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    胰腺占位性病灶細(xì)針穿刺活檢標(biāo)本中ppENK和TFPI-2基因甲基化檢測(cè)的可行性及其應(yīng)用

    2018-03-15 02:00:00劉臣海呂向微
    關(guān)鍵詞:水浴鍋占位性胰腺癌

    齊 燦,黃 強(qiáng),劉臣海,呂向微,劉 振,汪 超

    目的檢測(cè)胰腺組織ppENK和TFPI-2基因甲基化狀態(tài),探討胰腺占位性病灶細(xì)針穿刺活檢標(biāo)本中ppENK和TFPI-2基因甲基化檢測(cè)的可行性及其應(yīng)用。方法采用重亞硫酸鹽測(cè)序PCR(BSP)法檢測(cè)86例胰腺占位性病變組織中ppENK和TFPI-2基因啟動(dòng)子區(qū)CPG島的甲基化狀態(tài),采用單因素及多因素回歸Logistic回歸分析ppENK基因和TFPI基因甲基化檢測(cè)的診斷價(jià)值,以及EUS-FNA聯(lián)合基因甲基化檢測(cè)在胰腺占位性病變中的診斷意義。結(jié)果本研究86例病例中,甲基化成功率為91.9%(79/86),TFPI-2和ppENK基因的甲基化檢測(cè)率分別為95.9%(75/79)和91.1%(72/79)。腫瘤組與炎癥組以及腫瘤組和對(duì)照組的甲基化率差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),而炎癥組與對(duì)照組甲基化率差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。受試者工作特征曲線結(jié)果顯示:TFPI-2基因、ppENK基因甲基化水平診斷胰腺癌的敏感度分別為83.6%、74.6%,特異度分別為81.8%、86.4%,診斷率分別為89.7%、81.2%,以TFPI-2基因或ppENK基因甲基化水平診斷胰腺癌的敏感度為92.5%,特異度為79.8%,而以基因TFPI-2和ppENK甲基化水平進(jìn)行診斷,其敏感度為74.6%,特異度為91.7%。結(jié)論TFPI-2和ppENK基因在胰腺腫瘤組織中具有高甲基化水平,且具有良好的敏感性和特異性,是胰腺癌的有利診斷指標(biāo),結(jié)合EUS-FNA,能夠有效提高胰腺占位性病變的術(shù)前診斷。

    胰腺腫瘤;胰腺癌;前腦啡肽原基因;組織因子途徑抑制物-2基因;甲基化;超聲內(nèi)鏡

    胰腺疾病中,胰腺占位性病變占大多數(shù),而手術(shù)切除是治愈胰腺占位性病變的唯一方法,但由于胰腺占位性病變本身存在的高風(fēng)險(xiǎn)和巨創(chuàng)性,因此,選擇胰腺手術(shù)之前均需要慎重權(quán)衡。盡管隨著外科技術(shù)的發(fā)展,但胰腺手術(shù)的并發(fā)癥仍保持在30%~50%不等,死亡率約3%~5%[1-2]。超聲內(nèi)鏡下細(xì)針穿刺活檢(endoscopic ultrasonography guided fine needle aspiration,EUS-FNA)能夠微創(chuàng)地獲取胰腺病灶細(xì)胞或組織樣本,理論上可以獲得術(shù)前的病理診斷,但其診斷準(zhǔn)確度受諸多因素的影響,如取材的質(zhì)量與數(shù)量、病灶位置大小、操作者技術(shù)水平以及有無(wú)病理醫(yī)師在場(chǎng)[3]。一些抑癌基因啟動(dòng)子區(qū)的高甲基化被認(rèn)為是在腫瘤發(fā)生發(fā)展的早期階段導(dǎo)致其失活的重要因素,而早期檢測(cè)這些抑癌基因的甲基化狀態(tài)就可以作為檢測(cè)有無(wú)組織癌變的重要指標(biāo)[4-5]。該研究通過(guò)檢測(cè)70例病例的胰腺癌組織及癌旁組織,16例病例的慢性胰腺炎組織的抑癌基因前腦啡肽原基因(preproenkephalin,ppENK)與組織因子途徑抑制物-2基因(tissue factor pathway inhibitor 2,TFPI-2)基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化狀態(tài),探討ppENK和TFPI-2基因甲基化水平檢測(cè)對(duì)胰腺占位性病變臨床診斷的意義,并提出EUS-FNA聯(lián)合胰腺腫瘤相關(guān)基因甲基化水平檢測(cè)的新方案,以提高胰腺占位性病變的早期診斷率。

