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    馬鞍山地區(qū)耳聾相關(guān)基因變異分析

    2018-04-19 02:24:09王棟魏澄章雪芹胡曉武
    中華耳科學(xué)雜志 2018年1期
    關(guān)鍵詞:耳聾基因型變異

    王棟魏澄 章雪芹 胡曉武

    1馬鞍山市臨床檢驗(yàn)中心,馬鞍山市立醫(yī)療集團(tuán)(馬鞍山243000)

    2馬鞍山市婦幼保健院,馬鞍山市立醫(yī)療集團(tuán)(馬鞍山243000)

    耳聾是人類的常見疾病之一,與遺傳因素密切相關(guān)[1]。遺傳性耳聾分為綜合征型和非綜合征型,其中70%為非綜合征型。非綜合征型耳聾可以分為常染色體顯性(DFNA,15-20%)、常染色體隱性(DFNB,80%)、性連鎖(DFNX-linked、DFNY-linked,1%)和線粒體遺傳性耳聾(<1%)四類[2]。迄今為止,超過200個(gè)綜合征型和非綜合征型耳聾基因被發(fā)現(xiàn),但仍有大量的遺傳性耳聾致病基因不明確,而多數(shù)耳聾基因突變極為罕見,只在單個(gè)或極少數(shù)的家庭中被報(bào)道[1]。

    馬鞍山市婦幼保健院兒保科聽力篩查中心對(duì)6060例新生兒進(jìn)行DPOAE+AABR聯(lián)合聽力篩查,經(jīng)聽力學(xué)診斷,聽力異常58例,聽力損失檢出率為9.57‰(58/6060)[3]。同時(shí)遺傳性耳聾基因篩查是新生兒聽力篩查很好的補(bǔ)充,有助于遲發(fā)性耳聾的早期發(fā)現(xiàn)及預(yù)防[4]。為了解地區(qū)人群中的耳聾相關(guān)基因位點(diǎn)變異信息,為聽力損失的遺傳學(xué)成因分析提供參考依據(jù),本文通過檢出馬鞍山地區(qū)人群中GJB2、GJB3、SLC26A4和MT-RNR1基因位點(diǎn)的變異,分析各變異的頻率和基因型分布,探索聽力損失與正常聽力人群中的頻率分布差異,研究位點(diǎn)變異與聽力損失間的關(guān)系。本文參照HGVS命名規(guī)范[5-6]來描述所有的基因變異,其中c.512insAACG[7]描述為 c.508_511dup,605ins46[8]描述為c.559_604dup。

    1 資料與方法

    1.1 研究對(duì)象

    2014年12月-2017年2月于馬鞍山市臨床檢驗(yàn)中心接受遺傳性耳聾基因芯片檢測(cè)的共2705名受檢者,包括馬鞍山市婦幼保健院及市人民醫(yī)院出生的新生兒2633名,市婦幼保健院兒??坡犃Y查中心門診的嬰幼兒及成人72名。新生兒的平均日齡為3.31±1.02天,門診嬰幼兒及成人的年齡1月至29歲不等,年齡中位數(shù)為3個(gè)月。男性共1439名,女性共1266名。經(jīng)聽力學(xué)評(píng)估確診為聽力損失的共58名。經(jīng)Sanger測(cè)序檢測(cè)的受檢者共386名,其中GJB2基因測(cè)序的有277名,GJB3基因測(cè)序的有46名,SLC26A4基因測(cè)序的有97名,MT-RNR1基因測(cè)序的有76名,部分受檢者對(duì)兩個(gè)及兩個(gè)以上的基因進(jìn)行測(cè)序。所有受檢者均已簽署知情同意書。

    1.2 方法

    1.2.1 標(biāo)本的采集及處理

    新生兒受檢者采集足跟血,門診受檢者采集2mLEDTA抗凝全血后,在空白濾紙片上制成血斑標(biāo)本。人基因組DNA提取采用北京天根生化科技有限公司的干血斑基因組DNA提取試劑盒,操作步驟參照說明書進(jìn)行。

