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      基于環(huán)境信息和深度自編碼網(wǎng)絡(luò)的農(nóng)作物病害預(yù)測模型

      2018-05-08 06:28:30張善文黃文準(zhǔn)張傳雷
      關(guān)鍵詞:特征向量分類器黃瓜

      張善文, 黃文準(zhǔn), 張傳雷

      (1.西京學(xué)院信息工程學(xué)院,陜西 西安 710123; 2.弗吉尼亞理工大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)系,美國 弗吉尼亞 VA24061)

      農(nóng)作物病害一直是世界各國農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中的主要災(zāi)害之一。目前,中國農(nóng)作物病害的發(fā)生范圍、發(fā)展趨勢和危害程度都有所增大。農(nóng)作物病害嚴(yán)重制約了中國農(nóng)產(chǎn)品的產(chǎn)量、質(zhì)量和農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展。農(nóng)作物病害的及早預(yù)測和科學(xué)防治是提高農(nóng)作物產(chǎn)量和質(zhì)量,減少經(jīng)濟(jì)損失以及控制農(nóng)藥污染最有效的措施之一[1-2]。農(nóng)作物病害與土壤、氣候、氣象等環(huán)境信息緊密相關(guān),任何病害的發(fā)生和發(fā)展都需要一定的環(huán)境條件,一些病害在多雨季節(jié)發(fā)生,一些病害在高溫干旱的環(huán)境中發(fā)生。一般情況下,溫暖、多雨、低洼潮濕以及連作地易造成病害發(fā)生和流行[3-4]。很多病害具有季節(jié)性,例如,黃瓜細(xì)菌性角斑病發(fā)病期為4月下旬至5月上旬,發(fā)病高峰期為5月下旬至6月上旬,發(fā)病的適宜溫度為22~24 ℃,相對濕度在70%以上。黃瓜灰霉病在高濕(相對濕度94%以上)、低溫(18~23 ℃)、光照不足、植株長勢弱時(shí)容易發(fā)病,當(dāng)氣溫超過30 ℃且相對濕度不足90%時(shí),病害停止蔓延,因此該病在冬季、低溫、光照少的溫室內(nèi)容易發(fā)生。黃瓜炭疽病在生長中后期發(fā)病較重,當(dāng)濕度高達(dá)87%~95%時(shí)發(fā)病迅速,而在濕度小于54%時(shí)該病害不發(fā)生[5]。農(nóng)作物的生長環(huán)境條件不僅影響農(nóng)作物病害在一個(gè)發(fā)病季節(jié)中的發(fā)生和危害程度,還決定著病害的地理分布[6-7]。例如,小麥赤霉病就是一種比較典型的氣候型病害,該病害是否發(fā)生和蔓延及其危害程度主要取決于氣候條件(抽穗至灌漿期雨日數(shù))、菌源數(shù)量(稻樁帶菌率)和寄主易感病生育期等因素。若小麥灌漿乳熟期溫度偏高,雨水偏多,小麥赤霉病發(fā)病侵染則較嚴(yán)重[8]。而當(dāng)溫度超過20 ℃時(shí),即使?jié)穸葪l件適宜,小麥條銹病菌也不會發(fā)生侵染。有些環(huán)境因素對農(nóng)作物病害可即時(shí)發(fā)生作用,產(chǎn)生明顯的當(dāng)時(shí)效應(yīng),有些則當(dāng)時(shí)效應(yīng)不顯著,而后效深遠(yuǎn)[1]。作物病害預(yù)測的難點(diǎn)主要是:(1)影響病害發(fā)生的因素多,不容易選出與特種病害關(guān)系緊密的因素;(2)實(shí)際采集到的樣本數(shù)量較少且分布不均,不容易得到泛化能力強(qiáng)的預(yù)測模型[9]。王淑梅[10-11]提出了一套農(nóng)作物病害發(fā)生和發(fā)展所需的氣候氣象預(yù)報(bào)方法。鄧剛[12]給出了氣象因子變化規(guī)律與黑龍江省林業(yè)有害生物種類變化、發(fā)生危害程度及其分布之間的關(guān)系,驗(yàn)證了降水量與林業(yè)有害生物發(fā)生量之間的線性關(guān)系。同一種病害發(fā)生和發(fā)展所需的氣候及氣象等一些自然條件較為穩(wěn)定[13],如黃瓜霜霉病適宜高溫高濕且耐干燥,當(dāng)溫度為20~25 ℃,相對濕度為 70%~85%時(shí)最可能發(fā)病。在雨季來得早、雨量大、雨天多時(shí),黃瓜疫病易流行。了解這些信息將有助于預(yù)測農(nóng)作物病害的發(fā)生和發(fā)展。但是,由于農(nóng)作物病害發(fā)生的原因很多,大部分病害發(fā)生與氣象條件(氣溫、日照、濕度等)、土壤條件(田地連種和施肥情況、含水量、土壤重金屬等)、生物學(xué)特性(根系吸水能力、葉面等)以及農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)措施等很多因素緊密相關(guān),而且在病害發(fā)生和發(fā)展的不同階段一般是很多環(huán)境因素綜合發(fā)生作用,各個(gè)因素之間經(jīng)常相互制約和相互影響[14],使得很多傳統(tǒng)農(nóng)作物病害預(yù)測方法的準(zhǔn)確率不高,魯棒性不強(qiáng)[15]。