    1 材料與方法

    1.1材料

    1.1.1標(biāo)本來(lái)源 選取2011年1月~2015年5月于安徽省立醫(yī)院膽胰外科就診,行超聲內(nèi)鏡引導(dǎo)下EUS-FNA并成功獲得組織標(biāo)本的胰腺癌患者70例,慢性胰腺炎患者16例,所有86例病例進(jìn)行手術(shù)并獲得術(shù)后病理并有完整資料。86例獲得組織標(biāo)本的病例均進(jìn)行病理學(xué)檢測(cè),其中明確診斷的為69例(80.2%),其中明確給出病理學(xué)診斷的為52例(60.5%),提示標(biāo)本中可見(jiàn)異形細(xì)胞的17例(19.8%),無(wú)法給出診斷的有17例(19.8%),進(jìn)行基因組DNA純化和甲基化處理后的PCR擴(kuò)增和測(cè)序,其中有79例標(biāo)本能夠獲得基因甲基化測(cè)序圖,進(jìn)行基因甲基化檢測(cè)的成功率達(dá)到91.9%(79/86),其中腫瘤組67例,炎癥組12例,另取10例癌旁正常組織作為對(duì)照組,所有診斷結(jié)果獲得手術(shù)術(shù)后病理證實(shí)。

    1.1.2主要試劑及儀器 96#PCR擴(kuò)增儀購(gòu)自杭州博日科技有限公司;紫外分析儀和穩(wěn)壓穩(wěn)流電泳儀購(gòu)自上海天能科技有限公司;3730測(cè)序列分析儀購(gòu)自美國(guó) ABI公司;臺(tái)式高速離心機(jī)購(gòu)自上海醫(yī)療器械有限公司;微型電泳槽購(gòu)自上海精益有機(jī)玻璃制品儀器廠;微型旋渦混合儀購(gòu)自江蘇省海門(mén)市美林貝爾有限公司;數(shù)顯恒溫水浴鍋購(gòu)自蕪湖金瑞特計(jì)量檢測(cè)儀器有限公司;2×Master Mix購(gòu)自美國(guó)Thermo Scientific公司;DNA抽提試劑盒、克隆試劑盒和DNA Marker購(gòu)自北京天根生化科技有限公司;甲基化處理試劑盒購(gòu)自德國(guó)Qiagen 公司;膠回收試劑盒、質(zhì)粒抽提試劑盒和核酸染料購(gòu)自上海生工生物工程股份有限公司。

    1.2方法

    1.2.1基因組DNA的重亞硫酸鹽處理和純化

    1.2.1.1 甲基化處理 將標(biāo)本分為腫瘤組、炎癥組及對(duì)照組,按照以下步驟處理:① 分別提取TFPI-2、ppENK基因的DNA 1 000 ng,置入95 ℃恒溫水浴鍋中5 min;② 分別加入DNA protect Buffer 35 μl,置入60 ℃恒溫水浴鍋中15 min;③ 分別加入Bisulfite Solution 85 μl,置入95 ℃恒溫水浴鍋中5 min;④ 分別加入除RNA酶的水補(bǔ)足到140 μl,置入60 ℃恒溫水浴鍋中15 min;⑤ 再置入30 ℃恒溫水浴鍋中10 min。

