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    厚樸轉(zhuǎn)錄組特征分析及EST-SSR標(biāo)記的開發(fā)

    2019-07-25 12:11:04楊志玲程小燕
    核農(nóng)學(xué)報(bào) 2019年7期
    關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫(kù)研究

    楊 旭 楊志玲 譚 美 程小燕

    (中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院亞熱帶林業(yè)研究所/浙江省林木育種技術(shù)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,浙江 富陽(yáng) 311400)

    厚樸(Houpo?aofficinalis)為木蘭科(Magnoliaceae)重要的藥用植物[1],以干皮和根皮入藥,主要成分為厚樸酚與和厚樸酚,現(xiàn)代藥理研究表明,其酚類成分能有效對(duì)抗各類炎癥[2-4]和癌癥[5-7]、保護(hù)心腦血管[8]、抗焦慮[9]、抗驚厥[10]、預(yù)防和治療阿爾茲海默[11]、治療脂肪肝等[12]。厚樸酚與和厚樸酚為新木脂素類成分[13],有關(guān)其生物合成的分子機(jī)理,調(diào)控該類化合物合成的主要調(diào)控因子及代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵因子等的研究尚鮮見報(bào)道。此外,厚樸為我國(guó)傳統(tǒng)的藥用植物,栽培歷史悠久,存在著大量的栽培品種,但大多是未經(jīng)選育的地方品種,遺傳育種基礎(chǔ)研究嚴(yán)重滯后,育種效率較低。因此,開發(fā)合適的生物學(xué)工具以選育優(yōu)良品種對(duì)厚樸的可持續(xù)發(fā)展具有重要意義[14]。前人主要針對(duì)厚樸藥理學(xué)、栽培技術(shù)等方面進(jìn)行了大量的研究[15-16],但NCBI網(wǎng)站公布的GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)顯示,厚樸僅有92個(gè)葉綠體基因、4個(gè)ITS序列及少量核基因被報(bào)道,基因組數(shù)據(jù)的缺乏、適宜的分子標(biāo)記的缺失嚴(yán)重阻礙了厚樸分子育種工作的進(jìn)程。

    隨著分子標(biāo)記技術(shù)的迅猛發(fā)展,使植物的遺傳育種工作有了較大的突破[17]。目前,分子標(biāo)記技術(shù)已被成功應(yīng)用于親緣關(guān)系和遺傳多樣性分析[18]、圖譜構(gòu)建[19]、重要性狀基因的連鎖標(biāo)記[20-21]、關(guān)鍵經(jīng)濟(jì)性狀的輔助育種[22-23]等,且已有關(guān)于運(yùn)用分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)厚樸種群遺傳結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系進(jìn)行研究的報(bào)道,如隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA (random amplified polymorphic DNA, RAPD)[24]、擴(kuò)增性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)[25]、簡(jiǎn)單重復(fù)序列間區(qū)標(biāo)記技術(shù)(inter-simple sequence repeat,ISSR)[26]、轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(internal transcribed spacer,ITS)[27]、相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性(sequence related amplified polymorphism,SRAP)[28]及端粒重復(fù)序列擴(kuò)增(telomerase repeat amplification protocol,TRAP)[29]等。由于厚樸SSR標(biāo)記的缺乏,目前僅有13對(duì)鵝掌楸的SSR被應(yīng)用于厚樸群體遺傳多樣性的分析研究[30]。

    轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)非模式植物的基因挖掘和分子標(biāo)記的開發(fā)均具有重要意義[31-33]。隨著生物技術(shù)的發(fā)展,大量表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequence tags,ESTs)已成為開發(fā)SSR標(biāo)記的重要資源[34-35]。與傳統(tǒng)的SSR位點(diǎn)開發(fā)技術(shù)相比,以EST為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記具有開發(fā)簡(jiǎn)便、信息量高和通用性好等優(yōu)點(diǎn)[35]。EST-SSR標(biāo)記被廣泛應(yīng)用于藥用植物的種群遺傳分析和圖譜構(gòu)建等研究,如滇重樓(Parispolyphyllavar.Yunnanensis)[36]、鐵皮石斛(Dendrobiumofficinale)[37]、大果越橘(Vacciniummacrocarpon)[38]、丹參(Salviamiltiorrhiza)[39]等。作為重要的藥用植物,厚樸EST-SSR標(biāo)記技術(shù)的研究尚鮮見報(bào)道。本研究基于厚樸轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)高通量測(cè)序結(jié)果,利用MicroSAtellite(MISA)軟件搜索厚樸SSR位點(diǎn),分析其分布和組成特征,并進(jìn)行初步可用性評(píng)價(jià),對(duì)厚樸中厚樸酚、和厚樸酚等重要化合物生物合成機(jī)理進(jìn)行探索,以期為厚樸分子輔助選育良種及其基因工程應(yīng)用提供一定的理論依據(jù)。

    1 材料與方法

    1.1 試驗(yàn)材料

    本試驗(yàn)以中國(guó)林科院亞熱帶林業(yè)研究所木蘭園栽培的3株不同植株厚樸的根皮、莖皮及葉構(gòu)建轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)為材料。17個(gè)厚樸驗(yàn)證材料來(lái)源于中國(guó)南部不同省區(qū)的厚樸單株,詳見表1。

    表1 17個(gè)厚樸來(lái)源地地理信息Table 1 Information on seventeen natural populations of H. officinalis

    1.2 方法

    1.2.1 RNA的提取、cDNA文庫(kù)的構(gòu)建及功能注釋 于2015年5月分別用采樣管采集3個(gè)厚樸植株的根皮、莖皮及葉為作為樣本,并立即投入液氮中速凍,-80℃ 保存?zhèn)溆谩NA的提取選用EASYspin Plus植物RNA快速提取試劑盒(北京艾德萊生物)。將提純后不同組織的厚樸分別在Illumina技術(shù)平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,設(shè)3次生物學(xué)重復(fù)。

    剔除所有的低質(zhì)量的序列(質(zhì)量值Q≤10的堿基數(shù)占整個(gè)read的20以上)。測(cè)序產(chǎn)生的讀取片段序列經(jīng)過(guò)拼接組裝,生成基因組的堿基序列。獲得的測(cè)序序列與參考基因組比對(duì)后,全面獲得轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)的特征。

    將獲得的轉(zhuǎn)錄組序列與公共數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列進(jìn)行同源性分析,并對(duì)所得轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行功能性注釋,所涉及的數(shù)據(jù)庫(kù)包括NCBI蛋白質(zhì)序列非冗余(Nr)、Swiss-Prot、GO(gene ontology)、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)數(shù)據(jù)庫(kù)以及KOG (euKaryotic Ortholog Groups)數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)選擇BLAST參數(shù)E-value≤10-5,對(duì)Unigene進(jìn)行功能和代謝通路的注釋[40-41]。

    1.2.2 引物的開發(fā) 以厚樸轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的大量序列為參考,利用MISA軟件分析厚樸轉(zhuǎn)錄組的分布頻率和重復(fù)單元特征類型,采用軟件primer3-2.3設(shè)計(jì)引物,主要使用參數(shù):引物為18~28 bp,預(yù)期擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為80~300 bp,退火溫度為55~65℃。引物篩選條件:引物不存在SSR;引物的5′端允許有3個(gè)堿基的錯(cuò)配,3′端允許有1個(gè)堿基的錯(cuò)配;刪除比對(duì)到不同Unigene上的引物;SSR finder校驗(yàn)結(jié)果與MISA結(jié)果相同的引物。