      深度學(xué)習(xí)是一種通過模擬人腦多層感知結(jié)構(gòu)來認(rèn)識數(shù)據(jù)模式的學(xué)習(xí)算法,能夠從大量無標(biāo)簽非線性的復(fù)雜數(shù)據(jù)中自動學(xué)習(xí)有效的分類特征,具有較強(qiáng)地?cái)?shù)據(jù)分類、識別和預(yù)測能力,已經(jīng)成功應(yīng)用到人臉識別[16]、交通擁堵預(yù)測[17]、蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測[18-19]、植物識別[20]和作物病害識別[21]等問題中。由于農(nóng)作物病害預(yù)測的復(fù)雜性,目前鮮有利用深度學(xué)習(xí)和作物生長環(huán)境信息預(yù)測作物病害的應(yīng)用實(shí)例報(bào)道。日常生活中氣候氣象等信息通過網(wǎng)絡(luò)、報(bào)紙、電視以及農(nóng)業(yè)物聯(lián)網(wǎng)等途徑獲得,特別是高性能大容量數(shù)據(jù)存儲器、計(jì)算機(jī)、網(wǎng)絡(luò)技術(shù)以及海量復(fù)雜數(shù)據(jù)處理技術(shù)的不斷發(fā)展,為實(shí)現(xiàn)農(nóng)作物病害自動預(yù)測提供了可能[22-23]。本研究擬利用農(nóng)作物生長的環(huán)境信息,提出一種基于深度自編碼網(wǎng)絡(luò)的農(nóng)作物病害預(yù)測模型,以期作為一種長效的農(nóng)作物病害預(yù)測模型應(yīng)用于農(nóng)作物病害管理系統(tǒng)中[24-25]。

      1 材料與方法

      1.1 數(shù)據(jù)獲取

      與西北農(nóng)林科技大學(xué)、陜西楊凌農(nóng)業(yè)示范區(qū)和朱雀國家森林公園等單位合作,利用農(nóng)業(yè)物聯(lián)網(wǎng)傳感器采集與農(nóng)作物病害發(fā)生相關(guān)的環(huán)境信息等,在植保專家的指導(dǎo)下構(gòu)建一個(gè)農(nóng)作物病害管理數(shù)據(jù)庫。

      采集到的與病害發(fā)生相關(guān)的環(huán)境信息主要包括:土壤信息(地域、土壤溫度、土壤濕度、土壤水分、土壤鹽分、土壤是否連種、土壤pH值以及微生物含量等)、氣象信息(空氣溫度、空氣濕度、光照度、光合有效輻射、降水量、雨日數(shù)、氣壓、風(fēng)速、風(fēng)向、二氧化碳濃度等)和病害信息(農(nóng)藥使用量、病害類型、發(fā)病季節(jié)和病害等級)。

      針對黃瓜病害預(yù)測問題,從以上3個(gè)方面遴選出近6年來影響黃瓜常見3種病害(霜霉病、褐斑病和炭疽病)發(fā)生和發(fā)展的13個(gè)主要因素:土壤溫度、土壤濕度、土壤鹽分、土壤是否連種、微生物含量、空氣溫度、空氣濕度、光照度、降水量、雨日數(shù)、二氧化碳濃度、農(nóng)藥使用量和發(fā)病季節(jié)。由于這些因素?cái)?shù)據(jù)的量綱、范圍、表示方式、物理意義和數(shù)量級不同,所以需要對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行量化或離散化、標(biāo)準(zhǔn)化和歸一化預(yù)處理,以滿足不同類型數(shù)據(jù)之間的可比性。對于非數(shù)字化的原始數(shù)據(jù)需要進(jìn)行轉(zhuǎn)換和等級劃分,再將所有數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化處理。