    1.2.2 熱點(diǎn)致病變異的檢測(cè)

    應(yīng)用博奧生物有限公司的晶芯九項(xiàng)遺傳性耳聾基因檢測(cè)試劑盒(微陣列芯片法)檢測(cè)中國人群中的四個(gè)耳聾相關(guān)基因上的九個(gè)熱點(diǎn)致病變異,即GJB2c.35del、c.176_191del、c.235del、c.299_300del,GJB3c.538C>T,SLC26A4c.919-2A>G、c.2168A>G,MT-RNR1m.1494C>T、m.1555A>G。配合芯片洗干儀、微陣列芯片掃描儀和判別軟件對(duì)芯片進(jìn)行清洗、掃描和結(jié)果判讀。對(duì)判讀結(jié)果中的所有陽性標(biāo)本和隨機(jī)挑選的部分陰性標(biāo)本,送至北京博奧晶典生物技術(shù)有限公司進(jìn)行Sanger法測(cè)序驗(yàn)證。

    1.2.3 其它位點(diǎn)變異的檢測(cè)

    參考四個(gè)耳聾相關(guān)基因的NCBI參考序列,對(duì)測(cè)序結(jié)果的所有序列文件進(jìn)行MegAlign比對(duì),去除測(cè)序帶來的前后段差異,截選中段的一致序列作為每個(gè)基因的可監(jiān)測(cè)區(qū)域。選擇野生型作為參考峰圖,應(yīng)用Mutation Surveyor 2.28軟件查找其余峰圖中的位點(diǎn)變異。位點(diǎn)變異及其臨床表征參考NC?BIdbSNP數(shù)據(jù)庫Build 141(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp)和耳聾變異數(shù)據(jù)庫Version 8(http://deafness?variationdatabase.org)。應(yīng)用的其他生物信息學(xué)軟件包括 Chromas 2.11、DNA STAR 7.10和 DNA?MAN8。

    1.2.4 數(shù)據(jù)分析及統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

    最小等位基因頻率MAF計(jì)算的是總樣本群體中的不常見等位基因的發(fā)生頻率,計(jì)算公式為MAF=(低頻純合子×2+雜合子)/(總樣本數(shù)×2)。總樣本群體不區(qū)分聽力表型,僅區(qū)分基因型,相同基因型的聽力損失組與正常聽力組人數(shù)相加。總樣本群體是否符合Hardy-Weinberg平衡采用卡方檢驗(yàn),P>0.05表示符合。應(yīng)用SPSS 19.0軟件,比較兩組間的熱點(diǎn)致病變異檢出率,采用校正卡方檢驗(yàn);應(yīng)用SHEsis軟件分析各位點(diǎn)變異的基因型頻率組間差異,采用Fisher精確檢驗(yàn);應(yīng)用Haploview 4.2軟件分析連鎖不平衡,rs2274084和rs2274083的單體型分布頻率組間差異采用卡方檢驗(yàn);P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

    1.2.5 聽力學(xué)診斷及分組

    采用美國智聽公司HIS SmartEP誘發(fā)電位儀和美國GSI-39中耳分析儀進(jìn)行雙耳ABR和聲導(dǎo)抗檢查。其中新生兒聽力檢查采用DPOAE+AABR聯(lián)合篩查,連續(xù)兩次未通過DPOAE和/或AABR篩查者,無論是單雙耳均進(jìn)行聽力學(xué)診斷[3-4]。將ABR V波閾值>30dB nHL納入聽力損失組,其余歸為正常聽力組。

    2 結(jié)果

    2.1 熱點(diǎn)致病變異與聽力損失間的關(guān)系

    聽力損失組的熱點(diǎn)致病變異檢出率達(dá)24.14%(14/58),遠(yuǎn)高于正常聽力組的檢出率5.21%(138/2647),同時(shí)熱點(diǎn)致病變異被檢出者的聽力損失檢出率達(dá)9.21%(14/152),高于未被檢出者的檢出率1.72%(44/2553),差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.000<0.001),見表1。

