趙艷坤 劉慧敏 王帥 蔡建星 王成 陳賀
(1. 新疆農業(yè)科學院農業(yè)質量標準與檢測技術研究所 農業(yè)農村部農產品質量安全風險評估實驗室 新疆農產品質量安全實驗室,烏魯木齊830091;2. 農業(yè)農村部農產品質量安全風險評估實驗室,北京 100193)
金黃色葡萄球菌(Staphylococcusaureus,S.aureus)是一種革蘭氏陽性菌,在世界范圍內被稱為侵襲性病原菌,是引起奶牛乳房炎的重要致病菌之一,感染率達50%以上[1]。S.aureus性乳房炎主要致病機理是侵入奶牛乳腺組織后,定殖和黏附于乳腺上皮 細 胞(Mammary epithelial cells,MECs)[2], 損害MECs和腺泡功能[3],還可出現(xiàn)乳腺膿腫、硬化或瘺管,嚴重者會出現(xiàn)乳腺的壞死和脫落,一旦感染很難治愈[4],不僅影響產奶量和乳品質,造成巨大經濟損失,甚至危及人類健康。近年來,隨著抗菌藥物在臨床和畜牧業(yè)的濫用,S.aureus耐藥性問題日趨嚴重,出現(xiàn)了多重耐藥(Multidrug-resistant,MDR)菌株及超級細菌-耐甲氧西林金黃色葡萄球 菌(Methicillin-resistantStaphylococcus aureus,MRSA),其MDR和泛耐藥(Pan-drug resisitance,PDR)引起了國內外專家學者廣泛關注[5]。據(jù)報道,全球MRSA的檢出率為18.4%-82.9%,我國MRSA平均檢出率為47.9%[6],MRSA 90%以上是MDR菌株[7]。目前,細菌耐藥性問題已成為全世界共同關注的焦點,中國政府也十分重視抗菌藥物臨床合理使用和細菌耐藥問題。2018年,為貫徹十九大精神,全國堅持實施優(yōu)質乳工程,而在十三屆全國人大一次會議中,農業(yè)部表示將狠抓細菌耐藥性問題。現(xiàn)階段,在抗菌藥物選擇的壓力下,新的S.aureus耐藥機制不斷出現(xiàn),且伴隨著耐藥基因在菌體間的轉移,使得S.aureus性奶牛乳房炎難以使用1種抗菌藥物或不同化學成分的抗菌藥物聯(lián)合治療。目前,乳制品和獸醫(yī)業(yè)對奶牛臨床治療的現(xiàn)狀要求限制S.aureus耐藥性傳播,并迫切需要開發(fā)不被現(xiàn)有耐藥機制覆蓋的新抗菌藥物。因此,本文分析S.aureus耐藥性現(xiàn)狀,并結合S.aureus耐藥基因以闡明其耐藥機制,旨為S.aureus性奶牛乳房炎臨床治療用藥及新型藥物研發(fā)提供理論參考,同時響應十九大精神對整個奶牛養(yǎng)殖業(yè)的綠色健康發(fā)展具有重大意義。
S.aureus產生耐藥的根本原因是抗菌藥物的大量使用,且抗菌藥物使用時間越長,其越容易產生耐藥性,兩者呈正相關[8]。丹麥于1963年最早發(fā)現(xiàn)了人類耐甲氧西林且mec基因陽性的金黃色葡萄球菌菌株(Methicillin-resistantStaphylococcus aureus,MRSA)[9]。1975年,比利時首次從奶牛乳房炎中分離出MRSA[10]。近年來,隨著S.aureus和MRSA的流行傳播,其泛耐藥性給奶牛養(yǎng)殖業(yè)帶來嚴重的威脅,因此在全球備受關注。
S.aureus具有廣譜耐藥和多種耐藥特性(表1)。2011-2018年近10年的統(tǒng)計數(shù)據(jù)可以看出,國外對奶牛乳房炎中S.aureus、MRSA的分離率因地域性差異浮動較大,2011-2014年MRSA的分離率不是很高,但近幾年有增加的趨勢;S.aureus對β-內酰胺類、氨基糖苷類、喹諾酮類及大環(huán)內酯類等常見類型抗菌藥物表現(xiàn)不同程度的耐藥,耐藥性變化趨勢為:β-內酰胺類、磺胺類、四環(huán)素類及氨基糖苷類耐藥性明顯上升;大環(huán)內酯類略有上升;喹諾酮類耐藥性沒有明顯變化。值得一提的是,2015年南非西北部發(fā)現(xiàn)S.aureus對萬古霉素的耐藥率高達68.79%;2018年,阿拉伯北部發(fā)現(xiàn)S.aureus對氯霉素耐藥率達13.7%,而在此之前對其均表現(xiàn)敏感,說明S.aureus耐藥菌株逐漸增多,但其區(qū)域性差異巨大。同時,奶牛乳房炎S.aureus的MDR(30.9%-100%)現(xiàn)象嚴重,近兩年分離的S.aureus均為MDR(100%)。