      由于黃瓜病害的發(fā)生具有季節(jié)性,7月和8月為病害的越夏期,6月和9月是農(nóng)作物病害的高發(fā)期,9月的環(huán)境條件更適于病害的發(fā)生。將9月病害發(fā)生的季節(jié)信息值設(shè)置為0.9,6月病害發(fā)生的季節(jié)信息值設(shè)置為0.8,7月和8月病害發(fā)生的季節(jié)信息值均設(shè)置為0.7,其他季節(jié)病害發(fā)生的季節(jié)信息值設(shè)置為0.1。將黃瓜生長過程中的光照度由強(qiáng)到弱分別設(shè)置為5個(gè)等級(0.9、0.7、0.5、0.3和0.1),將黃瓜生長過程中的農(nóng)藥使用量由多到無分別設(shè)置為4個(gè)等級(0.7、0.4、0.2和0),將黃瓜生長過程中的土壤設(shè)置為沒有連種、連種1次和連種2次以上3個(gè)等級(0、0.2和0.4),所有土壤和空氣的溫濕度都采用日平均溫濕度,其他因素對應(yīng)的信息值按公式(1)進(jìn)行歸一化處理:

      (1)

      式中,aj和bj(j=1,2,...,n)分別為第j個(gè)數(shù)據(jù)歸一化前后的值,max(ai)和min(ai)分別為n個(gè)數(shù)的最大值和最小值。

      將預(yù)測病害的發(fā)生程度設(shè)置為4個(gè)等級(0、1、2、3),分別表示病害不發(fā)生、病害發(fā)生初期、病害發(fā)生中期和病害發(fā)生后期。綜上所述,用x表示由病害發(fā)生的13個(gè)因素組成的特征向量x=[x1,x2,...,x13]。

      1.2 自編碼網(wǎng)絡(luò)

      自編碼網(wǎng)絡(luò)(AE)是一個(gè)2層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),第一層稱為編碼層C(.),第二層稱為解碼層G(.)。AE由輸入層、單隱層和輸出層組成,其基本結(jié)構(gòu)如圖1顯示。AE利用編碼器C(.)將輸入數(shù)據(jù)x編碼成C(x),再由解碼器G(.)從C(x)中解碼重構(gòu),表示為R(x)=G[C(x)],然后通過最小化重構(gòu)誤差L[R(x),x]進(jìn)行模型訓(xùn)練。

      C(.):編碼層;G(.):解碼層;x:輸入數(shù)據(jù);R(x)、C(x):x的編碼。圖1 自編碼網(wǎng)絡(luò)的基本結(jié)構(gòu)Fig.1 Basic structure of auto-encoder network

      1.3 基于深度自編碼網(wǎng)絡(luò)的黃瓜病害預(yù)測

      由于導(dǎo)致黃瓜病害發(fā)生的因素復(fù)雜多樣,而且很多因素之間相互作用,這使現(xiàn)有的很多農(nóng)作物病害預(yù)測系統(tǒng)不能有效地應(yīng)用于黃瓜的病害預(yù)測。為此,構(gòu)建一種基于深度AE(DAE)的黃瓜病害預(yù)測模型,該模型由3個(gè)AE網(wǎng)絡(luò)和1個(gè)分類器組成。每一個(gè)AE網(wǎng)絡(luò)的輸入和輸出節(jié)點(diǎn)數(shù)均為13,其形式與由黃瓜病害信息組成的特征向量一致。輸入的每一個(gè)節(jié)點(diǎn)對應(yīng)特征向量X的一個(gè)分量,輸出節(jié)點(diǎn)也與特征向量X的分量形式一一對應(yīng)[19]。

      DAE是深度學(xué)習(xí)中的一種快速學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò),利用DAE學(xué)習(xí)到的特征向量代替原始的特征向量,輸入到分類器中進(jìn)行模式分類(即病害等級預(yù)測),能夠極大提高數(shù)據(jù)分類的精確度。DAE的求解過程是通過迭代逼近求得隱層權(quán)重W的過程。因輸入特征向量的每個(gè)分量都已進(jìn)行歸一化處理,故采用Sigmoid函數(shù)作為隱層的變換核函數(shù):

      (2)

