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      葡萄糖 -6- 磷酸脫氫酶基因4 種突變及蛋白結(jié)構(gòu)分析

      2020-03-19 09:07:54朱之星顧堅(jiān)磊田國力
      關(guān)鍵詞:缺乏癥底物基因突變

      朱之星 ,紀(jì) 偉,顧堅(jiān)磊 ,呂 暉 , ,田國力

      1. 上海交通大學(xué)附屬兒童醫(yī)院,上海市兒童醫(yī)院生物醫(yī)學(xué)信息研究中心,上海 200040;2. 上海交通大學(xué)附屬兒童醫(yī)院兒童精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)工程技術(shù)研究中心,上海 200040;3. 上海交通大學(xué)附屬兒童醫(yī)院新生兒篩查中心,上海 200040;4. 上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院,上海交通大學(xué)-耶魯大學(xué)生物統(tǒng)計(jì)與數(shù)據(jù)科學(xué)聯(lián)合中心,上海 200240

      葡萄糖-6-磷酸脫氫酶(glucose-6-phosphate dehydrogenase,G6PD)缺乏癥是常見的一種先天性酶缺乏遺傳病,由定位于Xq28 上的G6PD 基因(OMIM:305900)突變導(dǎo)致G6PD 酶活性降低或缺乏。該基因編碼為一個(gè)由515 個(gè)氨基酸組成的酶蛋白亞基,其同源二聚體具有酶活性,并能進(jìn)一步產(chǎn)生酶促活性的四聚體蛋白[1-2]。G6PD 酶活性的降低會(huì)引起紅細(xì)胞不能抵抗氧化損傷而遭受破壞,從而產(chǎn)生急性溶血,部分可引起新生兒期高膽紅素腦病,導(dǎo)致智力低下甚至死亡[2]。

      G6PD 缺乏癥作為我國新生兒疾病篩查主要疾病之一,主要通過檢測濾紙干血片血斑樣品的酶活性,并結(jié)合后續(xù)生化或基因檢測來明確診斷。隨著測序技術(shù)的發(fā)展,G6PD 基因的突變位點(diǎn)被廣泛研究[3-5]。1993 年杜傳書團(tuán)隊(duì)[5]利用APCR 單鏈產(chǎn)物以雙脫氧鏈終止法對(duì)該基因進(jìn)行DNA 序列測定,首次在中國人群中發(fā)現(xiàn)了6 種G6PD 基因突變位點(diǎn)。如今,G6PD 缺乏癥已知突變位點(diǎn)已達(dá)近200種[3],其中在中國人群中被報(bào)道的有40 多種[4,6-7]。多種基因檢測方法不斷發(fā)展[6,8-10],其中多色探針熒光PCR 熔解曲線法[10]因其檢測速度快、簡便、低成本等特點(diǎn)而被廣泛使用。

      然而,基因突變導(dǎo)致G6PD 酶活性降低或缺乏的分子機(jī)制尚未明確。有研究[11]認(rèn)為基因突變導(dǎo)致了G6PD 酶蛋白穩(wěn)定性的降低,也有研究[12-13]提示突變影響了輔酶NAPD+及底物與酶蛋白結(jié)合能力,從而影響其正常的生物學(xué)功能。為了更好地了解不同突變從哪些方面影響了酶活性,本研究分析了新生兒篩查G6PD 缺乏癥人群的酶活性及基因突變分布情況,從分子、結(jié)構(gòu)及功能的角度將4 種常見突變,即c.95A>G、c.1376G>T、c.1388G>A、c.1024C>T,與野生型G6PD 酶進(jìn)行比較,并對(duì)這些突變蛋白結(jié)構(gòu)及功能進(jìn)行預(yù)測分析,揭示G6PD 突變與酶學(xué)結(jié)構(gòu)、功能的關(guān)系,以期為遺傳咨詢提供幫助。

      1 對(duì)象與方法

      1.1 研究對(duì)象

      納入上海交通大學(xué)附屬兒童醫(yī)院2014—2017 年收集的205 103 例新生兒G6PD 缺乏癥篩查記錄(為保護(hù)患者隱私,在數(shù)據(jù)進(jìn)行分析處理前,患者的個(gè)人可識(shí)別信息均已被剔除)。研究獲上海交通大學(xué)附屬兒童醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)(2019R075-E01)。

