基于分子標(biāo)記技術(shù)的苦瓜育種材料遺傳多樣性快速分析

王國莉

(惠州學(xué)院 生命科學(xué)學(xué)院，廣東 惠州 516007)

苦瓜(MomordicacharantiaL.)是葫蘆科苦瓜屬1年生攀緣草本，主要分布于熱帶、亞熱帶和溫帶地區(qū)[1-2]。苦瓜是一種藥食兩用植物，在中國及世界其他國家都有藥用歷史[3-5]。苦瓜的形態(tài)學(xué)分類可以依據(jù)栽培方式[6]、果皮顏色以及果實大小等標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行。張長遠(yuǎn)等[7]依據(jù)瓜的大小和瓜瘤形狀，把苦瓜分為麻點苦瓜和滑身苦瓜。黃月琴[8]根據(jù)瓜形將苦瓜分為長棒形、短棒形、棒形、圓錐形、紡錘形5類。張鳳銀等[9]從形態(tài)學(xué)上研究44份苦瓜的26個性狀發(fā)現(xiàn)，它們的果形、果色、單瓜種子數(shù)、瓜瘤大小和單瓜質(zhì)量差異大。黃如葵等[10]通過對33份苦瓜28個形態(tài)學(xué)性狀的聚類分析，將所有材料分為3大類群。黃月琴等[11]從表型性狀上分析46份苦瓜的31個性狀，得出變異系數(shù)為5.39%～89.96%，并將其歸為4大類群。張燕等[12]采用調(diào)查和多元統(tǒng)計分析相結(jié)合的方法，對51份苦瓜材料進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)23個性狀的變異系數(shù)為5.88%～47.90%，并指出其性狀和果實品質(zhì)有關(guān)聯(lián)，聚類分析將51份苦瓜分為5大類群。雖然從形態(tài)學(xué)上分析苦瓜的遺傳多樣性具有經(jīng)濟簡單的優(yōu)點，但這種方法也需要耗費大量的時間和精力，而且季節(jié)因素、環(huán)境因素、栽培方法以及觀察者的實際經(jīng)驗也會影響結(jié)果的準(zhǔn)確性。所以單純利用形態(tài)學(xué)指標(biāo)并無法準(zhǔn)確揭示不同苦瓜材料間的差異性以及遺傳規(guī)律。

目前，分子標(biāo)記技術(shù)已經(jīng)在遺傳育種、遺傳多樣性分析、基因組作圖、物種鑒定等方面廣泛應(yīng)用，多種分子標(biāo)記技術(shù)被應(yīng)用于包括苦瓜在內(nèi)的葫蘆科植物的遺傳分析中。汪自松[13]應(yīng)用簡單序列重復(fù)(Simple sequence repeats，SSR)、序列相關(guān)擴增多態(tài)性(Sequence related amplified polymorphism，SRAP)和擴增片段長度多態(tài)性(Amplified fragment length polymorphism，AFLP )3種分子標(biāo)記技術(shù)，構(gòu)建了苦瓜子二代的遺傳圖譜。王莎[14]開發(fā)出400對瓠瓜SSR引物，并從中篩選出200對，對苦瓜、絲瓜、南瓜和西瓜進(jìn)行PCR擴增以及親緣關(guān)系的比較分析。楊衍等[15]選用8對AFLP引物對36份苦瓜進(jìn)行PCR擴增，共擴增出1 142條條帶，多態(tài)性條帶992條，說明供試苦瓜的變異性強，聚類分析將36份苦瓜分為2個類群。SRAP作為一種新型的分子標(biāo)記具有很多優(yōu)點，現(xiàn)已被應(yīng)用到遺傳多樣性分析和品種鑒定等方面[16]。張景云等[17]應(yīng)用SRAP和SSR標(biāo)記技術(shù)分析了46份苦瓜的遺傳多樣性，遺傳相似系數(shù)為0.656時，可將供試苦瓜分為4大類。趙秀娟等[18]用61對SRAP引物將43份苦瓜分為2大類群。劉萌芽等[19]采用正交設(shè)計試驗優(yōu)化了苦瓜SRAP-PCR的反應(yīng)體系。SSR技術(shù)現(xiàn)已被廣泛應(yīng)用到物種的鑒定、基因組作圖、遺傳多樣性分析等方面。WANG[20]設(shè)計出33對SSR引物用來擴增37份供試苦瓜，最后開發(fā)出12對SSR引物，共擴增出36條條帶，平均每對引物擴增3條。王心迪等[21]用正交分析法優(yōu)化了苦瓜SSR標(biāo)記的PCR反應(yīng)體系。王國莉等[22]應(yīng)用SSR和SRAP技術(shù)鑒別苦瓜品種，采用8對SSR引物對11個苦瓜品種進(jìn)行擴增，共擴增出860條帶，多態(tài)性條帶比率為68.0%，最少用3對SSR引物即可區(qū)分出11個苦瓜品種。李光光等[23]應(yīng)用SSR和SRAP標(biāo)記分析46份苦瓜種質(zhì)資源遺傳多樣性，分別擴增出70、637條條帶，多態(tài)性條帶分別為60、90條，表明供試苦瓜具有豐富的遺傳多樣性，并將其歸為4類。