查閱近年來我國奶牛主要養(yǎng)殖區(qū)域或乳房炎高發(fā)地區(qū)的S.aureus耐藥性相關資料并進行整理,總結我國各地區(qū)耐藥率高低如下:新疆:PG>AMP>ERY> 克林霉素(Clindamycin,CLI)>TET>SXT;內蒙古:ATM>氧氟沙星(Ofloxacin,OFX)>AMP>SXT>ERY;寧夏:PG>AMP>ERY>SXT;天津:PG>CEF>ERY>TET> 甲氧西林(Methoxicillin,MET)>CLI>林可霉素(Lincomycin,LNY);河北:磺胺異惡唑(Sulfonazo isoxazole,SIZ)>AMP>甲氧胺嘧啶(Methoxamine pyrimidine,TMP)>SXT>阿 莫 西 林(Amoxicillin,AMC)>強力霉素(Doxycycline,DO)>ERY>克拉霉素(Clarithromycin,CLR)>LNY>阿奇霉素(Azithromycin,AZM);山東:PEN>諾氟沙星(Norfloxacin,NOR)>恩諾沙星(Enrofloxacin,ENR)>卡那霉素(Kanamycin,K)>鏈霉素(Streptomycin,SM)>GM>ERY;黑龍江:PG>AMP>SXT;江蘇:PG>AMP>SXT>SM>K>ERY>TET>CLI;上海 :PG>AMP>SXT>ERY ; 安 徽 :PG>AMP>SXT>ERY>CLI;浙江:PEN>AMP>SXT;河南:PG>AM0>AMP>SXT;陜西:PG>AM0>AMP>SM。假設同一地區(qū)大于70%的S.aureus分離株對某種藥物敏感度認定為該區(qū)S.aureus菌株對此藥敏感,我國新疆[20]、內蒙古[21]、黑龍江[22]、寧夏[23]、陜西[24]、四川[25]、天津[26]、河北[5]、安徽[27]、上海[28]等 14 個地區(qū)分離的牛源S.aureus對PG、AMP和SXT均表現(xiàn)出極強的耐藥性;大部分省區(qū)分離株對ERY耐藥;新疆、天津、江蘇地區(qū)的S.aureus分離株對TET耐藥,其他省區(qū)對其表現(xiàn)介于耐藥與敏感之間;新疆、天津、安徽、四川和江蘇分離株對CLI耐藥;河南和陜西分離株對AMO耐藥性較強;其中河北地區(qū)S.aureus耐藥菌株最多,對10種抗菌藥物表現(xiàn)不同程度耐藥,說明我國奶牛乳房炎分離的S.aureus菌株耐藥性種類較多,多耐性較廣泛。結合表1,世界范圍內奶牛乳房炎S.aureus耐藥及MDR普遍存在。我國與世界其他地區(qū)研究結果一樣,不同地區(qū)分離的S.aureus菌株對各類常見抗菌藥物表現(xiàn)不同程度的耐藥性,但地區(qū)與地區(qū)之間S.aureus耐藥菌株差異較大,進一步說明S.aureus耐藥性可能具有一定區(qū)域性。S.aureus對β-內酰胺類抗菌藥物耐藥性最嚴重,這也與國外研究結果一致,說明β-內酰胺類仍然是治療奶牛乳房炎使用最廣泛的一類抗菌藥物,導致S.aureus菌株在世界范圍內對其高度耐藥,符合世界性觀察到的S.aureus耐藥性普遍趨勢。
表1 2011-2018 年奶牛乳房炎S.aureus 對10 種常見抗菌藥物耐藥性[11-19]
事實上,S.aureus菌株的耐藥性越來越強,已經發(fā)展出廣譜的抗菌藥物抗性機制,這意味著隨著耐藥性的不斷發(fā)展,新的耐藥機制將會不斷地出現(xiàn),且變得更為復雜,必定導致S.aureus對臨床所用抗菌藥物的耐藥程度日漸嚴重,加劇臨床治療難度。
S.aureus的耐藥性機理復雜,總結主要有以下幾種:(1)酶失活;(2)主動外排系統(tǒng);(3)保護、改變、更換抗菌藥物靶位點;(4)基于質?;蛉旧w上的耐藥基因介導的S.aureus耐藥機制?,F(xiàn)階段,由基因編碼介導的S.aureus分子耐藥機制成為各國相關學者研究熱點。
