大麥黃矮病毒的生物信息學(xué)分析

劉艷莉　王艷芳　趙彥宏　柏新富　 劉林德

摘要：【目的】分析大麥黃矮病毒（BYDV）株系的生物學(xué)信息，為深入研究BYDV各株系的遺傳特性及防治提供參考?！痉椒ā繌腘CBI數(shù)據(jù)庫(kù)搜索BYDV的全基因組序列，利用DNASTAR 7.1對(duì)其進(jìn)行序列比對(duì)分析，并以MEGA 7.0構(gòu)建BYDV系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。用CodonW分析BYDV的密碼子使用偏好性；運(yùn)用NCBI中的E-Utilities工具搜索BYDV各株系的基因及蛋白，采用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)BYDV蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)。【結(jié)果】BYDV各株系堿基序列相似性存在明顯差異，其中PAV株系組內(nèi)核苷酸序列最低相似性最低，僅為77.9%，表明該株系全基因組序列變異較多。PAV、Ker-II、GAV和RPV株系存在堿基突變，均以C—T堿基突變數(shù)目最多，且堿基變異傾向于堿基轉(zhuǎn)換。BYDV各株系分為五大分支，其中分離地相近的株系或同一株系BYDV間親緣關(guān)系較近，來自法國(guó)克爾格倫群島的Ker-II株系與PAV株系親緣關(guān)系較近，來自美國(guó)的MAV株系與來自我國(guó)的GAV株系親緣關(guān)系較近，來自我國(guó)的GPV株系（NC-012931）與美國(guó)的RPV、RMV和RPS株系親緣關(guān)系較近。BYDV密碼子使用無明顯的偏好性。PAS、MAV和GAV株系的基因組中均包含7個(gè)基因，而PAV株系基因組包含8個(gè)基因。在BYDV各株系gp1～gp4蛋白中，gp4蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)保守性最強(qiáng)，而gp1蛋白的空間結(jié)構(gòu)發(fā)生一定變異，正是不同BYDV株系的傳播媒介及對(duì)寄主植物侵染能力存在差異的原因。【結(jié)論】BYDV各株系普遍發(fā)生分子變異，但變異程度不同，以PAV株系變異程度最大；推測(cè)GPV和RMV株系隸屬于馬鈴薯卷葉病毒屬。

關(guān)鍵詞： 大麥黃矮病毒；株系；基因組序列；多序列比對(duì)；分子變異；親緣關(guān)系；密碼子偏好性

中圖分類號(hào)： S435.123 文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A 文章編號(hào)：2095-1191（2018）09-1760-08