    2.2 熱點(diǎn)致病變異的等位基因頻率、基因型分布及組間頻率差異

    大多數(shù)熱點(diǎn)致病變異的基因型分布都符合Hardy-Weinberg平衡,盡管受檢者完全一致,但GJB2c.235del分布并不符合H-W平衡(P=0.000<0.001)。剔除門診受檢者后以新生兒統(tǒng)計(jì),P=0.028,仍然不符合。一方面可能是由于72名門診受檢者中有7名c.235del雜合和2名c.235del純合,另一方面可能是c.235del本身在受檢者中具有較高比例變異的原因。

    九個(gè)熱點(diǎn)致病變異中GJB2c.235del的檢出率最高,約占檢出總數(shù)的46.05%(70/152),其次是SLC26A4c.919-2A>G,約占 24.34%(37/152),未檢出GJB2c.35del和MT-RNR1m.1494C>T。同時(shí)檢出2名GJB2c.235delC并SLC26A4c.919-2A>G雙雜合,1名SLC26A4c.919-2A>G雜合并MT-RNR1m.1555A>G均質(zhì)。GJB2基因變異約占熱點(diǎn)致病變異總數(shù)的58.06%(90/155),其次是SLC26A4基因,約占27.74%(43/155)。

    熱點(diǎn)致病變異中,雜合型變異較純合型多見,多數(shù)分布在聽力正常人群中。4名GJB2c.235del純合型都被確診為聽力損失。3名MT-RNR1m.1555A>G均質(zhì)型和7名異質(zhì)型都未發(fā)生聽力損失,對(duì)氨基糖苷類藥物敏感性個(gè)體及其母系親屬的預(yù)防宣教,成為預(yù)防其發(fā)生聽力損失的一種有效手段。GJB2c.176_191del和c.235del基因型頻率的組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.022<0.05、P=0.000<0.001),見表2。

    2.3 四個(gè)耳聾相關(guān)基因其他位點(diǎn)的變異

    2.3.1GJB2基因其他位點(diǎn)變異的基因頻率、基因型分布及組間差異

    參考NM_004004.5,對(duì)277名GJB2基因測(cè)序的序列結(jié)果進(jìn)行比對(duì),得到GJB2基因可監(jiān)測(cè)區(qū)域?yàn)槠湔麄€(gè)編碼序列1-681bp,除4個(gè)熱點(diǎn)致病變異外,其上共檢出14個(gè)其他位點(diǎn)變異,見圖1。

    表1 熱點(diǎn)致病變異與聽力損失間的關(guān)系(n=2705)Table 1 Relationship between hotspotpathogenic variationsand hearing loss(n=2705)

    圖1 GJB2基因可監(jiān)測(cè)區(qū)域上的各位點(diǎn)變異(斜線框表示可監(jiān)測(cè)區(qū)域,下文同)Fig.1 Site variationson the detectable region of GJB2(Slash box stands for the detectable region.The follow ing are the same)

    圖2 GJB3基因可監(jiān)測(cè)區(qū)域上的各位點(diǎn)變異Fig.2 Site variationson the detectable region of GJB3

    各位點(diǎn)都符合Hardy-Weinberg平衡。c.79G>A和c.341A>G的MAF高于20%,以常見多態(tài)的形式存在于人群中,組間頻率差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.630>0.05,P=0.541>0.05)。c.109G>A的MAF高于5%,基因型頻率組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.000<0.001),與耳聾變異數(shù)據(jù)庫中的變異類型相吻合。3名c.109G>A純合型都被確診為聽力損失。c.608T>C的MAF高于1%,雜合型在兩組間的人數(shù)分布大致相當(dāng),組間頻率差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.451>0.05),見表3。

    c.368C>A和c.478G>A僅在正常聽力組中檢出,c.282C>T、c.283G>A、c.427C>T、c.508_511dup、c.559_604dup、c.571T>C和c.598G>A僅在聽力損失組中檢出,除c.368C>A外,這些位點(diǎn)的MAF都不大于0.5%,F(xiàn)isher精確檢驗(yàn)P值都大于0.05,組間基因型頻率無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,表4列出了帶有這些少見變異的不同GJB2基因型。結(jié)合表3中的變異類型,對(duì)有c.257C>G、c.283G>A、c.427C>T、c.559_604dup和c.598G>A變異的聽力損失患者,建議其父母進(jìn)行相關(guān)位點(diǎn)檢測(cè),以明確該復(fù)合雜合是順式還是反式,便于對(duì)耳聾病因做出合理的解釋。