      1.2 方法

      新生兒出生72 h 后,針刺足跟采血于濾紙上,制成濾紙干血片標(biāo)本。通過新生兒G6PD 缺乏癥篩查及分析并存于醫(yī)院新生兒篩查中心系統(tǒng)。

      1.2.1 G6PD 酶活性檢測 采用新生兒G6PD 測定試劑(PerkinElmer,美國)及VICTOR ?D 熒光計(jì)(Wallac Oy, 芬蘭),遵照實(shí)驗(yàn)室建立的標(biāo)準(zhǔn)操作流程檢測:在室溫下使血斑樣品和含有 G6P、NADP+的底物試劑反應(yīng)30 min,可通過添加硫酸銅減緩反應(yīng)速度。熒光計(jì)設(shè)定激發(fā)波長為355 nm 和460 nm,進(jìn)行熒光強(qiáng)度測量(熒光強(qiáng)度與酶活性呈正比),由機(jī)載軟件處理得到G6PD 酶活性數(shù)據(jù)。設(shè)定酶活性的最低標(biāo)準(zhǔn),以U/g(每克血紅蛋白中)為酶活性單位,活性低于2.0 U/g 判定為初篩陽性。

      1.2.2 16 個(gè)中國人群常見G6PD 突變位點(diǎn)的PCR 擴(kuò)增 采用熒光PCR 熔解曲線法,取直徑為3 mm 的3 個(gè)濾紙干血片,參照全血-824 核酸提取Mini 試劑盒(廈門致善生物科技有限公司,中國)說明書,通過 Lab-aid 824全自動(dòng)核酸提取儀(廈門致善生物科技有限公司,中國)提取人基因組DNA,-20 ℃保存?zhèn)溆谩J褂?SLAN-96S熒光定量PCR 儀(廈門致善生物科技有限公司,中國)對(duì)靶標(biāo)基因進(jìn)行PCR 擴(kuò)增。

      反應(yīng)的體系均為:DNA 模板2.6 μL,2×PCR 混合體系 14.0 μL,上、下游引物(20 μmol/L)各0.7 μL,用雙蒸水補(bǔ)足體積至25.0 μL。反應(yīng)程序?yàn)椋?0 ℃UnG 酶處理2 min;95 ℃預(yù)變性10 min;95 ℃變性15 s,65 ℃~56 ℃退火15 s(每個(gè)循環(huán)下降 1 ℃),76 ℃延伸20 s 以上過程進(jìn)行10 個(gè)循環(huán);隨后95 ℃變性15 s,55 ℃退火15 s,76 ℃延伸20 s 過程進(jìn)行50 個(gè)循環(huán)。

      采用G6PD 基因突變檢測試劑盒,根據(jù)靶標(biāo)與探針雜交產(chǎn)物熔點(diǎn)的差異來檢測突變位點(diǎn),可以定性檢測出16種中國人群常見的G6PD 基因突變,分別為:c.95A>G、c.383T>C、c.392G>T、c.487G>A、c.493A>G、c.517T>C、c.519C>T、c.592C>T、c.871G>A、c.1004C>A、c.1024C>T、c.1360C>T、c.1376G>T、c.1381G>A、c.1387C>T、c.1388G>A。

      1.3 酶活性及突變情況統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

      應(yīng)用R3.6.3 軟件對(duì)數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,定量數(shù)據(jù)以M(Q1,Q3)表示,定性數(shù)據(jù)以n (%)表示。Wilcoxon秩和檢驗(yàn)分析酶活性與突變基因類型之間的關(guān)系,在顯著性水平=0.05 的條件下,對(duì)檢驗(yàn)假設(shè)“H0:μ1=μ2;H1:μ1≠μ2”進(jìn)行檢驗(yàn),其中μ1、μ2 分別為2 個(gè)總體的均值,以秩和W 作為統(tǒng)計(jì)量,P<0.05 認(rèn)為有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。所有檢驗(yàn)均為雙側(cè)檢驗(yàn)。隨后對(duì)不同突變的酶活性采用G6PD 缺乏癥嚴(yán)重等級(jí)分型[14-15]進(jìn)行描述性統(tǒng)計(jì)分析,以比較不同突變對(duì)患者造成的影響是否具有差異。