0 引言

【研究意義】大麥黃矮病毒（Barley yellow dwarf virus，BYDV）是隸屬于黃癥病毒科（Luteovirade）的正單鏈RNA病毒，經(jīng)蚜蟲傳播，可侵染多種禾本科植物（尤其是麥類作物）而引發(fā)黃矮病（楊洋等，2011；Jaro?ová et al.，2016；Ju et al.，2017），對(duì)禾本科作物生產(chǎn)造成巨大經(jīng)濟(jì)損失（Choudhury，2018）。探究BYDV的遺傳和變異特征將有利于揭示BYDV的致病機(jī)制，為有效防治黃矮病提供理論參考，對(duì)禾谷類作物尤其是麥類作物的生產(chǎn)具有重要意義?！厩叭搜芯窟M(jìn)展】國(guó)內(nèi)外研究人員已對(duì)BYDV開展了大量研究，早期主要集中在BYDV株系鑒定分類和生物學(xué)特征等方面。根據(jù)傳播介體?；?，在美國(guó)BYDV被分為PAV、MAV、SGV、RPV和RMV 5個(gè)株系（Rochow and Muller，1971），在我國(guó)BYDV被分為GPV、GAV、PAV和RMV 4個(gè)株系，其中GPV株系與美國(guó)的5個(gè)株系均無血清學(xué)關(guān)系，為我國(guó)特有株系（張淑香和周廣和，1987）。早期的研究一直認(rèn)為，BYDV各株系均隸屬于黃癥病毒科黃癥病毒屬（Luteovirus），但隨著基因組序列和結(jié)構(gòu)研究的深入，BYDV的分類學(xué)地位也隨之發(fā)生變化（Zhang et al.，2009）。其中，PAV、MAV和GAV株系仍歸屬于黃癥病毒屬，而RPV和RPS株系歸屬為黃癥病毒科馬鈴薯卷葉病毒屬（Polerovirus），其名稱被改為CYDV-RPV和CYDV-RPS（Van Regenmortel et al.，2000；Bouallegue et al.，2014），但SGV、GPV和RMV株系至今尚未確定其分類學(xué)地位（Jaro?ová et al.，2016）。PAV株系又被分為三個(gè)亞類：BYDV-PAV-Ⅰ（PAV）、BYDV-PAV-Ⅱ（PAS）和BYDV-PAV-Ⅲ（PAV-CN）（Bisnieks et al.，2004；Liu et al.，2007；Wu et al.，2011；Jaro?ová et al.，2013）。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，眾多科研人員對(duì)BYDV的分子變異和進(jìn)化（Bisnieks et al.，2004；王偉等，2010；翟浩和劉艷，2011）、基因組結(jié)構(gòu)及基因功能與表達(dá)（Vincent et al.，1991；Wang et al.，2001）等進(jìn)行了大量研究，并取得長(zhǎng)足進(jìn)展。研究發(fā)現(xiàn)，BYDV基因組長(zhǎng)度約5700個(gè)核酸，基因組一般包含6個(gè)開放閱讀框，能編碼外殼蛋白（CP）和運(yùn)動(dòng)蛋白（MP）等（Vincent et al.，1991），其中，CP基因序列高度保守，多用于BYDV分子變異和進(jìn)化等方面的研究（Wang et al.，2001；Ali et al.，2013）。近30年來，BYDV各株系也相繼完成了全基因組測(cè)序，如BYDV-RPV（Vincent et al.，1991）、BYDV-MAV（Ueng et al.，1992）、BYDV-GAV（Jin et al.，2004）、BYDV-GPV（Zhang et al.，2009）、BYDV-PAV（Wu et al.，2011）和BYDV-RMV（Krueger et al.，2013）等，分布在不同國(guó)家和地區(qū)的同一株系全基因組序列也相繼被報(bào)道。這為深入研究大麥黃矮病毒的遺傳特征與致病遺傳機(jī)理及有效防治大麥黃矮病提供了豐富的科研數(shù)據(jù)?！颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】目前，越來越多有關(guān)BYDV的數(shù)據(jù)已提交至GenBank、EMBL、DDBJ等生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中，但大部分?jǐn)?shù)據(jù)孤立且零散，鮮見采用生物信息學(xué)方法對(duì)其進(jìn)行系統(tǒng)、充分挖掘分析的研究報(bào)道。【擬解決的關(guān)鍵問題】基于GenBank、EMBL、DDBJ等生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的BYDV相關(guān)數(shù)據(jù)，利用生物信息學(xué)分析方法從NCBI中檢索BYDV的全基因組序列，通過序列比對(duì)分析其各株系全基因組序列的分子變異情況，構(gòu)建BYDV系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹，并對(duì)各株系的密碼子偏好性進(jìn)行分析，找出各株系中所含基因及其對(duì)應(yīng)的蛋白，同時(shí)對(duì)其結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行分析，以期探究不同BYDV株系的遺傳變異特性，為了解其遺傳機(jī)制及防治BYDV侵染提供理論參考。

1 材料與方法

1. 1 全基因組序列的獲取

從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)搜索BYDV的全基因組序列，并刪除不完整序列和冗余重復(fù)序列，將最終獲得的全基因組序列按株系進(jìn)行分組。