S.aureus對β-內酰胺類抗菌藥物的耐藥機制主要有以下兩種:(1)質粒介導的獲得性耐藥。S.aureus菌株由耐藥因子生成了β-內酰胺酶,此酶附著在細菌表面,經質粒介導,通過胞外β-內酰胺類藥物的水解,致使產酶株與非產酶株相比抗菌藥物的活性降低或消失,導致S.aureus對β-內酰胺類藥物產生耐藥;(2)藥物結合位點的改變或形成新的青霉素結合蛋白(Penicillin binding protein,PBP)介導的固有耐藥。PBPs是構成S.aureus細胞壁形成的重要蛋白酶系統(tǒng),也是β-內酰胺類抗菌藥物與S.aureus菌體的結合靶位點,與其具有較高親和力。當環(huán)境藥物濃度達到最小抑菌濃度(Minimum inhibitory concentration,MIC)時,β-內酰胺類藥物與PBPs結合,使其乙酰化,導致轉肽酶(Transpeptidase,TPase)失活,便會讓細菌難以形成細胞壁,從而導致敏感菌死亡[29]。
PBPs的改變是S.aureus對β-內酰胺類藥物耐藥的重要機制[30]。PBPs在MRSA對苯唑西林的耐藥程度中發(fā)揮至關重要的作用。β-內酰胺酶、PBPs的過量表達可導致MRSA的低水平耐藥,PBPs與苯唑西林的親和力也是MRSA低水平耐藥的原因之一;而PBP2a的存在則導致MRSA高水平耐藥,與其他PBPs不同,PBP2a與β-內酰胺類藥物親和力極低甚至不與其結合,致使MRSA高水平耐藥。而mecA是PBP2a的編碼基因,MRSA的分子耐藥機制與mecA基因密切相關。總結有以下兩種。
mecA是MRSA的耐藥決定子,MRSA的mecA基因通過轉座子的移動得到外來基因,該基因大量表達使S.aureus對甲氧西林耐藥的產物PBP2a合成。另有資料表明,作為MRSA耐藥輔助基因的fem型基因在細菌細胞壁生成環(huán)節(jié)至關重要,其中femA、femB這兩種基因在S.aureus對β-內酰胺類藥物耐藥方面具有重大影響[31]。據(jù)報道,β-內酰胺類抗菌藥物針對MRSA的抗藥性或可由femA、femB的失活導致,以此同時也造成了其他多種類抗菌藥對MRSA的敏感性大幅提升[32]。2014年,萬艷紅[33]在51株MRSA菌株中發(fā)現(xiàn)mecA、femA基因檢出率均為100%;另有研究對河南地區(qū)180株MRSA菌株進行PCR檢測,發(fā)現(xiàn)有168株mecA基因陽性(符合率為93.3%),且多為MDR菌株[34]。MSRA產生的高耐藥性,實質上是由fem基因協(xié)同mecA基因產生的表型,但當mecA與fem其中一方失活后,這一效果便大打折扣。在fem基因失活的前提下,盡管PBP2a可由mecA單獨編碼產生,但偶見細菌仍出現(xiàn)高度耐藥現(xiàn)象[35]。由于mecA和femA基因在MRSA對苯唑西林等β-內酰胺類抗菌藥物耐藥的重要地位,且其主要存在于耐藥菌中,因此,國際上通常檢測mecA和femA兩個基因以判定S.aureus對甲氧西林抗菌藥物是否耐藥。
S.aureus的耐藥性可能與其細胞壁的形成相關,而PBP2a可能會加速該現(xiàn)象出現(xiàn),即使相關PBPs活性在β-內酰胺類藥物干預結合下而降低,這一現(xiàn)象仍會發(fā)生。實驗表明,PBP2a不會單方面促成β-內酰胺類抗菌藥物對MRSA的耐藥性,若沉默PBP2基因,可降低對甲氧西林的耐藥程度[36];另外,阻斷PBP2的TGase活性時,抗菌藥物的存在致使PBP2抑制TPase活性,PBP2a則可恢復TPase活性,實現(xiàn)細菌肽聚糖合成與細胞壁骨架搭建[37]。由此可知,MRSA的耐藥性是其細胞壁上合成了相關肽聚糖,而PBP2a則協(xié)同PBP催化了該過程。