      1.4 酶蛋白空間結(jié)構(gòu)預(yù)測

      G6PD 基因具有13 個(gè)外顯子,除去1 號(hào)外顯子不編碼蛋白,根據(jù)cDNA 翻譯的氨基酸序列,包含有515 個(gè)氨基酸,此外G6PD 的活性蛋白在人體中以同源二聚體和同源四聚體形式出現(xiàn)[2]。

      G6PD 的cDNA 參考序列及氨基酸序列來源于Ensembl基因組數(shù)據(jù)庫(ENST00000393564.6),Psipred[16-17]、SOPMA[18]、JPred4[19]被用來預(yù)測蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)。使用SWISS-MODEL[20]預(yù)測氨基酸鏈的空間結(jié)構(gòu),并參比PDB[21-22]蛋白結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫6e08 和6e07.1.A 分別構(gòu)建蛋白單體及二聚體。

      為保證預(yù)測可靠性,利用Mupro[23]、SDM[24-25]、CUPSAT[26]、mSCM[27]、DUET[28]、Dynamut[29]6 種基于結(jié)構(gòu)、圖形特征、統(tǒng)計(jì)勢(shì)能等蛋白穩(wěn)定性分析工具同時(shí)對(duì)突變前后蛋白的穩(wěn)定性進(jìn)行預(yù)測,以突變后蛋白折疊自由能的變化量ΔΔG作為統(tǒng)計(jì)量。若ΔΔG>0[23-29],則表示突變后蛋白結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性增加,反之表示蛋白結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性降低。蛋白結(jié)構(gòu)及預(yù)測圖使用PyMOL 完成,LigPlot+[30]用來構(gòu)建配體與蛋白相關(guān)作用預(yù)測圖。

      采用PROVEAN[31]工具預(yù)測氨基酸的改變對(duì)蛋白功能的影響。為保證更高的有害突變靈敏度,設(shè)置閾值為-1.3[31],PROVEAN 得分≤-1.3 的變量被認(rèn)為是“有害的”,得分> -3 的變量被認(rèn)為是“中性的”。

      2 結(jié)果

      2.1 G6PD 酶活性檢測情況

      2014—2017 年新生兒篩查的205 103 例G6PD 活性檢測血樣,男嬰106 654 例(52%),女嬰98 449 例(48%),中位采血日齡3 d(3 d,5 d),中位胎齡39+3周 (38+4周,40+1周),中位孕周體質(zhì)量3 350 g(3 080 g,3 620 g)。通過熒光分析法測定G6PD 酶活性,確診G6PD 缺乏癥230例,其中男211 例(占92%),女19 例(占8%)。

      2.2 基因突變檢測分析

      采用多色探針熒光PCR 溶解曲線法對(duì)121 例G6PD酶缺陷樣本進(jìn)行檢測分析,檢測出8 種點(diǎn)突變,其中7 種單堿基突變,分別是 c.95A>G、c. 1024C>T、c.392C>T、c.1376G>T、c.1388G>A、c.487G>A、c.517T>C,1 種復(fù)合點(diǎn)突變?yōu)閏.95A>G+c.1388G>A。來自全國14 個(gè)行政區(qū)不同突變的酶活性結(jié)果如圖1 所示。本研究人群除c.95A>G、c.1376G>T、c.1388G>A 3 種 常 見 突 變,c.1024C>T 也表現(xiàn)出高發(fā)生率,4 種突變占檢測總?cè)藬?shù)的91%,且前3 種突變酶活性主要分布在0.2 ~0.6 U/g,c.1024C>T 突變則主要分布在0.4 ~0.8 U/g。

      采用Wilcoxon 秩和檢驗(yàn)估計(jì)4 種主要突變與酶活性之間的關(guān)系。表1 顯示,c.1376G>T、c.1388G>A、c.95A>G 突變的酶活性兩兩之間差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,3種突變與c.1024C>T 突變的酶活性比較,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,結(jié)果表明部分基因突變位點(diǎn)與酶活性有關(guān) 。

      對(duì)不同突變進(jìn)行分組,根據(jù) G6PD 缺乏癥嚴(yán)重等級(jí)分型[14-15]進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,發(fā)現(xiàn)121 例陽性記錄僅表現(xiàn)出了Class Ⅲ和Class Ⅳ 2 種等級(jí),且各突變兩兩之間比較差異均無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,見表2。