    1.2.3 基因組總DNA的提取、檢測(cè)及引物篩選 采用CTAB植物基因組DNA快速提取試劑盒(北京艾德萊生物)從葉片中提取總DNA,在NanodropND-2000超微量蛋白核酸測(cè)定儀(美國(guó)Nanodrop公司)上測(cè)定DNA濃度及純度。根據(jù)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析結(jié)果,隨機(jī)挑選出180對(duì)退火溫度相近,長(zhǎng)度大小合適的SSR引物進(jìn)行初步篩選,引物由上海生工生物工程公司合成,模版為不同來(lái)源地厚樸居群核DNA。PCR反應(yīng)體系 25 μl,包括50 ng·μL-1模板DNA 1 μL,10 μmol·L-1引物1 μL,10×Taq Plus PCR Buffer(含20 mmol·L-1Mg2+)2.5 μL,10 mmol·L-1dNTPs 0.5 μL,1 U·μL-1Taq酶1 μL和去離子水19 μL。PCR擴(kuò)增程序:94℃預(yù)變性5min;94℃變性15 s,61~52℃退火15 s,72℃延伸1 min,以上各1個(gè)循環(huán);94℃變性15 s,52℃退火15 s,72℃延伸1 min,23個(gè)循環(huán);72℃延伸10 min。PCR產(chǎn)物在全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng)Qsep100 進(jìn)行分析。

    采用GenAlEx 6.501計(jì)算多態(tài)位點(diǎn)百分率(percentage of polymorphic loci, PIC)、觀測(cè)等位基因數(shù)(observed number of alleles,Na)、有效等位基因數(shù)(effective number of alleles, Ne)、觀測(cè)雜合度(observed heterozygosity,Ho)及期望雜合度(expected heterozygosity,He)[42],并將篩選出的引物序列提交到NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)。

    2 結(jié)果與分析

    2.1 基于Illumina平臺(tái)的厚樸轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的組裝分析

    從厚樸不同組織中分離RNA,并對(duì)原始的單端序列(Reads)過(guò)濾和組裝,共構(gòu)建了9個(gè)cDNA文庫(kù)。由表2可知,各組織中Q20的比例均高于Q20規(guī)定的極限值(>80%),表明測(cè)序質(zhì)量較好,盡管厚樸不同組織和個(gè)體間序列數(shù)量差異明顯,但序列的長(zhǎng)度并不存在顯著差異,各組織平均序列長(zhǎng)度為125 kb。

    表2 厚樸轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果Table 2 Summary for H. officinalis transcriptome

    由圖1可知,9個(gè)cDNA文庫(kù)中的Unigenes篩選組裝后共得到109 526條非冗余的Unigenes,其有效序列長(zhǎng)度大部分介于201~1 644 bp之間,平均長(zhǎng)度為 1 023 bp,總長(zhǎng)度為112.15 mb。在所有的109 526條基因中,有73 268 條長(zhǎng)度介于200~1 000 bp之間,所占比例為66.91%,20 747條的長(zhǎng)度在介于1 000~ 2 000 bp之間,所占比例為18.95%,15 478條的長(zhǎng)度大于2 000 bp,所占比例為14.14%。

    圖1 厚樸轉(zhuǎn)錄組的長(zhǎng)度分布Fig.1 Frequency distribution of contig size from H. officinalis