    對(duì)常見多態(tài)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析時(shí),發(fā)現(xiàn)c.79G>A(rs2274084)和 c.341A>G(rs2274083)的 D’=0.948、r2=0.604,說明存在較弱的連鎖不平衡,但各單體型頻率組間差異都無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(卡方檢驗(yàn)的P值都大于0.05),見表5。

    2.3.2GJB3基因其他位點(diǎn)變異的基因頻率、基因型分布及組間差異

    參考NM_024009.2,對(duì)46名GJB3基因測(cè)序的序列結(jié)果進(jìn)行比對(duì),得到GJB3基因可監(jiān)測(cè)區(qū)域?yàn)槠渚幋a序列后半部分區(qū)域211-813bp,除1個(gè)熱點(diǎn)致病變異外,其上僅檢出c.357C>T,見圖2。

    c.357C>T是同義變異,不影響氨基酸組成,屬于良性變異,其MAF大于10%,屬于常見SNP位點(diǎn),符合Hardy-Weinberg平衡,組間頻率差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.809>0.05),見表6。

    2.3.3SLC26A4基因其他位點(diǎn)變異的基因頻率、基因型分布及組間差異

    SLC26A4基因測(cè)序的有97名,測(cè)序結(jié)果共104條。參考NG_008489.1,對(duì)其中的75條序列進(jìn)行比對(duì),得到SLC26A4基因的第一段可監(jiān)測(cè)區(qū)域?yàn)?號(hào)外顯子、7號(hào)內(nèi)含子和8號(hào)外顯子全段(27568-27903bp),對(duì)其余的29條序列進(jìn)行比對(duì),得到第二段可監(jiān)測(cè)區(qū)域?yàn)?9號(hào)外顯子全段(54420-54565bp),除2個(gè)熱點(diǎn)致病變異外,僅檢出c.919-18T>G,見圖3。

    圖3 SLC26A4基因可監(jiān)測(cè)區(qū)域上的各位點(diǎn)變異(網(wǎng)格框表示外顯子)Fig.3 Site variationson the detectable region of GJB3(Grid box stands for theexon)

    c.919-18T>G 的 MAF小于 1%,符合 Har?dy-Weinberg平衡,組間頻率差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.000<0.001),見表7。

    2.3.4MT-RNR1基因其他位點(diǎn)變異的基因頻率、基因型分布及組間差異

    圖4 MT-RNR1基因可監(jiān)測(cè)區(qū)域上的各位點(diǎn)變異Fig.4 Site variationson the detectable region of MT-RNR1 RNR1是線粒體基因,線粒體屬于母系遺傳,因

    參考NC_012920.1,對(duì)76名MT-RNR1基因測(cè)序的序列結(jié)果進(jìn)行比對(duì),得到MT-RNR1基因可監(jiān)測(cè)區(qū)域?yàn)槠渚幋a序列后半段1333-1601bp,除2個(gè)熱點(diǎn)致病變異外,其上共檢出6個(gè)其他位點(diǎn)變異,見圖4。此不能使用Hardy-Weinberg平衡校驗(yàn)所選群體是否具有代表性。除m.1438A>G外,各變異的檢出人數(shù)僅1-2名,F(xiàn)isher精確檢驗(yàn)P值都大于0.05,基因型分布組間差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,變異以均質(zhì)和良性多見,但考慮到各變異的檢出人數(shù)極少,可能存在著個(gè)例,判斷可能會(huì)有失真。m.1438中的A是祖先型等位,G是新生型等位,人群中以新生型等位為主,見表8。