      表1 4 種主要突變位點(diǎn)兩兩間的Wilcoxon 檢驗(yàn)結(jié)果Tab 1 Wilcoxon test results between four major mutation positions

      2.3 G6PD 酶蛋白的空間結(jié)構(gòu)

      2.3.1 G6PD 酶蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu) G6PD 野生型蛋白主要包含α-螺旋、β-折疊、β-轉(zhuǎn)角以及無規(guī)則卷曲,其中α-螺旋 有228 個(gè)氨基酸,β-折疊占66 個(gè)氨基酸,β-轉(zhuǎn)角有37個(gè)氨基酸,無規(guī)則卷曲有184 個(gè)氨基酸,4 種二級(jí)結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)于整個(gè)氨基酸鏈。與野生型蛋白相比,4 種突變蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)均有不同程度的改變,如表3 所示:4 種突變構(gòu)成α-螺旋的氨基酸均減少,β-折疊的氨基酸均增加,c.95A>G 與c.1388G>A 2 種突變的β-轉(zhuǎn)角氨基酸均減少了2 個(gè),無規(guī)卷曲增加了3 個(gè)。

      表2 突變位點(diǎn)與酶活性缺乏嚴(yán)重度情況Tab 2 Severity of mutation positions and enzyme activities

      表3 G6PD 野生型及4 種突變蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測情況Tab 3 Prediction of secondary structure of G6PD wild type and four mutant proteins

      2.3.2 G6PD 蛋白野生型空間構(gòu)型 G6PD 蛋白單體由多個(gè)α-螺旋(圖2A 藍(lán)紫)及β-折疊(圖2A 粉)構(gòu)成了2個(gè)結(jié)構(gòu)域,即底物結(jié)構(gòu)域和α+β 結(jié)構(gòu)域。前者較小的位于肽鏈N 端,參與底物的結(jié)合;后者主要由9 股β-折疊構(gòu)成,與亞基的聚合有關(guān);在折疊區(qū)還具有NAPD+配體的結(jié)合位點(diǎn)。G6PD 活性蛋白由2 個(gè)相同的亞基構(gòu)成(圖2B橘黃和藍(lán)紫),具有2 個(gè)NADP+配體的結(jié)合位點(diǎn)以及多個(gè)GOL 位點(diǎn)(圖2)。

      2.3.3 G6PD 活性蛋白4 種高頻突變的空間構(gòu)型 圖3 中顯示了4 種錯(cuò)義突變氨基酸情況,以及突變位點(diǎn)與其他氨基酸共價(jià)鍵形成情況及相互作用的情況。

      圖2 G6PD 蛋白空間構(gòu)型Fig 2 G6PD protein spatial configuration

      圖3 4 種突變位點(diǎn)與相鄰氨基酸的相互作用變化情況Fig 3 Interaction between four mutation sites and adjacent amino acids

      從圖中可以看到,H32 位于蛋白R(shí)ossman 結(jié)構(gòu)區(qū),H32R 突變前后部分殘基之間的共價(jià)鍵斷裂,成型環(huán)消失,此外也形成了新的陽離子鏈接區(qū)及極性鍵作用區(qū)(圖3A)。R459 位于蛋白表面α 螺旋遠(yuǎn)離輔酶和底物結(jié)合區(qū),用于穩(wěn)定自身α 螺旋與相鄰α 螺旋。與野生型相比,R459L 突變后與相鄰α 螺旋間氫鍵、離子作用及極性作用均消失,與N181 號(hào)位氨基酸形成新的弱極性鍵(圖3B)。R463 同樣處于蛋白表面α 螺旋處,但與底物葡萄糖-6-磷酸結(jié)合位點(diǎn)相鄰(圖4),R463H 突變后部分氫鍵斷裂、離子相互作用減弱,并且遠(yuǎn)離了配體甘油(GOL)的結(jié)合位點(diǎn)(圖3C、圖4),L342 位氨基酸處于α-β 結(jié)構(gòu)域中的β-折疊區(qū),L342F 突變導(dǎo)致該β 結(jié)構(gòu)角度發(fā)生改變,另外形成了更多的疏水間連接,產(chǎn)生芳香基,出現(xiàn)成型環(huán)結(jié)構(gòu)(圖3D)。