1. 2 堿基突變分析

利用DNASTAR 7.1的ClustalW算法進(jìn)行BYDV多序列比對(duì)分析，并根據(jù)序列相似性分析其堿基突變的傾向性。

1. 3 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹構(gòu)建

基于BYDV多序列比對(duì)結(jié)果，利用MEGA 7.0以鄰接法（Neighbor-joining，NJ）構(gòu)建BYDV系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹，參數(shù)設(shè)置為默認(rèn)值。

1. 4 密碼子偏性分析

利用CodonW分析BYDV各株系的密碼子使用偏好性，參數(shù)設(shè)置為默認(rèn)值。

1. 5 蛋白質(zhì)功能注釋

運(yùn)用NCBI的E-Utilities工具從GenBank的Gene和Protein兩個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索BYDV各株系的基因序列，并找出其編碼蛋白的氨基酸序列，對(duì)其進(jìn)行功能注釋。

1. 6 蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析

利用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)BYDV各蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)。

2 結(jié)果與分析

2. 1 BYDV全基因組序列獲取結(jié)果

截至2017年1月1日，從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中共檢索到303條BYDV全基因組序列，去掉不完整序列和冗余重復(fù)序列，最終獲得來自中國(guó)、美國(guó)和日本等9個(gè)國(guó)家9個(gè)BYDV株系（PAV、GAV、PAS、MAV、RMV、RPV、GPV、RPS和Ker-II）的66條全基因組序列（表1），其中PAV株系序列數(shù)目最多，為34條，GAV為15條，RPV為6條，Ker-II為3條，MAV、RMV和PAS各2條，GPV和RPS均為1條。將66條全基因組序列按株系分成9組。

2. 2 序列相似性及堿基突變分析結(jié)果

利用DNASTAR 7.1的ClustalW進(jìn)行BYDV全基因組多序列比對(duì)分析，用Sequence Distance對(duì)各組中序列數(shù)目≥2的株系進(jìn)行組內(nèi)核苷酸序列相似性分析，結(jié)果如表2所示。PAV株系組內(nèi)核苷酸序列最低相似性最低，僅為77.9%，其原因是PAV株系地理分布較廣泛，目前已有8個(gè)國(guó)家發(fā)現(xiàn)該株系，致使該株系全基因組序列變異較多。MAV、PAS和RMV株系的組內(nèi)核苷酸序列最低相似性均達(dá)100.0%。Ker-II株系組內(nèi)的3個(gè)序列雖然均來自法國(guó)克爾格倫群島，但其中2個(gè)分離物最低相似性僅為85.0%，說明該株系基因組序列保守性較差。GPV和RPS株系各含1條序列，無法進(jìn)行組內(nèi)序列相似性分析。

通過Residue Substitutions對(duì)9個(gè)株系組內(nèi)核苷酸的突變情況進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，結(jié)果如表3所示。僅PAV、Ker-II、GAV和RPV株系存在明顯堿基突變，各株系C-T堿基突變數(shù)目和突變率均最高，其中GAV和RPV株系的C-T堿基突變率高達(dá)50.00%以上；A-G堿基突變次之，各株系的A-G堿基突變率為30.00%左右；C-G和G-T堿基突變率較少。從總體來看，在BYDV各株系中堿基轉(zhuǎn)換的比例明顯大于堿基顛換的比例。

2. 3 BYDV系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹分析結(jié)果

基于66條基因組序列構(gòu)建的BYDV系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹如圖1所示。BYDV可分為五大分支，I、II和III分支主要是來自美國(guó)的PAV和PAS株系，還有來自日本、巴基斯坦和伊朗的3個(gè)PAV株系及法國(guó)克爾格倫群島的Ker-II株系；IV分支為來自我國(guó)的GAV株系和來自美國(guó)的MAV株系；V分支為來自美國(guó)的RPV、RMV和RPS株系及來自我國(guó)的1個(gè)GPV株系（NC_012931）。分離地相近的株系及同一株系BYDV間親緣關(guān)系較近，來自法國(guó)克爾格倫群島的Ker-II株系與PAV株系親緣關(guān)系較近，來自美國(guó)的MAV株系與來自我國(guó)的GAV株系親緣關(guān)系較近，來自我國(guó)的GPV株系（NC_012931）與美國(guó)的RPV、RMV和RPS株系親緣關(guān)系較近。