    1.2.1.2 純化 ① 處理后液體直接轉(zhuǎn)入1.5 ml EP管中,加入310 μl的BL液,再加入250 μl的無(wú)水乙醇;② 震蕩15 s混勻,轉(zhuǎn)入吸附柱,靜置5 min, 13 000 r/min離心1 min;③ 加入500 μl BW液,13 000 r/min 離心1 min,棄廢液;④ 加入500 μl BD液,室溫靜置15 min, 13 000 r/min 離心1 min,棄廢液;⑤ 加入500 μl BW液,13 000 r/min 離心1 min,棄廢液;⑥ 重復(fù)步驟⑤;⑦ 加入250 μl無(wú)水乙醇,13 000 r/min 離心1 min,棄廢液;⑧ 換新收集管,13 000 r/min 離心2 min;⑨ 將吸附柱放入1.5 ml EP管中,開(kāi)蓋,60 ℃干浴5 min;⑩ 在吸附柱膜上懸空滴加15 μl EB,靜置5 min,13 000 r/min 離心2 min收集DNA。處理后DNA, -20 ℃保存。

    1.2.2PCR擴(kuò)增

    1.2.2.1 引物設(shè)計(jì) ppENK F:5′-TTTGTTTAGAGG GTAATGTTGG-3′,R:5′-CACCTTTCCATCTATAACCATT-3′,擴(kuò)增產(chǎn)物:481 bp,PCR反應(yīng)條件:54 ℃。ppENK有 26個(gè)CpG位點(diǎn)。TFPI-2 F:5′-TAGGAGAAAGTTTGGGAGGTAGG-3′, R:5′-TTTCTATCCTCCAACAAACATCAT-3′,擴(kuò)增產(chǎn)物:363 bp,PCR反應(yīng)條件:59 ℃。TFPI-2有26個(gè)CpG位點(diǎn)。

    1.2.2.2 PCR反應(yīng)體系 ① 將純化處理后的DNA加入2×Master Mix 25 μl,置入95 ℃升溫水浴鍋中10 min;② 加入Mg2+4 μl,置入95 ℃升溫水浴鍋中30 s;③ 加入PCR特異引物F(10 μmol/L) 1 μl,置入72 ℃恒溫水浴鍋中30 s;④ 加入PCR特異引物R(10 μmol/L)1 μl置入72 ℃恒溫水浴鍋中30 s;⑤ 加入ddH2O至總體積為50 μl,置入72 ℃恒溫水浴鍋中10 min;⑥ 4 ℃保存。

    1.2.2.3 電泳檢測(cè)及回收 1.5%糖凝膠電泳觀察結(jié)果(部分),電泳圖見(jiàn)圖1、2。

    圖1 ppENK電泳檢測(cè)圖

    圖2 TFPI-2電泳檢測(cè)圖

    1.2.3PCR純化產(chǎn)物連接到pGM-T載

    1.2.3.1 連接反應(yīng)體系 取2×Rapiligation Mix 5 μl,加入pGM-T Fast Vector 1 μl,再加入PCR Product 50 ng,最后加入ddH2O 補(bǔ)足到10 μl(16 ℃連接過(guò)夜)。

    1.2.3.2 連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化 ① 100 μl感受態(tài)細(xì)胞,置于冰上,完全解凍后輕輕將細(xì)胞均勻懸浮;② 加入10 μl連接液,輕輕混勻。冰上放置30 min;③ 42 ℃水浴熱激90 s。冰上放置2~3 min;④ 加500 μl LB培養(yǎng)基(無(wú)抗性),180 r/min、37 ℃ 振蕩培養(yǎng)1 h;⑤ 室溫下6 000 r/min離心2 min,用槍頭吸掉400 μl上清液,用剩余的培養(yǎng)基將細(xì)胞懸??;⑥ 將細(xì)菌涂布在預(yù)熱的氨芐青霉素LB培養(yǎng)基平板(含抗性)上,37 ℃ 倒置培養(yǎng)12~16 h。