      圖4 配體GOL 與氨基酸相互作用情況Fig 4 Interaction between ligand GOL and amino acids

      2.3.4 穩(wěn)定性分析 采用6 種常用的蛋白穩(wěn)定性預(yù)測方法對(duì)4 個(gè)突變后蛋白進(jìn)行分析,綜合結(jié)果顯示4 種突變均可能造成不同程度蛋白穩(wěn)定性的降低,尤其c.1388G>A 突變最為顯著(表4)。

      表4 6 種預(yù)測方法對(duì)4 種突變蛋白穩(wěn)定性預(yù)測結(jié)果Tab 4 Six prediction methods for predicting the stability of four mutant proteins

      2.3.5 氨基酸改變對(duì)蛋白功能的影響 采用PROVEAN分析軟件對(duì)4 種氨基酸改變導(dǎo)致的蛋白功能改變情況進(jìn)行預(yù)測,結(jié)果顯示4 種突變的PROVEAN 得分均低于閾值-1.3,被判定為有害影響(表5)。

      此現(xiàn)象表明,在蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)上,不同部分的4 個(gè)錯(cuò)義突變對(duì)G6PD 的表達(dá)具有負(fù)面影響。

      表5 4 種突變位點(diǎn)對(duì)蛋白功能影響的預(yù)測結(jié)果Tab 5 Prediction of the effect of four mutation positions on protein function

      3 討論

      本研究回顧性分析了205 103 例新生兒G6PD 酶活性篩查記錄,報(bào)道了其中的230 例酶活性檢測G6PD 陽性樣本,并對(duì)其中121 例進(jìn)行了基因突變位點(diǎn)的檢測;共檢出8 種常見突變,其中3 種中國人群最常見突變被報(bào)道,發(fā)生率與其他研究相似,并有1 種突變c.1024C>T 在本研究中也表現(xiàn)出了高發(fā)生率。G6PD 基因的突變導(dǎo)致氨基酸的替換進(jìn)而引起酶活性水平的降低。通過血液學(xué)研究,可根據(jù)紅細(xì)胞中殘留酶活性水平來判斷G6PD 缺乏癥癥狀嚴(yán)重程度。本研究的測定樣本均來自新生兒濾紙干血片,以2.0 U/g 作為篩查臨界值,所有突變體均顯示出了比野生型酶蛋白低的活性(圖1)。然而突變導(dǎo)致酶活性水平的降低可能是由于影響到G6PD 二聚體的形成、蛋白穩(wěn)定性、NADP+結(jié)合區(qū)或者底物結(jié)合區(qū)等,比如F501 號(hào)位氨基酸突變成C501 改變了NADP+結(jié)合位點(diǎn)的大小,L205號(hào)位氨基酸與底物G6P 的結(jié)合及催化作用有關(guān),不同的影響因素可能引起不同的臨床表征。