2. 4 密碼子使用偏好性分析結(jié)果

有效密碼子數(shù)（Nc）通常為20.0～61.0個(gè)，數(shù)值越小，說明密碼子的使用偏好性越大；反之，密碼子的使用偏好性越小。利用CodonW分析BYDV的密碼子偏好性，結(jié)果如表4所示。BYDV基因的有效密碼子數(shù)為57.20～59.83，數(shù)值較大，表明BYDV無明顯的密碼子使用偏好性。處于系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹I、II和III分支的PAV、GAV、PAS和MAV株系及Ker-II株系GC含量均低于50.00%，Ker-II株系（KC571999）的GC含量?jī)H為46.53%，處于IV、V分支的株系GC含量則高于50.00%，RPS（NC_002198.2）的GC含量高達(dá)52.76%。

編碼同一氨基酸時(shí)各密碼子的相對(duì)使用概率即同義密碼子使用度（RSCU）。當(dāng)RSCU>1時(shí)表示該密碼子使用相對(duì)較頻繁；而RSCU<1時(shí)表示該密碼子使用次數(shù)相對(duì)較少；RSCU=1時(shí)表示密碼子使用無偏好性；使用CodonW分析所得BYDV各株系的RSCU。對(duì)BYDV各個(gè)株系密碼子的使用情況分析后表明BYDV對(duì)密碼子的使用無明顯偏好性。

2. 5 BYDV各株系基因與蛋白分析結(jié)果

通過搜索GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)，從中找出各株系所包含的基因及其對(duì)應(yīng)的蛋白，結(jié)果見表5。PAS、MAV和GAV株系的基因組中均包含有7個(gè)基因，而PAV株系基因組包含8個(gè)基因。根據(jù)各基因在基因組中的位置（圖2）可知，BYDV中的各基因存在相互重疊甚至包含的關(guān)系，如gp1包含gp2，gp3包含gp4等，反映了低等原核生物典型的基因組特點(diǎn)，即基因組小但緊湊，基因密度大，甚至存在重疊。供試的BYDV基因均可編碼蛋白，1個(gè)基因編碼1個(gè)蛋白，其功能注釋見表5。不同株系間相對(duì)應(yīng)的基因及蛋白具有相似的序列和功能。

利用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)BYDV各蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)，共獲得25個(gè)蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)，還有4個(gè)較小的蛋白因找不到對(duì)應(yīng)的同源模板而未預(yù)測(cè)出其三級(jí)結(jié)構(gòu)。BYDV各株系gp1～gp4蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)結(jié)果（圖3）表明，gp4蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)保守性最強(qiáng)，而gp1蛋白的空間結(jié)構(gòu)發(fā)生一定變異，推測(cè)其是造成不同BYDV株系的傳播媒介及對(duì)寄主植物侵染能力存在差異的原因。

3 討論

植物病原分子變異和進(jìn)化是其生物學(xué)性狀及致病性變化的內(nèi)在原因（Paximadis et al.，1999），對(duì)BYDV開展相關(guān)研究可為其群體結(jié)構(gòu)特征分析、分子鑒定、株系分類及BYDV的發(fā)生和流行規(guī)律研究提供參考依據(jù)?；谌蚪M序列研究BYDV分子變異可獲得更全面、可靠的結(jié)論。然而，早期由于BYDV全基因組序列信息缺乏，均是通過高度保守的CP基因等的核苷酸序列或蛋白氨基酸序列來研究其分子變異和進(jìn)化關(guān)系（Wang et al.，2001；王偉等，2010；翟浩和劉艷，2011；Bouallegue et al.，2014）。近年來，隨著BYDV各株系全基因組序列陸續(xù)被測(cè)出，利用全基因組序列研究BYDV分子變異和群體結(jié)構(gòu)特征的研究越來越多。吳興泉等（2011）根據(jù)45條BYDV全基因組序列及其59條CP基因序列對(duì)BYDV分子變異進(jìn)行分析，并構(gòu)建BYDV系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹。Wu等（2011）對(duì)我國(guó)的多個(gè)BYDV-PAV全基因組序列進(jìn)行了分子進(jìn)化分析。上述研究主要集中在特定株系或特定地域的BYDV，且分析的全基因組序列較少。本研究從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)搜索獲得來自9個(gè)國(guó)家的303條BYDV全基因組序列，去掉冗余和不完整序列后，篩選得到涉及9個(gè)BYDV株系的66條完整的BYDV全基因組序列。相對(duì)于前人研究，本研究分析的BYDV全基因組序列較多，有助于提高進(jìn)化分析的代表性和準(zhǔn)確性。