    1.2.4陽(yáng)性克隆鑒定和質(zhì)粒提取與測(cè)定(sangon B518188) ① 用牙簽將長(zhǎng)出的菌落挑至LB液體培養(yǎng)基(含抗性),200 r/min、37 ℃ 振蕩培養(yǎng)12~16 h;② 將目的片段TA克隆的菌液PCR鑒定(1.5%糖凝膠電泳檢測(cè));③ 將鑒定為陽(yáng)性克隆的菌液進(jìn)行質(zhì)粒抽提;④ 按圖譜對(duì)質(zhì)粒M13+/引物測(cè)序。

    1.2.5甲基化率的計(jì)算方式 BSP產(chǎn)物為啟動(dòng)子區(qū)的CpG島部位,包含了26個(gè)CpG位點(diǎn),采取克隆測(cè)序每一個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)進(jìn)行分析,每個(gè)樣本測(cè)10個(gè)克隆,計(jì)算其CpG位的甲基化率。甲基化率計(jì)算為所有甲基化的CG位點(diǎn)在所有CG位點(diǎn)中的百分比。即甲基化CG位點(diǎn)個(gè)數(shù)/(甲基化CG位點(diǎn)個(gè)數(shù)+非甲基化位點(diǎn)個(gè)數(shù))。

    1.3統(tǒng)計(jì)學(xué)處理采用SPSS 18.0軟件進(jìn)行分析,對(duì)腫瘤組與炎癥組及正常組的比較行χ2檢驗(yàn)。用受試者工作特征曲線(receiver operating characteristic curve,ROC)分析TFPI-2基因、ppENK基因的敏感度、特異度和曲線下面積(area under curve,AUC)。P<0.05表示差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

    2 結(jié)果

    2.1穿刺獲得的少量組織條進(jìn)行基因甲基化水平檢測(cè)的可行性86例獲得組織標(biāo)本的病例中,進(jìn)行基因組DNA純化和甲基化處理后的PCR擴(kuò)增和測(cè)序,其中有79例標(biāo)本能夠獲得基因甲基化測(cè)序圖,進(jìn)行基因甲基化檢測(cè)的成功率達(dá)到91.9%(79/86)。BSP法檢測(cè)基因甲基化水平的示意圖見(jiàn)圖3。

    2.2胰腺癌組織、慢性胰腺炎組織、癌旁組織中TFPI-2和ppENK基因甲基化檢測(cè)結(jié)果本研究79例成功獲得基因甲基化測(cè)序圖的標(biāo)本中,腫瘤組為67例,炎癥組12例,另取10例癌旁正常組織作為對(duì)照組。本研究對(duì)79例穿刺標(biāo)本的TFPI-2和ppENK基因進(jìn)行了甲基化檢測(cè),結(jié)果顯示:TFPI-2和ppENK基因的甲基化檢測(cè)率分別為95.9%(75/79)和91.1%(72/79),同時(shí)通過(guò)對(duì)該基因組DNA測(cè)序顯示,該兩個(gè)基因CpG島中有26個(gè)CpG位點(diǎn)。腫瘤組中TFPI-2基因甲基化率為(6.97±4.15)%, ppENK基因甲基化率為(5.25±2.97)%,炎癥組中TFPI-2基因甲基化率(2.49±1.96)%,ppENK基因甲基化率(2.87±2.81)%,而對(duì)照組中,TFPI-2基因甲基化(1.25±1.21)%, ppENK基因甲基化率(1.55±1.39)%,腫瘤組與炎癥組和對(duì)照組差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),而炎癥組與對(duì)照組差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。見(jiàn)表1~3。

    圖3 BSP法檢測(cè)基因甲基化水平的示意圖

    表1 基因TFPI-2、ppENK的甲基化水平 (n=79)