      通過對(duì)G6PD 的結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)α-螺旋及β-折疊氨基酸數(shù)量的改變可能會(huì)直接影響多肽鏈在空間上的折疊情況,造成固有結(jié)構(gòu)域上原子或氨基酸之間的錯(cuò)位。c.95A>G 突變導(dǎo)致32 號(hào)位的組氨酸轉(zhuǎn)變成精氨酸,H32位點(diǎn)位于蛋白R(shí)ossman 結(jié)構(gòu)域,是β-α-β 組成的超二級(jí)結(jié)構(gòu)單元,其序列為His-Ile-Phe-Ile-Ile-Met,由32 號(hào)組基酸開始,至37 號(hào)甲硫氨酸結(jié)束,共6 個(gè)氨基酸。Rossman折疊的結(jié)構(gòu)域常含有功能性結(jié)合部位或活性部位,能調(diào)控整個(gè)酶的活性,因此在該位點(diǎn)上的突變可能會(huì)改變口袋的位置或大小,從而影響酶活性。此外,很多Rossman結(jié)構(gòu)區(qū)具有磷酸化位點(diǎn),磷酸化位點(diǎn)常出現(xiàn)在His 或Asp位置;而在該單元中32 號(hào)位恰好是His 位置,因此該位點(diǎn)也可能與蛋白的磷酸化/去磷酸化有關(guān),該位點(diǎn)的突變可能導(dǎo)致了該位點(diǎn)無法去磷酸化,從而影響酶活性。c.1376G>T 突變導(dǎo)致精氨酸(R)突變成亮氨酸(L),亮氨酸是一個(gè)更為保守的氨基酸,氨基酸的保守突變?cè)跊Q定蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)與功能方面起重要作用。野生型R459 與D181 和N185 之間的螺旋間相互作用對(duì)于酶的催化活性和穩(wěn)定性有重要影響,而突變型L459 導(dǎo)致螺旋間相互作用被削弱,從而使得相鄰兩螺旋的位移變大,螺旋結(jié)構(gòu)變得松散。另外,L459 號(hào)位氨基酸的側(cè)鏈與四聚體聚合有關(guān),二聚體和四聚體的動(dòng)態(tài)平衡對(duì)維持G6PD 蛋白具有重要作用。R463 與R459 同處一個(gè)α 螺旋,與L292、C294、I295、E460 形成了穩(wěn)定的氫鍵、離子相互作用,穩(wěn)定蛋白α 螺旋結(jié)構(gòu)以及底物G6P 結(jié)合區(qū)。H463 突變導(dǎo)致該位點(diǎn)的側(cè)鏈集團(tuán)遠(yuǎn)離底物,與底物相互作用消失(圖4),并且打斷了與L292、C294、I295 等氨基酸的各種共價(jià)鍵與非共價(jià)鍵作用(圖3C),與E460 號(hào)位的鹽鍵崩潰,進(jìn)而導(dǎo)致酶活性降低。L342 位于G6PD 中α+β 結(jié)構(gòu)域的9 股不平衡β-折疊區(qū),后與c.1024C>T 突變導(dǎo)致了亮氨酸突變成苯丙氨酸,F(xiàn)342 增大了該位點(diǎn)氨基酸所需的空間(圖3D),而該位點(diǎn)的后一位氨基酸Y343 與底物GOL 接觸,L342 突變可能在空間結(jié)構(gòu)上會(huì)造成Y343 與底物的錯(cuò)位;L342 處于β 發(fā)夾結(jié)構(gòu)并靠近β 轉(zhuǎn)角(PDB 6e08),與F354 號(hào)位氨基酸形成氫鍵穩(wěn)定發(fā)夾結(jié)構(gòu),F(xiàn)342 突變不僅會(huì)破壞穩(wěn)定的發(fā)卡結(jié)構(gòu),還可能由于空間障礙阻礙β-轉(zhuǎn)角的形成,使酶的三維結(jié)構(gòu)改變。另外F342 突變?cè)黾恿烁嗟氖杷I,使得酶蛋白結(jié)構(gòu)的剛性增加,而蛋白活性區(qū)的柔性與蛋白催化效率直接相關(guān)已經(jīng)被證實(shí),因此這一突變可能會(huì)導(dǎo)致蛋白催化活性的降低。4 種突變上述的結(jié)構(gòu)錯(cuò)位、空間障礙、氫鍵斷裂、鹽鍵崩潰、柔性降低等影響,均可能導(dǎo)致酶蛋白的不穩(wěn)定,從而降低突變蛋白的穩(wěn)定性;如表4 中總結(jié),4 種突變蛋白穩(wěn)定性均表現(xiàn)出降低,并且對(duì)G6PD 蛋白均會(huì)造成不良影響,從而引起G6PD 蛋白的缺乏,造成新生兒的溶血等。

      本研究詳細(xì)地分析了G6PD 基因突變與酶活性降低的關(guān)系,根據(jù)基因突變引起的表達(dá)差異,從蛋白結(jié)構(gòu)和功能上分析導(dǎo)致酶活性降低的可能原因。一方面對(duì)指導(dǎo)臨床有重要作用;另一方面為我國G6PD 常見基因突變酶學(xué)結(jié)構(gòu)與功能的研究提供了資料和理論依據(jù),也為研究兒童遺傳代謝類疾病提供了蛋白結(jié)構(gòu)的分析方向。在G6PD 酶學(xué)結(jié)構(gòu)及功能的研究和應(yīng)用上,仍有許多未解決的問題有待探索。大多數(shù)已知的突變位點(diǎn)的蛋白結(jié)構(gòu)仍然未被解析,酶活性降低是由于蛋白結(jié)構(gòu)改變、穩(wěn)定性降低、聚合能力的缺失還是配體結(jié)合能力的改變?nèi)匀徊磺宄?,還有待未來研究人員探索。

      參·考·文·獻(xiàn)

      [1] Cohen P, Rosemeyer MA. Subunit interactions of glucose-6-phosphate dehydrogenase from human erythrocytes[J]. Eur J Biochem, 1969, 8(1): 8-15.

