優(yōu)缺點(diǎn):酶聯(lián)免疫檢測(cè)法對(duì)設(shè)備要求低、檢測(cè)靈敏度高、操作方法簡(jiǎn)便、特異性較強(qiáng)且檢測(cè)成本低,但由于操作步驟多,因此耗時(shí)較長(zhǎng),通常只能定性或半定量檢測(cè),該技術(shù)比較適合基層的檢測(cè)機(jī)構(gòu)用于大規(guī)模的篩查;化學(xué)發(fā)光法是一種比較先進(jìn)的免疫檢測(cè)技術(shù),能夠達(dá)到定量檢測(cè)的目的,具有自動(dòng)化程度高、操作簡(jiǎn)便、特異性強(qiáng)、方法穩(wěn)定及靈敏度高等優(yōu)點(diǎn),但儀器及試劑成本較高,無法大規(guī)模篩查;膠體金法操作簡(jiǎn)便、反應(yīng)迅速,但靈敏度相對(duì)不高且無法定量檢測(cè),可以用于輔助快速篩查。

    2.4 其他新型檢測(cè)技術(shù)

    如圖3 所示,Munster團(tuán)隊(duì)報(bào)道了一種通過檢測(cè)不同細(xì)胞被病毒所感染的差異性來迅速篩查冠狀類病毒的方法[11]。具體來說,新冠病毒S 蛋白的RBD(受體結(jié)合域)是與人體細(xì)胞中的受體直接作用的中介,通過檢測(cè)與病毒結(jié)合的ACE2(血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2)、與MERS病毒結(jié)合的DPP4(二肽基肽酶)等受體與RBD的作用情況,即RBD 有3 個(gè)分支,結(jié)合ACE2 后就屬于分支1,通過這種方法,就能快速的確認(rèn)新冠病毒的檢測(cè)結(jié)果。而這種新方法只需要檢測(cè)S 蛋白R(shí)BD 的序列,取代了傳統(tǒng)方法中對(duì)于S蛋白全長(zhǎng)序列的合成,因此大大提高了檢測(cè)速度。

    圖3 病毒S 蛋白通過RBD 與ACE2 受體結(jié)合進(jìn)入人體細(xì)胞[11](經(jīng)許可復(fù)制,Copyright? 2020 Springer Nature)

    基于CRISPR/Cas 系統(tǒng)檢測(cè)RNA 的基因編輯技術(shù),在很多領(lǐng)域得到了迅速發(fā)展,此技術(shù)可以進(jìn)行生物體內(nèi)的基因編輯修飾[38]。CRISPR系統(tǒng)可以特異性的檢測(cè)RNA從而鑒定所檢測(cè)的樣本中是否有特定序列的存在,進(jìn)而達(dá)到病原體檢測(cè)的目的。其中,張鋒團(tuán)隊(duì)由此開發(fā)的SHERLOCK (specific highsensitivity enzymatic reporter unlocking)技術(shù)比較經(jīng)典[39]。即gRNA會(huì)識(shí)別新冠病毒的S基因和ORF1ab基因,并引導(dǎo)Cas13 對(duì)這兩個(gè)基因進(jìn)行切割,通過確認(rèn)是否被切斷從而得到新冠病毒檢測(cè)的結(jié)果[40],詳細(xì)過程見圖4。檢測(cè)時(shí)首先在42 ℃下通過恒溫?cái)U(kuò)增技術(shù)對(duì)核酸樣本進(jìn)行擴(kuò)增,其次在樣本中加入Cas13、gRNA 等分子在37 ℃下反應(yīng)30 min,最后使用試紙進(jìn)行檢測(cè)。需要說明的是單獨(dú)使用CRISPR檢測(cè)技術(shù)通常無法達(dá)到臨床檢驗(yàn)的靈敏度,因此需要和擴(kuò)增技術(shù)結(jié)合來進(jìn)行新冠病毒的檢測(cè),目前張鋒等人已經(jīng)公開了結(jié)合擴(kuò)增技術(shù)的新冠病毒CRISPR 檢測(cè)法,國(guó)內(nèi)也有如吐露港等公司開發(fā)的基于CRISPR 的檢測(cè)技術(shù),但都需要臨床樣本的實(shí)際檢驗(yàn)。

    圖4 以編程方式切割與其CRISPR RNA(crRNA)互補(bǔ)的RNA[41](經(jīng)許可復(fù)制,Copyright? 2019 Elsevier)

    3 小結(jié)與展望

    新冠病毒的感染是全球面臨的一次嚴(yán)峻的挑戰(zhàn),快速診斷,及時(shí)治療是打贏這場(chǎng)攻堅(jiān)戰(zhàn)的關(guān)鍵。面對(duì)傳染性強(qiáng)且感染人數(shù)眾多這一現(xiàn)狀,準(zhǔn)確測(cè)量快速的檢測(cè)試劑盒的研制至關(guān)重要,目前世界各地均已研制出多種核酸和抗體檢測(cè)試劑盒。