本研究發(fā)現(xiàn)，同一株系或相同地理分布的BYDV基因組序列均表現(xiàn)出較近的親緣關(guān)系，如PAV株系雖然地理分布廣泛，堿基變異較多，但34條PAV基因組序列在系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹上的分布仍較集中，PAV又可分為3個(gè)亞類（BYDV-PAV-Ⅰ、BYDV-PAV-Ⅱ和BYDV-PAV-Ⅲ），其中BYDV-PAV-Ⅱ與近年來從法國(guó)克爾格倫群島采集分離到的Ker-Ⅱ株系（Svanella-Dumas et al.，2013）處于同一進(jìn)化分支，由此推測(cè)Ker-Ⅱ株系可能屬于PAV株系中的BYDV-PAV-Ⅱ亞類。PAV、MAV和GAV株系隸屬于黃癥病毒屬，在本研究構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹中處于同一個(gè)大分支，親緣關(guān)系較近，而隸屬于馬鈴薯卷葉病毒屬的RPV與RPS株系在另一個(gè)較遠(yuǎn)的分支。由此可見，本研究的分子變異和進(jìn)化分析結(jié)果與目前BYDV各株系的生物學(xué)分類相符。同時(shí)，本研究還發(fā)現(xiàn)尚未確定具體歸屬的兩個(gè)株系RMV和GPV在系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹上遠(yuǎn)離PAV、MAV和GAV株系，而與RPV和RPS株系處于同一個(gè)進(jìn)化分支，其中GPV株系與RPV株系親緣關(guān)系最近。因此，推測(cè)目前尚未確定歸屬的RMV和GPV株系可能隸屬于馬鈴薯卷葉病毒屬。Bisnieks等（2004）對(duì)BYDV株系CP基因進(jìn)行進(jìn)化分析，也發(fā)現(xiàn)GPV、RPV和RMV株系處于同一進(jìn)化分支，說明GPV與RPV株系親緣關(guān)系較近。Zhang等（2009）首次報(bào)道GPV株系的全基因組序列，并將其與其他株系進(jìn)行序列比較，結(jié)果發(fā)現(xiàn)GPV株系與RPV株系序列相似性最高；在全基因組水平上，GPV與RPV株系的相似性為77.0%，與RPS株系的相似性為75.0%，而與其他株系的相似性均低于40.0%。Krueger等（2013）報(bào)道了RMV株系的全基因組序列，并基于23條BYDV各株系全基因組序列構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹，結(jié)果表明RMV株系與RPV、RPS和GPV株系處在同一個(gè)進(jìn)化分支，親緣關(guān)系較近，而與其他株系親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。本研究結(jié)果與上述研究所得出的結(jié)論基本一致。另外，從本研究各株系的基因組結(jié)構(gòu)來看，GPV、RMV、RPV和RPS株系較相似，而與其他株系（PAV、MAV和GAV）存在明顯差異；BYDV基因組堿基突變中，C-T堿基突變率最高，A-G堿基突變率次之，堿基轉(zhuǎn)換率明顯高于堿基顛換率，與Ge等（2007）、Duffy和Holmes（2009）的研究結(jié)果類似；PAV株系和Ker-II株系內(nèi)的堿基突變率較高；其他5個(gè)株系堿基突變率在5.00%以下，表明二者基因組較保守、突變較少。在BYDV防治時(shí)，需根據(jù)不同株系的保守特性制定不同的防治方案。