在對S.aureus測序后發(fā)現(xiàn),其基因序列中包含了滅活酶基因、排外基因、核糖體保護基因及未明機制的基因等。共40多種耐藥性基因,而這些耐藥性基因均指向四環(huán)素類藥物,這就揭示了S.aureus對四環(huán)素類抗菌藥物耐藥的本質[38]。在系列針對耐四環(huán)素類藥物的研究中發(fā)現(xiàn),多數(shù)研究主要著力在主動排外基因和核糖體保護基因等基因,TetK、TetO、TetL、TetA及TetC等基因均包含于此。其中在奶牛源葡萄球菌中介導四環(huán)素耐藥的基因主要為TetL和TetK,TetM和最為罕見的TetO也在牛源葡萄球菌中被檢出。國外有學者利用PCR技術檢測對S.aureus中可能存在的耐四環(huán)素抗菌藥物基因片段發(fā)現(xiàn):在分離的90株S.aureus中,TetK基因的檢出率為84%,TetL基因為9%,TetM為2%,TetO僅為1%[39]。這些耐藥基因能夠產生介導四環(huán)素耐藥的保護蛋白,以質粒或轉座子為媒介在各個菌體間快速地產生、擴散著對此類抗菌藥物的耐藥性。
S.aureus對氨基糖苷類抗菌藥物的耐藥機制主要有以下3種:(1)藥物結合位點的改變。發(fā)生基因突變現(xiàn)象,致使藥物無法發(fā)揮抑菌或殺菌作用而形成耐藥;(2)膜屏障的改變或主動外排作用。減少此類抗菌藥物的吸收或阻止藥物進入細菌內而產生耐藥;(3)氨基糖苷修飾酶(Aminoglycosides modifying enzyme,AMEs)的修飾鈍化作用。AMEs通過修飾此類抗菌藥物的特定基團,使其降低或失去對靶位核糖體的親和力而喪失生物活性,從而產生耐藥性。這是S.aureus對該類藥物產生耐藥的主要機制。研究發(fā)現(xiàn),氨基糖苷類抗菌藥物耐藥的基因中,氨基糖苷乙酰轉移酶(Aminoglycoside acetyltransferases,AAC)6′和氨基糖苷磷酸轉移酶(Aminoglycosidephosphotransferases,APH)2′′基 因分別編碼雙功能酶AAC6′和APH2″,這兩種編碼基因可使S.aureus對GM、K、丁胺卡那(Amikacin,AMK)、妥布霉素(Tobramycin,TM)和奈替米星(Netilmicin,NET)等產生耐藥性[40-41];Turutoglu 等[42]從奶牛乳房炎分離出了18株MRSA菌株,進行PCR耐藥基因檢測及序列分析發(fā)現(xiàn),有3株mecA陽性基因編碼耐甲氧西林,并證明了這3株菌株存在AAC6′、APH2″、APH3′等基因編碼的氨基糖苷類耐藥,表明攜帶氨基糖苷類修飾酶基因的3株菌株對慶大霉素、卡那霉素和新霉素耐藥;徐佳[43]對奶牛乳房炎葡萄球菌種類及耐藥性研究表明,32.1%的S.aureus為AACA、APHD基因檢測陽性,證實了表達AAC6′、APH2″是S.aureus對氨基糖苷類抗菌藥物耐藥的主要原因;Crossman等[44]學者在對S.aureus全基因組的研究中發(fā)現(xiàn),S.aureus帶有多種擬多重耐藥轉運蛋白基因。目前,國內外相關報道罕見,其功能和具體作用機制尚未明確,尚需進一步研究。
S.aureus對MLs抗菌藥物的耐藥機制主要有3種:(1)藥物活性被鈍化;(2)藥物與菌體的作用位點突變;(3)菌體內形成了主動轉運藥物系統(tǒng)。
多項研究表明,紅霉素核糖體甲基化酶(Erythromycin ribosome methylase,erm)基因、msr基因是介導MLs抗菌藥物耐藥的兩個主要基因。S.aureus染色體或質粒上攜帶erm、msr基因,分別編碼核糖體甲基化酶和轉運蛋白[45],這兩種編碼基因通過修改抗菌藥物與菌體的結合位點,抑制MLs類抗菌藥物,從而使得S.aureus對MLs抗菌藥物耐藥[46]。其中erm基因是介導S.aureus對MLs抗菌藥物產生廣泛耐藥的主要原因,erm基因表達及其上游啟動子出現(xiàn)突變均可致使MLs產生耐藥,當核糖體蛋白L4和大亞基的23S rRNA堿基突變而抑制該類藥物與核糖體靶位點結合,也可導致MLs抗菌藥物耐藥[47];而msrA和msrC基因編碼的主動泵出系統(tǒng)可將MLs抗菌藥物從細胞中排出,以保持細胞內低濃度MLs藥物水平。報道稱,msrC基因在介導S.aureus對紅霉素高水平耐藥中發(fā)揮重要作用[48]。