      式中,x和b分別為輸入數(shù)據(jù)和偏置,W為隱層權(quán)重,z為x的線性組合,T表示矩陣轉(zhuǎn)置。

      求得隱層權(quán)重W后,再通過核函數(shù)fW(z)進(jìn)行非線性特征變換。由于DAE的學(xué)習(xí)功能是挖掘病害發(fā)生環(huán)境信息數(shù)據(jù)樣本的深層特征,而不提供對新樣本的預(yù)測分類,所以需要設(shè)計(jì)一種分類器預(yù)測作物病害。

      對于分類或預(yù)測問題,需要為基于DAE的預(yù)測模型提供有標(biāo)簽的學(xué)習(xí)樣本集。當(dāng)分類器通過學(xué)習(xí)獲得分類能力后,利用該分類器對新輸入的特征樣本進(jìn)行分類或預(yù)測。本研究用Softmax模型[25-26]構(gòu)建分類器,具體如下:

      第一,構(gòu)建訓(xùn)練集。假設(shè)病害環(huán)境信息的特征向量x經(jīng)公式(2)中的函數(shù)變換后得到的新向量仍記為x。根據(jù)數(shù)據(jù)庫中的先驗(yàn)知識對第i個(gè)特征向量設(shè)定的類別標(biāo)簽(即對應(yīng)的病害等級)為y(i)∈{0,1,2,3},其值分別代表病害預(yù)測模型要輸出的4種預(yù)測結(jié)果,由此得到有標(biāo)簽學(xué)習(xí)向量集:L={(x1,y1),(x2,y2),...,(xm,ym)},m為待預(yù)測的特征向量數(shù)。

      第二,求解預(yù)測分類器。對于給定的訓(xùn)練樣本集L,針對第j類估算概率值p=(y=j|x),由此定義一個(gè)概率函數(shù)Hm(x)為:

      (3)

      式中,θ1,θ2,...,θk為需要求解的預(yù)測模型參數(shù)向量,i=1,2,...,m,j=0,1,2,3,T表示矩陣轉(zhuǎn)置,p表示條件概率,即輸入的特征向量對應(yīng)每一種病害發(fā)生的概率。

      同樣地,定義一個(gè)代價(jià)函數(shù)E(θ)為:

      (4)

      式中,m為待預(yù)測的特征向量數(shù),i=1,2,...,m,j=0,1,2,3。T表示矩陣轉(zhuǎn)置,1{·}表示函數(shù),即1{值為真的表達(dá)式}=1。

      通過迭代確定參數(shù)θ1,θ2,...,θk,即可得到預(yù)測模型的分類器。

      在以上分析結(jié)果的基礎(chǔ)上,給出基于DAE病害預(yù)測模型的流程圖(圖2)。在病害預(yù)測中,首先只對與病害發(fā)生相關(guān)的環(huán)境信息數(shù)據(jù)進(jìn)行歸納,通過設(shè)計(jì)基于DAE的學(xué)習(xí)模型,自動從無標(biāo)簽的環(huán)境信息特征向量中發(fā)現(xiàn)共性特征,用于表征病害發(fā)生狀態(tài),然后通過僅對少量病害特征向量進(jìn)行類別標(biāo)記,作為分類器訓(xùn)練有標(biāo)簽數(shù)據(jù)集的輸入樣本,最終形成預(yù)測實(shí)際病害發(fā)生的預(yù)測模型。因此,本研究提出的病害預(yù)測模型是一種半監(jiān)督學(xué)習(xí)模型。單個(gè)AE網(wǎng)絡(luò)的預(yù)訓(xùn)練是對輸入數(shù)據(jù)編碼和解碼的重建過程,可以采用貪心算法對每個(gè)AE網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行預(yù)訓(xùn)練和逐層反向迭代。首先計(jì)算每層輸入數(shù)據(jù)與權(quán)值生成的新數(shù)據(jù)并傳遞到下一層,然后與相同的權(quán)值結(jié)合生成重構(gòu)數(shù)據(jù),映射回輸入層,通過不斷縮小輸入數(shù)據(jù)與重構(gòu)數(shù)據(jù)之間的誤差,訓(xùn)練每層網(wǎng)絡(luò)。預(yù)測模型中各層AE網(wǎng)絡(luò)都先經(jīng)過預(yù)訓(xùn)練,再通過反向迭代誤差對整個(gè)模型的權(quán)值進(jìn)行微調(diào)。

      圖2 基于深度自編碼網(wǎng)絡(luò)的病害預(yù)測模型流程圖Fig.2 Flowchart of disease forecasting model based on deep auto-encoder network