    2.2 功能注釋分析

    與Nr和Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫(kù)具有同源性的基因分別有60 361(55.11%)條和39 942(36.47%)條。對(duì)所有的序列進(jìn)行根據(jù)GO、KOG和KEGG的功能注釋,共有65 535條序列可注釋到GO數(shù)據(jù)庫(kù),可分為生物學(xué)過(guò)程、分子功能和細(xì)胞組分3個(gè)不同類別(圖2)。在生物學(xué)過(guò)程中,DNA相關(guān)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控(regulation of transcription,DNA dependent)占據(jù)主導(dǎo)地位,其次是DNA相關(guān)的轉(zhuǎn)錄(transcription, DNA dependent)及防御反應(yīng)(defense response),主要的分子功能包括ATP綁定(ATP binding)、絲氨酸/蘇氨酸激酶(serine/threonine kinase),主要的細(xì)胞組分包括完整的膜(integral membrane)、細(xì)胞核(nucleus)及原生質(zhì)膜(plasma membrane)。共有51 351個(gè)Unigene被注釋到25個(gè)KOG 功能分類中(圖3)。其中功能預(yù)測(cè)(function prediction)為最主要的功能分類,其次是信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制(signal transduction mechanisms)及翻譯后修飾(posttranslational modification),蛋白翻轉(zhuǎn)(protein turnover)、分子伴侶(chaperones),僅有極少數(shù)Unigenes被注釋到細(xì)胞運(yùn)動(dòng)(cell motility)、 核構(gòu)成和細(xì)胞外結(jié)構(gòu)(nuclear structure and extracellular structures)。共有273 410個(gè)Unigene被注釋到KEGG代謝通路中(圖4),其中最主要的生物代謝途徑為碳水化合物代謝(carbohydrate metabolism)、 氨基酸代謝(amino acid metabolism)和 能量代謝(energy metabolism)。與代謝相關(guān)的序列有 8 107 個(gè),包括氨基酸(15.99%)、核苷酸(6.69%)、碳水化合物(24.98%)、輔酶(4.21%)、脂質(zhì)(16.59%)、無(wú)機(jī)鹽(12.72%)等物質(zhì)的運(yùn)輸和代謝以及次生代謝產(chǎn)物(18.82%)的合成、運(yùn)輸和分解代謝。在次級(jí)代謝亞類,有多條途徑參與藥用代謝產(chǎn)物的生物合成,如萜類化合物的生物合成、吲哚類生物堿的合成、黃酮類的生物合成以及苯丙氨酸的生物合成等,其代謝途徑及相關(guān)關(guān)鍵酶在厚樸藥用成分合成中的作用尚有待于進(jìn)一步研究。

    2.3 厚樸轉(zhuǎn)錄組中EST-SSR的頻率及分布特點(diǎn)

    厚樸轉(zhuǎn)錄組的109 526個(gè)Unigene序列中發(fā)現(xiàn)有 25 925 條序列存在27 721個(gè)SSR位點(diǎn),SSR的發(fā)生頻率(含有SSR的Unigene數(shù)目與總Unigene數(shù)目的比值)為23.67%。大部分Unigene只含有1個(gè)SSR位點(diǎn),而3 355個(gè)Unigene含有2個(gè)及以上的SSR位點(diǎn),SSR的分布頻率(SSR位點(diǎn)數(shù)與總Unigene數(shù)目的比值)為25.31%。厚樸轉(zhuǎn)錄組中的SSR位點(diǎn)以二核苷酸重復(fù)單元(48.04%)最多,其次為單核苷酸重復(fù)(26.46%)和三核苷酸重復(fù)(20.45%),四、五和六核苷酸重復(fù)數(shù)量較少,分別占總數(shù)的1.59%、2.33%和1.11%。厚樸SSR基元的重復(fù)次數(shù)為4~24,其中4~10次重復(fù)為主要類型,有20 027個(gè),占總SSR的72.24%,11~15次重復(fù)的有4 448個(gè),占總SSR的16.06%,16~20次重復(fù)的有3 064個(gè),占總SSR的11.05%,21~24次重復(fù)的有476個(gè),占總SSR的1.71%(圖5)。

    圖2 厚樸轉(zhuǎn)錄組的GO注釋Fig.2 Gene ontology classification of assembled unigenes

    重復(fù)類型Type of repeatsSSR 數(shù)量Number of SSR頻率Frequency/%平均距離Averagedistance/kb平均長(zhǎng)度Averagelength/bp主要重復(fù)單元Main repeat motif單核苷酸Mono-nucleotide7 3366.7015.2915.62A/T、C/G二核苷酸Di-nucleotide13 31812.168.4216.47AG/TC、CT/GA,、AC/TG三核苷酸Tri-nucleotide5 6695.1619.7817.08AGA/TCT、AAG/TTC、CTT/GAAAAT/ATT、ACC/TGG、AAC/GTT四核苷酸Tetra-nucleotide4400.40254.8821.49AAAT/TTTA、AATA/TATT、ATAA/TTAT、GAAA/TTTC五核苷酸Penta-nucleotide6470.59173.3420.16AAAAG/TTTTC、 AGAAA、TGTATTTTAT/AAATA,、AAGAA,六核苷酸Hexa-nucleotide3110.28360.6124.00ATGAAA、GAGCTG、 GCTACG