    表2 各組中基因TFPI-2、ppENK的甲基化水平及其比較

    表3 多重比較

    2.3TFPI-2基因、ppENK基因甲基化水平診斷胰腺癌的敏感度與特異度分析結(jié)果ROC曲線結(jié)果顯示:TFPI-2基因、ppENK基因甲基化水平診斷胰腺癌的敏感度分別為83.6%、74.6%,特異度分別為81.8%、86.4%,診斷率分別為89.7%、81.2%,以TFPI-2基因或ppENK基因甲基化水平診斷胰腺癌的敏感度為92.5%,特異度為79.8%,而以基因TFPI-2和ppENK甲基化水平進(jìn)行診斷,其敏感度為74.6%,特異度為91.7%。見(jiàn)圖4、表4。

    圖4 TEPI-2和ppENK基因甲基化水平的ROC曲線

    2.4評(píng)價(jià)TFPI-2和ppENK基因甲基化水平對(duì)EUS-FNA診斷失敗病例中的診斷價(jià)值將17例穿刺無(wú)法獲得明確病理診斷的病例單獨(dú)分析,結(jié)果顯示有2例無(wú)法獲得滿意的基因測(cè)序圖,予以剔除,15例完成TFPI-2和ppENK基因甲基化的檢測(cè),其中腫瘤11例,4例慢性胰腺炎,腫瘤組中,TFPI-2甲基化率大約>3.3%的為8例(72.7%),ppENK甲基化率大約>3.52%的為5例(45.5%),而慢性炎癥組中TFPI-2甲基化率大約>3.3%的為0例,ppENK甲基化率大約>3.52%的為1例(25%),TFPI-2基因甲基化對(duì)胰腺腫瘤的診斷敏感度為72.7%,特異度為100.0%,而ppENK甲基化對(duì)胰腺腫瘤的診斷敏感度為45.5%,特異度為75.0%。將兩者結(jié)合進(jìn)行統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示,腫瘤組中TFPI-2或ppENK基因高甲基化水平的高達(dá)10例(90.9%),TFPI-2和ppENK基因高甲基化水平僅為6例(54.5%),而炎癥組中TFPI-2或ppENK基因高甲基化水平有1例,而TFPI-2和ppENK基因高甲基化水平為0例。見(jiàn)表5。

    2.5EUS-FNA聯(lián)合TFPI-2和ppENK基因甲基化檢測(cè)對(duì)胰腺占位性病變的臨床診斷價(jià)值聯(lián)合EUS-FNA和基因甲基化水平測(cè)定,結(jié)果顯示聯(lián)合檢測(cè)的診斷率高達(dá)93.0%,較單獨(dú)檢測(cè)高(P<0.05),但是如果檢測(cè)TFPI-2和ppENK基因甲基化均陽(yáng)性作為診斷標(biāo)準(zhǔn),則其與單純檢測(cè)差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。見(jiàn)表6。

    3 討論

    胰腺癌是消化道常見(jiàn)的惡性腫瘤,其發(fā)生發(fā)展涉及到多種抑癌基因的異常沉默或失活。

    表4 曲線下的區(qū)間

    表5 TFPI-2和ppENK基因在穿刺無(wú)法明確病理的病例中的甲基化水平(n=15)

    表6 EUS-FNA聯(lián)合TFPI-2和ppENK基因甲基化檢測(cè)在胰腺占位性病變的臨床診斷價(jià)值(n=86)