    3 討論

    新生兒聽力篩查擁有良好的基礎(chǔ)設(shè)施和隨訪機(jī)制,為遺傳性耳聾基因篩查的實(shí)施提供了較多的便利,從而實(shí)現(xiàn)兩者的聯(lián)合篩查。新生兒聽力及耳聾基因聯(lián)合篩查的實(shí)施,將為減少我國耳聾殘疾人做出重要的貢獻(xiàn)[9]。本文研究對(duì)象都是馬鞍山市臨床檢驗(yàn)中心遺傳性耳聾基因篩查的受檢者,且都在馬鞍山市婦幼保健院兒??坡犃Y查中心進(jìn)行了新生兒聽力篩查或者聽力學(xué)診斷。受檢者中有2633名新生兒,占總數(shù)的97.3%(2633/2705),門診中有部分嬰幼兒是在42天復(fù)篩未通過時(shí)進(jìn)行的遺傳性耳聾基因篩查,有部分是2-6個(gè)月行聽力診斷時(shí)進(jìn)行的,因此可以說本文研究人群就是馬鞍山地區(qū)的新生兒,是基于新生兒個(gè)體的群體分析,受家系影響成分非常小。且除GJB2c.235del外的其余各變異的基因型分布都符合Hardy-Weinberg平衡,說明本研究選擇的樣本具有群體代表性。

    表2 熱點(diǎn)致病變異的最小等位基因頻率、基因型分布及組間頻率差異(n=2705)Table2 The MAF of hot spot pathogenic variations,distribution of genotypes and differences in genotype frequencies bet ween two groups(n=2705)

    表3 GJB2基因其他位點(diǎn)變異的最小等位基因頻率、基因型分布及組間頻率差異(n=277)Table3 The MAF of other site variations in GJB2,distribution of genotypes and differences in genotype frequencies bet ween two groups(n=277)

    本文采用的是多重等位基因特異性PCR結(jié)合基因芯片法,同時(shí)檢出GJB2、GJB3、SLC26A4和MT-RNR1基因上的九個(gè)熱點(diǎn)致病變異,具有大規(guī)模、快速和高通量等特點(diǎn)。受檢者人群的熱點(diǎn)致病變異總檢出率達(dá)5.62%(152/2705),與江浙一帶報(bào)道的比較接近[10]。將ABR V波閾值高于30dB nHL定義為聽力損失組,發(fā)現(xiàn)聽力損失組的熱點(diǎn)致病變異檢出率24.14%(14/58)高于正常聽力組的5.21%(138/2647),熱點(diǎn)致病變異被檢出者的聽力損失檢出率9.21%(14/152)高于未被檢出者的1.72%(44/2553),說明致病熱點(diǎn)發(fā)生變異更容易發(fā)生聽力損失,即基因變異是新生兒聽力受損的一個(gè)重要因素。

    表4 GJB2基因型的個(gè)例Table 4 GJB2 genotype case-by-case

    表5 rs2274084和rs2274083的單體型分布(n=277)Table 5 Distribution of haplotype of rs2274084 and rs2274083(n=277)

    表6 GJB3基因其他位點(diǎn)變異的最小等位基因頻率、基因型分布及組間頻率差異(n=46)Table6 TheMAF of other site variation in GJB3,distribution of genotypes and differences in genotype frequencies bet ween two groups(n=46)

    表7 SLC26A4基因其他位點(diǎn)變異的最小等位基因頻率、基因型分布及組間頻率差異(n=75)Table 7 The MAF of other site variation in SLC26A4,distribution of genotypesand differences in genotype frequencies bet ween two groups(n=75)