雖然已有研究對SSR和SRAP分子標(biāo)記技術(shù)的反應(yīng)體系進(jìn)行了優(yōu)化，并將其應(yīng)用于苦瓜材料的遺傳多樣性分析和品種鑒定中[19-23]，但如何高效和即時分析苦瓜育種材料的親緣關(guān)系和遺傳多樣性，依然是分子標(biāo)記輔助苦瓜育種的重要研究課題。鑒于此，采用一管式植物DNAout試劑盒法，從苦瓜種子中快速提取基因組DNA，并采用11對SSR引物和13對SRAP引物分別對10份苦瓜材料基因組進(jìn)行PCR擴增，并對苦瓜材料的遺傳多樣性進(jìn)行分析，為實現(xiàn)分子標(biāo)記輔助選擇苦瓜育種提供借鑒。

1 材料和方法

1.1 試驗材料

供試10份苦瓜材料均來源于廣東惠州市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究所苦瓜種質(zhì)資源庫，種植于惠州學(xué)院山暉園，2017年11月收種完畢，材料信息見表1。

1.2 方法

1.2.1 苦瓜基因組DNA的快速提取 采用一管式植物DNAout試劑盒(Andy Bio公司)提取苦瓜種子的基因組DNA。該方法快速提取的DNA不能用電泳方法檢測，只能作為PCR反應(yīng)擴增模板。在離心管中加入0.1 mL 37 ℃恒溫下已經(jīng)完全溶解的溶液A。將苦瓜種子搗碎，取一碎片(約1/4粒豌豆大小)加入離心管中。將離心管置于95 ℃下保溫10～15 min，保溫時間一定要足夠，否則易產(chǎn)生非特異性擴增。保溫結(jié)束后不用離心，直接取上清液作為模板進(jìn)行PCR反應(yīng)，模板的體積占PCR反應(yīng)體積的1/10為宜。剩余樣品置于4 ℃保存。

表1 供試苦瓜材料信息

1.2.2 苦瓜SSR-PCR反應(yīng)體系 SSR-PCR體系參照WANG[20]和王國莉等[22,24]建立的體系，并進(jìn)一步優(yōu)化而成，PCR體系25 μL，成分及用量見表2。

表2 苦瓜SSR-PCR反應(yīng)體系

PCR擴增程序：94 ℃變性4 min；94 ℃變性40 s，55 ℃退火45 s，72 ℃延伸40 s，35次循環(huán)；72 ℃延伸7 min；4 ℃保存[22]。

1.2.3 苦瓜SRAP-PCR反應(yīng)體系 SRAP-PCR體系參照王國莉等[22,24]建立的體系，并進(jìn)一步優(yōu)化而成，PCR反應(yīng)體積25 μL，成分及用量見表3。

PCR擴增程序：94 ℃變性5 min；94 ℃變性1 min、35 ℃復(fù)性1 min、72 ℃延伸1 min，5次循環(huán)；94 ℃變性1 min、50 ℃復(fù)性1 min、72 ℃延伸 1 min，35次循環(huán)；72 ℃延伸10 min；4 ℃保存[22]。