erm、msr基因已被證實在牛源S.aureus中檢出。Kot等[49]研究表明,奶牛乳房炎中S.aureus檢出率16.4%,其中15.6%對MLs抗菌藥物產生了耐藥性,對其抗性基因檢測得出,ermA、ermB和ermC的檢出率分別是14.8%、11.1%和55.5%;2018年,最新研究表明,牛源奶酪被認為是抗菌藥物耐藥基因的儲存庫,S.aureus分離率為4.3%,16S rRNA基因的DNA序列鑒定結果顯示,耐藥基因msrA攜帶率為60.9%,msrB攜帶率為46.6%[50]。說明S.aureus及MLs耐藥基因分離率因地域性不同差異較大。
S.aureus對喹諾酮類抗菌藥物(Quinolone antibiotics)耐藥的機制主要有3種:(1)藥物靶酶及編碼基因的突變。DNA促旋酶和拓撲異構酶IV是喹諾酮類藥物對S.aureus發(fā)揮抗菌作用的靶酶,grlA和grlB基因編碼DNA促旋酶,grlA、grlB和parC基因編碼拓撲異構酶IV[51]。李曉娜等[52]報道220株奶牛乳房炎S.aureus菌株中grlA基因、gyrA基因和norA基因的檢出率分別為80%、78.64%和78.18%,說明奶牛乳房炎S.aureus攜帶喹諾酮類藥物耐藥基因,這些基因位點的突變可引起喹諾酮類藥物作用的靶位改變,從而導致S.aureus對喹諾酮類藥物耐藥。但不同結構的喹諾酮類藥物對S.aureus的作用位點不同。苗貝貝等[53]通過研究左氧氟沙星、莫西沙星和奈諾沙星3種喹諾酮類藥物對S.aureus耐藥突變體的體外抗菌活性發(fā)現(xiàn),左氧氟沙星優(yōu)先作用于S.aureus拓撲異構酶Ⅳ靶位parC基因,而莫西沙星和奈諾沙星則幾乎同時作用于S.aureusDNA促旋酶靶位grlA基因和拓撲異構酶Ⅳ靶位parC基因。該類藥物耐藥性與這些靶位酶基因密不可分,統(tǒng)稱為喹諾酮類藥物耐藥決定區(qū)(Quinolone resistance-determining regions,QRDR)基因 ;(2)主動外排系統(tǒng)。主要為norA、norB、norC基因介導的主動外排系統(tǒng)[56],使藥物在菌體內蓄積量減少,從而介導喹諾酮類藥物低水平耐藥;(3)質粒介導的耐藥機制。質粒介導的喹諾酮類藥物耐藥(Plamidmediated quinolone resisitence,PMQR) 機 制 通 過PMQR基因實現(xiàn)。目前,qnr、Aac6’-Ib-cr、qepA和oqxA/B基因的作用機制已較為成熟,主要通過以下5種方式介導S.aureus產生耐藥:①與喹諾酮作用靶酶結合,降低藥物對細菌的抑制作用;②提高細菌MIC,增加細菌耐藥率;③促進細菌染色體基因自身突變,增加高水平耐藥菌株;④將藥物排出菌體外,降低藥物在菌體內的蓄積量;⑤使gyrA、parC功能區(qū)發(fā)生突變,細菌趨于高水平耐藥。而Cfr和fexA兩種基因在牛源S.aureu中報道較少,是今后挖掘S.aureus對喹諾酮類分子耐藥機制的新元素。
表2 S.aureus常見的基因突變位點[51-55]
奶牛乳房炎S.aureus面臨著嚴峻的耐藥及其耐藥基因流行傳播形勢,出現(xiàn)了多重耐藥現(xiàn)象,但細菌耐藥性的產生是一種天然抗生現(xiàn)象,現(xiàn)代畜牧業(yè)中抗菌藥物的使用不可避免,隨著細菌耐藥性的快速發(fā)展,S.aureus耐藥機制日漸復雜。因此,應重點關注S.aureus耐藥現(xiàn)狀及其變遷情況,從分子水平深層探索S.aureus耐藥機制,發(fā)現(xiàn)新的耐藥基因,找出削減S.aureus及MRSA耐藥機理,避免抗菌藥物的惡循環(huán)濫用,為奶牛乳房炎設計合理的臨床治療方案。奶牛乳房炎源病菌耐藥性監(jiān)測試劑盒和相應新型抗菌藥物的研發(fā)是相關研究領域發(fā)展趨勢。