    核酸檢測(cè)是病原體診斷的一種依據(jù),也是目前確診最重要的手段,作為檢測(cè)最重要的標(biāo)準(zhǔn),扮演著難以取代的作用。在病毒核酸檢測(cè)中,有的疑似新冠肺炎患者前幾次檢測(cè)呈陰性,但在多次檢測(cè)后最終呈陽性。核酸檢測(cè)中的“假陰性”頻發(fā)受到了廣泛關(guān)注,原因除了患者自身的病程發(fā)展之外,還有一個(gè)重要的原因在于目前核酸檢測(cè)手段過程中有很多的不確定性,應(yīng)當(dāng)科學(xué)看待,不排除部分試劑盒質(zhì)量不高的情況。例如:美國(guó)在疫情初期就曾回收過發(fā)放的不合格試劑盒。同時(shí)也應(yīng)該考慮到新冠病毒感染的特點(diǎn),導(dǎo)致樣本在采集中出現(xiàn)問題。首先,病人采樣的時(shí)間段也影響采集的病毒數(shù)量,比如早期,中期和晚期,早期例如潛伏期時(shí)沒有癥狀,病毒數(shù)量可能較少,中期采集到的病毒數(shù)量就相應(yīng)多。例如SARS病人3 周后的血液病毒數(shù)量反而減少了。其次,采樣方式也會(huì)影響檢測(cè)結(jié)果。已經(jīng)知道在常用的采樣中,咽拭子,唾液,痰液,肺泡灌洗液中以肺泡灌洗液采集陽性率最高。目前常用的檢測(cè)手段是咽拭子采集疑似病患樣品,采樣的部位是上呼吸道咽,不是病毒容易侵犯的下呼吸道。同樣,病毒在血液、尿液、糞便中也能檢出,但因?yàn)椴⒉皇侵饕腥静课?,病毒含量較少,不能作為檢測(cè)依據(jù)。同時(shí),由于RNA 很不穩(wěn)定,容易降解,采集后樣品的處理和提取是否合理也是影響因素。核酸檢測(cè)除了樣品采集方面的問題外,還在檢測(cè)時(shí)長(zhǎng)、防護(hù)要求等方面,想要滿足大范圍的檢測(cè)比較困難。就檢測(cè)時(shí)間而言,不算樣本的處理時(shí)間,PCR 的升溫降溫過程就需要2 h;此外,防護(hù)要求相對(duì)較高,需要2 級(jí)防護(hù)且專門配備PCR儀的實(shí)驗(yàn)室及3 級(jí)防護(hù)且經(jīng)過嚴(yán)格培訓(xùn)的人員要求。而抗體作為人體應(yīng)激反應(yīng)的產(chǎn)物均勻分布在血液中,與核酸檢測(cè)相比更容易獲取樣本且檢測(cè)時(shí)間較短,極大的降低了醫(yī)護(hù)人員在取樣及檢測(cè)過程中被感染的風(fēng)險(xiǎn),目前針對(duì)“假陰性”的一個(gè)行之有效的辦法就是在核酸檢測(cè)的基礎(chǔ)上補(bǔ)充新型冠狀病毒特異抗體檢測(cè)[42]。因此,在實(shí)驗(yàn)過程中,任何一個(gè)環(huán)節(jié)都不容忽視,否則會(huì)產(chǎn)生“假陰性”等問題。隨著疫情大范圍爆發(fā)且出現(xiàn)無癥狀感染患者,新的檢測(cè)手段也層出不窮。如基于等離子體光熱生物傳感器(plasmonic photothermal biosensor)的檢測(cè)方法[43],基于電解質(zhì)場(chǎng)效應(yīng)晶體管(FET)的生物傳感檢測(cè)[44]和北京大學(xué)伊成器課題組提出的基于轉(zhuǎn)座酶的TRACE(Transposase assisted RNA/DNA hybrid Co-tagmEntation)建庫測(cè)序技術(shù)等。

    為保障檢測(cè)結(jié)果的質(zhì)量,除了采用合格的試劑盒與合理的采樣手段,還需要做到樣本的采集與輸送必須嚴(yán)格遵循程序;對(duì)可疑樣本,可以選用不同的檢測(cè)方法反復(fù)確認(rèn);檢測(cè)后定期抽取檢測(cè)樣本交由第三方實(shí)驗(yàn)室評(píng)估以保障檢測(cè)的準(zhǔn)確性等。各類方法揚(yáng)長(zhǎng)避短,發(fā)揮出最大的優(yōu)勢(shì),使新冠病毒的檢測(cè)更迅速、檢測(cè)結(jié)果更可靠。

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