4 結(jié)論

BYDV各株系普遍發(fā)生分子變異，但變異程度不同，以PAV株系變異程度最大。推測(cè)2個(gè)未確定分類學(xué)地位的GPV和RMV株系隸屬于馬鈴薯卷葉病毒屬。

參考文獻(xiàn)：

王偉，劉艷，王錫鋒，吳蓓蕾，鄭傳臨. 2010. 大麥黃矮病毒合肥分離物的鑒定及CP基因進(jìn)化分析[J]. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué)，38（23）：12520-12522. [Wang W，Liu Y，Wang X F，Wu B L，Zheng C L. 2010. Identification of the Barely ye-llow dwarf virus strain isolated in Hefei and analysis of the evolution of coat protein gene[J]. Journal of Anhui Agriculture Science，38（23）：12520-12522.]

吳興泉，陳士華，張曉婷，張苗青，劉應(yīng)舉. 2011. 大麥黃矮病毒株系間分子變異與系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系研究[J]. 河南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)，45（3）：339-344. [Wu X Q，Chen S H，Zhang X T，Zhang M Q，Liu Y J. 2011. Studies on the relationship between molecular variation and phylogene among different strains of Barley yellow dwarf virus[J]. Journal of Henan Agricultural University，45（3）：339-344.]

楊洋，劉金虎，趙震，吳云鋒. 2011. 陜西小麥黃矮病病原種類的多重PCR檢測(cè)[J]. 西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，20（11）：170-174. [Yang Y，Liu J H，Zhao Z，Wu Y F. 2011. Simultaneous detection of Barley yellow dwarf virus by multiplex PCR in Shaanxi[J]. Acta Agriculturae Boreali-accidentalis Sinica，20（11）：170-174.]

翟浩，劉艷. 2011. 青海省大麥黃矮病毒的種類鑒定及基于CP基因的分子進(jìn)化研究[J]. 中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào)，27（24）：253-257. [Zhai H，Liu Y. 2011. Identification of Barley yellow dwarf virus（BYDVs） strains in Qinghai Province and analysis of evolution based on CP gene[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin，27（24）：253-257.]

張淑香，周廣和. 1987. 一種由麥二叉蚜、禾縊管蚜非專化性傳毒的小麥黃矮病毒株系鑒定[J]. 植物病理學(xué)報(bào)，17（2）：102-105. [Zhang S X，Zhou G H. 1987. Identification on strain of Wheat yellow dwarf virus（WYDV） transmitted by Schizaphis graminum and Rhopalosiphum padi[J]. Acta Phytopathologica Sinica，17（2）：102-105.]

Ali M，Tahir M，Hameed S，Ashraf M. 2013. Coat protein based molecular characterization of Barley yellow dwarf virus isolates identified on oat plants in Pakistan[J]. Acta Viorlogica，57（3）：383-385.

Bisnieks M，Kvarnheden A，Sigvald R，Valkonen J P T. 2004. Molecular diversity of the coat protein-encoding region of Barley yellow dwarf virus-PAV and Barley yellow dwarf virus-MAV from Latvia and Sweden[J]. Archives of Virology，149（4）：843-853.

Bouallegue M，Mezghani-Khemakhem M，Bouktila D，Makni H，Makni M. 2014. Molecular characterization of Barley yellow dwarf virus in Tunisia[J]. Acta Virologica，58（3）：214-222.

Choudhury S. 2018. Agronomical，biochemical and histological response of resistant and susceptible wheat and barley under BYDV stress[J]. PeerJ，doi：10.7717/peerj.4833.

Duffy S，Holmes E C. 2009. Validation of high rates of nucleo-tide substitution in geminiviruses：Phylogenetic evidence from East African cassava mosaic viruses[J]. Journal of General Virology，90（6）：1539-1547.