表3 苦瓜SRAP-PCR 反應(yīng)體系

1.2.4 SSR標(biāo)記擴增引物 SSR標(biāo)記擴增引物參照WANG[20]設(shè)計的引物序列，11對SSR引物序列如表4所示。

1.2.5 SRAP標(biāo)記擴增引物 13對SRAP標(biāo)記擴增引物組合和序列如表5所示。

1.2.6 PCR產(chǎn)物的檢測 選用6%聚丙烯酰胺凝膠電泳分離PCR產(chǎn)物，0.1% AgNO3溶液染色，顯色后拍照記錄結(jié)果。

1.3 數(shù)據(jù)處理

電泳得到的條帶代表基因位點，采用二元性狀對每一個基因位點進(jìn)行編碼，用“1”表示等位基因存在，用“0”表示等位基因不存在，形成矩陣。

利用軟件NTSYS-pc2.10e計算供試苦瓜材料之間的遺傳相似系數(shù)并進(jìn)行聚類分析。

表4 SSR標(biāo)記擴增引物

表5 SRAP標(biāo)記擴增引物

2 結(jié)果與分析

2.1 SSR和SRAP標(biāo)記的擴增結(jié)果

采用一管式植物DNAout試劑盒法，可以從苦瓜種子中快速提取基因組DNA，相比于CTAB(十六烷基三甲基溴化銨)、SDS(十二烷基苯磺酸鈉)等傳統(tǒng)的DNA提取方法，提取步驟簡單、耗時短，在1個離心管內(nèi)，只需20 min左右即可提取完畢。但是，該方法提取的DNA因濃度較低不適宜直接用電泳檢測，所以濃度存在未知性。

2.1.1 SSR標(biāo)記擴增結(jié)果 部分SSR引物擴增結(jié)果見圖1。從圖1可知，擴增條帶的分子質(zhì)量主要介于100～1 000 bp。利用11對SSR引物擴增10份苦瓜材料并進(jìn)行條帶統(tǒng)計，結(jié)果見表6。從表6可知，11對SSR引物共擴增出195條條帶，其中，多態(tài)性條帶164條，每對引物擴增的條帶數(shù)介于12～28條不等，平均每對引物擴增17.7條，各對引物擴增的條帶多態(tài)性比率介于66.7%～100.0%，平均多態(tài)性條帶比率為85.7%，說明SSR分子標(biāo)記的多態(tài)性較高。N6F/N6R擴增出22條多態(tài)性條帶，數(shù)量最多；S9F/S9R擴增出的多態(tài)性條帶最少，只有10條。擴增出多態(tài)性條帶比率最高的引物對為N1F/N1R、N5F/N5R和S24F/S24R，均為100.0%；擴增出多態(tài)性條帶比率最低的引物組合為S33F/S33R，僅為66.7%。

數(shù)字1—10代表苦瓜材料編號(表1),圖2—5同；M.DL2000 DNA marker；a、b、c、d分別代表不同引物的擴增結(jié)果，圖2同

引物序號Primersequencenumber引物對Primerpair總條帶數(shù)/條Totalbandquantity多態(tài)性條帶數(shù)/條Polymorphicbandquantity多態(tài)性條帶比率/%Polymorphicbandrate引物序號Primersequencenumber引物對Primerpair總條帶數(shù)/條Totalbandquantity多態(tài)性條帶數(shù)/條Polymorphicbandquantity多態(tài)性條帶比率/%Polymorphicbandrate1N1F/N1R1212100.08S24F/S24R1313100.02N5F/N5R1919100.09S32F/S32R131184.63N6F/N6R282278.610S33F/S33R241666.74N24F/N24R181583.311A2F/A2R191473.75S9F/S9R121083.3總計Total1951646S13F/S13R232087.0平均Average17.714.985.77S15F/S15R141285.7

2.1.2 SRAP標(biāo)記擴增結(jié)果 部分SRAP引物擴增結(jié)果見圖2。由圖2可知，擴增條帶的分子質(zhì)量主要介于100～1 000 bp。利用13對SRAP引物擴增10份苦瓜材料并進(jìn)行條帶統(tǒng)計，結(jié)果見表7。從表7可知，13對SRAP引物共擴增出231條條帶，其中，多態(tài)性條帶201條，每對引物擴增的條帶為13～23條，平均每對引物擴增17.8條，各對引物擴增的條帶多態(tài)性比率介于73.9%～100.0%，平均多態(tài)性條帶比率為87.5%，說明SRAP分子標(biāo)記的多態(tài)性較高。me9/em11引物組合擴增出20條多態(tài)性條帶，多態(tài)性條帶數(shù)量最多，且多態(tài)性比率也最高，為100.0%；me5/em1和me6/em1引物組合僅擴增出12條多態(tài)性條帶，數(shù)量最少；多態(tài)性條帶比率最低的引物對為me9/em14，僅為73.9%。

圖2 SRAP標(biāo)記擴增結(jié)果

以上結(jié)果說明，采用優(yōu)化后的SSR和SRAP反應(yīng)體系對苦瓜材料進(jìn)行擴增，均能獲得豐富的多態(tài)性條帶，說明此方法可以用于快速分析苦瓜的遺傳多樣性，提高分子標(biāo)記輔助選擇的效率。