    EUS-FNA通過(guò)其優(yōu)勢(shì)將活檢的準(zhǔn)確性提高了很多,但由于其收集的組織標(biāo)本較少,仍然存在較高的假陰性率,出現(xiàn)假陰性率的原因分析包括獲取的組織標(biāo)本少、病理科醫(yī)師技術(shù)水平和穿刺的準(zhǔn)確性等。據(jù)報(bào)道,EUS-FNA的診斷敏感度和準(zhǔn)確度隨著各個(gè)胰腺中心的穿刺經(jīng)驗(yàn)和病理科診斷水平的不同而不同,從75%~95%不等[5-6]。隨著分子生物技術(shù)的發(fā)展及深入研究,表觀遺傳修飾的異常導(dǎo)致的基因突變或缺失被認(rèn)為是腫瘤發(fā)生的主要原因,由此出現(xiàn)了表觀遺傳修飾異常標(biāo)志物在診斷腫瘤中的應(yīng)用,微陣列技術(shù)先后應(yīng)用于乳腺癌、肺癌和胰腺癌等腫瘤CpG島甲基化研究,獲得的CpG島甲基化譜不僅可作為早期診斷指標(biāo),還與腫瘤的病理分型、藥物治療敏感性和預(yù)后判斷相關(guān)[7]。本研究通過(guò)采用BSP法檢測(cè)EUS-FNA獲得的胰腺病灶組織條中ppENK和TFPI-2基因啟動(dòng)子區(qū)CPG島的甲基化狀態(tài),結(jié)果提示穿刺獲得的組織條完全能夠滿足基因甲基化水平的檢測(cè)。

    ppENK基因位于8號(hào)染色體,所編碼的阿片類(lèi)生長(zhǎng)因子在延遲細(xì)胞周期進(jìn)程,抑制癌細(xì)胞增長(zhǎng)的過(guò)程中起重要作用[8-9]。據(jù)報(bào)道,超過(guò)90%的胰腺癌ppENK基因甲基化異常[10]。TFPI-2又稱(chēng)胎盤(pán)蛋白-5,是由位于7q22染色體上的TFPI-2基因所編碼的一種絲氨酸蛋白酶抑制物[11]。可以通過(guò)負(fù)調(diào)節(jié)纖維蛋白溶酶和胰蛋白酶的活性抑制腫瘤的侵襲和轉(zhuǎn)移,激活金屬蛋白酶和細(xì)胞外基質(zhì)的降解[12-13],另外,還可以抑制內(nèi)皮細(xì)胞的增殖,促進(jìn)平滑肌細(xì)胞凋亡[14]。腫瘤組、炎癥組及正常對(duì)照組的甲基化率結(jié)果提示腫瘤組患者的TFPI-2和ppENK基因甲基化率明顯高于炎癥組及正常對(duì)照組患者。這表明甲基化水平是影響抑癌基因(TFPI-2基因與ppENK基因)表達(dá)的重要因素,胰腺癌患者抑癌基因處于高表達(dá)狀態(tài),而非胰腺癌患者處于未表達(dá)狀態(tài)。ROC曲線結(jié)果提示TFPI-2基因和ppENK基因的甲基化水平對(duì)于診斷胰腺癌具有較高的靈敏度與特異度。此外,根據(jù)對(duì)于TFPI-2和ppENK基因甲基化水平對(duì)EUS-FNA診斷失敗病例中的診斷價(jià)值的分析可以發(fā)現(xiàn)聯(lián)合TFPI-2或ppENK基因甲基化檢測(cè)可以明顯提高胰腺占位性病變的腫瘤診斷率。

    綜上所述,胰腺癌患者的TFPI-2基因和ppENK基因處于高甲基化水平,其與EUS-FNA聯(lián)合檢測(cè)能提高診斷率,對(duì)于診斷胰腺癌有重要作用,可作為臨床胰腺癌術(shù)前診斷的重要指標(biāo)。但該方法需要超聲內(nèi)鏡引導(dǎo)下EUS-FNA取得胰腺癌的標(biāo)本,EUS-FNA穿刺的準(zhǔn)確性將決定本研究方法的可行性。此外,本研究尚缺乏TFPI-2和ppENK基因啟動(dòng)子甲基化是否與基因表達(dá)相關(guān),其具體作用機(jī)制有待后續(xù)實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步探討。

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