Ge L M，Zhang J T，Zhou X P，Li H. 2007. Genetic structure and population variability of tomato yellow leaf curl China virus[J]. Journal of Virology，81（11）：5902-5907.

Jaro?ová J，Beoni E，Kundu J K. 2016. Barley yellow dwarf virus resistance in cereals：Approaches，strategies and prospects[J]. Field Crops Research，198：200-214.

Jaro?ová J，Chrpova J，S?p V，Kundu J K. 2013. A comparative study of the Barley yellow dwarf virus species PAV and PAS：Distribution，accumulation and host resistance[J]. Plant Pathology，62（2）：436-443.

Jin Z B，Wang X F，Chang S J，Zhou G H. 2004. The complete nucleotide sequence and its organization of the genome of Barley yellow dwarf virus-GAV[J]. Science in China（Series C：Life Sciences），47（2）：175-182.

Ju J，Kim K，Lee K J，Lee W H，Ju H J. 2017. Localization of Barley yellow dwarf virus movement protein modulating programmed cell death in Nicotiana benthamiana[J]. The Plant Pathology Journal，33（1）：53-65.

Krueger E N，Beckett R J，Gray S M，Miller W A. 2013. The complete nucleotide sequence of the genome of Barley yellow dwarf virus-RMV reveals it to be a new Polerovirus distantly related to other yellow dwarf viruses[J]. Frontiers in microbiology，4：205.

Liu F，Wang X，Liu Y，Xie J，Gray S M，Zhou G，Gao B. 2007. A Chinese isolate of Barley yellow dwarf virus-PAV represents a third distinct species within the PAV serotype[J]. Archives of Virology，152（7）：1365-1373.

Paximadis M，Idris A M，Torres-Jerez I，Villarreal A，Rey M E，Brown J K. 1999. Characterization of tobacco geminiviruses in the old and new world[J]. Archives of Virology，144（4）：703-717.

Rochow W F，Muller I. 1971. A fifth variant of Barley yellow dwarf virus in New York[J]. Freshwater Crayfish，13（6）：849-853.

Svanella-Dumas L，Candresse T，Hullé M，Marais A. 2013. Distribution of Barley yellow dwarf virus-PAV in the su-b-antarctic Kerguelen Islands and characterization of two new Luteovirus species[J]. PLoS One，8（6）：e67231.

Ueng P P，Vincent J R，Kawata E E，Lei C H，Lister R M，Larkins B A. 1992. Nucleotide sequence analysis of the genomes of the MAV-PS1 and P-PAV isolates of Barley yellow dwarf virus[J]. Journal of General Virology，73（2）：487-492.

Van Regenmortel M H，Mayo M A，F(xiàn)auquet C M，Maniloff J. 2000. Virus nomenclature：Consensus versus chaos[J]. Archives of Virology，145（10）：2227-2232.

Vincent J R，Lister R M，Larkins B A. 1991. Nucleotide sequence analysis and genomic organization of the NY-RPV isolate of Barley yellow dwarf virus[J]. Journal of General Virology，72（10）：2347-2355.

Wang X，Chang S，Jin Z，Li L，Zhou G. 2001. Nueleotide sequences of the coat protein and readthrough portein genes of the Chinese GAV isolate of Barley yellow dwarf virus[J]. Acta Viorlogica，45（4）：249-252.

Wu B，Alexandra L B，Liu Y，Zhou G，Wang X F，Elena S F. 2011. Dynamics of molecular evolution and phylogeography of Barley yellow dwarf virus-PAV[J]. PLoS One，6（2）：e16896.

Zhang W W，Cheng Z M，Xu L，Wu M，Waterhouse P，Zhou G，Li S. 2009. The complete nucleotide sequence of the Barley yellow dwarf GPV isolate from China shows that it is a new member of the genus Polerovirus[J]. Archives of Virology，154（7）：1125-1128.

（責(zé)任編輯 陳 燕）