2.2 苦瓜材料的遺傳多樣性分析

2.2.1 基于SSR標(biāo)記的苦瓜遺傳多樣性分析

2.2.1.1 遺傳相似系數(shù) 對SSR標(biāo)記的擴增結(jié)果進(jìn)行分析計算，得到10份苦瓜材料的遺傳相似系數(shù)，結(jié)果見表8。從表8可以看出，10份苦瓜材料的遺傳相似系數(shù)介于0.533～0.845，平均為0.690?？喙?114I(品種1)和苦瓜814D(品種2)的遺傳相似系數(shù)最小，為0.533；翡翠綠 A(品種9)和嘉多宅2號B(品種10)的遺傳相似系數(shù)最大，為0.845。

表7 SRAP引物擴增信息

2.2.1.2 聚類分析 如圖3所示，在閾值0.69處，可將10份苦瓜育種材料分為2大類群。第1類群有6個材料：苦瓜8114I(品種1)、商金農(nóng)2號(品種3)、華藝6號A(品種5)、亞蔬12號A(品種6)、珍珠瓜B(品種8)、南山一號苦瓜C(品種7)，此大類除南山一號苦瓜C的瓜頂形狀為鈍尖外，其余都為銳尖，除珍珠瓜B外，瓜瘤大小都表現(xiàn)為大瓜瘤。第2類群包含4個材料：苦瓜814D(品種2)、翡翠綠A(品種9)、嘉多宅2號B(品種10)、苦瓜8120C(品種4)，此大類葉形均為掌狀，葉緣呈波狀，葉裂刻為深裂，瓜面有光澤。

在閾值0.75處，又可將第1類群和第2類群都?xì)w為3個亞類。第1類群的苦瓜8114I為第1亞類；商金農(nóng)2號和華藝6號A為第2亞類，其遺傳相似系數(shù)為0.751；第3亞類包含亞蔬12號A、珍珠瓜B和南山一號苦瓜C，而南山一號苦瓜C又與其他2個品種的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。第2類群的第1亞類為苦瓜814D；第2亞類包含翡翠綠A和嘉多宅2號B，其遺傳相似系數(shù)高達(dá)0.845，親緣關(guān)系非常相近；苦瓜8120C單獨為第3亞類。

表8 基于SSR標(biāo)記的苦瓜材料遺傳相似系數(shù)

續(xù)表8 SSR標(biāo)記的苦瓜材料遺傳相似系數(shù)

圖3 10份苦瓜材料的SSR聚類分析

2.2.2 基于SRAP標(biāo)記的苦瓜遺傳多樣性分析

2.2.2.1 遺傳相似系數(shù) 對SRAP標(biāo)記的擴增結(jié)果進(jìn)行分析計算，得到10份苦瓜材料的遺傳相似系數(shù)，結(jié)果見表9。從表9可以看出，10份苦瓜育種材料的遺傳相似系數(shù)介于0.554～0.775，平均值為0.662。苦瓜8114I(品種1)和苦瓜814D(品種2)的遺傳相似系數(shù)最小，為0.554；翡翠綠A(品種9)和嘉多宅2號B(品種10)的遺傳相似系數(shù)最大，為0.775。

表9 基于SRAP標(biāo)記的苦瓜材料遺傳相似系數(shù)

表9 SRAP標(biāo)記的苦瓜材料遺傳相似系數(shù)

2.2.2.2 聚類分析 經(jīng)過聚類分析，建立了基于SRAP的苦瓜材料之間的遺傳關(guān)系樹狀圖，結(jié)果如圖4所示。由圖4可以看出，在閾值0.66處，可將10份苦瓜育種材料歸為2大類群。第1類群包含苦瓜8114I(品種1)、南山一號苦瓜C(品種7)和商金農(nóng)2號(品種3)，其中，商金農(nóng)2號與該類群其他2個品種的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)，此大類瓜瘤稀疏、大，且瓜瘤呈條狀，近瓜蒂端瓜面形狀平，瓜形為長圓錐；第2類群包含苦瓜814D(品種2)、苦瓜8120C(品種4)、華藝6號A(品種5)、亞蔬12號A(品種6)、珍珠瓜B(品種8)、翡翠綠A(品種9)、嘉多宅2號B(品種10)，此大類葉色深綠,掌狀葉,葉裂刻為深裂。