    厚樸轉(zhuǎn)錄組25 924個(gè)SSR位點(diǎn)中共包含有374種重復(fù)單元,二~六核苷酸重復(fù)各有12、58、60、108、136種單、二、三核苷重復(fù)基序平均長(zhǎng)度較短,分別為15.62、16.47、17.08 bp,四、五、六核苷酸平均長(zhǎng)度稍長(zhǎng),分別為21.49、20.16、24.00 bp(表3)。出現(xiàn)頻率最高的2個(gè)重復(fù)類型為CT/GA和AG/TC,其次是AGA/TCT和AC/TG(表3)。

    由圖6可知,厚樸SSR位點(diǎn)重復(fù)基元長(zhǎng)度介于12~275 bp之間,平均長(zhǎng)度為19.61 bp,大部分重復(fù)基元長(zhǎng)度在12~22 bp范圍內(nèi),占SSR位點(diǎn)重復(fù)基元總數(shù)的88.21%,長(zhǎng)度在23~100 bp之間的SSR位點(diǎn)重復(fù)基元有1 124個(gè),占SSR位點(diǎn)重復(fù)基元總數(shù)的4.39%,長(zhǎng)度在100 bp以上的SSR位點(diǎn)重復(fù)基元有341個(gè),占SSR位點(diǎn)重復(fù)基元總數(shù)的1.70%。

    圖3 厚樸轉(zhuǎn)錄組的KOG注釋Fig.3 Eukaryotic orthologous groups (KOG) function classification of H. officinalis

    圖4 厚樸轉(zhuǎn)錄組的KEGG注釋Fig.4 KEGG pathway classification of H. officinalis transcription

    2.4 厚樸轉(zhuǎn)錄組SSR引物的有效性檢測(cè)

    根據(jù)不同退火溫度、擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度,從最終過(guò)濾出的引物中隨機(jī)挑選了180對(duì)引物。這些SSR位點(diǎn)包括二~六核苷酸重復(fù)單元。選用17份差異較大的厚樸資源的核DNA為模板對(duì)180對(duì)引物進(jìn)行擴(kuò)增檢測(cè)。180對(duì)引物中有104對(duì)引物擴(kuò)增出特異性條帶,擴(kuò)增效率為57.78%。從104對(duì)篩選出的引物中進(jìn)一步選出21對(duì)具有多態(tài)性、條帶清晰、重復(fù)性較好、且所得擴(kuò)增片段與預(yù)期相符的引物。將這21對(duì)引物的序列提交至NCBI數(shù)據(jù)庫(kù),GenBank的登陸號(hào)分別為(JZ969903~JZ969915,MF420341~MF420343)。這21對(duì)EST-SSR引物涵蓋了13個(gè)SSR位點(diǎn)。在21對(duì)SSR引物中,有些具有一定的細(xì)胞組成,如H630、H687、H696;部分與重要化合物的生物學(xué)合成相關(guān),如H387、H501和H693,其余引物無(wú)明顯的生物學(xué)功能。這些引物被用來(lái)評(píng)估17個(gè)來(lái)源于不同種源的厚樸單株的多樣性。21對(duì)引物共產(chǎn)生了233個(gè)等位基因,Na介于5~18之間,平均值為9,Ne介于2.67~8.73之間,平均值為6.70,He介于0.54~0.89之間,平均值為0.85,Ho介于0~0.68之間,平均值為0.25,PIC介于0.35~0.92之間,平均值為0.83(表4),表明開發(fā)的厚樸EST-SSR具有很高的多態(tài)性。

    表4 厚樸EST-SSR引物序列及特征Table 4 Characterization of 21 EST-SSRs among 17 H. officinalis accessions

    表4(續(xù))