      [2] Au SW, Gover S, Lam VM, et al. Human glucose-6-phosphate dehydrogenase: the crystal structure reveals a structural NADP+molecule and provides insights into enzyme deficiency[J]. Structure, 2000, 8(3): 293-303.

      [3] Minucci A, Moradkhani K, Hwang MJ, et al. Glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) mutations database: review of the “old” and update of the new mutations[J]. Blood Cells Mol Dis, 2012, 48(3): 154-165.

      [4] Lin F, Lou ZY, Xing SY, et al. The gene spectrum of glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) deficiency in Guangdong Province, China[J]. Gene, 2018, 678: 312-317.

      [5] 杜傳書, 王菁, 陳路明, 等. 中國人中發(fā)現(xiàn)的6 種G6PD 基因點(diǎn)突變[J]. 中山大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)科學(xué)版), 1993, 14(4): 291.

      [6] Yan JB, Xu HP, Xiong C, et al. Rapid and reliable detection of glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) gene mutations in Han Chinese using highresolution melting analysis[J]. J Mol Diagn, 2010, 12(3): 305-311.

      [7] 林芬, 楊輝, 楊立業(yè). 我國葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏癥的分布特征和基因突變[J]. 分子診斷與治療雜志. 2016, 8(2): 73-77.

      [8] Hsu J, Fink D, Langer E, et al. PCR-based allelic discrimination for glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) deficiency in Ugandan umbilical cord blood[J]. Pediatr Hematol Oncol, 2014, 31(1): 68-75.

      [9] Tseng CP, Huang CL, Chong KY, et al. Rapid detection of glucose-6-phosphate dehydrogenase gene mutations by denaturing high-performance liquid chromatography[J]. Clin Biochem, 2005, 38(11): 973-980.

      [10] Xia ZM, Chen P, Tang N, et al. Rapid detection of G6PD mutations by multicolor melting curve analysis[J]. Mol Genet Metab, 2016, 119(1/2): 168-173.

      [11] Scopes DA, Bautista JM, Naylor CE, et al. Amino acid substitutions at the dimer interface of human glucose-6-phosphate dehydrogenase that increase thermostability and reduce the stabilising effect of NADP[J]. Eur J Biochem, 1998, 251(1/2): 382-388.

      [12] Hirono A, Kuhl W, Gelbart T, et al. Identification of the binding domain for NADP+of human glucose-6-phosphate dehydrogenase by sequence analysis of mutants[J]. PNAS, 1989, 86(24): 10015-10017.

      [13] Jiang WY, Yu GL, Liu P, et al. Structure and function of glucose-6-phosphate dehydrogenase-deficient variants in Chinese population[J]. Hum Genet, 2006, 119(5): 463-478.

      [14] WHO Working Group. Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency[J]. Bull World Health Organ, 1989, 67(6): 601-611.

      [15] Cappellini MD, Fiorelli G. Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency[J]. Lancet, 2008, 371(9606): 64-74.

      [16] Buchan DWA, Jones DT. The psipred protein analysis workbench: 20 years on[J]. Nucleic Acids Res, 2019, 47(W1): W402-W407.

      [17] McGuffin LJ, Bryson K, Jones DT. The PSIPRED protein structure prediction server[J]. Bioinformatics, 2000, 16(4): 404-405.

      [18] Geourjon C, Deléage G. SOPMA: significant improvements in protein secondary structure prediction by consensus prediction from multiple alignments[J]. Bioinformatics, 1995, 11(6): 681-684.

      [19] Drozdetskiy A, Cole C, Procter J, et al. JPred4: a protein secondary structure prediction server[J]. Nucleic Acids Res, 2015, 43(W1): W389-W394.

      [20] Waterhouse A, Bertoni M, Bienert S, et al. SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes[J]. Nucleic Acids Res, 2018, 46(W1): W296-W303.

      [21] ww PDB. Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data[J]. Nucleic Acids Res, 2019, 47(D1): D520-D528.

      [22] Berman HM, Westbrook J, Feng Z, et al. The Protein Data Bank[J]. Nucleic Acids Res, 2000, 28(1): 235-242.