在閾值0.70處，第1類群又可分為2個亞類，第1亞類包含苦瓜8114I、南山一號苦瓜C，其遺傳相似系數(shù)為0.705；第2亞類僅有商金農(nóng)2號。遺傳相似系數(shù)為0.70時，第2類群可歸為4個亞類，苦瓜814D單獨為第1亞類；苦瓜8120C和華藝6號A聚為第2亞類；亞蔬12號A和珍珠瓜B為第3亞類，遺傳相似系數(shù)達(dá)到0.770；第4亞類包含翡翠綠A和嘉多宅2號B，遺傳相似系數(shù)高達(dá)0.775。

2.2.3 綜合SSR和SRAP標(biāo)記分析苦瓜材料的遺傳多樣性 采用2種標(biāo)記綜合分析10份苦瓜材料的遺傳多樣性結(jié)果見表10和圖5。從遺傳相似系數(shù)上看，SSR標(biāo)記技術(shù)得到的遺傳相似系數(shù)在0.533～0.845，平均值為0.690；SRAP標(biāo)記技術(shù)得到的遺傳相似系數(shù)在0.554～0.775，平均值為0.662?？梢奡SR檢測的遺傳距離變異幅度比SRAP大。結(jié)合SSR和SRAP 2種標(biāo)記技術(shù)分析發(fā)現(xiàn)，遺傳相似系數(shù)介于0.554～0.808，與兩者單獨分析得到的結(jié)果非常接近。SSR和SRAP標(biāo)記技術(shù)均檢測出亞蔬12號A和珍珠瓜B、翡翠綠A和嘉多宅2號B 2組品種間的遺傳相似系數(shù)較大，這與兩者綜合分析的結(jié)果是一致的，其中翡翠綠A和嘉多宅2號B的遺傳相似系數(shù)最大(SSR為0.845，SRAP為0.775)，親緣關(guān)系最接近；且2種標(biāo)記技術(shù)都檢測到苦瓜8114I和苦瓜814D的遺傳相似系數(shù)最小(SSR為0.533，SRAP為0.554)，親緣關(guān)系最遠(yuǎn)，同樣地，對表10中SSR和SRAP綜合分析得出了相同的結(jié)論。

圖4 10份苦瓜材料的SRAP聚類分析Fig.4 Cluster analysis of 10 bitter gourd materials based on SRAP marker

從聚類結(jié)果看，SSR和SRAP標(biāo)記技術(shù)的聚類結(jié)果有相同之處，在閾值0.66處，苦瓜8114I、商金農(nóng)2號和南山一號苦瓜C均聚為一類，苦瓜814D、苦瓜8120C、翡翠綠A和嘉多宅2號B這4個品種也聚為一類，而且亞蔬12號A和珍珠瓜B聚為一個亞類，翡翠綠A和嘉多宅2號聚為一個亞類，充分說明這些苦瓜品種之間存在相似的遺傳背景。SSR和SRAP技術(shù)綜合分析得出的結(jié)論與每種標(biāo)記單獨分析的結(jié)果一致，說明應(yīng)用SSR和SRAP技術(shù)分析苦瓜的遺傳多樣性具有較高的一致性與可信度。但2種標(biāo)記的聚類結(jié)果也存在差異，在閾值0.70處，SSR標(biāo)記將苦瓜8114I單獨聚為一類，而SRAP標(biāo)記則將苦瓜8114I和南山一號苦瓜C聚為一類；在閾值0.73處，SRAP標(biāo)記將苦瓜814D單獨聚為一類，而SSR標(biāo)記則將苦瓜814D和翡翠綠A、嘉多宅2號B聚為一類。這可能是因為SSR是對基因組的高度重復(fù)序列進(jìn)行擴增，而SRAP是對啟動子或內(nèi)含子區(qū)域進(jìn)行擴增。從聚類分析的信息量考慮，采用SRAP標(biāo)記獲得的遺傳距離和聚類結(jié)果更可靠。

表10 綜合SSR和SRAP標(biāo)記的苦瓜材料遺傳相似系數(shù)