    圖5 SSR位點(diǎn)重復(fù)次數(shù)的分布Fig.5 Distribution of the number of repeats

    圖6 SSR重復(fù)長(zhǎng)度的分布Fig.6 Distribution of the length of repeats

    3 討論

    隨著生物技術(shù)的不斷更新,越來(lái)越多物種的基因組信息得到揭示,包括木蘭科植物鵝掌楸(Liriodendron)[43]、武當(dāng)木蘭(Magnoliasprengeri)[44]等。本研究在厚樸中共挖掘了109 526非冗余Unigenes,經(jīng)與Nr、Swiss-Prot、GO、KOG、KEGG五個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)后,大量的Unigenes獲得了基因注釋。與其他木本植物相比[45-47],厚樸的轉(zhuǎn)錄獲得的基因數(shù)量及注釋率均較高。近年來(lái),隨著生物學(xué)技術(shù)在藥用植物次生代謝產(chǎn)物研究中的廣泛運(yùn)用,大量藥用植物的生長(zhǎng)發(fā)育狀態(tài)和次生代謝產(chǎn)物合成機(jī)理通過(guò)轉(zhuǎn)錄組分析得到闡明[48-51]。本研究中KEGG分析結(jié)果顯示,共有1 526條基因被注釋到次生代謝產(chǎn)物合成途徑,這些注釋信息的完成為基因組信息缺乏的厚樸次生代謝產(chǎn)物的生物合成的研究提供了新的方向。

    本研究發(fā)現(xiàn)厚樸轉(zhuǎn)錄組中含有SSR位點(diǎn)的序列中,二核苷酸重復(fù)基元是最常見的EST-SSR類型,這與前人對(duì)松科(Pinaceae)[52]、鵝掌楸屬(Liriodendron)[53]及木瓜屬(Papaya)[54]等植物的研究結(jié)果一致。在厚樸所有的二核苷酸重復(fù)基元類型中,(AG)n類型最為常見,而(CG)n則相對(duì)較少,這與前人對(duì)茄子(Solanummelongena)[55]、灰棗(Ziziphusjujube)[56]及鵝掌楸屬等植物的研究結(jié)果一致。三核苷酸重復(fù)基元類型中,(AGA)n最為常見,這與前人對(duì)石斛屬(Dendrobium)[57]和蠅子草屬(Silene)[58]的研究結(jié)果一致。厚樸SSR重復(fù)類型中GA)/(AGA)n數(shù)量最多,而(CG)/(CGG)n不常見與已報(bào)道的雙子葉植物的ESTs結(jié)果類似[59-60]。

    本研究中,隨機(jī)挑選的SSR引物中有57.70%能擴(kuò)增出清晰的條帶,11.67%的引物具有豐富的多態(tài)性,多態(tài)性信息含量(PIC)為0.83,屬于高PIC等級(jí)(PIC>0.5)[61],表明篩選出的引物具有豐富的多態(tài)性。本研究在厚樸轉(zhuǎn)錄組中共發(fā)現(xiàn)了25 949個(gè)SSR位點(diǎn),大量位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)為厚樸及其近緣種遺傳圖譜的構(gòu)建、基因定位、比較基因組學(xué)、重要基因的分子結(jié)構(gòu)和功能分析及遺傳育種等工作奠定了一定的理論基礎(chǔ)。

    4 結(jié)論

    本研究應(yīng)用新一代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)厚樸不同組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,獲得了109 526條厚樸轉(zhuǎn)錄組序列,且大部分可被NR、Swiss-Prot、GO、KOG和KEGG等數(shù)據(jù)庫(kù)注釋。通過(guò)對(duì)厚樸轉(zhuǎn)錄組表達(dá)信息進(jìn)行高通量SSR位點(diǎn)的發(fā)掘,發(fā)現(xiàn)了25 925條含SSR位點(diǎn)的序列,SSR出現(xiàn)的頻率為23.67%,共發(fā)現(xiàn)了374種堿基重復(fù)模式,CT/GA和AG/TC是主要的雙堿基重復(fù)序列,AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三堿基重復(fù)序列。通過(guò)對(duì)17個(gè)厚樸基因型的驗(yàn)證試驗(yàn),挑選出了21對(duì)具有多態(tài)性的引物。本試驗(yàn)結(jié)果為厚樸及近緣種的遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構(gòu)建及比較基因組等研究提供了一定的理論基礎(chǔ)。

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