    在九個(gè)熱點(diǎn)致病變異中GJB2c.235del的檢出率最高,符合GJB2基因在各個(gè)民族和地區(qū)間的突變分布,東亞人群以c.235del最為多見,而白種人群和阿拉伯人群中則以c.35del為最常見[11]。本文未檢出GJB2c.35del,可能存在人種、地域等因素。SLC26A4c.919-2A>G的檢出率其次,該剪切位點(diǎn)突變是中國前庭水管擴(kuò)大(EVA)患者中最常見的突變方式[11],大前庭水管綜合征(LVAS)可從出生后至青春期這一年齡段內(nèi)任何時(shí)期開始起病,但多數(shù)為出生后幾年內(nèi)發(fā)病[12]。對(duì)SLC26A4基因突變者的定期隨訪,結(jié)合病史資料、顳骨CT或MRI的影像學(xué)檢查以及聽力學(xué)檢查,以期早發(fā)現(xiàn)早診斷。MT-RNR1基因致病變異[13-14]的檢出,明確了氨基糖苷類藥物敏感性個(gè)體。本文未檢出MT-RNR1m.1494C>T,其產(chǎn)生的U-A堿基對(duì)與MT-RNR1m.1555A>G產(chǎn)生的C-G堿基對(duì)在12SrRNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)上有相似的致病機(jī)制[13],可能是地域、家族等因素使得某種選擇沒有被人群固定下來。近年來,隨著人們對(duì)藥物性致聾認(rèn)知的提高,無氨基糖苷類抗生素用藥史的敏感個(gè)體就不會(huì)導(dǎo)致耳聾,出生人口質(zhì)量得以提升,醫(yī)務(wù)工作者的積極宣傳,成為預(yù)防耳聾發(fā)生的有效手段。目前,在九個(gè)熱點(diǎn)致病變異中,僅發(fā)現(xiàn)GJB2176_191del和GJB2c.235del在聽力損失組中有更高的基因型頻率。純合或復(fù)合雜合是造成患者先天性聽力損失的主要病因,對(duì)單雜合者的隨訪和調(diào)查,可能將有因發(fā)現(xiàn)遲發(fā)性耳聾所導(dǎo)致的基因型頻率分布的改變。由于本文所有受檢者的隨訪時(shí)間點(diǎn)并不完全一致,主要是追隨新生兒出生時(shí)間,因此,在比較組間基因型頻率時(shí),部分受檢者尚未考慮到遲發(fā)性耳聾的因素。

    測(cè)序技術(shù)是對(duì)微陣列芯片法的有效補(bǔ)充,在確保芯片結(jié)果準(zhǔn)確的同時(shí),對(duì)測(cè)序結(jié)果有效地分析,還有助于發(fā)現(xiàn)其他位點(diǎn)變異,尤其是在聽力損失患者的耳聾相關(guān)基因中。針對(duì)Sanger測(cè)序法,可以用可監(jiān)測(cè)區(qū)域內(nèi)已檢出的變異位點(diǎn)總數(shù)/(可監(jiān)測(cè)區(qū)域序列總長度×檢測(cè)人數(shù))來衡量人群中的某一基因或某一區(qū)段是否容易發(fā)生變異。對(duì)前述的四個(gè)基因的可監(jiān)測(cè)區(qū)域分析發(fā)現(xiàn),GJB2編碼序列和MT-RNR1基因的后段比較容易發(fā)生變異,而GJB2基因上發(fā)生可能致病或致病變異的風(fēng)險(xiǎn)更高。因此,在基于更廣泛人群的測(cè)序檢驗(yàn)或研究時(shí),針對(duì)GJB2基因的分析是尋找耳聾成因較理想的選擇。

    除熱點(diǎn)致病變異外,本文共檢出22個(gè)其他位點(diǎn)的變異。其中常見多態(tài)有GJB2c.79G>A、GJB2c.341A>G和GJB3c.357C>T,遍布在聽力損失和正常聽力人群中,各基因型分布無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,關(guān)聯(lián)分析中rs2274084和rs2274083的單體型分布也無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。GJB2c.109G>A的MAF比較高,3名純合型均被確診為聽力損失,其左/右耳ABR反應(yīng)閾分別為40/60、40/30和50/40dB nHL,雜合型在聽力損失和正常聽力人群中都有分布,推測(cè)該變異可能屬于常染色體隱性遺傳,其基因型分布在兩組人群中有顯著差異。GJB2c.109G>A與致病位點(diǎn)形成復(fù)合雜合的共有12名,其中8名是聽力損失患者,文獻(xiàn)報(bào)道c.109G>A復(fù)合雜合相關(guān)的聽力損失程度多為輕中度[15]。