圖5 10份苦瓜材料的SSR和SRAP聚類分析

3 結(jié)論與討論

以往對于苦瓜的遺傳多樣性研究，大多為表型性狀的聚類分析，但苦瓜的遺傳背景非常復(fù)雜，傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)研究不能準(zhǔn)確地分析苦瓜豐富的遺傳多樣性，因此采用分子標(biāo)記技術(shù)開展苦瓜遺傳多樣性的研究不斷增加。陳禪友等[25]應(yīng)用簡單序列間重復(fù)(Inter-simple sequence repeat，ISSR)技術(shù)分析30份苦瓜的遺傳多樣性，將供試苦瓜歸為6大類群，指出苦瓜的遺傳距離與形態(tài)學(xué)性狀相關(guān)聯(lián)，且在一定程度上受地域的影響。張景云等[17]研究表明，供試46份苦瓜含有豐富的遺傳信息，可用于遺傳改良和優(yōu)勢品種的篩選；同時通過聚類分析將供試苦瓜歸為4大類群，與形態(tài)學(xué)性狀的聚類結(jié)果相同，說明SSR和SRAP技術(shù)應(yīng)用于苦瓜遺傳多樣性分析具有可靠性。聚類后發(fā)現(xiàn)供試苦瓜的分布具有很強的地域性，與陳禪友等[25]的結(jié)論一致。此外，李光光等[23]用SSR標(biāo)記，高山等[26]采用隨機擴增多態(tài)性DNA(Randomly amplified polymorphic DNA,RAPD)標(biāo)記，王國莉等[22,24]用SSR和SRAP標(biāo)記開展了苦瓜遺傳多樣性、品種鑒定方面的研究。

本研究采用一管式植物DNAout試劑盒法，從苦瓜種子中快速提取基因組DNA，并經(jīng)過不斷的試驗優(yōu)化，成功地獲得了擴增條帶清晰、條帶數(shù)量以及多態(tài)性豐富的SSR和SRAP擴增體系，為進(jìn)一步實現(xiàn)2種分子標(biāo)記技術(shù)輔助選擇苦瓜育種奠定了堅實的基礎(chǔ)。雖然本研究的苦瓜樣品僅為10份苦瓜材料，但使用11對SSR引物擴增出195條條帶，多態(tài)性條帶164條，平均多態(tài)性條帶比率高達(dá)85.7%，13對SRAP引物擴增出231條條帶，多態(tài)性條帶201條，平均多態(tài)性條帶比率高達(dá)87.5%，均高于王國莉等[22]、張景云等[17]的研究結(jié)果。對比SSR、SRAP、ISSR、RAPD標(biāo)記技術(shù)的擴增結(jié)果發(fā)現(xiàn)，SSR和SRAP標(biāo)記技術(shù)擴增產(chǎn)物的多態(tài)性高于ISSR和RAPD標(biāo)記技術(shù)。當(dāng)多態(tài)性條帶比率大于50%時，可以認(rèn)為遺傳多樣性是豐富的。本研究揭示了10份苦瓜之間豐富的遺傳多樣性，表明SSR和SRAP技術(shù)可應(yīng)用于苦瓜的遺傳多樣性分析，且結(jié)果具有較高的可信度。

本研究發(fā)現(xiàn)，SSR和SRAP技術(shù)均能擴增出較多的多態(tài)性條帶，SRAP擴增的總位點數(shù)高于SSR，平均每對引物擴增出的多態(tài)性條帶(15.5條)高于SSR(14.9條)，且SRAP的平均多態(tài)性條帶比率(87.5%)也高于SSR(85.7%)，說明SRAP 標(biāo)記的多態(tài)性優(yōu)于 SSR 標(biāo)記。但SSR標(biāo)記的遺傳距離的變異幅度大于SRAP。兩者的聚類分析結(jié)果大致相同，但也存在一定的差異，存在差異的原因可能是：(1)SSR擴增的是生物體基因組的高度重復(fù)序列，而SRAP是對啟動子、內(nèi)含子區(qū)域進(jìn)行擴增，兩者的擴增片段不同;(2)檢測位點不足，不能完整反映苦瓜基因組情況，導(dǎo)致譜系偏離;(3)在進(jìn)行試驗或數(shù)據(jù)統(tǒng)計時存在誤差，導(dǎo)致聚類結(jié)果有偏差,可通過增加擴增引物數(shù)量獲得更多條帶來解決這一問題。

本研究建立了一種應(yīng)用SSR和SRAP技術(shù)快速分析苦瓜材料遺傳多樣性的方法，通過對10份苦瓜材料的分析，得到了與形態(tài)學(xué)標(biāo)記相關(guān)性較高、2種標(biāo)記相對一致的分類結(jié)果，為分子標(biāo)記輔助選擇苦瓜育種提供了理論和實踐的應(yīng)用證據(jù)，對縮短苦瓜育種進(jìn)程、推動新品種選育及品種改良研究應(yīng)用是非常有益的。