      2 結(jié)果與分析

      在實(shí)際訓(xùn)練過程中,試驗(yàn)環(huán)境為Matlab 2012a,從數(shù)據(jù)庫中選擇2011-2016年黃瓜3種病害(霜霉病、褐斑病和炭疽病)的環(huán)境信息,組成環(huán)境信息特征向量,作為試驗(yàn)數(shù)據(jù)。在試驗(yàn)過程中,需要整理2類學(xué)習(xí)集:(1)用于確定公式(2)中f(z)的特征學(xué)習(xí)集,從全部特征向量集中隨機(jī)選擇50 000個(gè)特征向量作為特征學(xué)習(xí)集樣本;(2)用于確定Softmax分類模型參數(shù)的分類學(xué)習(xí)集,設(shè)定分類學(xué)習(xí)集樣本規(guī)模為10 000,分類學(xué)習(xí)集要為每個(gè)特征向量設(shè)置類別標(biāo)簽。其中5 000個(gè)樣本用于訓(xùn)練Softmax模型分類器,剩余的5 000個(gè)樣本用于驗(yàn)證預(yù)測模型的性能。特征學(xué)習(xí)的迭代上限設(shè)置為400,并基于學(xué)習(xí)后得到的特征對Softmax模型分類器進(jìn)行訓(xùn)練,然后在測試集上驗(yàn)證預(yù)測模型的分類性能。預(yù)測結(jié)果如表1顯示,為了表明此方法的有效性,表1中還給出了基于強(qiáng)模糊支持向量機(jī)(SFSVM)[24]和基于BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(BPNN)[25]的黃瓜病害預(yù)測結(jié)果。

      表1顯示,基于DAE黃瓜病害預(yù)測模型的預(yù)測正確率遠(yuǎn)高于其他2種預(yù)測模型,其主要原因是,基于DAE的預(yù)測模型能夠模仿人思考、學(xué)習(xí)和總結(jié)經(jīng)驗(yàn)的過程,能夠從病害發(fā)生的環(huán)境信息中深度挖掘分類和預(yù)測特征,并根據(jù)所獲取的特征信息進(jìn)行判斷和推理,從而得到較好的預(yù)測結(jié)果。預(yù)測結(jié)果表明,DAE模型在基于環(huán)境信息的農(nóng)作物病害預(yù)測中具有良好的特征學(xué)習(xí)性能。

      表1基于3種方法對3種黃瓜病害預(yù)測的正確率和方差

      Table1Forecastingcorrectrateandvarianceofthreediseasesofcucumberbythreemethods

      病害正確率(%)SFSVMBPNNDAE霜霉病62.34±1.4771.22±1.6185.26±1.27褐斑病66.58±1.8273.17±1.3486.05±1.43炭疽病71.25±1.6473.83±1.5387.17±1.52

      SFSVM:強(qiáng)模糊支持向量機(jī);BPNN:BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò);DAE:深度自編碼網(wǎng)絡(luò)。

      3 討 論

      基于深度學(xué)習(xí)的認(rèn)知機(jī)理,探討了深度學(xué)習(xí)在農(nóng)作物病害預(yù)測中的應(yīng)用,提出了一種基于DAE的農(nóng)作物病害預(yù)測模型。該模型能夠挖掘農(nóng)作物生長的環(huán)境信息與病害發(fā)生、發(fā)展之間的深層聯(lián)系,實(shí)現(xiàn)了基于環(huán)境信息的病害預(yù)測,并與經(jīng)典的基于SFSVM和BPNN預(yù)測方法的結(jié)果進(jìn)行了比較。試驗(yàn)結(jié)果表明,基于DAE的預(yù)測模型能夠較好地預(yù)測農(nóng)作物病害,尤其在基于農(nóng)業(yè)物聯(lián)網(wǎng)大數(shù)據(jù)的背景下,能夠更好地挖掘農(nóng)作物生長的海量環(huán)境信息,提高環(huán)境信息大數(shù)據(jù)的應(yīng)用效果。本研究僅是農(nóng)作物病害預(yù)測預(yù)報(bào)系統(tǒng)中的數(shù)據(jù)挖掘及模式分類核心模塊的研究工作之一,其更重要的研究價(jià)值在于基于DAE的學(xué)習(xí)機(jī)理可在并行計(jì)算網(wǎng)絡(luò)上構(gòu)建深度學(xué)習(xí)網(wǎng)絡(luò),下一步的研究工作旨在構(gòu)建一個(gè)利用農(nóng)業(yè)物聯(lián)網(wǎng)采集的海量環(huán)境信息預(yù)測病害發(fā)生的預(yù)測預(yù)報(bào)系統(tǒng)。

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