    GJB2基因的c.257C>G、c.282C>T、c.283G>A、c.427C>T、c.478G>A、c.508_511dup、c.559_604dup、c.571T>C和c.598G>A,以及SLC26A4c.919-18T>G和MT-RNR1m.1557A>C,這些變異的MAF<1%,屬于少見變異。GJB2基因的c.368C>A和c.608T>C,以及MT-RNR1基因的 m.1382A>C、m.1438A>G、m.1442G>A、m.1541G>A和m.1598G>A,這些變異的MAF在1%-3%左右,基于測(cè)序人數(shù)有限,本文將它們也歸于少見變異。其中MT-RNR1m.1438在人群中主要是以新生型等位為主。上述的18個(gè)少見變異中僅發(fā)現(xiàn)GJB2c.283G>A和SLC26A4c.919-18T>G的基因型分布差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。同時(shí),GJB2基因的 c.368C>A 和 c.478G>A,以及MT-RNR1基 因 的 m.1442G>A、m.1541G>A、m.1557A>C和m.1598G>A,這些僅在正常聽力組中被 檢 出 。GJB2基 因 的 c.282C>T、c.283G>A、c.427C>T、c.508_511dup、c.559_604dup、c.571T>C和c.598G>A,以及SLC26A4c.919-18T>G,這些僅在聽力損失組中被檢出。不過,由于多個(gè)少見變異的檢出人數(shù)僅1-2名,且都是僅在聽力損失組中檢出,統(tǒng)計(jì)學(xué)誤差可能較大。今后隨著檢測(cè)樣本的逐漸增加,也考慮對(duì)病例組和對(duì)照組同時(shí)進(jìn)行H-W平衡計(jì)算,以確保兩個(gè)組群都有代表性,這樣得到的結(jié)果可能會(huì)更趨于準(zhǔn)確。

    表8 MT-RNR1基因其他位點(diǎn)變異的最小等位基因頻率、基因型分布及組間頻率差異(n=76)Table8 TheMAF of other site variations in MT-RNR1,distribution of genotypesand differences in genotype frequencies between two groups(n=76)

    從MAF中可以得知各變異的稀有程度,結(jié)合不同表型人群中各變異的不同分布,探索疾病組中各變異的存在模式,為發(fā)現(xiàn)可能的致病病因找到依據(jù)。變異方式有同義變異、錯(cuò)義變異、無義變異、插入、缺失等,本文檢出的除c.282C>T和c.357C>T是同義變異外,多為錯(cuò)義變異,尤其是在GJB2基因上。生物信息學(xué)軟件提供了對(duì)錯(cuò)義變異所致氨基酸結(jié)構(gòu)改變的算法分析[16],但在研究變異致病性的時(shí)候,更需要結(jié)合臨床實(shí)際的表型信息,還需要基于家系,了解變異的遺傳類型。本文僅單純地以ABRV波閾值高于30dBnHL劃分了聽力表型,并未細(xì)分到具體的聽力損失程度、類型和發(fā)生時(shí)間等,因此在細(xì)究單一位點(diǎn)變異與聽力損失表型關(guān)聯(lián)時(shí),存在著分析的局限性,在評(píng)估變異致病性時(shí),應(yīng)當(dāng)參考權(quán)威數(shù)據(jù)庫。本文從區(qū)域群體基因變異分布及差異的角度,試圖了解各位點(diǎn)變異在地區(qū)人群中的特點(diǎn),在評(píng)估地區(qū)個(gè)體基因變異時(shí)給出更多的風(fēng)險(xiǎn)參考。精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)倡導(dǎo)的是個(gè)體化服務(wù),基于個(gè)體基因特征、生存環(huán)境及生活習(xí)慣,大范圍群體的數(shù)據(jù)調(diào)查統(tǒng)計(jì),最終都將被應(yīng)用在個(gè)體服務(wù)上。在評(píng)估個(gè)體表型時(shí),基因變異可能僅僅只是一個(gè)風(fēng)險(xiǎn)因素。

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