      [23] Cheng JL, Randall A, Baldi P. Prediction of protein stability changes for singlesite mutations using support vector machines[J]. Proteins, 2005, 62(4): 1125-1132.

      [24] Pandurangan AP, Ochoa-Monta?o B, Ascher DB, et al. SDM: a server for predicting effects of mutations on protein stability[J]. Nucleic Acids Res, 2017, 45(W1): W229-W235.

      [25] Worth CL, Preissner R, Blundell TL. SDM: a server for predicting effects of mutations on protein stability and malfunction[J]. Nucleic Acids Res, 2011, 39(suppl): W215-W222.

      [26] Parthiban V, Gromiha MM, Schomburg D. CUPSAT: prediction of protein stability upon point mutations[J]. Nucleic Acids Res, 2006, 34(Web Server): W239-W242.

      [27] Pires DEV, Ascher DB, Blundell TL. mCSM: predicting the effects of mutations in proteins using graph-based signatures[J]. Bioinformatics, 2014, 30(3): 335-342.

      [28] Pires DEV, Ascher DB, Blundell TL. DUET: a server for predicting effects of mutations on protein stability using an integrated computational approach[J]. Nucleic Acids Res, 2014, 42(W1): W314-W319.

      [29] Rodrigues CH, Pires DE, Ascher DB. DynaMut: predicting the impact of mutations on protein conformation, flexibility and stability[J]. Nucleic Acids Res, 2018, 46(W1): W350-W355.

      [30] Laskowski RA, Swindells MB. LigPlot+: multiple ligand-protein interaction diagrams for drug discovery[J]. J Chem Inf Model, 2011, 51(10): 2778-2786.

      [31] Choi Y, Chan AP. PROVEAN web server: a tool to predict the functional effect of amino acid substitutions and indels[J]. Bioinformatics, 2015, 31(16): 2745-2747.

      [32] Hanukoglu I. Proteopedia: Rossmann fold: a beta-alpha-beta fold at dinucleotide binding sites[J]. Biochem Mol Biol Educ, 2015, 43(3): 206-209.

      [33] 徐蕓, 羅建明. 我國G6PD 缺乏癥基因突變的研究現(xiàn)狀[J]. 中國小兒血液與腫瘤雜志, 2009, 14(3): 143-145.

      [34] 董瑩, 劉淑萍, 徐艷春, 等. 云南省1 例伯氨喹誘發(fā)溶血患者的G6PD 基因編碼區(qū)突變分析及酶蛋白空間結(jié)構(gòu)預(yù)測[J]. 中國寄生蟲學(xué)與寄生蟲病雜志, 2019, 37(4): 399-405.

      [35] Rowland P, Basak AK, Gover S, et al. The three-dimensional structure of glucose 6-phosphate dehydrogenase from Leuconostoc mesenteroides refined at 2.0 A resolution[J]. Struct Lond Engl, 1994, 2(11): 1073-1087.

      [36] Wang XT, Lam VMS, Engel PC. Marked decrease in specific activity contributes to disease phenotype in two human glucose 6-phosphate dehydrogenase mutants, G6PDUnionand G6PDAndalus[J]. Hum Mutat, 2005, 26(3): 284.

      [37] Boonyuen U, Chamchoy K, Swangsri T, et al. A trade off between catalytic activity and protein stability determines the clinical manifestations of glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) deficiency[J]. Int J Biol Macromol, 2017, 104: 145-156.

      [38] Bautista J, Mason PJ, Luzzatto L. Human glucose-6-phosphate dehydrogenase Lysine 205 is dispensable for substrate binding but essential for catalysis[J]. FEBS Lett, 1995, 366(1): 61-64.

      [39] Lesk AM. NAD-binding domains of dehydrogenases[J]. Curr Opin Struct Biol, 1995, 5(6): 775-783.

      [40] Hwang S, Mruk K, Rahighi S, et al. Correcting glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency with a small-molecule activator[J]. Nat Commun, 2018, 9(1): 4045.

      [41] 鄒承魯. 酶活性部位的柔性[J]. 科學(xué)通報(bào), 1989(5): 321-325.

      [42] 鄒承魯. 活性部位的柔性[J]. 生理科學(xué)進(jìn)展, 2001(1): 7-12.

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